3EM4A

Crystal structure of atazanavir (atv) in complex with i50l/a71v drug-resistant hiv-1 protease
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic and Structural studies on atazanavir-specific I50L drug-resistant HIV-1 protease mutant
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, U, V
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em4A00
4DQBA 5P0FA 2QNPA 3UDMA 4JPEA 4I0HA 5P0VA 1AJXA 1TW7A 5P39A 1A8KA 3UPJA 4RVJA 4F73A 4Y43A 5IE1A 4J1FA 1FLHA 5BWYA 2FNTA 4TVHA 4DJVA 4LXAA 1BV7A 5P3YA 5P3XA 3VV6A 5P38A 5C9DA 1QS8A 2I4QA 3OXCA 5P2VA 4HLAA 3SAAA 4RROA 3FNUA 3PB5A 2O4NA 5P7CA 4ER4E 1HIVA 5P3VA 2UY0A 2ER7E 5P8IA 5HCTA 1RNEA 3QIHA 4Y3EA 1EBYA 4Y5LA 4Y6MA 3PWWA 3KN0A 4GYEA 4HDFA 4RCEA 3PSYA 3OQKA 2AOFA 2G27A 3IVIA 4FSLA 5P6CA 9HVPA 3LHGA 5P3RA 4BELA 2F3FA 4NJSA 3SO9A 2BPVA 2QI5A 1AM5A 3KFRA 1B5FA 4U8WA 3WZ6A 2OHTA 5P0OA 2ZJJA 3UQWA 3KMYA 4R8YA 4DQCA 5P03A 5P4SA 1QRPE 4Y3DA 1MUIA 4EHCA 1MESA 5P5JA 1J71A 5P8CA 5P2HA 4OC6A 5P02A 5P40A 5OYVA 4J0VA 5P1NA 4DI2A 3PLDA 3UQPA 1B6LA 2Q15A 1MT8A 2IQGA 2AVOA 7HVPA 5P2MA 1FEJC 1SP5A 4I0FA 5P4LA 5HE4A 1GNOA 3D91A 5P6NA 2NXDA 5P86A 4OBKA 2QP8A 1AVFA 2QAKA 2EWYA 3LPJA 1FB7A 1CZIE 1MT9A 4YCYA 4Y3PA 4Y54A 4CPTA 3VSXA 4LBTA 2ZHVA 5P0MA 5OZWA 3OHFA 5P2BA 3GI6A 3OUCA 1QBUA 1DIFA 5P1CA 5P34A 1HRNA 5P0XA 1EPLE 4CPRA 2B60A 4FM8A 4I8ZA 3EKYA 4FL8A 5P8HA 4F75A 1CPIA 5P1XA 2ZJHA 2AVSA 3PM4A 3QP0A 5HDXA 5DR3A 2VA7A 5P53A 3IXKA 1W6HA 4L7JA 5P1DA 1EC3A 3SPKA 2P3BA 4Y35A 4ER2E 5IVQA 2ZJMA 1YM2A 3OADA 2B42A 3KMXA 2R3TA 1YTHA 5AGZA 3CYWA 5P3GA 5JG1A 1HSHA 2IL2A 3QBHA 5P32A 1HEFE 3PVKA 4R93A 4RCDA 4DJOA 5P8OA 1LF2A 5DR7A 3PHVA 5P2LA 5P3AA 3OQFA 2QI0A 4J55A 3AUPA 3PEPA 2QZKA 2FNSA 3TOHA 4I0ZA 3SA5A 5P5YA 5P7JA 1TQFA 1ODXA 5E5JA 3VYEA 4EYRA 2Z54A 4R5NA 2PQZA 4RVXA 5P7BA 4EQJA 4I1CA 5P2UA 5P8NA 4GZFA 5AHCA 3UFNA 3IA9A 2B8LA 4Y5CA 2AVVA 1E82E 3EKXA 5P3BA 5DR4A 5P1EA 5P4TA 3CKTA 4FLGA 4I0GA 5ER1E 3OXVA 5P4BA 4Y3SA 2ZDZA 1LYWB 4Y3YA 3H5BA 3CKRA 2JJJA 4Y5NA 5P0QA 3ST5A 4Z4XA 2R5QA 4DJRA 3VV8A 5P13A 5HE5A 1EAGA 4FGXA 3S45A 3U6AA 4ZE6A 3URJA 1EPOE 5C9FA 3PBZA 1G35A 4B00A 5P0EA 4ZSQA 1AJVA 4Y4XA 3T7XA 1QDMA 3ZPTA 5P2EA 3ER5E 5P49A 1LYAA 4I10A 3EM4A 3NU9A 3S54A 3TPJA 2FGUA 2VIEA 5SXNA 3UFLA 5OYQA 5P4MA 1ZSRA 5P1RA 2RSPA 3R1GB 3L38A 5P4JA 5P7FA 2IENA 2NTRA 2PSVA 4GJ7A 4MC1A 3RTNA 3MSJA 3SQFA 1BIMA 4BFBA 1FG8C 5P20A 4YDGA 3OQ7A 3HW1A 5P08A 3O99A 5P14A 3TOFA 1FKNA 2FDDA 5P57A 5P76A 1SGZA 2VJ6A 5B18A 4Y37A 2FXDA 3WB5A 4B70A 3Q5HA 4Y4BA 3KT2A 2WEAA 1LYBB 1HPOA 5OZCA 4R91A 4YOBA 5P0HA 1BAIA 2A4FA 3Q3TA 3GGXA 3TLHA 4APEA 1HVJA 1SDTA 2PWCA 1IZHA 4PHVA 2CEMA 5P6TA 5P4NA 4KE0A 1GNNA 1IDAA 1WBKA 4B1CA 1EC1A 5OZ2A 1E80E 1SMEA 1PFZA 5P63A 2P3BB 3OQDA 1G2KA 3EL4A 5KQFA 3TL9A 4RLDA 5P28A 3NU6A 2IKUA 3INHA 1KJGA 5P6QA 3IXJA 4CP7A 3EL5A 1JLDA 2HB4A 4GJ6A 5P2CA 4GB2A 3APPA 5P0YA 3D1ZA 3MWSA 4EP2A 5P5DA 3LIXA 3I25A 3BRAA 5CONA 5AH7A 5P61A 1B11A 5P1FA 4RRSA 3VUCA 4FCOA 1XL2A 3DJKA 5P0AA 4Z2ZA 4LHHA 1HIHA 3SA4A 3QROA 1LS5A 2WEDA 3IN4A 5P7GA 3SKFA 2J9JB 3NWXA 1ME6A 1BVGA 4ZPFA 3GI0A 3BUHA 1XL5A 5OZ0A 4PZWA 2BJUA 1ZBGA 3VEUA 4LC7A 1XS7D 5P2GA 2G20A 5P77A 3VLBA 3SACA 1PPKE 3ZMGA 5P51A 5P67A 2QMPA 3OUAA 4COEA 4GJ5A 2OHQA 1XDHA 5P5MA 2FIVA 5J25A 5OYTA 4L7GA 2XYEA 3TNEA 3BGCA 3TPPA 3DOXA 3O9FA 4Q1WA 2RMPA 3VFBA 5OZ7A 2WEBA 5OZJA 2IS0A 3RTMA 4CPSA 5P7LA 4Y3WA 3QVCA 1APWE 2BQVA 2FS4A 5P4OA 1G0VA 3ZKXA 3SA8A 2ZHTA 5DQCA 1C6YA 2PC0A 1YX9A 5P0PA 2WF2A 5SZ9A 3G6ZA 2OHRA 4EP3A 5P6FA 2PWRA 1ENTE 2HS1A 5HU1A 5OZTA 5P4IA 4Y4EA 4Z22A 2G1RA 5EZXA 2F80A 1LYAB 3O9DA 5OZEA 1FQ7A 2AZCA 5P83A 5P8SA 1BDRA 4D85A 5KR2A 3OUBA 2PK5A 5IS4A 4H3GA 4AZYA 2I4DA 4K4RA 4Y5GA 5P2DA 1YG9A 2ZJNA 4J1HA 1K6TA 5P7OA 2NXLA 3INFA 3EL0A 1APVE 5P7HA 5P89A 4MC2A 3K1WA 3OK9A 3PI5A 1E81E 5JODA 3KDCA 5OZDA 3PI0A 5P56A 4Y3TA 3OGPA 1HPSA 1T6GA 4FRKA 2WF0A 2NR6A 3GGUA 3UHLA 4FS4A 3NU4A 5P4HA 3L5FA 5P2RA 1HTRB 4OBZA 1GVUA 4J0ZA 4D89A 5P07A 4HE9A 3UDJA 1MSNA 2R3WA 5P6GA 2FDPA 5OZQA 5IVTA 3JW2A 3GGVA 5P06A 5OZ1A 1KJ7A 4TRYA 5P45A 5P1QA 4I12A 1UH8A 1BVEA 2I0DA 3O9AA 5OYWA 2AVQA 5P8RA 1B6MA 1HBVA 1RV7A 1LV1A 5P85A 1HVSA 2IRZA 2VA5A 5P3SA 5P5HA 1K6VA 2P8HA 2O4SA 3PMUA 4Y53A 4FM6A 2Q54A 3LIVA 2HPFA 5P8PA 5P1UA 3D1YA 3FX5A 1EPME 4QJ8A 2XFJA 3O9EA 5P7UA 3QBFA 1ODWA 4YOAA 1OHRA 4I8WA 1PPLE 5P6IA 2Q55A 1E5OE 2QU3A 4Y57A 3K4VA 5HTZA 5HDUA 4KB9A 5P2JA 3ZOVA 1IZEA 3HAWA 4CPWA 5OZ3A 4FRJA 5P1IA 2I4VA 5P74A 6FIVA 4AUCA 4NJVA 4J0YA 2V11C 5P6SA 5P1SA 5APRE 5P1YA 2IEOA 2IDWA 3RSXA 5P18A 3K5GA 2QD7A 3Q4BA 3QS1A 5I3YA 5P46A 3R0YA 4LXKA 4I0JA 4Y56A 1W5XA 1LYWA 4TRZA 1W5VA 5P1OA 5P5IA 2NXMA 5P29A 5P75A 2AVMA 1KJHA 5P81A 3UCBA 2VJ7A 2R38A 2QZWA 5P6LA 1KJFA 4JOOA 5P6ZA 3KFNA 5P0BA 2IKOA 4L1AB 4CPXA 5P88A 4QGIA 3EKWA 5P8VA 5P6MA 5KQYA 1IZDA 3HVPA 2XYFA 5P3WA 3T7PA 3EM3A 5FIVA 1NH0A 1ZLFA 3HLOA 1SGUA 4ER1E 4YBIA 1EPQE 5P3PA 1SIVA 1D4IA 5DQ2A 3S2OA 3LIQA 1MTRA 2V16C 5P68A 5P36A 3L5DA 4A6CA 2AIDA 5P0WA 4EXGA 3GGAA 5P01A 5P2WA 2JJIA 5OZ4A 5AHAA 1BBSA 1XE6A 5P19A 3VV7A 1APUE 3GI5A 5P3HA 2CEJA 1OD1A 4B05A 5P1GA 1A94A 1W6IA 4Y3RA 4OBZB 5P80A 4QJ2A 1XE5A 2AOHA 4NPTA 5OYYA 3INEA 1LYBA 3I8WA 2HB2A 1IIQA 5P3QA 1DAZC 1HHPA 5P43A 3NLSA 4CMSA 3S56A 1BILA 5P3TA 2PMAA 1DPJA 2QD8A 3EKTA 5P1JA 3K5DA 2FMBA 4RRNA 4FAEA 3OOTA 4Y36A 4AA8A 3QAAA 2VNMA 3UDQA 5P8DA 5IVRA 2BPZA 2F3KA 4OBJA 2ZJLA 4DH6A 3H0BA 1LZQA 3OU4B 4M8XA 4HVPA 3C9XA 5KOSA 3PJ6A 5KQXA 3R0WA 3RSVA 1F34A 3QN8A 2VA6A 2BB9A 4M8YA 5OZXA 5P8MA 2FXEA 4Y45A 5P3ZA 3VF5A 1HPXA 4AMTA 3I2LA 2OHUA 1NPAA 2BKSA 1MT7A 2AOJA 2AODA 1HWRA 5P8FA 1WBMA 3B80A 5P8LA 4XX4A 5E5KA 1HPVA 2J9JA 5P1MA 4ACXA 1EC2A 1YM4A 1N49A 2AZ9A 1T6EX 5P2XA 3TPLA 5P6UA 3CYXA 5P5ZA 2PSUA 5P47A 1YTGA 2JYSA 1EPRE 2BBBA 5P4YA 4YHQA 3UF3A 2VNNA 3O9IA 4H1EA 5I3VA 3U7SA 3HDKA 4WY1A 4GIDA 2ER6E 4RVIA 3I7EA 5COPA 3Q6YA 2HM1A 4I11A 5P30A 3IAWA 4H3IA 5P2KA 3ZKSA 5P1HA 5P8AA 2FDEA 4Y39A 2WF3A 4Y5MA 3UQRA 4Y3QA 4CPQA 4DQHA 2OHPA 2AOCA 2G26A 3N3IA 3NSHA 2WECA 1MRWA 1SDVA 2QNNA 4GJ8A 2BPYA 1C6ZA 1UH9A 4QJ9A 3VYDA 5P33A 5F01A 3NXNA 3OQAA 4FAFA 2UPJA 4B77A 1AAQA 4Y58A 5P8GA 5P4CA 1GVVA 1MPPA 2BKTA 3L58A 5P2ZA 1HEGE 2R9BA 2QCIA 2QNQA 4HA5A 1K2CA 5P8TA 1K1TA 3O9LB 5BRYA 2QZLA 5ISKA 5OZSA 5OZIA 4Z50A 5C9BA 2QHZA 2QI6A 3D1XA 4Y3LA 2WEZA 2IGXA 3OAGB 3TKGA 5P60A 2ZJKA 4Y3NA 3ER3E 2QK5A 3EM6A 5P5NA 3ZKMA 5I70A 5P7NA 3NDWA 5P44A 5P2FA 4Y4AA 3NXEA 4RYCA 4J54A 5P0SA 4X2LA 1Z1HA 3L59A 4YD3A 3UDPA 1SH9A 2RKGA 5OYZA 3S7LA 5P4WA 3BXSA 3A2OA 1HSIA 4U7QA 4F76A 1MRXA 2P83A 1XN2A 4Q1XA 4EXHA 2VIJA 3TKWA 1TCXA 5P3CA 5P6VA 3DM6A 5DQ4A 1M4HA 1T7IA 1W5WA 3HVGA 3S43B 3NR6A 3UQUA 4OBFA 3FSMA 3L5BA 6UPJA 5P0GA 5P2TA 1BDLA 3APRE 4FSEA 4NJTA 4ZSMA 5P1KA 1QBRA 4I0DA 4N00A 5P0KA 3BVBA 2R43A 2I0AA 2QI7A 5P8BA 5P37A 5P5WA 3S7MA 6APRE 5P5FA 4LP9A 4S1GA 5DR0A 4Y47A 1FQXA 2H6SA 5P87A 5P48A 3VG1A 2OAHA 1HVKA 4J1KA 1YTJA 3VLAA 5P3MA 3CMSA 5COOA 4BEKA 5P4AA 5P1VA 4PYVA 3LZSA 5EZZA 4Y5BA 4B1DA 4J1CA 5KAOA 1EBZA 5DR8A 1GVTA 5P10A 4YBFA 5HDZA 3NUJA 5P0TA 3OUDB 5TOLA 1HTEA 2HS2A 4EPJA 3D3TA 4Y5KA 5AH9A 3VF7A 1HVIA 5P65A 2OHMA 3PCWA 1YTIA 4OBGA 1D4SA 1EEDP 4B1EA 4Y44A 4YDFA 1LEEA 4DJUA 5OZ9A 1HSGA 1XN3A 1VIJA 1ZJ7A 4RGHA 5F00A 3M9FA 3NDUA 5P6WA 5OYXA 4ZLSA 2NMZA 5P12A 1PROA 2V10C 5P64A 4YCKA 5OZYA 2VIYA 3VFAA 5P7RA 1ZPKA 5DQ5A 1G6LA 5P0JA 3SM2A 1EBKC 1ZTZA 2XFKA 3EKVA 5P4EA 3EKPA 3BC4A 1GVWA 2G94A 4AA9A 3R4BA 5P2OA 5P25A 5P6JA 4L1AA 1HOSA 1IVQA 1YT9A 4Q5MA 5OZ5A 1BDQA 4B78A 1F7AA 4Y38A 1K6PA 2R5PA 4A4QA 4J1EA 3WB4A 5ENMA 5OZVA 2CENA 2Q11A 3QRSA 2PH8A 1BXQA 3FV3A 1IVPA 1K1UA 5P5AA 4Y5EA 4NKKA 2F81A 4JP9A 3F9QA 5P2YA 2ER0E 4Y41A 1BWBA 2UXZA 5DQ1A 5P7AA 3SA9A 5P4PA 4YA8A 1META 1PSAA 1FFFC 1MSMA 3IN3A 2NMYA 3D20A 1T7KA 4OD9B 5OZPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DQB A;  5P0F A;  2QNP A;  3UDM A;  4JPE A;  4I0H A;  5P0V A;  1AJX A;  1TW7 A;  5P39 A;  1A8K A;  3UPJ A;  4RVJ A;  4F73 A;  4Y43 A;  5IE1 A;  4J1F A;  1FLH A;  5BWY A;  2FNT A;  4TVH A;  4DJV A;  4LXA A;  1BV7 A;  5P3Y A;  5P3X A;  3VV6 A;  5P38 A;  5C9D A;  1QS8 A;  2I4Q A;  3OXC A;  5P2V A;  4HLA A;  3SAA A;  4RRO A;  3FNU A;  3PB5 A;  2O4N A;  5P7C A;  4ER4 E;  1HIV A;  5P3V A;  2UY0 A;  2ER7 E;  5P8I A;  5HCT A;  1RNE A;  3QIH A;  4Y3E A;  1EBY A;  4Y5L A;  4Y6M A;  3PWW A;  3KN0 A;  4GYE A;  4HDF A;  4RCE A;  3PSY A;  3OQK A;  2AOF A;  2G27 A;  3IVI A;  4FSL A;  5P6C A;  9HVP A;  3LHG A;  5P3R A;  4BEL A;  2F3F A;  4NJS A;  3SO9 A;  2BPV A;  2QI5 A;  1AM5 A;  3KFR A;  1B5F A;  4U8W A;  3WZ6 A;  2OHT A;  5P0O A;  2ZJJ A;  3UQW A;  3KMY A;  4R8Y A;  4DQC A;  5P03 A;  5P4S A;  1QRP E;  4Y3D A;  1MUI A;  4EHC A;  1MES A;  5P5J A;  1J71 A;  5P8C A;  5P2H A;  4OC6 A;  5P02 A;  5P40 A;  5OYV A;  4J0V A;  5P1N A;  4DI2 A;  3PLD A;  3UQP A;  1B6L A;  2Q15 A;  1MT8 A;  2IQG A;  2AVO A;  7HVP A;  5P2M A;  1FEJ C;  1SP5 A;  4I0F A;  5P4L A;  5HE4 A;  1GNO A;  3D91 A;  5P6N A;  2NXD A;  5P86 A;  4OBK A;  2QP8 A;  1AVF A;  2QAK A;  2EWY A;  3LPJ A;  1FB7 A;  1CZI E;  1MT9 A;  4YCY A;  4Y3P A;  4Y54 A;  4CPT A;  3VSX A;  4LBT A;  2ZHV A;  5P0M A;  5OZW A;  3OHF A;  5P2B A;  3GI6 A;  3OUC A;  1QBU A;  1DIF A;  5P1C A;  5P34 A;  1HRN A;  5P0X A;  1EPL E;  4CPR A;  2B60 A;  4FM8 A;  4I8Z A;  3EKY A;  4FL8 A;  5P8H A;  4F75 A;  1CPI A;  5P1X A;  2ZJH A;  2AVS A;  3PM4 A;  3QP0 A;  5HDX A;  5DR3 A;  2VA7 A;  5P53 A;  3IXK A;  1W6H A;  4L7J A;  5P1D A;  1EC3 A;  3SPK A;  2P3B A;  4Y35 A;  4ER2 E;  5IVQ A;  2ZJM A;  1YM2 A;  3OAD A;  2B42 A;  3KMX A;  2R3T A;  1YTH A;  5AGZ A;  3CYW A;  5P3G A;  5JG1 A;  1HSH A;  2IL2 A;  3QBH A;  5P32 A;  1HEF E;  3PVK A;  4R93 A;  4RCD A;  4DJO A;  5P8O A;  1LF2 A;  5DR7 A;  3PHV A;  5P2L A;  5P3A A;  3OQF A;  2QI0 A;  4J55 A;  3AUP A;  3PEP A;  2QZK A;  2FNS A;  3TOH A;  4I0Z A;  3SA5 A;  5P5Y A;  5P7J A;  1TQF A;  1ODX A;  5E5J A;  3VYE A;  4EYR A;  2Z54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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