3ER3E

The active site of aspartic proteinases
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Active Site of Aspartic Proteinases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 78
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1991-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3er3E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3er3E01
1SBGA 5P5WA 1T3RA 4GZFA 3OQAA 2I1AA 4E43A 3DCKA 5ER2E 4ZPFA 2QI7A 1QBSA 4CMSA 5P6DA 5OZWA 4HZTA 5P1NA 3S7LA 2H6TA 2AZBA 3SA9A 2I4UA 5P0MA 5P1FA 2QMPA 3QROA 5P2BA 3SM1A 5P5QA 4EHCA 1PSAA 1EPOE 2G94A 5P7HA 4J55A 2ZHVA 3VF3A 5OYQA 3BGBA 5P4GA 1B5FB 4EQJA 2IRZA 5P6AA 5P80A 2ZJHA 4X2LA 3CIDA 2RENA 3OXXA 2FXDA 5P0NA 5P43A 1K6VA 4YD6A 1FF0C 5P20A 4YA8A 5P6RA 3VYEA 2NXMA 4Y4BA 4Y51A 1APTE 2NXLA 2FDDA 3PLDA 3SA4A 3NU5A 5COKA 2WF0A 2ER9E 3O9BA 4Y3GA 4CPTA 1ZLFA 1W5VA 2PQZA 5P1TA 1M0BA 3Q4BA 2OF0A 2P3DA 5P4MA 5P3QA 5P63A 3PVKA 5KQYA 2IGYA 3EMYA 4QJ2A 1D4HA 2NTRA 4MC6A 4Y56A 5P6TA 5P0IA 5P31A 4Y4GA 4JPCA 2OAHA 3RSXA 2AZ8A 3QRSA 2QK5A 5P7BA 1JLDA 3IXOA 5P3FA 4YBIA 3GGUA 5OZ0A 4Y3PA 3PMYA 3L3AA 3EKYA 3UDMA 2Q55A 4HE9A 4F75A 5E5KA 5IS4A 2JYSA 3NR6A 3O9AA 4J0VA 3QI1A 5OZPA 4I0HA 2QAKA 4OBHA 2O4LA 1SH9A 2AVVA 3KDBA 5P7FA 1LZQA 3SKFA 4Q1NA 5P40A 4RYCA 1DMPA 1FQ6A 3GI5A 5P0WA 2F3EA 4L7GA 5P7OA 5ENMA 5P7MA 2FGUA 3NUJA 3S43A 3LZUA 3OAGB 2OHSA 5P3DA 1TQFA 2I4WA 3ZOVA 4TVGA 4YE3A 1KJFA 4MC1A 4DPFA 2WKZA 5OYZA 3CKRA 3FSMA 5P3HA 1E81E 5CLMA 5P57A 4D83A 4I0JA 5P84A 1XE5A 5DR3A 5P4HA 5P3IA 5P41A 5P2VA 3FNTA 3L59A 3PSUA 2A1EA 3T6IA 4UPJA 1ZPAA 5P3LA 3GGAA 1GVVA 4YBFA 3BUHA 4Y43A 2HIZA 5P12A 3I8WA 5OZ1A 4DI2A 4FAFA 4ACXA 5P4JA 5B18A 5P0BA 1EBYA 2ZGAA 5P38A 4N00A 4FRSA 4QLHA 3UHLA 1DPJA 1HVHA 5P3BA 5P71A 5P64A 3TL9A 4Y4WA 5C9BA 1ZSRA 1EPQE 5DPZA 5P4QA 5OZFA 1T7IA 5P08A 5P5CA 4R91A 3O9GA 5P5SA 3CKPA 4DJQA 5P28A 3KN0A 3MXEA 5OZ7A 5P8RA 3HBOA 5P6FA 1HRNA 4RYGA 5P65A 5P5OA 2MIPA 1T6GA 1QDMA 5P5BA 4YOBA 5T4SA 5P8GA 1FQ5A 3L58A 1K6TA 1G0VA 2QP8A 5P82A 3INHA 2WEAA 2QI4A 5P02A 3VCMA 4HEGA 5J25A 1YG9A 3R1GB 3ZLQA 3BGCA 1SMRA 2ZYEA 4Y3DA 3NU6A 3T11A 3OQDA 3BUGA 1OEXA 5DQ5A 3UDHA 3GW5A 4RGHA 3K5FA 5P3VA 1N49A 3PSGA 4OBDA 2I4DA 5P26A 1SGZA 4YCTA 5P5PA 2QCIA 1DAZC 3KFPA 4Y38A 1LYAA 4EXHA 3R0WA 3HLOA 4J5JA 5P3UA 4Z22A 3SFCA 3QP0A 2ZHSA 5HVPA 4L1AA 5OYWA 3QVCA 3APRE 4DJWA 1K6CA 5DQ1A 1WBMA 3VYFA 2JJJA 5P3AA 3VV6A 4I0IA 7UPJA 3S43B 3L5FA 2ZHTA 2ANLA 3NXEA 3PBZA 1CMSA 3DOXA 3LNKA 4B05A 1BDLA 2V13A 4RCEA 3VLBA 5HE7A 5P0OA 4Y50A 3CICA 3OTSA 5P8PA 4Q1XA 2VJ6A 1EC1A 3PEPA 4RVIA 3OADA 2R9BA 5P88A 1GVWA 3JW2A 5P1DA 1GNMA 3IVHA 5P27A 4YCYA 2IEOA 2WF3A 5P48A 3NDUA 2QNPA 5P0TA 4CPRA 5P6CA 3HVGA 4QJ9A 2PH8A 2P3CA 3IVIA 3LIVA 1EPRE 4Y5EA 3ZKNA 4Y39A 4Y53A 5P2TA 5P10A 1K2BA 4Y54A 5P15A 5P3MA 3ZPUA 2AQUA 3PSYA 1SDVA 5ENKA 5P2QA 3EKVA 5KQFA 1B11A 4JOOA 4Y4DA 2FDEA 5P1OA 5P3TA 5P4RA 1BIMA 1XDHA 5OZIA 5P7VA 5DGUA 5DGWA 1MSNA 3FKTA 3K4VA 5P0XA 5P4NA 3OY4A 4DQCA 5P3YA 4BEKA 5P2HA 4Y3TA 5HDZA 1MSMA 5HDXA 4I12A 4Y37A 2R8NA 4WY6A 4X7IA 2FS4A 4Y5CA 1RPIA 4FGXA 5I3XA 3IN4A 4K4QA 4R8YA 2FLEA 1MT9A 5P33A 1M43A 4CPXA 4R93A 3DK1A 3Q3TA 2QNNA 3Q6YA 5TOLA 3S45A 3ZKQA 5OZ8A 3S56A 5DR0A 5P87A 5P72A 1LF3A 1NPWA 5OZSA 1FKNA 3UFNA 2Q11A 4DV9A 2VA5A 2P3BA 2BPYA 4FSLA 1EC0A 2JE4A 4I0DA 5OYVA 1APWE 1SIPA 3LZSA 5P39A 4RRSA 4OBJA 3FV3A 2BJUA 4YDGA 2AVQA 4KE1A 3HD8A 4OBGA 4BFDA 1RQ9A 1EPME 1MT8A 1QBUA 3K1WA 5P4EA 5OZTA 4B1EA 2O4KA 1FIVA 5IVQA 5P8IA 4J1KA 3ZKMA 1IZEA 1CPIA 4JECA 3OQ7A 3EKQA 5OZMA 1LYAB 1RL8A 4K4RA 2QZWA 3NWQA 4YDFA 5JG1A 1BV7A 5P1WA 5I3WA 4WTUA 4A6CA 5P1UA 1IDAA 3BHEA 4L1AB 1HVSA 3KT5A 1E80E 1HVRA 4PZXA 2VIYA 4HVPA 4NJSA 1Z1RA 5P4PA 4IVTA 5P6YA 2HS2A 1HEGE 3D1YA 5P1HA 2QMDA 5OZOA 2O4PA 3GGVA 5P5IA 5HD0A 1APVE 3DV1A 5F01A 3RSVA 4Y4ZA 5P00A 4FRIA 4J1IA 5OYYA 5P6VA 4Z2ZA 5P2JA 5P7RA 3OTYA 4M8YA 5P6KA 5P8EA 5P13A 3LINA 3H5BA 4Y3RA 5P8VA 2VNMA 6FIVA 4HDPA 3HVPA 4YCKA 2QHZA 3UDKA 5P59A 1WKRA 3NXNA 5P53A 5P86A 2OHLA 1IVPA 1BDRA 2PYMA 5JFUA 1FMBA 2VS2A 3R4BA 3VF5A 2AZCA 1Z8CA 5P1EA 2WEBA 4Y3EA 1YT9A 3HAUA 1TZSA 1D4YA 5DR1A 5P7TA 1K2CA 2APRA 3KA2A 1XE6A 1LF4A 5P5XA 1BXQA 4DJYA 5I3YA 3QRMA 5COPA 5P1GA 1HSGA 4RCFA 3EL9A 1A94A 5P5LA 5P7NA 3KM4A 5P4FA 3H0BA 1HVCA 2P4JA 4L7JA 4U7VA 4Y3LA 2J9KA 2QD7A 3TKWA 4APRE 2ER7E 2IDWA 4FAEA 4GMIA 3BVBA 1W5XA 2NMZA 2PWCA 1KJGA 3LPKA 2G1OA 2Z54A 5P1PA 2P3BB 3TH9A 4HLAA 4YD7A 1HIVA 4I0GA 4MC2A 3QAAA 2G1SA 4RCDA 5P5UA 2ZHUA 5OZ4A 2IL2A 4L7HA 1RV7A 2B7ZA 4ZSMA 5P6OA 1ZP8A 5P2XA 5P4TA 5IVSA 4ZIPA 1HIHA 4XXSA 4D88A 3QBFA 4QJ7A 5P4BA 1ER8E 3UPJA 5P3GA 1W5WA 4EWOA 4RVXA 5BS4A 2AOJA 2VA7A 3EXOA 2BKSA 3TPLA 3PB5A 3OXCA 3L5BA 2Q64A 1PSOE 5P70A 5P2NA 3SA7A 4FCOA 1XN2A 3O9EA 4Y4AA 2ZHRA 4Y5PA 2QMGA 5P11A 4BFBA 5P04A 5PEPA 4LL3A 5P0VA 5KQXA 1G2KA 5UPJA 5OZEA 1A30A 3BUFA 5P60A 1HTEA 1KJ4A 1HPSA 2BB9A 1U8GA 5P2YA 3VLAA 1NPVA 4YD3A 1C6ZA 4I0ZA 5OZBA 3UQRA 3OQFA 1FFIC 2VIJA 3DM6A 4I8ZA 5P76A 4DJXA 5P36A 4D89A 1E82E 3OUCA 5ER1E 2BQVA 2V11C 3UDNA 4Y5MA 4RLDA 4IVSA 3NUOA 5P5GA 5P75A 5ISKA 3DCRA 2QMFA 5P66A 1SDUA 4CKUA 1MVPA 4F73A 5HTZA 2ER0E 5P0JA 3CYWA 2F81A 3BXSA 3D1ZA 3MSJA 2CEJA 5P8BA 5P0UA 4FM8A 5P8FA 2VA6A 4OBFA 1PPME 3APPA 5P4DA 4NJTA 1W6HA 5P1QA 3VSXA 5AHAA 3D20A 5IE1A 3SA6A 2I4QA 4ZEAA 5P7UA 2QZXA 1GVTA 5P0DA 4K8SA 5OZQA 4J0ZA 5P2AA 3TPRA 4M8XA 2RMPA 5KR8A 1FFFC 5P47A 2NR6A 3S8IA 2WL0A 4KE0A 5DR4A 5P44A 1MRXA 1TW7A 2QI0A 1UH8A 1GVXA 2ASIA 1ZJ7A 5P2SA 5P34A 2WEZA 1LS5A 1AIDA 4LBTA 1FMXA 5P24A 5P54A 3MXDA 5KAOA 2IKOA 3NDTA 2IS0A 1LEEA 3OU1A 3ER5E 3EL5A 5P6HA 2PMAA 4GB2A 5P7YA 2IKUA 4I0EA 2OHQA 2AVMA 2Q54A 4J0TA 5OYTA 4NPUA 5P4WA 3CKTA 3L5CA 1QS8A 5P7AA 4A6BA 3VEUA 5P0GA 3NU9A 1SP5A 5HU0A 2ZJNA 3TPPA 2QD8A 5AH8A 4XKXA 1YTJA 4LXMA 1AAQA 5AHBA 4B78A 2QI1A 2UY0A 4TVHA 1FGCC 2G24A 1IZHA 5AH7A 4EJKA 1TSQA 2V16C 4HA5A 4Y3FA 4DQGA 1AXAA 4QJAA 1YTHA 4JPEA 1EBKC 3FIVA 1AZ5A 3UCBA 2G1NA 3SM2A 5DQ4A 4H3GA 5P4XA 1HEFE 1KJHA 3LHGA 5HE4A 5P5AA 1C6YA 1B6KA 2B8LA 5P3WA 5OZ3A 3U7SA 4HDFA 3Q70A 5P5TA 5P8KA 2UXZA 1IDBA 1K1TA 4NPTA 4Y3YA 5AHCA 4B70A 4YD4A 5HCTA 5P1BA 3R0YA 3TKGA 2JJIA 1MUIA 5OZKA 5P4KA 2I0DA 4Y47A 3T7XA 5P37A 4AMTA 4L6BA 4DVFA 3UFLA 3GI4A 4EJ8A 2ZJIA 3GI6A 5P3RA 4ZSQA 1MTBA 4Y3WA 5P0FA 1HVJA 5P2IA 3S2OA 5P2OA 1TCWA 2AIDA 1BVGA 1EPNE 5FIVA 5P09A 5P1MA 4FE6A 5P67A 1HTGA 4Y5AA 5P61A 2IGXA 5P0KA 3HAWA 1FEJC 1F7AA 3QBHA 1PPLE 5P0RA 2ZDZA 3RTMA 2WF1A 4J0YA 5C9DA 3O9FA 3D91A 5P1XA 5OZCA 3BVAA 4B72A 2JXRA 2OHUA 4FL8A 4DQBA 1HHPA 5P8SA 1VIKA 2HM1A 1HPXA 4PYVA 3UTLA 5P18A 5P0AA 3KF0A 1RNEA 3OU1B 2HB2A 1EPPE 3SA5A 1T7JA 5P8AA 3I25A 1EBZA 4QGIA 4RRNA 4DQFA 4Q1YA 5P2MA 1B6PA 6UPJA 3K4VC 3IGBA 1SGUA 3LPJA 5HCOA 1HXBA 1D4LA 5P8CA 4I11A 3INEA 4Y3NA 3T3CA 4DJUA 5AH6A 4OBZA 2J9JA 3NDWA 3S7MA 5OZYA 3WZ7A 5P4SA 4B77A 2XYEA 1J71A 2WEDA 2AOGA 1PROA 5DQCA 1KJ7A 5P6XA 5P2CA 3BRAA 3T7PA 3OUBA 2Q63A 5P3KA 3AIDA 2PWRA 3INFA 1BILA 2OHNA 1HTRB 1NPAA 1ZPKA 4F74A 4K9HA 2V10C 3S54A 5OZZA 3PJ6A 1K1UA 3SABA 3O9CA 1B6JA 5OZAA 1META 5P6UA 1A8GA 5OZ6A 5CONA 1B6LA 3PCZA 4TRYA 3F9QA 4DJRA 4GJ9A 4GJ7A 5P5FA 2OHPA 4Y3MA 4Y6MA 4TRZA 5P3EA 5P5RA 5P2GA 2O4NA 5P7KA 5P3OA 5OZRA 4OC6B 4D85A 3RU1A 1DP5A 2AZ9A 1D4IA 1XL2A 2R3TA 2WF2A 4GJ6A 1BV9A 4H3IA 2BPZA 4LAPA 5P2EA 4YOAA 4Y3XA 2VKMA 3KFSA 2B8VA 1EEDP 4GJAA 4EP3A 2NXDA 2NNPA 2XYFA 3L5DA 5P7QA 1BWBA 3EBZA 5P0LA 3ECGA 4Y3ZA 3B7VA 4Y5BA 4ZE6A 1BBSA 5P7EA 3URIA 4Y4TA 1MESA 3A2OA 2VJ7A 5P30A 5P8JA 5P58A 3EKWA 3QVIA 3S53A 4Y5GA 2HB3A 1SDTA 5P0QA 5P85A 3ZPTA 1HBVA 5P7ZA 5OZ5A 2AOCA 3EL0A 3LPIA 4Y3SA 5EZXA 1EPLE 4H3FA 3TOHA 3Q5HA 3OWNA 3WZ8A 1ZBGA 3PWWA 3OXVA 3O9LA 1EC2A 3PHVA 1APUE 2F80A 1OEWA 1ENTE 5SY3A 1NSOA 4RZ1A 5P2DA 5P7JA 2G22A 5P8LA 3OQKA 5P1SA 2WJOA 5P7IA 1UH7A 1A9MA 3UDYA 5P19A 5DQ2A 5P6GA 3UF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SBG A;  5P5W A;  1T3R A;  4GZF A;  3OQA A;  2I1A A;  4E43 A;  3DCK A;  5ER2 E;  4ZPF A;  2QI7 A;  1QBS A;  4CMS A;  5P6D A;  5OZW A;  4HZT A;  5P1N A;  3S7L A;  2H6T A;  2AZB A;  3SA9 A;  2I4U A;  5P0M A;  5P1F A;  2QMP A;  3QRO A;  5P2B A;  3SM1 A;  5P5Q A;  4EHC A;  1PSA A;  1EPO E;  2G94 A;  5P7H A;  4J55 A;  2ZHV A;  3VF3 A;  5OYQ A;  3BGB A;  5P4G A;  1B5F B;  4EQJ A;  2IRZ A;  5P6A A;  5P80 A;  2ZJH A;  4X2L A;  3CID A;  2REN A;  3OXX A;  2FXD A;  5P0N A;  5P43 A;  1K6V A;  4YD6 A;  1FF0 C;  5P20 A;  4YA8 A;  5P6R A;  3VYE A;  2NXM A;  4Y4B A;  4Y51 A;  1APT E;  2NXL A;  2FDD A;  3PLD A;  3SA4 A;  3NU5 A;  5COK A;  2WF0 A;  2ER9 E;  3O9B A;  4Y3G A;  4CPT A;  1ZLF A;  1W5V A;  2PQZ A;  5P1T A;  1M0B A;  3Q4B A;  2OF0 A;  2P3D A;  5P4M A;  5P3Q A;  5P63 A;  3PVK A;  5KQY A;  2IGY A;  3EMY A;  4QJ2 A;  1D4H A;  2NTR A;  4MC6 A;  4Y56 A;  5P6T A;  5P0I A;  5P31 A;  4Y4G A;  4JPC A;  2OAH A;  3RSX A;  2AZ8 A;  3QRS A;  2QK5 A;  5P7B A;  1JLD A;  3IXO A;  5P3F A;  4YBI A;  3GGU A;  5OZ0 A;  4Y3P A;  3PMY A;  3L3A A;  3EKY A;  3UDM A;  2Q55 A;  4HE9 A;  4F75 A;  5E5K A;  5IS4 A;  2JYS A;  3NR6 A;  3O9A A;  4J0V A;  3QI1 A;  5OZP A;  4I0H A;  2QAK A;  4OBH A;  2O4L A;  1SH9 A;  2AVV A;  3KDB A;  5P7F A;  1LZQ A;  3SKF A;  4Q1N A;  5P40 A;  4RYC A;  1DMP A;  1FQ6 A;  3GI5 A;  5P0W A;  2F3E A;  4L7G A;  5P7O A;  5ENM A;  5P7M A;  2FGU A;  3NUJ A;  3S43 A;  3LZU A;  3OAG B;  2OHS A;  5P3D A;  1TQF A;  2I4W A;  3ZOV A;  4TVG A;  4YE3 A;  1KJF A;  4MC1 A;  4DPF A;  2WKZ A;  5OYZ A;  3CKR A;  3FSM A;  5P3H A;  1E81 E;  5CLM A;  5P57 A;  4D83 A;  4I0J A;  5P84 A;  1XE5 A;  5DR3 A;  5P4H A;  5P3I A;  5P41 A;  5P2V A;  3FNT A;  3L59 A;  3PSU A;  2A1E A;  3T6I A;  4UPJ A;  1ZPA A;  5P3L A;  3GGA A;  1GVV A;  4YBF A;  3BUH A;  4Y43 A;  2HIZ A;  5P12 A;  3I8W A;  5OZ1 A;  4DI2 A;  4FAF A;  4ACX A;  5P4J A;  5B18 A;  5P0B A;  1EBY A;  2ZGA A;  5P38 A;  4N00 A;  4FRS A;  4QLH A;  3UHL A;  1DPJ A;  1HVH A;  5P3B A;  5P71 A;  5P64 A;  3TL9 A;  4Y4W A;  5C9B A;  1ZSR A;  1EPQ E;  5DPZ A;  5P4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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