3EXOA

Crystal structure of bace1 bound to inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of a small molecule beta-secretase inhibitor that binds without catalytic aspartate engagement.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3exoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3exoA02
4Y3RA 4EJ8A 3EKYA 3F9QA 2FXEA 2OHUA 3GGXA 5OZQA 5HDUA 5P1WA 5P26A 3BVAA 2PQZA 3EM6A 4ZE6A 1HBVA 5P3XA 5P4XA 3Q4BA 3OOTA 5KOQA 4YA8A 3BXRA 3PSUA 2PK5A 5OZVA 2IEOA 3BVBA 3OUDA 1FQ5A 2QHZA 5APRE 1IZHA 3FNSA 1ZSFA 5P7TA 5P52A 1HPOA 4DV9A 2J9KA 3S56A 3DCKA 4Y50A 2HB2A 4H3FA 2O4NA 4Y4GA 1UH9A 5OZCA 5DR4A 3G6ZA 2WF2A 2QI3A 5ER2E 4QJ8A 5OZMA 4QGIA 2QZLA 2VS2A 5B18A 5P09A 1HTEA 5OZKA 3HW1A 5P3KA 5P6RA 5P6YA 4YBFA 2ZHUA 2RKFA 5P85A 5P44A 4X2LA 3OU4A 1EEDP 4J17A 5P2YA 1APTE 4B05A 2VIEA 1HOSA 5P30A 1G2KA 5P7WA 5P5EA 4LAPA 4D85A 1W5VA 5FIVA 5P4KA 2AOGA 2RSPA 2QAKA 3K1WA 3RTMA 5OZ5A 1HVSA 4QJ7A 5P84A 2UPJA 3OXVA 3KA2A 1B6LA 5P7JA 5P34A 3UDNA 5I3WA 1ZLFA 5ISJA 5P1HA 1LS5A 1SDVA 5AGZA 3OQAA 1UH8A 1FQXA 3SA6A 5P4VA 1FKNA 2V13A 5P5RA 3TL9A 4R91A 5P81A 2IGYA 4I10A 2O4LA 4KB9A 4Y3SA 2PYNA 1FMBA 3T6IA 2O40A 3B7VA 4CPRA 3PLLA 4R93A 5P8FA 3URIA 1HTGA 5P3NA 1QS8A 2WF0A 3CICA 4QJ6A 5P4BA 3KMXA 2JE4A 3OAGB 3OQFA 3OU1B 1LYWA 3EL5A 3LZVA 4DJRA 4GZFA 2XFIA 4A6CA 3KF0A 5F00A 5P3EA 2PWCA 5JODA 2ZJNA 3NDUA 5P46A 5P73A 3KT2A 4B1CA 5HE7A 3I7EA 3LIYA 5P4MA 2XYFA 4YD6A 2FIVA 5P39A 4YDFA 4I0ZA 3PSGA 3R1GB 3EKWA 5P4CA 2QI0A 2QNNA 5P77A 1B6JA 1SGUA 1BIMA 3KT5A 4PZXA 1KJ4A 1NSOA 2Z4OA 5P8IA 5P38A 2Q54A 1D4LA 4OBZA 2NNPA 3Q5HA 5P1RA 5P8PA 5P1UA 3LPKA 1EBYA 2NMZA 1EBZA 1QDMA 1IIQA 2ZJHA 3WZ6A 1OD1A 5P0EA 5I70A 1IZDA 5HTZA 3KYRA 4DJPA 5OZXA 3TPPA 5P5UA 3L3AA 4FL8A 4EWOA 4COEA 4FM8A 1SMEA 2OF0A 4HDFA 4FAFA 5P1EA 1LF4A 2PK6A 5OZ9A 4J1IA 5OZ4A 1DP5A 1T7KA 1PSAA 1MSNA 4Y4EA 3IXJA 5P82A 4B70A 3O9LB 3CKRA 7HVPA 5KR0A 4GJ8A 5OZHA 4J1EA 2AOFA 5P2IA 3SABA 2QMPA 2A4FA 5P0SA 3PWRA 3TLHA 2P83A 1MT9A 3OXWA 5P7RA 5P8TA 4Y39A 3GGAA 5P0NA 2BQVA 1GKTA 4R5NA 5P2EA 3PB5A 4WY1A 5SZ9A 2V00A 1PPKE 5OZGA 4Y5GA 2BKSA 5P1BA 3CIBA 3L5CA 3AIDA 2IENA 4Z22A 5P12A 2NXMA 2V12C 2QI5A 3MWSA 3TH9A 4CKUA 2XFKA 5P8RA 2B60A 4Y9WA 3IXOA 4YD5A 4ZPEA 5P6CA 2ZHVA 1HPSA 3NU5A 4Y4WA 5P7DA 1M4HA 2HAHA 5P79A 4TVGA 4GJ9A 3OAGA 4CPUA 1W5XA 2VKMA 2BB9A 2IDWA 2WEAA 3L5FA 4FRJA 4B1EA 4J1HA 2ZHTA 3KDCA 1CZIE 5DQ1A 3QRVA 2IGXA 2R5QA 3PEPA 5P5ZA 5J25A 4QLHA 5OZDA 1FGCC 1D4JA 4JOOA 4Y3YA 5OYXA 2I4UA 5P0CA 4NPTA 3GI5A 5P7XA 3QIHA 3HAUA 3PJ6A 2ASIA 4FRKA 5KQFA 1ZPAA 6FIVA 5P4AA 3L5DA 4FCOA 2NXDA 5ENMA 5OYYA 2I4VA 1AJVA 2WHHA 3UDQA 5P56A 4ER1E 3VV7A 4CPSA 3D3TA 4TRWA 3S7LA 4M8XA 3LITA 2R43A 7UPJA 4MC2A 2QHYA 4Y3FA 5P14A 3EL0A 1B5FB 3K5GA 3JVYA 5P4DA 3QS1A 2AZ9A 5JG1A 5E5KA 5EZXA 3INFA 5IS4A 4N00A 3IN3A 5P05A 5P8KA 1HPVA 4H3GA 3O9FA 4BEKA 3O9LA 2OHMA 5P0GA 1E81E 1G6LA 3PGIA 5P43A 3KFSA 3LNKA 5P4TA 5P8JA 3UFNA 2ER6E 5OZTA 4R8YA 4Y5BA 1LF3A 5P32A 3WB5A 2PSVA 3APPA 4NJTA 4Y3TA 5KR2A 2EWYA 3VG1A 3PCZA 5P4RA 2PSUA 3SA3A 4ZSPA 5P3FA 1DW6C 4ZSQA 1B11A 1BWBA 4I0EA 1EC0A 2WECA 4NJVA 5P78A 2I0DA 3O9AA 4RCEA 4JPCA 4NJSA 4MC6A 1D4KA 3HD8A 3PMYA 1LYAB 4Q1NA 3G70A 2NTRA 5P67A 2J9JB 2V10C 5P0XA 1OHRA 4OBJA 4MC9A 1ZTZA 2R3WA 2NPHA 3LZUA 1AXAA 4FSLA 1MERA 5P8VA 4RRNA 5P2TA 2Q63A 1XE6A 5P5PA 4GB2A 2QI1A 5P2BA 2QU2A 1EPRE 2G20A 3OHHA 1B6MA 3URLA 3Q3TA 1EPQE 4F74A 5P4SA 5P62A 3NUJA 5C9DA 1HIHA 4FAEA 1GVWA 4EPJA 3PWMA 5OZUA 4DVFA 1MRXA 1SDTA 4HVPA 3LIQA 4GJDA 3T7PA 3TNEA 5E5JA 5P6NA 3ZKQA 1F7AA 3I6OA 1HVHA 4CPWA 5P5HA 1T7IA 2P3AA 4BFDA 2I4DA 4D8CA 5P1SA 5P5CA 5P4NA 4JPEA 1Z8CA 4PYVA 4GJ7A 3OUAA 2VA7A 2RKGA 4L7HA 2NR6A 2I4QA 5P06A 3UFLA 8HVPA 1SIVA 5JFUA 1ZAPA 4XXSA 3TOGA 4YD7A 3SKFA 3UDRA 3VFAA 4EQ0A 5P2RA 3LINA 5P0FA 1TW7A 3S54A 4FE6A 5P5AA 1BXQA 3VFBA 4DJYA 5P03A 5DR7A 3NU3A 1FQ6A 3R0YA 1E80E 4DPIA 2OHKA 5KQZA 4Y3DA 1UH7A 3ZLQA 4J0PA 1IVPA 1AJXA 1HPXA 1ENTE 3I2LA 1NH0A 2BJUA 4EQJA 1YG9A 2V0ZC 2WF1A 1LYAA 1DAZC 5P53A 5P0VA 5P5SA 5P3GA 2J9JA 3DV1A 4YD4A 2RMPA 5HCOA 5P17A 3TPJA 1C6ZA 1HTFA 3UPJA 2BPXA 1JLDA 1YM4A 5P86A 1W6IA 4Y51A 5P0YA 3N4LA 4KE0A 2Q15A 5C9BA 2ER7E 2B8LA 1WBMA 5KR8A 3D91A 3NLSA 5OZRA 1FFIC 3TTPA 2B8VA 5P04A 2AIDA 5P3SA 2G27A 3KM4A 4Y3AA 3HZCA 5HDXA 5P0LA 5P18A 5P6GA 2VA5A 2AOEA 5P69A 1CMSA 4MC1A 2JJJA 1G0VA 4Y48A 4APRE 4DQEA 2JXRA 4RVXA 9HVPA 5C9FA 3KDDA 5P0KA 5IE1A 2WF3A 3R0WA 4LXKA 5P5DA 4OC6B 1IVQA 3PVKA 4Y54A 1FEJC 2O4KA 4L7GA 1RNEA 3SM2A 5P7EA 5P70A 3U6AA 1WKRA 5BS4A 3WZ7A 4FLGA 2QNPA 5SXNA 5P4ZA 4X7IA 4WY6A 3M9FA 5P23A 2ZGAA 5P0HA 3L5BA 2OHRA 3GW5A 5P6ZA 4GJ6A 3EL9A 3VUCA 2JYSA 3ER5E 3MSLA 5P5IA 3QVIA 3HAWA 5P2UA 3H0BA 5OZJA 1OEXA 1F34A 4EHCA 2ZHRA 4Y41A 2R9BA 4Z2ZA 4EJLA 1FQ7A 5P7YA 1SGZA 3FNTA 1A94A 5P1YA 2I4WA 2WF4A 1LEEA 5P7SA 2VIYA 3LIVA 4HDBA 4Y5EA 1SMRA 5AHCA 5P5VA 4RZ1A 5OZOA 4GJCA 5P0TA 1D4IA 1T3RA 1TZSA 3KN0A 5P64A 4YHQA 4ACXA 5P7CA 4Q1WA 4XX4A 2ZJKA 2XYEA 5P6JA 2AOJA 2PH6A 2QHCA 3OQ7A 1SH9A 3UQUA 5P6WA 5P3BA 4ACUA 4I8ZA 5P3TA 5COOA 1U8GA 2F3KA 1NPAA 1TCWA 3ZPUA 5DR3A 1PFZA 1TCXA 2QNQA 3IN4A 2FDPA 2XFJA 3INDA 3H5BA 1AZ5A 2ZDZA 1PPME 3DK1A 5P5NA 4I12A 4DI2A 5P7VA 2ZJMA 4Y3EA 2QI6A 5P8BA 2IS0A 3ZKMA 2QMGA 5P1MA 1XE5A 5TOLA 1W5WA 4B78A 1SP5A 1A30A 4QJ2A 4DJUA 2F3FA 2QD6A 5P0RA 3FNUA 5I3VA 1RQ9A 5P5GA 3SA7A 3SQFA 4LC7A 4K4QA 2HPEA 2CEJA 3L58A 3OQKA 5P8DA 3NUOA 5P5FA 2HB3A 4NKKA 4Y4XA 3MSKA 5P57A 5P33A 5P5MA 4EJDA 5OYUA 2H6SA 4Y5NA 4DJQA 3KDBA 3O9CA 5P6QA 4LXMA 2BBBA 2ZJJA 3UQXA 5P8AA 1EPLE 1IZEA 1QBTA 4OD9B 3MXDA 3O9BA 1GNMA 4OBKA 3L38A 5P1OA 5COPA 1HXBA 1GVVA 5P4WA 5HD0A 5P2QA 5P3PA 5P6XA 4B77A 3PI0A 1IDAA 3BGCA 4B0QA 3SPKA 2P4JA 3NU4A 3EKVA 3HBOA 5COKA 2PC0A 3JVWA 3ZKNA 5OYZA 2FMBA 5P4IA 4D89A 3ZKIA 4Z4XA 5P5LA 4J0ZA 2WEDA 2NXLA 5DQ5A 5P51A 5P0OA 5P25A 3Q6YA 2HC0A 4L1AB 5IVRA 2WKZA 4RYGA 2QI7A 4PZWA 5P6BA 2F8GA 3LHGA 1MSMA 3URJA 4Y6MA 3AUPA 5P3WA 1E5OE 3QBHA 1MIQA 2WL0A 3LPIA 4I0HA 2G22A 5P5OA 3APRE 5P47A 3ZL7A 5P0DA 3ZKGA 5P6FA 1HXWA 3OU1A 3DV5A 3PBZA 3BRAA 2QCIA 4CPTA 1ODXA 3VYFA 1A8GA 5OZ7A 1D4SA 2APRA 2G1SA 3FKTA 4OBFA 1C6YA 4D83A 1AVFA 5P0ZA 2AODA 5P7PA 2MIPA 4RVIA 5P6IA 1M43A 4A4QA 2FS4A 1J71A 3NWQA 1BV9A 4DJXA 4GIDA 5OZBA 2QK5A 3U7SA 2G94A 4Y3XA 4Y4UA 1K6PA 5P0IA 3OXXA 5P60A 3ZOVA 4DQGA 1K6CA 1QRPE 5P2ZA 5P7LA 1MT7A 4K4PA 2OHTA 2Q64A 4GMIA 1K2CA 5P13A 1EPOE 1IZIA 1XS7D 1ZPKA 5P3OA 3WZ8A 2B7FA 4CMSA 3T3CA 1UPJA 3K4VA 3S8IA 5P61A 3TOFA 4OD9A 3QAAA 1KJFA 4ZSMA 1BV7A 5P1TA 1IBQA 1ER8E 1YTJA 3UQWA 2VNNA 1AIDA 4WTUA 3PHVA 2P3DA 4Y38A 5P2DA 1HEFE 5AH6A 5P75A 5P7GA 3EL4A 5P3HA 3UF3A 3TPRA 3PMUA 2OHLA 3KMYA 5OZ1A 3TPLA 5I3XA 1KJGA 1HVKA 5F01A 5OZEA 4L1AA 1E82E 5AHBA 1EC2A 3EL1A 4ZSRA 4DQHA 5P3IA 3FIVA 3ER3E 5P1FA 2AVQA 2VNMA 4YD3A 3VEUA 1LYBB 4Q5MA 1K2BA 1HIIA 1PSNA 5P1VA 5P7MA 1B6PA 5P08A 3QROA 2Q5KA 1LF2A 6APRE 4B00A 1FFFC 3ECGA 5P1KA 1NPWA 4I0DA 5P0UA 4Y3PA 3ZPTA 5P0WA 3NU6A 2JJIA 5P3AA 3GI4A 4U7VA 5P27A 4Y3ZA 3QI1A 2BKTA 3UDHA 1FIVA 5CLMA 3NR6A 4DPFA 4EJKA 4I0FA 5P5BA 3PM4A 5BRYA 2G21A 1ZBGA 3VLAA 3OADB 4Y3JA 3BXSA 2BPYA 5OYVA 4DJOA 1M0BA 1EC1A 4DQCA 3INEA 5PEPA 5P87A 1D4HA 3SLZA 1LZQA 3JW2A 5P3VA 3RTHA 5HCTA 1BDQA 3CMSA 4EYRA 3ZKXA 1TSUA 1BAIA 3BUGA 3EKTA 3MSJA 5OZYA 1B5FA 2P3CA 5P35A 5P4PA 4FM6A 5SY3A 5ER1E 1RL8A 5P02A 2F81A 3OUDB 1ODWA 2VA6A 4U7QA 4AUCA 5P1LA 3INHA 4Z50A 2B7ZA 4DQFA 4RVJA 3GI0A 5P8SA 2FDDA 5P1AA 4YCYA 5P76A 1KJ7A 4H3JA 3NSHA 2Z54A 5P6SA 4AMTA 2P3BB 2IQGA 3NDXA 2V16C 4RLDA 3VF5A 5P7BA 3CYXA 1HRNA 3S7MA 5HDVA 4Y56A 4EXHA 2ZJLA 3DUYA 3VV8A 5OYQA 5P4EA 5P8GA 5AH9A 5P2OA 3K5FA 3OK9A 2AOHA 1QBSA 4Y53A 1LYBA 4M8YA 3KFPA 2HS2A 4Y3MA 1MTBA 4I8WA 4BFBA 1GNOA 4IVTA 3A2OA 4NJUA 5P7AA 4D88A 4Y4DA 4EXGA 2ZJIA 3BGBA 5P3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3R A;  4EJ8 A;  3EKY A;  3F9Q A;  2FXE A;  2OHU A;  3GGX A;  5OZQ A;  5HDU A;  5P1W A;  5P26 A;  3BVA A;  2PQZ A;  3EM6 A;  4ZE6 A;  1HBV A;  5P3X A;  5P4X A;  3Q4B A;  3OOT A;  5KOQ A;  4YA8 A;  3BXR A;  3PSU A;  2PK5 A;  5OZV A;  2IEO A;  3BVB A;  3OUD A;  1FQ5 A;  2QHZ A;  5APR E;  1IZH A;  3FNS A;  1ZSF A;  5P7T A;  5P52 A;  1HPO A;  4DV9 A;  2J9K A;  3S56 A;  3DCK A;  4Y50 A;  2HB2 A;  4H3F A;  2O4N A;  4Y4G A;  1UH9 A;  5OZC A;  5DR4 A;  3G6Z A;  2WF2 A;  2QI3 A;  5ER2 E;  4QJ8 A;  5OZM A;  4QGI A;  2QZL A;  2VS2 A;  5B18 A;  5P09 A;  1HTE A;  5OZK A;  3HW1 A;  5P3K A;  5P6R A;  5P6Y A;  4YBF A;  2ZHU A;  2RKF A;  5P85 A;  5P44 A;  4X2L A;  3OU4 A;  1EED P;  4J17 A;  5P2Y A;  1APT E;  4B05 A;  2VIE A;  1HOS A;  5P30 A;  1G2K A;  5P7W A;  5P5E A;  4LAP A;  4D85 A;  1W5V A;  5FIV A;  5P4K A;  2AOG A;  2RSP A;  2QAK A;  3K1W A;  3RTM A;  5OZ5 A;  1HVS A;  4QJ7 A;  5P84 A;  2UPJ A;  3OXV A;  3KA2 A;  1B6L A;  5P7J A;  5P34 A;  3UDN A;  5I3W A;  1ZLF A;  5ISJ A;  5P1H A;  1LS5 A;  1SDV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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