3I7EA

Co-crystal structure of hiv-1 protease bound to a mutant resistant inhibitor uic-98038
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i7eA00
3QPJA 5OZ3A 3VSXA 2XFIA 4B78A 5OZGA 1FLHA 5FIVA 4XX3A 3OUAA 5P7KA 4NJSA 5DQ4A 3WZ6A 3LHGA 5P5MA 4FGXA 5P52A 5P0IA 3U71A 4X7IA 3ZKMA 2BKSA 5P13A 1NH0A 4GJ7A 2UY0A 2IKOA 5P5AA 2PSGA 2FDDA 2AVVA 2PWCA 3G6ZA 1FQ5A 2PH8A 1LEEA 1RL8A 1LYAB 4FM8A 5P7GA 3LIYA 4RYCA 1A30A 1SBGA 2AZ8A 1FQ4A 5OZ8A 4YDFA 5P1FA 1EPNE 5P3MA 3URJA 3SA4A 3EKWA 2PC0A 1SMEA 5P5RA 3HVPA 3GI4A 1K2CA 4BELA 3F9QA 2I4VA 3QRMA 4GJ9A 5HE7A 1J71A 2ASIA 3T7PA 3VYEA 1UH7A 4X2LA 4CPRA 1YTJA 3HW1A 3PI5A 1FMBA 5OYQA 2I4XA 4K4PA 5KR2A 3TNEA 1HVSA 5P8GA 5P6RA 4YBFA 4KE1A 3NUJA 3M9FA 3JW2A 4OBZA 2AODA 2WF1A 2WF4A 4UPJA 5OZKA 5P0MA 2V13A 4ZEAA 3JVWA 3R1GB 5HCOA 1KJ4A 2AOIA 2OHSA 5P0JA 1ZBGA 2VA5A 5P4WA 3VLAA 3KT2A 4R5NA 4LAPA 4Y5AA 5P59A 4L1AA 2F8GA 1HEGE 2UXZA 5P7NA 5P8BA 3N3IA 5P69A 5P45A 5DPZA 3NU9A 1IZEA 4HZTA 5P6GA 2RKFA 4I1CA 4FRKA 5AHBA 2QP8A 5P1XA 2PSUA 3PB5A 5KR0A 3OU3A 4Y47A 2O4NA 5AH9A 4PPHA 5P3OA 4RYGA 5P16A 5OYUA 3K5GA 4Q1WA 5P60A 4EYRA 1TSQA 2ZE1A 3ZKNA 5P06A 4I0GA 5P4RA 1FMXA 3BC4A 1B11A 3O9LB 3DCRA 4HDFA 4RROA 5P66A 3OHFA 1CPIA 2PSVA 1DMPA 3D1XA 5AH8A 5P49A 3TH9A 4B70A 1T7KA 4FL8A 3VF7A 2RMPA 4RLDA 4YD6A 1YT9A 3K1WA 4RGHA 5P2TA 4ZSQA 1D4YA 5P7FA 3L5DA 4FSEA 2QNPA 3U6AA 4J54A 4Y39A 1W5WA 3VF5A 1QBTA 5P4GA 3UDPA 3LIXA 2G1YA 3OXVA 1GNMA 5P7DA 4HLAA 4RVJA 1YM4A 3EKYA 3INHA 2NXMA 5I3VA 5IVQA 3OU4B 2NXDA 3LIQA 1NPWA 5P10A 4XKXA 3D91A 1APTE 1ODYA 1BIMA 3I6OA 3VV7A 5OZSA 5P4QA 1OHRA 3UDRA 9HVPA 1AXAA 4MC2A 1XS7D 5P8IA 1HPSA 2O4LA 2RSPA 3LIZA 1AJVA 4Y3DA 5P35A 2IL2A 1E80E 5P00A 2F3FA 5OZAA 5JFPA 4J1HA 2WF2A 4I11A 2V12C 1BAIA 4FRIA 2APRA 5KR1A 3L5EA 3UDYA 4PZWA 5P7WA 4CPQA 5CONA 3PSUA 5P39A 5HDVA 2QZKA 5E5JA 3NDTA 2AVMA 1IZDA 2G1RA 5P5IA 2QNQA 4CPSA 3GGAA 2MIPA 2QD6A 5P4YA 2JJJA 3IXKA 2WEAA 1YM2A 5P6LA 3BUHA 5P48A 1B5FB 1XN3A 1XL5A 1G2KA 5DR1A 3EL1A 3OXWA 5P5UA 4PYVA 4Y3HA 5P6ZA 5BRYA 5P33A 5P3JA 1VIKA 2IGXA 4DUSA 2WL0A 5P4AA 1YTIA 3PI0A 3KFNA 3CYXA 3LPJA 1B5FA 1RQ9A 4Q1XA 2BPWA 5P70A 6FIVA 1QRPE 4YCYA 3FNUA 2HS1A 3O99A 3SA7A 1OEXA 1ZSFA 3UTLA 5P5TA 5P77A 5P0GA 2HPEA 5P0TA 5P6DA 1G0VA 4D89A 2PYMA 4ER2E 3TPPA 3HDKA 2FNSA 5P3TA 3A2OA 2VA7A 5P6CA 5P4TA 3L58A 1WBKA 4Y3LA 3URLA 3LIVA 1TQFA 3UQWA 4Y3PA 1ZAPA 5P6PA 5P2UA 2QZWA 3SQFA 5P7JA 3PMYA 2PMAA 4Y5EA 5P17A 2WEBA 3RTNA 4NJTA 4FM6A 5P79A 2OHKA 2O4PA 3LZYA 1LYWA 5OZFA 1GVXA 1MSNA 3FKTA 5P3PA 1AJXA 5P8QA 1HOSA 4Y3NA 3SA5A 5P7MA 5OYRA 5P1ZA 2B8LA 3PM4A 2VIYA 1GVVA 3FSMA 5AH6A 5P4MA 1HWRA 2R43A 3N4LA 1FMUA 5P4ZA 1WKRA 5P4LA 5APRE 2CENA 3I7EA 3LPKA 1E81E 2QMFA 1FFFC 5P1TA 1SIVA 4IVTA 4Y41A 4HE9A 1HHPA 3UDNA 2ZHUA 4YBIA 5P72A 5P8RA 5OZBA 2RKGA 2R3WA 2QU2A 5P5NA 1A8GA 4GB2A 1EBYA 1K2BA 2UPJA 5P6AA 3BRAA 5ER2E 4FAEA 3QBFA 4LXMA 3ZL7A 2JXRA 2Z54A 1PPKE 5OZ9A 2VIJA 3FX5A 5OZZA 3FNTA 1ER8E 2AZCA 5P74A 5ENMA 3LZUA 5HVPA 3VFBA 1EBZA 5P6MA 1A9MA 2G69A 5P47A 2Q5KA 4J1CA 2V11C 5I3YA 3H0BA 5P1YA 5P7IA 1CMSA 5P8UA 5P1HA 2WEDA 3PCWA 4RCDA 3VF3A 4R92A 5P1GA 4DPIA 4RRNA 2AOHA 4I0DA 1MTRA 1IZHA 1EPQE 2JJIA 3FV3A 5P41A 5P3CA 2Q54A 2OHUA 5P3BA 1F7AA 4QJ6A 5P8NA 2P3BB 2AVOA 4D83A 2QD7A 3R0WA 3CKTA 1HVRA 1ZPAA 1PFZA 4QGIA 2B60A 2QI3A 4GMIA 3OUDB 5P2EA 2CEJA 3EMYA 1M4HA 3EKPA 4YD5A 4NJUA 5DQCA 3CICA 3EL5A 5C9BA 4J0YA 5OZ5A 2Q63A 1LYBB 2PK6A 3IVIA 4Y36A 3MXDA 4ACUA 4B0QA 3S43A 1SDUA 4J0VA 4Y4EA 4J0PA 4DPFA 2ZJIA 3QRSA 3WB4A 3EM3A 2OHPA 1HXBA 2F81A 1D4LA 5P3FA 5P0OA 1T3RA 2NMYA 4Y5BA 4F73A 1KJGA 3MSJA 5ER1E 5F01A 1AVFA 1K1UA 3B80A 4LBTA 1BVGA 3VEUA 1BXQA 5OZVA 2R3TA 3MSLA 3EL0A 1XE6A 2QMGA 4Y43A 3OGQA 3C9XA 2V0ZC 2OHLA 2BPXA 3OXCA 3BHEA 4Y3AA 5P2RA 1FGCC 1K6CA 5P3AA 4HDPA 3K5CA 5P5FA 2IGYA 5OYZA 4Y4ZA 1EC1A 3LNKA 1MUIA 2BBBA 4D85A 4KE0A 2F3KA 1ZLFA 5P82A 4DJVA 3UPJA 2IS0A 2NXLA 5OZ7A 1SGUA 2HC0A 5OZMA 2B42A 2ZHTA 1OD1A 1ENTE 4QLHA 2QI4A 3PJ6A 3TOGA 5P4KA 2WF3A 3GGVA 5SY3A 4MC6A 3KFRA 5OZXA 3O9AA 4A6CA 4ZPGA 5P2VA 5SY2A 5P8LA 5P40A 3EL4A 5P8EA 1HPOA 3S2OA 4B00A 2G21A 5P2MA 1MRXA 5P5VA 2Q3KA 2J9JB 1EPOE 1BWAA 4S1GA 3NXEA 5P6HA 3QBHA 4QJ7A 1IZIA 1BVEA 3SA6A 1NPAA 3I2LA 2ZGAA 5P50A 2G20A 2Q11A 1W6HA 3ZMGA 4BFDA 5P11A 5KOQA 1W50A 3SKFA 5P4HA 1LYAA 5P5QA 5HU0A 3MSKA 4Y5MA 1MPPA 5I3XA 5P68A 5P0SA 2BJUA 4Y3XA 4DJXA 4R91A 5P6UA 1EEDP 5P0HA 2Q55A 5P67A 1YTGA 4GJ8A 3WZ7A 5P2OA 3UHLA 3G70A 1MSMA 4B1DA 1T6EX 1T7IA 1U8GA 5P1NA 2QK5A 1D4SA 2VIZA 3O9IA 4Y3EA 1BDRA 1SH9A 2JE4A 5P64A 4EXGA 3KF0A 4F75A 5P2IA 5P7TA 3KA2A 3DOXA 4M8XA 3APRE 4Y3GA 5HE5A 2HPFA 2QI6A 5P5GA 2PWRA 4HVPA 2PQZA 4D8CA 2ZJKA 5OZUA 5BS4A 1Z1HA 5P5OA 2BPZA 4U7VA 5HD0A 3INFA 5OYXA 2F3EA 2OHRA 1T7JA 5P2GA 4Y5CA 3SAAA 1QBSA 4PHVA 3RTHA 5KQYA 4K4RA 4CMSA 2QHZA 5DGWA 4CP7A 2I1AA 5P6TA 5P2CA 5OZEA 4I0FA 3CIDA 5P4IA 4APEA 3UF3A 5IVSA 5OZQA 1FKNA 2NNKA 5AHCA 4GJ6A 5P2XA 5P75A 4OD9B 5P4SA 2VJ9A 5P5HA 1PROA 5P0PA 4B72A 2IEOA 5P1DA 3D1YA 4EWOA 4WY1A 1YG9A 5P85A 2R5PA 3OY4A 3K4VC 4OBHA 4DVFA 5P25A 2VJ6A 1BBSA 5B18A 5P6SA 4Y5PA 2I4UA 5P0CA 4OBJA 3UQUA 2V00A 1EPRE 5P65A 1G6LA 3NDXA 4GJBA 2G27A 3O9LA 2QCIA 3HAWA 3OQDA 4LHHA 5P4OA 5P1QA 3UCBA 4PEPA 4TRZA 3OQ7A 1N49A 4A4QA 5P1SA 1GKTA 4ZSPA 5P0RA 3RSXA 3DUYA 1SDTA 4DJRA 3BGCA 1A94A 5P18A 3TOFA 4NPUA 4Y4UA 3EM4A 3CIBA 2P3DA 2AVQA 4Y4WA 3O9BA 3JVYA 1LF3A 4J1KA 5OZJA 3QAAA 3KYRA 3LPIA 5KR8A 1B6KA 3O9HA 1EBKC 1BXOA 2IENA 5P2BA 4NKKA 5P4FA 3OU4A 3TL9A 2V10C 5P7QA 3CYWA 4RRSA 1ZSRA 1HSHA 3BGBA 3EC0A 4QJ2A 5P4VA 3TPLA 4NJVA 5P5YA 3K5FA 3DCKA 3QRVA 1C70A 2FNTA 1K6PA 2ZJMA 1CZIE 5P2AA 3NU6A 1B6JA 1EPLE 4YA8A 5P53A 3O9EA 1ZJ7A 3PGIA 2P4JA 1MVPA 3EM6A 3KT5A 2V16C 4DJQA 1BDLA 2P83A 2ER7E 5P08A 4Y48A 4OBDA 4TRWA 5P1OA 2R8NA 1EC0A 5P8DA 1E5OE 5P03A 1LF2A 5P15A 1AM5A 1FQXA 5KQFA 5P19A 5DQ1A 5P5EA 3BXRA 4HEGA 5P4UA 1FG8C 1FQ6A 2QI0A 3EKTA 4AA9A 3TPJA 3OU1B 1D4KA 3AUPA 3RSVA 5F00A 2PK5A 1B6MA 4DJWA 4AMTA 1YTHA 4IVSA 5P8FA 1B6LA 4I8ZA 2IDWA 3EL9A 5P2JA 5P34A 1ZPKA 1FQ7A 3OU1A 5P0KA 3KFSA 1HPXA 5P5CA 3ZOVA 1C6XA 5P8VA 3OXXA 5COPA 4WTUA 5DR3A 2H6TA 5EZXA 3VFAA 3HZCA 5P4NA 1RNEA 2NR6A 3EBZA 2G1OA 5P2FA 7HVPA 2VKMA 3ZPTA 4Y5GA 3ER3E 1W5VA 2P3AA 3KDDA 4YDGA 4FIVA 4LL3A 5C9DA 3SM1A 4GJDA 1ZTZA 5P6XA 4KUPA 5P4JA 4Y54A 2WHHA 5P86A 5P8SA 3S45A 4GJAA 2VA6A 1DW6C 1D4JA 3O9GA 5P1KA 4B77A 5P29A 5P2SA 1M0BA 4J0TA 1MERA 8HVPA 5IVTA 3S53A 3NWXA 5P4PA 5KQZA 3IXOA 1PSAA 3U7SA 4J1EA 4DH6A 5P5XA 1JLDA 4QJ8A 3PMUA 3HLOA 3ECGA 3EKXA 1HVHA 3IA9A 3L59A 3SLZA 5OZTA 5I70A 3Q70A 4EHCA 1RV7A 5P61A 3NYGA 5P8HA 3SM2A 3VCMA 1NPVA 5P7ZA 2ZHVA 5P3VA 5J25A 1LZQA 3QP0A 2AQUA 3UQRA 1ZP8A 4F74A 1HVLA 2FMBA 2OHQA 3ZKXA 3K5DA 5P7UA 4FAFA 1QDMA 5KOSA 3PBZA 4DQEA 2SAMA 4Y6MA 3O9FA 4RCEA 3SFCA 3DM6A 5UPJA 2AOJA 5P0DA 1SIPA 3OUBA 4FE6A 5P04A 4DV9A 2ZJJA 5P3GA 4YD3A 5P4CA 5AHAA 2ZHRA 2NNPA 5P0NA 5IE1A 1ODWA 5P6WA 1HTFA 3KMXA 4Z22A 1EAGA 4U7QA 1IIQA 3QS1A 5P2QA 3SO9A 5P1LA 3S54A 5P7VA 3BUGA 5E5KA 3KFPA 4JOOA 5P8OA 1EPME 2WF0A 3PRSA 5P7BA 2PYNA 2BPYA 3OOZA 4YHQA 5P09A 4J1FA 2P3BA 3QVIA 5P14A 4EPJA 2O40A 3OADB 3PLDA 1F34A 4EJLA 3S8IA 1SP5A 3T7XA 4J1IA 3TPRA 3UQXA 3OUDA 3WSJA 2QI7A 3L5CA 1Z8CA 5I3WA 5P5KA 2G22A 1AIDA 5IS4A 1HBVA 2OF0A 2Q64A 1HIIA 4Z4XA 3L5BA 4FM7A 1MT9A 2AVSA 5P88A 4ZSRA 2ZJNA 2BKTA 5P5BA 4GJCA 4Q5MA 4Y3FA 5HDXA 1LYBA 1D4HA 4Y4XA 3QROA 5P1PA 2QI1A 1Z1RA 4H1EA 3UQPA 1C6ZA 3O9CA 2B7FA 3ER5E 1XE5A 3L38A 1MESA 5DR4A 2QHYA 5P2DA 2QU3A 3T3CA 4Y4AA 3OTSA 3IGBA 1OEWA 3T7QA 4Y51A 5OZHA 2ZYEA 3UDJA 5P3NA 2R38A 3CKPA 3Q4BA 5P05A 4D88A 3PWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QPJ A;  5OZ3 A;  3VSX A;  2XFI A;  4B78 A;  5OZG A;  1FLH A;  5FIV A;  4XX3 A;  3OUA A;  5P7K A;  4NJS A;  5DQ4 A;  3WZ6 A;  3LHG A;  5P5M A;  4FGX A;  5P52 A;  5P0I A;  3U71 A;  4X7I A;  3ZKM A;  2BKS A;  5P13 A;  1NH0 A;  4GJ7 A;  2UY0 A;  2IKO A;  5P5A A;  2PSG A;  2FDD A;  2AVV A;  2PWC A;  3G6Z A;  1FQ5 A;  2PH8 A;  1LEE A;  1RL8 A;  1LYA B;  4FM8 A;  5P7G A;  3LIY A;  4RYC A;  1A30 A;  1SBG A;  2AZ8 A;  1FQ4 A;  5OZ8 A;  4YDF A;  5P1F A;  1EPN E;  5P3M A;  3URJ A;  3SA4 A;  3EKW A;  2PC0 A;  1SME A;  5P5R A;  3HVP A;  3GI4 A;  1K2C A;  4BEL A;  3F9Q A;  2I4V A;  3QRM A;  4GJ9 A;  5HE7 A;  1J71 A;  2ASI A;  3T7P A;  3VYE A;  1UH7 A;  4X2L A;  4CPR A;  1YTJ A;  3HW1 A;  3PI5 A;  1FMB A;  5OYQ A;  2I4X A;  4K4P A;  5KR2 A;  3TNE A;  1HVS A;  5P8G A;  5P6R A;  4YBF A;  4KE1 A;  3NUJ A;  3M9F A;  3JW2 A;  4OBZ A;  2AOD A;  2WF1 A;  2WF4 A;  4UPJ A;  5OZK A;  5P0M A;  2V13 A;  4ZEA A;  3JVW A;  3R1G B;  5HCO A;  1KJ4 A;  2AOI A;  2OHS A;  5P0J A;  1ZBG A;  2VA5 A;  5P4W A;  3VLA A;  3KT2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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