3EL9A

Crystal structure of atazanavir (atv) in complex with a multidrug hiv-1 protease (v82t/i84v)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3el9A00
1YT9A 4Q1WA 5P7ZA 3QN8A 2QZLA 3UTLA 1MEUA 3PMUA 2B7FA 5DQ2A 1TW7A 1HWRA 1HEFE 5OYQA 5P4MA 1KJ4A 2FGUA 4K4PA 3KYRA 3PCZA 2I0AA 4H1EA 5DQ4A 4Q1XA 5OYYA 2FXDA 4FSLA 2QI3A 5P6AA 2VJ7A 2O4NA 3OXVA 4DQBA 5I3YA 4DJPA 1YG9A 4TRWA 2WHHA 2I4QA 1XE6A 3L59A 4RLDA 4RYCA 3OQAA 1EPQE 3SA7A 2FS4A 2QMFA 2R43A 5P6NA 5P41A 3Q70A 4EQ0A 3KN0A 5OZQA 1FB7A 5P14A 4A4QA 1UH8A 5P4WA 5P6BA 3ZOVA 2NNKA 3DV5A 3GGAA 5P6QA 3UQWA 4GJ5A 2AOGA 3INFA 4FAFA 5P34A 2I4DA 3NSHA 5P7PA 5P0FA 3EL4A 2AODA 4EWOA 4M8YA 3TOGA 5P63A 3CIBA 3LIQA 3TTPA 2XFIA 1MT8A 1PSOE 3T7PA 1A8KA 3DK1A 5P0NA 1NH0A 5OZFA 3PWWA 3OU1A 3D1XA 5OZ4A 3Q6YA 4Y9WA 3RSVA 1HIVA 5P7RA 3VCMA 1EEDP 3OQKA 2PYNA 1LEEA 1YM4A 2QD6A 3QVCA 4WY1A 4CP7A 4Y5EA 3NYGA 1MPPA 4JECA 5P2TA 2NMYA 5P0ZA 5P60A 5P8NA 4GJDA 5P0RA 3L5CA 3HVGA 2P3BA 5P56A 1AJXA 5P87A 1HSHA 5IVSA 3N4LA 4Y44A 1E81E 5P4GA 1UH7A 5E5JA 5P0GA 4KB9A 3PLLA 5P3HA 5P64A 5P5TA 4I12A 2HAHA 3DJKA 1G35A 4NJUA 5OYZA 5DR7A 2AZBA 5OYWA 1D4JA 5P47A 5P78A 4QJ2A 4DJOA 5P4YA 3UCBA 2P8HA 4Y4ZA 2AVVA 2ER7E 3R4BA 4DJUA 5P55A 1MRWA 4B0QA 5EZZA 4I1CA 5BWYA 4FSEA 3GI0A 4PZXA 3BUHA 5P0WA 4Y4BA 1SDTA 4Y5PA 4OBDA 5P3EA 3FX5A 2G26A 3WZ6A 1EC3A 3UFLA 5P0MA 3ZMGA 4F73A 3EBZA 5P4IA 1U8GA 5P8BA 3NU4A 5P28A 3SA5A 5P4ZA 5P50A 5P8DA 4TRZA 4FRSA 2Q63A 5P6GA 3SM2A 5COKA 5P6RA 3AUPA 5P89A 2RMPA 5APRE 2PK6A 4J0VA 1YM2A 4DJQA 3GI5A 1FF0C 4PPHA 3OADB 3KDDA 2WKZA 3D1ZA 1CZIE 3EL0A 5OZSA 4YD7A 5P5JA 1HTRB 4D8CA 1T7JA 2VNMA 3APRE 4I0EA 3IXKA 3KM4A 4Z2ZA 5P57A 2Q64A 5P27A 3QRMA 3UDHA 4D85A 5IS4A 2OHLA 5P30A 1B6LA 3NWXA 4DJWA 2QAKA 5P3BA 5P2ZA 4CKUA 4LBTA 3NWQA 2ZDZA 5OYTA 5AHCA 3IN3A 1K2BA 3D20A 4RCDA 1A94A 5P1AA 4CPQA 5P6VA 1GVUA 1PSAA 1HVSA 5P88A 3KA2A 4GJCA 4PHVA 5P2QA 3Q5HA 5P5QA 3I6OA 5P2EA 2AIDA 4AMTA 3QRVA 3ZKNA 3G72A 5P6ZA 5P17A 3PCWA 2B7ZA 1LZQA 3NU3A 4B70A 1OD1A 2I4UA 4ZLSA 5P2BA 4ZSPA 2PQZA 3ZKSA 5P06A 2QP8A 3HAUA 3OU3A 2QU2A 4HE9A 2Q11A 2QNPA 3RTNA 2HPEA 1TCXA 4Y56A 1BXQA 4ER4E 5P7AA 2HIZA 3INDA 5AGZA 5P5OA 3RTHA 2ER9E 1KZKA 4Y4TA 3PJ6A 4FRIA 2QNNA 3QAAA 1MERA 4GMIA 5P1IA 1LF2A 2Q55A 5P5GA 5P01A 3QBHA 4PZWA 2P4JA 4J1KA 1W5XA 5P7QA 5P3CA 1B6KA 4F76A 3K5CA 5I3XA 5P7FA 2BJUA 3O9CA 5P3NA 2ZE1A 4I8ZA 3SM1A 3PI0A 4B77A 2ZHRA 5P03A 5P4QA 5KQXA 5P0AA 3I2LA 4GJ6A 5P62A 2WECA 4K8SA 3ZKMA 3RU1A 5P5PA 5P6XA 2QHCA 5P32A 5J25A 4Y4AA 5P39A 3M9FA 5OZ7A 3QROA 4LAPA 2BPXA 2G20A 1NPAA 2G22A 3B80A 4LHHA 5P7DA 2HS1A 2QD7A 4EP3A 3OADA 3ZPUA 4YD5A 5P3MA 1XE5A 1W6IA 5P36A 3O9IA 1UPJA 2G27A 1C6YA 1SIVA 2AQUA 1TSUA 3KT5A 4MC6A 2ANLA 4IVSA 5P4HA 5P5VA 5P58A 4NJSA 1YTGA 4APRE 2BB9A 5AHBA 5OZVA 3FKTA 1FMBA 2I4WA 2G1OA 4AZYA 5HU0A 5P3UA 3CYXA 3UQPA 3UPJA 2QMDA 5P7YA 1D4SA 2NNPA 3PRSA 5OZ5A 4KUPA 4HDPA 3BUFA 4J0PA 5OZMA 2IRZA 5P74A 1APWE 5P07A 4QJ8A 2XYEA 3FV3A 5P2LA 1T6GA 4DJXA 5P2SA 4J17A 5P0KA 4K4RA 5P2HA 4R92A 2VKMA 4I0FA 4MC2A 5P2OA 4DQGA 3WZ7A 1BWAA 5OZZA 5P2DA 4Z22A 3DCRA 3EC0A 1G2KA 3LPIA 5OZCA 1TSQA 2AOHA 3OOTA 4F74A 3UQUA 3K5GA 2AZ8A 3PSYA 2NR6A 3KDBA 2OHKA 2R38A 5OZ8A 3EM6A 2AZCA 5DR3A 5P1YA 2NXDA 5P15A 3EL9A 5KR2A 3DOXA 3G6ZA 1W5YA 3O9AA 3HLOA 1CMSA 9HVPA 5COOA 1PPME 1D4KA 5P6JA 2FMBA 5P1FA 1K1TA 4YBIA 4YDGA 1RL8A 1ZP8A 4Y3AA 5P66A 5P5LA 1MUIA 2QI4A 1IDBA 5OZXA 4YD3A 2Z4OA 2PC0A 1ZJ7A 4RYGA 5P0HA 4K4QA 5P7CA 1MVPA 4ZIPA 3NDXA 1VIKA 4HDBA 4ZEAA 1DW6C 4R95A 3TPRA 1ZLFA 2O4SA 2BBBA 1ZPKA 4J55A 3VLBA 1FQ5A 1HTFA 3VV6A 1GVVA 3R0YA 4FRJA 1TQFA 2P3AA 2F81A 4EP2A 5HE4A 4CPSA 5P20A 4XKXA 1FFFC 5DGWA 3ZKIA 1YTJA 2CENA 1BAIA 3WB5A 2ER6E 5P3FA 2QZXA 1BV9A 1QBUA 3EKQA 5P1EA 5P72A 1M4HA 5KR1A 3UDJA 4U7VA 5P29A 4Y3YA 3D1YA 2VIEA 5P33A 3QI1A 2VA5A 5P0IA 4I0ZA 4B1DA 4LXKA 5C9BA 5ER2E 5P83A 1XL5A 4A6BA 1ODXA 1EBZA 2Q5KA 2IL2A 1HRNA 3LIXA 4I0DA 5P2MA 4XX4A 5P18A 3PSGA 3LZUA 3ZPSA 5HCOA 3QRSA 3CKPA 4FIVA 5OZTA 2IKOA 4ER2E 4RZ1A 3VFAA 5P2UA 5P7IA 2VIJA 4Y3QA 4JPCA 4JPEA 3PHVA 4Q1YA 1FQ7A 5P6EA 3SKFA 5P1RA 3C9XA 1D4HA 2B42A 4RROA 5P5MA 1MIQA 5P45A 4EJKA 1FQ6A 4Y5CA 3HZCA 2QHYA 1IDAA 1FQXA 5P3TA 3OGPA 3O9LB 1IZEA 5P5WA 1E80E 3WB4A 1FQ8A 3LNKA 3K5DA 5P4RA 1A9MA 3IXOA 4K9HA 5OZOA 4WTUA 5P3SA 3Q4BA 4Y4XA 2R8NA 3WZ8A 4BFBA 1ODYA 5P3OA 3BXRA 2IENA 5P6HA 3OTYA 3OTSA 4YD4A 4Y48A 5P54A 1EPOE 5P6UA 4X7IA 5P67A 5DQ5A 2ZJMA 3RTMA 2JYSA 1META 5P3KA 2OHTA 2XFKA 4YCYA 5T4SA 4FRKA 1LYWB 2J9JB 5P65A 2OHUA 5P3AA 4DVFA 2VIZA 2QZWA 5DQ1A 2F3KA 3BHEA 5P48A 3KMXA 3LINA 3UDKA 5P49A 1IVQA 5P0CA 2UPJA 1MT7A 3R2FA 3VV8A 1CPIA 1TCWA 5P5AA 3S85A 1KJGA 2SAMA 4J1CA 2PH6A 5P6TA 5P2WA 3OXCA 1ENTE 1D4IA 2R5QA 3T11A 3PMYA 1ZBGA 5P4UA 2NTRA 5P2JA 1YX9A 5OZ3A 5P4NA 5SY2A 5HCTA 4Y53A 4Y37A 1EAGA 3PBZA 4MC1A 5P5DA 3OWNA 1BDQA 4CPWA 3S43B 3S53A 5F01A 5KAOA 3PLDA 2PMAA 3NU5A 1ZTZA 3O9HA 3TKWA 1HHPA 5P7KA 1Q9PA 3L5DA 1HVHA 3ZPTA 3TL9A 8HVPA 2V13A 5P6SA 1EPPE 1FLHA 5P1VA 2A4FA 4I0JA 3INEA 5HDXA 3SAAA 5P0LA 5P1HA 1GKTA 1SH9A 1Z1HA 2Q3KA 3B7VA 4B05A 1M0BA 5IVRA 2VA6A 2R3TA 1W5VA 1FGCC 2HPFA 2O4KA 4FCOA 5P8EA 4Y3FA 1WBKA 3GGUA 4E43A 2PSGA 1HVLA 5OZWA 5P2VA 3L3AA 5P0EA 2BPYA 2OHQA 2WL0A 2NPHA 2QZKA 3MWSA 3U71A 5P8HA 3O9LA 3IA9A 3QP0A 2I4XA 3OQFA 4Y6MA 3UDQA 4AA8A 1HIHA 4I0GA 4Y3SA 4H3JA 2VNNA 2Q15A 5P82A 5P8UA 5P3PA 4Y5NA 1K1UA 5P25A 1ZSFA 4HZTA 4B72A 2XFJA 1D4LA 4J1HA 5OZBA 3BXSA 3GI6A 4EPJA 3L58A 1XL2A 4Y3RA 5OYUA 2QNQA 4D89A 5P7JA 2PSVA 1SMRA 5ISKA 2F3EA 3O9FA 1MRXA 3OU4B 1MT9A 1VIJA 2H6SA 2ZGAA 5P37A 3LIVA 2VJ6A 3SABA 5P79A 3EKYA 5JFPA 2J9JA 5SXNA 4DJRA 3OQ7A 5SY3A 5P46A 1BIMA 4Y41A 3N3IA 4JOOA 3PI5A 1YTHA 3A2OA 2R5PA 3IVIA 5P0TA 2J9KA 5P81A 4Y3WA 3MXDA 3UDMA 5P5XA 4YOBA 3LHGA 2WEAA 2WEDA 5P19A 5P69A 5KR0A 4DI2A 5P6LA 4Y5LA 5P4TA 3OY4A 2PWRA 3O9BA 1T7KA 3VG1A 2NXLA 1ODWA 4LXMA 4J0TA 5P7SA 5P7VA 3S43A 3UF3A 7UPJA 1SDVA 2QI1A 2VS2A 3APPA 3FIVA 3OUDB 5P6DA 1RPIA 5OYSA 4D83A 1A30A 5P1DA 2I1AA 4FE6A 3KFPA 4N00A 1HVRA 5OYXA 5P40A 4B1CA 1SMEA 5P4BA 3EKPA 5IE1A 3S8IA 1N49A 3FNSA 3Q3TA 1HXBA 4Y3LA 5OZHA 5P3ZA 4RRSA 3NDUA 2RKFA 2AOEA 2OAHA 3VLAA 1IBQA 4QJ7A 3SLZA 1E5OE 5I70A 6FIVA 1KJ7A 5OZ2A 2HB2A 3QS1A 3O99A 4LC7A 5AHAA 4I8WA 3PWMA 4GJ9A 4OBJA 2VA7A 3EKVA 4GZFA 4DPFA 3MSLA 7HVPA 5P3GA 5P4JA 4KE0A 5ISJA 3ER5E 1T7IA 3GGVA 4Y50A 1FG8C 3FNTA 5P1XA 1BBSA 1RNEA 2O40A 5P4EA 3UDYA 3HDKA 1AIDA 1HVCA 4CPXA 4Y5MA 5P7HA 3FSMA 5HDUA 5DR8A 4OBGA 2G94A 5P1TA 2FNSA 4OC6B 2PK5A 3EKWA 2JXRA 4Y36A 4Y3DA 4NJTA 1PROA 1J71A 5P5UA 4DQEA 3HAWA 3VSXA 5P0QA 4UPJA 4B1EA 4RVIA 1PPLE 2QD8A 5DR1A 5P5KA 5P4OA 4QJAA 3DUYA 1AAQA 5F00A 4APEA 1APTE 2JJIA 5P8PA 3SA9A 1AJVA 5P6OA 3OU4A 4QJ9A 5P3WA 3TH9A 4HVPA 5KOQA 5OZAA 5P2GA 5P1ZA 5OZRA 3VF7A 3SKGA 2AOCA 3PVKA 1DMPA 2AVQA 4Y5BA 4Y4EA 3URLA 4I0HA 4AUCA 1C6XA 3PB5A 3SA3A 3SFCA 5P76A 1XDHA 4EXGA 1OEXA 5KQFA 3TPPA 2NXMA 1MTRA 2QI7A 5P6MA 1MESA 4Y3HA 5P6WA 3VSWA 4L7GA 3EM4A 4ER1E 2ZJLA 4Y38A 5HE7A 1B11A 5P1WA 4Y43A 3UDPA 3G70A 3T6IA 2R3WA 1B6JA 1LV1A 1NPWA 3OAGB 5I3VA 2WF3A 1EPRE 4J1EA 5P0SA 2UY0A 5P09A 4U8WA 4ZPEA 5P7GA 4F75A 5P1LA 4LP9A 1HVJA 5P7LA 3CKTA 5HD0A 2WF2A 1NSOA 3OUDA 2QK5A 3HBOA 2G69A 1HBVA 3O9DA 4DH6A 2P83A 1HTEA 3SQFA 2AOIA 5P2FA 4R91A 2O4LA 4ZSRA 3I7EA 1LYAB 4NKKA 5OZ0A 5P2YA 5P1BA 5P80A 1KJFA 3CMSA 3WSJA 2G21A 1B5FB 3VUCA 3QPJA 5OYVA 1HSGA 1SIPA 2ZHVA 5P8IA 4YOAA 3ER3E 5BRYA 2ZJJA 1HEGE 5I3WA 2P3DA 5P8OA 3OGQA 5P7NA 5P2NA 4Y54A 3PM4A 4EJ8A 5P6IA 2RSPA 1ZAPA 4OBFA 4YCKA 1FQ4A 4Y4GA 4Z50A 4GIDA 1LF3A 1RV7A 5P2AA 5P16A 1GNOA 1HTGA 1HVIA 5P7XA 4S1GA 1EC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT9 A;  4Q1W A;  5P7Z A;  3QN8 A;  2QZL A;  3UTL A;  1MEU A;  3PMU A;  2B7F A;  5DQ2 A;  1TW7 A;  1HWR A;  1HEF E;  5OYQ A;  5P4M A;  1KJ4 A;  2FGU A;  4K4P A;  3KYR A;  3PCZ A;  2I0A A;  4H1E A;  5DQ4 A;  4Q1X A;  5OYY A;  2FXD A;  4FSL A;  2QI3 A;  5P6A A;  2VJ7 A;  2O4N A;  3OXV A;  4DQB A;  5I3Y A;  4DJP A;  1YG9 A;  4TRW A;  2WHH A;  2I4Q A;  1XE6 A;  3L59 A;  4RLD A;  4RYC A;  3OQA A;  1EPQ E;  3SA7 A;  2FS4 A;  2QMF A;  2R43 A;  5P6N A;  5P41 A;  3Q70 A;  4EQ0 A;  3KN0 A;  5OZQ A;  1FB7 A;  5P14 A;  4A4Q A;  1UH8 A;  5P4W A;  5P6B A;  3ZOV A;  2NNK A;  3DV5 A;  3GGA A;  5P6Q A;  3UQW A;  4GJ5 A;  2AOG A;  3INF A;  4FAF A;  5P34 A;  2I4D A;  3NSH A;  5P7P A;  5P0F A;  3EL4 A;  2AOD A;  4EWO A;  4M8Y A;  3TOG A;  5P63 A;  3CIB A;  3LIQ A;  3TTP A;  2XFI A;  1MT8 A;  1PSO E;  3T7P A;  1A8K A;  3DK1 A;  5P0N A;  1NH0 A;  5OZF A;  3PWW A;  3OU1 A;  3D1X A;  5OZ4 A;  3Q6Y A;  4Y9W A;  3RSV A;  1HIV A;  5P7R A;  3VCM A;  1EED P;  3OQK A;  2PYN A;  1LEE A;  1YM4 A;  2QD6 A;  3QVC A;  4WY1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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