3I6OA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease with macrocyclic inhibitor grl-0216a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i6oA00
5P6NA 5P63A 2ASIA 4MC6A 5P6DA 2HB3A 1TSQA 5DR7A 1G2KA 1SDVA 3NLSA 1YG9A 1T3RA 3DCRA 5P8LA 5OZJA 3UDJA 1D4KA 5P55A 4NKKA 5P7TA 2Z4OA 3L5FA 3QS1A 2VNMA 1JLDA 3BHEA 2AVVA 3WZ7A 5P7NA 1A30A 4NJTA 4AZYA 3S45A 4NPUA 1FG8C 3EKPA 4Y3YA 2HS1A 1W5XA 2G94A 1UH9A 4I1CA 3VFBA 3SKFA 4QJ7A 3OQAA 4H3JA 4APEA 2FXEA 3UFNA 5P4AA 5OZ5A 3QRVA 4Y3XA 4HDFA 2R8NA 5P0IA 4E43A 5P8VA 5OZSA 4Y36A 2O4SA 2PK6A 3IXJA 2P4JA 5IE1A 3GI6A 3GGVA 3EL4A 3K5FA 5IS4A 1AJVA 2AOEA 4Y3NA 4YD7A 2AZCA 2B60A 3EXOA 2OHRA 4EWOA 5OZFA 3KT5A 3QROA 1FQ7A 1CPIA 3PSYA 2PSUA 5P2CA 4Y4GA 1SP5A 5P4DA 3OAGB 4TRYA 5OZIA 4EHCA 5P4FA 5P1ZA 1ZJ7A 3L59A 2G27A 4PZXA 2QMPA 1UH7A 4I0FA 5P1JA 4AMTA 3H5BA 4Y3ZA 5P5ZA 1TQFA 4Y57A 5E5JA 3BXRA 3B7VA 2ZJNA 3WZ8A 2ZHUA 5OYQA 5P4OA 2I0DA 5P3OA 5P2ZA 4OBDA 5P5VA 1HHPA 1GNMA 3O9LB 1W6HA 2ZDZA 2HS2A 4ACXA 4FCOA 3IGBA 4WY1A 2R38A 2AOHA 5DR8A 2F3FA 5P69A 5P5KA 1XDHA 1HVJA 2OHSA 5P64A 4WTUA 2FDEA 4OC6A 5P8DA 4UPJA 2NNPA 2QD7A 3UFLA 7UPJA 1FMXA 5P6VA 3MSLA 4RCFA 2F81A 1QBRA 1EPNE 4DQGA 5P2WA 1E80E 2HB4A 1HOSA 4FL8A 1B6JA 1MIQA 5P2LA 4Y3TA 1GVXA 4R91A 5P0AA 3IVHA 2MIPA 1W5YA 4RZ1A 5P38A 5P81A 5OZ8A 3OY4A 2VA7A 2R5QA 3HBOA 5P76A 3RSXA 5P7KA 2QZLA 2PSGA 3BC4A 5P5DA 3LIZA 1N49A 5OZ6A 4NPTA 3BUFA 5DQ2A 5P30A 5P1NA 2NPHA 4Y39A 5P8NA 3BGCA 5P2FA 3LINA 5P18A 1IVPA 2G1RA 1EPRE 3LZSA 5P1IA 3VF3A 1XS7D 4Y45A 1PPLE 1KJHA 2CENA 3L5EA 5HDUA 3GGUA 5P1YA 3DOXA 3EM3A 2FDPA 4OC6B 3UDMA 1YX9A 4B77A 2NXDA 1AZ5A 4F74A 1ME6A 3C9XA 5P1QA 1Q9PA 2WF0A 4K9HA 5P67A 1HIHA 4U7VA 4Y4JA 3UDPA 3INFA 2VIZA 4QLHA 1YTGA 1ER8E 4RCDA 5P45A 3LPIA 5P1AA 4BFDA 2I4WA 5P2AA 5P3AA 5OZYA 3D20A 3U7SA 4J1KA 3S54A 3EKYA 3ZKGA 3GI0A 3O9BA 3HVGA 4JPEA 3CICA 4IVTA 5P5JA 5P8IA 3S85A 1D4YA 4DQEA 3S43B 5P1DA 1NPAA 5P4MA 2OHQA 4J0YA 1E82E 3O9HA 2RENA 2NXLA 1LYAA 1HVCA 5P7SA 3INDA 2FGUA 4Y4ZA 5P2BA 3OXVA 1SIPA 3D91A 3EKQA 1LV1A 4Y53A 1EC2A 4GJ9A 1KJ4A 4A6CA 4CPTA 3LIVA 3SA4A 3LPKA 1UPJA 3CKTA 3ZPUA 5KQXA 1Z8CA 5P6UA 1M0BA 5P4NA 1ZPAA 2FDDA 4YBFA 1KJFA 4B72A 2H6SA 4TVHA 3UDHA 5P83A 5P2DA 4HDPA 5P27A 3FKTA 2PQZA 2NTRA 3BXSA 4ZSMA 2OAHA 4B1DA 2BQVA 2WF4A 3HW1A 2B42A 3BVBA 3KFNA 3K5CA 4HZTA 1DAZC 2QMGA 5P0XA 5P10A 3ZKMA 1HSHA 1FQ8A 2HPFA 4F73A 4FSEA 4QGIA 1IVQA 3PSUA 5P8AA 1ZLFA 1MESA 2VJ6A 3KMYA 5P8UA 2IKOA 3ZPTA 5OZTA 3TPPA 4QJ6A 5OYZA 3ECGA 3IA9A 5OZWA 4J55A 2IEOA 4I0EA 5P5UA 3TOHA 4OBJA 4Y5LA 2B8LA 5AH7A 5P2UA 5KOQA 1NSOA 3KFRA 5P5FA 4NJSA 3VEUA 1Z1HA 3M9FA 1APUE 1FEJC 4Y5CA 7HVPA 3TPRA 1RPIA 5P0GA 1Z1RA 5P8TA 5P4BA 1XE5A 4DPIA 5P8RA 3IXOA 5P8MA 5P6OA 2BKSA 5P3UA 5P54A 1APTE 5P80A 5P7IA 5P8JA 3NDTA 4J1HA 5P0SA 5P8KA 1ZPKA 3BUGA 5OZOA 3UDRA 4OBGA 5P8EA 3D1ZA 3LNKA 5P41A 1LS5A 4L1AA 4OBZA 2ER6E 1SDUA 1GVVA 3SKGA 5P1VA 3JVWA 3PLDA 4DJQA 5P84A 3CKRA 3KDDA 4I11A 1EPLE 2G21A 1HPOA 4RYCA 4DJVA 5P04A 5P0FA 1D4HA 2QZKA 4I10A 2VS2A 3ZKNA 4I12A 5P5YA 5PEPA 3TOFA 1QBTA 1APWE 2BPWA 5AH8A 4I0GA 5P0LA 3K5DA 3K4VA 3IXKA 1T7IA 2WECA 1LF3A 1QRPE 4A6BA 4HDBA 3T3CA 5P2JA 3T11A 5P0UA 5P7VA 4DQCA 2AOJA 1HEGE 2HC0A 5P0BA 2OHNA 3QRSA 1OEXA 3OK9A 3PHVA 4WY6A 5OYUA 4H3GA 5HCOA 3QBHA 3L5CA 4DJWA 3PI5A 3DJKA 1QDMA 3TNEA 5P3CA 3HAWA 2AODA 2ER7E 2QNQA 3GI5A 4OBKA 4EJLA 3VG1A 5P6QA 1IIQA 5P23A 3GGXA 1FQ4A 4DI2A 4L1AB 4OBZB 5P5WA 1IBQA 4DJUA 5P6RA 4YOBA 3PB5A 4Y3WA 2PH6A 2ZHSA 1AM5A 3FNUA 3QIHA 3VSWA 2Q64A 5P0DA 5P77A 1QBUA 5P8GA 3NU3A 2PWCA 4J0ZA 4I0DA 5P75A 5OZDA 1HPVA 5P00A 2Q55A 1EEDP 1ZTZA 3ST5A 4AA8A 3PMUA 3Q5HA 1TCWA 4FM6A 5P7EA 3OXXA 3ZKSA 2PWRA 4JOOA 4RCEA 4DH6A 4OBFA 2WEBA 3IN3A 5P0JA 1IDBA 4K4QA 2I4VA 2ER0E 4L6BA 4ZIPA 2IKUA 3B80A 1DW6C 5P73A 5HDZA 5IVQA 5P6WA 5P02A 1GVTA 2PK5A 3DM6A 4Y3DA 5ISKA 5P1CA 5SZ9A 3ZMGA 3T7QA 3KMXA 3SA6A 2AVMA 5KOSA 2A4FA 3MWSA 3KDCA 2ANLA 3S2OA 5P52A 4BELA 2R3WA 1XN3A 5P71A 4YD6A 5P5GA 4EJDA 5P25A 3OU1B 5P1MA 2IRZA 1HRNA 5TOLA 2F80A 3KN0A 4JP9A 1M43A 3WB5A 1BVGA 5P5TA 2NXMA 5P3QA 4LBTA 1UH8A 5P5MA 3VUCA 5OZCA 3UQPA 5P11A 2IDWA 4DQFA 2PSVA 5P0ZA 3URLA 1YM2A 4ER4E 5DR3A 3UPJA 3K5GA 2ZE1A 4MC2A 3KYRA 4CPQA 1SGUA 5DR1A 2CEMA 3SM2A 1FQ6A 1ZP8A 3L5BA 5I3VA 3UDQA 4YDGA 5OZHA 4FRKA 4ZLSA 3L3AA 4I0IA 5P3YA 3RSVA 2QI1A 5OZZA 4ER1E 3SFCA 5P7XA 4JECA 5P0CA 1GVUA 2QP8A 4R8YA 5OYTA 2VJ9A 2RSPA 4JPCA 1KJ7A 2G1OA 2QHYA 3RVIA 4L7HA 4Y56A 2WKZA 4HA5A 3OOZA 5P6HA 3KT2A 2I1AA 2P3AA 2XFKA 5P6BA 5P0VA 1SBGA 3R0WA 1B6PA 5P6CA 1DMPA 1D4SA 4ER2E 1XN2A 5OZVA 1MUIA 4D85A 5HTZA 1HPSA 2BKTA 5P6PA 1B5FA 4YA8A 4ZPFA 1LYWB 3VV7A 5P03A 1EAGA 5P6KA 3L58A 3PGIA 2B7ZA 5P3PA 3VYEA 4NJUA 5HDVA 4XKXA 5P13A 5P12A 5P4LA 4LXKA 3EM6A 3UQXA 2VA5A 4Q5MA 2PMAA 1PSAA 4YCKA 3PWWA 2P3CA 1EPOE 1WBMA 3L5DA 4QJ8A 4QJAA 4GJ5A 2OHUA 4F76A 5P50A 5AGZA 3CIDA 1QBSA 5ENMA 1CZIE 4B70A 4LXAA 1C70A 5P14A 5P2GA 1QS8A 4HLAA 5IVSA 5P0YA 5P87A 1EBYA 1MSMA 3TL9A 3TLHA 2AVOA 2IL2A 6FIVA 5P34A 2AOGA 2JXRA 2I4XA 5P48A 1EPME 5DQ4A 5OZGA 2ZJMA 1NPWA 4IVSA 4CPRA 4AUCA 4Y5GA 5P4ZA 4Y48A 4KUPA 3CYXA 2JYSA 1HTRB 1B5FB 1HSGA 2PYNA 5CLMA 1C6XA 5P2IA 5P6IA 3NDXA 5ISJA 1EC0A 2BB9A 3DCKA 2QMDA 5P2TA 2O4KA 1FFFC 2NNKA 2WHHA 3Q4BA 3FV3A 5P0HA 2ZJJA 1W5WA 2Q5KA 3UTLA 2ZJHA 2APRA 5P1KA 1EC1A 5P1RA 1T6GA 5P0KA 4L7JA 4RROA 5AHBA 5AHCA 3APPA 3IVIA 2CEJA 1C6YA 4H1EA 2ZGAA 3S8IA 1SIVA 3PWMA 5P1GA 3PI0A 4DPFA 4FRJA 5OYRA 5P15A 4Y3EA 4ZE6A 3SA8A 5P5OA 1MRXA 2FXDA 3MXEA 5P3KA 4RVIA 1ODWA 5P36A 5COKA 4I0ZA 1MTRA 3EL0A 5P3IA 3D3TA 3HAUA 2NMZA 1ZBGA 3O9FA 5P07A 1NPVA 5P5HA 3NWXA 5P7ZA 3BRAA 1BWAA 3OQFA 2FIVA 2G26A 4TVGA 4I8WA 4DJYA 4FM8A 4J54A 4GJ8A 4TRWA 4Y41A 3S7LA 3CKPA 4EP2A 1DIFA 5P35A 1VIJA 2I4DA 4GJBA 4ACUA 4CKUA 4COEA 1BILA 3K1WA 3SO9A 3VFAA 3S56A 1FMUA 3GGAA 3G6ZA 3FX5A 1G0VA 3MXDA 3NU9A 3FIVA 2WF2A 1HSIA 5P6SA 4J0TA 1IZIA 2RMPA 4X7IA 4B1CA 3NU6A 1FLHA 3VF7A 4Z4XA 4F75A 3OUBA 5P46A 4MC9A 4NJVA 5COPA 1ENTE 4AA9A 5OYXA 5P0TA 4B78A 3MSJA 3NSHA 2BPYA 5P1BA 3INEA 4R5NA 4APRE 5P42A 3SA7A 2AQUA 5P6EA 5P2OA 4LP9A 4Y4WA 1A8KA 5P16A 5P8OA 4J0VA 3VYDA 5P09A 1G6LA 4Y5EA 2PYMA 2QHZA 5P60A 1OHRA 4YD4A 1META 5P2VA 5P2HA 4Y4XA 4CPWA 1MVPA 1F7AA 4DUSA 3PBDA 3PLLA 5P4WA 4CPXA 3R1GB 3N4LA 3LIQA 5DQCA 4DQBA 5JODA 3G70A 5P3DA 5P7AA 2VIYA 3PMYA 3LITA 2O4NA 3EM4A 4PPHA 2P3BA 3ER3E 3OQ7A 3TOGA 3UDYA 4FAEA 1BV7A 1HVKA 2QI5A 1GKTA 5P7WA 1PFZA 3VV8A 5P3RA 4BEKA 5P0PA 2O40A 5P6ZA 5P5AA 3OTYA 5OZBA 1T7KA 1W51A 1AIDA 2OHKA 1OD1A 4FRSA 1HBVA 2QI3A 2G1NA 1LYAB 3SACA 1YTJA 5P5SA 1EBWA 4EQ0A 2IS0A 4Y51A 3UHLA 1HIIA 4Y5NA 4M8YA 5P05A 4FRIA 4KE1A 3EMYA 3T7XA 4Y5BA 3S53A 4B1EA 5IVRA 2AIDA 5P0OA 4Y3SA 5P7FA 4KE0A 4YCYA 4X2LA 5P7DA 5KR2A 3HD8A 3UCBA 4EXGA 5OZ4A 3PBZA 3FNTA 4FAFA 3QP0A 8HVPA 5P5XA 4GJCA 1HVIA 4GJDA 1K6TA 3OU4A 4Y35A 2P3BB 2QNNA 2G20A 4R92A 5P51A 3JVYA 2XYEA 5P6LA 3URIA 4RRNA 3VSXA 3KFSA 3ZL7A 2G1SA 5KQZA 5P3TA 1AJXA 2J9JA 4FS4A 4J1FA 4EXHA 5P5EA 3ZKXA 5P49A 1J71A 3EKXA 1C6ZA 4YD3A 1KZKA 2QZWA 3OADA 3NXNA 4RYGA 3ZKIA 3HLOA 5AH9A 3LPJA 5P4PA 1DP5A 2FNTA 3R0YA 1K1TA 3EBZA 1HXWA 1BBSA 3QRMA 5P62A 1K1UA 3NXEA 1BWBA 2BPZA 2IENA 4YCTA 1BVEA 4A4QA 4TRZA 5DR0A 2HPEA 2Q11A 1FG6C 4GJ7A 4RVXA 3NUJA 3OU4B 4K8SA 1E81E 4Y37A 5P37A 1BXOA 5P7BA 1G35A 3VYFA 1F34A 5DPZA 1PROA 3JW2A 3AIDA 3EL9A 5BS4A 3F9QA 2J9JB 5P8PA 1LYBA 4H3FA 2JJIA 4Y6MA 3EKTA 3NU5A 5P6AA 3KF0A 5EZXA 4J0PA 5I70A 4Y50A 4EP3A 3EL1A 3PCWA 3EL5A 2OHPA 3OADB 1MT9A 3PJ6A 5P3JA 3R4BA 2G22A 5P5IA 4H3IA 3ZOVA 3LHGA 2G1YA 1MPPA 4DJRA 5P53A 1XE6A 4Y4UA 4Q1WA 3INHA 3EKWA 5P44A 3BUHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6N A;  5P63 A;  2ASI A;  4MC6 A;  5P6D A;  2HB3 A;  1TSQ A;  5DR7 A;  1G2K A;  1SDV A;  3NLS A;  1YG9 A;  1T3R A;  3DCR A;  5P8L A;  5OZJ A;  3UDJ A;  1D4K A;  5P55 A;  4NKK A;  5P7T A;  2Z4O A;  3L5F A;  3QS1 A;  2VNM A;  1JLD A;  3BHE A;  2AVV A;  3WZ7 A;  5P7N A;  1A30 A;  4NJT A;  4AZY A;  3S45 A;  4NPU A;  1FG8 C;  3EKP A;  4Y3Y A;  2HS1 A;  1W5X A;  2G94 A;  1UH9 A;  4I1C A;  3VFB A;  3SKF A;  4QJ7 A;  3OQA A;  4H3J A;  4APE A;  2FXE A;  3UFN A;  5P4A A;  5OZ5 A;  3QRV A;  4Y3X A;  4HDF A;  2R8N A;  5P0I A;  4E43 A;  5P8V A;  5OZS A;  4Y36 A;  2O4S A;  2PK6 A;  3IXJ A;  2P4J A;  5IE1 A;  3GI6 A;  3GGV A;  3EL4 A;  3K5F A;  5IS4 A;  1AJV A;  2AOE A;  4Y3N A;  4YD7 A;  2AZC A;  2B60 A;  3EXO A;  2OHR A;  4EWO A;  5OZF A;  3KT5 A;  3QRO A;  1FQ7 A;  1CPI A;  3PSY A;  2PSU A;  5P2C A;  4Y4G A;  1SP5 A;  5P4D A;  3OAG B;  4TRY A;  5OZI A;  4EHC A;  5P4F A;  5P1Z A;  1ZJ7 A;  3L59 A;  2G27 A;  4PZX A;  2QMP A;  1UH7 A;  4I0F A;  5P1J A;  4AMT A;  3H5B A;  4Y3Z A;  5P5Z A;  1TQF A;  4Y57 A; 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 2FDP A;  4OC6 B;  3UDM A;  1YX9 A;  4B77 A;  2NXD A;  1AZ5 A;  4F74 A;  1ME6 A;  3C9X A;  5P1Q A;  1Q9P A;  2WF0 A;  4K9H A;  5P67 A;  1HIH A;  4U7V A;  4Y4J A;  3UDP A;  3INF A;  2VIZ A;  4QLH A;  1YTG A;  1ER8 E;  4RCD A;  5P45 A;  3LPI A;  5P1A A;  4BFD A;  2I4W A;  5P2A A;  5P3A A;  5OZY A;  3D20 A;  3U7S A;  4J1K A;  3S54 A;  3EKY A;  3ZKG A;  3GI0 A;  3O9B A;  3HVG A;  4JPE A;  3CIC A;  4IVT A;  5P5J A;  5P8I A;  3S85 A;  1D4Y A;  4DQE A;  3S43 B;  5P1D A;  1NPA A;  5P4M A;  2OHQ A;  4J0Y A;  1E82 E;  3O9H A;  2REN A;  2NXL A;  1LYA A;  1HVC A;  5P7S A;  3IND A;  2FGU A;  4Y4Z A;  5P2B A;  3OXV A;  1SIP A;  3D91 A;  3EKQ A;  1LV1 A;  4Y53 A;  1EC2 A;  4GJ9 A;  1KJ4 A;  4A6C A;  4CPT A;  3LIV A;  3SA4 A;  3LPK A;  1UPJ A;  3CKT A;  3ZPU A;  5KQX A;  1Z8C A;  5P6U A;  1M0B A;  5P4N A;  1ZPA A;  2FDD A;  4YBF A;  1KJF A;  4B72 A;  2H6S A;  4TVH A;  3UDH A;  5P83 A;  5P2D A;  4HDP A;  5P27 A;  3FKT A;  2PQZ A;  2NTR A;  3BXS A;  4ZSM A;  2OAH A;  4B1D A;  2BQV A;  2WF4 A;  3HW1 A;  2B42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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