3I6OA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease with macrocyclic inhibitor grl-0216a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i6oA00
4OBKA 5P5DA 5P3UA 5P71A 5P82A 3UPJA 1N49A 3LPIA 2P83A 4EXHA 5P6TA 5OYZA 5P4IA 5P8EA 2IDWA 1MT8A 2QAKA 3HD8A 4Y57A 2AZCA 2HS2A 5HU0A 3CYXA 2ZHTA 5P6JA 3NWXA 5OYVA 5P4ZA 1EPME 3QIHA 5KQYA 5P7HA 3IA9A 5P1YA 5P1UA 4J0TA 2ASIA 3O99A 1HTFA 3QRVA 2WEAA 4GJDA 4JPCA 1Z1HA 3UQPA 5P7PA 4ZPGA 1GNOA 1YTHA 5KR2A 5OZ2A 1HOSA 5P1LA 5CONA 3VCMA 1MT9A 3I2LA 4MC1A 4RRSA 5AGZA 5OYWA 1FMUA 3UDPA 1XE6A 5P37A 2R9BA 1MEUA 1OEXA 4Y3JA 1G0VA 4YOBA 3OY4A 5DQ4A 5P4MA 4OBHA 2AOHA 3SLZA 5P4FA 3OXWA 2ZHSA 3O9CA 3PWRA 4FSEA 3TTPA 4RCDA 3PVKA 1U8GA 1G6LA 5P8OA 5P7CA 4FE6A 3QI1A 4J1HA 3UDHA 2NXDA 4Y3GA 5E5KA 4QGIA 3RSXA 1MUIA 2B8LA 3NDWA 5P1JA 3EXOA 1FMBA 1HVHA 3EL1A 5P8KA 5P38A 4J1IA 3RSVA 4H3IA 3I6OA 5P6MA 1M4HA 4ER4E 2ER6E 1MVPA 1IVPA 3FIVA 5P46A 5P02A 2PQZA 2I4UA 2HS1A 3CIBA 3TPLA 4EYRA 3EM4A 3LZUA 3NU4A 2BPYA 3U6AA 5P2VA 5I70A 3O9LB 1FFIC 4Y5CA 4Y4BA 5P6QA 5P0GA 4HDBA 5APRE 4HE9A 2WEDA 4Y5PA 1HVJA 5HD0A 5P0WA 4RRNA 1RV7A 3VSXA 4RCEA 2Q64A 2QI6A 4DV9A 1C6YA 2QD7A 3BVBA 1PSNA 5P16A 3HW1A 5P25A 5P1AA 2BPZA 4NJTA 2ZJHA 3TKGA 3G72A 4Y5BA 4DQGA 5P80A 2QI1A 5P24A 3NDTA 4Y3ZA 3APRE 4YE3A 5P3VA 3DJKA 3URJA 2AZBA 4CKUA 2WF4A 3DOXA 5CLMA 1G2KA 1T7JA 5P0CA 5P22A 3UQWA 4FM8A 3S53A 3S56A 3ZKQA 5P1OA 5JODA 1PPME 2I0DA 1EEDP 5P8TA 1B6JA 2I4QA 3MXEA 5C9FA 4YDFA 2F81A 2IRZA 1B11A 5P5VA 3F9QA 5P8CA 5AHCA 1PSAA 2IQGA 5P12A 4Y4EA 3TH9A 2VNNA 3LIYA 3INDA 3KT5A 4XX3A 5P5ZA 3FV3A 3OUBA 3I25A 4Y4JA 5P4PA 3OHFA 5P8LA 3DV1A 2AQUA 5P7AA 3D1ZA 2OHKA 5P19A 3SA3A 1BV9A 4Y54A 1IDAA 4Y37A 4I0GA 5P5YA 2CENA 1QDMA 3URIA 3PHVA 4DPFA 1B6PA 5T4SA 4I0JA 4Y3AA 3CMSA 3ST5A 4Q1XA 1HSHA 4OC6A 4J17A 5P2YA 4L7HA 1K1TA 5P8VA 4CPSA 4X2LA 1C70A 4FAEA 1SGZA 3EKTA 1HXWA 5OZSA 5P83A 5P4RA 2IL2A 3BUFA 5ENMA 3SO9A 4Y5LA 4DJUA 4RVXA 1HTEA 3OQAA 3EL5A 3K5DA 5OZ9A 3LINA 3TPRA 1HVRA 3O9HA 1NPVA 4Y47A 1CPIA 3D91A 5P2UA 5BS4A 2HPFA 4M8XA 5OZKA 4YCTA 2ZJIA 2SAMA 5OZWA 2G20A 5P3QA 1T7IA 4YOAA 2QI4A 5P3NA 2WEBA 1AVFA 5P0NA 3SA7A 2ZGAA 4RVJA 1KJ4A 5P87A 4WY1A 3INHA 4LAPA 2PH8A 1F7AA 1SDUA 3QN8A 1ODXA 4FCOA 4PZXA 1HPVA 5P7MA 1SIPA 3ZKSA 4RGHA 4Y9WA 1SIVA 3EKVA 4ACUA 1YTJA 4Y4UA 4D89A 3QBFA 1IVQA 3BUHA 5P7LA 4Y5AA 4EQJA 3IN4A 5P3FA 4B1CA 5P4EA 5P52A 2G69A 4NKKA 2VIYA 3PEPA 5P3PA 3PI0A 5OZCA 5P6OA 4ZPFA 5P5OA 2IEOA 1EC1A 4Y39A 4J55A 1EPLE 4YD6A 5P2BA 4LC7A 4ZSQA 3Q6YA 1W5VA 1AJXA 3GW5A 1QBUA 5P00A 1RNEA 2XFIA 5OZTA 5P2CA 5P4UA 3O9IA 5AHBA 5P4KA 1XL2A 4J0VA 1HTRB 4DQCA 4Y5KA 4Y3MA 3DCKA 2NPHA 2J9KA 5OZNA 2ANLA 1SH9A 5ISKA 5P4XA 2JXRA 4L1AA 2UPJA 5P4QA 1OHRA 4COEA 4IVTA 5P51A 3RVIA 2VIJA 1HEGE 5P29A 3DCRA 4B00A 4Q1NA 1K6VA 2ER0E 4A6BA 3ZLQA 5P3XA 4PHVA 2AOGA 1TZSA 3OU3A 4GJ5A 2XFJA 4Q1WA 3HZCA 3SA4A 5P6SA 5P8NA 2HB4A 5P6GA 3N4LA 2Z54A 2FXEA 5P40A 3KN0A 5P6WA 2ZHUA 3NU3A 3UDKA 3TOFA 1ZAPA 5P10A 3R0YA 4RYCA 5P07A 5AH8A 4R8YA 4Y6MA 2WEZA 2V0ZC 4CPUA 4F73A 5OZBA 3UFNA 2FGUA 5P7OA 3T7PA 5F01A 4I0FA 5P5MA 4OC6B 5P2DA 2IKOA 4YD7A 2ZJMA 3OADA 5DQ5A 4QJ7A 1ZTZA 4A4QA 5P27A 4Y3LA 5P63A 5IVTA 3SACA 3PMYA 2J9JA 4CMSA 4Y3QA 4J1KA 3OAGA 5SZ9A 5P0MA 1SDTA 5DGUA 3GI4A 3RTMA 3ZOVA 1K2BA 5P8RA 3S43A 1IBQA 3OUAA 5P3YA 2QZWA 2OAHA 2PSVA 3VYEA 3OHHA 1B6KA 2JE4A 2V16C 5ER1E 1HBVA 2AVSA 5AH6A 1XS7D 2QNQA 5P0QA 3OGQA 5P5LA 1FQ8A 4I0ZA 5P0YA 3SA6A 3S7MA 3VV8A 5P7NA 2VJ7A 5P31A 3VV6A 3ZKNA 4GJ6A 1C6XA 3JVWA 5P54A 5OZYA 2QU3A 1FKNA 1VIJA 5IVRA 2I4DA 3PSUA 2PYNA 5P5JA 4NJVA 5KR0A 3PBDA 4GZFA 1XN3A 3LPJA 4X7IA 1DPJA 5P88A 2ER9E 5OZJA 2QMGA 5P5RA 4Y3FA 1EBZA 5I3VA 5P1RA 3ZKIA 4BFDA 1LYAA 2R38A 4HEGA 5P04A 3ZKXA 3GGAA 3A2OA 4Y4WA 5OZ3A 2AODA 5P2QA 3MXDA 4Y3DA 3L5DA 5P1VA 5P5FA 3LIVA 3R4BA 3H0BA 4NJSA 3QPJA 3L3AA 5P6ZA 1Q9PA 3FNUA 5P41A 3O9GA 5P4WA 5P60A 4JECA 4WTUA 4K9HA 5P79A 2WF0A 3VYFA 1KJ7A 2OHPA 2FNSA 1FQ5A 5HCOA 4JOOA 5P3RA 1LYBA 5P65A 1RQ9A 3UQUA 1MT7A 1NPAA 4Z50A 5P0ZA 4Y5GA 3FNTA 4L1AB 5P4HA 3VEUA 2VJ9A 5P0LA 1MTBA 4I12A 2IKUA 5KQXA 4OD9A 3AUPA 2B42A 4CPWA 3KMXA 4J1EA 5DR8A 5OYYA 1BV7A 5P20A 1QBRA 3SPKA 4APEA 5KR1A 5P2SA 2FDDA 4Y48A 1HTGA 5OZHA 2FS4A 2OHNA 3S2OA 4EJ8A 4UPJA 4FL8A 5P4AA 3I7EA 3WSJA 1HEFE 5P57A 4ZPEA 3O9EA 5P3ZA 3UDNA 4Y5NA 5P2IA 1A30A 4GJBA 1D4SA 3FKTA 4Y35A 5P6PA 3URLA 1J71A 4Y4GA 2AOFA 4IVSA 4BEKA 2OF0A 5P8FA 2RMPA 2HM1A 4I8ZA 5P6FA 4Y3WA 2AOJA 1SBGA 3LNKA 5P4LA 2AZ8A 3OU4A 3OADB 3KA2A 2RKFA 3PLDA 9HVPA 2I1AA 5OZDA 5P7KA 5OZ7A 3RTNA 1BXOA 1ENTE 1T7KA 3LZSA 1EBKC 5P0EA 1XDHA 5JG1A 5P3BA 3OAGB 3VUCA 3UDJA 2VNMA 5P39A 2ZJJA 3G70A 1MERA 3VSWA 2FDEA 1T6EX 4L6BA 4NPUA 3SFCA 5P4DA 1NPWA 4Y44A 4N00A 3ZPUA 3GI6A 4QJ8A 3SA9A 1A8GA 3AIDA 2BQVA 1IZHA 1W5XA 5P7DA 5OZEA 5IVSA 4PPHA 1EPRE 4FM7A 2JJIA 2PH6A 4L7JA 5P8QA 3EL0A 1GVVA 5JFPA 5PEPA 4RROA 1YTGA 5P58A 4EP3A 1HPSA 1EPNE 2Q3KA 4R93A 1QRPE 3OTSA 3SA5A 1TSQA 1TCXA 1AZ5A 1DIFA 1ZLFA 2PMAA 4J0YA 5DGWA 4GJAA 1EPQE 4XKXA 4DI2A 3PSGA 2QU2A 3GI0A 2OHSA 3R1GB 4Y3RA 3OWNA 2QZXA 2Q54A 4DH6A 1HSGA 1LZQA 4YD4A 1HIVA 5P0PA 2R43A 2WECA 1EC0A 5OZVA 1A8KA 1LYAB 1XE5A 1QBTA 4EP2A 4H3GA 2BJUA 3OTYA 2FMBA 5P6IA 4GB2A 3L58A 5P3HA 5P66A 2QHYA 3LZYA 5P3LA 2HC0A 1EAGA 4S1GA 5P2RA 5OZAA 2QNPA 1MRWA 2AVVA 2BBBA 4FRSA 4I0EA 1KJFA 3VLAA 2O4SA 5P2TA 3TKWA 1PROA 1W5WA 4FIVA 3RU1A 5P59A 2AOCA 4DPIA 1LYBB 1MPPA 3EL4A 1MSNA 3OOZA 5P2NA 2QMPA 4HA5A 4DJYA 2RSPA 3KDBA 1DW6C 4Y50A 4ZSMA 5P6EA 4FSLA 3SKFA 2MIPA 5P5AA 2V10C 1ZJ7A 1TW7A 4OD9B 2VIEA 5P8UA 4Y4DA 4YD3A 5P2WA 1D4KA 5P14A 2P3CA 3G6ZA 1M43A 3ER3E 5OZGA 1SMRA 3L5CA 5P28A 4KUPA 2CEJA 5P8GA 4K4RA 4EPJA 2QI0A 4Y3YA 5DR0A 4GIDA 5DQ1A 5P4NA 4GJ8A 5P8DA 3S54A 5P23A 3CYWA 4ER1E 3JW2A 1GNNA 5P1EA 4TRZA 4H3JA 4EXGA 4ACXA 5I3XA 3OK9A 3EC0A 5P0IA 3VG1A 1ODYA 2O4PA 1K6PA 1YM2A 4Y3XA 1YG9A 3NSHA 5P7ZA 4DQHA 5P30A 1A94A 5P4CA 2QNNA 3NU9A 3OU4B 3EKPA 3QVIA 4I8WA 1E81E 4Y56A 4LBTA 5P3IA 3BGBA 3OOTA 4Z2ZA 2WKZA 5P5QA 3UDMA 5P6UA 5P0AA 3PSYA 2JJJA 2BKSA 5P1IA 2OHTA 5I3WA 5P8JA 4BELA 5IVQA 5SY2A 2NNKA 4LHHA 1EPOE 2FDPA 2QI7A 3KMYA 2RENA 3HAWA 5P17A 3K5CA 1LF2A 1RL8A 1ZPKA 5P5TA 4I11A 4DFGA 5P61A 2B8VA 1MIQA 3MSKA 4PZWA 1IZDA 3S8IA 4RYGA 3BUGA 3KT2A 5P09A 4R92A 4CPQA 5P1NA 3OXVA 3N3IA 5P5BA 1FGCC 1HXBA 4EJDA 5P7IA 2P4JA 5P0KA 2V13A 3ZPSA 5P0FA 3UDRA 3OU1A 5EZXA 3APPA 2HAHA 5P1WA 3WZ6A 5P6NA 1UH8A 2F3KA 3KFNA 3TOHA 1T6GA 3PCWA 5P4SA 4U8WA 4EHCA 3KDDA 4RCFA 4B78A 4Y4AA 5IE1A 5P74A 1DP5A 5BRYA 3ZKMA 3ZL7A 4EJLA 2G22A 3U7SA 5P2EA 5P15A 5P5KA 1APVE 1RPIA 1ZBGA 5EZZA 2JYSA 3SQFA 2Q11A 3QROA 5P1SA 5HU1A 1APWE 3BGCA 5KOQA 2OHMA 3CKPA 4Y36A 5COOA 1FQXA 5P42A 4WY6A 5P1FA 2P3BA 3JVYA 4JP9A 4ZSRA 1PPLE 3T6IA 2QMFA 3OQKA 2OHQA 1BVEA 2NXMA 2HB2A 5P7UA 3MWSA 3LHGA 5OZLA 3SM1A 2AOIA 4DJWA 3IXKA 4DJXA 5OZ0A 5P2LA 3OXXA 3TL9A 1LV1A 1BBSA 2Q5KA 4A6CA 3T7QA 2P3AA 3VF5A 3NU5A 1FFFC 3NWQA 5DQ2A 4ZLSA 2ZJNA 5P7VA 2G1YA 3LIZA 3WZ8A 5ENKA 3OQ7A 3KM4A 5P7GA 3UHLA 3ZMGA 2B60A 4I10A 1AM5A 4Y3EA 2VIZA 3R2FA 1F34A 4EWOA 3S45A 5P7XA 2IGYA 2G1SA 5OYRA 4OBDA 3B80A 3KYRA 5P3JA 5P5IA 3IGBA 1D4LA 2I4VA 3L5BA 5AH7A 5COKA 1HVIA 5P2HA 1ER8E 1Z1RA 4U7QA 1XN2A 2QHCA 4YBFA 1SP5A 3IXOA 5P0RA 2WF1A 4AA9A 5P70A 1WBKA 3R0WA 5P47A 5P45A 1LEEA 4HDFA 2HPEA 3KFRA 1GKTA 4XXSA 5P8SA 1OEWA 5P2MA 4Y3NA 5P0SA 1BVGA 3HDKA 5P1MA 3QS1A 5OYUA 1BAIA 4B70A 2V00A 4FLGA 4H1EA 2ER7E 2Q63A 4AUCA 4U7VA 1MESA 1HVCA 2R8NA 4NPTA 4Y3SA 3EKXA 5P1CA 2FXDA 1META 3D1YA 4LXMA 4AA8A 4EJKA 3PGIA 4HVPA 3NR6A 5P0TA 1A9MA 2ZHVA 1NH0A 4TRWA 1TCWA 5ER2E 3SKGA 5P7SA 5P11A 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBK A;  5P5D A;  5P3U A;  5P71 A;  5P82 A;  3UPJ A;  1N49 A;  3LPI A;  2P83 A;  4EXH A;  5P6T A;  5OYZ A;  5P4I A;  5P8E A;  2IDW A;  1MT8 A;  2QAK A;  3HD8 A;  4Y57 A;  2AZC A;  2HS2 A;  5HU0 A;  3CYX A;  2ZHT A;  5P6J A;  3NWX A;  5OYV A;  5P4Z A;  1EPM E;  3QIH A;  5KQY A;  5P7H A;  3IA9 A;  5P1Y A;  5P1U A;  4J0T A;  2ASI A;  3O99 A;  1HTF A;  3QRV A;  2WEA A;  4GJD A;  4JPC A;  1Z1H A;  3UQP A;  5P7P A;  4ZPG A;  1GNO A;  1YTH A;  5KR2 A;  5OZ2 A;  1HOS A;  5P1L A;  5CON A;  3VCM A;  1MT9 A;  3I2L A;  4MC1 A;  4RRS A;  5AGZ A;  5OYW A;  1FMU A;  3UDP A;  1XE6 A;  5P37 A;  2R9B A;  1MEU A;  1OEX A;  4Y3J A;  1G0V A;  4YOB A;  3OY4 A;  5DQ4 A;  5P4M A;  4OBH A;  2AOH A;  3SLZ A;  5P4F A;  3OXW A;  2ZHS A;  3O9C A;  3PWR A;  4FSE A;  3TTP A;  4RCD A;  3PVK A;  1U8G A;  1G6L A;  5P8O A;  5P7C A;  4FE6 A;  3QI1 A;  4J1H A;  3UDH A;  2NXD A;  4Y3G A;  5E5K A;  4QGI A;  3RSX A;  1MUI A;  2B8L A;  3NDW A;  5P1J A;  3EXO A;  1FMB A;  1HVH A;  3EL1 A;  5P8K A;  5P38 A;  4J1I A;  3RSV A;  4H3I A;  3I6O A;  5P6M A;  1M4H A;  4ER4 E;  2ER6 E;  1MVP A;  1IVP A;  3FIV A;  5P46 A;  5P02 A;  2PQZ A;  2I4U A;  2HS1 A;  3CIB A;  3TPL A;  4EYR A;  3EM4 A;  3LZU A;  3NU4 A;  2BPY A;  3U6A A;  5P2V A;  5I70 A;  3O9L B;  1FFI C;  4Y5C A;  4Y4B A;  5P6Q A;  5P0G A;  4HDB A;  5APR E;  4HE9 A;  2WED A;  4Y5P A;  1HVJ A;  5HD0 A;  5P0W A;  4RRN A;  1RV7 A;  3VSX A;  4RCE A;  2Q64 A;  2QI6 A;  4DV9 A;  1C6Y A;  2QD7 A;  3BVB A;  1PSN A;  5P16 A;  3HW1 A;  5P25 A;  5P1A A;  2BPZ A;  4NJT A;  2ZJH A;  3TKG A;  3G72 A;  4Y5B A;  4DQG A;  5P80 A;  2QI1 A;  5P24 A;  3NDT A;  4Y3Z A;  3APR E;  4YE3 A;  5P3V A;  3DJK A;  3URJ A;  2AZB A;  4CKU A;  2WF4 A;  3DOX A;  5CLM A;  1G2K A;  1T7J A;  5P0C A;  5P22 A;  3UQW A;  4FM8 A;  3S53 A;  3S56 A;  3ZKQ A;  5P1O A;  5JOD A;  1PPM E;  2I0D A;  1EED P;  5P8T A;  1B6J A;  2I4Q A;  3MXE A;  5C9F A;  4YDF A;  2F81 A;  2IRZ A;  1B11 A;  5P5V A;  3F9Q A;  5P8C A;  5AHC A;  1PSA A;  2IQG A;  5P12 A;  4Y4E A;  3TH9 A;  2VNN A;  3LIY A;  3IND A;  3KT5 A;  4XX3 A;  5P5Z A; 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 5P4L A;  2AZ8 A;  3OU4 A;  3OAD B;  3KA2 A;  2RKF A;  3PLD A;  9HVP A;  2I1A A;  5OZD A;  5P7K A;  5OZ7 A;  3RTN A;  1BXO A;  1ENT E;  1T7K A;  3LZS A;  1EBK C;  5P0E A;  1XDH A;  5JG1 A;  5P3B A;  3OAG B;  3VUC A;  3UDJ A;  2VNM A;  5P39 A;  2ZJJ A;  3G70 A;  1MER A;  3VSW A;  2FDE A;  1T6E X;  4L6B A;  4NPU A;  3SFC A;  5P4D A;  1NPW A;  4Y44 A;  4N00 A;  3ZPU A;  3GI6 A;  4QJ8 A;  3SA9 A;  1A8G A;  3AID A;  2BQV A;  1IZH A;  1W5X A;  5P7D A;  5OZE A;  5IVS A;  4PPH A;  1EPR E;  4FM7 A;  2JJI A;  2PH6 A;  4L7J A;  5P8Q A;  3EL0 A;  1GVV A;  5JFP A;  5PEP A;  4RRO A;  1YTG A;  5P58 A;  4EP3 A;  1HPS A;  1EPN E;  2Q3K A;  4R93 A;  1QRP E;  3OTS A;  3SA5 A;  1TSQ A;  1TCX A;  1AZ5 A;  1DIF A;  1ZLF A;  2PMA A;  4J0Y A;  5DGW A;  4GJA A;  1EPQ E;  4XKX A;  4DI2 A;  3PSG A;  2QU2 A;  3GI0 A;  2OHS A;  3R1G B;  4Y3R A;  3OWN A;  2QZX A;  2Q54 A;  4DH6 A;  1HSG A;  1LZQ A;  4YD4 A;  1HIV A;  5P0P A;  2R43 A;  2WEC A;  1EC0 A;  5OZV A;  1A8K A;  1LYA B;  1XE5 A;  1QBT A;  4EP2 A;  4H3G A;  2BJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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