3GI6A

Crystal structure of protease inhibitor, ad78 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi6A00
5KQXA 3BC4A 3OU3A 5P77A 1KJ7A 2RSPA 1K6VA 2H6TA 1UPJA 5P3TA 2NPHA 3B7VA 3EL4A 4YOAA 4ZSMA 4CPTA 4CPWA 1EPLE 3CKTA 1MT8A 3SO9A 5P66A 1RNEA 3OQDA 4NJVA 5P81A 2VJ6A 5ER1E 4Z4XA 2CEJA 1IDBA 5P6XA 3K5FA 3OADB 3PCWA 4DJYA 4PEPA 2QNPA 1SDUA 4LXAA 3OAGB 5ENKA 4YDFA 2AZCA 5P3JA 5IVQA 1JLDA 3PCZA 1GVTA 1RV7A 4QLHA 2QMDA 4L1AB 5OZOA 5P02A 5OZ8A 3OUDB 3RU1A 1M43A 1F7AA 5P7BA 1YX9A 1B5FB 4Y4ZA 3SA9A 3SAAA 1A8KA 4APRE 4GYEA 4J1EA 4GMIA 4Y3XA 5P63A 4R8YA 1APTE 5P8UA 3WZ8A 2AOJA 3OU1A 5OZPA 1OD1A 1CPIA 3IXOA 3UDHA 5P5TA 3TH9A 5HVPA 4D83A 3LZSA 5P7AA 1D4HA 5HTZA 3DM6A 1FFIC 5P4JA 1W6HA 4YBIA 3NU3A 4H3GA 6UPJA 4DUSA 3OOTA 1Z1RA 1EPME 1NH0A 2FS4A 2WEDA 4ZEAA 5P3ZA 5P4EA 4DJOA 1MERA 5P5VA 4Y4JA 5P6AA 2G1RA 4Y5NA 4Y51A 3R4BA 1APVE 1GNNA 1ZPKA 2P83A 2B7FA 3I25A 1C70A 5P1JA 4OBHA 1W5YA 1FLHA 4YCKA 5OZTA 5P6IA 5P1LA 2VNNA 5IE1A 3HAWA 1MTRA 1EBKC 1MRXA 2B7ZA 5P7FA 4H3FA 1GVVA 4GJ5A 2Q15A 5P7ZA 2P3AA 3DCRA 3O9AA 4YCYA 5P4RA 1ZAPA 1IZIA 4Y5KA 5P45A 4Y4AA 4EP3A 5P00A 1HSHA 2NXMA 3NXEA 1KJFA 1EC1A 1AIDA 2FXDA 1APUE 4GJCA 5P3IA 4Y3QA 2PSVA 3TNEA 5I3VA 5P2XA 4RVIA 4HDPA 3NDXA 3NLSA 2BB9A 5FIVA 3GI0A 5P0DA 1LS5A 4I0GA 5HDZA 3PMYA 3EBZA 3LZYA 4OBGA 4EJLA 5KQFA 1MT9A 5P1AA 5C9DA 5OZCA 3OHHA 2AVOA 3NDUA 3JW2A 4Y3TA 2QI7A 3NR6A 3LNKA 5OYRA 1FG8C 5P64A 2R5PA 5P1QA 5P32A 4HA5A 4KB9A 3INFA 5P3FA 5P23A 2ZHTA 2IL2A 1IBQA 4XX4A 4TRWA 1FGCC 5P6PA 4FRJA 5P0KA 1HIVA 2V16C 3PSGA 2RMPA 4NJTA 5SXNA 4OBJA 5P7PA 4FM7A 2SAMA 5P7QA 3RTHA 4RGHA 5P7IA 4U7VA 4Y3DA 5P3WA 3S43B 4ZSQA 4Y37A 3G6ZA 5OZQA 3O9HA 5P8NA 2ZYEA 5P6ZA 2V12C 1ER8E 1FKNA 5DQ4A 1SP5A 3ZKMA 3EM4A 3QRMA 4F76A 3BHEA 1IZDA 4Y3WA 4B70A 1M0BA 2APRA 4NKKA 4UPJA 1ZPAA 2XFKA 1AXAA 5P56A 4NPTA 5P1HA 5OYWA 1LZQA 5P7MA 2AVSA 5JFUA 5P69A 1BV9A 3QS1A 2UPJA 5COKA 3OQFA 2OHRA 1ZLFA 2QNNA 3OU4B 3KN0A 3PMUA 4S1GA 5BWYA 4OC6B 3ZPUA 3B80A 3DV1A 3JVYA 4Y54A 1HPXA 5P1RA 5P3SA 4R5NA 5OZUA 3RTMA 3SM2A 5P6YA 5PEPA 3HW1A 4Y3HA 1SH9A 2QU2A 3IXKA 4AA9A 3TLHA 3OUAA 5P6NA 1G2KA 3D3TA 5CONA 4Y4BA 5OYXA 5P6JA 5P01A 5P09A 5P03A 3UTLA 5P7KA 1EEDP 3VV6A 1OEXA 5SZ9A 5OZHA 4Y35A 4FLGA 5P6SA 5P4NA 4DFGA 3LZVA 1EPOE 3R1GB 2Q5KA 4RRSA 2O4LA 1FQ4A 2PH8A 2P3BB 3URIA 1HEGE 5P54A 5OZZA 3PWRA 5P8FA 1YM4A 5P0MA 1HBVA 5COOA 5BS4A 3UFLA 1XN3A 1T3RA 4Y50A 5P7GA 4I0EA 2BJUA 4LP9A 3NU6A 1EPQE 1K2BA 5P61A 4BFBA 3I8WA 1YM2A 2B60A 4EJKA 3HBOA 3EKPA 3FNUA 3ZOVA 5P3UA 1B6LA 5B18A 5P2EA 4APEA 2IEOA 1ZJ7A 3OADA 3OGQA 2IS0A 2QI0A 2NNPA 1D4KA 4EJDA 1HPSA 3VF7A 3BGBA 3KMXA 3LPJA 5P6QA 3OAGA 3TOFA 2FDEA 1DP5A 5P19A 1EPPE 5P3HA 3S45A 3ER5E 5OYTA 4ZPFA 2VIZA 2QMGA 4L1AA 5P6GA 1HVLA 3L58A 5P58A 5P6KA 3VFAA 3OUDA 3SA5A 5EZXA 1ODYA 2PSUA 2QI4A 4FM8A 3TPRA 4L7GA 5DR1A 1FMXA 1B5FA 4DJPA 4MC6A 1RL8A 3I6OA 4WY6A 4J17A 4AUCA 5J25A 1XE5A 2ASIA 2R8NA 5P1MA 5P1NA 3TKGA 1W5VA 3QP0A 5P86A 3URLA 2HB2A 5P8LA 4B00A 5DR3A 5OZJA 5P25A 3VF5A 1BVEA 1FIVA 5P50A 5IVRA 3FIVA 5P5WA 4Y5AA 1EC0A 1SGUA 4I8WA 4JOOA 4Y6MA 5P0VA 5P0XA 3ECGA 2VIJA 2ZJKA 2NMYA 4B0QA 4KE0A 4Y3GA 2NR6A 4GIDA 3R0YA 3L5BA 2ZE1A 4B77A 5P4MA 5P3PA 5P5RA 5P51A 5P17A 3NU9A 3OUBA 3HLOA 2NNKA 3L5FA 4Y53A 2IDWA 4FCOA 4GJ8A 4Y3ZA 2IKOA 5P55A 5P5UA 3EL5A 5P6BA 4HVPA 1TQFA 2VS2A 3T6IA 5BRYA 5T4SA 2F3EA 3KFNA 1GVUA 3EKYA 4Y5CA 5OZVA 2VKMA 3Q70A 5P8IA 2BPXA 3SABA 5APRE 2QHZA 3S7MA 5AHBA 4FRKA 4DQHA 4COEA 4PPHA 5I70A 2CENA 2B42A 3NWQA 3TPLA 4B78A 1BAIA 2FLEA 4KE1A 3VSXA 5P4WA 3OWNA 1PSOE 2AOFA 1AM5A 4NJUA 4Y3JA 4Y5BA 4BEKA 3QVIA 3S54A 4RVXA 5P4QA 5P4OA 4J0PA 2F80A 5P73A 2JXRA 3MSKA 4DQBA 3DK1A 5P0WA 4Y36A 1EBYA 4K4PA 5TOLA 1GKTA 5OZGA 5P3XA 5ISJA 5P4BA 4FE6A 3IVHA 2ZDZA 3GI4A 5P87A 2WF3A 8HVPA 5HCOA 2OAHA 1HTGA 2XFIA 1XS7D 1VIJA 1MTBA 4I0FA 5P5IA 1BDLA 5P8KA 2Q3KA 5AH7A 3OTYA 4J1IA 5P5ZA 4HEGA 5P1WA 2AOEA 3VYDA 2PH6A 4L7HA 5DPZA 3PI0A 1EBWA 3S43A 2PMAA 1Z1HA 3EKWA 5P3BA 1K6CA 4LHHA 2QK5A 5P0QA 5P1GA 3T11A 1FB7A 2AQUA 5JODA 3LZUA 5P71A 3SM1A 4K9HA 5KR1A 4KUPA 2JE4A 3S8IA 5P6RA 2BPWA 3QBFA 1RQ9A 5P72A 1D4JA 5OZNA 1T7IA 2ZHUA 1QBUA 5P7EA 5HDVA 5SY2A 4OD9B 1MPPA 3UDQA 4RCEA 1GVWA 5P74A 3RTNA 3SQFA 3PBDA 2HM1A 2FIVA 5P8SA 3M9FA 3GGVA 1FQ7A 4DJVA 1LF4A 3BRAA 1FQXA 5P3YA 3OU4A 4OC6A 3FX5A 4GJBA 5P07A 2EWYA 5P36A 2RENA 3SKFA 4FS4A 1TCWA 2WF4A 3Q6YA 1CZIE 5P0YA 4I0IA 1FQ5A 4RCFA 5ER2E 5P31A 4AZYA 2I0DA 5AH6A 3KA2A 1NPAA 5I3XA 4Y3RA 2AVVA 3VEUA 3K4VA 5P6OA 2F81A 5DR0A 1F34A 1TSUA 2CEMA 5P2SA 1EPNE 3NDWA 4K4RA 3KDBA 1W50A 5P1UA 2FGVA 2ZJNA 4I0HA 5P65A 4Y4XA 4YD3A 5KR2A 4Z50A 2OHUA 2R5QA 3WZ6A 3OTSA 3UDJA 4TVHA 5OYVA 1Q9PA 1YTJA 2P3BA 3L38A 3NWXA 3IA9A 5P2VA 2R43A 1EBZA 1BXOA 3SA6A 5P83A 2ZGAA 1E81E 2IKUA 5OZ5A 5OZIA 3EL9A 3UDNA 1ZBGA 3Q4BA 5P6HA 5P24A 2QAKA 4FAEA 3ZKNA 2G24A 4DJXA 4A6CA 5P8VA 5P39A 5P7SA 3ST5A 2G20A 1YTIA 4EQJA 5P4AA 3QI1A 1MESA 4EP2A 5P2NA 5P0LA 2Q64A 2O4NA 4J1CA 2R38A 4Y3LA 3LINA 5P60A 2QI6A 3G72A 4PZWA 4DQGA 4FRSA 2ZJJA 3O9LB 4Z22A 2UXZA 2HC0A 3SA4A 4R92A 1B6KA 4YA8A 5P2RA 2HPFA 1QDMA 3K1WA 5P1OA 4EHCA 3QPJA 4EXHA 5P0IA 4NJSA 2IGXA 4PYVA 4FIVA 1BDQA 1WBKA 3QRVA 3O9IA 2HS2A 5P0CA 3SA3A 4Y4UA 5P8DA 2BPZA 4J55A 4JP9A 1DIFA 3CICA 4GJ7A 1SDVA 5OZBA 5P7TA 3S7LA 3WB5A 2AOHA 4FSLA 3MWSA 2I4UA 2OHMA 4H3IA 4FGXA 4DJQA 3GI5A 3ZMGA 2A1EA 2OHKA 1QBRA 5P8BA 1A94A 5ISKA 4Y3FA 1T6EX 3INDA 3IN4A 5KQZA 5P68A 4ZPGA 3HVGA 4RLDA 3MSLA 5P1VA 2G21A 4FL8A 5P2UA 1N49A 1BWAA 1FMBA 4CKUA 1J71A 1PFZA 1ENTE 4GZFA 1HVCA 4Y48A 2AVQA 5P5NA 1RPIA 3FNTA 2F3FA 3FNSA 5HE4A 5P75A 3I2LA 4HDFA 5P85A 2BPYA 1WBMA 1FQ8A 4J0VA 4CPUA 5P5QA 4OBKA 4QJAA 5P4GA 5P0RA 3T3CA 2R3WA 1T7JA 2PYNA 2ZHSA 5P2QA 3L59A 3WSJA 5P1FA 5P5BA 3D20A 5P2CA 5CLMA 4HE9A 3PLDA 5P0PA 2VA7A 1GVXA 5F00A 5P7VA 2V11C 4GJDA 3RVIA 1BVGA 1HRNA 1AZ5A 5P0BA 5P3GA 5P2LA 5P2HA 5P7JA 2AIDA 4Y4WA 4YE3A 5P4UA 5P4FA 4BFDA 3URJA 2AZBA 5P8TA 2G1OA 1LYAB 2QMPA 3UQPA 1B6JA 3S53A 3RSVA 5OZRA 5P0SA 3BUGA 4YBFA 5P5DA 5P7XA 3UQRA 3D1XA 1FQ6A 2PK6A 5C9FA 2QD6A 1HWRA 4GJAA 4AMTA 2H6SA 2XYFA 3ZL7A 3KFSA 5P0UA 1MRWA 3CYXA 1MSNA 1YTGA 5P7UA 1C6XA 5P8PA 4ER4E 3Q5HA 4Z2ZA 2B8VA 3VCMA 4DJUA 1QBSA 4I0ZA 4XKXA 1MT7A 1EPRE 3EL1A 4EQ0A 4A6BA 2IENA 3O9BA 4Y43A 5P2MA 5P6LA 4F75A 4OD9A 3NXNA 4CPSA 2QU3A 4GB2A 5P2TA 4J5JA 3K5CA 4MC9A 4ZIPA 5P11A 2ZJMA 3OXWA 5P53A 1WKRA 4A4QA 3ZKSA 5E5KA 5P5XA 1HVRA 1PPKE 3QAAA 2F8GA 7HVPA 3L5CA 5P7NA 4WTUA 5P0NA 1HHPA 1META 9HVPA 3FV3A 1K2CA 2VNMA 1HVHA 4HDBA 3JVWA 2ZHRA 3AIDA 3L5EA 4DH6A 4LL3A 5P1IA 4DPIA 5IVTA 3KMYA 1HPVA 2WF2A 1YG9A 4Y3YA 5P35A 5P3VA 3HDKA 4Y4GA 1T7KA 1W5WA 3NYGA 5P1ZA 2XFJA 2P8HA 2Q11A 1E5OE 4N00A 2FNSA 4Y3NA 5P4LA 1A9MA 5UPJA 3O9CA 1DW6C 1Z8CA 3UDMA 1KZKA 2HPEA 4HZTA 2VJ7A 2P3DA 2QCIA 2R9BA 3HZCA 5P79A 1TSQA 5AHCA 4YD4A 4Q1XA 4FM6A 3OK9A 1ODWA 3H0BA 1HPOA 5P5EA 2P3CA 1PPME 2AOCA 4EWOA 1VIKA 5OZMA 5OZKA 2FGUA 1UH7A 3ZPSA 5P1TA 4ZLSA 5OZ3A 1CMSA 1HSIA 1LYBB 3D1YA 3FSMA 2I4DA 5P7LA 4DQFA 5P42A 4EYRA 2PC0A 5P5SA 1BV7A 2QI1A 3EKTA 3TOGA 3PB5A 2VIYA 1UH8A 4J1HA 4D8CA 3K4VC 5P28A 5P3RA 3OHFA 2VIEA 5P2FA 2OHQA 3CKRA 1XL2A 5P5AA 5P0OA 4RYCA 3O9LA 4OBFA 1MEUA 5P4PA 5OZXA 4QJ9A 2QNQA 1A30A 3LHGA 1ZSRA 5ENMA 3KYRA 1HTEA 1K1TA 3N4LA 5F01A 5HDUA 4MC1A 1IVQA 1K6TA 3PI5A 1ZSFA 1IVPA 3QROA 5DQ1A 3U71A 4B1EA 3PSYA 3MXEA 3OXVA 5OZEA 5P04A 5OYUA 3WB4A 2QZKA 2WF0A 4OBZB 3QN8A 4CP7A 1GNMA 2PYMA 4Y5LA 5P27A 4ACXA 3SKGA 4R95A 4JPCA 5P8OA 2NXLA 5P3DA 2ER0E 1D4IA 5P5LA 2NTRA 5KAOA 4DJRA 2QP8A 5P43A 5DGUA 4ZSRA 5P20A 3T7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KQX A;  3BC4 A;  3OU3 A;  5P77 A;  1KJ7 A;  2RSP A;  1K6V A;  2H6T A;  1UPJ A;  5P3T A;  2NPH A;  3B7V A;  3EL4 A;  4YOA A;  4ZSM A;  4CPT A;  4CPW A;  1EPL E;  3CKT A;  1MT8 A;  3SO9 A;  5P66 A;  1RNE A;  3OQD A;  4NJV A;  5P81 A;  2VJ6 A;  5ER1 E;  4Z4X A;  2CEJ A;  1IDB A;  5P6X A;  3K5F A;  3OAD B;  3PCW A;  4DJY A;  4PEP A;  2QNP A;  1SDU A;  4LXA A;  3OAG B;  5ENK A;  4YDF A;  2AZC A;  5P3J A;  5IVQ A;  1JLD A;  3PCZ A;  1GVT A;  1RV7 A;  4QLH A;  2QMD A;  4L1A B;  5OZO A;  5P02 A;  5OZ8 A;  3OUD B;  3RU1 A;  1M43 A;  1F7A A;  5P7B A;  1YX9 A;  1B5F B;  4Y4Z A;  3SA9 A;  3SAA A;  1A8K A;  4APR E;  4GYE A;  4J1E A;  4GMI A;  4Y3X A;  5P63 A;  4R8Y A;  1APT E;  5P8U A;  3WZ8 A;  2AOJ A;  3OU1 A;  5OZP A;  1OD1 A;  1CPI A;  3IXO A;  3UDH A;  5P5T A;  3TH9 A;  5HVP A;  4D83 A;  3LZS A;  5P7A A;  1D4H A;  5HTZ A;  3DM6 A;  1FFI C;  5P4J A;  1W6H A;  4YBI A;  3NU3 A;  4H3G A;  6UPJ A;  4DUS A;  3OOT A;  1Z1R A;  1EPM E;  1NH0 A;  2FS4 A;  2WED A;  4ZEA A;  5P3Z A;  5P4E A;  4DJO A;  1MER A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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