3GGAA

Hiv protease inhibitors with pseudo-symmetric cores
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS4 (42-49)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords V-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, G, H
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ggaA00
1MSMA 3OUBA 1META 3CIBA 4Y57A 5P0CA 3GI0A 1TCWA 1A9MA 1MT7A 4ZPEA 3MWSA 5P16A 2BJUA 2J9JB 4Y4TA 1FFIC 3KMYA 2Z54A 4LHHA 4DJRA 5P0TA 5P59A 3VV7A 2QI3A 3UQXA 5DQCA 4PHVA 3KDBA 5P20A 2VKMA 4CKUA 3MSJA 2QZWA 5P61A 1GVTA 5P1RA 5P0OA 4GB2A 5P3TA 3EKTA 1NH0A 3IXKA 5P69A 3OOZA 5P68A 2BKTA 2RENA 3PBDA 3KA2A 1XDHA 2PYMA 2AZ8A 5P0MA 2WF1A 4Y4UA 4R5NA 5P3VA 4U7QA 1SMRA 4YD5A 3TPJA 1K6PA 5KOQA 3PSGA 3K5DA 2JJIA 5P8UA 5AHAA 3DJKA 4Y3HA 2OHTA 1FQ8A 3NWQA 2R38A 3UQPA 2PH8A 1APVE 3H0BA 4AA9A 4YBFA 5P5BA 3LIQA 5P6QA 5OZ8A 3K5GA 3VFAA 2NXDA 2RKFA 5OZ4A 4LBTA 1XL2A 2PQZA 4J5JA 4EJLA 4Y3RA 5OZ2A 5P06A 1GVWA 1BAIA 4Y5NA 3O9FA 5BS4A 1LF2A 5P44A 2ER9E 1UH8A 5P6GA 5P5RA 5OYWA 2NTRA 5P45A 4OBGA 1VIKA 2Q63A 4OBDA 4F75A 2PSGA 3EL4A 2QU2A 4NKKA 5P22A 2AOGA 4J1HA 1HEGE 2ZE1A 1XE5A 2PSUA 4K4RA 2J9JA 3VYDA 3TOGA 5P8OA 5P7WA 5SXNA 3D20A 5P0GA 5P4IA 4Y4WA 4Y56A 5P0DA 4ZSQA 3BXRA 3NR6A 4A4QA 2VNMA 5OYZA 5P0QA 5OZHA 3INHA 4DV9A 5AGZA 1EEDP 4GJCA 3K4VC 3BGCA 5EZZA 5P54A 1BV9A 5P3XA 1EC1A 3BVBA 5COPA 4DJOA 4I0IA 5P3UA 5P6UA 3QBFA 3UQUA 3CKPA 1HSHA 2OHQA 2I4DA 3QN8A 3O99A 3CYWA 5P50A 1B5FB 4IVTA 3UHLA 2AVOA 2EWYA 3EKXA 5P38A 4ZPFA 2ZHSA 5P26A 4GYEA 1D4SA 5P6DA 4A6CA 3LIVA 2O4SA 2Q5KA 1W5VA 3PI0A 2BB9A 5P8NA 2ZHUA 4Y3GA 3L5EA 4R91A 2WL0A 1QBRA 3SA6A 5P4FA 3HZCA 4U8WA 3SAAA 5P4WA 5OYVA 1LYAB 5DQ2A 4Q1YA 1XS7D 2B60A 4TVGA 2AZCA 1NPVA 2FGUA 4Z50A 2BPWA 4MC9A 3VSXA 5OZNA 3PJ6A 5SY2A 2QU3A 2NR6A 1SP5A 4RGHA 5P60A 2O4NA 3PLLA 5HU1A 2HB2A 4FSLA 2NXMA 5DPZA 2V11C 2BBBA 3Q4BA 5P4XA 5P72A 3OXWA 1LYBB 5P6HA 4B1DA 2RSPA 1HPVA 4Y4JA 4L1AB 3D1ZA 2AVQA 2ZGAA 3FKTA 5P6BA 5P2IA 4ZEAA 1W50A 3EL1A 5P4RA 5P8FA 2B7ZA 3OWNA 5P3MA 3LITA 2G94A 1UPJA 5P1KA 2XYEA 5HDZA 4QJAA 3OUCA 4FS4A 2O4LA 1MPPA 2V10C 3O9GA 5HE7A 2QI6A 4HA5A 1B5FA 2WHHA 5P7JA 4Y3XA 3Q5HA 2G1YA 1HVHA 4APEA 5P34A 3TKWA 3T6IA 3PCWA 3NDUA 5P0YA 2G20A 3EC0A 2FXDA 1OD1A 3LZUA 5SY3A 5P7GA 1SDUA 3WB5A 2QI7A 4Y6MA 4B78A 1AZ5A 3O9EA 4FM7A 3ST5A 1EBYA 5OZGA 1HBVA 2Z4OA 3EKWA 2Q64A 3RTHA 1LYWB 5P5CA 4HEGA 3SO9A 5P08A 5P3HA 4Y3NA 1IDAA 1AXAA 5P7CA 4B70A 5P71A 3ZL7A 3NSHA 1B6MA 1KZKA 5P02A 4EHCA 4FCOA 2ZHVA 3SQFA 5HVPA 3UDNA 3T7PA 2QHZA 4L1AA 4ER4E 4RCEA 3CICA 5P1PA 2HIZA 5HCOA 2NMYA 4N00A 5P4HA 3S54A 1ZSFA 4M8YA 2A4FA 3OHFA 4DQCA 1D4LA 4QJ8A 5P7QA 5P2OA 4Y3QA 1QBSA 2AOHA 1EBZA 5P85A 5P4GA 2RMPA 5P42A 7HVPA 2P3DA 5DR3A 3ZPUA 1YM2A 2QNQA 2Q54A 2ZJKA 1YG9A 1FMXA 5P5LA 2QNNA 2XYFA 2WECA 1EPME 2Q11A 4Y44A 5P7LA 4J17A 4DQHA 4FRSA 5IVSA 1D4HA 2OHSA 5OZ0A 1FQ5A 1TCXA 4RCFA 2P3BB 5HDUA 2ASIA 5P6IA 3S2OA 4Q1XA 3EL9A 5P29A 5P1AA 3ZKSA 3EKQA 2HAHA 2H6TA 1MERA 5P4PA 5P11A 1APUE 1D4KA 2OHLA 5P6OA 1IZIA 3LIZA 1FMBA 5P1XA 3VV6A 2R3WA 3ZKGA 3B80A 4K4QA 4EP2A 9HVPA 3LIYA 1BDLA 2AVMA 1W6HA 1LYWA 3LINA 3OUDB 4DPFA 5I3WA 5P4JA 5P8JA 3S7MA 1AAQA 2IGYA 2FS4A 1BVGA 3FIVA 4BFDA 5P49A 2IGXA 3S43B 4A6BA 5P84A 1K1TA 5OZBA 4CP7A 2OHUA 3OAGB 5KQYA 4YE3A 3OQ7A 5P8MA 4H1EA 3PMUA 2OAHA 3O9HA 3GGVA 4Y5LA 5P6FA 4CPQA 1EPQE 4BFBA 4QJ7A 2VIJA 1MTRA 5HCTA 3QRSA 1YTGA 5C9FA 3RTNA 4HLAA 5OZRA 3APPA 1DW6C 3OQKA 4NPUA 1K1UA 4Y5EA 5P70A 1N49A 2VIZA 3O9LB 4B0QA 2IEOA 5BRYA 2WF3A 5P48A 2ANLA 5KQZA 3INEA 3NDXA 2WEBA 4J1IA 5AH8A 2MIPA 3NWXA 5P0EA 3TH9A 3HVPA 4FM6A 5P10A 3NLSA 2I0DA 2P3BA 5IVQA 1TSUA 5JODA 5P1TA 2QD6A 2APRA 4Y5CA 2ZYEA 1MTBA 3DV5A 3UDJA 3KYRA 3GI6A 1HSIA 1T6GA 2G1RA 4Y43A 5P5EA 1GNOA 2OHPA 1NPWA 4EYRA 5P4NA 5P14A 5P5DA 3FNUA 5ER2E 2Q15A 1CZIE 5P87A 5HDVA 3OUDA 4AA8A 3SKFA 2AOIA 5P3PA 4YDFA 5P5GA 4GJ7A 5P3OA 5P0BA 2HPEA 4FAFA 5P3DA 1IIQA 3S43A 3UDQA 3UDKA 3KDDA 5KQFA 3BGBA 3TPPA 5P39A 4GMIA 1ODXA 5P0RA 4ZSMA 1HVIA 1ZP8A 6FIVA 2FDDA 1FGCC 3OQAA 3RSXA 5P2JA 4FE6A 1KJ7A 4H3JA 3L5CA 3PWRA 5DR4A 2I4XA 3TTPA 1ODWA 3PWMA 5P35A 5P1JA 5HD0A 5P4DA 3D91A 3L5FA 3RU1A 5P43A 5OZYA 1ER8E 4Y4DA 4QGIA 3RVIA 2G26A 4GJDA 3SFCA 2VJ9A 2QHCA 4EP3A 5P80A 1MESA 2IQGA 3TOHA 3MXDA 5P66A 5OZTA 5P1OA 4WY6A 1K6VA 2VIYA 4Y37A 5KR8A 4ZSPA 3Q3TA 3PB5A 5P75A 4Y4XA 2VS2A 1HHPA 4TRZA 2BPXA 2FLEA 5KR2A 1IDBA 2F3EA 4JPCA 1QBTA 3H5BA 2QHYA 3NU5A 3BHEA 4YCKA 5P7FA 5P51A 3EKVA 5OYUA 2VA5A 5HDXA 3QBHA 5OYTA 1HVKA 1FF0C 5P00A 3OXVA 5P5KA 2JJJA 5OZMA 2IL2A 3IN4A 1LF4A 2CEJA 4LP9A 1HTFA 5P2ZA 1DPJA 5P3SA 4OD9B 3Q6YA 4E43A 5OZFA 5P07A 4R8YA 1TZSA 5P46A 4HZTA 1U8GA 1EC2A 2HS1A 5OYQA 5DQ5A 4ZLSA 5P78A 3TNEA 5OZXA 1UH7A 5P30A 4Y3WA 1MT8A 2B8VA 3K4VA 4DH6A 1GVUA 2ZJMA 1ZAPA 1PROA 5P65A 2F81A 1K6CA 1UH9A 1SH9A 3DUYA 3GGXA 5P3FA 1C70A 1A94A 2AVVA 4PPHA 3PI5A 3I25A 5P0SA 3EL5A 4PYVA 3OUAA 3ZKNA 2I0AA 1BXOA 4DVFA 4B1EA 1XL5A 3INFA 5OZ1A 5P56A 5P83A 4Y45A 5P36A 1HEFE 1NSOA 2WF4A 1ZSRA 5P7ZA 1ZLFA 1YT9A 3VLBA 5AHBA 5P19A 4OC6B 1APTE 2QAKA 4QJ6A 1T7KA 1C6XA 3KMXA 3SA3A 2AQUA 1PPKE 5P5FA 3SA9A 4H3GA 2O4KA 5P4TA 5P8BA 1YX9A 1IVPA 3O9IA 5P41A 4XKXA 4F76A 3OGQA 1EBWA 3JW2A 4I11A 1XN3A 5P58A 1T7JA 2HB3A 4Y39A 3VF3A 3OK9A 5I3VA 4Z2ZA 4OD9A 4Y3FA 1IVQA 3ECGA 4CPXA 5P5OA 1GVXA 4OBHA 2I4WA 5J25A 4LXKA 3PRSA 5P7UA 1BDQA 2OHNA 5P8GA 3ZPTA 5OZ7A 3KN0A 1KJGA 5P3YA 2IENA 2QZKA 5P6XA 3VF7A 3OU4B 1K6TA 4J1KA 5P3KA 5P6JA 4HDBA 5P2BA 3FNTA 3OADB 5P6KA 5P7XA 1RQ9A 5P05A 1OEXA 2ZDZA 3IAWA 4YCYA 4KE0A 2ZHTA 5P6VA 1A8GA 1ZPKA 1BXQA 2WEDA 1BWAA 3UF3A 3L5DA 3PLDA 4Y3YA 2BPVA 4Y54A 1NPAA 2ZJJA 4GIDA 4Y58A 5P6TA 1WBKA 2B7FA 4K4PA 5JFPA 1M0BA 3NU4A 3MSKA 1CMSA 1PPME 5P31A 3FV3A 5P0VA 5P73A 5P2YA 4KUPA 1FQXA 3OHHA 3VSWA 1PSNA 4FRIA 4DJYA 1MIQA 3ZKMA 2AOFA 5P4EA 4D83A 5P2MA 2UXZA 3FNSA 4I0DA 4PEPA 5P5NA 2Q3KA 1WBMA 3UDHA 4EQJA 1SMEA 2R9BA 5AH7A 1A8KA 5AH9A 5ENMA 3KM4A 1PFZA 5P6CA 5P0AA 4Y3DA 4Y3PA 1QDMA 2JYSA 4JP9A 2UPJA 2O40A 4YBIA 1SGZA 3LPJA 5P23A 5EZXA 2IDWA 5P6EA 4GJ6A 3TPRA 3QVCA 5C9DA 5P0JA 3OU4A 4XX3A 5APRE 3PCZA 1IBQA 5I3XA 4HDPA 4FLGA 3OADA 5OYSA 5P8EA 1LYAA 1FB7A 3A2OA 4FIVA 1W6IA 1HSGA 4PZWA 4Y47A 2B8LA 3DCRA 3SABA 4F74A 4EJDA 5C9BA 5E5KA 4Y38A 1FG8C 2P8HA 5KR0A 1ZPAA 5P5PA 2ER7E 4AMTA 5P3QA 4Y3ZA 3NU3A 4NPTA 5OZVA 1LYBA 3UFLA 1AIDA 3BC4A 1D4IA 1ZJ7A 3L5BA 5CONA 2OHMA 4M8XA 1M4HA 5P1BA 3QROA 5PEPA 4DJWA 3HDKA 5P55A 4LL3A 2NPHA 5P7YA 2WF0A 2F8GA 1FEJC 2ZJLA 3ER3E 4GJBA 1YTIA 3G70A 5OZUA 4GJ8A 4Y3MA 5P37A 5P5WA 1IZHA 2PWCA 1HPXA 3TLHA 3M9FA 3R2FA 2FMBA 4FGXA 3S53A 4MC2A 2F3KA 5P77A 1C6YA 4L7GA 1HVCA 4BEKA 2WEAA 2I4UA 5P1HA 5P0KA 5P7OA 5P2KA 5P8TA 5P33A 5KOSA 5P7VA 5P8SA 5P8VA 1AM5A 4TRWA 1GNNA 6UPJA 5P7SA 4IVSA 4AUCA 1BBSA 3EM4A 4Y35A 4YD7A 3I6OA 3NU9A 5P1MA 3U6AA 2QNPA 5P1SA 4TVHA 4H3IA 4JECA 2VA6A 2V12C 5P1UA 5P0XA 2PMAA 2V00A 4J0VA 2B42A 3JVWA 5OZ9A 5P7NA 2R8NA 3PGIA 1RV7A 1FQ6A 4OBZB 3KDCA 2HPFA 3WSJA 3HVGA 3K5FA 4YDGA 5UPJA 3F9QA 1SDVA 2VIEA 2XFJA 5P2QA 2WEZA 2PSVA 5P40A 4LXMA 1ODYA 1D4YA 3IN3A 4I8WA 3KFSA 5P6MA 1C6ZA 3DV1A 3SM2A 5P0IA 4U7VA 3AIDA 5P1VA 1MT9A 1MSNA 2PK5A 4RVJA 3SA7A 5P2SA 1RNEA 3HD8A 4NJTA 3DOXA 3L59A 3BUFA 3LZVA 2QMPA 3UCBA 5P4LA 3I7EA 3BUGA 3VF5A 4RRSA 5DR1A 5P0UA 3U7SA 1MRXA 5ER1E 2AOCA 4HVPA 3UDPA 5P3GA 2P3CA 5P1IA 4DJUA 5ENKA 5ISJA 4RVXA 1HXBA 2R5PA 2AIDA 4GZFA 3QRMA 3GW5A 5P47A 5P3WA 5P2LA 3B7VA 2QK5A 1CPIA 2AOEA 3EKYA 1T3RA 4COEA 3C9XA 4J1CA 3EKPA 3UFNA 1T6EX 4RCDA 3ZLQA 4EQ0A 4D89A 3LNKA 5P6WA 3NXNA 5P5MA 1HRNA 1T7IA 4QLHA 3OTSA 3OGPA 4DJXA 4Y3AA 5DGWA 5OZAA 3INDA 5P27A 5OZ3A 5P8AA 4GJAA 3T7QA 1GNMA 2J9KA 1YTJA 2FDPA 4Z22A 5P03A 5P17A 3T11A 5P63A 4OBZA 3KFRA 3VUCA 5DQ4A 3KFNA 3EBZA 4Y4EA 1EPPE 3O9CA 3DCKA 3UDRA 4ER2E 4L7JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MSM A;  3OUB A;  1MET A;  3CIB A;  4Y57 A;  5P0C A;  3GI0 A;  1TCW A;  1A9M A;  1MT7 A;  4ZPE A;  3MWS A;  5P16 A;  2BJU A;  2J9J B;  4Y4T A;  1FFI C;  3KMY A;  2Z54 A;  4LHH A;  4DJR A;  5P0T A;  5P59 A;  3VV7 A;  2QI3 A;  3UQX A;  5DQC A;  4PHV A;  3KDB A;  5P20 A;  2VKM A;  4CKU A;  3MSJ A;  2QZW A;  5P61 A;  1GVT A;  5P1R A;  5P0O A;  4GB2 A;  5P3T A;  3EKT A;  1NH0 A;  3IXK A;  5P69 A;  3OOZ A;  5P68 A;  2BKT A;  2REN A;  3PBD A;  3KA2 A;  1XDH A;  2PYM A;  2AZ8 A;  5P0M A;  2WF1 A;  4Y4U A;  4R5N A;  5P3V A;  4U7Q A;  1SMR A;  4YD5 A;  3TPJ A;  1K6P A;  5KOQ A;  3PSG A;  3K5D A;  2JJI A;  5P8U A;  5AHA A;  3DJK A;  4Y3H A;  2OHT A;  1FQ8 A;  3NWQ A;  2R38 A;  3UQP A;  2PH8 A;  1APV E;  3H0B A;  4AA9 A;  4YBF A;  5P5B A;  3LIQ A;  5P6Q A;  5OZ8 A;  3K5G A;  3VFA A;  2NXD A;  2RKF A;  5OZ4 A;  4LBT A;  1XL2 A;  2PQZ A;  4J5J A;  4EJL A;  4Y3R A;  5OZ2 A;  5P06 A;  1GVW A;  1BAI A;  4Y5N A;  3O9F A;  5BS4 A;  1LF2 A;  5P44 A;  2ER9 E;  1UH8 A;  5P6G A;  5P5R A;  5OYW A;  2NTR A;  5P45 A;  4OBG A;  1VIK A;  2Q63 A;  4OBD A;  4F75 A;  2PSG A;  3EL4 A;  2QU2 A;  4NKK A;  5P22 A;  2AOG A;  4J1H A;  1HEG E;  2ZE1 A;  1XE5 A;  2PSU A;  4K4R A;  2J9J A;  3VYD A;  3TOG A;  5P8O A;  5P7W A;  5SXN A;  3D20 A;  5P0G A;  5P4I A;  4Y4W A;  4Y56 A;  5P0D A;  4ZSQ A;  3BXR A;  3NR6 A;  4A4Q A;  2VNM A;  5OYZ A;  5P0Q A;  5OZH A;  3INH A;  4DV9 A;  5AGZ A;  1EED P;  4GJC A;  3K4V C;  3BGC A;  5EZZ A;  5P54 A;  1BV9 A;  5P3X A;  1EC1 A;  3BVB A;  5COP A;  4DJO A;  4I0I A;  5P3U A;  5P6U A;  3QBF A;  3UQU A;  3CKP A;  1HSH A;  2OHQ A;  2I4D A;  3QN8 A;  3O99 A;  3CYW A;  5P50 A;  1B5F B;  4IVT A;  3UHL A;  2AVO A;  2EWY A;  3EKX A;  5P38 A;  4ZPF A;  2ZHS A;  5P26 A;  4GYE A;  1D4S A;  5P6D A;  4A6C A;  3LIV A;  2O4S A;  2Q5K A;  1W5V A;  3PI0 A;  2BB9 A;  5P8N A;  2ZHU A;  4Y3G A;  3L5E A;  4R91 A;  2WL0 A;  1QBR A;  3SA6 A;  5P4F A;  3HZC A;  4U8W A;  3SAA A;  5P4W A;  5OYV A;  1LYA B;  5DQ2 A;  4Q1Y A;  1XS7 D;  2B60 A;  4TVG A;  2AZC A;  1NPV A;  2FGU A;  4Z50 A;  2BPW A;  4MC9 A;  3VSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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