3FX5A

Structure of hiv-1 protease in complex with potent inhibitor kni-272 determined by high resolution x-ray crystallography
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)S4 (42-49)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fx5A00
5P0EA 2BBBA 3TPLA 2QNPA 4Y3EA 1HWRA 2G69A 1AJVA 1PFZA 3QVIA 5P73A 5P5ZA 5P4OA 5P3DA 5P1VA 2AOJA 5P2IA 2BPYA 4RZ1A 4K4PA 5P19A 5P84A 2O4SA 3OU3A 5P6PA 3CKPA 4FE6A 1BBSA 3OQ7A 5OYTA 3PWRA 2QAKA 3OGQA 4I0IA 8HVPA 4F75A 2VA5A 1A8KA 5DPZA 1D4HA 3O9HA 3CIDA 3KDCA 3TOFA 1LYAB 1YTGA 5P6NA 1Z1HA 1Q9PA 3S54A 3HD8A 4AUCA 4I1CA 5P4NA 4ACXA 4XX4A 4YD7A 3JVWA 1B6PA 1A9MA 2IRZA 3BHEA 4GJCA 5P2VA 5I3YA 1EC2A 5DR0A 4J1CA 5P4UA 4H1EA 4J1FA 4NJSA 4DVFA 3MXDA 2F3FA 1MERA 1MRWA 5P6MA 3UFNA 4EP2A 3QRMA 2PQZA 3OUBA 3UDNA 3L3AA 1ENTE 3DV5A 1EBYA 5P0XA 2HM1A 1APVE 2QMPA 5KQYA 5P22A 3RTMA 3UQWA 4A6BA 1AAQA 5P30A 4M8YA 3Q3TA 1IZDA 1T7IA 4HDBA 1M43A 4KUPA 1T3RA 1UH8A 2G22A 2PK6A 4Y3GA 2ER9E 1YG9A 1MRXA 4JPCA 5P3WA 1GVWA 4XKXA 4BELA 5E5KA 5OZAA 3TNEA 3UDYA 5P37A 3QIHA 2OHPA 1IZEA 3SLZA 2QZWA 3BGCA 5DGUA 1SMEA 2BPZA 3GGVA 3Q4BA 2XFJA 5SY2A 2OHRA 1ZP8A 2ZJMA 3CKTA 1GVUA 5OZDA 3H5BA 3SKFA 1HVCA 5JG1A 5P8PA 4LXAA 3OXCA 5KR8A 1G35A 4Y5LA 4Y3JA 5P43A 4APRE 3MSLA 5BS4A 2WECA 5OZ3A 2VA6A 6UPJA 5P4BA 4FRSA 5P5DA 3VSXA 4DJRA 4Y5BA 4R95A 4YOAA 5IE1A 2QP8A 1HVKA 1AVFA 1PPME 5P2WA 5P0YA 2WF2A 4Y5NA 4J1HA 5EZXA 4PZWA 5P5WA 5OZVA 4U8WA 1UH7A 3IXKA 3BVAA 2AOHA 1QRPE 5P0CA 5JODA 5P6AA 3KDDA 1RNEA 3IVIA 4R92A 5P3LA 3PMYA 3I7EA 5AH9A 3QI1A 5P5BA 3LITA 5HE4A 1BVEA 4YDFA 5P1AA 1M0BA 4AA9A 1K1TA 1TSQA 5P6HA 4K4QA 2I1AA 2EWYA 1TCXA 5P8FA 4Y3TA 3QP0A 1VIJA 3HVPA 1FIVA 5P20A 4B05A 5P4JA 2PYMA 2PH8A 5P2KA 3IXOA 1HOSA 5P75A 1B6LA 1FQ5A 4DUSA 5JFPA 3PBDA 4I0EA 2WEDA 3KN0A 5OYWA 4KE0A 3GGUA 5HU1A 1K2CA 5OZMA 4FS4A 4U7VA 4Y58A 5P65A 3NU5A 3B7VA 3TPPA 1ODWA 5IVSA 5OZ9A 2XYFA 3FSMA 4PZXA 3LIVA 1K2BA 4Y5MA 2F3KA 4L7GA 5P3FA 5P8OA 3OHHA 3QPJA 3KM4A 5P1GA 5P6BA 4DI2A 1LF2A 4QJAA 2PSVA 5P7AA 5P4KA 5P66A 2P4JA 4YOBA 1BIMA 5P0NA 3VV8A 5P16A 5P1IA 3EKQA 5P7GA 2FLEA 1LEEA 5HU0A 5P2ZA 5P7UA 5P1DA 4D83A 5OZXA 3BGBA 3OXVA 2AOCA 3LIXA 4CP7A 1LV1A 3K5DA 5P41A 4Y3LA 5P8SA 2P3CA 3M9FA 5SY3A 5P27A 1GNMA 2CEMA 4Y50A 5P6FA 2IGXA 5P7XA 5P7KA 5P23A 5P3IA 4EXHA 2R5PA 3OQDA 1BVGA 1MUIA 3VG1A 3VFAA 3U6AA 5P14A 3Q6YA 3OOZA 3LIZA 4FLGA 1AIDA 4YBIA 3HAUA 3S43A 5P63A 1PSOE 5OZGA 1HVIA 3BXRA 2HB4A 4IVSA 5I70A 1VIKA 1D4KA 5P85A 3FV3A 1DAZC 1T7KA 1B5FA 5KR2A 2WJOA 4Z2ZA 2RMPA 3N3IA 3EKTA 4PPHA 3ZKIA 4Y53A 3EL9A 1PSAA 5OZFA 5P3EA 2I4XA 5OZ7A 4DPIA 5P7IA 2ZJNA 5P3BA 4NPTA 3PMUA 3PSGA 4Y3AA 2PSGA 5IVTA 5P3CA 1BV9A 4L1AA 1IIQA 2H6TA 5AH7A 1KJ4A 2OHMA 2QHZA 4Y47A 2NMZA 1NH0A 3OUDA 5P6CA 5P0ZA 5DR8A 3VF3A 2VJ9A 1IVQA 5P4QA 4R5NA 3K4VA 4B77A 4R93A 1JLDA 1HBVA 3LPJA 2QD8A 4OBZA 3VSWA 3T6IA 4H3JA 3UDJA 2BPWA 5P1JA 1K1UA 5P7EA 1T7JA 3O9BA 4Y38A 3OQFA 1ME6A 2QI4A 3ECGA 3MSJA 1FQ7A 1GNNA 1SGUA 5P8IA 5P1XA 5OYQA 2HIZA 5OYVA 4FM6A 2ZJJA 5P7YA 1XE6A 4UPJA 6FIVA 2BKSA 1TSUA 5C9FA 3L5CA 1META 3L59A 3KFNA 1CMSA 5P6YA 2AZ9A 4DFGA 4FGXA 4JECA 4Y3RA 3HBOA 3OHFA 2ER0E 4ZSPA 3ST5A 3VFBA 4Z4XA 4LL3A 2QI7A 2NMYA 4Y4GA 4YBFA 1G2KA 5P7QA 5P0UA 4YCYA 4CPSA 1AJXA 3PVKA 4BFBA 1SDTA 2QMDA 1IVPA 1B5FB 5P1KA 3UDMA 5P5PA 1DMPA 5HDXA 4QJ9A 2F8GA 2PH6A 3EC0A 2R3WA 2IDWA 2A4FA 4I8WA 3NU9A 4NKKA 3NWQA 1YTIA 5P0WA 5P0MA 3MSKA 1QDMA 5HTZA 5KQXA 5P0QA 1EBKC 2QHYA 3JVYA 5P80A 3VLAA 4F76A 2PSUA 5BWYA 1B11A 3OUDB 4Y4BA 3S8IA 1PPLE 3KMYA 5P8HA 3QVCA 4BFDA 2Q63A 4OBZB 5P5XA 4EJDA 5DR1A 3S85A 5P3VA 1SDVA 5P7FA 2P3BB 5P55A 2FGVA 4Y3MA 2VS2A 3SA8A 2PYNA 2BB9A 4Y57A 3UTLA 1NPAA 2NPHA 5P74A 2R3TA 1U8GA 3NWXA 3SQFA 4Y51A 2QNQA 4Y56A 3PWWA 5P7JA 4Y4AA 2WF3A 5P3YA 3L5BA 4OBDA 4TRYA 4DJWA 2JXRA 3L5EA 3BC4A 4Y6MA 4APEA 5P4EA 3S53A 2O4NA 2FDDA 3A2OA 5P3RA 5KOSA 1EPRE 1DP5A 1CZIE 3BXSA 2OHSA 5P45A 5P07A 4WY1A 1WKRA 5P1TA 3O99A 5P3KA 1ZPAA 3LZUA 5P58A 2NNKA 1MVPA 3K1WA 5P72A 5KR0A 3CICA 3GGAA 2OF0A 4CPXA 5P6ZA 5P5CA 5OZ2A 2VIEA 4Y3WA 2P8HA 3ZLQA 5P4SA 2UXZA 5OYYA 1HSGA 1HXWA 2WEAA 5P70A 3O9LB 4KE1A 4R8YA 4QJ2A 3SACA 5P5NA 2WF4A 5ENMA 3UF3A 5OZZA 2QZLA 1HSHA 3TOHA 3EL1A 5P2BA 3S45A 1W5XA 4B00A 2JYSA 4ZPFA 5P0VA 5P3GA 5P3HA 3S7MA 1RQ9A 2AZ8A 4YCKA 3TTPA 5P3QA 5IVQA 2FXDA 4ER4E 2NNPA 4Y44A 3K5FA 2QI0A 1QBTA 5P6IA 2WF0A 5APRE 2WHHA 3QS1A 2QNNA 2QK5A 5P3OA 5P0GA 1QBUA 3RTNA 1NPWA 5P7DA 3VYEA 5P8NA 3URIA 3T7PA 1HSIA 4I0HA 5P1YA 5F01A 3DM6A 3UPJA 3ZPUA 4FM8A 3IA9A 1W5YA 1Z8CA 4ZLSA 4HE9A 2XYEA 1E80E 3EKYA 4Y4ZA 4DJQA 1IDAA 2QD7A 5P5HA 2SAMA 5P7LA 4DQFA 4GZFA 1T6GA 1EPNE 4Y4WA 5P1CA 3UDHA 5P2JA 2BJUA 2R8NA 5P8DA 3EL4A 1IZIA 5P2NA 2FGUA 3HLOA 2B60A 3KT5A 4RYCA 2ZGAA 5P1BA 2QHCA 1ZPKA 1SDUA 4DJPA 4Z50A 5B18A 1SIVA 4QJ7A 4ZSRA 1ZBGA 2ANLA 3GGXA 4QGIA 1EPME 2G27A 1HTEA 5P2QA 2ZHTA 2VJ6A 3SKGA 1YM2A 5P25A 2PWCA 3LNKA 3FNTA 5P1PA 4Y3PA 5P3XA 3NSHA 4DQBA 5T4SA 2HS1A 3KDBA 2OHTA 3WZ7A 1MT8A 4Q1XA 2BQVA 1FG6C 5P56A 2HS2A 3U71A 4GYEA 1AM5A 2FIVA 1W5WA 3EL0A 4ZEAA 5P8GA 4DH6A 3QRSA 4LP9A 4MC1A 3R0WA 5AH8A 5DR4A 1HIIA 2VIZA 1B6JA 4DQGA 2BPVA 5P2RA 3VV7A 3OU4A 3D20A 4N00A 3G6ZA 2AOIA 4EYRA 4F74A 4GJ9A 2FDEA 3SO9A 1SP5A 3BUGA 4Y48A 3VYDA 2NXLA 3VEUA 5P6LA 3OU1A 3UQXA 5P13A 5P3MA 1HIVA 4Q5MA 5HDZA 4EPJA 4CPRA 4CKUA 5P8QA 2AVSA 4TRWA 2Q5KA 4PYVA 4J0TA 1HVSA 3INFA 2J9JA 5P5UA 4B1CA 4Y41A 5DQ2A 5P31A 5P51A 1NPVA 3NU6A 4A4QA 2ZHUA 4YE3A 3PRSA 4XXSA 2CEJA 1D4LA 1GVVA 1C6ZA 2R9BA 2FXEA 2HB3A 3IAWA 5OZPA 2ZYEA 5P1FA 5P1RA 3TKWA 1APWE 1SH9A 5P8LA 4LXMA 3FKTA 5P4DA 4S1GA 3APRE 3NR6A 1XN2A 1BAIA 4OBFA 2P3AA 3O9EA 1GKTA 2FMBA 5P7HA 2AOFA 3R1GB 2VNMA 5P8BA 3ZKSA 3FNSA 5P1NA 3PLDA 3ZL7A 9HVPA 5P7NA 3S56A 5EZZA 5P09A 3LZYA 5P61A 5P8MA 5P5RA 1ZLFA 3OU4B 2AZBA 2OHKA 5P4VA 5P5TA 4J1IA 3DJKA 2I4VA 3NU3A 5P2YA 1FF0C 3SA7A 3KMXA 2PMAA 3OU1B 3ZOVA 4K4RA 4DJVA 5DQ5A 3DK1A 1TW7A 3IGBA 3LINA 1E81E 1MESA 3HAWA 2QMGA 4GJ6A 2R43A 3PB5A 5P8VA 1MT7A 5OZYA 5P7ZA 3OOTA 5FIVA 1AXAA 4FRJA 1W5VA 2J9JB 5P3NA 4OBGA 4D85A 5P2EA 4U7QA 1PPKE 3O9IA 3NDXA 4COEA 5P59A 5P5EA 4Y5PA 1EEDP 2JJJA 5P2GA 1UH9A 4Y3QA 3OUAA 3GI5A 3H0BA 4Y3SA 3BRAA 4Y3YA 1HTFA 5P02A 5OYRA 3PI0A 2B7FA 1T6EX 3PGIA 5P46A 4EHCA 4Z22A 5P12A 2XFKA 4NJUA 1TQFA 3UQUA 3PEPA 3TOGA 3GW5A 3I8WA 2VA7A 4RVXA 3I25A 2IL2A 3HW1A 4HZTA 3GI6A 4YCTA 1IBQA 5F00A 3SABA 3U7SA 5P0TA 5P53A 2UPJA 2G20A 4WTUA 5HCTA 1TCWA 1TZSA 3KA2A 3EXOA 5P3SA 5P6JA 4AZYA 4Y5GA 3BUHA 2V10C 3EM6A 1FB7A 1LZQA 2BPXA 2AOGA 2OHLA 5P5AA 1D4JA 4D89A 4RRNA 3SPKA 2VNNA 3NU4A 5P5MA 1FFFC 3VV6A 2P3DA 5P0KA 5P35A 3TLHA 3EMYA 3KFSA 5OYUA 5P0RA 5P4MA 1F34A 3UQPA 1GVXA 2V12C 5P0AA 5P8TA 1UPJA 3SA6A 4J1EA 2PWRA 4YHQA 5P4PA 5IVRA 5OYSA 3O9AA 1ZAPA 1G0VA 3N4LA 4TRZA 3ZPTA 1ZSFA 2AVQA 4B78A 1QBRA 3LZVA 3ZKXA 5KOQA 4Y3DA 4E43A 5OZ1A 3CYXA 2G24A 2ZJLA 7UPJA 5P36A 5P3TA 2B42A 2IKUA 3EL5A 5P44A 5P88A 2A1EA 2Z4OA 3RTHA 4B70A 5IS4A 5ER1E 5C9DA 2F80A 2FDPA 1RV7A 3NDTA 2J9KA 3BUFA 5I3XA 1LYWA 6APRE 2HAHA 2I0DA 4Y5KA 5P04A 4FM7A 5OYZA 5P10A 1C70A 3INDA 3I6OA 2R5QA 1FQXA 5P78A 1W6HA 4I12A 3S43B 2WKZA 2CENA 3NUOA 1FGCC 4GJ7A 5P5QA 5P2UA 1A8GA 5P2SA 4EXGA 5P0OA 1YT9A 4D8CA 2ZE1A 3L5FA 1N49A 5P42A 1MIQA 3OUCA 2G1NA 5DQ4A 5P62A 3LIQA 4YD3A 3IN3A 3NLSA 4Q1WA 4Y5CA 3EM3A 5HVPA 2FNSA 1HEGE 1WBKA 5P5OA 4HA5A 1K6VA 5P87A 1HVLA 4RCEA 4I0GA 4Y39A 3HVGA 1IZHA 4EP3A 1LF4A 1QBSA 4OD9A 4QJ6A 1HVHA 3JW2A 5P39A 4L1AB 3URJA 1KJHA 2ZJHA 5OZ6A 5P3JA 3VF5A 1D4IA 5P3PA 1BWAA 3Q70A 3PLLA 1BDRA 1MT9A 1D4YA 5P57A 5P1LA 1KJFA 2WEZA 5OZKA 5P1QA 2WEBA 2QD6A 2F3EA 1W6IA 5P8JA 2V16C 1MPPA 4B72A 5P5LA 5OYXA 1LYWB 1MTRA 5P6XA 1BV7A 4RCDA 5P40A 3TPRA 4XX3A 1GNOA 5P18A 2VKMA 5DR3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0E A;  2BBB A;  3TPL A;  2QNP A;  4Y3E A;  1HWR A;  2G69 A;  1AJV A;  1PFZ A;  3QVI A;  5P73 A;  5P5Z A;  5P4O A;  5P3D A;  5P1V A;  2AOJ A;  5P2I A;  2BPY A;  4RZ1 A;  4K4P A;  5P19 A;  5P84 A;  2O4S A;  3OU3 A;  5P6P A;  3CKP A;  4FE6 A;  1BBS A;  3OQ7 A;  5OYT A;  3PWR A;  2QAK A;  3OGQ A;  4I0I A;  8HVP A;  4F75 A;  2VA5 A;  1A8K A;  5DPZ A;  1D4H A;  3O9H A;  3CID A;  3KDC A;  3TOF A;  1LYA B;  1YTG A;  5P6N A;  1Z1H A;  1Q9P A;  3S54 A;  3HD8 A;  4AUC A;  4I1C A;  5P4N A;  4ACX A;  4XX4 A;  4YD7 A;  3JVW A;  1B6P A;  1A9M A;  2IRZ A;  3BHE A;  4GJC A;  5P2V A;  5I3Y A;  1EC2 A;  5DR0 A;  4J1C A;  5P4U A;  4H1E A;  4J1F A;  4NJS A;  4DVF A;  3MXD A;  2F3F A;  1MER A;  1MRW A;  5P6M A;  3UFN A;  4EP2 A;  3QRM A;  2PQZ A;  3OUB A;  3UDN A;  3L3A A;  1ENT E;  3DV5 A;  1EBY A;  5P0X A;  2HM1 A;  1APV E;  2QMP A;  5KQY A;  5P22 A;  3RTM A;  3UQW A;  4A6B A;  1AAQ A;  5P30 A;  4M8Y A;  3Q3T A;  1IZD A;  1T7I A;  4HDB A;  1M43 A;  4KUP A;  1T3R A;  1UH8 A;  2G22 A;  2PK6 A;  4Y3G A;  2ER9 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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