3I7EA

Co-crystal structure of hiv-1 protease bound to a mutant resistant inhibitor uic-98038
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i7eA00
4DJUA 5COKA 5HD0A 4F73A 4X7IA 5F00A 5P3WA 1YTGA 5IVRA 5P8MA 1MTRA 5ENMA 5P6MA 4I0ZA 4YE3A 1PROA 2CEJA 1YTJA 4I0HA 3T3CA 1AM5A 4Y3HA 1RQ9A 5IE1A 1HTRB 3GGXA 3NUJA 1SIPA 5OZBA 2JYSA 1ENTE 3EKTA 1EBZA 1F34A 2FXDA 5P3VA 4ZLSA 1FFIC 2OHSA 3KT5A 3NDWA 1AVFA 4Y3MA 3GI6A 3UDHA 1XL2A 5P33A 4QJ7A 1YT9A 5P6IA 1HVRA 4DPFA 3PMUA 4Y4DA 4D85A 5P62A 1APTE 1UH7A 5P3AA 5P5NA 1IIQA 1EBWA 4Y4XA 4YCYA 4EHCA 4Q1YA 1C70A 2G94A 1EPME 1EC0A 4RGHA 4YDFA 5P1CA 3LINA 3INFA 4Y5NA 2ER7E 5KQXA 5ISJA 2I4DA 4DV9A 2I1AA 5P5TA 3K5FA 5P7NA 5P87A 1N49A 5OZDA 1LYWB 3K4VA 2PH6A 3OUCA 3MSLA 1Q9PA 2G24A 1GKTA 4FSLA 5P0RA 4Y5MA 2JXRA 1MEUA 3R2FA 5DPZA 3OQAA 2WEBA 2Q63A 3DCRA 4Y3GA 2Z54A 5AH6A 5KR2A 4B77A 2ZJKA 3ER5E 1GVVA 4Q1NA 3O9BA 3O9EA 2VNMA 5P2RA 5P4HA 4Y5PA 5OZCA 5P6LA 3UFNA 3Q6YA 5SY3A 4ZSPA 5P68A 1YTHA 3L59A 4FM7A 5KOQA 5UPJA 5P4NA 5P3XA 1A8KA 4Y3DA 5P4FA 4I8ZA 5P8QA 4Y3NA 1K2BA 3IN4A 1AJVA 4HA5A 4Y4GA 5P8JA 5P01A 5P22A 3SKFA 1KJ7A 2ZHSA 5P2WA 4EP3A 1K6PA 3GI0A 5P3SA 4FSEA 3PLDA 4GB2A 3UDYA 4J17A 1LYWA 1KJFA 4EJ8A 5OZKA 5E5JA 5P7BA 5P05A 1BDRA 4Y3RA 4U7VA 5P0EA 5DQ4A 5P8LA 5OZ0A 5P42A 3LIVA 4TRZA 1VIKA 4D89A 4YA8A 5P46A 4EQ0A 2AOJA 4FE6A 4FM6A 2B8LA 5SXNA 3L38A 2G1SA 3A2OA 4OD9B 5P0HA 1MRXA 4PZWA 5P53A 4EJKA 4GJ8A 5P5DA 5P6AA 5I3XA 5P1EA 2XYFA 4B1CA 5P8AA 1FQ4A 4Y9WA 5P6TA 4RVXA 5P3TA 3EM4A 2HB2A 1XN3A 3JVWA 3PHVA 1ODXA 1PFZA 5P8HA 5P1DA 3S8IA 1HWRA 1BDQA 4BFBA 1M0BA 4LL3A 2Z4OA 3CICA 2AZ8A 5I70A 3ZOVA 6APRE 1BBSA 2AZCA 3SA8A 5P1HA 4FRJA 1BV7A 3KFNA 5P84A 3ZPSA 4DJPA 2G21A 2JJIA 5P4TA 1PPME 4LC7A 2ZJJA 1T6EX 1FGCC 1OHRA 1ZPAA 4Q1XA 3TPJA 4OBZB 2HAHA 5P6KA 5P36A 5P1PA 4CPSA 1BWBA 1FKNA 2UXZA 1FEJC 3HD8A 4J0ZA 2AOIA 5P1GA 3ZKGA 3NLSA 3BHEA 1YM4A 1ZTZA 3SACA 1T3RA 2PK5A 5P89A 4B0QA 2VIZA 4S1GA 2RENA 4ACUA 5P08A 5P0MA 5P52A 1EPLE 2Q11A 3EL5A 5PEPA 3R0WA 3BUGA 4YD4A 3ZKQA 3EKQA 3UPJA 4I0FA 1EC2A 3D91A 5P2UA 3KDDA 5P35A 4GMIA 1WBKA 2QHZA 3MSJA 4RRNA 5P2CA 4RRSA 1B5FB 3OU3A 3B80A 1SBGA 3CIBA 5P7EA 4UPJA 4Y4BA 4R5NA 2FGUA 1HIVA 3Q4BA 3WSJA 2QZXA 3UDKA 1IZEA 1GVXA 1UPJA 4Y50A 5OYYA 2OHPA 3CMSA 1MT8A 2QD7A 2HM1A 2RKGA 5P2VA 4APEA 5P1AA 5P4LA 3S2OA 1YM2A 5P51A 1HIHA 5P5KA 5P14A 1W51A 5C9BA 1G35A 5P6YA 5P5BA 3EKXA 2AODA 4RZ1A 5DR7A 3L3AA 4AMTA 4CP7A 4J1KA 2PSGA 2XFJA 4Z2ZA 2QMGA 2XYEA 5OZEA 5P3ZA 4FIVA 2BPYA 4Y4EA 3MSKA 5P5HA 1IVQA 2PK6A 2OHLA 1M43A 3IA9A 4LP9A 2HS2A 4COEA 4Q5MA 4TVGA 1OD1A 3HDKA 3MWSA 3SA5A 1HVIA 5E5KA 5OZNA 5P1UA 2I4XA 5I3VA 3OAGB 4GZFA 3O9GA 2WEAA 1MT7A 3EL1A 5P09A 1NPWA 5P7HA 4PEPA 3KF0A 4ER2E 5KQYA 2G1NA 4DJWA 4BELA 2PQZA 4ZSMA 1ZP8A 1C6XA 3DV5A 4R95A 5P7CA 1ZLFA 4ER4E 5P6EA 1XN2A 3VYFA 1HPVA 5P5AA 5HDZA 5OZSA 5P4EA 3N3IA 4NJVA 2VS2A 5P3DA 4EQJA 3R0YA 1DW6C 4E43A 2G1OA 3IGBA 1WBMA 4TRYA 1T7IA 5P47A 3URLA 3OU4A 2CENA 3PSUA 4Y54A 4ZSQA 4QJAA 2ZJIA 5P6PA 4I10A 3QRVA 3TTPA 4NJSA 1HSIA 3CYXA 4K4PA 4MC1A 1IVPA 5P4KA 1HTGA 3LIYA 5P3KA 5KR1A 2VA7A 2V0ZC 2R5QA 2BJUA 4LXMA 3UQWA 4EYRA 4I11A 5P0XA 3OAGA 1XE5A 3S43B 4DPIA 5P28A 5P5SA 4J55A 4RLDA 5P1NA 2VIYA 4Y5GA 5P2JA 1A30A 5P81A 3VCMA 4ZPFA 2QZWA 1T7JA 1K2CA 3JVYA 5P6GA 3HZCA 3PBZA 1D4YA 2G69A 3TPRA 2F3EA 5P0FA 5P1QA 3VFAA 2QI6A 5P1FA 3OTYA 3L5EA 4HZTA 1IDBA 3VEUA 3HAUA 2WEDA 1APVE 2VIEA 4LAPA 2Q55A 2Q15A 4YDGA 3CKTA 3IVHA 3PJ6A 5P70A 4M8XA 3VV7A 2V00A 3BUFA 1B11A 5P60A 5P8OA 3T7PA 3O99A 1BXQA 1D4HA 4HLAA 3K5DA 1KJGA 3EKPA 5P2FA 3ZKNA 4PZXA 5P1YA 4QJ6A 5HTZA 2QMFA 3OXCA 4J1HA 5P3YA 2JE4A 4U8WA 3S43A 4DQCA 5P56A 2O4SA 3LNKA 2G27A 4B70A 5P50A 1ZPKA 2ZHUA 3TOGA 4HDBA 3SM2A 5ER1E 5HE4A 1UH9A 3UQUA 1T6GA 5P5VA 5HCTA 4RCFA 1DP5A 2OHUA 5P7KA 2EWYA 1FIVA 1BIMA 5P83A 4H3IA 5P7AA 5P54A 5JFPA 4XXSA 3NDUA 5P65A 2F81A 1EBKC 5P30A 4I0IA 4FAFA 4AA8A 3QBHA 4D83A 2ER9E 5P6ZA 5P0SA 5COPA 3NU4A 3KA2A 5P02A 5P7VA 5P8RA 3OK9A 4NPTA 1U8GA 5T4SA 3WB4A 3ER3E 3ZMGA 5APRE 2BPZA 3QS1A 4Y3EA 5OZVA 4XX3A 5P7DA 4A6BA 2AOGA 3GGVA 1W6HA 5P24A 5OZHA 5AGZA 1M4HA 4FRKA 4J0YA 5OZQA 5P0ZA 4DVFA 3UF3A 5P7FA 5P5EA 3VSWA 5OZZA 2ZJHA 4FAEA 1MRWA 5P88A 4ACXA 3SA4A 1BWAA 4L7HA 5F01A 5P5OA 3RTMA 2FLEA 2VA6A 1XL5A 4I8WA 3NUOA 4EXHA 2QMDA 4RYGA 1LYAB 3PI5A 1G2KA 3KM4A 5P8BA 2ZJNA 2G22A 3SAAA 5P3UA 5OYRA 2F3FA 2JJJA 3G70A 3L58A 2FDDA 5P6DA 5P76A 3VG1A 4TVHA 3EL9A 3EXOA 2WHHA 1UH8A 5KQFA 1ME6A 5P6QA 4J0VA 5P61A 5CONA 5P8DA 1E82E 4JPEA 1LF4A 2AVSA 3QP0A 1HPSA 4D8CA 4H1EA 5P7MA 5AHCA 1BDLA 3T6IA 3PI0A 2PSUA 5OZ7A 5KR8A 3C9XA 3PWMA 4MC2A 1QDMA 5DQCA 1EPNE 3DOXA 4DJQA 5P0AA 3VV8A 3KT2A 5P8EA 3QN8A 4GIDA 5P8UA 3VYDA 5P0GA 1D4LA 3AIDA 1AJXA 3FSMA 1MTBA 4ZEAA 1HTFA 3OXXA 4DI2A 4Y47A 5P18A 1IZHA 1LYAA 4CPUA 4B1DA 4H3GA 5P3GA 5P5XA 4J1EA 5P1RA 4I1CA 5P6JA 2QP8A 3RU1A 4CPRA 3ZKXA 5P0PA 2HC0A 2FIVA 2QD8A 4DQFA 4J54A 6UPJA 3NR6A 4Y35A 2FNTA 3NWQA 3RSXA 3NYGA 5BS4A 1NSOA 3EL4A 3PWRA 3QBFA 3VF3A 5P4ZA 4Y57A 4DH6A 1E5OE 3EMYA 3INDA 3OUDA 5P4IA 2R43A 5P3HA 1PSOE 4QLHA 2BKTA 2B60A 3GW5A 2OHMA 5COOA 5P3NA 1VIJA 5P0IA 4ZIPA 3R4BA 3KFSA 2FDPA 3KN0A 4I0JA 5P1BA 5P6UA 5P43A 2AVQA 5P67A 1HPOA 3QIHA 3UQRA 3ZKSA 2RSPA 5OZXA 5P71A 5JODA 3TPPA 1KJHA 3OWNA 3LPJA 4Y3PA 3N4LA 5P66A 2WECA 4DJOA 5P4WA 4KUPA 5AHAA 1ZBGA 3FIVA 1QBRA 5I3YA 4Y38A 4CPXA 2QI4A 2AZBA 5P6HA 5P6OA 1D4IA 1FQ5A 1HVSA 3UDPA 1FG8C 4DJVA 5P5FA 2QI3A 5P3OA 1BVEA 3T7XA 5OYWA 3NDXA 2AZ9A 1SDVA 1HVLA 5BRYA 2AOCA 2ASIA 3O9FA 2VKMA 5P59A 3S56A 1C6ZA 5ER2E 5OZAA 5P4VA 5P4OA 1IZDA 1FF0C 2PH8A 4Y41A 1LS5A 5P2QA 1QRPE 2VNNA 2XFIA 4Q1WA 5P04A 4I0EA 5P6FA 1FQXA 3APPA 2QNQA 4CMSA 4F76A 4J1IA 4B72A 1AXAA 4EWOA 5P7LA 7HVPA 2I4VA 5P8IA 1FFFC 2ZHRA 2ER0E 5P3JA 1W5VA 3HLOA 5OZWA 3UFLA 4YCKA 4J0PA 3I25A 3K5CA 3QVIA 1PPLE 3OUAA 5P25A 3KMXA 5P8SA 3UHLA 2NTRA 4CKUA 1NPVA 5P4YA 3JW2A 2IKUA 3HVPA 4Y4AA 5HDUA 3RVIA 2NR6A 3INHA 3PM4A 5P0JA 3NU9A 2I4UA 4JECA 2R8NA 4FLGA 5OZTA 2WL0A 4LHHA 1BILA 3LPKA 2Q5KA 4OBDA 2QNPA 1SIVA 3HVGA 3OTSA 3RTHA 1B6MA 3WZ6A 2F80A 5OZIA 3OGQA 5P12A 1AZ5A 2O4NA 5P5MA 5P2YA 1MERA 3OHHA 3BC4A 4DQHA 5OZ3A 4EP2A 1LF3A 3FX5A 2ZHVA 1D4SA 1HXWA 1IZIA 2P3BB 2VJ7A 3GI5A 1MUIA 3OY4A 5P7XA 8HVPA 5P0CA 4OC6A 4Y3TA 5P6VA 4J0TA 4F74A 5P0YA 3HBOA 3D1XA 4RVIA 1OEWA 3PRSA 3HAWA 2QU3A 2AOEA 5P5CA 5P06A 5AH9A 3TKGA 2MIPA 3KMYA 1AIDA 5P7JA 4H3FA 5P16A 2V13A 4Z50A 3FNUA 2FXEA 2RKFA 5KR0A 2V10C 5P0UA 4AUCA 2OAHA 3OU4B 4N00A 5OZ6A 3ST5A 4LXAA 4Y51A 1DIFA 5P2ZA 5P8TA 5P2IA 3BUHA 1CPIA 2P3BA 2AIDA 3OOTA 4YHQA 4ZE6A 1QBSA 3URIA 2QCIA 3I7EA 4EXGA 1GNMA 4Y3JA 3PLLA 3OHFA 3RSVA 4YD6A 2B42A 5P3LA 2H6TA 2NXMA 3R1GB 5DQ2A 1E81E 3O9DA 3FV3A 2QHCA 4LXKA 1B6JA 2PYMA 5KOSA 4CPWA 5P55A 2I4QA 2SAMA 4DQEA 1BAIA 2I0AA 1HVCA 2IGYA 4Y37A 5HE5A 5P82A 1GVUA 3DK1A 5P7TA 1JLDA 2NMYA 5P6SA 2FGVA 5ENKA 2OHTA 3IVIA 2HPEA 3UQXA 3D1ZA 2VA5A 5TOLA 1MVPA 5P74A 5OZ9A 5P31A 4HE9A 2WF1A 3UDNA 1RNEA 3PWWA 1W50A 4FM8A 5P41A 3ZPUA 5P3QA 2FNSA 3S53A 1TCWA 2R5PA 3K4VC 4QJ9A 3NU3A 2O4LA 3EL0A 4Y4UA 2QI1A 2FS4A 3L5FA 1DPJA 3DM6A 2IRZA 4Y43A 3UTLA 4L7JA 3VSXA 2WF4A 1TSUA 3LZUA 5OYQA 5P0BA 1QBUA 3H5BA 2G26A 3NXEA 1QBTA 5P79A 1MSMA 4JPCA 4Y5AA 4RROA 4DUSA 4Y5CA 2BQVA 4GJBA 2P4JA 5P72A 3VYEA 5DGUA 5P32A 4K9HA 5CLMA 3URJA 1HRNA 5OYUA 3DV1A 3WZ8A 4DFGA 5P2HA 3QPJA 4YOAA 3OQ7A 3AUPA 1YTIA 2BBBA 3S54A 2HPFA 3SLZA 3UCBA 1APUE 3I6OA 2O40A 5AHBA 5P3EA 2ZJLA 3BGBA 2V12C 5HE7A 5P20A 5P0QA 4Y48A 2ZHTA 2QD6A 4BEKA 3EKWA 5P4QA 2PC0A 4KE1A 3D3TA 2UPJA 2QMPA 3OUBA 4YBIA 3TKWA 5P37A 5P44A 4KE0A 1EBYA 4XKXA 4IVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJU A;  5COK A;  5HD0 A;  4F73 A;  4X7I A;  5F00 A;  5P3W A;  1YTG A;  5IVR A;  5P8M A;  1MTR A;  5ENM A;  5P6M A;  4I0Z A;  4YE3 A;  1PRO A;  2CEJ A;  1YTJ A;  4I0H A;  3T3C A;  1AM5 A;  4Y3H A;  1RQ9 A;  5IE1 A;  1HTR B;  3GGX A;  3NUJ A;  1SIP A;  5OZB A;  2JYS A;  1ENT E;  3EKT A;  1EBZ A;  1F34 A;  2FXD A;  5P3V A;  4ZLS A;  1FFI C;  2OHS A;  3KT5 A;  3NDW A;  1AVF A;  4Y3M A;  3GI6 A;  3UDH A;  1XL2 A;  5P33 A;  4QJ7 A;  1YT9 A;  5P6I A;  1HVR A;  4DPF A;  3PMU A;  4Y4D A;  4D85 A;  5P62 A;  1APT E;  1UH7 A;  5P3A A;  5P5N A;  1IIQ A;  1EBW A;  4Y4X A;  4YCY A;  4EHC A;  4Q1Y A;  1C70 A;  2G94 A;  1EPM E;  1EC0 A;  4RGH A;  4YDF A;  5P1C A;  3LIN A;  3INF A;  4Y5N A;  2ER7 E;  5KQX A;  5ISJ A;  2I4D A;  4DV9 A;  2I1A A;  5P5T A;  3K5F A;  5P7N A;  5P87 A;  1N49 A;  5OZD A;  1LYW B;  3K4V A;  2PH6 A;  3OUC A;  3MSL A;  1Q9P A;  2G24 A;  1GKT A;  4FSL A;  5P0R A;  4Y5M A;  2JXR A;  1MEU A;  3R2F A;  5DPZ A;  3OQA A;  2WEB A;  2Q63 A;  3DCR A;  4Y3G A;  2Z54 A;  5AH6 A;  5KR2 A;  4B77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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