3FSMA

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords COVALENT DIMER [L-Ala51, D-Ala51'] HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 40
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fsmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fsmA02
4JECA 5P58A 2G26A 4WY1A 4N00A 2AOEA 4YE3A 2AVMA 3LIXA 4Y3LA 5OZHA 4E43A 3NWXA 4M8XA 1T7KA 3SA3A 1KJFA 5P55A 3TOGA 5P5TA 4Y5GA 2Q63A 2IGYA 2XFIA 2O4SA 2IQGA 5P08A 5P0RA 4EJLA 1FG8C 1EC1A 3A2OA 1XN2A 5P2YA 4R5NA 5P81A 1K6VA 3TL9A 1DW6C 5DR4A 1RV7A 3IGBA 3IA9A 5P5AA 5P7IA 4XX3A 4Y3XA 9HVPA 5P4SA 3GW5A 4PHVA 3WZ7A 2IKUA 1APTE 5P0DA 2P8HA 3ST5A 4B1EA 5OYSA 5OZQA 4Y38A 2JJJA 3G72A 5P26A 2Q11A 1BXQA 4JP9A 5P7OA 5HDXA 3O9DA 4YD7A 2PQZA 3UDMA 3JW2A 3OQ7A 4X2LA 4EYRA 2R9BA 5P1LA 1LS5A 5P8QA 4YOAA 2ZYEA 4B70A 5DQ4A 4NJSA 3LPIA 3MSKA 5P88A 3SM2A 1XL5A 3VUCA 2QK5A 3ER5E 2APRA 1FGCC 3PI0A 4AZYA 2IGXA 1HTGA 1XL2A 2IS0A 3UDQA 5J25A 5P5ZA 3NDXA 3UDRA 5OYZA 1IVPA 4XKXA 3S54A 5P4JA 4Q1WA 1MSMA 3TPRA 3L59A 5P0JA 1XE6A 2F3EA 5P7YA 3EKVA 1HWRA 4APEA 3ZOVA 5SZ9A 3QS1A 5HE4A 5P38A 5P3PA 1TW7A 1SBGA 3LINA 5P6KA 3NWQA 4FRJA 5P0LA 3SACA 2AVOA 5P8BA 4ZIPA 4EXGA 2VNNA 4FM7A 1IDBA 3PLDA 4MC2A 2WKZA 5P2AA 5P6BA 4H3GA 2BPXA 1GNOA 4XX4A 5P2XA 2WF0A 4ZPGA 1FQ4A 1HVRA 2H6TA 3O9GA 2Q5KA 5FIVA 3WSJA 5P04A 3LIZA 5AH6A 4J17A 3INFA 2OHNA 1YTHA 4HDPA 5AHAA 3EM4A 3HD8A 3ER3E 2HAHA 1HTFA 4EQ0A 4YDFA 3OADA 5P27A 3PRSA 5P5CA 2QNPA 5P4OA 3K1WA 4LXKA 4Y4JA 4Y47A 3VYDA 3VV6A 3EBZA 3KF0A 4FCOA 2AZCA 5P0SA 2BPWA 4NJVA 4DQEA 2PK6A 2ZHRA 3O9CA 4B77A 4I0EA 1SGUA 3VLBA 1MERA 3WZ8A 4PPHA 1ZSFA 3VSXA 1ZBGA 4RVJA 4YCKA 2I4VA 1OHRA 2G20A 3VCMA 4KE0A 5AHCA 4TVHA 5HU1A 4I8WA 5P79A 2VS2A 3AIDA 3HLOA 1BWAA 1VIKA 4TRZA 5P0MA 5P0HA 4HDFA 1NPWA 5P8PA 2QI7A 2WEAA 1MT8A 2QZKA 5P70A 5OZDA 5BS4A 4D88A 2O4NA 5P5YA 3S7MA 3UFNA 1EPQE 3S7LA 1EBZA 5P3FA 5P7AA 5P1IA 1ME6A 5P10A 2ER0E 2CEJA 1APVE 4Y4TA 3PMUA 5AHBA 5OZJA 5P6UA 4GJDA 1EPRE 3O99A 4Q1XA 1FMXA 3BVAA 2NXMA 2BKSA 3L3AA 2O4LA 3QBFA 3L5BA 2B8LA 5P86A 5IE1A 5P77A 5P59A 5CONA 2NXLA 2UXZA 1BDLA 4ZEAA 2IENA 4Y3DA 1NSOA 2WF3A 3TPPA 5P4RA 5I70A 2F81A 3K4VC 4DJWA 4FRIA 2RMPA 5P0QA 2AOIA 5P3AA 2I4WA 1BAIA 3KFPA 4I0HA 4I0DA 4FM8A 5P8JA 2WF1A 3EKQA 1MPPA 1HPVA 3L38A 5PEPA 5P5XA 1JLDA 1LYBB 3PWMA 5P6RA 5P19A 4DQBA 5P3BA 3ZKSA 5I3XA 5P09A 3L5CA 5OZ8A 1SDVA 3I6OA 3ZMGA 5P4FA 3L5FA 3OU1A 5P6ZA 1WKRA 5P67A 4CP7A 3R0WA 5P2SA 3NSHA 2ZDZA 4EJKA 4QJ9A 1HPXA 5P6AA 5P5SA 4J54A 4R95A 3SAAA 1BDRA 1HVSA 5OZTA 3EKXA 4Y4GA 2A4FA 4Y5LA 2PWRA 3VF7A 1MSNA 3MSLA 1LZQA 1Z1HA 3FNTA 5P1QA 6APRE 5I3YA 3OAGB 1B6PA 1IZEA 5OYUA 1LYWA 1RPIA 5OZAA 5P0FA 4Y5PA 5P80A 4YCTA 3HAWA 3O9HA 1MVPA 5P0AA 4KUPA 5P07A 3UCBA 1MTRA 3NDUA 4LL3A 2QZWA 2FGUA 4Y5MA 2IEOA 3HVGA 2OHMA 3KFSA 3HDKA 5P5KA 2PC0A 1AXAA 2I4XA 4Q1YA 4I0FA 4GJ8A 3KDCA 3IVIA 1SMRA 5P75A 3PLLA 2XYFA 1LYAA 3D1XA 4FAFA 1FQ6A 1SIPA 1KJ4A 5P02A 5P6FA 2ZHTA 3QRVA 3UQWA 1K6TA 2Q55A 2ZJHA 2G94A 1GVVA 3IXKA 4OBDA 4WTUA 2V11C 5P4XA 5P6OA 5P84A 3UDYA 2I4QA 4Y44A 4Z50A 1GKTA 1TQFA 3OHFA 3LZSA 3HAUA 3OQAA 5P2VA 1NH0A 5P31A 1B5FA 5P00A 2J9KA 5IVSA 5P8OA 4Y35A 4OD9B 5P8EA 1GNNA 5P0WA 1EC0A 2QI4A 1EAGA 4RZ1A 2V16C 4DPIA 4ACXA 5OZ0A 2BPZA 4DVFA 5P15A 3OXXA 5OZZA 3L5DA 3PBDA 2QP8A 3CKTA 5P5PA 1DPJA 3UFLA 4K4PA 2AVVA 1MTBA 2B7FA 1PROA 2IKOA 1ZAPA 3KFRA 2QMPA 2QNQA 3VSWA 1FIVA 4Y5AA 4U8WA 2PSUA 3PWWA 3BUGA 5HDUA 1D4SA 5P7JA 5P17A 4Y48A 4RCEA 1ZSRA 4U7QA 5P2CA 4RYCA 4Y3GA 3BUHA 2PMAA 3NUOA 3PCWA 2IRZA 2OHSA 4HDBA 5OZ7A 5P8NA 4L6BA 3NYGA 5IS4A 5P6GA 5P1NA 2NMZA 4DQCA 5P6XA 4QJ8A 5P5QA 5COKA 3TH9A 3R4BA 3ZLQA 3KN0A 3BC4A 4D89A 3OUDB 2ZHUA 1HIVA 1QBUA 3O9AA 5ISKA 3I25A 5F00A 5P32A 3GI6A 3MXEA 3EL5A 1TCXA 2WECA 5P3CA 5P40A 3SQFA 1UH7A 2EWYA 2UY0A 1HIHA 3SKGA 3BHEA 1KJHA 2ZJLA 2ER7E 1YM4A 4GB2A 3BVBA 1SGZA 4OC6A 3TTPA 3KMXA 4A4QA 4F76A 3HW1A 5P8RA 3S45A 3D1ZA 5ENMA 4PEPA 3OGPA 4Y37A 1N49A 4DQGA 1DMPA 1ZP8A 4DPFA 5KOSA 5P5FA 3KDBA 3S43A 3SFCA 5KAOA 4Z2ZA 3PHVA 1K1UA 2BPYA 3VLAA 4RVXA 2G69A 2F8GA 5CLMA 4Y4AA 3UHLA 3URIA 4NJUA 5KOQA 5P7SA 5P4VA 3JVYA 5OZSA 2HC0A 2HPFA 5DR1A 5OZFA 3OQFA 1FQ7A 4GIDA 4Y5EA 5HDZA 5P0OA 5P54A 5P48A 4DFGA 2XYEA 2PSVA 1CZIE 5P7UA 5P4HA 2Q15A 3U71A 5DGWA 5P7LA 3EKWA 1W6IA 5P7DA 5P1KA 1B6LA 2RKGA 4YD5A 5P6VA 5APRE 3DOXA 4ZSQA 2FMBA 2HM1A 4FRSA 5OYWA 2CENA 5I3WA 1EPNE 1D4IA 3UDPA 4LXAA 1LF2A 3FSMA 5E5JA 3HZCA 3SA9A 5P6JA 1K6PA 1C6YA 5P85A 4FSLA 2QI6A 1BVGA 4ER1E 5ISJA 4CMSA 3S2OA 5P53A 1HSGA 3ZPUA 3WB5A 1OEXA 4RGHA 4ER2E 1BXOA 1W5WA 5C9BA 1A8KA 2VA7A 1FEJC 3TOHA 3NU4A 1M0BA 5P2TA 1B6MA 3KT2A 5P35A 5P14A 4DQFA 5P2GA 4YD6A 5P33A 3PM4A 5P8KA 3CKRA 4I1CA 5P89A 4NKKA 1GVTA 1QBRA 3BRAA 4CPUA 2VNMA 2QI5A 2R3WA 5P22A 1TSQA 4GJ7A 2P4JA 2VJ6A 4L7GA 4I11A 2OHUA 1NPVA 5P4QA 4GMIA 3LIYA 5P3RA 4Y58A 5P78A 5P3VA 3PB5A 4LXMA 1HEGE 4Y5KA 2QI3A 3EKTA 4HE9A 4DJUA 1ZJ7A 5P42A 5P8FA 1FF0C 2FS4A 1HOSA 1E5OE 4Y3MA 4CPTA 4BFDA 4OBHA 5JFUA 4J0VA 4Y3NA 5P49A 3GGVA 3OUAA 4CPXA 1B6KA 5JODA 3BUFA 2Q54A 2WJOA 5P5WA 2BKTA 1HSHA 4A6BA 1YTIA 2WEBA 5P41A 1B6JA 4L1AB 3BXSA 2PH8A 4BEKA 5P1MA 5BRYA 4RRSA 5KR0A 5P4ZA 3EM3A 4X7IA 3SA6A 3K5CA 5HCTA 4MC9A 2G1OA 2QZLA 3OU4A 5OZMA 4I0JA 1U8GA 5P30A 3R1GB 3UF3A 3SA5A 2QD7A 3LIVA 5IVTA 5P5OA 4BELA 2WF2A 4Y3FA 1BIMA 5P8CA 3BXRA 2CEMA 5P0KA 3OGQA 3T7XA 1EC2A 3OHHA 2R8NA 1A30A 1MIQA 4Y3JA 2OHPA 3RTHA 2OHQA 3URLA 2HPEA 3VEUA 1GVUA 3IN4A 5P28A 4K9HA 1XN3A 3NLSA 5P7ZA 3PWRA 3LZYA 2WHHA 4DQHA 5F01A 1HIIA 4EJDA 4Y57A 2QHZA 3GI4A 3NU6A 1T3RA 3VF3A 1A94A 1K6CA 3CYXA 4Y3EA 5COOA 3TPJA 3Q3TA 3SLZA 5P1SA 1LF4A 2QI0A 1G35A 3S8IA 4DJQA 5P6CA 3L58A 1APUE 2FNSA 5P4DA 3PSGA 5P25A 2QU2A 1BWBA 3DV1A 3QP0A 2AOGA 1EPME 3NXEA 4H3IA 2WF4A 3ZKMA 5P8AA 3LNKA 5P4TA 5P7NA 5KQFA 2JYSA 2Z4OA 4YCYA 4Y3YA 5P11A 1NPAA 2VIZA 5P51A 1ODXA 5P2UA 1Z1RA 3O9LB 1W51A 3SKFA 5OYQA 4YA8A 5P4AA 1PSAA 1B11A 3I7EA 3VG1A 3KMYA 4GJBA 3Q4BA 2I0DA 5HD0A 3U6AA 3SO9A 4OBZB 1FB7A 3PBZA 4Y4EA 5P0CA 3D1YA 5OZBA 5P01A 2F80A 5EZXA 5P61A 4Y45A 3PJ6A 2R5PA 5OZNA 4J5JA 2G1SA 5P8IA 5P0VA 3KDDA 2XFKA 4K8SA 5OZ6A 4HA5A 3DCRA 4FSEA 3T6IA 1SMEA 4Z4XA 1EPLE 5AH8A 4RRNA 3K4VA 5P1FA 1ZLFA 3QROA 4AUCA 4UPJA 1EEDP 4IVSA 5P2KA 5P6QA 3SPKA 4R92A 3OQDA 1LYBA 2ASIA 1LYWB 4GJ9A 4Y36A 3OK9A 4YOBA 1IZDA 3INEA 4R8YA 1HRNA 4FGXA 5P4BA 5P5BA 1META 3OXVA 5P16A 1T7JA 2PH6A 5P7WA 2QHYA 4FRKA 4U7VA 2QD6A 3PI5A 2QU3A 3QIHA 4Y41A 3ZKXA 2NR6A 1F34A 4Y3ZA 5P7HA 1MUIA 5P6MA 3G70A 4GJCA 1G0VA 2QI1A 5P3SA 5P6WA 2J9JB 1KZKA 1HPSA 1UH9A 5OZGA 5P0TA 3MWSA 2AIDA 2QNNA 2P3BB 2FXEA 2R3TA 1IBQA 5P64A 3MSJA 1GVXA 1FG6C 5P3LA 5C9DA 2NNPA 5P2HA 2V13A 5P60A 2PWCA 4K4RA 2ZHSA 1GVWA 5P0ZA 2I4DA 5P3NA 3RU1A 1J71A 1D4LA 1D4YA 2B42A 3LZUA 5P1VA 2AOJA 2ZJIA 3FV3A 3OAGA 3UDHA 1B5FB 2G24A 2QMGA 5DR7A 5P74A 5P2NA 4Y43A 3D3TA 4QLHA 3D91A 2BBBA 5P5MA 4ZLSA 5P1JA 5P8MA 5P2BA 5P3OA 2P83A 2BB9A 2I0AA 4I10A 4TRYA 5P6HA 4DI2A 4PZWA 4DH6A 5HDVA 5P0PA 2Z54A 3IN3A 4H1EA 2FLEA 3JVWA 1C6XA 3S85A 5P7PA 3SA4A 1FLHA 4PZXA 5P7FA 2PYNA 3EL9A 4LC7A 2O4KA 3DCKA 2PK5A 1WBMA 3R0YA 2ZJKA 5P7GA 4Y4BA 4B0QA 4CPRA 1EPPE 5P3UA 3MXDA 1MESA 4Y56A 5I3VA 3CMSA 5AGZA 5P4LA 3LPKA 5OZ5A 3SM1A 5HE5A 3Q6YA 5P0XA 3OXCA 4NPUA 1YTGA 2O40A 4OD9A 1BDQA 5P03A 5P0YA 1T7IA 5P29A 1ODYA 5P3GA 4EP3A 5P4KA 5P5GA 1TZSA 5SY2A 1CMSA 3LPJA 1E80E 4Y39A 4TRWA 2BQVA 4NJTA 5P1HA 2FXDA 3OOZA 3UQUA 1YTJA 5SY3A 3T11A 4OBGA 2RSPA 3TKGA 4ZPFA 2HS2A 1MT9A 2OHKA 1UH8A 2AODA 1XDHA 2V10C 3OWNA 4AA8A 4Y51A 5C9FA 5P4GA 5BWYA 4B00A 4RROA 3OTYA 5P8SA 4MC1A 4DJOA 1K1TA 3B7VA 5P3IA 4J1HA 5P13A 3VF5A 3IXJA 5P71A 1T6GA 2OHRA 3TKWA 2QCIA 3KYRA 4Y4ZA 5P36A 5P5DA 5HU0A 3S43B 5P3ZA 4FIVA 3OXWA 4DJYA 1W50A 3VV7A 5SXNA 1FQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JEC A;  5P58 A;  2G26 A;  4WY1 A;  4N00 A;  2AOE A;  4YE3 A;  2AVM A;  3LIX A;  4Y3L A;  5OZH A;  4E43 A;  3NWX A;  4M8X A;  1T7K A;  3SA3 A;  1KJF A;  5P55 A;  3TOG A;  5P5T A;  4Y5G A;  2Q63 A;  2IGY A;  2XFI A;  2O4S A;  2IQG A;  5P08 A;  5P0R A;  4EJL A;  1FG8 C;  1EC1 A;  3A2O A;  1XN2 A;  5P2Y A;  4R5N A;  5P81 A;  1K6V A;  3TL9 A;  1DW6 C;  5DR4 A;  1RV7 A;  3IGB A;  3IA9 A;  5P5A A;  5P7I A;  4XX3 A;  4Y3X A;  9HVP A;  5P4S A;  3GW5 A;  4PHV A;  3WZ7 A;  2IKU A;  1APT E;  5P0D A;  2P8H A;  3ST5 A;  4B1E A;  5OYS A;  5OZQ A;  4Y38 A;  2JJJ A;  3G72 A;  5P26 A;  2Q11 A;  1BXQ A;  4JP9 A;  5P7O A;  5HDX A;  3O9D A;  4YD7 A;  2PQZ A;  3UDM A;  3JW2 A;  3OQ7 A;  4X2L A;  4EYR A;  2R9B A;  5P1L A;  1LS5 A;  5P8Q A;  4YOA A;  2ZYE A;  4B70 A;  5DQ4 A;  4NJS A;  3LPI A;  3MSK A;  5P88 A;  3SM2 A;  1XL5 A;  3VUC A;  2QK5 A;  3ER5 E;  2APR A;  1FGC C;  3PI0 A;  4AZY A;  2IGX A;  1HTG A;  1XL2 A;  2IS0 A;  3UDQ A;  5J25 A;  5P5Z A;  3NDX A;  3UDR A;  5OYZ A;  1IVP A;  4XKX A;  3S54 A;  5P4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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