3EM6A

Crystal structure of i50l/a71v mutant of hiv-1 protease in complex with inhibitor darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic and structural studies on atazanavir specific I50L drug-resistant HIV-1 protease mutant.
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em6A00
4Y4WA 5P2RA 3FNUA 4LXMA 3R2FA 1B6KA 2HB4A 5P0RA 1WKRA 4YD3A 5P6XA 5HE5A 5P1CA 7HVPA 5DR4A 4BFDA 5IVSA 1G6LA 5JG1A 3TOFA 4Y5CA 5P58A 4Y3RA 5ENKA 1AJXA 5SY3A 4B77A 4RCFA 1DAZC 3PEPA 3ER5E 2F81A 4CP7A 4DQGA 4OC6B 4Y4XA 3UHLA 4J0PA 2HPFA 5OZLA 5P7JA 3H0BA 5P67A 4DJWA 1SGZA 3I25A 4I0DA 2QU2A 5P3TA 3QRSA 5P1OA 1IVQA 2AOHA 4CPTA 1W6HA 5P6DA 3QI1A 2AODA 2IL2A 5P6KA 1EBYA 2FMBA 2ZJLA 3OUAA 4RVXA 4ER2E 5P45A 5P3NA 2RENA 4DPFA 2P3CA 3INHA 4QJAA 2OHMA 3B80A 3ECGA 4H1EA 3PGIA 5P4PA 3O9LA 3K5FA 3L5CA 4YHQA 4B70A 3QRMA 5P1BA 2EWYA 3FV3A 3OQDA 3I2LA 3GGVA 5P5FA 5KQZA 4D85A 4L6BA 3CIDA 5P2WA 1ZP8A 2NMYA 2VJ9A 3NU6A 1BIMA 3D91A 5AGZA 4FAFA 4AA9A 3L5BA 1CMSA 4ZSMA 2WF0A 5OZNA 1MIQA 1GVVA 5P2HA 2QHYA 3APRE 3PLLA 5DPZA 4Y58A 5P6VA 4CMSA 5P3IA 5P42A 5P61A 5P1RA 3K4VA 4D88A 1AAQA 4LXKA 1KJ7A 5P6YA 4OD9A 2BKSA 5P33A 3QIHA 4LP9A 3S43A 1APUE 5P50A 5P8LA 4GJ8A 5P0FA 5P8UA 2NMZA 3TPPA 4ZEAA 3G72A 2MIPA 3BUFA 1GVWA 3T3CA 1EAGA 3LPIA 3LIVA 1SMRA 5P64A 5P25A 4J0ZA 5P51A 5P2EA 2ZJJA 5P7NA 2R5PA 4DJVA 4ER1E 3T7XA 5P3VA 1PSNA 4Y6MA 3R1GB 4Y5NA 3GGUA 4H3FA 5OYZA 4RYGA 3ZKQA 1MVPA 4EXGA 3O9HA 2I0AA 1J71A 2A4FA 4Y5MA 3NUOA 3LITA 5I3YA 4DJQA 1FMBA 4Z4XA 2QD6A 1DP5A 2WF4A 3NYGA 5DQ2A 5P02A 4FGXA 3TOGA 3KFSA 1B5FA 5OZIA 5P7LA 1FEJC 2VIEA 5P5UA 2O4KA 5DQ1A 3B7VA 3SKGA 1E5OE 5P09A 4I10A 3JW2A 2IS0A 2PYNA 4Y3HA 3OY4A 5P7KA 2VA5A 5P08A 5P7YA 5COPA 2AOCA 1HVRA 3CKRA 4Y3ZA 3TNEA 1KJGA 5P0TA 4I0JA 2OF0A 1T7IA 3JVYA 2FNSA 3UDNA 3IXJA 4RVJA 8HVPA 3D1ZA 2WKZA 1FB7A 4RGHA 1TCXA 1QRPE 4EWOA 5OZYA 1ME6A 3VYFA 1XE5A 1TSUA 4Y5GA 3URLA 4QGIA 2QCIA 2AZCA 4YCTA 5P2YA 1K1UA 5P0UA 4ZPEA 5P15A 5P7ZA 5P3YA 5P4IA 1KJFA 2CEJA 5P4KA 5OZFA 5OYXA 2OHQA 5P49A 4I8ZA 5P6WA 4FRIA 2FDEA 4J17A 1RL8A 3PCZA 4OD9B 3TLHA 4FM7A 3PM4A 4K9HA 2A1EA 2NXMA 2ZGAA 5OZSA 1EC0A 3WSJA 5P6HA 5P4DA 1EPLE 4WY6A 4EJKA 5AH8A 3ZKMA 3O9FA 4GJDA 3MWSA 3OTYA 4AUCA 1HPXA 1K2BA 4GJ7A 4Y4DA 3BHEA 3OOZA 4FRSA 1D4LA 1YT9A 3T7QA 4R93A 3K4VC 4TVHA 1EBZA 4J0TA 4EJLA 4OBJA 4OBZB 3N3IA 5P1DA 1ZBGA 1BBSA 2G1NA 4RLDA 1QBUA 4J0VA 4Y4UA 2O4PA 3RSXA 2FGUA 3LPKA 2P3BA 2NXLA 5P20A 3EKYA 4JPEA 2F3EA 1QDMA 1UH9A 1D4YA 5P8QA 1YTGA 3EL1A 4J0YA 2I4QA 3HVGA 4K4QA 1HVCA 5P7QA 5KQYA 3VEUA 5P35A 5P31A 2O4SA 4COEA 3ST5A 4GJ9A 2FDPA 3OQ7A 5P7OA 3QVIA 5P8SA 5ENMA 1KJ4A 2SAMA 3NWQA 3NSHA 5P07A 4I12A 2IKUA 1IZHA 1ODYA 4I8WA 5P5RA 5P1LA 3K5CA 1OEXA 4Y3SA 5P4FA 1K1TA 4JP9A 4GJAA 4D83A 2WEDA 4Y4JA 3TKGA 3GGAA 3TKWA 5P00A 1ER8E 5P2UA 5P80A 3EKXA 4J1FA 1OEWA 1IZEA 3OXXA 5OZ1A 5P3HA 4PZWA 2QNNA 1HBVA 3S2OA 1W5YA 3EKPA 1EPOE 3QVCA 4H3GA 5I3WA 1FQ5A 5P01A 2I4VA 2AVVA 1IDBA 3ZKNA 2G27A 2G1SA 1HTEA 1CPIA 3NWXA 5P3BA 4Y43A 4DUSA 3VV6A 4CPQA 2RKFA 3QP0A 3TOHA 5P41A 3KT2A 2QD7A 5P0IA 1C6XA 1ZJ7A 2AOJA 2PH8A 2O4NA 5F01A 1FQ4A 1AVFA 5P4ZA 2HS1A 4KB9A 1EPPE 4Y5LA 4IVSA 4YD6A 4ZLSA 5HU0A 5P55A 3G70A 3SLZA 4LBTA 3TH9A 3WB4A 1W5WA 5OZXA 3CMSA 1HVKA 2QNPA 5HE4A 3Q4BA 2ER9E 3L3AA 5DR8A 2PWRA 2QI5A 3UDQA 1NSOA 4A6CA 4U8WA 5P2JA 2P4JA 5OZWA 2BKTA 3TPJA 4WY1A 2OHKA 5P0BA 2ER7E 5P7PA 4Y51A 4DH6A 4S1GA 5APRE 5P8KA 2OHRA 2QK5A 5P3ZA 4XX3A 4Q1WA 3UQXA 5P1FA 2P3BB 5P6UA 2QZLA 5P7GA 1AZ5A 4ZSRA 5I70A 5E5KA 4R5NA 1SIPA 4DJXA 1ZSFA 1HOSA 3UDPA 4K4RA 1XDHA 4RROA 5OZ9A 3EM4A 2PC0A 5P7EA 2WHHA 1AIDA 5P38A 4MC9A 5P37A 3DCRA 4GJBA 4ER4E 4JECA 5P0WA 5P2GA 3VV8A 1JLDA 2F3KA 3UTLA 5HDZA 2QI6A 4HLAA 4Y3WA 3APPA 3DV5A 5JFUA 4Y3GA 1IBQA 1Q9PA 2OHLA 2PH6A 5P4YA 3RU1A 3OU1B 1YTJA 5C9DA 5P5EA 5P4SA 4Y36A 1SDUA 4L7HA 2Q54A 3T11A 2QZKA 5OYSA 3OHFA 3OAGA 1K2CA 4GJ6A 1Z1HA 5DQCA 4Y3NA 4NPTA 3SKFA 4A6BA 5P0AA 5P1VA 1N49A 5P59A 5OZ5A 2FLEA 5P8HA 5I3VA 5P63A 1HPVA 2XFKA 5HDXA 3BUGA 5HVPA 3O9AA 2OHPA 4Y35A 1AXAA 2IENA 1F34A 1Z1RA 3EC0A 1ZPKA 5OZJA 4YBFA 3OU3A 2NNKA 1DPJA 5P8VA 4B72A 5P2CA 2NTRA 3TL9A 3KDDA 4PPHA 3ZLQA 3URIA 2QMDA 3PBDA 3LZYA 4LC7A 1ZTZA 5AHAA 2Q64A 3SM1A 5KR1A 1AJVA 1HTGA 3KN0A 2WF1A 5P8RA 4EYRA 4QLHA 3SA4A 4GMIA 5P77A 5P23A 3OWNA 3L5EA 3PSGA 5P2VA 5C9BA 5P2BA 3PCWA 4MC1A 1BDQA 2ZJMA 2ZHRA 3INDA 3O9DA 4D89A 2UXZA 3ER3E 4J1EA 1APTE 5P0ZA 1HVJA 1ZLFA 3Q5HA 2WEAA 3S54A 4Z22A 3IXOA 5P53A 4JPCA 2IDWA 1LZQA 3O9BA 1NPAA 3EKQA 4TRWA 5P6PA 3VSXA 1WBKA 4Y4GA 5P1YA 5P70A 5P7SA 5DGUA 4EJ8A 3PI5A 1GVTA 3S45A 3WB5A 5P0MA 3IXKA 5P6QA 5P0KA 4Y3LA 3NDWA 1OD1A 5P7FA 4BELA 1EC1A 5P43A 3OHHA 3HW1A 4EJDA 5OZQA 5P24A 4EP2A 1LYAB 1APVE 3BVAA 3NU9A 3U6AA 2QMPA 5P2QA 1A8GA 5P8IA 3FKTA 1MESA 3SA9A 3UQPA 1QBRA 3UQUA 3T6IA 4NJSA 1RQ9A 4FCOA 4OBGA 4FE6A 4LL3A 2J9KA 4YCYA 3KDCA 4GYEA 2VIYA 5P0OA 1HWRA 1W51A 2WF2A 3PI0A 5P7MA 2BPVA 5P68A 2Q15A 1VIKA 5P7BA 5P8CA 5DR7A 1FG6C 2V16C 2I4WA 3OAGB 3FSMA 3QBHA 5P8JA 5P4EA 1B11A 3KMXA 3ZPSA 6UPJA 1ENTE 5P2SA 1LYBA 2V00A 3SQFA 5JFPA 1PSOE 1FQXA 3HAWA 5P32A 5AHBA 5P6ZA 3GI6A 4APEA 5OYVA 5P69A 2ZJIA 1LYWA 3RVIA 2VKMA 5P34A 4ZIPA 2P83A 2WJOA 5HD0A 2JE4A 2PWCA 2R5QA 5P17A 1PPKE 1HVIA 3HDKA 5SY2A 1XL2A 1FFFC 3DUYA 5OZHA 4DJRA 2FXEA 4K8SA 5P5BA 3VV7A 4OBZA 5P5TA 4YA8A 3ZKSA 3RTNA 3DK1A 5P5JA 1MTRA 5HTZA 2ER0E 2BPYA 5P11A 4QJ7A 5T4SA 2AOEA 1B6LA 3D3TA 4H3IA 1HIHA 2VJ7A 3OXCA 5P5HA 1A9MA 5ER1E 2HPEA 1FG8C 5P8NA 4DV9A 3PWMA 3S85A 2OHSA 1FIVA 3KT5A 2AVOA 5IVRA 2XFIA 2RSPA 4J1KA 1BAIA 5P1PA 1Z8CA 4B78A 3N4LA 5DGWA 3LIQA 2JXRA 5P4MA 3UDJA 3UFNA 4FIVA 2HB3A 3O9CA 3OTSA 5P4VA 2WECA 2P3DA 4FRJA 2BQVA 3WZ7A 1YX9A 2FDDA 4DQEA 1PROA 5P5GA 3SM2A 1BXQA 5P3WA 2J9JB 4B0QA 3CICA 3UDYA 5P1KA 1LS5A 1MSMA 4FL8A 5P79A 5P3RA 5P0NA 5KAOA 5P3AA 5IVQA 5OZVA 4EXHA 4UPJA 3OXVA 4Y3FA 1GNOA 1QBSA 4R91A 5DQ4A 4KE1A 2G69A 4Z50A 3UPJA 4YD5A 4CPUA 2OHUA 1DW6C 5HDUA 5AH7A 5P4GA 5P28A 1B6JA 4FLGA 4I0FA 4CKUA 4CPXA 5P4NA 4Y3TA 1LYBB 1AM5A 1RNEA 2B7FA 4YDGA 5P5LA 2R38A 4YD4A 5P5ZA 1SP5A 4AZYA 5P03A 2QI7A 5P1EA 5P3UA 2FGVA 5OZ2A 1HVSA 3OQFA 1LYWB 1TW7A 3I7EA 4EHCA 3VCMA 3K5DA 3NDUA 3VYEA 4RCDA 2QU3A 2ZDZA 3C9XA 5P26A 1KZKA 1MT8A 4X2LA 3EL0A 5P5MA 5P5YA 3EM6A 3KFNA 1W6IA 5P4TA 2APRA 4DPIA 4DI2A 3H5BA 5P1ZA 1MRXA 2V13A 1CZIE 5P18A 1C70A 5OZ3A 3LZUA 5P12A 4FSLA 3PMYA 2I0DA 3U7SA 5P60A 1FLHA 4ZSQA 4FM8A 3FNSA 3PB5A 5OZUA 3DV1A 4CPSA 4Y4AA 5P0CA 5OZRA 1M0BA 5P3KA 5P2FA 5OZMA 3R0WA 2B60A 2XFJA 5KR2A 4ZPGA 3OK9A 1XN3A 2ER6E 5DR0A 1RPIA 1T6EX 4KUPA 2IRZA 1UH7A 5P3JA 3VF5A 5P71A 5CLMA 5P5AA 1YG9A 4HEGA 3DM6A 1BILA 5P1GA 1XE6A 3PWWA 5P7DA 2QI3A 2PMAA 1NPVA 1SH9A 5SXNA 4I0ZA 3Q70A 4NJVA 2AZ9A 4L1AA 4M8XA 5OZ8A 5OYTA 3SABA 5F00A 3L5DA 1XL5A 5P5OA 2OHTA 2ASIA 5OZOA 1A8KA 3KMYA 2G94A 2WL0A 3IAWA 1UPJA 3KFRA 3OU1A 3EXOA 3UDRA 4Y50A 5P4CA 4Y3YA 5P6FA 1FQ7A 5P88A 3WZ8A 3RTMA 3SA6A 5P1WA 3S56A 2BBBA 4L7JA 5DQ5A 4Y4BA 5KR8A 3OGPA 5P8OA 5P57A 3SAAA 2ZHSA 4YOBA 2QHCA 4Y54A 1EPME 1UH8A 2PQZA 2G22A 2QMFA 3PVKA 2V12C 3MSLA 5P2IA 2QMGA 1RV7A 1FF0C 3ZPUA 1GVUA 1VIJA 5I3XA 1IDAA 1FQ8A 4I0GA 3ZMGA 5P6IA 1W5XA 3IVHA 1HPSA 1BV7A 3ZL7A 5P6JA 4BEKA 4Y5EA 5OZCA 3UDMA 5P7HA 4FM6A 3BGCA 2V10C 3PLDA 3VG1A 1TSQA 1HRNA 3KYRA 4HZTA 5P8PA 5P4HA 3OGQA 4HDFA 2CENA 2Q11A 5P1SA 3HLOA 4DJOA 3LIZA 4Y37A 1PSAA 5COOA 1NPWA 5P4UA 9HVPA 2O40A 3UQWA 5C9FA 3F9QA 5P7IA 5P05A 1T7JA 4YD7A 3D20A 2AZBA 4FS4A 5P7WA 4I1CA 4Y45A 2Z4OA 4GZFA 5P7UA 1BWBA 3LINA 5ISJA 4GJCA 5IE1A 5P27A 3NUJA 4HA5A 3VFBA 4Y47A 4Q5MA 2VIJA 5P83A 2NNPA 3GGXA 6FIVA 5OYRA 2G1RA 2V11C 2AVQA 5PEPA 2QZWA 1IZIA 2NR6A 1DMPA 1EEDP 1C6YA 2VNNA 4B05A 4F75A 1EBKC 1HEFE 4X7IA 5P2DA 3O99A 5P56A 5P29A 3PSUA 5P5DA 3GI4A 1HVLA 3M9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4W A;  5P2R A;  3FNU A;  4LXM A;  3R2F A;  1B6K A;  2HB4 A;  5P0R A;  1WKR A;  4YD3 A;  5P6X A;  5HE5 A;  5P1C A;  7HVP A;  5DR4 A;  4BFD A;  5IVS A;  1G6L A;  5JG1 A;  3TOF A;  4Y5C A;  5P58 A;  4Y3R A;  5ENK A;  1AJX A;  5SY3 A;  4B77 A;  4RCF A;  1DAZ C;  3PEP A;  3ER5 E;  2F81 A;  4CP7 A;  4DQG A;  4OC6 B;  4Y4X A;  3UHL A;  4J0P A;  2HPF A;  5OZL A;  5P7J A;  3H0B A;  5P67 A;  4DJW A;  1SGZ A;  3I25 A;  4I0D A;  2QU2 A;  5P3T A;  3QRS A;  5P1O A;  1IVQ A;  2AOH A;  4CPT A;  1W6H A;  5P6D A;  3QI1 A;  2AOD A;  2IL2 A;  5P6K A;  1EBY A;  2FMB A;  2ZJL A;  3OUA A;  4RVX A;  4ER2 E;  5P45 A;  5P3N A;  2REN A;  4DPF A;  2P3C A;  3INH A;  4QJA A;  2OHM A;  3B80 A;  3ECG A;  4H1E A;  3PGI A;  5P4P A;  3O9L A;  3K5F A;  3L5C A;  4YHQ A;  4B70 A;  3QRM A;  5P1B A;  2EWY A;  3FV3 A;  3OQD A;  3I2L A;  3GGV A;  5P5F A;  5KQZ A;  4D85 A;  4L6B A;  3CID A;  5P2W A;  1ZP8 A;  2NMY A;  2VJ9 A;  3NU6 A;  1BIM A;  3D91 A;  5AGZ A;  4FAF A;  4AA9 A;  3L5B A;  1CMS A;  4ZSM A;  2WF0 A;  5OZN A;  1MIQ A;  1GVV A;  5P2H A;  2QHY A;  3APR E;  3PLL A;  5DPZ A;  4Y58 A;  5P6V A;  4CMS A;  5P3I A;  5P42 A;  5P61 A;  5P1R A;  3K4V A;  4D88 A;  1AAQ A;  4LXK A;  1KJ7 A;  5P6Y A;  4OD9 A;  2BKS A;  5P33 A;  3QIH A;  4LP9 A;  3S43 A;  1APU E;  5P50 A;  5P8L A;  4GJ8 A;  5P0F A;  5P8U A;  2NMZ A;  3TPP A;  4ZEA A;  3G72 A;  2MIP A;  3BUF A;  1GVW A;  3T3C A;  1EAG A;  3LPI A;  3LIV A;  1SMR A;  5P64 A;  5P25 A;  4J0Z A;  5P51 A;  5P2E A;  2ZJJ A;  5P7N A;  2R5P A;  4DJV A;  4ER1 E;  3T7X A;  5P3V A;  1PSN A;  4Y6M A;  3R1G B;  4Y5N A;  3GGU A;  4H3F A;  5OYZ A;  4RYG A;  3ZKQ A;  1MVP A;  4EXG A;  3O9H A;  2I0A A;  1J71 A;  2A4F A;  4Y5M A;  3NUO A;  3LIT A;  5I3Y A;  4DJQ A;  1FMB A;  4Z4X A;  2QD6 A;  1DP5 A;  2WF4 A;  3NYG A;  5DQ2 A;  5P02 A;  4FGX A;  3TOG A;  3KFS A;  1B5F A;  5OZI A;  5P7L A;  1FEJ C;  2VIE A;  5P5U A;  2O4K A;  5DQ1 A;  3B7V A;  3SKG A;  1E5O E;  5P09 A;  4I10 A;  3JW2 A;  2IS0 A;  2PYN A;  4Y3H A;  3OY4 A;  5P7K A;  2VA5 A;  5P08 A;  5P7Y A;  5COP A;  2AOC A;  1HVR A;  3CKR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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