3IGBA

Bace-1 with compound 3
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
388
structure length
369
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Aminoimidazoles as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 369
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3igbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3igbA02
4Y38A 3N3IA 5P7KA 5P29A 4RGHA 4DQGA 1J71A 5AHCA 5SY3A 3Q3TA 5P82A 3R2FA 5P4JA 1EBYA 5P51A 5P27A 3APRE 4DQCA 4RVIA 4MC6A 2V11C 5P8AA 4I8WA 3LZVA 3IN3A 3PCWA 4R5NA 2VA6A 4FS4A 1MEUA 2VJ9A 1KJGA 4JPEA 1NPWA 4ER2E 1A8GA 5P37A 4TVGA 3ZKNA 4F74A 4Y3AA 5P8RA 5P5IA 2JE4A 5E5JA 4DJOA 3EL5A 5SZ9A 1YT9A 5P41A 4OBZB 4Y48A 8HVPA 4XXSA 4FL8A 2P3AA 3VG1A 2PQZA 5P18A 5P1RA 4COEA 4CPXA 1SDTA 2BQVA 1CZIE 3KMYA 2ZJNA 5HCTA 4Q5MA 2B7ZA 2BPYA 1BVGA 1GVWA 1SIPA 2FS4A 3K1WA 5P84A 5P6QA 3PGIA 1T7KA 2P3BB 4LAPA 3L5BA 5P1ZA 5KOQA 4Y39A 5ISKA 3B7VA 1E5OE 3SA6A 1U8GA 5P3SA 4GJDA 5KOSA 4Y3QA 1K6PA 1LYWB 1YX9A 5P7DA 4HE9A 3LPJA 5P58A 3U71A 1SH9A 3R1GB 4U7QA 3UFLA 3MSJA 5P8KA 2UXZA 5P6SA 5P16A 4GJ7A 4HDBA 4EP3A 5P0AA 1FMUA 2QD6A 1XL5A 4YD5A 1W5YA 1PSAA 2QU2A 2WF4A 3TPJA 3VEUA 4RRNA 5P5RA 1LF4A 4GB2A 5P8HA 5C9FA 2ZDZA 3RTMA 5P56A 4Y5NA 1FEJC 5P7BA 5IS4A 1CPIA 4PZXA 4OBDA 3JW2A 2R9BA 1MERA 5P0NA 5DR4A 1BIMA 3EL0A 3GI0A 3OQFA 5P1NA 2QI5A 1AIDA 4Y3FA 4WY6A 2Q15A 4AMTA 2ZHTA 1K1TA 4ZPEA 5ENKA 3UDMA 4Y9WA 3INHA 5P0IA 4FAEA 1HXWA 5P5KA 5P07A 4Y5GA 5OYZA 1YTHA 1BV7A 2FMBA 3OUDB 4FAFA 1TW7A 4R91A 5P1IA 2BKTA 4CP7A 3S2OA 5P5HA 5P1MA 5P5UA 2O4SA 1AM5A 3BC4A 1YTGA 5P2MA 5P1UA 3U6AA 5OZ8A 2V16C 4KUPA 3VV7A 2APRA 4OC6B 1B6PA 1W51A 1E82E 4PEPA 3WZ6A 1NH0A 4DQBA 3TOGA 5OZZA 2AOGA 2ZHUA 3PM4A 3I25A 4ACXA 5IVTA 2P8HA 1ODYA 5P5QA 3OOTA 2FDEA 3SA5A 5P2UA 3KFNA 2NXDA 5OZPA 1ZSRA 5P3EA 3MWSA 4YA8A 4DJYA 2VKMA 3MXEA 1LV1A 1HIHA 3OTYA 3SABA 3ZMGA 5HU1A 4Q1NA 3D1ZA 2I0AA 4DQEA 2HB3A 4Y3ZA 5P8NA 5P8FA 3A2OA 2OHMA 4GJAA 5P0BA 4WY1A 4RZ1A 5P61A 3SKGA 3S56A 1AXAA 4B05A 3IA9A 4J1EA 5IVRA 1C6XA 1HHPA 5P68A 5HD0A 1BDRA 1BDLA 5P8DA 3O9HA 4I0IA 3R4BA 2VIJA 5P6KA 5OZMA 3QP0A 1W6IA 4Y4AA 5P4UA 1C6YA 5P13A 3QBFA 5KR2A 2WF2A 3QAAA 1KZKA 1HSHA 3NDXA 3I6OA 5P1VA 2Q63A 3SM2A 2IKUA 1TSUA 5OYYA 3T7QA 3TPLA 4NJUA 4DUSA 3OOZA 1AAQA 4K4QA 3SA9A 5AHAA 5P81A 4DVFA 4Y5PA 1ME6A 2HPEA 2O4KA 5P62A 4NJSA 5P7PA 3O9LB 1HPSA 4Y56A 2P4JA 3C9XA 3IGBA 5JG1A 2AVQA 4L1AA 3OADB 2NXLA 4Y4DA 5P0HA 5P2RA 5P2BA 3FX5A 3VLBA 5P0TA 2FNTA 2PSVA 4Y4XA 3PWMA 5P79A 7UPJA 5P15A 1OEWA 3DV1A 4QGIA 1PSNA 3MSKA 3HD8A 5P2VA 4Z2ZA 1HIVA 5IE1A 5F00A 2ASIA 3PSYA 5P6CA 2QZLA 4Y5LA 3IVIA 1AJVA 3GI6A 5E5KA 2CEMA 1XN3A 3S45A 4Y47A 2BPVA 1WKRA 4DH6A 5COKA 1GVVA 3L5DA 3KT2A 1E81E 7HVPA 5OZ1A 1AZ5A 3O9CA 4EPJA 1PPKE 4J1CA 5P8BA 4OD9B 1D4IA 2AOHA 5JODA 4F76A 3INDA 3NWXA 2O4NA 1GVTA 5P6OA 5JFUA 2G1OA 3BXRA 5P0KA 1LYAB 2J9JB 5P49A 1YTJA 2ZJMA 3BUGA 3NLSA 2IGYA 5P88A 3K4VC 2ZJLA 5P5WA 4N00A 5P11A 3LZYA 3EKPA 1GKTA 3OU4A 3KT5A 3VSWA 4RCFA 1FG8C 5HTZA 2QZKA 1HTFA 2JYSA 5KAOA 4YD3A 4FRIA 5OZJA 2UPJA 2XFIA 5P0EA 3QBHA 1HTGA 4Y43A 4HA5A 5HDZA 2IQGA 3ER3E 3FNSA 5P53A 5P05A 3ZKXA 5P6EA 5P6ZA 4FM8A 3GW5A 4GYEA 3IXOA 5P3TA 2IGXA 2PSGA 2QMPA 3O9FA 4YD6A 4NJVA 2AZ8A 4HDFA 1ZTZA 2ER9E 3OAGB 4LP9A 5P5YA 5P0OA 4LL3A 4Y4ZA 4UPJA 5OZVA 4Y35A 3OXCA 1BAIA 2OAHA 4CPUA 4R92A 2G1YA 5P09A 4YCYA 3KFPA 5P19A 5P3MA 5DR3A 3TTPA 5P6MA 4YOAA 5P03A 1HVIA 4JP9A 5P3BA 5BRYA 3K4VA 2V10C 3FNUA 3OXVA 4L6BA 1BXQA 3L3AA 4Y4GA 2R5QA 5OZ2A 1HSGA 5OZXA 5P25A 3PWRA 1EC3A 3BVAA 4FGXA 3ZPSA 2ZE1A 3O9AA 3O9DA 3VCMA 4E43A 5P0RA 1BILA 4X2LA 1MESA 1UPJA 3OHHA 3PJ6A 3QS1A 3OHFA 5OZIA 1SP5A 5OZAA 3SA8A 4PPHA 5P2TA 1FKNA 5P77A 3UDHA 5P8MA 3VV8A 3UDQA 3GI4A 1ZSFA 5P1BA 5P6TA 5P7JA 4HLAA 4F75A 3RTNA 5HU0A 2FGUA 2H6SA 2IENA 4F73A 2IEOA 2RKGA 3SA7A 1T6GA 5OYRA 1DMPA 5P78A 4PYVA 3IAWA 5OYWA 5P47A 1QBSA 1K1UA 3QVCA 2B60A 2ZGAA 3ER5E 3PRSA 4YD4A 5P6JA 1G2KA 3BUHA 3QRMA 3GGUA 2QI0A 2VJ6A 5P8UA 3INFA 5OZFA 2WEBA 1FLHA 4EQ0A 1HEGE 2VNMA 4AA9A 1APWE 2R38A 4XKXA 2I4DA 3PI0A 5P6XA 3WB5A 2ER6E 4OBGA 1SGUA 5P5ZA 1RL8A 3SM1A 3SO9A 5P7IA 1D4SA 1B11A 5P3CA 4YBIA 4M8XA 4K8SA 5OZNA 3TNEA 3UDKA 5P0MA 5OZLA 5C9DA 5P12A 5P5VA 5OZCA 5P4OA 4YHQA 3G6ZA 3O9BA 2BJUA 5P2EA 4Y3GA 5OZWA 4FSLA 3PLLA 2AVVA 5P2KA 4DJRA 3O9IA 3MSLA 1A8KA 4J1HA 5P5PA 2V00A 2QI1A 5P2AA 5P3XA 3EKTA 1MT9A 2G26A 2QK5A 5P36A 3DUYA 5FIVA 3KDBA 3UQXA 2AOEA 4Y3HA 4GIDA 4HDPA 1XN2A 2QI7A 1F7AA 4Y6MA 3Q5HA 2PYNA 1EC2A 2G1SA 3VUCA 5KQZA 2OHNA 4Y3RA 3VLAA 1XL2A 2BPXA 4CKUA 2G22A 1FF0C 3UQWA 5P06A 5P3QA 3I2LA 5TOLA 4RLDA 3VFBA 5P69A 3PWWA 3NUJA 3UF3A 1B5FA 3EL1A 1XS7D 5P8JA 4K9HA 1UH8A 4TRZA 3UPJA 5P3YA 4U7VA 4A4QA 3HDKA 3CMSA 5P4CA 2AVMA 5P30A 3S53A 3UQRA 4B70A 5I3WA 4DJVA 2R8NA 4DJXA 5P4VA 4DQFA 1META 2G1NA 2QU3A 3CIBA 5P6WA 5P4NA 1RV7A 2O4LA 3NDTA 3ZOVA 4Z4XA 4BEKA 5P60A 1A94A 3NU6A 2A1EA 2Q55A 1IBQA 3DV5A 3H5BA 3KFSA 5P8IA 1SDVA 1G0VA 1DIFA 4Y5AA 1XDHA 5EZZA 2NTRA 4J0ZA 2NMZA 4ZE6A 4DJPA 3PBZA 1ODXA 3O99A 5OZUA 4KB9A 1APTE 3QRSA 1HPXA 5OZTA 4YDGA 5BS4A 4DPIA 4XX4A 1W50A 5P63A 3PEPA 4Q1WA 1PPLE 2QMGA 5P83A 5P2HA 3JVWA 4Q1XA 4PHVA 4L7GA 5OZ6A 3WB4A 5P7TA 5P7HA 4RRSA 4Y4JA 3S7MA 1GNMA 3KFRA 3VYDA 3QN8A 5P8PA 5DGUA 4LXMA 4A6BA 4RVXA 1TCXA 2OHUA 3S43A 5P1HA 1IZEA 2RSPA 1B6KA 2BKSA 1C6ZA 3SFCA 3NUOA 3EKVA 4CMSA 4B1CA 5P0CA 5P1YA 2BPWA 4APRE 1BVEA 1K2BA 3SAAA 3MXDA 2CENA 4ER4E 1OD1A 2FXDA 1EPME 5P32A 2AZCA 3CKPA 1IDAA 5P6BA 1QBTA 4B0QA 4Y3MA 4R95A 3K5DA 4OBFA 5P5GA 3T7PA 1HVLA 1W5XA 2AVOA 4QJ6A 5P2SA 3TKGA 4Y3PA 5P1TA 4CPSA 5B18A 4EYRA 3KYRA 5P0QA 5P3VA 1ZAPA 4HVPA 4Y5KA 5HDVA 5P4EA 5P6GA 2OHPA 3EKQA 2F3FA 1LF2A 1B6LA 3SLZA 3ZKSA 2FDPA 1YTIA 3GGAA 5P54A 2VJ7A 2OHKA 4RCEA 1T6EX 4L7JA 4J5JA 4Y44A 5OZBA 2OHTA 4B1EA 5P4BA 2HS2A 5P59A 5P6PA 1D4JA 3INEA 4JOOA 4Y57A 4L1AB 4I0ZA 2QHYA 5P87A 5OZYA 2FNSA 4DQHA 3T11A 5P2FA 5P4GA 1HVJA 2SAMA 1AVFA 5P1WA 2R3TA 3D20A 4Q1YA 5P2QA 3EL4A 4HZTA 1TSQA 3QPJA 3UDJA 4NPUA 4ACUA 1WBKA 2JXRA 4GJ6A 3BGBA 5AH8A 4L7HA 5P45A 3AIDA 5P1AA 2UY0A 5P4YA 3KMXA 3EC0A 5OZDA 3WZ7A 2B7FA 2HC0A 4J0TA 5DR8A 4B1DA 5P2GA 3VFAA 2Z54A 3ZLQA 5P04A 3VV6A 5OYQA 2R43A 3HAWA 2PMAA 3FV3A 1G6LA 4FRJA 4EJKA 5OZ7A 5P6RA 1ZLFA 4FSEA 2I0DA 1EBKC 2QI4A 5P4KA 1PROA 3K5FA 1QS8A 1EPRE 3BRAA 3PHVA 4EWOA 4K4RA 4HEGA 5UPJA 5P4HA 2I4UA 2I4WA 2O40A 3VF7A 2EWYA 3OXXA 3OU4B 5P6AA 3EM4A 3CIDA 5ENMA 3JVYA 1OEXA 5OZ0A 5P57A 1ZJ7A 5P7UA 2OHRA 3KN0A 5P6FA 3HAUA 5P50A 5P85A 4I0GA 4B78A 3Q4BA 2NR6A 2Q64A 1IDBA 2G69A 3IXJA 1HVKA 5P8QA 3PSUA 5I3YA 1FQ8A 3OQKA 4H1EA 5P42A 3L59A 3OGQA 4Y3LA 5AH6A 5P70A 5P7QA 4B00A 4DI2A 2RKFA 4I8ZA 5P7AA 2OHQA 3PMYA 5KR0A 1FFFC 2WF0A 1MPPA 2G21A 5P4TA 1K6TA 1BDQA 2WEDA 1KJ4A 3UTLA 2B42A 2AVSA 3EKWA 3DCRA 2VA7A 2Q3KA 5DQ5A 3OUCA 5P5BA 4EP2A 2HB4A 4DJUA 3VYEA 1QDMA 4NJTA 3PMUA 4CPRA 3OXWA 3U7SA 2HPFA 2NNPA 3VYFA 2AOFA 1SIVA 4EHCA 4QLHA 2WF3A 1GNOA 2P3DA 3H0BA 4Y5MA 1B6JA 5P0JA 1JLDA 2I4QA 5OYSA 1LS5A 4RROA 5P3OA 5P1KA 4GMIA 5P7EA 5IVSA 1RNEA 3Q6YA 5AH7A 5BWYA 2ZJIA 5P5NA 3ST5A 5ER1E 1EAGA 3B80A 5P4AA 1Z8CA 5COOA 3OQ7A 4EXGA 5P0SA 1KJFA 2OHLA 5P6HA 3OTSA 5P0WA 1SMEA 2RENA 4NKKA 5P3IA 5P4DA 3DJKA 2JJIA 2Z4OA 1LF3A 4EJDA 5P6IA 3SQFA 2IS0A 3F9QA 2ANLA 1LEEA 5AH9A 4FCOA 2VNNA 1EPQE 3UDRA 5P52A 5OZOA 1EBWA 4YE3A 2VS2A 1VIKA 1K6CA 2PWCA 3BGCA 6APRE 5P80A 3BXSA 3NU9A 1TQFA 1K2CA 3L38A 4MC2A 5P2XA 2QMDA 1TZSA 1AJXA 5P4XA 4H3IA 3RVIA 1ZPKA 1W5VA 3PI5A 5I3XA 4NPTA 2XYFA 3FNTA 1E80E 3CYWA 1GNNA 5P5JA 4Y3YA 5P0GA 2WKZA 4GJCA 5DR0A 1M0BA 5ER2E 1KJHA 4XX3A 5APRE 5P2YA 1PSOE 5P8EA 1FQ7A 4Y3TA 3RTHA 5DR1A 4J0VA 3FSMA 2BB9A 4FE6A 5P71A 1MT7A 1HVSA 3L5FA 5AHBA 2AOIA 5P67A 5P7RA 5P1XA 3D1YA 4DJWA 1QRPE 3UDNA 4AZYA 5P86A 2WEAA 5HDXA 5P5SA 3UFNA 4M8YA 4Y4BA 4FRSA 5SXNA 2Q11A 4GJBA 2G27A 2IKOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y38 A;  3N3I A;  5P7K A;  5P29 A;  4RGH A;  4DQG A;  1J71 A;  5AHC A;  5SY3 A;  3Q3T A;  5P82 A;  3R2F A;  5P4J A;  1EBY A;  5P51 A;  5P27 A;  3APR E;  4DQC A;  4RVI A;  4MC6 A;  2V11 C;  5P8A A;  4I8W A;  3LZV A;  3IN3 A;  3PCW A;  4R5N A;  2VA6 A;  4FS4 A;  1MEU A;  2VJ9 A;  1KJG A;  4JPE A;  1NPW A;  4ER2 E;  1A8G A;  5P37 A;  4TVG A;  3ZKN A;  4F74 A;  4Y3A A;  5P8R A;  5P5I A;  2JE4 A;  5E5J A;  4DJO A;  3EL5 A;  5SZ9 A;  1YT9 A;  5P41 A;  4OBZ B;  4Y48 A;  8HVP A;  4XXS A;  4FL8 A;  2P3A A;  3VG1 A;  2PQZ A;  5P18 A;  5P1R A;  4COE A;  4CPX A;  1SDT A;  2BQV A;  1CZI E;  3KMY A;  2ZJN A;  5HCT A;  4Q5M A;  2B7Z A;  2BPY A;  1BVG A;  1GVW A;  1SIP A;  2FS4 A;  3K1W A;  5P84 A;  5P6Q A;  3PGI A;  1T7K A;  2P3B B;  4LAP A;  3L5B A;  5P1Z A;  5KOQ A;  4Y39 A;  5ISK A;  3B7V A;  1E5O E;  3SA6 A;  1U8G A;  5P3S A;  4GJD A;  5KOS A;  4Y3Q A;  1K6P A;  1LYW B;  1YX9 A;  5P7D A;  4HE9 A;  3LPJ A;  5P58 A;  3U71 A;  1SH9 A;  3R1G B;  4U7Q A;  3UFL A;  3MSJ A;  5P8K A;  2UXZ A;  5P6S A;  5P16 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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