3GGUA

Hiv pr drug resistant patient's variant in complex with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTVKIEGQLKEALLDTGADDTVFEELTLSGRWKPRLIGGIGGFVRVRQYDQVPIEICGHKVIDTVLVGPTPTNVIGRNVMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular characterization of clinical isolates of human immunodeficiency virus resistant to the protease inhibitor darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gguA00
4GZFA 2XYEA 4DJQA 4XX3A 2NMYA 2I4XA 5UPJA 5P3KA 5E5KA 4PEPA 2IDWA 3NDUA 1FQ7A 3D3TA 3K5GA 3N3IA 5DR3A 2BKSA 5P0VA 5P7BA 4QJ9A 1MSMA 1HBVA 4Y53A 2Q64A 3TOHA 1K6PA 3PMYA 5P3IA 5P7VA 1YTJA 3NU6A 5DR4A 2QI4A 2HB2A 1A9MA 2XFJA 4L7JA 4BFDA 2V10C 4A4QA 9HVPA 1GVUA 1PPKE 1SBGA 5P4LA 5P00A 4RVIA 4L7HA 4TRWA 2R9BA 1FQ5A 4GIDA 5OYWA 3UFNA 1MRXA 1A8KA 5P5TA 4ZSRA 4YBIA 4DQHA 2FDDA 5P60A 4Z2ZA 3PLLA 5OZ8A 3GI0A 5P0MA 5JFPA 4Y3RA 5P7RA 1N49A 1SDUA 1GNMA 2QHCA 4DJRA 4BEKA 2ZJNA 3HVGA 2AVMA 4Y39A 5P2ZA 5AH6A 3QVCA 2XFKA 4ZPFA 1OEWA 4QJ6A 5P0DA 4QLHA 4YBFA 5P6MA 1TCWA 4YOAA 1NPAA 2QU2A 2HPFA 3RU1A 4GJAA 4HDPA 1HEGE 5P4HA 5P0SA 3G70A 5P7SA 4FS4A 4I0GA 2BJUA 2H6TA 3NR6A 5P8HA 1ZAPA 4PZXA 3KF0A 5P3EA 3CYXA 4YOBA 4Y3WA 1EBZA 2I4QA 1W6HA 3UQUA 2RSPA 5P42A 2VJ7A 5P5LA 5P4KA 5P5BA 5P1YA 1K2BA 3O9GA 2PMAA 3VYFA 5P1BA 5P73A 2RKFA 5BRYA 5P5VA 4PHVA 3U6AA 5BWYA 5OYXA 4HA5A 3NUOA 5HU0A 5P7OA 5ISJA 1ODXA 1HOSA 5P1FA 2QZWA 1GVWA 2QI3A 2ZHTA 1UPJA 1BVEA 5F00A 3PSGA 1BIMA 4FM8A 1BWBA 2QAKA 3RTNA 1HIHA 5OZEA 4Y3EA 3L5CA 5P6OA 2VJ6A 5OZ7A 5P8IA 5P4ZA 4PYVA 5P6QA 1OEXA 5P78A 4I0DA 5P79A 4M8XA 3S45A 5P34A 5P6KA 5P64A 3SA9A 4EWOA 3LIZA 5P2WA 4R93A 4EJDA 4YCYA 5P6WA 5OZ0A 4EXGA 4A6CA 1FB7A 2UY0A 3GGUA 3EMYA 3TKGA 4Y3AA 3OQAA 1WBMA 1MT9A 3OUBA 4CPXA 5P4VA 3I2LA 4GJBA 3SA3A 1SIPA 2I1AA 1KJGA 3CICA 1DPJA 5KAOA 5P0WA 5AH7A 1HXWA 2FGVA 3C9XA 5P59A 3GI4A 1HWRA 5P1LA 3SA7A 2QHYA 1K6TA 2FS4A 2AZ8A 3NDTA 5P30A 1IZDA 4B1DA 4DUSA 1XE6A 3WB5A 3HLOA 2VNNA 4Y5BA 3EM3A 4HDFA 4DQEA 3H0BA 1C6XA 1TQFA 2PSGA 1FMUA 3L38A 5P7AA 1T7KA 5OZIA 3S53A 3GGAA 4OBGA 3ZKSA 2Q55A 1KZKA 3HBOA 5P6SA 4ZSPA 5AHAA 3TTPA 1ZP8A 4Y4EA 1DMPA 4ACXA 1D4LA 3Q5HA 5OZ5A 3CIBA 4Y5KA 5APRE 3QS1A 1KJFA 2ZE1A 1D4YA 5P6JA 2IQGA 3VF5A 3SA6A 1M4HA 2PYNA 4IVTA 1BV9A 2VJ9A 3Q6YA 5E5JA 5P1IA 4DJYA 2Z54A 1ER8E 1W5YA 3FKTA 4OBHA 5P1MA 1G2KA 4J1CA 3PBDA 3EKYA 5P12A 3FNTA 2G69A 3D1XA 3IN4A 3LITA 5DQCA 2Q11A 2ZHUA 3L5DA 3OU1B 1AJVA 6FIVA 4Y50A 1UH9A 2AOFA 4Z4XA 5SY2A 3KDDA 5P7HA 4EP2A 1HVIA 1VIKA 1XL5A 2F3KA 3G72A 1FMBA 3NU3A 5P5OA 1M0BA 5P55A 4COEA 1EBWA 3NYGA 3URJA 3VG1A 1YTIA 3QP0A 4Y6MA 1HVKA 1BXQA 5I3WA 4Y3TA 4I8WA 4PZWA 4FRIA 1LYWB 5B18A 5P58A 3ZPTA 3WZ6A 5P5IA 1HTEA 5P26A 2IKUA 3TPJA 1W51A 5P2JA 2HB4A 3ER3E 5P3AA 2ZDZA 4RYGA 5P4SA 4DVFA 5OYZA 1RV7A 1FG6C 5P4NA 2APRA 5P3ZA 2O4PA 5P3XA 5P5KA 1EPPE 2OHRA 2WECA 1T6EX 4DJPA 5P1XA 5P49A 5P3OA 1QBUA 4Q1YA 2OHKA 4FSLA 3O9AA 2VIEA 5P1QA 3TPRA 4QGIA 4YHQA 5KQFA 2VIYA 4EXHA 4DJUA 3OK9A 5P46A 1ME6A 2JJIA 5P0OA 5P6NA 1EBYA 3S85A 3ZKMA 5DR0A 4J54A 4Y5GA 4EP3A 3SLZA 3SQFA 3UQXA 5P32A 4JPEA 5OZKA 1LF3A 5P4WA 3ZPUA 5P3SA 4R5NA 5P5HA 5P29A 3PSUA 1B6LA 2QMPA 4NJUA 5P8GA 3KYRA 5P3FA 5P7WA 3BUHA 4Y5LA 5P5PA 4K9HA 5P7XA 3INEA 5P36A 2Q3KA 5HTZA 4OC6B 1SP5A 5P1NA 5KOSA 4B1CA 5P1VA 4Y9WA 2G27A 2PWRA 3H5BA 2R8NA 3OQ7A 1MT8A 5OZXA 5P4FA 3HVPA 2QZKA 1E80E 4U8WA 1Z8CA 4I0FA 4I11A 4GJCA 3DJKA 5P2AA 4Y36A 3ZKIA 2QP8A 5EZXA 3O9EA 5P71A 1FLHA 5P13A 4Z50A 2WF3A 2ANLA 5P0BA 4A6BA 3GW5A 4GJ8A 4GJDA 5P3VA 5P2DA 3UDQA 4YCKA 4FCOA 3PI0A 1BILA 3NDXA 1W6IA 3SO9A 1K1UA 5P8OA 4TVHA 5P0LA 1B6KA 1EPME 1ENTE 5TOLA 5OZTA 3S7MA 5HU1A 4I0IA 2F81A 3LZVA 5P5DA 5P6TA 4LL3A 1T7IA 2IL2A 1FKNA 5P8BA 4ER4E 3PBZA 4OBFA 2VIZA 3Q4BA 5P1KA 1C70A 5P4IA 3OQDA 4H3GA 2I0DA 2QZXA 1VIJA 5HD0A 3EKWA 5P4UA 5P8FA 1AM5A 1D4KA 3APPA 5P0HA 1XS7D 5P8EA 2QNNA 5P1WA 3DCRA 1HPOA 5OYVA 4X7IA 3KA2A 3QN8A 1TZSA 2NR6A 2R3TA 5DR1A 5P5XA 5P5RA 2FXEA 3OUAA 1EC0A 1SMRA 2IEOA 5COPA 2HS1A 2CEMA 3DCKA 1FFIC 2V12C 3KMXA 1B5FB 5P5QA 3ZKXA 5AH9A 5P37A 3IXOA 3R4BA 1ODWA 1A30A 3L58A 1MTBA 5P7UA 2FDEA 3SACA 2OHMA 5P4DA 1EC2A 3S7LA 5P0NA 3UDPA 1FMXA 1HTFA 2G1RA 2AVOA 3T6IA 2AIDA 4YD4A 3UDRA 3FSMA 5P5UA 3DV5A 5P6LA 5P2SA 1G35A 3LHGA 4Y5EA 5P1SA 5P2OA 1YTHA 3EKVA 4ZEAA 5P4TA 5P2BA 5P8JA 4NJVA 3B80A 3OTSA 4BFBA 3BUGA 4Y3GA 3UPJA 3EKXA 5AHBA 3LPIA 5OZAA 1UH7A 2WEBA 2V16C 2JXRA 2QU3A 1GVVA 3AUPA 1B6MA 5OZUA 2J9JB 5P3TA 5P3JA 3UDKA 3CIDA 3EL0A 4B77A 4RCDA 5P43A 3JW2A 3PRSA 5KQXA 4F74A 2I0AA 4CKUA 4J1EA 4D83A 5P47A 5OZCA 2HC0A 5P3WA 2QCIA 4ZSQA 1OD1A 3GI5A 2NPHA 2B8VA 2I4DA 1TSUA 5P52A 2QMDA 2F8GA 5P5FA 1IDAA 2VA6A 2V13A 3BC4A 3GGXA 4J0TA 5P3GA 2AVVA 5CONA 2PSVA 5KR1A 4U7QA 1PFZA 1NSOA 2R5QA 3KMYA 3S54A 2BPXA 1HTRB 1J71A 5P2KA 4H3FA 5KR0A 1EAGA 2ER0E 4J1FA 1LF2A 4Y3MA 4EJLA 2ZHVA 4FRKA 4IVSA 5P62A 5P4BA 3ZLQA 3UFLA 4Y3JA 5P8SA 2FGUA 1GVXA 3NWXA 2OAHA 1K1TA 5DQ1A 5P1EA 5DR7A 1XE5A 4K4QA 5P01A 5P7KA 2F80A 5P75A 4GJ9A 3VF7A 3WZ7A 5OZFA 3OU1A 3QRSA 5P6IA 3BXRA 2BPWA 5P11A 1T3RA 4B70A 4I8ZA 4R91A 1HVHA 2XFIA 1W5XA 3VV8A 3RTMA 4S1GA 4X2LA 5OZ3A 5P51A 3LNKA 4I0JA 3GGVA 5P8RA 4DH6A 3UF3A 1K6CA 3F9QA 3SABA 3R0YA 5P3YA 5P4YA 2R5PA 5P67A 3SA5A 3I25A 4J1KA 3LIQA 5P2YA 1EPNE 3ZKQA 3EKQA 3KFPA 1NPWA 4YA8A 4J0ZA 3IAWA 1LYWA 5P0PA 4B78A 1E82E 3PCZA 3NWQA 4DQBA 3TLHA 4LXKA 4DI2A 5P2VA 1TW7A 1DP5A 3DUYA 5P31A 2P3AA 2NMZA 4Q1WA 3D91A 1PSOE 5OYUA 3VFAA 2QK5A 3SAAA 1D4HA 3LPKA 1E5OE 4LHHA 3BGBA 1ZJ7A 4FRSA 5P4AA 4NPTA 4Y58A 4D88A 3OY4A 5P6GA 4DJWA 2NTRA 4CPTA 3VUCA 4CMSA 2ZGAA 1T6GA 4YE3A 3VCMA 4MC6A 1C6YA 3I8WA 1RNEA 4Y3NA 2HAHA 5P04A 2IENA 5P8MA 3WZ8A 4DFGA 3VFBA 4DQFA 1DIFA 4Y3PA 5P7IA 5P89A 1A8GA 3PJ6A 1MIQA 3ECGA 2R3WA 2Q54A 5DPZA 4RCFA 5HCTA 4Y57A 3PGIA 4LAPA 2WEDA 5P1UA 4FIVA 4EPJA 4JECA 3QIHA 3K5FA 5P4QA 5P7JA 1MSNA 2G24A 3CYWA 4NJTA 3RSVA 4OC6A 1EC3A 2J9KA 3NSHA 5P54A 3IN3A 1HVRA 3Q70A 1LYBB 2WJOA 5HDZA 5P4GA 4F76A 3OHFA 3B7VA 5JODA 3OU3A 4FSEA 1PPME 2BPZA 4DJVA 1K2CA 1AIDA 2QD8A 3OAGB 5P8PA 3R0WA 3BUFA 4HLAA 4CPSA 1HVLA 1BBSA 2OHLA 5P61A 1ZSRA 1BAIA 1HRNA 4Y44A 5P33A 3UHLA 2WEZA 1HVCA 3MXEA 1XN2A 2ZJMA 4NJSA 5P28A 4ZSMA 1D4SA 5P5EA 4Y4XA 1LYAB 1U8GA 1ZBGA 5P5ZA 5OYYA 3K1WA 3UDHA 3SA4A 2BQVA 1XN3A 3SFCA 3OOTA 1HPVA 3IVHA 3EKTA 4ZPGA 3DV1A 5J25A 4EHCA 1EBKC 3T3CA 3T7XA 3LIXA 4FGXA 5P72A 5P7MA 2QMGA 5P3DA 4YD7A 2AODA 5P7LA 3RVIA 2ASIA 1RQ9A 4CPUA 5P82A 5DQ4A 4RVXA 3KFSA 3AIDA 5OZWA 4KE1A 4RYCA 3TPLA 3MWSA 4YD5A 3SA8A 5P03A 3T7PA 4I1CA 4H3JA 2PK6A 3OUCA 4AZYA 4Y3YA 5SZ9A 4GJ6A 4Y3ZA 2I4UA 1WKRA 3VV7A 5P4JA 5P57A 4DJXA 1HSHA 3IXKA 3UDNA 5SXNA 2Q5KA 4TVGA 5OZRA 4B00A 1M43A 4FLGA 5P3HA 5OZ9A 5P22A 1B5FA 1QDMA 2B7FA 5P85A 5P05A 1IZEA 5P19A 2G1YA 2QI5A 5P87A 4L7GA 5CLMA 5P10A 3ZKNA 2NNKA 1G0VA 2JJJA 4D8CA 3LZYA 4Y3HA 1GKTA 5P20A 3QRVA 1BVGA 5C9DA 3PWRA 2QI1A 5COKA 3PI5A 4M8YA 1MUIA 5P3CA 2G20A 5P2XA 1KJ4A 2ZYEA 5P2TA 4Y5NA 1FF0C 2PH8A 2QI6A 3OQKA 4YCTA 5P2CA 4ZE6A 5P4EA 5P5GA 3EBZA 4UPJA 4RZ1A 3APRE 1LZQA 4J1IA 1K6VA 3KT5A 2RKGA 4H1EA 5AGZA 1APWE 4J0YA 5DQ2A 5I3XA 4F73A 2P3BB 1IBQA 2PQZA 1F7AA 2O4KA 2J9JA 5P7YA 1ZSFA 4Y4BA 5P6FA 2IS0A 1B6PA 4H3IA 2O4LA 2FXDA 3EXOA 2ZJLA 3S2OA 2ZJJA 5P7PA 4APRE 4Y4AA 5ER2E 7HVPA 3UDYA 5IVTA 2PC0A 3EL1A 5HE4A 1EPRE 2OHPA 3N4LA 3INHA 3RSXA 2NXLA 2QMFA 5AHCA 3O9CA 5P4OA 1QBSA 5BS4A 1UH8A 5P1HA 5OZOA 3EKPA 5P38A 5KOQA 5P2QA 3TH9A 4WY6A 4HVPA 1KJ7A 4Y51A 5IS4A 3JVYA 1APUE 5P6PA 3ZOVA 5P6BA 3TPPA 2PSUA 4CPWA 4F75A 1MTRA 5P5NA 1LS5A 3VEUA 4I0EA 3K5CA 2WKZA 4B05A 5P4RA 2BPYA 3OXWA 5P06A 5P6CA 2WF1A 4J17A 5T4SA 4YD3A 4OD9B 4Z22A 5P7CA 3DOXA 5P3MA 5P81A 3BGCA 2P8HA 5P6XA 2OF0A 1MRWA 1W5WA 5OZBA 1D4JA 2P3CA 2O4NA 3SKFA 1HIVA 2G21A 4EJKA 5P8LA 2V0ZC 2RMPA 4XKXA 4Y3DA 2VNMA 2QZLA 5FIVA 5IVQA 1YT9A 4R8YA 3UCBA 3S43B 2G1NA 5HCOA 3NDWA 3OUDB 1TSQA 2JYSA 4B0QA 2V11C 1YM4A 1YTGA 2A4FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GZF A;  2XYE A;  4DJQ A;  4XX3 A;  2NMY A;  2I4X A;  5UPJ A;  5P3K A;  5E5K A;  4PEP A;  2IDW A;  3NDU A;  1FQ7 A;  3D3T A;  3K5G A;  3N3I A;  5DR3 A;  2BKS A;  5P0V A;  5P7B A;  4QJ9 A;  1MSM A;  1HBV A;  4Y53 A;  2Q64 A;  3TOH A;  1K6P A;  3PMY A;  5P3I A;  5P7V A;  1YTJ A;  3NU6 A;  5DR4 A;  2QI4 A;  2HB2 A;  1A9M A;  2XFJ A;  4L7J A;  4BFD A;  2V10 C;  4A4Q A;  9HVP A;  1GVU A;  1PPK E;  1SBG A;  5P4L A;  5P00 A;  4RVI A;  4L7H A;  4TRW A;  2R9B A;  1FQ5 A;  4GID A;  5OYW A;  3UFN A;  1MRX A;  1A8K A;  5P5T A;  4ZSR A;  4YBI A;  4DQH A;  2FDD A;  5P60 A;  4Z2Z A;  3PLL A;  5OZ8 A;  3GI0 A;  5P0M A;  5JFP A;  4Y3R A;  5P7R A;  1N49 A;  1SDU A;  1GNM A;  2QHC A;  4DJR A;  4BEK A;  2ZJN A;  3HVG A;  2AVM A;  4Y39 A;  5P2Z A;  5AH6 A;  3QVC A;  2XFK A;  4ZPF A;  1OEW A;  4QJ6 A;  5P0D A;  4QLH A;  4YBF A;  5P6M A;  1TCW A;  4YOA A;  1NPA A;  2QU2 A;  2HPF A;  3RU1 A;  4GJA A;  4HDP A;  1HEG E;  5P4H A;  5P0S A;  3G70 A;  5P7S A;  4FS4 A;  4I0G A;  2BJU A;  2H6T A;  3NR6 A;  5P8H A;  1ZAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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