3IAWA

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [gly51;aib51']hiv-1 protease molecule complexed with mvt-101 reduced isostere inhibitor at 1.6 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [Gly51;Aib51'] 'covalent dimer' HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 43
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3iawA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3iawA02
4U7VA 3TPLA 5P8QA 4QJAA 5P5VA 1E81E 4FE6A 5P6JA 5P5KA 1LS5A 1HBVA 4E43A 4XKXA 4PYVA 4YBFA 5P0UA 5P75A 4TVGA 4Y5EA 3EMYA 4LAPA 5KQZA 1MESA 4K9HA 1SGZA 4Y3FA 1YX9A 5OYZA 1SH9A 3DCKA 1MERA 4DFGA 1PROA 3L5CA 1FIVA 3LPKA 5P7VA 2IQGA 3GI4A 3S2OA 1QBUA 5P14A 2QMPA 3MSLA 3OOZA 5P61A 3EKWA 4FL8A 5P4SA 2QHCA 4COEA 2ZHSA 4Y9WA 4A4QA 5P8BA 5P8JA 1PPME 4KE0A 3GGAA 3FNSA 1GKTA 5P88A 3CMSA 4K4RA 5P0BA 2BKTA 5OYTA 3I25A 3VV8A 1SDVA 2ZGAA 4I0HA 5OZOA 3TKGA 1ODYA 5P2OA 5P6NA 2HB2A 3ST5A 3CKRA 2B7ZA 1D4YA 5P4HA 1AXAA 1G35A 2QHYA 2OHLA 2WF1A 4TVHA 1JLDA 5P84A 4DI2A 3AIDA 3L5FA 5P8EA 4U8WA 3URLA 1LEEA 3KFRA 5HCTA 5P3BA 4Y3HA 2ZJLA 4Y4BA 1W5WA 3APRE 2G69A 1WKRA 4ZSMA 2I1AA 1CZIE 1BV7A 1SDUA 2QD8A 2RSPA 1HVIA 5P38A 1FMXA 4Y58A 4DQGA 1META 5E5KA 4J0TA 1B6LA 5OZ7A 4Y4GA 4YDGA 5P04A 5P7AA 4I0FA 4UPJA 1APUE 1D4KA 2P8HA 3TOGA 5P4DA 3RU1A 5P48A 5OZFA 1EPOE 4J1FA 1Z8CA 1CMSA 2XFKA 4Y3DA 1RNEA 1XN2A 4DQBA 4DUSA 3PI0A 2IKOA 5P55A 1YTJA 3NLSA 4I0GA 1LZQA 2FDPA 5P8OA 2JXRA 2O4SA 4DQEA 3KF0A 3LPIA 5P74A 4ZPGA 6APRE 3U7SA 5OZ1A 4D88A 1HRNA 5FIVA 4TRZA 1FQ4A 3LIZA 3PBDA 5P0LA 5P2NA 5HDUA 5P7WA 2PWCA 1EC1A 5P0YA 5P0TA 1EC2A 1NSOA 4ZEAA 1CPIA 1APVE 5P4EA 5P69A 3PBZA 4RVIA 4DVFA 3TTPA 4Y3XA 4HLAA 5P2BA 2V10C 5P8RA 1XN3A 4EJDA 2NNPA 5OZLA 5ENKA 2Z4OA 3NWXA 4YD3A 3DV1A 4XXSA 4RROA 1G2KA 1B6KA 3N3IA 3PCWA 2FIVA 5P1QA 4Y41A 5KAOA 1C6ZA 2JJIA 1ZTZA 2I4WA 4GJ5A 4YA8A 4Y36A 1IDAA 1HSHA 4Y3JA 3LIXA 5P6KA 4Z2ZA 2OF0A 3IVHA 3PMUA 5P17A 4YE3A 4Y3LA 4EPJA 1HTFA 3CIDA 2I4VA 5P15A 2CEJA 1W6IA 4BFDA 1IBQA 5P19A 1A8KA 3QVCA 2PSUA 4J0VA 3PLLA 5P7LA 5P86A 3LZYA 3BGCA 4EP2A 5OZSA 1EPLE 3VYDA 1TW7A 5P4ZA 5P32A 1M0BA 5P6SA 2QP8A 1LYWA 5ER2E 2FLEA 1HSGA 1FMUA 1HVHA 5COOA 4FM6A 3NYGA 5DQ1A 1W6HA 5IS4A 3UDQA 1ENTE 5JG1A 2R5PA 1MEUA 2O40A 4I0JA 4YD6A 1MT9A 2ZDZA 4NJSA 3UDMA 5OZPA 3OADA 3RTNA 1HEGE 5P2IA 4EP3A 5JODA 1NPWA 4H1EA 5P1OA 5P7KA 4YOAA 3OXXA 5P7FA 4IVTA 5P0WA 4DJQA 5P05A 3QI1A 2WF4A 5P12A 4JPEA 6UPJA 3SA8A 2IEOA 1MSMA 5P7PA 2I4XA 4B78A 2NPHA 3RSXA 3PVKA 2AOGA 4M8XA 1NPAA 3Q3TA 5P1NA 3PM4A 1ZLFA 3APPA 3NR6A 4EWOA 4Y3GA 5P49A 5P2CA 3VYEA 1TCXA 3T7QA 5CLMA 5KR8A 2R3WA 5P2RA 3IN4A 5I3XA 5P1IA 5P7UA 5OZ5A 5C9BA 4GIDA 3OQAA 5P57A 2I0DA 3G72A 3D3TA 2F80A 3UDJA 3I6OA 4GYEA 5P0DA 4D83A 2O4NA 3C9XA 3NU9A 4LXMA 4FSLA 3PHVA 1IIQA 1EEDP 5OZBA 4Q1XA 5P2AA 2NMZA 3RTMA 3EL0A 1J71A 4Y5LA 2AOHA 2QI1A 5HE5A 4NKKA 1BAIA 1EPME 5P1VA 4A6CA 3URIA 5P4AA 3VUCA 3PSYA 2V16C 4B1EA 2R43A 1HSIA 1FFIC 4H3GA 3LINA 3MSJA 5P52A 2AZBA 2V0ZC 5P73A 4EYRA 4RRNA 5OYXA 1QBRA 4GJ8A 2R3TA 1BDRA 2HC0A 1QBSA 2AZ8A 4NJVA 4IVSA 4XX4A 4DJWA 3O9BA 3T11A 1FQ6A 3PB5A 5C9FA 2B8VA 5P3LA 5P42A 3MSKA 2QZWA 5P2HA 4Q5MA 4Y3WA 5P1XA 4EHCA 4Q1YA 5P7MA 5P5MA 4DJYA 5AH8A 3OXCA 3Q5HA 1IZHA 4Y5MA 5P6VA 4YCYA 1DIFA 5J25A 1YM4A 4R5NA 4Z4XA 3EL9A 3TOHA 5P2FA 5P4IA 5P4UA 1PPLE 2G1RA 4DJRA 3JVYA 4GB2A 4WTUA 1HPXA 5P4JA 1C6XA 5P2ZA 1W5VA 3KMXA 2PH8A 3VV7A 1LYAB 4WY1A 4FRJA 2AZCA 4I0ZA 1PSNA 4FAFA 1B6JA 5P7XA 3G70A 5P35A 1LYAA 1ZSFA 1YG9A 5P85A 5P8NA 3BVBA 2J9JB 3HD8A 3TPJA 4J1CA 4LXAA 3TNEA 4Y45A 5P5HA 5P6AA 4DQFA 2J9JA 5P2GA 1XL5A 1T7IA 5B18A 3CKTA 3QROA 5OYUA 1XE5A 2AVOA 3M9FA 5P66A 5P3WA 2Q5KA 3D1YA 4I8ZA 1RPIA 3R2FA 4J1EA 2V00A 1HHPA 1ODWA 4I12A 5UPJA 1OEWA 2OHKA 4ER2E 4B1CA 1AJVA 5OZGA 3HDKA 5KR1A 5P7CA 5P7IA 3IGBA 4Y6MA 5OYRA 4Y3QA 3TLHA 4Y4DA 5TOLA 4L7JA 3VSXA 2FMBA 2FGUA 4B00A 2IL2A 1BDQA 2UXZA 3LITA 2QAKA 3HVGA 5P1RA 1NPVA 2I4UA 4HZTA 4CP7A 3OAGB 5P43A 4DJPA 3GGXA 3OK9A 7UPJA 3I8WA 5P3RA 5AH6A 1ZP8A 5HE7A 3L5DA 3OAGA 5P2KA 3CIBA 1FF0C 5F01A 1PSOE 3ER5E 5P3NA 5P00A 3F9QA 5HVPA 2P3AA 3SM2A 3TKWA 4MC2A 1BVGA 5P5XA 5P1DA 2RKGA 3MWSA 1HOSA 4TRYA 2NXLA 1APTE 5P5BA 5P5JA 5P7TA 2ZHVA 4DJOA 2R9BA 3HAUA 3OQFA 5SXNA 4OBDA 3O9EA 4Z22A 5P87A 4GJBA 2AZ9A 3S45A 5OYYA 5P79A 3NDTA 3FKTA 1C6YA 4FRIA 4R91A 1MT7A 3SA6A 3BRAA 3K4VA 3SA3A 5P6HA 1AZ5A 5P8IA 4L6BA 3QRVA 2BPWA 5P4TA 5COPA 2PWRA 4EQJA 5P3TA 2QI0A 3KM4A 2PK5A 5P2EA 4GJAA 4AA9A 4YD5A 4EXHA 4DQHA 2ZJJA 2A4FA 2FGVA 5P4VA 4PEPA 3QPJA 4DQCA 2H6SA 1GVVA 5P4CA 4Y3EA 3O9DA 4CPQA 2QZXA 1T3RA 2WJOA 1OEXA 3NU3A 4MC6A 5P4WA 1D4HA 4J1IA 2QMDA 5BWYA 4QJ2A 3SABA 5P4OA 2B8LA 4Y4EA 2G24A 5P0PA 4FCOA 5P6FA 1M43A 4M8YA 5P39A 5HCOA 1EPQE 1ME6A 5P6RA 4Y5AA 3L3AA 3BUGA 4YDFA 5P7GA 1BBSA 5OZYA 5P29A 2HS1A 4YCKA 4GJ6A 2G1YA 1MTBA 1FEJC 2NXDA 1GNMA 2ZE1A 2RMPA 2OHNA 2VA6A 3RTHA 3LPJA 3INHA 3JVWA 4NJUA 3K5FA 4MC1A 4LL3A 4RVJA 3LZVA 4Y5PA 1AAQA 2VIYA 1PSAA 2OHTA 3CYWA 2HAHA 3BXRA 3EKYA 2Q3KA 4OBKA 2Q64A 2G22A 4PHVA 4Y5GA 5OYWA 1GNNA 5P0JA 5P50A 4DJXA 1YTHA 5P6ZA 3QP0A 3K5GA 3EC0A 4BEKA 1MPPA 5P2TA 3UHLA 2I0AA 2AOIA 2F8GA 3GI6A 5P6GA 2V12C 3PWRA 5P0FA 3SPKA 5P72A 5F00A 3WZ8A 1TSQA 4H3FA 5P3ZA 5P0NA 3KN0A 2WL0A 4J0YA 5P2QA 4LBTA 5P16A 2Q55A 5P5IA 3O9FA 2Q63A 3UF3A 3QS1A 5P3IA 2P3DA 2AOCA 1AVFA 5P8HA 1K1TA 9HVPA 4Y3NA 1FKNA 2ANLA 3HBOA 2G21A 5C9DA 2PSVA 4Y47A 4QJ9A 5OYSA 1GVXA 5P06A 4CPSA 2AVQA 4Y4ZA 2AVMA 5P25A 3UPJA 1HXWA 5P0GA 4ZLSA 1HTGA 5P2DA 4EXGA 1QRPE 5P2YA 4Y39A 2NR6A 3NUOA 4Y50A 2QI3A 3NSHA 1TZSA 2OHQA 5P2JA 4PPHA 3QIHA 4F73A 4RCDA 2IENA 3R4BA 4J55A 5DQCA 5AH7A 1K6TA 3PJ6A 5P30A 3KFSA 3JW2A 5IVQA 3PWMA 5P7RA 3EM3A 3AUPA 4OBGA 4AA8A 4YHQA 2AQUA 5OZCA 4H3JA 5P4KA 5SZ9A 1DW6C 4HE9A 2VJ6A 3I2LA 3O9IA 3EKPA 5P2MA 1KJGA 2WF0A 4B1DA 5P4GA 3NDWA 3WZ6A 4JECA 2BBBA 3SO9A 5P4QA 5P5DA 3UFNA 4HDFA 2RENA 5HDXA 5P3MA 1EBWA 2PMAA 5DR4A 4ACXA 1RQ9A 2P3CA 1QDMA 4GJ7A 3EM4A 4YD4A 1PPKE 2ZHTA 4RYGA 5OZZA 5P4LA 2HB3A 1SIPA 1BXQA 2ER9E 2ER0E 3QRMA 4RCFA 5AHBA 5P18A 3ZPUA 1G6LA 3UDRA 1K2CA 3FV3A 2ER7E 2WHHA 3H0BA 5P6MA 3VFBA 4CPWA 1HWRA 1XL2A 1LF3A 1HEFE 4I0DA 1K2BA 2V13A 1IDBA 4GJDA 2ER6E 5P0HA 5OZUA 1KJ4A 3L58A 1LF2A 4OBFA 3CYXA 3SKFA 4JOOA 3OXVA 3DV5A 5I3WA 5OZTA 3Q4BA 5P82A 2ASIA 5P6IA 1D4SA 4Y4XA 5P24A 3LIYA 1K6PA 3S43B 2BQVA 2HIZA 5BRYA 3S43A 2ZHUA 1MIQA 1B5FB 5P8VA 3S7LA 4CPRA 3SA5A 5P0ZA 3OU3A 5P56A 5P0QA 4Y48A 1B5FA 3OHFA 4CPXA 2IS0A 3BHEA 1K6VA 5P23A 5JFUA 2FS4A 3UCBA 1IVPA 5P80A 1HPSA 1XE6A 2BPVA 3UDKA 4NPTA 2FNSA 1HPOA 5DR0A 5P0CA 5P7DA 5P2UA 4Y4JA 5P1FA 5P7HA 1D4LA 5P65A 2QNPA 2G1NA 3ZKGA 1HIHA 3OUCA 2PYMA 2Q54A 5OZ9A 1N49A 3GW5A 2VNNA 3A2OA 4XX3A 2G1OA 1OD1A 2VA5A 4KB9A 3INDA 3D1ZA 5DQ4A 1MTRA 3DK1A 4J1KA 5P0IA 5P59A 1SMEA 2AIDA 2QZLA 5P8MA 1T7JA 1A30A 1YTGA 3R0YA 5OZ6A 1AM5A 3QAAA 3ER3E 3L59A 3ZKIA 3SA9A 2ZJNA 3OTYA 3K5CA 4I8WA 1EBYA 4WY6A 1FB7A 4HA5A 4DJVA 2WKZA 5P6WA 4Y4TA 5P27A 1HVLA 3Q6YA 3OY4A 5P1AA 2PH6A 4Y3PA 2WEZA 1T6EX 3ZKSA 5P8PA 3VF3A 2B7FA 1SDTA 5P47A 1HXBA 1Z1HA 5P0RA 5P2WA 5P6DA 1WBKA 1KJHA 1D4JA 4FM8A 3WB4A 5P8LA 4JP9A 4Y43A 5IVSA 4FRSA 4Y51A 3EL4A 4Z50A 4EJLA 3SAAA 3VV6A 1HPVA 3EKXA 2EWYA 3SFCA 2G20A 4OBZB 4ER4E 4B77A 5P4PA 3FNUA 1Q9PA 2XYEA 5P36A 1FMBA 5P8AA 4OBZA 2IGXA 1XDHA 2WF3A 3S53A 3I7EA 4Y35A 5P62A 5P8FA 5HD0A 4Y44A 3MXEA 3VCMA 5P2LA 3SLZA 2VIEA 5P4RA 3UDNA 4PZXA 4B70A 2H6TA 5JFPA 3BGBA 1GVUA 5I3VA 3MXDA 3QBHA 3OQDA 1B6MA 5P5NA 3TL9A 1HVRA 5P3XA 3NDXA 4CKUA 5P1HA 2OHSA 5P1LA 3OUAA 2VA7A 5KOSA 1K6CA 5OYVA 8HVPA 1BWBA 4FLGA 5P5PA 2OHMA 3BUHA 1Z1RA 2AVSA 4YCTA 2IRZA 5P10A 4NPUA 4R95A 2ZJKA 4ZSRA 2O4KA 2WEDA 1W5XA 4K8SA 5P5CA 5P60A 5KR0A 4S1GA 5OZ3A 3ZKNA 3NWQA 5P03A 1ZPKA 2O4PA 5P3SA 3D91A 2V11C 1KJFA 4Q1NA 4QGIA 1IZEA 3UDYA 3IVIA 1FFFC 5P1WA 3OQ7A 5P81A 3U71A 4Y56A 4HEGA 1DMPA 5DR1A 5P3UA 4FAEA 1ODXA 1HTRB 2G1SA 3OTSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U7V A;  3TPL A;  5P8Q A;  4QJA A;  5P5V A;  1E81 E;  4FE6 A;  5P6J A;  5P5K A;  1LS5 A;  1HBV A;  4E43 A;  4XKX A;  4PYV A;  4YBF A;  5P0U A;  5P75 A;  4TVG A;  4Y5E A;  3EMY A;  4LAP A;  5KQZ A;  1MES A;  4K9H A;  1SGZ A;  4Y3F A;  1YX9 A;  5OYZ A;  1SH9 A;  3DCK A;  1MER A;  4DFG A;  1PRO A;  3L5C A;  1FIV A;  3LPK A;  5P7V A;  2IQG A;  3GI4 A;  3S2O A;  1QBU A;  5P14 A;  2QMP A;  3MSL A;  3OOZ A;  5P61 A;  3EKW A;  4FL8 A;  5P4S A;  2QHC A;  4COE A;  2ZHS A;  4Y9W A;  4A4Q A;  5P8B A;  5P8J A;  1PPM E;  4KE0 A;  3GGA A;  3FNS A;  1GKT A;  5P88 A;  3CMS A;  4K4R A;  5P0B A;  2BKT A;  5OYT A;  3I25 A;  3VV8 A;  1SDV A;  2ZGA A;  4I0H A;  5OZO A;  3TKG A;  1ODY A;  5P2O A;  5P6N A;  2HB2 A;  3ST5 A;  3CKR A;  2B7Z A;  1D4Y A;  5P4H A;  1AXA A;  1G35 A;  2QHY A;  2OHL A;  2WF1 A;  4TVH A;  1JLD A;  5P84 A;  4DI2 A;  3AID A;  3L5F A;  5P8E A;  4U8W A;  3URL A;  1LEE A;  3KFR A;  5HCT A;  5P3B A;  4Y3H A;  2ZJL A;  4Y4B A;  1W5W A;  3APR E;  2G69 A;  1WKR A;  4ZSM A;  2I1A A;  1CZI E;  1BV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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