3EL5A

Crystal structure of nelfinavir (nfv) complexed with a multidrug variant (act) (v82t/i84v) of hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3el5A00
4LC7A 3PLLA 3KF0A 5P6BA 2HS2A 3S45A 1ZJ7A 1U8GA 5OYYA 3BC4A 5P4HA 3IXOA 2AOJA 1LF3A 3LIYA 3DUYA 5P33A 5KR1A 4J0ZA 5AH7A 5P67A 3ZPSA 5IVSA 1C6XA 2AVMA 5P6TA 2ER7E 5AH8A 2QD8A 4F76A 5P36A 2NMZA 4XKXA 1BILA 4OD9B 1BVEA 3OY4A 3RVIA 3OADB 5P1AA 3KT2A 5HVPA 3HLOA 5P20A 5P6EA 5P79A 2V0ZC 1LV1A 4Y3AA 3MWSA 3OUBA 2J9JB 3OOZA 2BPZA 2WF2A 3CYWA 5P6MA 5P1BA 3NYGA 5P7GA 5ENMA 1FMBA 4FRIA 4PPHA 5P25A 2FGUA 1EPRE 3PI0A 5P03A 2PK6A 2NPHA 2QMGA 3VF3A 4DQEA 5KR8A 1BAIA 4PYVA 2AZCA 4L6BA 1MSMA 1B5FB 5P3FA 2QU2A 1IBQA 2J9KA 3PBZA 4HVPA 3QROA 5P70A 1GNOA 5P2EA 3OUDB 1IZEA 1SGZA 3RU1A 5P2AA 5P28A 2R38A 5COKA 3BUFA 3PI5A 3ER3E 4Y56A 4RCDA 5P5LA 5P44A 3O9BA 4AUCA 5P6LA 5P24A 1YG9A 1K2CA 4OBKA 5P1KA 2FDPA 5I3VA 4ZPGA 5P29A 5P47A 3JVWA 3NWXA 3NDUA 5P1RA 1BWAA 2IDWA 2WF1A 1MT9A 5P80A 5P75A 4YBFA 1EPOE 2PH8A 5P5XA 1MIQA 2ZJKA 1HEGE 1HTEA 1PPLE 1TCWA 4R95A 5P0IA 4EP3A 3ST5A 2QNPA 2ZJIA 5P6GA 4JPEA 4I8WA 3SA9A 4OD9A 1HVJA 5HE7A 1K6CA 1AJXA 2QI0A 5P8PA 3OADA 1XE5A 5P55A 4DFGA 4U8WA 3UCBA 3U7SA 2ZYEA 4CP7A 1SDVA 3BGCA 3UDMA 1ZLFA 1FFIC 4ZSPA 3U71A 4MC1A 3PRSA 5P11A 3ZKIA 2HB3A 5P5UA 3SA4A 3NU9A 4L7HA 3PJ6A 4DJUA 3HDKA 5P3EA 2QD7A 2J9JA 3NSHA 3PB5A 3D20A 4UPJA 5P0JA 5P8VA 1NPVA 3D91A 4Y3HA 5P3HA 3INDA 1KJ4A 2G22A 5P8CA 4OBFA 4IVTA 3PCZA 2AVSA 1B5FA 4EPJA 5DR0A 3N4LA 3KDCA 1NPWA 2IQGA 5OZUA 3OUDA 4J5JA 5KOSA 3LHGA 5OZBA 3UTLA 3OQDA 5P8JA 4B77A 1HRNA 2AOFA 4Y48A 5P6XA 1TSUA 1A8KA 2QI3A 4K9HA 3RSVA 1BBSA 1Z8CA 3SA6A 3VYEA 3UDYA 3OQFA 4Y4TA 5P7CA 4CMSA 3DCRA 2JJJA 5CONA 5P1JA 5P4JA 2QHZA 1ME6A 3FX5A 1HSGA 2G1NA 5P32A 4DVFA 4H3FA 4GJ5A 5P19A 1Z1RA 5P7SA 1KJ7A 1MTBA 5P3PA 1HWRA 2HAHA 5P3BA 4LAPA 4Z22A 2QP8A 5OZAA 5P1MA 3LZSA 4M8YA 3ZPTA 5P4VA 3I8WA 5P2QA 4F73A 4H3GA 4J1IA 4LBTA 5P01A 5P5IA 1DP5A 2XFKA 5P0YA 5OZEA 1APUE 5OZCA 5E5KA 2V11C 5P37A 1A9MA 1RL8A 3TOFA 5P87A 4JOOA 3QAAA 3NU6A 5P6QA 3IVIA 1ZPKA 4D83A 5P1SA 3HAUA 3NDWA 2VS2A 2IGXA 3SFCA 3GW5A 1BXOA 2ZDZA 5P71A 3T7PA 4ZSMA 4J1EA 4I0JA 1BXQA 2R43A 3NDTA 4J0YA 1QBSA 3QRVA 5P1ZA 4Q1YA 1FIVA 1LYWB 1SBGA 5OZFA 1HBVA 5P2HA 3OTSA 3L5BA 3C9XA 4A6CA 2P3AA 1E82E 1BVGA 1DW6C 4Y4BA 4YD6A 5HU1A 3SA8A 5P68A 4Y4AA 2HPFA 5P1IA 5P8HA 1TSQA 2WEDA 4Y50A 3EL0A 4Y3MA 5P1VA 4I1CA 5P4FA 5P8DA 1GVWA 1MUIA 3IA9A 4Y45A 5P07A 1ZP8A 5P17A 2AOCA 2NNKA 3DV1A 3VSXA 1YM4A 3ZOVA 5P58A 4DJOA 4Y35A 3TTPA 2EWYA 3IVHA 5P0HA 1W51A 4WY1A 1GVUA 4EJKA 5T4SA 2G20A 2BJUA 3DJKA 3BHEA 3O9LA 2NXMA 3VEUA 2ZJMA 4I8ZA 4YDFA 5OZQA 5P88A 5P7UA 4Y5LA 1MT8A 5P2JA 4OBDA 3AUPA 2IL2A 3Q6YA 1FQ6A 5C9BA 2B42A 4TRZA 4MC2A 3BVBA 1WBKA 1FMUA 3ER5E 5P3MA 2P8HA 3LZYA 4AA9A 4CPRA 2HB4A 4Y5NA 1KZKA 4RYCA 2IEOA 5P2NA 3CKRA 1FKNA 1TW7A 1M0BA 3ZKXA 1PFZA 2I4VA 3LIVA 3BUGA 3O9CA 2F3KA 4Q5MA 3VUCA 4Z4XA 4EJDA 2R5QA 3KMXA 1RV7A 5P8QA 2MIPA 4RVXA 2ZHTA 1ZBGA 5OYVA 3L5CA 1LYWA 3CKPA 4R91A 1SGUA 2V00A 1LZQA 5OYSA 4FSLA 5P3KA 5P7BA 1HVCA 2BPVA 1SMRA 3KT5A 2AOIA 5P62A 2PMAA 3QVCA 5ISKA 3BXRA 2AVQA 3SPKA 3GI6A 4ZPEA 3Q70A 3CKTA 5P5ZA 5P45A 5P7KA 3FNTA 2BKTA 5HU0A 3OGQA 1ZPAA 2G24A 5P6CA 4APEA 1HVKA 4R5NA 4Y39A 5OZ1A 1XE6A 1LYAB 5P6SA 5P40A 2VJ9A 4DQBA 4K4QA 4RRNA 2Q11A 3NU5A 3QI1A 2QCIA 2IRZA 3AIDA 1WBMA 1MVPA 1N49A 1EPME 1EPLE 4ZSRA 2QMPA 3VF5A 4J0PA 1QBRA 3DV5A 3L5FA 5P7DA 1T6GA 5P5QA 5P2RA 1LF2A 5P52A 5P12A 1YT9A 3OUCA 4K4PA 4Y36A 3T6IA 5DQ2A 5P08A 3I7EA 5OZLA 1DPJA 3VV6A 5JFPA 2A1EA 1DIFA 1B11A 1FMXA 5DPZA 4YCKA 1G0VA 5P74A 2QZWA 4FM8A 4NJUA 5P54A 4D88A 4Y5BA 1XS7D 3S85A 4GMIA 1ODXA 3OU3A 5IVTA 2I0AA 2WF3A 3QPJA 2B8VA 2V12C 5P5WA 2NR6A 1QBUA 2OAHA 5P2CA 5P10A 3UDKA 3SA3A 5E5JA 3O9HA 2WEZA 2WHHA 5P4EA 4JPCA 5P7ZA 3OK9A 4ZEAA 4B72A 4YBIA 6FIVA 3HZCA 4FGXA 2VIYA 1MEUA 5P8MA 4Y5CA 5P8KA 4Y3DA 3IGBA 5OZ5A 2ER9E 4YOAA 1APWE 4HE9A 4NPUA 2P3CA 2ASIA 3LIXA 3UDQA 5P39A 1J71A 2B8LA 5P7MA 1LYAA 3NU3A 2I4UA 4GJBA 4RVIA 5P22A 1MT7A 3EM6A 1NH0A 3VG1A 3FV3A 4CPXA 4YD7A 2NTRA 3JVYA 1BIMA 2F8GA 2QHYA 3EKTA 1WKRA 3QP0A 5I3YA 4IVSA 2G94A 4Y3ZA 2RMPA 4J1CA 5P6AA 1A8GA 3IAWA 5OYTA 2PWRA 1E81E 1EC2A 1HVIA 4F75A 4LXMA 4A4QA 4ZSQA 5P3LA 1HEFE 5P2LA 2QAKA 3INEA 3K4VC 3LIQA 2ZHRA 3PGIA 3S7LA 1BWBA 1EPQE 1ODYA 4Y58A 2ZHVA 3EXOA 4B1CA 2G26A 2PSVA 4FM6A 4X2LA 5P81A 4GYEA 5ER2E 5P8SA 5PEPA 2I4DA 1OEWA 5JFUA 4CPTA 5P5EA 2VIEA 3BXSA 2R5PA 1W6IA 5P1NA 3ZKQA 5P8NA 4I0FA 4U7VA 2A4FA 1SIVA 4Y4JA 4Y3XA 1PSOE 4I0HA 2G1OA 3SA7A 4Y4EA 3UQXA 3QBHA 4I11A 1AVFA 1BDRA 3NDXA 1W50A 5OZRA 5P1UA 5P1YA 3IN3A 3BRAA 2O4PA 3FSMA 1C6YA 4QLHA 1XN3A 1TZSA 5P2UA 2F80A 5HD0A 4Y9WA 5P3VA 1K6TA 5OZMA 2Q63A 4QJ9A 5P7LA 2V10C 2PQZA 1GNNA 1CZIE 2OHUA 1HVRA 4Y4GA 5P6OA 4L7JA 5P34A 3SABA 1FQ8A 5P1HA 5OZ4A 4Y5GA 2O4NA 3SM2A 2WECA 4EJ8A 3K4VA 3T3CA 2R8NA 1M43A 3DOXA 3T11A 4B78A 1ZTZA 5P84A 1BDLA 1TQFA 4Y43A 2RKGA 5P3NA 2ER6E 3OU1A 4L1AA 1MTRA 1HVLA 5EZXA 4K8SA 2P83A 4J54A 5P4YA 4COEA 5P0QA 5P8UA 4HDFA 2Q15A 4RRSA 4CPSA 4R8YA 3NU4A 1G6LA 1B6MA 2R9BA 5P5SA 5ISJA 3MXEA 3SO9A 1T7JA 2QI1A 5P77A 3TKWA 1PSNA 5OZZA 4Y54A 5P2GA 4QJ2A 1EC3A 4GIDA 5P0SA 4XX4A 2XFIA 5P5RA 1CPIA 5OZJA 5BS4A 3DM6A 1OHRA 5P3ZA 1Z1HA 5OZVA 5P64A 3RSXA 4HDPA 3B7VA 1LS5A 5P4LA 5OZ9A 3GGXA 4OBHA 4J0TA 5P7WA 4FL8A 4PEPA 5CLMA 4DJQA 5P13A 3S8IA 3OXXA 4Y3LA 2JE4A 3UDPA 3TPLA 5P6JA 8HVPA 4B1EA 2WEAA 2IS0A 3D1ZA 3APPA 3SLZA 5P4UA 3LZUA 4R93A 3QS1A 4YD3A 5P6RA 3KYRA 2WJOA 3HW1A 1QRPE 2H6TA 2P3DA 5BWYA 1EC0A 2BPXA 4D8CA 4Y5MA 5ENKA 1F7AA 2FXDA 4I12A 5I3WA 5P5AA 1B6PA 4DJVA 4ZPFA 4YOBA 2Q64A 5P0BA 2BQVA 3EL1A 5P7OA 5P8EA 4Y3WA 3QVIA 3UPJA 5SZ9A 5P3SA 4FIVA 2QMFA 1AJVA 4CPQA 3OGPA 3WB4A 3PWRA 5P6HA 3UQUA 4YDGA 2VA5A 3OWNA 4GJ6A 1A94A 1YTGA 1ODWA 4B1DA 3O9LB 5P0TA 1HIIA 2ZHUA 4Y4DA 4PZWA 1HVHA 2QZLA 3CMSA 3NR6A 3APRE 5P61A 5P4KA 1BV7A 1HPXA 1SP5A 3S2OA 5P6DA 5P09A 1HPSA 4DQCA 5AGZA 1UPJA 4HDBA 2QI6A 2PWCA 2R3WA 2Z54A 3QBFA 2OHMA 3URIA 4RCEA 3SAAA 5P3AA 1MRWA 3WZ7A 4HEGA 5P15A 3ZPUA 4KUPA 1EBZA 4D89A 5IS4A 3KDDA 1EPNE 2BPYA 1G35A 5P7PA 5P85A 3LINA 3VLAA 4EQ0A 4Q1NA 4XXSA 5P7FA 4E43A 6UPJA 5P4SA 1D4KA 4B05A 1HSHA 1E5OE 4J1FA 1EBKC 5P0OA 3PSYA 2OHSA 1LF4A 3UDHA 1HVSA 1B6JA 3O9IA 2G21A 1FGCC 4FLGA 1AM5A 1FQ4A 1B6KA 4Y38A 5P7HA 1C70A 1T6EX 3LPKA 1Q9PA 3K1WA 3OQAA 5P0CA 2R3TA 2V13A 5P0AA 3RTHA 2FIVA 5OZ6A 5KQZA 4OC6B 4BFDA 5OZGA 5P1GA 5AHCA 5DR1A 1XN2A 5P2DA 1SDUA 3FKTA 2QI5A 5P1CA 5P42A 5OZDA 3U6AA 5P7QA 2B7ZA 5P3QA 3GI5A 5P1FA 2VIJA 2XYEA 3HVGA 5P18A 5P5DA 5P4QA 5FIVA 3A2OA 3CICA 1XL5A 3M9FA 3UDRA 3KFSA 3OTYA 5P6WA 5P5BA 3LPIA 4I0ZA 3WB5A 3G72A 4Q1XA 2QNQA 4Y5PA 5OZXA 4FM7A 3Q5HA 1SIPA 5P3JA 4Z2ZA 3JW2A 1HXWA 5DQ4A 2VKMA 5P5OA 4Y3RA 5P7IA 3QRSA 5P2KA 2JXRA 3PWWA 1D4HA 3QIHA 3OHHA 5P6ZA 4DV9A 5P5JA 2RENA 4EHCA 1YX9A 3HD8A 5OYQA 4YHQA 4J17A 5UPJA 2WL0A 1FQ7A 4Y3QA 5P8AA 1YM2A 4Y51A 5P4OA 3EKXA 1A30A 2UXZA 5OZYA 3OU4B 3PEPA 4Y3PA 3L58A 3TOGA 2HM1A 4EP2A 3IN4A 2B60A 3OQ7A 5EZZA 3TKGA 4Y3NA 5P72A 4Y5AA 5F01A 4LXKA 1FFFC 3O99A 4WY6A 3INHA 1NSOA 1IDBA 4I0EA 5P31A 5JG1A 7HVPA 3GGUA 1FF0C 3UQWA 1QBTA 3PMYA 4Z50A 4OC6A 3L5EA 4DQHA 2BKSA 4TVGA 2WF4A 5IVRA 2PK5A 3K5DA 4TRWA 1QS8A 2WEBA 5APRE 3NXEA 1IDAA 5OZ3A 3D3TA 4RLDA 3IXJA 4DPIA 2G27A 1EEDP 4Y6MA 4CKUA 4FE6A 3OUAA 5P3XA 5P0WA 2G1YA 2OHKA 5P0DA 4K4RA 1APVE 3UF3A 5OZWA 4YD5A 3OXCA 4OBGA 4Y4XA 5P7AA 1GVXA 1META 3SKFA 2I1AA 4APRE 2QHCA 1SH9A 2WF0A 3VCMA 4DJRA 1FG8C 3OAGB 5P4IA 5P23A 1FQXA 3NLSA 4NPTA 2ER0E 4KB9A 4Y4UA 5OZ7A 5SY3A 1IIQA 2ZJLA 5P89A 4H3IA 3G6ZA 2QZKA 5OZSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LC7 A;  3PLL A;  3KF0 A;  5P6B A;  2HS2 A;  3S45 A;  1ZJ7 A;  1U8G A;  5OYY A;  3BC4 A;  5P4H A;  3IXO A;  2AOJ A;  1LF3 A;  3LIY A;  3DUY A;  5P33 A;  5KR1 A;  4J0Z A;  5AH7 A;  5P67 A;  3ZPS A;  5IVS A;  1C6X A;  2AVM A;  5P6T A;  2ER7 E;  5AH8 A;  2QD8 A;  4F76 A;  5P36 A;  2NMZ A;  4XKX A;  1BIL A;  4OD9 B;  1BVE A;  3OY4 A;  3RVI A;  3OAD B;  5P1A A;  3KT2 A;  5HVP A;  3HLO A;  5P20 A;  5P6E A;  5P79 A;  2V0Z C;  1LV1 A;  4Y3A A;  3MWS A;  3OUB A;  2J9J B;  3OOZ A;  2BPZ A;  2WF2 A;  3CYW A;  5P6M A;  5P1B A;  3NYG A;  5P7G A;  5ENM A;  1FMB A;  4FRI A;  4PPH A;  5P25 A;  2FGU A;  1EPR E;  3PI0 A;  5P03 A;  2PK6 A;  2NPH A;  2QMG A;  3VF3 A;  4DQE A;  5KR8 A;  1BAI A;  4PYV A;  2AZC A;  4L6B A;  1MSM A;  1B5F B;  5P3F A;  2QU2 A;  1IBQ A;  2J9K A;  3PBZ A;  4HVP A;  3QRO A;  5P70 A;  1GNO A;  5P2E A;  3OUD B;  1IZE A;  1SGZ A;  3RU1 A;  5P2A A;  5P28 A;  2R38 A;  5COK A;  3BUF A;  3PI5 A;  3ER3 E;  4Y56 A;  4RCD A;  5P5L A;  5P44 A;  3O9B A;  4AUC A;  5P6L A;  5P24 A;  1YG9 A;  1K2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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