3GI5A

Crystal structure of protease inhibitor, kb62 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi5A00
4YE3A 3EKXA 5ER2E 5P1UA 3OXWA 4Y58A 3KDDA 2QK5A 5P2EA 3L5EA 1CPIA 2AZ8A 4OC6B 3IXJA 3EBZA 5P5BA 3QVCA 5P4QA 2ZJLA 1HIIA 5P55A 4Y5LA 5P52A 3KDBA 3ZL7A 1HTGA 3ZKSA 4D88A 4JECA 5P51A 3UQWA 1EPNE 3LZUA 3PSGA 4OBGA 5P3XA 4H1EA 3ZKNA 3S45A 5HCTA 4I0DA 3UDRA 8HVPA 5OZVA 1FFIC 2OHPA 4FS4A 4OC6A 3VF3A 2JE4A 4FRKA 4YOAA 4CPWA 2QNNA 4HA5A 3I6OA 1MVPA 2G21A 5P7KA 4I0EA 1IZHA 2NXLA 3NWQA 1MRWA 3S43B 3VSXA 5P4NA 5P6OA 4Y37A 2BPZA 2I4UA 5P72A 5P10A 2VA7A 1HEGE 1HPOA 2OHUA 5P1KA 1FMBA 2AVVA 3PLLA 5P4GA 5P49A 1W50A 1HTRB 3QBFA 2Q15A 2WEBA 1WBKA 3F9QA 4FM6A 4I0GA 5P8UA 4Y57A 3OXCA 2H6TA 4YCYA 3S43A 5P4UA 3O99A 4FSLA 2IKOA 2P3AA 2Z4OA 1GNNA 2F81A 5P6IA 3MSKA 4XXSA 4X7IA 5OYXA 5P0JA 2BPVA 4S1GA 2NXMA 4TVHA 2WF1A 3CKTA 3NU4A 3PWMA 3SAAA 5P1QA 5BRYA 3K1WA 1GVVA 2QP8A 2NMZA 2BPXA 4RCDA 4JPCA 5P2SA 5P7SA 1AIDA 5P3RA 3K5GA 3OXXA 2G1NA 4DPIA 4J1KA 4Y44A 1MERA 3KFPA 2VKMA 4ZSPA 2AVSA 3VFBA 3UDMA 3KDCA 3PEPA 1IVQA 1D4SA 4JPEA 5ISKA 4F73A 1T6GA 1HPXA 2PYNA 1MTBA 2IS0A 2BPYA 1K1UA 5OZ8A 4HEGA 5P46A 5OZNA 2Q11A 3LINA 4FRJA 4RZ1A 4I0HA 5P8FA 2G26A 3OOTA 1LYAB 1OEWA 1FG6C 5P68A 5UPJA 2PC0A 5P6BA 2AOCA 1MUIA 1LV1A 1KZKA 5P8GA 1QS8A 2PWRA 3TKGA 3SM1A 5P64A 1WBMA 1Z8CA 4WY6A 3PLDA 1TW7A 3Q4BA 3G6ZA 3BRAA 3G70A 5KOQA 3MSJA 5P5MA 1AJXA 5P8EA 4Z22A 1SH9A 4ACXA 3EM4A 5P84A 4QJ2A 2V16C 3TLHA 2AIDA 4APRE 1M4HA 1LYAA 3S7MA 5P8SA 4DUSA 1FEJC 5P5WA 5P6CA 5P2RA 3TPPA 5IVQA 5T4SA 1NPAA 5P4YA 5DR3A 5P0GA 2B8LA 1CZIE 1B11A 2BKSA 1HVLA 4EWOA 2QI0A 1XN2A 3TPRA 2AVQA 2R5QA 2AODA 4YD4A 5P0SA 5PEPA 9HVPA 1SGUA 2J9JB 5P73A 3KMXA 5TOLA 3SQFA 4DV9A 1HBVA 1W5YA 4NJSA 3NXEA 3PCWA 1YTIA 4COEA 3O9HA 5P6GA 1PPKE 2G22A 4YOBA 4D8CA 4AMTA 5OZ7A 4B70A 4YCKA 3NYGA 3R0YA 1T7IA 1PFZA 3OUBA 3PRSA 3ZKGA 2ZHUA 4QLHA 1FQ7A 3UDHA 5P34A 3UDPA 2J9JA 5I3YA 3QI1A 1FLHA 5HD0A 4GJAA 1EPLE 5OZBA 5P26A 1BVGA 4GJ7A 3CKRA 5P2FA 5P3TA 5P1HA 4Y5BA 5KQYA 4YD5A 4CKUA 1FF0C 4L1AB 3NSHA 3GGAA 1RPIA 5P8NA 5P5GA 4RVJA 3BGBA 4Y3SA 5OZGA 1PSOE 3LIXA 4DJXA 3BUFA 5HVPA 2VJ7A 4DJUA 4OBDA 3KA2A 3L5DA 2QD7A 3SFCA 1GVTA 4DJOA 5P0UA 3QRVA 1MT8A 3EM3A 1JLDA 4YDGA 5P1LA 5P03A 4DQHA 1UPJA 5KR2A 5P1FA 2PQZA 4EP3A 2QU3A 5P6XA 5OZAA 2ER7E 5OZUA 3SABA 5P3CA 5P66A 3UQRA 3HW1A 3R0WA 3QIHA 3UDKA 4L7JA 5OZJA 4GJ6A 3QS1A 4Y3JA 3WZ7A 4YD7A 3O9AA 1UH9A 4EPJA 1EPME 4Y4TA 5P7QA 5P88A 4ZLSA 5P35A 5C9DA 5KR1A 5AH7A 3FIVA 5P6AA 5P42A 2FDPA 1K6VA 2IL2A 3UCBA 4OBKA 5P1NA 3BVAA 4YA8A 3IN4A 5OZSA 5P1EA 4GYEA 5P3KA 4D89A 3OUDB 4DJPA 4FL8A 4DFGA 2QD6A 3FV3A 5DQ4A 2ASIA 4F75A 2I4QA 4B1DA 5P48A 4Y4JA 5P69A 4QJ8A 1AVFA 4J0ZA 4QJ6A 3ZKIA 4DJRA 2JYSA 5P00A 4Y5GA 5HDXA 1A8GA 3U7SA 2WF0A 4CMSA 3OUDA 4E43A 5P4IA 5P0FA 3LIYA 1EBYA 3HAWA 5P7WA 3RU1A 3T7PA 1BAIA 3ZKXA 4GJBA 5P0CA 4QJ7A 5P0NA 1K6TA 2I4XA 3EKYA 3LIVA 3TTPA 2AVMA 5P8PA 5P7EA 2XFJA 4Y3NA 5AHCA 1W5VA 2WF3A 2QZXA 2HB4A 4EYRA 4DJQA 2FNTA 5P79A 5P6FA 5P2YA 1HVCA 1RNEA 5P5VA 4EJLA 3DV5A 2BKTA 5P32A 4Y43A 3I25A 2XYFA 5KQZA 3MXDA 5P87A 4Y53A 3VG1A 1F34A 3M9FA 3MXEA 4YD6A 4OBZB 3IXOA 3K5CA 1MIQA 4ZPFA 4YDFA 5P18A 2VS2A 5P13A 4J1IA 2P3CA 3KFSA 3ZLQA 5P3EA 2G27A 3VF7A 4I0ZA 3ZMGA 3B80A 4Y4EA 3TOHA 7UPJA 3UHLA 4Y6MA 5KQFA 4OBZA 3ECGA 3SO9A 4CPSA 1K1TA 4FIVA 4DJYA 4RLDA 3PSYA 3G72A 5P44A 4FAFA 4I8ZA 5P4HA 5P1VA 2AOFA 1W51A 4LP9A 1QBRA 3O9FA 5P7CA 5OZMA 1YTGA 3APRE 4Y48A 4QJAA 2ER0E 4J0PA 4EXHA 2F3EA 1FQXA 4Y5MA 3I2LA 4B77A 4U8WA 4Y4ZA 5P1DA 5COKA 5P0QA 2QD8A 3CYWA 4DQEA 3S56A 4Y5NA 1E82E 5IVSA 4Y3EA 2QZWA 2B7ZA 1HSHA 5P8CA 4B0QA 5J25A 3NR6A 2HAHA 3VSWA 1APVE 5P7RA 5P57A 2P8HA 5P65A 5P62A 3O9DA 4KE0A 1FB7A 5P02A 1HTEA 4ZIPA 3EC0A 5DQ1A 4K8SA 5P56A 4GJDA 4N00A 3SA3A 5P2VA 1BV9A 2FGUA 3NDWA 5P4LA 2ZE1A 1ZP8A 2HPFA 4I0IA 5P0IA 1MT7A 5KR0A 1GVWA 4RYCA 2IGYA 5P7ZA 5P2GA 5P4DA 3GI6A 4ZPEA 1TCXA 3VF5A 5P0KA 5P0OA 1XDHA 2OHQA 1T6EX 3WZ6A 1A30A 3OADB 4Y5CA 3KT5A 1IZEA 5HU0A 1BBSA 3S8IA 2G1SA 5P6DA 5P8VA 1T3RA 3I8WA 5P12A 4I12A 2ZHTA 5P3QA 4Y3LA 4RROA 5IE1A 4GIDA 4R95A 4TRZA 4MC6A 5P4BA 1LS5A 4Y3YA 3R1GB 4NJUA 5P2BA 3PHVA 4Q1NA 1IIQA 4K4PA 2QHCA 4DJVA 3EL0A 4KUPA 1BIMA 3K5FA 4RVIA 3OADA 2IDWA 5P7PA 3O9LA 2PH8A 2HB2A 5CLMA 5P6SA 1MRXA 3D91A 5P17A 4FM7A 4Y3ZA 1HXWA 4RYGA 5P14A 3INFA 5P8TA 4RGHA 4PZWA 3EM6A 4I10A 5P2WA 5P7HA 4F76A 4TRWA 1K2CA 3PGIA 5P45A 2R3TA 1BV7A 1XN3A 1SBGA 3KYRA 4RCEA 5OZDA 5P1PA 5P3JA 5P3VA 1QBTA 1FMUA 4Y56A 5P1GA 3DK1A 1XE5A 2CEJA 2AOJA 3BVBA 5P50A 5P7MA 1IDAA 1NPWA 5OZ6A 1ENTE 4I11A 5P8DA 5P05A 1HVRA 4EP2A 3VV7A 4K4QA 4H3JA 5P8LA 3SA5A 5P0EA 2R38A 4J1CA 3PI5A 4MC2A 4Q1WA 3DOXA 3KF0A 2B42A 5P3UA 5P5IA 5P11A 3INDA 5P5QA 1FGCC 1BWAA 4MC1A 3EXOA 2RMPA 5DR8A 2WKZA 3NDTA 3MWSA 2VJ6A 5P1XA 5P8IA 3D3TA 3DJKA 3OY4A 4Z4XA 4B1EA 2OF0A 4EQ0A 5P2AA 4AUCA 5SZ9A 3WSJA 1K6CA 2QNQA 1ZPKA 1ZPAA 2R5PA 5P09A 5P40A 5P86A 2HB3A 5P76A 3O9GA 2AOGA 5P1RA 2V13A 1E80E 5P2KA 4ZSQA 5P2LA 2ZHRA 2Q64A 1HIVA 5P5JA 2NNKA 2P4JA 3GGVA 2RKFA 1EBZA 4I1CA 5AGZA 1EAGA 5JODA 1EPPE 5P2IA 1DMPA 1LYBB 2I4WA 4B72A 2F3FA 4FSEA 3N4LA 3RSXA 2AQUA 4LXMA 1FKNA 3PBZA 4PHVA 1SP5A 4Y3AA 5P4WA 1LF2A 5P63A 3CYXA 4Y9WA 5P6YA 1E81E 5P4MA 2WHHA 1HVKA 5P1YA 1LYWB 4Y54A 5OYZA 1YX9A 4LL3A 4AA8A 2H6SA 2JXRA 3PSUA 5P74A 4EJKA 4Y45A 4J5JA 5EZZA 3LZYA 1LYBA 5HDZA 1YM4A 1C6ZA 2UXZA 3ER3E 3KN0A 2UY0A 5P2TA 3NWXA 5P23A 4OBFA 3JVYA 2B60A 4Y5EA 5P5NA 4K4RA 2G1RA 3FSMA 3UQXA 4J1FA 1HEFE 5OZ9A 1LYWA 3NUJA 2HS2A 5P3FA 1MSMA 2HIZA 5P5DA 4RRSA 4RCFA 5P27A 4DJWA 2J9KA 5IVTA 4M8YA 4B00A 5P6UA 5P7VA 2QMGA 2PK6A 1UH7A 4Y51A 3Q6YA 2CEMA 5BS4A 5P0YA 4Y3HA 3ZPTA 1W5WA 5OYRA 5OZOA 4R93A 1B6JA 1OEXA 3DM6A 3OU4A 1KJGA 4DQGA 3SA4A 4J55A 1FMXA 5P2HA 3L59A 3EKTA 5OZZA 4HDFA 3QROA 5P5TA 3EL4A 2QHYA 2O40A 3OTYA 1HSGA 2V11C 1D4YA 1HOSA 5OZ0A 4ZPGA 5HTZA 5P60A 5P2ZA 3HDKA 1HVHA 5P7XA 4A6CA 3LHGA 5C9BA 5OZLA 1UH8A 5P4AA 5OZ4A 4WY1A 2IEOA 5P0TA 4A6BA 1EPOE 4FRIA 2OAHA 3LITA 1GNMA 3S7LA 5P7FA 3UDYA 3OQKA 4FM8A 1BXQA 3L5FA 1FQ4A 4R91A 3VEUA 3QRSA 5P6LA 3LZVA 1BDRA 4Y3TA 1C6YA 1RQ9A 3I7EA 5P85A 4GJ5A 2IQGA 4OBJA 4XX4A 2XFIA 3VLAA 2BB9A 5P6KA 5P1WA 5P3HA 4CP7A 4GMIA 5P7NA 5P3LA 3BUHA 3OGQA 3SLZA 3TOFA 2NPHA 2ZJMA 1M43A 5P8BA 1A9MA 1W6HA 3EKQA 5AHAA 5P7IA 3H5BA 4Y50A 2A4FA 3IN3A 2JJJA 3TPLA 2QZKA 2G24A 4Y36A 4Y5KA 5P0PA 5P53A 1D4LA 2R9BA 1W6IA 5P0BA 5P3NA 1DW6C 3QN8A 2EWYA 1BILA 1IBQA 2XFKA 5HU1A 1YTJA 2G94A 1N49A 5DGUA 5OYQA 2P83A 3TKWA 5OZCA 3D1ZA 3PJ6A 3H0BA 4U7QA 5OYWA 5P59A 2QI6A 4UPJA 4IVSA 3S2OA 5EZXA 1TCWA 2ER9E 1ZBGA 3GI5A 3UDJA 1W5XA 3BGCA 1B5FB 2A1EA 4Y3WA 5E5KA 3S53A 5DQ2A 5P30A 4Y4AA 3CICA 3O9IA 4YBFA 2IGXA 1FFFC 2WEZA 1HVJA 5P3AA 3URJA 4CPTA 2CENA 4YBIA 4Y4GA 1QRPE 1DAZC 3TPJA 5P3SA 5P1AA 3QAAA 3D1XA 3QBHA 5P5EA 5AH8A 5P83A 3PWRA 2PH6A 1B5FA 3PM4A 2FLEA 2WEAA 5P5LA 5P4OA 1ZJ7A 2I4DA 5OZ3A 2VNNA 4FAEA 5P54A 1ODXA 3KFNA 2FS4A 4PPHA 4KB9A 5P6WA 4Y3FA 4L6BA 2VJ9A 3FNTA 2O4PA 2ZJHA 5P75A 3L38A 3WZ8A 5P4XA 3EL1A 1DIFA 3SM2A 3TOGA 5I3WA 4DQFA 5P1TA 2QI3A 5P77A 4I0FA 1FG8C 2FXDA 3B7VA 5OZRA 2FNSA 2APRA 3NLSA 3RSVA 3ZPUA 5P7UA 1HVSA 5COPA 5P7YA 4B1CA 4ZEAA 4Y47A 5P58A 4B78A 1IZDA 2B8VA 6APRE 2NXDA 4H3GA 5P08A 1B6MA 3Q3TA 1J71A 3K4VC 4JOOA 3D1YA 2RSPA 2AZCA 1CMSA 2ZJIA 1YTHA 5P6MA 4Y5PA 2F8GA 1DPJA 5SY2A 1T7JA 3D20A 5P78A 4DVFA 5P5YA 2FGVA 3PI0A 3GW5A 3VYEA 4ER2E 4L7HA 1EC3A 4YCTA 2WL0A 3T3CA 1IDBA 4NKKA 3DV1A 1YM2A 4LHHA 3WB4A 3S54A 3T6IA 3L3AA 5OZEA 3LPIA 1XS7D 1K2BA 2ZJKA 3BXRA 5DR7A 4Y3QA 5P7TA 2HC0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YE3 A;  3EKX A;  5ER2 E;  5P1U A;  3OXW A;  4Y58 A;  3KDD A;  2QK5 A;  5P2E A;  3L5E A;  1CPI A;  2AZ8 A;  4OC6 B;  3IXJ A;  3EBZ A;  5P5B A;  3QVC A;  5P4Q A;  2ZJL A;  1HII A;  5P55 A;  4Y5L A;  5P52 A;  3KDB A;  3ZL7 A;  1HTG A;  3ZKS A;  4D88 A;  4JEC A;  5P51 A;  3UQW A;  1EPN E;  3LZU A;  3PSG A;  4OBG A;  5P3X A;  4H1E A;  3ZKN A;  3S45 A;  5HCT A;  4I0D A;  3UDR A;  8HVP A;  5OZV A;  1FFI C;  2OHP A;  4FS4 A;  4OC6 A;  3VF3 A;  2JE4 A;  4FRK A;  4YOA A;  4CPW A;  2QNN A;  4HA5 A;  3I6O A;  1MVP A;  2G21 A;  5P7K A;  4I0E A;  1IZH A;  2NXL A;  3NWQ A;  1MRW A;  3S43 B;  3VSX A;  5P4N A;  5P6O A;  4Y37 A;  2BPZ A;  2I4U A;  5P72 A;  5P10 A;  2VA7 A;  1HEG E;  1HPO A;  2OHU A;  5P1K A;  1FMB A;  2AVV A;  3PLL A;  5P4G A;  5P49 A;  1W50 A;  1HTR B;  3QBF A;  2Q15 A;  2WEB A;  1WBK A;  3F9Q A;  4FM6 A;  4I0G A;  5P8U A;  4Y57 A;  3OXC A;  2H6T A;  4YCY A;  3S43 A;  5P4U A;  3O99 A;  4FSL A;  2IKO A;  2P3A A;  2Z4O A;  1GNN A;  2F81 A;  5P6I A;  3MSK A;  4XXS A;  4X7I A;  5OYX A;  5P0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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