3HAWA

Crystal structure of [l-ala51/51']hiv-1 protease with reduced isostere mvt-101 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [L-Ala51/51']HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 18
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hawA00
5P86A 1RPIA 5OZRA 2B60A 4Y4AA 4CPQA 5P87A 4FS4A 2JXRA 4EXGA 2QNQA 2OHTA 3QRMA 1HWRA 4RCEA 5P2UA 4Y3MA 1HIHA 2NXDA 4FAEA 4RYCA 4RCDA 4GJBA 4DJRA 3SM2A 4RRSA 3O9CA 4J54A 3APPA 1DAZC 5DGWA 1W6HA 5P4LA 1HVKA 2FGVA 4EHCA 1BV7A 1QDMA 4ACXA 4Y44A 3O9LB 5OYYA 4KE0A 3QRSA 5I3XA 1LYAB 3DM6A 1AZ5A 3L3AA 4I0FA 5P0SA 4DQCA 3MSKA 5C9FA 5P3BA 4ZPFA 1NPWA 2ZYEA 5OZHA 1FLHA 5P1UA 4CPUA 3OUCA 1VIJA 5P5MA 1BV9A 3CIDA 4B78A 2WECA 3H0BA 1CZIE 1U8GA 2R43A 2WJOA 3I25A 4J1HA 5P0UA 3NYGA 3CKRA 5P6VA 1SDUA 4FE6A 4ZE6A 1TCXA 3RTHA 3EKPA 3VSWA 3SA7A 1K6TA 2QNPA 5P74A 2P4JA 1UPJA 1WBKA 5HDXA 3S53A 3GGUA 2AIDA 2Z54A 3UQRA 5P6FA 3EL9A 5P8AA 4Y4BA 5P5PA 2BKSA 5P36A 1CMSA 3UDJA 1C6XA 3O9BA 2I1AA 3O9AA 5P76A 5HD0A 3ER3E 2H6SA 5P2VA 1XN3A 4Y4WA 2QP8A 5OZQA 3IVIA 2ZHUA 1HEFE 3Q5HA 4F74A 5P8IA 5P7CA 5AGZA 2UY0A 2XYFA 3PCZA 5P0YA 4Y53A 2PYNA 5P3NA 4I0GA 5P53A 5P59A 1W51A 3ZMGA 3PLDA 4HA5A 5DGUA 3O9FA 5P7IA 2G1NA 1LEEA 4M8YA 4YCYA 5SZ9A 1B11A 4YOAA 4GJAA 3PJ6A 1HPSA 5B18A 1ZTZA 5P0VA 2VS2A 2O4NA 5KR0A 5P1GA 5JG1A 2ANLA 5P7EA 4Y36A 3UQPA 3KDDA 4YD6A 4Y37A 1E80E 3K5DA 3A2OA 5P0AA 2PH8A 4LL3A 2PK6A 5P6BA 1F7AA 4I10A 1TQFA 2HIZA 4FIVA 2RKGA 3OU1A 2PSGA 4R8YA 3GW5A 5P4ZA 3I6OA 4D83A 3L38A 2WF3A 3FX5A 4L6BA 1MT9A 2NTRA 4CKUA 1ZLFA 4ZPGA 2I4DA 5IVSA 2QMGA 5OZIA 3BUFA 5P4UA 5OZ4A 5P4RA 3VFBA 3BGCA 5P8QA 3UDYA 5J25A 1FQXA 4I8ZA 2O4LA 5P2BA 2PH6A 4Y3QA 2HS2A 4Y3NA 5P8RA 4Z4XA 1EPLE 2AOGA 4Y54A 5P55A 2VJ7A 3BC4A 1MT7A 2G1OA 5P4YA 2NXLA 4LHHA 5P6RA 4Y4GA 1FG6C 3GGAA 1A8GA 2BJUA 3UTLA 5P67A 3OADB 2CEJA 5AH8A 5P4PA 4Y5AA 3R0YA 3OTSA 4NJVA 1GVVA 1YM2A 5P0MA 5KQYA 3RTMA 2R3TA 3SLZA 5P51A 2CEMA 3KMYA 5P54A 1HXBA 2ZJJA 4H3FA 1KJGA 1XE5A 5P8EA 5HU1A 5P1JA 5P5WA 4Y5KA 5P0JA 1D4HA 5P0PA 5HCTA 1EC0A 5T4SA 5P3LA 3URJA 3CKPA 4ZLSA 3TOFA 4RVIA 3VV8A 1BILA 4ZSRA 3B7VA 3FNSA 1GVTA 3JW2A 5DQ1A 5FIVA 5P0KA 3CYWA 4CPRA 5BRYA 4ZPEA 4B1CA 5P7ZA 3NU6A 4Q1NA 3RSXA 1HPOA 3GI4A 4Y4TA 4I12A 4R92A 3VG1A 2EWYA 4FLGA 5P6YA 1XDHA 3QPJA 5P2EA 2F3KA 2FNTA 5P1OA 3T7XA 4QJ8A 5P17A 2PWCA 3IXKA 5P6LA 1SIPA 2QMDA 3TPPA 4J5JA 4YCTA 2QMFA 5P6PA 5E5JA 1LF3A 1MPPA 3KN0A 5P7DA 4MC6A 3L59A 1K6PA 1K1TA 3RSVA 1LYBB 2WL0A 1FG8C 4Y5EA 5P4EA 3ER5E 4X2LA 4FRSA 5P0OA 1LF4A 4J0PA 2B7FA 5P2DA 5P7KA 3QP0A 5P7JA 5P1WA 5UPJA 2ER9E 5OZKA 5P3ZA 5P88A 3JVYA 5P2RA 3KYRA 3G6ZA 4F76A 5P78A 1YTGA 5P5RA 5P6WA 4D8CA 3O9EA 5P2SA 3MWSA 5DQ4A 2FDEA 5P3HA 5P6GA 4J55A 3O9LA 2WF1A 1MT8A 3TKGA 1BDRA 1W5YA 1LYAA 4GYEA 5P8MA 5P0GA 3O9IA 3VYFA 1E81E 2OF0A 3OXXA 4ER2E 1MRWA 5P31A 4UPJA 1META 1IDBA 3VYEA 4Y51A 3I2LA 5P5IA 4K9HA 5ISJA 2QZXA 3LPIA 3OQ7A 4HZTA 5P8SA 4Y4EA 5P3JA 3FNTA 4GJ6A 1HSHA 3D91A 2QD8A 5OZZA 5SXNA 5HDZA 2QU2A 3SPKA 4YHQA 1NPVA 4Y56A 5P84A 4NPUA 5P2TA 5P6QA 1EPOE 2RENA 4BFBA 1T7JA 1ER8E 1HOSA 3S54A 4YBIA 1D4SA 3OU1B 4B05A 5HTZA 3PCWA 3IXOA 5P4GA 2NR6A 1FMXA 1K2CA 2FIVA 1W6IA 2F81A 4F75A 3EC0A 3INEA 3KM4A 5P1SA 3PSUA 3LIXA 3EKTA 2WKZA 3TPJA 3PWMA 4YBFA 4DI2A 3T3CA 4A6BA 3N4LA 5P68A 1TSUA 2IL2A 3BVAA 4JECA 2A4FA 5P6ZA 5IE1A 1XL2A 3DCKA 1PROA 5I3WA 1AXAA 2VIJA 2Q11A 2P3BB 2BBBA 5DR1A 2HB3A 3KT2A 3DOXA 5OZWA 1IZIA 1IZHA 4Y58A 5P6TA 3PMUA 3VEUA 4MC1A 4DJYA 1EBKC 2G69A 4CMSA 5P6DA 1MTRA 1HTFA 2PWRA 1YX9A 5P3UA 1AVFA 5P0WA 5P3RA 5C9DA 3PI0A 4D89A 3AIDA 3TLHA 5P4QA 3K5CA 2A1EA 5P61A 3SA9A 5ER2E 1FIVA 4Y3EA 3T6IA 3OTYA 4GJ9A 1SDVA 3UFNA 5P2LA 4NKKA 5P30A 5P2ZA 3PSYA 3KT5A 1G2KA 2IKOA 4B0QA 4DQHA 5P8GA 4CPSA 3URIA 4YCKA 5P0ZA 5P5BA 5P1FA 4Q5MA 2H6TA 5I3VA 4EJ8A 2P3AA 5P48A 1A8KA 3S56A 1GNMA 1YT9A 3R1GB 4Y3TA 3QRVA 2OHUA 1K6VA 1Z8CA 4U7VA 1BXOA 5DR3A 3UDNA 5P1VA 3KFPA 4RROA 2QHZA 3DCRA 3BUHA 2FNSA 3IVHA 1IBQA 4GJ8A 4OBHA 5P1MA 5P6UA 5KR1A 4B72A 3OU4B 2HB4A 2QHYA 5KR8A 5HE5A 5OYSA 2HC0A 6APRE 5P7AA 4LXKA 2ZGAA 1EPPE 1AAQA 5P12A 5P0FA 5DQ2A 1TZSA 2G24A 5OZ9A 2ASIA 3VF3A 1YTHA 3OADA 4GJDA 5OZCA 5OZ5A 3FKTA 3BVBA 1GNNA 3GGVA 3PHVA 4OD9B 2QHCA 5P1AA 3CICA 1HRNA 4LAPA 4ACUA 4Y43A 4BEKA 4DUSA 3BHEA 3NWXA 2BPYA 3EL0A 5P5HA 1FEJC 5P5DA 2G94A 5TOLA 4EXHA 2IDWA 2R8NA 5E5KA 2G1YA 5OZYA 4DJQA 4DJUA 3WB5A 2WF2A 3TPLA 4S1GA 2B42A 2ZHSA 5P0NA 5DQCA 3T7PA 3NDUA 4QJ9A 2VKMA 1M0BA 1RL8A 5P3SA 5HE4A 5OZTA 2VIEA 1FFFC 4L1AB 2R5QA 4A4QA 5P7QA 4J0VA 2OHNA 2ZJNA 4M8XA 3DV1A 5OZLA 2ZJLA 1PSOE 5P2JA 1FQ8A 5OZMA 5P2FA 5P4WA 4XX3A 2NMZA 2UPJA 2G26A 2JE4A 3FV3A 5P16A 1LYBA 5P6AA 5P5OA 2BB9A 3K4VC 1LV1A 5P1LA 5P04A 3OAGB 4DQBA 5P3FA 2WEBA 2QI4A 4Q1WA 4Y38A 4Y5PA 2V11C 3S2OA 3ZKIA 1FQ4A 3LIVA 3ZKGA 1EC2A 4FM6A 4Y4XA 1KZKA 1IIQA 4YD4A 1C70A 1DW6C 3EM3A 4J0YA 1HTEA 2QU3A 5P56A 3VCMA 3IGBA 5P3VA 5P85A 4Y50A 5HDVA 5P3DA 1HVSA 5IVQA 3DV5A 4Y5NA 5P0TA 5P18A 1MRXA 3CKTA 3PLLA 3PEPA 1M4HA 1ODYA 6FIVA 5P4JA 1BVEA 4KE1A 4FRKA 2IENA 3UQUA 4HE9A 1APUE 1IZDA 5P7WA 5P3OA 4B00A 5P2WA 1D4KA 3QROA 3PVKA 5P2YA 5AHAA 5P39A 3JVWA 5P0DA 4OBZB 2OHKA 4QJAA 1XN2A 5P75A 5P1IA 3UPJA 3NXEA 4GMIA 4DQEA 4J1KA 2BPWA 1DIFA 3Q6YA 4Y3FA 3EKWA 3NU3A 2IGYA 3NWQA 2BPXA 5P1BA 4J1IA 5DPZA 3VLBA 5P58A 3LIYA 3OHHA 1W50A 2FXEA 1KJ7A 1AIDA 2P8HA 1PFZA 5OZ2A 4R5NA 4XKXA 3S43B 3TOHA 2FXDA 4FSLA 3H5BA 1TCWA 2XFIA 2VA7A 3R2FA 1B6PA 4YE3A 5IVTA 2IGXA 1ZP8A 3OOTA 4PPHA 5JODA 2QI0A 5OZ3A 2O4SA 5P3IA 5OYVA 1BDLA 4APRE 3DJKA 4H3IA 4ZSPA 5P09A 5P4CA 5P03A 1MUIA 3KFNA 3SAAA 3EL1A 5P7HA 1XE6A 3VYDA 4DQGA 1PPLE 5P5LA 4Y4UA 4B1DA 2AVVA 4OC6A 2IKUA 4WY1A 4Y39A 4ZEAA 2B7ZA 1EPNE 4OBJA 5P4FA 3SACA 4DJOA 4YD7A 2P3BA 5P57A 1AJXA 1CPIA 1FQ5A 4N00A 2G21A 4PZWA 1OHRA 5P2NA 5P7BA 4K4QA 3NU5A 4DPIA 4Z50A 5P26A 5ENKA 4RRNA 4TRWA 2AVMA 4AA8A 4R93A 3OQFA 2OHRA 3ZKNA 2FS4A 5P5FA 4GJCA 5DR4A 1ZJ7A 2OHSA 3LITA 3PRSA 1HSIA 4H3GA 1HBVA 4EJDA 1SGUA 1FGCC 2VIZA 4DJVA 4H3JA 4RVXA 2QK5A 4YOBA 5DQ5A 1BWBA 3HDKA 4HVPA 5P5VA 3R4BA 5P4TA 5P8DA 1ODWA 3OWNA 1IZEA 1BXQA 1G35A 1T7KA 3KMXA 2VA5A 5P3CA 5OYZA 4PEPA 1IDAA 3TPRA 5P19A 4Y47A 3ZKMA 1QBRA 3NR6A 5P50A 2ZHVA 2AOFA 5P1EA 2G1RA 3PBZA 5P27A 1A30A 1KJFA 4Q1XA 3VF5A 1A9MA 3FNUA 3PWRA 2IQGA 3OU4A 5P5KA 5P7YA 4FM7A 2QZKA 1RV7A 1ZSRA 1YTJA 5P3XA 5OZNA 5P6NA 5P5EA 5AHCA 1GVXA 5OZDA 3EXOA 4NPTA 5P3KA 4AA9A 3TTPA 4Y3PA 5P64A 1HHPA 1GVWA 3AUPA 5F01A 3LPJA 5P1TA 3NXNA 2PC0A 3OOZA 4IVSA 5OZFA 1WBMA 5P3MA 1DPJA 2Z4OA 4GJ7A 5P5XA 3S7LA 4LXAA 4FRJA 5P7VA 3WSJA 2F3EA 3BGBA 4QGIA 3ZL7A 4OD9A 4Y3AA 4WTUA 2O4PA 2Q63A 5P8CA 2V10C 5P80A 1KJHA 4Y5MA 5P63A 5P4XA 3VSXA 5HU0A 4FM8A 1FQ6A 4Y35A 2B8LA 2QI6A 1PSAA 3VV6A 1B6MA 4HDBA 5P72A 2JJJA 5EZZA 1FMBA 4Y3JA 6UPJA 1HTGA 2VNNA 1JLDA 3IN4A 4ER4E 3LINA 3EKVA 5P7FA 1ZSFA 3OXVA 4EPJA 3S7MA 5KR2A 2V16C 4TRZA 4L1AA 1LF2A 2CENA 5P0LA 5P6XA 2G22A 2VJ9A 3MSLA 1B6KA 3ST5A 5P32A 2NNPA 2QI1A 3ZKQA 5P29A 4E43A 3VFAA 5P4AA 2AZ8A 4DVFA 5P7XA 5P0QA 1EAGA 2PSUA 5P4MA 2V00A 3D1XA 1HVIA 4U8WA 3OAGA 2J9JB 3EKYA 2OHLA 2AOEA 1RQ9A 5KQZA 4OBDA 1KJ4A 1MERA 4HDPA 1GKTA 2R3WA 4JPCA 4DV9A 3OGQA 4J1CA 3PGIA 2Q5KA 3PMYA 5P62A 4TVGA 5P20A 4DH6A 1BAIA 5P34A 4X7IA 3KF0A 1YM4A 2AOCA 2G20A 2WF4A 3KA2A 4OC6B 3EM4A 3S8IA 1GVUA 1HXWA 3HBOA 4I0DA 4NJUA 2RSPA 5APRE 2Q54A 3ZLQA 5OZJA 1SDTA 4B77A 3OUBA 3SM1A 1M43A 2NNKA 4DFGA 4DJXA 3O9DA 4WY6A 2AVSA 4YA8A 1SBGA 5P8FA 4CPWA 4U7QA 2QZWA 1WKRA 2I0AA 3OY4A 4AZYA 1MSMA 4ZIPA 4H1EA 3Q4BA 5P8TA 1ZPAA 2ZE1A 5P14A 4RVJA 4Y3RA 1PPKE 2V0ZC 5C9BA 5P3EA 5IVRA 4OBZA 2AODA 1ME6A 3T11A 1D4IA 1G6LA 3CIBA 3VV7A 5P37A 3U7SA 3BRAA 3HW1A 3PSGA 2QMPA 5OZVA 5OZEA 3F9QA 3K5GA 4Y5GA 5EZXA 1DP5A 2JYSA 2Q15A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P86 A;  1RPI A;  5OZR A;  2B60 A;  4Y4A A;  4CPQ A;  5P87 A;  4FS4 A;  2JXR A;  4EXG A;  2QNQ A;  2OHT A;  3QRM A;  1HWR A;  4RCE A;  5P2U A;  4Y3M A;  1HIH A;  2NXD A;  4FAE A;  4RYC A;  4RCD A;  4GJB A;  4DJR A;  3SM2 A;  4RRS A;  3O9C A;  4J54 A;  3APP A;  1DAZ C;  5DGW A;  1W6H A;  5P4L A;  1HVK A;  2FGV A;  4EHC A;  1BV7 A;  1QDM A;  4ACX A;  4Y44 A;  3O9L B;  5OYY A;  4KE0 A;  3QRS A;  5I3X A;  1LYA B;  3DM6 A;  1AZ5 A;  3L3A A;  4I0F A;  5P0S A;  4DQC A;  3MSK A;  5C9F A;  5P3B A;  4ZPF A;  1NPW A;  2ZYE A;  5OZH A;  1FLH A;  5P1U A;  4CPU A;  3OUC A;  1VIJ A;  5P5M A;  1BV9 A;  3CID A;  4B78 A;  2WEC A;  3H0B A;  1CZI E;  1U8G A;  2R43 A;  2WJO A;  3I25 A;  4J1H A;  5P0U A;  3NYG A;  3CKR A;  5P6V A;  1SDU A;  4FE6 A;  4ZE6 A;  1TCX A;  3RTH A;  3EKP A;  3VSW A;  3SA7 A;  1K6T A;  2QNP A;  5P74 A;  2P4J A;  1UPJ A;  1WBK A;  5HDX A;  3S53 A;  3GGU A;  2AID A;  2Z54 A;  3UQR A;  5P6F A;  3EL9 A;  5P8A A;  4Y4B A;  5P5P A;  2BKS A;  5P36 A;  1CMS A;  3UDJ A;  1C6X A;  3O9B A;  2I1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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