3H0BA

Discovery of aminoheterocycles as a novel beta-secretase inhibitor class
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of aminoheterocycles as a novel beta-secretase inhibitor class: pH dependence on binding activity part 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 372
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3h0bA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3h0bA02
4Z2ZA 4IVTA 1K2BA 2AZ8A 2QI0A 3SM2A 2F3KA 3RSXA 5P0HA 3S45A 3QBHA 2P4JA 5P2DA 5P86A 3SKFA 5P6PA 3GI6A 1SGZA 5P3NA 5OZ3A 5P7ZA 4Y5CA 5KAOA 3DV5A 3OUCA 1LF2A 3UDPA 2AZBA 4QLHA 5KQXA 5P1JA 5P29A 2FIVA 1MT8A 3D3TA 4GJBA 2I4VA 3FNTA 2AOEA 2IEOA 5HDVA 4MC9A 3KDDA 4Q1XA 5OZTA 1GVWA 5P51A 4TRZA 4OBFA 1AM5A 1LYBB 5OZNA 1BXOA 4YD5A 5P7CA 3PWWA 1OHRA 2V12C 3TPPA 5DQ2A 5P2YA 3LZUA 2O4PA 7UPJA 4E43A 5P7OA 4FM7A 4L7HA 3IN4A 5P82A 5P3HA 5P6SA 5JFPA 1Q9PA 2I0AA 3OY4A 3KFNA 3MSLA 5OZQA 2AODA 5P8SA 1HVCA 2AOCA 5AHCA 4J0ZA 1EPOE 4HDBA 1W6HA 1Z1HA 5IVRA 1EC0A 4Y56A 5P3SA 5P88A 4R93A 2NXDA 2B8VA 3R1GB 4JECA 4Y57A 3K4VC 4Y3ZA 2OHLA 1BWAA 4Y3RA 5APRE 2Q63A 3KMYA 3FNSA 4CPQA 5P1SA 5P6OA 1J71A 2CEJA 2NR6A 5P7GA 4AMTA 4Y51A 2ASIA 5FIVA 3PGIA 4Y4ZA 4B78A 3QRSA 1UPJA 5AH7A 5P1FA 1BVGA 3DUYA 3OTYA 1GVTA 5P17A 5P4OA 3BHEA 4PYVA 4DUSA 3AIDA 5P8DA 5P22A 5P36A 2R8NA 2IKUA 5P71A 3WZ8A 2I4WA 5P4XA 3S53A 3KDBA 2A1EA 4Y35A 2PSUA 4PEPA 4DVFA 5P6TA 2IRZA 2OHMA 4Y3WA 2PQZA 5P7FA 2VJ6A 3UFLA 5P6BA 5ER2E 4XKXA 2WF1A 1IZHA 5DR0A 4OBZB 2VKMA 2I4UA 5P5TA 5KR8A 2WJOA 1YTGA 3EKVA 5P0UA 5P35A 5P1YA 1K2CA 4Q1WA 5P7PA 5BWYA 4LL3A 4OBHA 2BKTA 4Y3GA 3QPJA 4RGHA 2ZJMA 4A4QA 3OQ7A 2P3BB 3O9AA 3JVWA 5OZFA 1HSIA 5P8AA 2QP8A 5P5HA 2RKGA 1C6XA 3EKXA 2QHZA 2QD7A 3NUJA 3QIHA 1ER8E 4PZXA 4QJ2A 3K5DA 4Y48A 4GIDA 4OC6B 2QK5A 3DOXA 4Y5AA 3MSKA 4L7JA 3VG1A 5P3OA 3S56A 4I1CA 1ME6A 1SDVA 5P0TA 1LF3A 4Y43A 5P50A 5OYQA 4PZWA 4FRSA 5P1IA 4R8YA 2RSPA 3LIXA 1EPME 3QROA 4Y47A 5P20A 5P4UA 4S1GA 3GGVA 6FIVA 5HCOA 5HDZA 5TOLA 1HPSA 5AHBA 1B5FA 1DMPA 3MWSA 5OYYA 1HVIA 5P6EA 5P8EA 5IVQA 3PSYA 3BRAA 5KR1A 3EL1A 4RRSA 5P5KA 4I0FA 2B7FA 3OUDB 5P69A 1K6VA 5P8JA 4YDFA 5P8HA 3CKRA 5P74A 1F7AA 1A30A 3BUHA 3WB4A 4OD9B 1ODWA 1XL5A 4LC7A 3KT5A 3UQUA 5P45A 4LAPA 3PLDA 4NJTA 2VNNA 3LIVA 4K9HA 3SACA 5P0EA 4DH6A 5P8QA 4DQBA 1SDTA 5HDUA 9HVPA 3UQRA 1IIQA 3ZKSA 3OXVA 3L59A 5P11A 5I3XA 3GGXA 5P8KA 2EWYA 4FRKA 4LBTA 3OXCA 5P15A 2AZ9A 3SQFA 1B11A 4Y5MA 4EYRA 1E80E 1GNNA 3GI5A 1DP5A 3IXJA 5DPZA 2HAHA 3LZSA 5OZWA 5P6GA 1BILA 2XYEA 1XL2A 3PRSA 2NXLA 1FF0C 5P37A 4OBZA 5DR7A 3BUFA 2RKFA 4CPXA 4Q1NA 5P0GA 4FSLA 2AZCA 3F9QA 5I70A 4APEA 3QBFA 4CP7A 1META 3HVPA 4HVPA 4RVXA 5DR8A 3APPA 4APRE 4DJQA 2P3BA 2CENA 4Y4WA 3L3AA 2PMAA 2BB9A 3D91A 1ODXA 5P7QA 4CPSA 4QJ6A 3EXOA 4RYGA 1ZPKA 5P1WA 1ZSRA 1ENTE 2HC0A 1YTIA 1RV7A 4Y4JA 1C6ZA 5P0NA 5P1DA 1ODYA 1OEWA 4I11A 3UDMA 4HLAA 2QI1A 1PPLE 3SPKA 3TNEA 5P76A 3U6AA 2AVQA 1W6IA 3PEPA 1MT9A 4Y3FA 3PI0A 2HPFA 4WTUA 5P7WA 1EEDP 3NDXA 2ZHRA 3ZMGA 4Y5NA 4Y4UA 1FLHA 5P7KA 1YG9A 3O9HA 5P3LA 4ZIPA 1EBYA 4YOBA 3K5GA 4J55A 5P16A 3TTPA 3PBDA 4Y3EA 1BBSA 4Y6MA 1K6CA 5P33A 5J25A 4R92A 3C9XA 3NU4A 4J1FA 4J5JA 5P5EA 3NUOA 1BDLA 3MXDA 2V10C 1FB7A 5P5IA 1FG6C 3SA4A 1OD1A 3IXOA 5OZ7A 1MTBA 5P77A 3NXNA 1FKNA 2ZHTA 5OYTA 1BAIA 2AQUA 3PCWA 2QU3A 3OUDA 1TQFA 1LYWB 1AJVA 2VIJA 3APRE 5F00A 3JW2A 3IA9A 5P2VA 1HXBA 4QJ8A 2Q5KA 3Q4BA 3NDTA 4TVGA 4NPTA 4OD9A 5KR0A 1EC3A 4GJ6A 4Y3NA 5P8RA 2PSVA 5P05A 5P6NA 5DR1A 1ZSFA 5P5LA 4J0VA 1BIMA 4Y5EA 1FFFC 5P64A 3HW1A 5ISKA 1YX9A 3FV3A 5IE1A 4HA5A 1D4YA 3I6OA 1YM2A 5P2RA 5P6KA 2PK5A 2JJJA 3JVYA 3VCMA 2QHCA 4RCDA 4EQ0A 1LZQA 5P1EA 4J1CA 5P4JA 2QZLA 5P0YA 4ZSRA 5P2WA 5HE4A 2ZDZA 2R5QA 2VA6A 3O9CA 4Y5BA 3GI4A 5P0QA 5P7IA 3ZKNA 5P08A 5OYRA 1EC2A 3FIVA 1AIDA 4B05A 5DGUA 4UPJA 4ZLSA 5P0DA 4J0PA 3OQKA 1C70A 3HBOA 5P60A 2IGYA 3I8WA 5P00A 5P3XA 5P0IA 2NXMA 5P38A 4B0QA 3VLAA 1A9MA 4NPUA 1EBZA 5COOA 2AOJA 5P8VA 3T11A 3NXEA 4DJYA 1NSOA 4EJDA 1HVKA 3EKQA 3IGBA 1XE5A 1BDRA 5P1AA 1SIVA 1MSNA 2NPHA 3O99A 1NPVA 3IVHA 5ENKA 2P3CA 5P10A 4HE9A 2IDWA 3L38A 1MVPA 1K1TA 3Q3TA 3U7SA 5P7RA 5KQZA 3CKPA 2QD6A 3Q70A 5P7YA 5OZHA 5P57A 5CONA 3KMXA 3DM6A 4Y50A 1FQ8A 2I1AA 2QNPA 5P4SA 5OYVA 2OAHA 2F81A 1KZKA 5P8MA 2G1SA 5P7TA 4ZSQA 1HHPA 3PWMA 1NPAA 3BC4A 3LPKA 4EWOA 3UQXA 3TPLA 1NH0A 3UDQA 4Y36A 5P3RA 4Y58A 5HU0A 1CZIE 5P09A 5P1HA 3NU3A 4EXHA 5P6JA 4GJCA 3H0BA 5P4EA 5P06A 1LYWA 2MIPA 5OZ4A 4B72A 5JODA 1M0BA 1MUIA 3CYWA 4ER4E 3SKGA 3EM6A 1LYAA 2H6TA 4MC2A 3VEUA 2ZJHA 3I25A 4L1AA 1M4HA 4M8YA 3NU5A 5P53A 5E5KA 2ZHUA 1B5FB 4GB2A 2WF4A 1T3RA 5EZZA 3OUBA 5KQYA 2QCIA 3SA6A 5P68A 2QU2A 5P43A 1PSOE 3T6IA 2WEBA 3T7XA 3OOZA 3DCRA 4GMIA 5P5QA 1HTFA 2WF2A 5P0MA 5P1PA 5UPJA 5P7SA 3CKTA 3B80A 3IAWA 2OHRA 4YCYA 2BPYA 5P8IA 1FGCC 4RCEA 5OZXA 5P02A 4F73A 3OQFA 4RYCA 1F34A 5P5BA 5ISJA 2OHNA 2FDEA 3DJKA 3OHHA 3UDRA 2ZE1A 4I0ZA 1BDQA 1IZDA 5P7LA 2ZJNA 4YCKA 2A4FA 1G35A 4YBFA 3OGQA 3VUCA 4FCOA 4AZYA 3KFRA 2HM1A 5OYWA 2QZWA 2ZHVA 4J1HA 4Y3AA 4ZSPA 2BPXA 1AZ5A 3RTHA 4TVHA 1EPPE 4I10A 2QMGA 5I3VA 1YTHA 1E82E 2P83A 4ZPEA 3DCKA 4J1KA 2F3EA 4Y3PA 1SH9A 4QJ9A 2FDDA 5P0CA 5P5UA 4Z50A 5P7XA 4Y9WA 5P1XA 3TOFA 4EHCA 3D1ZA 2QI4A 5P7UA 1GKTA 3KF0A 4X2LA 4DFGA 5P63A 3LPJA 4B70A 3N4LA 5P72A 5E5JA 3GGAA 1PSAA 4FM6A 5P28A 5P66A 2QMPA 1ZPAA 3KT2A 2G1NA 4Y4TA 5P42A 4Y39A 4Y3TA 4ZSMA 5P2AA 4YD3A 4R5NA 2PK6A 5P5NA 5P3GA 5P84A 2FXEA 1GNOA 2B7ZA 2NTRA 2VA7A 3OU4A 1XN2A 2PH6A 3Q5HA 3SABA 5P4VA 5P5WA 3OOTA 5P1VA 2V00A 6APRE 3N3IA 5P3CA 5P41A 3TKGA 1E81E 1EPNE 3D20A 5P2CA 4RZ1A 4HZTA 1IBQA 2HS2A 3O9DA 1SP5A 3ER5E 4K4PA 5P8OA 1HVRA 3RTNA 5P0OA 1ZLFA 5P3WA 4Y5GA 4NJVA 3R0WA 1HBVA 3HDKA 1A94A 2JXRA 5P47A 1HIIA 2ANLA 5P19A 1HVHA 5P6WA 4DQEA 3KDCA 5P4IA 4OBJA 5P2OA 2OHPA 3S8IA 3ZKXA 3O9EA 2ZJIA 3VSXA 3QVCA 2HB2A 2P3AA 4U7QA 4TRYA 4F74A 5OZ0A 5P4MA 1EPLE 5P1CA 5P1GA 1SGUA 4ACUA 2WF3A 5P8PA 4Y4EA 1Z1RA 2JYSA 3ZPSA 5P1NA 5P2IA 1IDAA 1LV1A 1ZTZA 3OQAA 1XE6A 4R95A 2WEZA 3BXRA 3UDHA 2Z4OA 5DQCA 4M8XA 5P8NA 4EP2A 2ER0E 5DGWA 5P7AA 1T7IA 1N49A 2OHTA 1BXQA 4J17A 2QI6A 2UXZA 4GJAA 3UQPA 1BV9A 3GW5A 3PSGA 4KUPA 5OZ8A 3PVKA 4FRJA 1APTE 2I0DA 5P59A 5P5MA 4CPUA 3K5CA 3UDJA 1TW7A 4A6BA 4CMSA 3QI1A 3VF3A 1W50A 4RROA 1KJFA 4B1DA 5P0FA 2QHYA 4K8SA 5P2JA 1RPIA 3OADA 3TOGA 5P03A 4D89A 4I0DA 3L5BA 2Q3KA 2NMZA 4OBKA 3OUAA 2F80A 3EL5A 5SY2A 5P2TA 5HU1A 3OAGA 1AVFA 1JLDA 3S85A 4Y3QA 5P3DA 2QNNA 1T7KA 4D83A 4NKKA 3R0YA 2OHKA 3LPIA 3TPRA 2QI5A 1BVEA 2PYNA 3G70A 5P2BA 3PI5A 3HAUA 3KM4A 2OHUA 5OZ6A 5P2EA 3OGPA 1VIJA 4EJLA 2FLEA 3ZKGA 5OZ2A 1HIHA 2R5PA 2VIEA 3VV7A 1HVLA 3FX5A 5DQ5A 3NDWA 2G21A 4DI2A 5P1ZA 2Q64A 5P2UA 4B00A 3RSVA 4QJAA 4FLGA 4HEGA 2AVMA 2QZKA 2AIDA 5P25A 3L5CA 3KA2A 3ZPUA 4DQGA 5P6HA 5P07A 1XDHA 1FQXA 1AJXA 5SZ9A 4BELA 1KJ4A 3SO9A 3D1YA 3K5FA 4FS4A 2ER9E 3OU3A 5OZCA 5SXNA 2P8HA 4R91A 5P8FA 3EM3A 2ZJJA 1FMBA 4K4QA 1TSQA 4A6CA 4H1EA 1K6PA 1IZEA 3VYFA 2B60A 2VA5A 1FMUA 5P8CA 5DQ1A 2O4KA 2WL0A 3UTLA 4YD6A 3OHFA 2Q15A 1YTJA 5P2FA 5OZMA 1CMSA 1QBSA 1APVE 2HPEA 3VV6A 1HVSA 4LXMA 3SFCA 4LHHA 1XS7D 3NDUA 3INHA 3T3CA 2I4XA 1GVXA 5IVTA 5P6DA 4J54A 5P5PA 2VNMA 1LYAB 4Y41A 5COPA 4L1AB 2QI7A 3TL9A 3UF3A 2NNKA 5P3YA 5P5OA 4J0YA 3NU6A 3B7VA 3DK1A 1Z8CA 1FEJC 5P75A 3UFNA 1UH7A 3HLOA 4WY6A 5AH8A 5P4AA 5OZ9A 2WKZA 1D4SA 3R2FA 1RNEA 2IGXA 3OTSA 4ZEAA 3UDNA 5P2MA 1MRWA 2J9KA 2Q54A 5P1LA 4D88A 2F8GA 3CMSA 7HVPA 5P8BA 2QZXA 1HTGA 1IZIA 3S54A 2V0ZC 5P6LA 4EJ8A 5P32A 5P8TA 5KQFA 3S7MA 3VFAA 3LITA 3NWQA 2AOHA 3NSHA 1G6LA 2QMFA 3EL0A 4I0GA 5JFUA 2RMPA 3G6ZA 3INDA 3VYDA 1HEGE 2G22A 2XFKA 2WECA 2O4SA 2FMBA 1HSHA 3PB5A 5P1KA 2VIZA 5P0LA 3EKWA 1PSNA 4H3GA 4ZPGA 5P6MA 5OZ1A 5P7BA 4DPIA 4L6BA 5P3FA 3TPJA 2AVSA 5P4WA 4Q1YA 2Z54A 1PPME 5AH6A 3DV1A 4YBIA 5P13A 4CPTA 1QRPE 5P6UA 4BEKA 5P2XA 1HSGA 3INEA 3A2OA 4I8WA 4PPHA 2VS2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z2Z A;  4IVT A;  1K2B A;  2AZ8 A;  2QI0 A;  3SM2 A;  2F3K A;  3RSX A;  5P0H A;  3S45 A;  3QBH A;  2P4J A;  5P2D A;  5P86 A;  3SKF A;  5P6P A;  3GI6 A;  1SGZ A;  5P3N A;  5OZ3 A;  5P7Z A;  4Y5C A;  5KAO A;  3DV5 A;  3OUC A;  1LF2 A;  3UDP A;  2AZB A;  4QLH A;  5KQX A;  5P1J A;  5P29 A;  2FIV A;  1MT8 A;  3D3T A;  4GJB A;  2I4V A;  3FNT A;  2AOE A;  2IEO A;  5HDV A;  4MC9 A;  3KDD A;  4Q1X A;  5OZT A;  1GVW A;  5P51 A;  4TRZ A;  4OBF A;  1AM5 A;  1LYB B;  5OZN A;  1BXO A;  4YD5 A;  5P7C A;  3PWW A;  1OHR A;  2V12 C;  3TPP A;  5DQ2 A;  5P2Y A;  3LZU A;  2O4P A;  7UPJ A;  4E43 A;  5P7O A;  4FM7 A;  4L7H A;  3IN4 A;  5P82 A;  5P3H A;  5P6S A;  5JFP A;  1Q9P A;  2I0A A;  3OY4 A;  3KFN A;  3MSL A;  5OZQ A;  2AOD A;  5P8S A;  1HVC A;  2AOC A;  5AHC A;  4J0Z A;  1EPO E;  4HDB A;  1W6H A;  1Z1H A;  5IVR A;  1EC0 A;  4Y56 A;  5P3S A;  5P88 A;  4R93 A;  2NXD A;  2B8V A;  3R1G B;  4JEC A;  4Y57 A;  3K4V C;  4Y3Z A;  2OHL A;  1BWA A;  4Y3R A;  5APR E;  2Q63 A;  3KMY A;  3FNS A;  4CPQ A;  5P1S A;  5P6O A;  1J71 A;  2CEJ A;  2NR6 A;  5P7G A;  4AMT A;  4Y51 A;  2ASI A;  5FIV A;  3PGI A;  4Y4Z A;  4B78 A;  3QRS A;  1UPJ A;  5AH7 A;  5P1F A;  1BVG A;  3DUY A;  3OTY A;  1GVT A;  5P17 A;  5P4O A;  3BHE A;  4PYV A;  4DUS A;  3AID A;  5P8D A;  5P22 A;  5P36 A;  2R8N A;  2IKU A;  5P71 A;  3WZ8 A;  2I4W A;  5P4X A;  3S53 A;  3KDB A;  2A1E A;  4Y35 A;  2PSU A;  4PEP A;  4DVF A;  5P6T A;  2IRZ A;  2OHM A;  4Y3W A;  2PQZ A;  5P7F A;  2VJ6 A;  3UFL A;  5P6B A;  5ER2 E;  4XKX A;  2WF1 A;  1IZH A;  5DR0 A;  4OBZ B;  2VKM A;  2I4U A;  5P5T A;  5KR8 A;  2WJO A;  1YTG A;  3EKV A;  5P0U A;  5P35 A;  5P1Y A;  1K2C A;  4Q1W A;  5P7P A;  5BWY A;  4LL3 A;  4OBH A;  2BKT A;  4Y3G A;  3QPJ A;  4RGH A;  2ZJM A;  4A4Q A;  3OQ7 A;  2P3B B;  3O9A A;  3JVW A;  5OZF A;  1HSI A;  5P8A A;  2QP8 A;  5P5H A;  2RKG A;  1C6X A;  3EKX A;  2QHZ A;  2QD7 A;  3NUJ A;  3QIH A;  1ER8 E;  4PZX A;  4QJ2 A;  3K5D A;  4Y48 A;  4GID A;  4OC6 B;  2QK5 A;  3DOX A;  4Y5A A;  3MSK A;  4L7J A;  3VG1 A;  5P3O A;  3S56 A;  4I1C A;  1ME6 A;  1SDV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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