3I2LA

Crystal structure of a chemically synthesized [allo-ile50/50']hiv-1 protease molecule complexed with mvt-101 reduced isostere inhibitor
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (53-65)EMPTYTVIII2 (80-83)S6 (70-77)O2 (78-80)S3 (32-33)S4 (43-48)TIV2 (48-52)AH1 (87-93)TIV5 (65-69)TI1 (25-28)S7 (84-85)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
publication title Hydrogen bonds at the protein-inhibitor interface in the HIV-1 protease / inhibitors complexes probed by total chemical synthesis and X-ray crystallography
rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 16
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2009-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i2lA00
5HCTA 5P62A 3T3CA 3SA7A 4N00A 1W5YA 5IVQA 4TRWA 2G1NA 1BXOA 1SMEA 4TVGA 2QZKA 5P8LA 4I0JA 3LHGA 1GVUA 5P77A 4Y50A 1HSIA 3LPJA 3IN3A 2PH6A 3NR6A 5P29A 3ZPUA 3TOGA 4CPQA 3PI0A 2NR6A 3WB5A 4FAEA 5F01A 5P5TA 2AVVA 2AOFA 1XL5A 3TKGA 5OZ2A 3R2FA 2A1EA 6FIVA 1LYAA 3INDA 1KJGA 5DR1A 1W5XA 3MSLA 5P73A 1DAZC 5P7YA 1MT9A 5P0NA 3TNEA 4FM7A 5P0QA 2AIDA 5OZZA 1MT7A 2B42A 1HVCA 5P7PA 3PMYA 2QD6A 3LIYA 4YA8A 4Y4EA 4Y5PA 4D85A 4GJDA 5P1JA 5SXNA 2IQGA 5DGWA 5P6CA 5P8AA 2QZLA 4QLHA 5P7VA 5P2IA 5EZXA 1Z1HA 2IRZA 2QI1A 3SO9A 1MT8A 2WEZA 2G27A 5P0AA 2QI0A 1BV9A 5P2TA 2G1OA 1BXQA 5P3TA 2B7FA 4DV9A 3NLSA 1HBVA 3QN8A 5P25A 3BUGA 5P20A 1YM4A 1YX9A 3L5BA 5P4NA 3CMSA 2FXDA 2NMYA 3PSGA 1B6KA 4Y47A 4F73A 1E82E 2FDDA 4AUCA 1FB7A 4APEA 3DV1A 1RV7A 1YG9A 1HVKA 4UPJA 2A4FA 5P51A 3RTHA 5P0IA 4I0ZA 4IVSA 4B05A 1GNOA 5OZHA 5HVPA 3WZ8A 5COOA 5P8BA 5P4JA 3OUCA 3UDYA 4Y3XA 1AM5A 3VSXA 4DPIA 2VIZA 5P2YA 2QI7A 5P59A 2P83A 4KE0A 4RYCA 1SMRA 1G35A 1LYWB 4PHVA 5I3VA 4F74A 2VIYA 3EL1A 3VG1A 4Y5EA 5OZAA 5P4VA 4Q1XA 1EPNE 4JP9A 3G6ZA 5P5NA 1ENTE 2PH8A 1FG6C 2IEOA 5OZKA 3OU1A 3L5CA 3QAAA 3WSJA 2ZJLA 5P4IA 1AJXA 2G24A 3KDBA 2FIVA 1RNEA 4BEKA 5HD0A 5P7UA 4Y4GA 4B72A 3LPKA 4Y41A 5P1OA 1HXWA 1KJHA 4NJVA 5P2KA 5P6AA 4HZTA 3ZLQA 5AH9A 3FNUA 4OBFA 5P3CA 5P3OA 4ACUA 5IVSA 2BPXA 1W6IA 4FLGA 5OZUA 4FAFA 4I0DA 2ANLA 3TOFA 1BDQA 1ZPKA 3OU4A 3SA3A 5P4SA 4DQBA 1MSMA 3CIDA 1T7JA 1PPLE 5C9DA 5OYUA 4ZSQA 5I3XA 8HVPA 4R91A 3D1ZA 2HAHA 3ECGA 3SKFA 4TVHA 4NJUA 4L6BA 3PJ6A 1MESA 5P1MA 4EQ0A 1N49A 4FSLA 4Y3YA 4FRKA 2QMFA 5T4SA 3H0BA 5P68A 5JFPA 4B70A 5P1DA 5P17A 5OZ8A 2R3WA 5P1LA 3KM4A 5P4BA 3R4BA 2Q5KA 5DR7A 4J1FA 1FQ6A 3OY4A 5P24A 3OUAA 1WBMA 2WEAA 4B77A 1SBGA 2IGXA 3NXNA 5COKA 2ER7E 5P52A 3EKXA 3U7SA 4MC6A 4H3GA 2AVMA 2CEJA 4Y58A 1HVRA 5P2HA 5P8CA 5P2LA 1IZHA 1HPXA 3DOXA 4RVIA 5P3KA 3SM1A 3MSKA 4K4RA 1ME6A 4Y4ZA 2ER9E 5P80A 5P2DA 5P35A 5P11A 4OBZA 2CENA 3KMXA 4JECA 5P2NA 1OD1A 2ASIA 5P40A 2HS1A 1NSOA 3LIVA 3G72A 3QBFA 4ER2E 2ZHUA 5OZ7A 3PBZA 5OZPA 5P6LA 4F76A 2G1RA 2I1AA 1MTRA 5P3FA 3DUYA 5P2JA 5P50A 2HM1A 5P7XA 1APWE 5P33A 3KYRA 2IDWA 5P6XA 4NKKA 5OYXA 5P6HA 1G6LA 3GI0A 5P60A 1XE5A 6UPJA 3EKYA 4HEGA 4Y3PA 4I11A 5OZIA 3TTPA 4GB2A 4DJWA 4BELA 1LV1A 2F3EA 5P5EA 4I0HA 3Q6YA 2ZHRA 5I3YA 2Q63A 4OD9B 1F34A 2QD8A 2JJJA 2OHRA 2AZBA 4LXKA 2B60A 4OBKA 1QRPE 4I0GA 1UH8A 3RSXA 4FRSA 5P8JA 3OGQA 5P3WA 3SA4A 1IZEA 1ER8E 2PWCA 3SABA 3OTSA 3ZKGA 5OZOA 1FFFC 2PYMA 5OZ1A 3BGCA 5P6UA 4Y3DA 4I0EA 3UQXA 5P6WA 4DVFA 5P4ZA 2G26A 1EBKC 2WL0A 4ZSPA 3Q4BA 3IVIA 4CP7A 4ZPGA 2BPZA 4Y44A 1BBSA 5P7JA 5OZ0A 5P7GA 1HTFA 4I1CA 5P4WA 5KQZA 4Q1NA 5P48A 3KT5A 4Y39A 4CPTA 1TZSA 2FLEA 2IKOA 3MWSA 2I4DA 5P6MA 5P5ZA 3K1WA 7HVPA 3OUBA 4HE9A 2O4NA 2PSVA 5I70A 5HU1A 3AUPA 3EBZA 5P6KA 4J1IA 2WF0A 5P8QA 5TOLA 1IDBA 5P8RA 1Z1RA 4J0YA 4JOOA 4I12A 5P1SA 2J9JA 4PYVA 1U8GA 4I8WA 4J1EA 3ZMGA 1HVSA 3HVPA 3H5BA 3VFBA 5P56A 2QMPA 3BUHA 5P30A 3IN4A 5P84A 1EAGA 1META 4RRSA 3O9EA 2FNTA 4EYRA 3PI5A 3O9GA 4Y3MA 3LNKA 2FNSA 2J9KA 1HIVA 4B0QA 3VV8A 1K6CA 2ZHTA 4Y3EA 2UY0A 4Y48A 1SDTA 3FX5A 1LZQA 2OHSA 3EKPA 1MVPA 5P1QA 4I10A 4RLDA 4COEA 5P83A 2XFJA 3DK1A 1MIQA 2P3DA 3GI6A 5P63A 5P2ZA 3LZVA 2H6SA 2QU3A 3L3AA 4R8YA 4Y3RA 2HB3A 5P4EA 1MRWA 5P0RA 3JVYA 4M8YA 2JXRA 4Z4XA 4EJ8A 1ZJ7A 3UFLA 3R1GB 1K6TA 4GJ7A 3QBHA 5OZEA 5P0ZA 2QI6A 2UXZA 4K8SA 2CEMA 4Y51A 5P7DA 2OHMA 5P2QA 1IVQA 4ER4E 4ZLSA 4Y5KA 2BQVA 2FS4A 3GGUA 3IAWA 2O4PA 5DQ4A 4L1AA 5P13A 1BAIA 3O9LA 5P36A 4H3IA 3GGAA 5OZGA 5ER2E 5OYZA 5P8TA 3BC4A 5P3JA 5OZBA 2OHTA 5ENMA 5OYRA 5P8FA 2AVSA 5P8OA 3QROA 3QVCA 4B1CA 4YBFA 3O9CA 5P06A 5P8EA 1HOSA 4DI2A 1LYAB 3I6OA 1G0VA 5COPA 2VA7A 4ZSRA 4Y3HA 2JE4A 5KR8A 1PSNA 4GJBA 4Y3FA 3QPJA 3BRAA 2G22A 1ODYA 5P3LA 1JLDA 3M9FA 1KJFA 3VF7A 1XE6A 3APRE 3PMUA 4M8XA 5P4LA 5OZXA 2BKSA 4IVTA 3T7XA 3T11A 4RGHA 2AZCA 5AH8A 2G1SA 5IS4A 5P5PA 4DFGA 2WHHA 5P1YA 3EKQA 3SLZA 2HPEA 5EZZA 1XN2A 1IDAA 1FMUA 3ZKXA 5P58A 5KOSA 1D4IA 5OZJA 5AHCA 1GKTA 5P10A 5AH6A 3OGPA 5P0BA 3GW5A 1LF3A 3INHA 5P4HA 1B11A 4APRE 2P3AA 2V10C 2NXMA 5P0LA 1PPME 4Y5NA 5P3GA 5DQ2A 5OYYA 4XX4A 3OQKA 1NPWA 1LF2A 2R5PA 4J55A 4GMIA 4Y5GA 1EPPE 2VA6A 2VIEA 3SA6A 1GVVA 2JJIA 4GIDA 5P79A 4LAPA 4YCYA 5P39A 1TQFA 1BWAA 3NU4A 5P4KA 2AOJA 3OOTA 3UCBA 3ZL7A 5P41A 3LZUA 5P0OA 5CLMA 5HCOA 2VJ6A 5P3RA 5P2WA 2OHUA 3PLDA 3URLA 1ZBGA 4YD6A 4B1EA 1MTBA 3UQRA 5AHBA 3D1XA 5E5JA 5P0CA 5P0WA 4NPUA 1BDRA 2V16C 2BPYA 4LHHA 3K4VA 4CPUA 2B8LA 2PK5A 2QI4A 4Y38A 3S53A 9HVPA 3KMYA 3OU1B 4RRNA 5OZ6A 4Y4WA 4Y3ZA 5KR0A 2I4VA 1EPQE 3KDDA 2QCIA 5OZWA 3LIQA 4AA8A 1ODWA 1IVPA 5P22A 1HTRB 3VLBA 5P7LA 4ZIPA 1XN3A 1SGZA 5DR0A 1ZTZA 2AVQA 3QP0A 5P7KA 4HDBA 2P3CA 5P05A 5P0VA 3UDNA 1M0BA 3QRVA 4A4QA 4EP3A 5C9FA 5P6GA 2ZJHA 5P4OA 4KE1A 2XFKA 5P23A 5P4CA 2HB2A 3I8WA 5P2GA 3TPPA 5P46A 2V12C 4YOBA 5P5BA 3OU4B 5P3HA 2R38A 5P82A 3APPA 5P1GA 4F75A 1MERA 4I8ZA 1IIQA 3EL4A 3URIA 3PHVA 5KQFA 3NU6A 4Y35A 2G1YA 3SA9A 5P3BA 5OYVA 3RVIA 2O4LA 4YDGA 4Y3AA 5AHAA 1FF0C 3SA5A 3D1YA 2PYNA 4Y6MA 2PC0A 5P5FA 4EJKA 2P4JA 2QAKA 2WECA 4FSEA 1HVJA 2EWYA 2VS2A 4CKUA 1UPJA 1LYBA 4QJ9A 5P5HA 3TKWA 1D4KA 4DJVA 3BVBA 3ST5A 3PEPA 2NXLA 5OZ5A 5P8SA 1AIDA 2HC0A 4U8WA 5OZRA 1OHRA 4ZSMA 3K4VC 5P5MA 2G21A 4FCOA 2G94A 5P3EA 1HHPA 5OZTA 5P37A 4ZE6A 1TW7A 5P2RA 5C9BA 3IXJA 1IZIA 3IVHA 4R93A 1FMBA 1YTHA 5P3PA 3UDKA 1F7AA 4YCKA 3VFAA 3HW1A 5P89A 5P6EA 3OQDA 5P1NA 4YBIA 5HU0A 5P4QA 3CYWA 4FS4A 3SPKA 3MXDA 4AA9A 2IS0A 2IENA 4GJ8A 1D4JA 4OBZB 3QS1A 3UDHA 4Y45A 1K6PA 4RVXA 4EJDA 2OAHA 4DJXA 3S8IA 5P55A 4DUSA 5P4TA 2SAMA 1B6PA 3O99A 3ZKQA 3LZSA 4GJ5A 3K5GA 3EM3A 1DMPA 5P7SA 3ZOVA 5P08A 5P1EA 3OAGB 1TCXA 1IZDA 3R0YA 4Y3JA 5P4AA 1WKRA 5OZ9A 2BJUA 4WY6A 2ZJMA 4R92A 5P2CA 3O9BA 1XS7D 1HWRA 5OZQA 2BKTA 1BWBA 4D89A 1B6MA 5P6JA 5JG1A 5P3IA 4FGXA 4CMSA 2PMAA 1QBSA 4HLAA 4RVJA 5P5IA 5P1XA 2V0ZC 4EP2A 1RL8A 5P27A 5P2UA 1W50A 3WZ7A 2ER6E 3VYFA 2QP8A 4FM8A 1FMXA 4K4PA 3AIDA 3OAGA 3URJA 4DQGA 5P4UA 5P5AA 1DIFA 1E80E 2P3BB 4RYGA 3LIZA 1EC2A 5KQXA 2I4WA 4D8CA 2H6TA 5P16A 3PSYA 5P4XA 1A8GA 5P8KA 5DQ5A 5P53A 1FEJC 5HTZA 2Q15A 5P0SA 4J0TA 5P3MA 5P1IA 5OYTA 3ZKNA 5P3YA 4YOAA 2G20A 5P0DA 1PPKE 3EKTA 2P3BA 5UPJA 4ZEAA 5DQ1A 3OOZA 5P5SA 3KFPA 5P74A 5P15A 5P87A 3T7PA 1RQ9A 1ZSRA 3HAUA 4QJ8A 4Y53A 3PRSA 1OEXA 4J5JA 1A9MA 3TLHA 1PSOE 5P4YA 3O9AA 5HDXA 5J25A 4ER1E 2AZ8A 1D4YA 3FSMA 4B1DA 4MC2A 3Q5HA 3BUFA 4Z50A 4GJCA 5IVTA 2HIZA 1XL2A 1ZLFA 1FFIC 3KFSA 2J9JB 1BIMA 2NMZA 5P5YA 3OADB 5P7IA 4Y5MA 3PM4A 3A2OA 5P3ZA 1HSGA 3OWNA 5P7ZA 5P1HA 5P64A 5P2AA 5P81A 1EC3A 5P5VA 2OHPA 3TPRA 2VJ7A 1E81E 2ZJKA 4Y43A 1YTJA 3Q70A 5P6ZA 5P5DA 4LL3A 4QJAA 3O9IA 3PLLA 4Y3TA 2NPHA 2XYEA 1HRNA 4NJTA 4GJ9A 1C6XA 1Z8CA 3KF0A 3OADA 3WZ6A 5P1CA 1EPRE 3UDPA 3HVGA 5P3UA 4PPHA 2HB4A 4DJRA 2UPJA 5P7NA 1YTGA 4E43A 3CIBA 3K5CA 4YD5A 3EM6A 1SDVA 3SFCA 5P19A 5P3AA 2NXDA 4HA5A 1TCWA 4KUPA 5P12A 4QJ7A 3VEUA 3HLOA 1C70A 2P8HA 3GGVA 4Y54A 1ZSFA 2V11C 4EQJA 4R5NA 2RKFA 3U6AA 3VUCA 1FIVA 3ZPSA 5P3XA 5P0JA 3RTNA 2R5QA 3VLAA 5P1AA 5BWYA 5OZFA 4WTUA 4DJQA 1KJ7A 4L1AB 5P38A 5P8HA 3CICA 3O9LB 4DJYA 4Q1YA 3MXEA 4XXSA 1APUE 4YE3A 4YCTA 5OZSA 1T3RA 2ZJNA 3D91A 5P8PA 3R0WA 3CKRA 4MC1A 3OXVA 3UDMA 4Y3GA 3I25A 4Y36A 1FQ7A 5P7TA 5HE7A 3CKPA 5P5KA 1E5OE 4U7VA 2QHCA 1B5FB 3PB5A 3Q3TA 5P7AA 3OTYA 3I7EA 3UDRA 4X2LA 1C6YA 1AJVA 2PSGA 2BPWA 2IKUA 3L58A 4Y3NA 1LS5A 3T6IA 2HS2A 3BXSA 3B7VA 4GJAA 3UFNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HCT A;  5P62 A;  3T3C A;  3SA7 A;  4N00 A;  1W5Y A;  5IVQ A;  4TRW A;  2G1N A;  1BXO A;  1SME A;  4TVG A;  2QZK A;  5P8L A;  4I0J A;  3LHG A;  1GVU A;  5P77 A;  4Y50 A;  1HSI A;  3LPJ A;  3IN3 A;  2PH6 A;  3NR6 A;  5P29 A;  3ZPU A;  3TOG A;  4CPQ A;  3PI0 A;  2NR6 A;  3WB5 A;  4FAE A;  5F01 A;  5P5T A;  2AVV A;  2AOF A;  1XL5 A;  3TKG A;  5OZ2 A;  3R2F A;  2A1E A;  6FIV A;  1LYA A;  3IND A;  1KJG A;  5DR1 A;  1W5X A;  3MSL A;  5P73 A;  1DAZ C;  5P7Y A;  1MT9 A;  5P0N A;  3TNE A;  4FM7 A;  5P0Q A;  2AID A;  5OZZ A;  1MT7 A;  2B42 A;  1HVC A;  5P7P A;  3PMY A;  2QD6 A;  3LIY A;  4YA8 A;  4Y4E A;  4Y5P A;  4D85 A;  4GJD A;  5P1J A;  5SXN A;  2IQG A;  5DGW A;  5P6C A;  5P8A A;  2QZL A;  4QLH A;  5P7V A;  5P2I A;  5EZX A;  1Z1H A;  2IRZ A;  2QI1 A;  3SO9 A;  1MT8 A;  2WEZ A;  2G27 A;  5P0A A;  2QI0 A;  1BV9 A;  5P2T A;  2G1O A;  1BXQ A;  5P3T A;  2B7F A;  4DV9 A;  3NLS A;  1HBV A;  3QN8 A;  5P25 A;  3BUG A;  5P20 A;  1YM4 A;  1YX9 A;  3L5B A;  5P4N A;  3CMS A;  2FXD A;  2NMY A;  3PSG A;  1B6K A;  4Y47 A;  4F73 A;  1E82 E;  2FDD A;  4AUC A;  1FB7 A;  4APE A;  3DV1 A;  1RV7 A;  1YG9 A;  1HVK A;  4UPJ A;  2A4F A;  5P51 A;  3RTH A;  5P0I A;  4I0Z A;  4IVS A;  4B05 A;  1GNO A;  5OZH A;  5HVP A;  3WZ8 A;  5COO A;  5P8B A;  5P4J A;  3OUC A;  3UDY A;  4Y3X A;  1AM5 A;  3VSX A;  4DPI A;  2VIZ A;  5P2Y A;  2QI7 A;  5P59 A;  2P83 A;  4KE0 A;  4RYC A;  1SMR A;  1G35 A;  1LYW B;  4PHV A;  5I3V A;  4F74 A;  2VIY A;  3EL1 A;  3VG1 A;  4Y5E A;  5OZA A;  5P4V A;  4Q1X A;  1EPN E;  4JP9 A;  3G6Z A;  5P5N A;  1ENT E;  2PH8 A;  1FG6 C;  2IEO A;  5OZK A;  3OU1 A;  3L5C A;  3QAA A;  3WSJ A;  2ZJL A;  5P4I A;  1AJX A;  2G24 A;  3KDB A;  2FIV A;  1RNE A;  4BEK A;  5HD0 A;  5P7U A;  4Y4G A;  4B72 A;  3LPK A;  4Y41 A;  5P1O A;  1HXW A;  1KJH A;  4NJV A;  5P2K A;  5P6A A;  4HZT A;  3ZLQ A;  5AH9 A;  3FNU A;  4OBF A;  5P3C A;  5P3O A;  4ACU A;  5IVS A;  2BPX A;  1W6I A;  4FLG A;  5OZU A;  4FAF A;  4I0D A;  2ANL A;  3TOF A;  1BDQ A;  1ZPK A;  3OU4 A;  3SA3 A;  5P4S A;  4DQB A;  1MSM A;  3CID A;  1T7J A;  1PPL E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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