3GI0A

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule complexed with jg-365 inhibitor
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Correlations of protein dynamics with function in HIV-1 protease catalysis
rcsb
molecule keywords COVALENT DIMER [L-ALA51,D-ALA51'] HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 41
structure length 191
sequence length 203
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi0A02
4PZXA 5HDUA 5P3WA 2WF1A 4RZ1A 3HDKA 1IDAA 1FEJC 3KDCA 3OUDA 1YT9A 4I12A 5P4HA 2IGYA 5P0EA 1XL2A 2P3DA 3URIA 3BRAA 4Y4AA 5P74A 4D8CA 3OOTA 5P3LA 5HDVA 2P3CA 1HSIA 4B77A 1AAQA 4A4QA 3OXXA 3EMYA 2XYFA 4Y48A 4FSLA 1MT8A 4R93A 5P7AA 5P50A 2F8GA 5P6QA 5UPJA 4ER1E 5P13A 5BRYA 5P76A 5IVTA 1HVHA 3L5BA 3D1YA 5P0RA 4QJ8A 1MPPA 2AOFA 3FKTA 3VLBA 4XX4A 1LEEA 4YCYA 4I10A 1SGUA 2G27A 2QI1A 3EL4A 3VF3A 3LITA 5P2YA 5P37A 2G26A 5OZFA 4I0GA 3KFNA 2XYEA 3RVIA 5P7WA 4HA5A 5P5YA 1XDHA 3O99A 3BGCA 5P7CA 3ZPUA 5P6SA 5P1WA 1CZIE 5P3EA 4PEPA 3PVKA 2AVVA 1PPKE 2I0DA 3S7LA 1TQFA 2PH8A 5P43A 5P65A 2J9JA 3QAAA 2G1OA 5P1OA 1BIMA 3OQDA 5KQFA 5P57A 1W6IA 3TPLA 6FIVA 3EKTA 4U7QA 4QLHA 4Y47A 4COEA 2R3TA 5P54A 1TW7A 3EC0A 4FRJA 3ST5A 2AQUA 5P6LA 1T6GA 5OYRA 3OHFA 1GVUA 5P0TA 1T7KA 1PFZA 2WEDA 4Y3DA 2QI5A 4IVSA 5P7FA 3IAWA 5KR0A 3ZMGA 5P0UA 4NJTA 1FQ4A 1EC1A 5P1TA 3EXOA 5P24A 4Y5EA 2F3FA 4YCKA 4DI2A 1ZAPA 5P2HA 4N00A 1HXBA 5OZGA 4Y6MA 3OQKA 4DJWA 3LINA 5DGWA 4ZSQA 3O9LA 1HPVA 2QI4A 2AVOA 5P1XA 1C6YA 3DM6A 4RCDA 4Y3JA 2ZJKA 1YTHA 2ZHVA 5P73A 3PB5A 4Y3SA 3T7XA 2IGXA 4Q1XA 2ZYEA 4TVHA 1ZLFA 3IGBA 1BXQA 2PSGA 5P5NA 5OZUA 2BPXA 3OGQA 4GJ6A 4J0YA 4OC6A 3VF5A 2BKSA 1SDUA 5AH9A 5COOA 5P1UA 2AOHA 5IVQA 3PWRA 4J1EA 5P6MA 5P8NA 3EKVA 2VJ6A 1FB7A 3LIQA 4B72A 3RTNA 3SABA 1SDVA 5P6BA 3PMYA 4Q5MA 2FDDA 2VIYA 3NLSA 1OEWA 5P4CA 4ZEAA 5P2CA 2SAMA 4EP2A 5P8UA 1F34A 1XN3A 3QBFA 2G69A 3O9DA 4R5NA 1XL5A 2QZLA 2OHRA 5P00A 5P6XA 3KA2A 5OZAA 3SA4A 4Y4JA 4Y50A 3EKXA 3CKTA 3T3CA 1K6CA 4PZWA 5OZ8A 2HM1A 2PSUA 3PGIA 5P25A 1MESA 4Y5CA 4YE3A 4FM6A 3EL0A 3ZKQA 2QNPA 5P8PA 2V11C 4D89A 4Y38A 1PSAA 4FAEA 3ZKNA 3TKGA 5DQCA 1D4LA 5P1EA 4FSEA 3RTMA 4D83A 3NDWA 3FX5A 1NH0A 3VEUA 3EKPA 4AUCA 4CPWA 1BBSA 5P4WA 2QZWA 2XFKA 3L58A 1D4JA 1NSOA 4ZSMA 4I8WA 2HPFA 4XKXA 4DJXA 5P4LA 5OZ1A 5P2BA 4F76A 2AIDA 2ANLA 1YM4A 1FIVA 4Y5KA 1AVFA 4S1GA 5DR4A 2Q11A 5T4SA 1PPME 5P0CA 3G6ZA 5P2AA 2UPJA 4RLDA 3O9IA 5P3MA 5P8RA 1ZSRA 5P4DA 5P3ZA 3S43A 1M4HA 3OK9A 1IBQA 1M43A 5OZWA 1WBMA 5P0MA 5ER2E 2Z4OA 2QZKA 4YDGA 5OYYA 4WY1A 3PLLA 5SY2A 3N4LA 2WF0A 2HS2A 2G24A 4Y39A 3Q5HA 4L6BA 5P22A 5P81A 1DIFA 5P82A 1YTJA 4DPIA 5JFUA 3B80A 4Y9WA 3TOFA 3ZKSA 2CENA 4K4QA 5P8MA 7HVPA 3WSJA 1C70A 3UDYA 2NNKA 4CMSA 4A6CA 2RMPA 5P1GA 5P56A 5P0KA 4MC9A 5P6KA 2FIVA 5P0VA 4J0VA 2B42A 5HU1A 1K6TA 2BJUA 5P1SA 2Q5KA 3VF7A 4ZPGA 3NR6A 3PRSA 4LL3A 5DR1A 1APVE 4J0TA 5P01A 4JP9A 5P7RA 3OWNA 5P4SA 5KOQA 2A4FA 2R5QA 5DR3A 2VNNA 5P2LA 1LYAB 1GNOA 4U8WA 1D4KA 5P7NA 3LZUA 3GI0A 4Y3WA 1B5FB 2JXRA 3FV3A 4Q1YA 1B6PA 4DPFA 3CMSA 4DVFA 1LYWB 4LHHA 3O9GA 4RRSA 4I0DA 2FGVA 3I25A 5P46A 1HVJA 5JODA 3QVIA 4YOAA 3D91A 5P6YA 3OTSA 1AXAA 1E80E 1WKRA 4QJ9A 3IN3A 2ZHSA 4LXKA 5P7XA 3QBHA 2AOEA 3WZ6A 1HIVA 5P1IA 3SO9A 5P58A 1LYBB 3R4BA 4H1EA 5AGZA 5P7DA 5P2GA 5P8BA 4DJPA 5P87A 2Z54A 2VA5A 3HVGA 3HBOA 2O40A 2AZCA 5C9DA 3L5EA 4I0HA 7UPJA 4OBHA 5P1JA 4I8ZA 4NJVA 1FQ6A 5P05A 4ACXA 2WF3A 1UH9A 3EM6A 5P7PA 4BFDA 1AIDA 3L38A 1F7AA 1SMEA 3PJ6A 5I3XA 4Y4TA 5P80A 3O9HA 5P5IA 4Z22A 5P1RA 3L5FA 4L7HA 5OZKA 2FNTA 4DH6A 5P10A 2VA6A 1MRWA 4K4PA 3LNKA 5P1NA 5E5JA 3SQFA 2G1NA 1B11A 5EZXA 5CONA 4L1AA 2PH6A 3BGBA 4BELA 1A30A 4DJUA 1EPOE 5AH8A 1LF2A 4FLGA 2JE4A 3OU4B 3TPRA 1IZDA 2QAKA 5P1QA 1W51A 3NDTA 5KQZA 1MTBA 1MEUA 1G35A 1GKTA 3I2LA 5I3YA 4XXSA 3UFLA 2BPVA 3L5CA 4F73A 3LPKA 5P1VA 5OYWA 3L3AA 3WB5A 3HD8A 5P4UA 3MXDA 4DQCA 5P8DA 5OZJA 3TTPA 4EWOA 1KJFA 4Y3TA 1EBYA 3WZ8A 2WF2A 2AVMA 5P64A 4H3JA 3IXOA 5DR8A 3KFPA 4ZPFA 1BVEA 5P4RA 5OZYA 3ECGA 1D4YA 3KDBA 2NR6A 5P3CA 4MC2A 5P67A 5P2JA 2WF4A 1ME6A 3CYXA 4Y44A 5OZHA 2OAHA 3FSMA 2FGUA 2VJ9A 4OD9B 3OQ7A 1RV7A 3JVWA 3T7PA 3PWWA 1HSHA 5AHAA 3TH9A 3HZCA 5P61A 5DQ4A 3LIVA 4Z2ZA 2NMZA 1D4HA 5OZ0A 4TRYA 1ODWA 1FMBA 3S54A 5P6EA 3PM4A 2OHQA 5P0LA 4APRE 2VJ7A 4Y3FA 2I0AA 3LZSA 3U7SA 4PHVA 4DQHA 4J1HA 3PBZA 2PMAA 3M9FA 3O9AA 4GJAA 5P4VA 2HB4A 3FNUA 2Q3KA 5HCTA 5P7SA 3UHLA 5P6CA 4CKUA 4GJ5A 1LV1A 5P5MA 5C9BA 5P3OA 3OADB 3MXEA 1HTGA 3RU1A 1K6VA 3K5FA 5P83A 5ISJA 5P4PA 3UDJA 2O4NA 4L7JA 5P1BA 1OHRA 5IE1A 5P45A 5P30A 1QBSA 5P5QA 1HPSA 4YOBA 4EXHA 2V13A 3WB4A 1ENTE 1LZQA 5E5KA 1IZHA 4B1EA 1HOSA 5OZ3A 1IIQA 2EWYA 3AUPA 2G20A 4QGIA 2IRZA 4I0JA 3MWSA 2P8HA 2PSVA 2PWCA 1IVPA 1KJHA 2OHLA 5P6VA 3INEA 1IZEA 5P1CA 1BDLA 4LBTA 2FXEA 2R8NA 5P0FA 4FGXA 4Y5GA 1FQ8A 1OEXA 2VKMA 1U8GA 5B18A 5P4NA 4FL8A 5P4EA 3NU5A 3UCBA 5P35A 2HB3A 1FQ5A 4APEA 3OUDB 5P3IA 1CMSA 5P3YA 3A2OA 1QRPE 3LZYA 2G1RA 3VSXA 2OHUA 5P5LA 5P6FA 4R8YA 5I3WA 3SFCA 3FNTA 4EQJA 2IEOA 5P63A 3SKFA 2JJJA 1IVQA 3FNSA 3UDKA 1ZPAA 2FNSA 3OUCA 4J17A 4I0FA 4DQBA 5P3AA 5P1ZA 4EJKA 2V12C 1W5WA 4Y4XA 1QBRA 5P12A 4K9HA 4J54A 3NUOA 5OZCA 4Y3AA 2I4VA 4ACUA 1WBKA 2I4WA 5FIVA 3RSVA 3R2FA 4TRWA 4IVTA 3ZKXA 1ER8E 3K4VC 3UDRA 3KF0A 5OZRA 1DMPA 1QDMA 5P5UA 5P6WA 5OZ5A 4WY6A 3HW1A 5P8AA 2I4QA 2QP8A 3DUYA 2WKZA 5P16A 4GJDA 3VYFA 3K5DA 4GJBA 3VV7A 5P09A 2AOCA 1HTRB 1HTFA 4YD7A 3KM4A 2ZJJA 2NXDA 5P48A 2HS1A 2J9JB 2BQVA 2WJOA 4DJRA 3GGUA 3INHA 4OBDA 3SA6A 2ZDZA 3N3IA 1B6MA 3GI4A 5HCOA 2QD8A 3UDQA 1IZIA 1QS8A 5P42A 1E81E 1UH8A 4Y35A 3HLOA 2V00A 2QU3A 5P0OA 3VUCA 3SACA 3HAWA 3DCRA 4Y3MA 5P85A 3T7QA 5KR2A 2HB2A 4Y4GA 2HIZA 2IKUA 2R38A 3NU4A 3CKPA 2O4PA 5DR7A 3BXSA 5DQ2A 5P2VA 5OYQA 3SA7A 2WECA 2WEBA 3EL1A 5P4IA 1NPAA 2PWRA 3I6OA 9HVPA 5HE4A 1NPVA 5P5ZA 4Y3LA 4NJUA 1HXWA 5P3VA 3O9LB 4I0ZA 5OZQA 5P7ZA 4YCTA 3TNEA 2OHMA 3PSUA 1TCWA 2WHHA 4K8SA 3U6AA 5P5KA 4Y58A 5P4BA 1TSQA 5OZ6A 1MVPA 5P6TA 4ZIPA 5P0QA 2VA7A 4OBJA 5P8TA 1FLHA 3CKRA 4FRIA 4Y4EA 2ZGAA 1YX9A 3VG1A 1SIVA 3MSKA 1Z8CA 1BDQA 3D3TA 1HBVA 4BEKA 2AZ8A 3OY4A 5P75A 5C9FA 5P5HA 2ZE1A 5P3PA 2PK5A 2AOGA 1D4IA 3QN8A 5P26A 3VYDA 5P04A 4OBFA 2BPZA 3PI5A 4KE1A 1KJ7A 1OD1A 3DV5A 5SZ9A 5P8EA 2JYSA 4E43A 5ISKA 2RKGA 2BBBA 1W5XA 3G70A 5P33A 1BWBA 4R92A 4Y5NA 2FLEA 1B6LA 2HC0A 3F9QA 5OYUA 2QK5A 5P3RA 4K4RA 4Y4DA 4DQGA 5P7TA 5DGUA 5P0WA 3O9BA 3QIHA 4X7IA 1SIPA 2AVSA 4Y3YA 1HVIA 5KR8A 3ZLQA 4EJ8A 3UTLA 1K1TA 1EPQE 1K2CA 4RVIA 5HDZA 1D4SA 1FFFC 2Q15A 2XFJA 3OUBA 1BDRA 4AA9A 2P3AA 5P72A 5OYXA 2H6TA 3BC4A 3KN0A 4DJYA 2QNNA 5P5WA 1PPLE 4D85A 1MUIA 3ZPSA 2ER9E 5P2EA 2PYMA 2I4XA 3NDXA 3NWXA 2WL0A 2ER0E 5ENKA 3K1WA 4EPJA 5P4QA 5P5OA 2HPEA 5AH7A 5HDXA 3OQAA 4UPJA 1XS7D 5P27A 4CPXA 2QHZA 5P06A 3SAAA 1HHPA 5BWYA 1TSUA 4NJSA 5P4JA 5DR0A 5P6DA 3LHGA 2QI6A 4D88A 3UQUA 4Q1NA 4HDPA 3EM3A 2F80A 5OYTA 1GVXA 3PSGA 2ZHRA 5P5SA 3S43B 2ZHTA 2O4SA 2B60A 3Q70A 3INDA 3IVHA 3NU3A 5F00A 1LF4A 5P69A 1EBWA 4JOOA 3R0WA 5HVPA 1MSNA 5P3HA 5P6GA 4LXMA 1T3RA 5P52A 1HPXA 3ZKGA 5P8SA 3UDPA 1KJ4A 2NTRA 4NPTA 5P1DA 3UQRA 1APUE 2UXZA 4YD3A 1RQ9A 4ZPEA 1HSGA 4L7GA 5SXNA 3ER5E 1LYBA 3JVYA 1MRXA 4QJ2A 5P2TA 2VIJA 1T6EX 3B7VA 1HVSA 5P8OA 3SM2A 2I4DA 1FQ7A 5ENMA 3TOGA 2B7ZA 5P5RA 1SH9A 5HE5A 5P8CA 5P5DA 3GGXA 1T7JA 3GI6A 1MT7A 4Z50A 5P40A 2QMGA 5P2FA 3PCZA 4Y36A 4CPSA 2NXMA 1TCXA 1HEGE 4HE9A 5P2DA 4Y5AA 3KFRA 1B6KA 5P1YA 1XN2A 2ASIA 5P2IA 3VSWA 2P4JA 4Y4BA 3Q6YA 1E82E 5P0JA 4EXGA 2UY0A 3URJA 5P55A 5I70A 4MC1A 5DQ1A 3TKWA 5P2SA 4EJDA 5P6PA 2ER7E 3OAGB 1HTEA 1CPIA 5P4AA 4ER4E 5P0SA 3CIBA 2I4UA 3FIVA 5OYSA 5P29A 3OXCA 2R5PA 2AZBA 2ZJLA 5P7MA 1YG9A 2O4LA 4DJVA 2VIZA 1UH7A 4OBZA 2ER6E 3PEPA 4YHQA 3GGAA 5OZLA 3EKWA 5P49A 1IDBA 2QI3A 5P60A 8HVPA 1A9MA 4Y5LA 1HWRA 3NXEA 5P3GA 5P0NA 1EEDP 1GVVA 3DCKA 4Y54A 4QJAA 4XX3A 4FRSA 1W50A 3APPA 4Z4XA 4GZFA 2P3BB 2Q63A 3GI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PZX A;  5HDU A;  5P3W A;  2WF1 A;  4RZ1 A;  3HDK A;  1IDA A;  1FEJ C;  3KDC A;  3OUD A;  1YT9 A;  4I12 A;  5P4H A;  2IGY A;  5P0E A;  1XL2 A;  2P3D A;  3URI A;  3BRA A;  4Y4A A;  5P74 A;  4D8C A;  3OOT A;  5P3L A;  5HDV A;  2P3C A;  1HSI A;  4B77 A;  1AAQ A;  4A4Q A;  3OXX A;  3EMY A;  2XYF A;  4Y48 A;  4FSL A;  1MT8 A;  4R93 A;  5P7A A;  5P50 A;  2F8G A;  5P6Q A;  5UPJ A;  4ER1 E;  5P13 A;  5BRY A;  5P76 A;  5IVT A;  1HVH A;  3L5B A;  3D1Y A;  5P0R A;  4QJ8 A;  1MPP A;  2AOF A;  3FKT A;  3VLB A;  4XX4 A;  1LEE A;  4YCY A;  4I10 A;  1SGU A;  2G27 A;  2QI1 A;  3EL4 A;  3VF3 A;  3LIT A;  5P2Y A;  5P37 A;  2G26 A;  5OZF A;  4I0G A;  3KFN A;  2XYE A;  3RVI A;  5P7W A;  4HA5 A;  5P5Y A;  1XDH A;  3O99 A;  3BGC A;  5P7C A;  3ZPU A;  5P6S A;  5P1W A;  1CZI E;  5P3E A;  4PEP A;  3PVK A;  2AVV A;  1PPK E;  2I0D A;  3S7L A;  1TQF A;  2PH8 A;  5P43 A;  5P65 A;  2J9J A;  3QAA A;  2G1O A;  5P1O A;  1BIM A;  3OQD A;  5KQF A;  5P57 A;  1W6I A;  3TPL A;  6FIV A;  3EKT A;  4U7Q A;  4QLH A;  4Y47 A;  4COE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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