3IA9A

Crystal structure of a chemically synthesized [d25n]hiv-1 protease molecule complexed with mvt-101 reduced isostere inhibitor
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrogen bonds at the protein-inhibitor interface in the HIV-1 protease / inhibitors complexes probed by total chemical synthesis and X-ray crystallography
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords [D25N]HIV-1 protease
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2009-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ia9A00
4H1EA 5P54A 5ENKA 1PROA 3QRMA 4Y43A 3EKPA 1EBZA 2NNKA 2ZHVA 4FRJA 3QBFA 2AOGA 5P0UA 4FRIA 5P1VA 1GVWA 2VA6A 3DM6A 4DQGA 3WB4A 1AZ5A 2O4NA 2G1RA 5P6UA 3NWXA 3DOXA 4DQFA 5OZNA 3ZKXA 2QHCA 5P30A 4Y3HA 1HPVA 3D1YA 5P85A 3NDXA 3TNEA 1MRWA 4XXSA 5P3WA 5P2GA 5P7KA 3NU9A 3RTHA 1EC2A 2VKMA 1PPKE 2QMFA 3L5CA 5P22A 5P53A 1XDHA 5P5BA 2BB9A 4GJ5A 1FFFC 5P3CA 5P5EA 2HB3A 3DV1A 1ZP8A 5E5JA 4Y3WA 1A9MA 3OWNA 3ZPTA 5P5MA 2OHNA 1NSOA 4ZSPA 4Y56A 3S56A 3UFNA 1HEGE 2I4XA 5P1MA 1GVXA 1IDBA 3UDRA 5P7SA 3VV7A 5P6ZA 3HAWA 5P1DA 4CPUA 3UF3A 2AOEA 3OGPA 3MWSA 5HU1A 4ZPEA 1FLHA 3VYEA 4R5NA 3EXOA 1CPIA 1B6JA 1HWRA 1AIDA 1BVEA 4ZE6A 3I8WA 2R3TA 5P2DA 5P12A 4H3GA 4ER2E 1HIIA 5P3HA 5OZUA 3N4LA 3BVBA 1BBSA 1D4HA 1FQXA 5P56A 5P2BA 3TPPA 4GJCA 3EM4A 1BIMA 3N3IA 3UPJA 4AA8A 4Y50A 2AIDA 4OC6A 3OU1B 1SMRA 2MIPA 5IVTA 5P6XA 2OHQA 5P10A 4QJ6A 9HVPA 1VIKA 1YM2A 3L5DA 1ER8E 5P73A 3HDKA 3T6IA 3K1WA 2AVVA 5P2HA 5DQ2A 2IGYA 4PPHA 3NXNA 3T7XA 2BPZA 1W51A 2BQVA 5P0FA 4YHQA 5OZ0A 5P1YA 1FQ5A 4EXGA 2ZJNA 5P2IA 4L7JA 4RLDA 1MRXA 3SA5A 4FRSA 5P68A 4DVFA 4J17A 3UDMA 4B78A 3RTNA 3I2LA 3OUDA 5DGUA 5P03A 5P4FA 4TVHA 5OZ2A 1IDAA 1DP5A 3QP0A 4YCKA 1GVUA 5BWYA 5ENMA 2V11C 5P37A 5P5CA 5P0IA 2BPYA 4Y6MA 5P0LA 4NJVA 4EP3A 4ZEAA 5P5UA 1Z1HA 1D4IA 3QN8A 5COPA 1BV7A 5P69A 1W5XA 5DQ5A 2BPXA 5P20A 4Q5MA 1DAZC 2NPHA 4XX3A 1ZLFA 5P1UA 5P87A 2QI3A 3T7PA 5SY3A 3UFLA 1C6YA 2VIEA 5E5KA 5P0WA 5P5DA 5P7HA 4B0QA 2WEDA 4YOBA 3NU3A 4K8SA 4LXMA 5OZ1A 2WKZA 4DJOA 3GI6A 1GNOA 4F73A 5IVRA 4R93A 4CPTA 5P66A 1IZEA 5P7GA 1HTGA 5CLMA 4Y4GA 2Q55A 4YD7A 5P7OA 4X2LA 5P1RA 5P7BA 4FAEA 3UDPA 5KOSA 5P6HA 5P1AA 4Q1NA 4PZWA 3MSLA 3L5EA 1BILA 4D89A 3ZKGA 2RENA 4OBZA 3OXCA 4J1EA 3EL5A 4MC1A 4RVIA 4YD5A 5C9FA 5P17A 5P4OA 2QHYA 3CKPA 4H3FA 1FIVA 1T3RA 3HD8A 1PPME 5P02A 1YTJA 5P33A 3OQAA 2WEZA 3VSXA 4ZIPA 3WSJA 2SAMA 4Y4TA 4LXAA 2VJ9A 5OZQA 2Q5KA 5P2RA 2ZJHA 5DR3A 5P48A 2Q11A 1LZQA 2I4VA 5P2KA 4ZSRA 1HXBA 3R4BA 5JFPA 2BBBA 1XL2A 1HSGA 3DK1A 5P8JA 3S53A 1FF0C 5DR8A 5P60A 2OAHA 5IE1A 3ZKIA 3VYDA 2F8GA 2NXMA 4Z4XA 2JXRA 1B5FB 4XX4A 5P7QA 3ZKQA 5I3VA 5P1KA 3S7MA 1SIPA 4Y3SA 4I0ZA 2B7ZA 3OOZA 4Q1YA 4Y35A 5P8PA 2ZGAA 2I4DA 3PI5A 5P1BA 2Q15A 4M8XA 3EL0A 2R9BA 2ER9E 4QJ9A 2R8NA 2AZCA 2OF0A 2OHTA 5F01A 5P0RA 3LHGA 3TOFA 5HVPA 5P0JA 1GVVA 1OEWA 1B6PA 2WJOA 1SDVA 3URLA 3SKFA 1LF4A 2H6SA 5HE5A 5P04A 4FLGA 1UH8A 3KN0A 1TZSA 4Y3MA 2UY0A 4QJ8A 2QI7A 5P6QA 4Y3FA 2WF4A 2WHHA 3AIDA 2V00A 3OQKA 1PPLE 4Y44A 2IRZA 3OY4A 4ER1E 5P5SA 3ER3E 2R3WA 5AGZA 1B6KA 3LIQA 3FNTA 4Y3GA 1BWAA 1SP5A 4MC6A 4LHHA 4K4PA 3PVKA 4I11A 5P7RA 1ZPAA 2NMYA 3GI0A 4R92A 3T3CA 5HCOA 2QAKA 5P23A 5JFUA 2HIZA 4Y5EA 5OYVA 4B77A 1KJFA 4ZSQA 4HE9A 5P6SA 1M0BA 5P3BA 2G27A 5P1NA 4CPXA 1DW6C 4U8WA 4JOOA 5HD0A 4Y3QA 1B11A 1LYAB 2OHSA 4FAFA 4FGXA 5OZCA 4EJDA 5P0NA 1TSQA 3GGXA 5P6EA 4ACXA 2AQUA 1LF3A 4TRWA 4APEA 5OZ3A 3IXOA 4Z50A 2O4SA 1KJ4A 5P5AA 3LIZA 3EL9A 4FM7A 2VJ7A 3CKTA 5C9BA 5AH6A 1MPPA 5P2MA 5P3RA 1VIJA 5P5KA 2ER0E 5DR1A 1BV9A 2WECA 5P6IA 4Y3LA 4Y5GA 5P8KA 2IQGA 4JPEA 5P34A 2B8LA 4GYEA 3KDCA 4Y3RA 5P2WA 3UHLA 3QIHA 2ZJKA 2G22A 4CPSA 1N49A 5P0PA 4GIDA 3H5BA 3OUDB 5P62A 1W6HA 3PCWA 2IS0A 5P3AA 5P13A 3INEA 3HVPA 3IN4A 3BUGA 4HDBA 2ZHSA 2Q64A 2QI0A 3PLLA 3S7LA 5P0CA 2G1YA 5P0QA 5P0AA 4Y5AA 1ODXA 1QBRA 4YOAA 5P45A 5P5VA 5P5PA 4J1FA 1PSOE 3INDA 5P78A 3NR6A 5DQ4A 3EKYA 4ZPGA 5P3LA 3O99A 5P8SA 1HPSA 2ZE1A 4Z22A 3PB5A 1FQ6A 1E81E 2A1EA 5P6KA 2CEJA 2F3EA 4Y9WA 4I8WA 2WEBA 2JYSA 3FX5A 4Q1WA 4BFDA 4EPJA 5P4ZA 2I0AA 5COKA 3K5FA 3HVGA 2G21A 1K6TA 1MSNA 1HIVA 5P24A 4DJXA 3FSMA 3CICA 1XN2A 2OHLA 1D4LA 5P8HA 3G70A 5P8MA 3OXVA 3H0BA 2AVOA 4QGIA 3GI4A 4OBZB 1EPME 5P0HA 3RTMA 1APVE 3GGAA 4I0FA 1META 3IAWA 4CP7A 4RCEA 1LF2A 2ER7E 4JP9A 5P1PA 5P6NA 5P3GA 2AVQA 2FMBA 5P6JA 4AMTA 4I1CA 1BVGA 2P3CA 5P4CA 1APWE 3PCZA 3PRSA 4GJAA 2G69A 3NLSA 1HVSA 3BC4A 5P5OA 2P8HA 4B1DA 1SMEA 3PSUA 4J0TA 3UCBA 5P16A 4Y53A 2FLEA 2Q63A 5P4PA 4Y4BA 2PSGA 5P0DA 3ZKNA 1B5FA 4JECA 1HVHA 5P7WA 4PYVA 3VYFA 2G1NA 4DQEA 2HC0A 3EL4A 1UPJA 4J1HA 4NPUA 4Y5MA 5P2JA 5KR0A 5P6LA 2QZLA 3NDUA 1YG9A 5KOQA 3VF7A 3OUCA 5P4RA 3CIDA 1TCXA 3IXKA 5P4DA 2FGVA 5P49A 3ER5E 1C70A 3PMUA 3TKGA 5DR0A 1MVPA 1PFZA 5P32A 5P4HA 3LIYA 4GB2A 1NPVA 1OEXA 4Q1XA 3LZUA 5OYXA 2ZJMA 5HDVA 2OHUA 4L6BA 3VFBA 3ZL7A 5OZYA 5P7XA 2QNQA 5P15A 4Y3DA 5JODA 1XE5A 1YTGA 5J25A 5P6MA 1HIHA 5P1JA 2RKFA 3SACA 1T6EX 2I4QA 3PSGA 4DQBA 3UQPA 4Y45A 3Q6YA 3ZOVA 3JVYA 3PJ6A 2PWCA 5EZXA 5P7IA 2UXZA 1HVCA 4WTUA 3TH9A 3ZKMA 2IL2A 5P1ZA 4RCFA 3GGVA 3U7SA 2F3KA 3K5DA 5P2UA 3KT2A 2QD6A 4Y3XA 3ZLQA 2Z54A 3APPA 5P5TA 1K6PA 1RPIA 4DJRA 1ENTE 5P7ZA 5P4UA 3TOGA 1D4JA 3QBHA 3PBDA 5P8TA 1LYAA 1XS7D 1HSIA 5F00A 2V12C 5P80A 4U7VA 2OHPA 3LPIA 3O9FA 4GJ9A 4YDGA 5P3VA 3KA2A 1QBSA 5P18A 5P88A 4N00A 3PI0A 4D8CA 3OGQA 2QHZA 4JPCA 4I0EA 1K2CA 1SDTA 1BDQA 5P4EA 1GNMA 2ZHRA 1QDMA 4COEA 2PQZA 4R91A 3OU4B 3BHEA 3IGBA 2QU2A 5HTZA 5KR1A 2NR6A 5HDXA 3QVCA 2NXDA 4QJ7A 3L5BA 5P2QA 5P7PA 5P3MA 5P8EA 5P8FA 5KQZA 5AHBA 5P74A 3PWRA 5BS4A 4Y3NA 5P1TA 3QROA 5KR8A 5P2LA 5OZSA 5P0ZA 3S8IA 2P3BB 5P7AA 2ZHUA 3K5CA 4IVTA 4Y4ZA 3DUYA 1EPPE 5OZ6A 5P46A 5P5QA 3OUBA 2WF2A 1T7IA 3KFRA 1LYWA 3NXEA 5P50A 3R1GB 5P5IA 4EQJA 4Y4AA 5AHAA 4BEKA 5P8IA 1SH9A 3CYWA 3G72A 5OZLA 3EKXA 1A8KA 1MESA 5P0VA 4I12A 2VNNA 3D20A 5P1CA 1FKNA 1KJ7A 4OBFA 5P44A 3VLAA 4RRNA 5P79A 3I7EA 1T6GA 5P26A 2RSPA 4GZFA 2ZYEA 5P3OA 3NWQA 4RROA 5BRYA 1SIVA 4LC7A 5P67A 4DUSA 1TCWA 3NUOA 2HPFA 1SGZA 1APUE 4CPRA 2I0DA 5OYYA 2VJ6A 3NYGA 3O9GA 4KE1A 4LAPA 3TL9A 2VA7A 2XFKA 1F34A 3HZCA 1MT8A 3FNSA 3OTYA 4OBJA 2VIYA 2APRA 1WBKA 3PLDA 4LXKA 5OZ5A 4M8YA 4RYGA 5P6RA 5SXNA 4DJPA 3CKRA 5P00A 3SABA 4HLAA 3PWWA 4U7QA 2AOHA 5P2SA 3IVIA 2B60A 3WZ7A 3PMYA 5P39A 1MTBA 3BVAA 4FM6A 1GVTA 1HTEA 8HVPA 3Q4BA 1EPNE 3BUFA 5I3XA 4Z2ZA 2JJIA 1KZKA 2ZJIA 4FCOA 5JG1A 5UPJA 2QK5A 1IIQA 4MC9A 4J0YA 5OYWA 1AAQA 5APRE 3KFNA 5P14A 5OZRA 2QP8A 3VV6A 3LNKA 2AVMA 3U6AA 3NU6A 5P4IA 5HDUA 5ER1E 2PH6A 5P6YA 2O4KA 4J5JA 3S45A 3ST5A 2FNTA 4GMIA 3HLOA 2AVSA 3SA9A 5P05A 1FEJC 5P83A 5OZIA 5P2FA 3KFPA 1EBWA 2A4FA 5P5XA 3M9FA 4UPJA 3MXEA 1G2KA 4OBHA 3I6OA 5P6CA 5P31A 5DQ1A 2R43A 4B1CA 3CMSA 5P2OA 5P36A 5P4KA 4EXHA 4FS4A 3LINA 4R95A 3KDDA 5P3TA 3PBZA 4Y5KA 5AH8A 3I25A 1D4YA 1NH0A 3DV5A 5P5RA 2PK6A 4FSLA 3D91A 2FDEA 4HEGA 5P6AA 4Y4XA 5P4WA 3URIA 4Y5PA 4F76A 3URJA 3B7VA 5P8GA 5P55A 5P6FA 3MXDA 1DPJA 1GKTA 5P7NA 3G6ZA 4HA5A 3KYRA 1EPLE 5KR2A 2JJJA 5OZOA 4YD6A 3PEPA 5C9DA 4A6CA 4I0GA 4J1CA 2QZKA 1BAIA 1U8GA 5P27A 3OAGA 4AUCA 3R0YA 5P3UA 3EBZA 1K2BA 2HB2A 3VG1A 2Q3KA 3TPRA 2G20A 3FKTA 1ME6A 2G1OA 4CPQA 3UDNA 5P3NA 4Y3ZA 1EAGA 1K6CA 5P0KA 4YE3A 5P84A 3L58A 5P8OA 2CENA 3WZ6A 2XFJA 4FRKA 1M4HA 4Y3TA 4FM8A 3L38A 4HDFA 4OBGA 1BDLA 3JW2A 1E80E 1MERA 6UPJA 3K5GA 3LPJA 1KJGA 5P7LA 5P7DA 3OU4A 1MSMA 3PSYA 2QMDA 5I70A 3SA8A 2V16C 4H3IA 3EKWA 4Y36A 3S54A 5HU0A 4WY1A 4DPIA 5P63A 5P3DA 3S85A 5P75A 5SZ9A 4L7HA 2NNPA 1IVQA 4KE0A 1A94A 2QNPA 1YM4A 2IENA 2P3BA 2FNSA 2HS1A 5P3JA 4E43A 4ZSMA 3UDKA 1EPQE 2VA5A 3O9DA 3GW5A 1LYWB 3INHA 1IZDA 4GJDA 1AJXA 2UPJA 3ZPSA 2QI6A 3FIVA 2O4PA 1YT9A 3D3TA 3NU4A 3HAUA 1HPOA 2XYEA 2PSVA 3QI1A 1HVJA 2CEMA 5HCTA 2ASIA 3IA9A 4Y48A 5P0SA 4I0IA 1CMSA 4DJYA 1GNNA 3ZKSA 2HM1A 5CONA 1EBYA 5P7CA 1TW7A 1MUIA 3HBOA 3RVIA 5P76A 4BELA 2EWYA 1OHRA 2VNMA 2WF1A 2VS2A 4PEPA 2BKTA 5P5NA 5P2CA 3IXJA 1CZIE 4Y39A 4IVSA 1W5YA 5P2YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H1E A;  5P54 A;  5ENK A;  1PRO A;  3QRM A;  4Y43 A;  3EKP A;  1EBZ A;  2NNK A;  2ZHV A;  4FRJ A;  3QBF A;  2AOG A;  5P0U A;  4FRI A;  5P1V A;  1GVW A;  2VA6 A;  3DM6 A;  4DQG A;  3WB4 A;  1AZ5 A;  2O4N A;  2G1R A;  5P6U A;  3NWX A;  3DOX A;  4DQF A;  5OZN A;  3ZKX A;  2QHC A;  5P30 A;  4Y3H A;  1HPV A;  3D1Y A;  5P85 A;  3NDX A;  3TNE A;  1MRW A;  4XXS A;  5P3W A;  5P2G A;  5P7K A;  3NU9 A;  3RTH A;  1EC2 A;  2VKM A;  1PPK E;  2QMF A;  3L5C A;  5P22 A;  5P53 A;  1XDH A;  5P5B A;  2BB9 A;  4GJ5 A;  1FFF C;  5P3C A;  5P5E A;  2HB3 A;  3DV1 A;  1ZP8 A;  5E5J A;  4Y3W A;  1A9M A;  3OWN A;  3ZPT A;  5P5M A;  2OHN A;  1NSO A;  4ZSP A;  4Y56 A;  3S56 A;  3UFN A;  1HEG E;  2I4X A;  5P1M A;  1GVX A;  1IDB A;  3UDR A;  5P7S A;  3VV7 A;  5P6Z A;  3HAW A;  5P1D A;  4CPU A;  3UF3 A;  2AOE A;  3OGP A;  3MWS A;  5HU1 A;  4ZPE A;  1FLH A;  3VYE A;  4R5N A;  3EXO A;  1CPI A;  1B6J A;  1HWR A;  1AID A;  1BVE A;  4ZE6 A;  3I8W A;  2R3T A;  5P2D A;  5P12 A;  4H3G A;  4ER2 E;  1HII A;  5P3H A;  5OZU A;  3N4L A;  3BVB A;  1BBS A;  1D4H A;  1FQX A;  5P56 A;  5P2B A;  3TPP A;  4GJC A;  3EM4 A;  1BIM A;  3N3I A;  3UPJ A;  4AA8 A;  4Y50 A;  2AID A;  4OC6 A;  3OU1 B;  1SMR A;  2MIP A;  5IVT A;  5P6X A;  2OHQ A;  5P10 A;  4QJ6 A;  9HVP A;  1VIK A;  1YM2 A;  3L5D A;  1ER8 E;  5P73 A;  3HDK A;  3T6I A;  3K1W A;  2AVV A;  5P2H A;  5DQ2 A;  2IGY A;  4PPH A;  3NXN A;  3T7X A;  2BPZ A;  1W51 A;  2BQV A;  5P0F A;  4YHQ A;  5OZ0 A;  5P1Y A;  1FQ5 A;  4EXG A;  2ZJN A;  5P2I A;  4L7J A;  4RLD A;  1MRX A;  3SA5 A;  4FRS A;  5P68 A;  4DVF A;  4J17 A;  3UDM A;  4B78 A;  3RTN A;  3I2L A;  3OUD A;  5DGU A;  5P03 A;  5P4F A;  4TVH A;  5OZ2 A;  1IDA A;  1DP5 A;  3QP0 A;  4YCK A;  1GVU A;  5BWY A;  5ENM A;  2V11 C;  5P37 A;  5P5C A;  5P0I A;  2BPY A;  4Y6M A;  5P0L A;  4NJV A;  4EP3 A;  4ZEA A;  5P5U A;  1Z1H A;  1D4I A;  3QN8 A;  5COP A;  1BV7 A;  5P69 A;  1W5X A;  5DQ5 A;  2BPX A;  5P20 A;  4Q5M A;  1DAZ C;  2NPH A;  4XX3 A;  1ZLF A;  5P1U A;  5P87 A;  2QI3 A;  3T7P A;  5SY3 A;  3UFL A;  1C6Y A;  2VIE A;  5E5K A;  5P0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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