3INDA

Bace1 with the aminohydantoin compound 29
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA02
1IZEA 1MT9A 5P2BA 4DJWA 2IKOA 5P0VA 4DQBA 1HVLA 3IN3A 5OZXA 4PYVA 1VIJA 2P4JA 5P79A 4Y3HA 3MXEA 1YTGA 3L58A 4Y4WA 3HBOA 4Y51A 4YCYA 3SA9A 1LZQA 4D8CA 4BEKA 5P32A 5P1QA 3SA8A 5P3HA 5APRE 5IVTA 1EC0A 4H1EA 5DR8A 2QD6A 5P6DA 5OYTA 3EM4A 2R9BA 2I4VA 1SMEA 3PSYA 5P1NA 5I3WA 3EXOA 5P7ZA 5P74A 2RKGA 4R93A 3O9BA 1BILA 1DMPA 5P46A 5OZYA 5P4JA 4FRJA 4S1GA 4Y3EA 3TOGA 5UPJA 3S43B 2R3TA 2VKMA 2PSVA 2AZCA 4Y3AA 2WF4A 4I8WA 5IVRA 2PWRA 5P7XA 4AA8A 2IDWA 4Y3JA 5P6TA 3SM2A 3BGCA 3K1WA 5P5AA 1GVUA 4BFBA 3DK1A 3N4LA 4NPTA 1C6ZA 2F81A 2O4PA 4F73A 1C70A 2ZHTA 2QMPA 4Y56A 5E5KA 2Q64A 1EPME 2VA5A 5P82A 4RRSA 5P0IA 3S45A 4FRIA 5DQCA 5AHBA 1AZ5A 1K1UA 1SGUA 4CPTA 5P88A 2AQUA 3PWRA 5SZ9A 9HVPA 4B1DA 1E5OE 2P83A 5OZPA 1K6VA 1HSGA 1NH0A 4RROA 3T11A 4KB9A 5P26A 1AIDA 2AOIA 3PJ6A 2V16C 2JJIA 3OGPA 2I4WA 1ZTZA 4K4RA 1SIVA 5P8SA 3L38A 2WL0A 4CPWA 5P8NA 2P3BA 3KFNA 2V13A 5P1AA 5P8OA 4GJ8A 4X2LA 5P6BA 4GIDA 2ZJIA 3O9DA 4YD7A 5P6VA 1AXAA 3NR6A 7UPJA 2WF0A 1DPJA 1Z1RA 5P0RA 4WY6A 3EL9A 1BWAA 1T7JA 4ZPFA 5AGZA 2PYMA 2F3EA 2ER7E 2IGXA 1APTE 1QDMA 1IDBA 1HSIA 5OYQA 1FIVA 3S56A 5P5MA 1FB7A 4I0HA 4LAPA 2R5QA 5C9BA 3ZKIA 1E80E 4J54A 5P2AA 5P2XA 2OHPA 3CKPA 4YOBA 4NJVA 5P2OA 5DQ1A 2QAKA 3D20A 5ENMA 5P58A 4EJKA 2UPJA 5P0BA 5P15A 5P22A 3TPRA 2WEDA 5P5WA 2BKSA 3QAAA 2G26A 3B80A 5P2EA 4APRE 4I12A 5P6FA 2OAHA 3QBHA 5P3VA 4FM6A 5P7QA 5P4BA 4FAFA 3ZPUA 3B7VA 2WHHA 1M4HA 1IZIA 4EWOA 2V12C 3EL4A 5P2VA 4EHCA 5P18A 5P8HA 5P4PA 2CENA 5IVQA 1PPLE 4Y4JA 2HB2A 2Q11A 5ER1E 1LF4A 4RRNA 5B18A 1AM5A 3BVBA 2ZJKA 2Z4OA 4F74A 2HS1A 3NU4A 3CICA 4GJDA 5P2SA 5P7JA 1HSHA 5P71A 5F00A 3KMYA 5COOA 4B78A 5P8DA 3RTNA 1YTIA 3CKRA 4E43A 3TKWA 4K9HA 2B7ZA 3QIHA 2R5PA 3OUAA 5KQZA 3UFNA 4OC6A 1QRPE 3U7SA 4Y45A 2QD7A 3NDXA 3VF5A 5P4UA 2FDDA 2HS2A 4IVTA 4J1KA 5P3YA 5P76A 2PWCA 2PH6A 4OBJA 4DJVA 3OOZA 4DV9A 3VV7A 1OEWA 5P8QA 2IEOA 4YE3A 5P55A 5P48A 5P6JA 1FMUA 3OHHA 5P1ZA 5P38A 3MSKA 1B6KA 1HRNA 4Y37A 3TPLA 3TPPA 3OXWA 2AOCA 4YD6A 3S54A 1CPIA 4H3GA 5P0UA 4EPJA 4DPFA 5P3TA 2AVSA 1EBKC 4XX3A 2JXRA 3H5BA 2BKTA 3DUYA 4Y48A 2QI4A 1A94A 3VSXA 2I4UA 2WF1A 5DR4A 4K8SA 3OUBA 5OZIA 1HVJA 3NDUA 2VIEA 5OZSA 1PSNA 1JLDA 5OZMA 5P01A 4Y5EA 5P17A 3H0BA 3NWXA 3MWSA 3LNKA 3O9AA 3KDBA 3Q6YA 4X7IA 2P8HA 1GVXA 3UFLA 4GJ6A 5P2NA 2NR6A 3FSMA 1B11A 6APRE 1HBVA 1K6PA 1LV1A 2G69A 1MVPA 2VJ6A 4Y3SA 3QRVA 5KQFA 3ZKSA 5P4MA 5OYUA 2Q15A 5P66A 4YBIA 1MSMA 2OHQA 2WEAA 3OGQA 5P8CA 4CPSA 5I3YA 3SA4A 5P25A 5OZ0A 1KJ4A 2RENA 2AVMA 4DQGA 3UDNA 1W5VA 3ZOVA 4MC1A 4GZFA 5OZLA 2BPXA 5P7NA 3EL0A 3SQFA 5P1GA 3EM6A 4Y5LA 1PFZA 1IVQA 1RPIA 2G27A 4R8YA 3OTSA 4EXGA 8HVPA 2OHRA 1D4IA 2OHTA 5P2GA 4B0QA 1HVKA 5OZ7A 5P6IA 4FM8A 2QMGA 1SBGA 3CIDA 3OAGB 1GVTA 3A2OA 4EQJA 5P3JA 3WZ6A 3L3AA 1VIKA 4U7QA 5P6WA 4Q1XA 5P1OA 5P64A 3TOHA 4JECA 4EYRA 1T3RA 3Q4BA 2WEZA 2XYEA 1HWRA 3DV1A 3OQKA 5P5DA 3R2FA 5P30A 2A4FA 3D1XA 3ER5E 5OZFA 3D1YA 1B5FA 3HZCA 5P1BA 3JVWA 4YD4A 5AHAA 4TVGA 4CP7A 4Y5NA 5P6OA 1DIFA 4KUPA 2G1OA 5P83A 5P5EA 1TQFA 2FDEA 3VYDA 3I2LA 3LIYA 3R1GB 4I0ZA 3TNEA 1MSNA 4B00A 3PMYA 5P5OA 4GJCA 3VV8A 5P7OA 5IVSA 4UPJA 5P13A 1HVSA 5EZZA 1KJHA 3I6OA 4DFGA 4B1EA 2AZ8A 4Z4XA 5P8UA 5P5NA 2OHLA 3OWNA 4Y5KA 3GI5A 4I0FA 4YA8A 2HAHA 4B77A 5P1PA 5P0SA 5HU0A 4RYGA 1ER8E 4DQCA 1META 4TRWA 5P5YA 5P0CA 1G35A 5P4SA 5KR2A 2OF0A 3UDKA 3VFBA 3GGXA 2XFIA 1A8KA 3BXSA 1UH8A 3QN8A 4R91A 3ZKQA 4OBHA 5P53A 1FLHA 4TRZA 5SXNA 1FQ6A 2IL2A 1TCWA 3DOXA 5P40A 3O9LB 4I0JA 4R92A 4F75A 3Q3TA 4Y41A 4ZPGA 4Y4BA 3S7LA 5P31A 2ZHUA 5P6UA 4DJOA 5KR8A 1FQ8A 2Q63A 4I0DA 3UQXA 2ZYEA 3O9IA 3SLZA 5P7CA 5I70A 1BVEA 1QBSA 2B42A 3T3CA 1OHRA 5PEPA 3UDYA 4EP3A 4I0GA 1EPLE 4PZWA 3VCMA 1FEJC 1XE5A 1W5XA 2PSUA 3OQFA 4WTUA 5HDVA 5P3AA 2FGUA 5P7PA 2JJJA 5P20A 3ST5A 3SACA 4YD3A 2AZ9A 1QBRA 4Y5PA 3OXXA 3SA6A 1HTGA 1KZKA 3QRSA 5OZHA 1HTEA 2HPFA 3PGIA 5FIVA 1SH9A 3KT5A 3GW5A 2QZLA 4A6CA 3G72A 2F3KA 1W5YA 2SAMA 1GKTA 4DI2A 4EJDA 5OZEA 1UH9A 3OOTA 5P7DA 3AUPA 4MC9A 3VF3A 1IZHA 5P1UA 1ME6A 3KFSA 1QBTA 2RKFA 5C9DA 3JW2A 2QZWA 4Y35A 2Z54A 3L5BA 5P7AA 5P78A 1HEFE 3VG1A 1HEGE 4LP9A 5HD0A 1UPJA 1ZLFA 5P4WA 5P8VA 1W51A 4DVFA 2VIZA 2QMDA 3LPKA 4JPCA 1W50A 5P67A 5P85A 1W5WA 5OZNA 4L1AA 5OZQA 4NKKA 4Y3FA 2ER9E 4OBZB 3RU1A 3K5GA 3PI0A 4NPUA 5P37A 4AZYA 2O40A 2VJ9A 5JG1A 5P1LA 5OYVA 5P5CA 3K5CA 3QPJA 4ZPEA 1HVCA 2OHUA 1W6IA 2BPWA 4J1IA 4QGIA 4FCOA 4R95A 5P2HA 1XN2A 3KM4A 5AH7A 3EKPA 3IAWA 5P05A 4FRKA 4Y3XA 2QI0A 3OUCA 2CEMA 2QU3A 4OBGA 1LYWA 4I10A 4RGHA 1G2KA 4OD9B 5P1WA 4PPHA 2J9JB 2QCIA 5P33A 4Y39A 5OZRA 5P2WA 4DQEA 1YT9A 2G1NA 5P87A 5OYRA 2OHNA 1ZPAA 4NJSA 5P7LA 4GYEA 5HE5A 5P36A 5P3LA 2NMYA 5P0KA 1IIQA 1EBZA 5P0MA 5P4LA 3GGVA 3S8IA 2O4NA 4IVSA 5P1JA 5C9FA 5P4KA 1EBYA 5OZTA 5P1RA 5OZWA 5P7VA 1MTRA 4J1CA 5ENKA 4L6BA 3IVHA 3KFRA 3EM3A 4L7GA 5P2UA 2FNTA 5P41A 1MUIA 4HEGA 5P84A 3IA9A 4RVIA 5P6QA 1A8GA 5P72A 4DJXA 2G22A 3GGUA 4J0VA 1RQ9A 1F34A 4Y3GA 1A9MA 3VF7A 5P4IA 3UCBA 2QI1A 2VNMA 3MSJA 4RVXA 3NWQA 1WBKA 1OEXA 2QP8A 4Y36A 4ACXA 3IXKA 3D91A 5P8PA 2NXMA 3GI4A 1NPVA 3OQAA 2O4KA 2JYSA 1PSOE 3S43A 4EXHA 2ZJMA 4OC6B 5P0OA 5DR7A 3LZYA 4Z22A 1EPRE 3BUGA 2OHKA 3PB5A 3UDJA 3OK9A 5P27A 5JFUA 3IN4A 2FGVA 5P1MA 2G1RA 2VNNA 5P5PA 4B1CA 5HU1A 2F8GA 3NU3A 1ODYA 3SPKA 4HVPA 2OHSA 2AVVA 5P4DA 5P50A 3UHLA 2ZHVA 3EKQA 1RL8A 4Y3RA 5P6RA 4LC7A 2V10C 1YM4A 3APRE 2QI5A 3QVCA 3HAUA 5P3MA 5P2QA 4Y3LA 5P6YA 5P4VA 4Y53A 1BBSA 4Y5MA 5P5KA 5P65A 3AIDA 5P2CA 1BIMA 2IS0A 3ZMGA 4Y9WA 5P8AA 2IENA 5P70A 1AJXA 1LYBB 3EL1A 5P51A 4FE6A 4COEA 4B05A 2G94A 5AH8A 4TRYA 5P7UA 5IS4A 2PC0A 5P61A 2J9KA 3BUFA 2HB4A 5P6XA 3G6ZA 4GB2A 2NTRA 1T7IA 3OXCA 1HPXA 1NSOA 3OU4B 4HLAA 3RTMA 2G20A 3ZKMA 1XN3A 1IVPA 5P2LA 4D83A 1SDVA 5P57A 4Y3YA 5P2ZA 3LPIA 1HTFA 3WSJA 4KE0A 4RYCA 5P6CA 5P54A 4EJLA 4I0EA 2FIVA 3PWMA 4JPEA 4K4PA 5KQXA 4GJ9A 4EQ0A 5DQ5A 5P2FA 1ZBGA 5HDXA 5P6PA 5P1DA 5P7KA 3ZKNA 1NPWA 3NU6A 5P7HA 5P29A 5COPA 3NSHA 4HA5A 4DPIA 5OZUA 4LL3A 1BXQA 1GNNA 5P8TA 4Q1WA 2AOEA 2F80A 3WZ8A 1YX9A 5P3DA 5P23A 4M8YA 3LITA 1FFFC 1U8GA 2B8LA 5OZGA 4Z50A 3O9GA 5P80A 5P6MA 1F7AA 4DJYA 5P0WA 5P5HA 3SA3A 1XDHA 3SA7A 1BV7A 1EEDP 2HB3A 3HVGA 5COKA 4CKUA 2CEJA 3OUDB 1T7KA 4U7VA 5P35A 1IBQA 4YCKA 2PYNA 5P3GA 4FL8A 4N00A 5P5RA 5T4SA 1B5FB 3NLSA 5P7FA 1LF3A 4HDFA 5P02A 5P7WA 2PH8A 5P0JA 5P7GA 3FV3A 1TW7A 1BDRA 1HVRA 5P3CA 4J55A 5OZ2A 1TSUA 3KDCA 5P5FA 5P6AA 5KOSA 1YTHA 4WY1A 2ANLA 3BRAA 5P5SA 2FDPA 3KYRA 5P2MA 2HIZA 1W6HA 1TSQA 3PSUA 2PMAA 5P2IA 1HIHA 2WKZA 4Y5BA 2I1AA 1APWE 5P4EA 3S53A 4RCDA 4DJQA 4LHHA 4Y4AA 5P0TA 5P6ZA 4ZSQA 1ZPKA 1IZDA 4KE1A 5P2JA 3O99A 5DR0A 2QNNA 5P0EA 3OQDA 3SABA 5BRYA 4GJ7A 5I3VA 4ZEAA 2JE4A 3O9EA 5P8EA 5P49A 5P43A 3UDPA 4ER4E 1GNMA 5P0ZA 1T6GA 5P3WA 4BFDA 2FXDA 3VLAA 5P14A 5P28A 5P59A 5P7BA 5P5ZA 2O4SA 2Q55A 5P1SA 5P56A 5OZCA 1FKNA 3KDDA 4CPXA 4FAEA 3K5DA 3D3TA 1G0VA 1EC3A 4Y38A 3CIBA 3NUOA 3OADA 5IE1A 3EKTA 4Y4EA 1GVWA 3UQWA 2PK6A 1SP5A 4U8WA 3ZKXA 5P7TA 3BC4A 4Y3QA 2FS4A 1CMSA 3NU9A 1HIVA 2AODA 2IQGA 5P4NA 5P4XA 5OZVA 5HCTA 5P4ZA 1YM2A 3R0YA 2NNKA 2AIDA 4GJ5A 1BVGA 4MC6A 1BDQA 2G24A 3QVIA 4HDBA 4OBKA 3WB4A 1SMRA 5DGUA 5OZJA 3PCZA 1Z1HA 3D1ZA 5ISJA 5P3UA 2PK5A 3Q70A 4J0ZA 3RVIA 5P5IA 5I3XA 4K4QA 1BAIA 3OU3A 5P52A 5P73A 1GVVA 3CKTA 4ZSPA 4Q1NA 5P3QA 5P07A 1FQ7A 5BS4A 3G70A 5P19A 2MIPA 4FS4A 3HAWA 5AH6A 3BXRA 5JODA 1MERA 1XE6A 2WJOA 2AVQA 1FG8C 1HXWA 2OHMA 4HDPA 5P10A 3O9FA 3WB5A 4I11A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IZE A;  1MT9 A;  5P2B A;  4DJW A;  2IKO A;  5P0V A;  4DQB A;  1HVL A;  3IN3 A;  5OZX A;  4PYV A;  1VIJ A;  2P4J A;  5P79 A;  4Y3H A;  3MXE A;  1YTG A;  3L58 A;  4Y4W A;  3HBO A;  4Y51 A;  4YCY A;  3SA9 A;  1LZQ A;  4D8C A;  4BEK A;  5P32 A;  5P1Q A;  3SA8 A;  5P3H A;  5APR E;  5IVT A;  1EC0 A;  4H1E A;  5DR8 A;  2QD6 A;  5P6D A;  5OYT A;  3EM4 A;  2R9B A;  2I4V A;  1SME A;  3PSY A;  5P1N A;  5I3W A;  3EXO A;  5P7Z A;  5P74 A;  2RKG A;  4R93 A;  3O9B A;  1BIL A;  1DMP A;  5P46 A;  5OZY A;  5P4J A;  4FRJ A;  4S1G A;  4Y3E A;  3TOG A;  5UPJ A;  3S43 B;  2R3T A;  2VKM A;  2PSV A;  2AZC A;  4Y3A A;  2WF4 A;  4I8W A;  5IVR A;  2PWR A;  5P7X A;  4AA8 A;  2IDW A;  4Y3J A;  5P6T A;  3SM2 A;  3BGC A;  3K1W A;  5P5A A;  1GVU A;  4BFB A;  3DK1 A;  3N4L A;  4NPT A;  1C6Z A;  2F81 A;  2O4P A;  4F73 A;  1C70 A;  2ZHT A;  2QMP A;  4Y56 A;  5E5K A;  2Q64 A;  1EPM E;  2VA5 A;  5P82 A;  4RRS A;  5P0I A;  3S45 A;  4FRI A;  5DQC A;  5AHB A;  1AZ5 A;  1K1U A;  1SGU A;  4CPT A;  5P88 A;  2AQU A;  3PWR A;  5SZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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