3I6OA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease with macrocyclic inhibitor grl-0216a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i6oA00
3NDTA 3IXKA 2B7FA 2Q54A 3HDKA 3SKGA 4J0VA 3OQAA 3VF5A 2IS0A 5P55A 4Z4XA 2G94A 5P7TA 3PSGA 5P35A 1E80E 3L38A 4H3JA 4KE0A 3NU9A 1RV7A 5P1AA 4OBZA 1MT7A 5P44A 5P16A 5P61A 2OAHA 3HBOA 5P67A 1PSNA 1W6HA 3EKTA 3KFPA 3D20A 3ZKSA 3OUAA 3S85A 5P07A 5P0ZA 2QMFA 5P2UA 5P8AA 3C9XA 5P7OA 5P5VA 5KAOA 4FE6A 5P7RA 5DPZA 1LF3A 3LIXA 3ZKMA 4JECA 2QHZA 2NR6A 4YCKA 3KDBA 1EPOE 5KR0A 5COOA 1GVTA 4AUCA 1ZPKA 4QJ7A 2FDEA 5P5UA 5P13A 1K6TA 3TPPA 3BUFA 4I0JA 1E5OE 1Z1RA 5DQ4A 4Y39A 1FQ8A 4OBJA 5P18A 5P5ZA 3NDXA 5P5DA 5P0BA 3LPJA 4KB9A 5P75A 4FSLA 5I3WA 2UXZA 4HE9A 2IENA 3QIHA 2F3EA 3ZMGA 3R1GB 5IVRA 1HHPA 3UQXA 1B11A 2PMAA 2P83A 3IVHA 3R4BA 1FLHA 2J9JB 2AVOA 4ZIPA 5P1FA 1HEFE 3LIYA 3BVBA 5P7BA 2IL2A 4RRSA 4J0TA 5P43A 1RNEA 3PGIA 5P6QA 3MWSA 3WB4A 1BWAA 2G22A 3LINA 5P40A 5P1ZA 4YE3A 2AZBA 3KF0A 4J55A 5P0XA 1QBTA 3HD8A 2Q5KA 2B8LA 5P7DA 3RSXA 5KOQA 4CP7A 2HAHA 3MSLA 1IZDA 4I0FA 4PZXA 4K9HA 3URLA 5P8LA 4B70A 3PVKA 4K4RA 3APPA 3FNUA 5OZIA 4I0GA 3QN8A 5E5JA 5OZQA 4Y5PA 2OHMA 3RSVA 5HTZA 5OZ2A 4I8WA 2HPEA 1AVFA 2Q63A 1ZLFA 5OZJA 3OY4A 1FB7A 3GGVA 2FXDA 2ZHTA 4I0DA 3NUOA 1LYAA 5OYZA 4R91A 2NXLA 4KE1A 1AXAA 1EC1A 5P6NA 5P7XA 3GI6A 1FQ4A 5P12A 5P0AA 2I1AA 4B0QA 4J1EA 1MSNA 5P25A 1PFZA 3JW2A 5OZ3A 5P5WA 1EC2A 3QVCA 3EL1A 5P7VA 2FGUA 1MESA 4B78A 4I11A 5P58A 1W51A 6APRE 4LAPA 3R2FA 1CMSA 5P4WA 4D85A 1BWBA 3T3CA 3F9QA 3PM4A 2B7ZA 5OZTA 4I12A 5P2GA 3T11A 2AOJA 3NUJA 5KR1A 4L1AB 4Y4AA 2OHNA 2G27A 1APVE 5I3VA 1BVEA 4GYEA 5HDUA 1EBWA 5P14A 5CONA 5P2LA 5P8QA 1U8GA 5P4SA 2APRA 1HSHA 5P1CA 1TCXA 3QAAA 1GVUA 3GGUA 1PSOE 3K5DA 5P3IA 5P2TA 5P02A 2HM1A 5AHBA 4ZE6A 1C6XA 4IVTA 3PBDA 5OYTA 1XN3A 4YOBA 5P00A 1GKTA 5P82A 2VIEA 1B6JA 1MEUA 2QAKA 5P0GA 4Y3SA 5KR8A 1HSGA 2WJOA 2QI5A 3FKTA 1HVKA 5P71A 2F80A 4WY1A 3Q5HA 3INHA 3O9HA 3G72A 3VCMA 4X2LA 4RLDA 4HDFA 3OU4B 4HVPA 4M8YA 3GI4A 1VIJA 4H3FA 2V16C 4QJAA 2VA7A 4QJ8A 1W5VA 2B60A 1HVCA 4D88A 3SABA 4EHCA 3MXEA 4QJ6A 2V10C 3WZ6A 5P4DA 2O40A 2WEDA 1K6VA 5P20A 3OU1B 4XX3A 3CICA 5P89A 3NDWA 3TPJA 5P73A 2G1RA 3O9BA 5P3EA 1C70A 2V00A 4J1FA 7HVPA 5HDVA 1XL5A 3K5CA 3SKFA 3OUDA 5HD0A 3VV8A 3T6IA 2I0DA 4CPTA 5P5LA 1LYWB 2F3KA 1ZPAA 2NXMA 3HZCA 5P8IA 3T7PA 1QDMA 4OC6A 5P45A 1HPSA 3SA6A 3ZKGA 1A9MA 4YHQA 1LYBB 3EC0A 3BUGA 1QBRA 1LF4A 4HEGA 5P7GA 5P1IA 3LHGA 3BGBA 3OQDA 4Y43A 4DFGA 5P27A 1SIVA 1FG6C 5P3YA 2AOFA 2OHUA 5IS4A 5P56A 4DPFA 5P70A 2OHTA 5P6TA 5P05A 5SXNA 3FV3A 3APRE 5OYXA 3SA9A 5IVQA 4GJ7A 4ZPEA 4RYGA 4Y5KA 1BVGA 5P4CA 1SIPA 5DR4A 4S1GA 2VIZA 1CZIE 2QMPA 1YX9A 1SGZA 2PQZA 4J0PA 5P6EA 3S54A 3ZL7A 3EKYA 4ACXA 3KFRA 3H0BA 3L5DA 4RGHA 3PLLA 6FIVA 3JVWA 4Y3WA 5P8KA 3H5BA 4Y48A 5P7IA 1YG9A 3O9EA 4TVHA 4Y41A 1SGUA 3PJ6A 2V11C 2I4UA 1IBQA 2ZHVA 4YOAA 2H6TA 5OZVA 4Y45A 1MVPA 3KDCA 4A4QA 2VIJA 5P86A 4F73A 4Y9WA 3TNEA 2QMGA 4UPJA 4EP3A 5P7MA 3WZ7A 4D8CA 2ANLA 4Q5MA 2NMYA 5P4TA 4F74A 1WKRA 2IEOA 5P1XA 4OBGA 4MC1A 5P1WA 1ZBGA 2NTRA 3DCKA 5P83A 2ZYEA 5I3XA 1B6KA 3ER3E 4Y5NA 1PSAA 2WL0A 1GNMA 5P7NA 4Y44A 1NPVA 4LC7A 3EL4A 1C6ZA 2HS1A 5DGWA 3FSMA 3PWMA 1GNOA 3DM6A 1N49A 4CPXA 4NJVA 4L7GA 1A30A 2QZXA 4RVIA 1D4KA 3SA5A 2ZJMA 5P2BA 1AAQA 5P8EA 1TQFA 3L3AA 4Y3DA 2AVVA 4DVFA 4PHVA 5OZ9A 2QU3A 2QZKA 1MTRA 3QBFA 5P0MA 4B72A 5DGUA 5OZMA 3T7XA 1EBZA 1APUE 5P22A 5P3PA 3ZKXA 5P0WA 5DR8A 5P88A 1FG8C 1QBSA 3IXOA 5P04A 3DV5A 5P0QA 4Y3LA 3L5EA 5ENMA 5P15A 3BC4A 1XE5A 2NNPA 4A6BA 5ISKA 3S7MA 2PH8A 5P8OA 4Y3PA 4Y3QA 2FDDA 5P6BA 3NWXA 5OZBA 5HU1A 5P3WA 4RCFA 4GJDA 5C9BA 5P41A 5DQCA 2ZE1A 2R43A 2V13A 4FL8A 4D89A 1G2KA 3KM4A 1EBYA 4DJPA 5P1HA 1MSMA 1MERA 2AVMA 4MC6A 4GJ9A 4Y53A 5BRYA 3I25A 2AOCA 1LYWA 3VSWA 1WBKA 5OZRA 2FMBA 3SA8A 2G1OA 4DJWA 5P7PA 3KA2A 1HIHA 1MTBA 1UH8A 3BXRA 1LYBA 5P65A 1FF0C 5P85A 3RTHA 3ZKIA 2Q55A 4J1IA 4XKXA 4DQHA 2Q15A 3QP0A 1D4HA 5KOSA 3EKVA 1IVQA 4PPHA 4DQEA 2I0AA 4DJXA 4Y57A 4FSEA 3PRSA 3UDJA 2PSGA 2IGYA 2VNMA 5P5CA 5P4ZA 5P5XA 3IN4A 5P06A 2ZHUA 4ZPGA 4FM8A 4KUPA 1T7IA 3I2LA 3VYDA 1BDLA 4DJUA 1DW6C 5P52A 4OBDA 4RCDA 4RRNA 3QRMA 2H6SA 1SMRA 4EJ8A 5P5IA 1M0BA 2BB9A 2ZDZA 5P57A 3FIVA 4Y5MA 2P8HA 3JVYA 5P1KA 5P4FA 3SPKA 4GJAA 2QI3A 5P1LA 3ZOVA 4H3IA 3OAGB 3LZSA 5P2MA 4Y4GA 3UPJA 4RZ1A 5ER1E 5P5FA 3OWNA 3I8WA 3INEA 5P3DA 2VJ6A 2RKGA 2O4NA 3A2OA 5P54A 5P2KA 3TKWA 4HDPA 1MIQA 1FMXA 1EC3A 2PSUA 5P3XA 1FGCC 4PZWA 5P1NA 5P8CA 3QROA 3TKGA 1FQ7A 1B6MA 3TLHA 4Y37A 2A4FA 4DPIA 4F75A 4EQ0A 1T7KA 1ENTE 3Q6YA 5P4QA 3UF3A 5P69A 5P10A 3RU1A 4DJQA 5P32A 2R8NA 4RCEA 2WF4A 3DOXA 5P87A 4Y50A 3HW1A 5P7FA 4AA9A 5P50A 3O99A 5P62A 4Q1XA 5P1QA 4Z2ZA 2AOEA 3OUDB 5P01A 5P63A 2A1EA 2I4QA 3SLZA 4DQGA 4CPRA 2R3WA 3DUYA 4GMIA 1F7AA 4FIVA 3VFBA 1SDUA 4OC6B 5OZ5A 5P0IA 5P4KA 2RMPA 4YD4A 5P7AA 1HVLA 2O4LA 5HE5A 3S7LA 3OXWA 5P2WA 1D4JA 2ZJIA 2QI1A 3VYFA 1ZJ7A 4HDBA 1YTIA 3PCZA 5P3QA 3LZUA 3NU6A 4Y3FA 4YBFA 3L58A 4Y3AA 5FIVA 3OXXA 5P1VA 3WZ8A 4I0ZA 3Q70A 3UDYA 4J1CA 1OHRA 2I4XA 4OBKA 5P4UA 2ER9E 5P5PA 5AHAA 2BPWA 5P0FA 1G35A 1A8GA 5OZEA 3M9FA 3S56A 1MT9A 2ZJNA 3S43B 4J5JA 4IVSA 1BV9A 1A8KA 2BJUA 5P0LA 1Z1HA 5OZXA 3LZYA 5OYSA 5P76A 4ER4E 2QD6A 5P4EA 3TTPA 2QU2A 5P1BA 3VSXA 3TH9A 2AZ8A 4Y3ZA 5P0CA 2IKUA 3NU5A 4L6BA 5P0VA 1RQ9A 5P29A 3NR6A 4Z22A 1K6PA 5P48A 2XFIA 2WEZA 4B1DA 3G70A 5P31A 3G6ZA 3ZPTA 1BXOA 1XE6A 4RROA 5KQYA 5P79A 1QRPE 5OZ7A 1T7JA 3KYRA 1FQ5A 5IVSA 2QHCA 4Y3NA 5P30A 3HAWA 4Y54A 5P2VA 4H3GA 1HPXA 3NU4A 2P4JA 3QBHA 3K5GA 1TSUA 2QMDA 5HVPA 3SM2A 4LP9A 3IN3A 5C9DA 1IIQA 5JODA 1B5FA 1HSIA 2G26A 1XS7D 5P3ZA 4Y58A 5P7HA 5P5OA 3TL9A 5P0RA 3OAGA 5P6RA 2PH6A 4YD5A 1YM2A 5OZ6A 3SA3A 4Q1YA 4B00A 1LS5A 5P3SA 2HC0A 3UHLA 4LXMA 1T3RA 2ASIA 1IDBA 2AODA 1EAGA 2JE4A 3I6OA 2B8VA 1DP5A 1B6PA 1MPPA 5P49A 5I3YA 5P3HA 3URIA 4CPQA 3KT2A 4J17A 3KT5A 4NPTA 3EL5A 2F8GA 2WHHA 5JFUA 3U6AA 4HZTA 4Y4UA 5OZLA 3UDNA 3PMYA 2G69A 1B6LA 3CYWA 1IZEA 3O9GA 5P5HA 1G6LA 1ZTZA 1Z8CA 3L5CA 5P2SA 1MT8A 3FX5A 5OZ4A 3RTMA 3R0YA 3R0WA 5P3LA 3O9LA 3OUBA 3EKXA 2BPYA 2WF1A 5P60A 2FS4A 5P5SA 1XL2A 4MC2A 1TCWA 3ZLQA 1FQ6A 3KFNA 3O9FA 4QLHA 4Y3HA 1ME6A 1OD1A 1PPLE 3O9DA 3Q4BA 5P2NA 1YTHA 5P1PA 1W6IA 3CIBA 4DJVA 2UY0A 4TVGA 5P7ZA 3EKWA 1MRWA 5P6VA 4B05A 5P0SA 4GJ8A 2WF3A 2VIYA 2IDWA 4J54A 1KZKA 5P4NA 3PB5A 3Q3TA 1SDTA 5ENKA 1EBKC 4CPWA 3ER5E 5P0TA 5HCTA 5T4SA 5OZ0A 5P3RA 1HBVA 5C9FA 3ZPUA 2BPXA 5P4BA 5OZWA 1KJGA 2OHRA 2V12C 2F81A 4YCYA 5P4RA 1GVWA 4J0ZA 5P6SA 1KJ4A 5P5YA 4EJDA 3K1WA 3VLBA 5P26A 4EP2A 1ER8E 5P33A 3S43A 1META 1HPVA 1GNNA 5TOLA 5OZYA 2OHSA 4ER2E 3HVGA 3INDA 3MXDA 4I10A 1ZSFA 4D83A 3OHHA 3T7QA 3RTNA 1HOSA 3OQFA 2HPFA 4WY6A 3LNKA 3BUHA 1JLDA 3O9IA 1DMPA 5P4JA 1K1UA 2Q11A 3K4VC 5P5TA 1K2CA 3I7EA 3IAWA 5DR3A 4EJLA 5P7JA 4DJOA 1BBSA 5OZDA 1NH0A 5P8JA 3OQKA 5P36A 1T6GA 1BXQA 4OBHA 3OGPA 1FMBA 3ZKNA 2IQGA 2OHLA 5P38A 5OZNA 2JJJA 4ZSPA 5P2RA 1HVIA 2ZGAA 3OOTA 4B1CA 3NU3A 1EEDP 2G21A 2RENA 1HTGA 3KFSA 3MSJA 1DPJA 3VF3A 2QNNA 3CIDA 3OGQA 5P8VA 5P0PA 5UPJA 5P5QA 1VIKA 4JPCA 4FS4A 2QD8A 5F00A 2IRZA 3S2OA 4DQCA 4NJUA 5P4XA 2XFJA 5P8SA 4JPEA 3LIZA 2VA5A 5P2AA 1IDAA 3ZKQA 5P74A 3PMUA 5P3OA 3KMYA 1UH9A 2NXDA 3BRAA 1BAIA 1E81E 4L7JA 2P3BA 1HVRA 1IZHA 3VG1A 5DQ5A 5P7WA 2AZ9A 3BGCA 1QS8A 1FQXA 5P3AA 1EPPE 5OZOA 3QRVA 2O4KA 3URJA 2R38A 4R5NA 4AA8A 5AH9A 5OZ1A 2AQUA 4PYVA 5P3MA 3VEUA 4FRSA 3VF7A 4JP9A 2B42A 3HVPA 1SDVA 5P0JA 4B1EA 3IXJA 2VNNA 1RL8A 1IVPA 3PBZA 5P08A 3GI5A 4WTUA 5KR2A 5P7QA 2CEJA 8HVPA 2FXEA 3LIQA 2ZJLA 5P64A 3D91A 3NYGA 4FRIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDT A;  3IXK A;  2B7F A;  2Q54 A;  3HDK A;  3SKG A;  4J0V A;  3OQA A;  3VF5 A;  2IS0 A;  5P55 A;  4Z4X A;  2G94 A;  5P7T A;  3PSG A;  5P35 A;  1E80 E;  3L38 A;  4H3J A;  4KE0 A;  3NU9 A;  1RV7 A;  5P1A A;  4OBZ A;  1MT7 A;  5P44 A;  5P16 A;  5P61 A;  2OAH A;  3HBO A;  5P67 A;  1PSN A;  1W6H A;  3EKT A;  3KFP A;  3D20 A;  3ZKS A;  3OUA A;  3S85 A;  5P07 A;  5P0Z A;  2QMF A;  5P2U A;  5P8A A;  3C9X A;  5P7O A;  5P5V A;  5KAO A;  4FE6 A;  5P7R A;  5DPZ A;  1LF3 A;  3LIX A;  3ZKM A;  4JEC A;  2QHZ A;  2NR6 A;  4YCK A;  3KDB A;  1EPO E;  5KR0 A;  5COO A;  1GVT A;  4AUC A;  1ZPK A;  4QJ7 A;  2FDE A;  5P5U A;  5P13 A;  1K6T A;  3TPP A;  3BUF A;  4I0J A;  1E5O E;  1Z1R A;  5DQ4 A;  4Y39 A;  1FQ8 A;  4OBJ A;  5P18 A;  5P5Z A;  3NDX A;  5P5D A;  5P0B A;  3LPJ A;  4KB9 A;  5P75 A;  4FSL A;  5I3W A;  2UXZ A;  4HE9 A;  2IEN A;  3QIH A;  2F3E A;  3ZMG A;  3R1G B;  5IVR A;  1HHP A;  3UQX A;  1B11 A;  2PMA A;  2P83 A;  3IVH A;  3R4B A;  1FLH A;  2J9J B;  2AVO A;  4ZIP A;  5P1F A;  1HEF E;  3LIY A;  3BVB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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