3INDA

Bace1 with the aminohydantoin compound 29
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA02
3DV5A 4Q1NA 3EXOA 4DI2A 5P28A 5P4IA 1HXWA 5SZ9A 5P6WA 1XS7D 4PEPA 4XX3A 3TKWA 3TL9A 1W5WA 1K1UA 5CONA 3H0BA 1SGZA 2NXDA 4Y4EA 4ZPGA 5P5NA 5P3XA 5P05A 5P26A 5P22A 3G72A 2VNMA 1A94A 2I4VA 2RKFA 3UCBA 5P6BA 5P8CA 3NLSA 4GJ8A 4OBFA 3OOTA 2O4NA 1LYBA 1TCXA 3VYEA 4QJ8A 1GVTA 5OZCA 2Q15A 4FL8A 3Q4BA 4GJ5A 1ODYA 5P7PA 5P5IA 3WB4A 1AJVA 4RVIA 2PYNA 5P2MA 5P5TA 3IN3A 4XXSA 3CICA 1FEJC 2ER6E 4B77A 1GKTA 5BWYA 1BDRA 4K4PA 4CPQA 9HVPA 2BPWA 1HVCA 1XDHA 5P0JA 2FLEA 4J0VA 4Y4DA 4GJ9A 7HVPA 5OYRA 5P7UA 5P53A 4LC7A 1QS8A 4KUPA 5P3MA 3IXOA 1LF4A 3BUFA 5P13A 4Y3JA 4YCTA 3DUYA 1NH0A 3OU3A 3Q6YA 4RZ1A 5DQCA 1HEFE 3LIZA 1MT9A 5AH6A 3ZKIA 1EEDP 5P06A 3SAAA 4L7GA 3URIA 5P46A 4Y3QA 4EXGA 2NMZA 5OZWA 3NSHA 4I0IA 5HCOA 2ASIA 2NMYA 3G6ZA 3VYDA 5P1JA 3TOFA 3Q5HA 5OZ4A 2OHRA 1K6VA 5OZJA 3OXXA 1YX9A 5IVSA 5P2JA 4ZPEA 4ZIPA 4EP2A 4PZXA 4K4QA 5OZSA 3UDRA 3VFBA 4ER1E 3OU4A 2V16C 4I0EA 3UDPA 3T11A 2ZJIA 3OUBA 4K8SA 5P7FA 1FB7A 4Y5NA 4Y9WA 5KOSA 3VLBA 4XX4A 5OZVA 4F74A 1FG8C 2P3BB 4GZFA 4OBKA 4OC6A 5P07A 5P8HA 4EYRA 1D4LA 1FFIC 4OBZB 1EPQE 4TRZA 5P42A 2FGUA 3PLLA 3L58A 1FQ7A 4Q5MA 1HSHA 4FRKA 3TLHA 1UPJA 5P5GA 5P74A 3B80A 5P3EA 1A9MA 1QBTA 3FSMA 3KYRA 5ISKA 2Z4OA 4R5NA 5OYTA 4FGXA 4FSEA 1BDQA 2XFKA 2JJJA 3K5DA 3NU9A 2PH8A 5P5ZA 2AZCA 5P4PA 4Y47A 4L1AB 5OZ3A 2NPHA 4FRIA 3KMXA 2FNTA 3ZKQA 3VF7A 5P5HA 5C9BA 2G22A 5P4WA 3ZPUA 3PSGA 2OHPA 1K2CA 3L59A 5FIVA 1HPSA 5HU0A 3CYXA 2JE4A 5P7KA 5P7TA 4DQFA 3DCKA 5P0QA 5P41A 4H3FA 2AVMA 3IVHA 3I7EA 2Q3KA 1YTHA 5OZMA 3OQ7A 5P01A 1EPPE 1XE6A 4OBGA 4L7JA 4I8WA 4LHHA 5P0KA 1T6GA 5P7IA 5P8AA 2QD7A 3PWRA 4H3IA 5P4FA 2ZDZA 5P1RA 5P5PA 5OZ7A 3UDKA 1AIDA 3WZ7A 5P2TA 3KA2A 5P87A 3R4BA 4BFBA 2QCIA 5P44A 5P2HA 3OUDB 1EPLE 3EBZA 5EZXA 5JFPA 1CZIE 5P1HA 4OBHA 4Q1WA 2J9JB 2PSUA 4ZE6A 5OZAA 3HD8A 1LEEA 3SQFA 1MRWA 5P6JA 5P4RA 1W6IA 4Y3FA 4NKKA 4JPEA 2BPYA 5P2OA 2AOHA 4FAEA 5KAOA 3RTMA 1EPME 5P5BA 2ZJLA 3NUJA 5P5XA 3O9CA 1WBMA 1SP5A 2QD6A 3O9LB 3SO9A 1SDVA 5ER2E 4ZSPA 5P6HA 5OZHA 2CEMA 3NDXA 5P70A 2OHTA 3I2LA 4RGHA 4E43A 4Y3SA 4QJ7A 1EC1A 2B42A 3QS1A 3VLAA 2FDEA 4I0GA 4OD9B 3K5FA 2HB3A 3H5BA 5DR3A 3OXWA 5P33A 1SDUA 1LYAB 1A8KA 5P39A 5P4KA 3O9EA 1IDBA 3UFLA 3DOXA 5P4MA 3ST5A 1K6CA 5P7GA 2AVQA 5P3CA 3T6IA 2G26A 2G1SA 5P32A 2NNKA 3NDWA 5P3RA 5P00A 5P4SA 4GJCA 3OXVA 1YM4A 3TPJA 2WF0A 5HU1A 4FRSA 3SA4A 3TH9A 3R1GB 6APRE 3T7QA 3GGAA 4PZWA 5P5YA 1TSQA 1SIPA 2OHKA 2G27A 3QRMA 4GJBA 1BILA 3D1YA 1B5FB 5ENMA 4PHVA 3EKPA 1G35A 5P1DA 3KFSA 1FKNA 1KJFA 5AHBA 1OHRA 1TW7A 4IVTA 1EBZA 3T7XA 5P7DA 5PEPA 1APUE 5P27A 5P59A 4RRSA 3EM4A 3QROA 2CEJA 3HW1A 2P3BA 1FF0C 5OYVA 4DJVA 4NPTA 4YHQA 3OTSA 5P0ZA 2Q63A 3EM6A 4GIDA 4OBZA 3EL5A 3L38A 1META 4J0PA 2QHYA 3GI5A 3RU1A 4I11A 3OUAA 1D4JA 5OZEA 2VNNA 3OWNA 5P83A 1HTGA 4D89A 1ZTZA 3K4VC 3OHHA 4B05A 3O9IA 4JECA 3GI6A 1WBKA 1W5XA 2G69A 3URLA 4HVPA 3UDMA 1BAIA 4Z4XA 4Y44A 4L1AA 3T7PA 1C70A 7UPJA 2FNSA 3PGIA 5BRYA 5HVPA 5P20A 5P69A 5P5CA 2QI0A 1ZAPA 5P3ZA 1U8GA 2HIZA 2G24A 2WKZA 1EPNE 2O4KA 5JODA 2AZBA 4ZSQA 4M8YA 3KMYA 5I3WA 2F8GA 5P1XA 5P11A 1QBRA 1HVRA 1ZJ7A 4J55A 5P0AA 5P5QA 5P63A 3VSXA 5I70A 1HIVA 3QRVA 2PSGA 2F80A 4RVXA 1GNNA 4Y3ZA 5P8DA 8HVPA 1APWE 2PC0A 5P6FA 3PMYA 4Y3MA 5P8RA 2F3KA 2VKMA 5P2YA 5DR7A 3FKTA 1Z8CA 5P6GA 4LXKA 2VS2A 1YG9A 4CPTA 4ZPFA 3NYGA 4ER4E 5F00A 3OUDA 4DQGA 3MSKA 2I4DA 3KFNA 5OZDA 3QAAA 2AVSA 3NWXA 1D4HA 2J9JA 4CMSA 5BS4A 3UF3A 5P6VA 1SBGA 2VIEA 5E5KA 1VIJA 2PQZA 5ISJA 1QRPE 5P3DA 5P2AA 1HPOA 3MWSA 4Y4GA 4K9HA 1RPIA 5I3XA 1MEUA 1SMRA 1ZSFA 3URJA 3D91A 3LHGA 3UDQA 2VIZA 2B8VA 5P3HA 2G21A 1ZSRA 1MT8A 3TPPA 5P3NA 3EL1A 4J1IA 2BPZA 4TVHA 3O9LA 2JYSA 4IVSA 3S2OA 2AOIA 2G20A 3EKWA 4Y43A 2QMPA 2QI4A 2J9KA 3FX5A 1RNEA 2P3DA 5TOLA 1DW6C 4GJ6A 1TCWA 4BEKA 1D4IA 4I0DA 3OTYA 4Y5AA 4FLGA 2PYMA 4OD9A 4FS4A 5P8QA 2Q55A 1B6LA 5P0IA 1HIIA 1W51A 1BDLA 2F3EA 3S7LA 3TTPA 1LYAA 4M8XA 2AOCA 2QZXA 5P0UA 1B6KA 5KOQA 5SY3A 2AODA 4BELA 4Y54A 3L3AA 5OYWA 5OZBA 2NXLA 5DR4A 2BBBA 4Z50A 4J1FA 3NU5A 4J0TA 1BBSA 5P0EA 5P38A 4HA5A 5JG1A 4QJ6A 5OZGA 3RSXA 3CIDA 5P48A 2FGVA 4EJ8A 2I4UA 5P2ZA 1APVE 5P6KA 5P6MA 5DPZA 5P72A 4RRNA 5P4LA 3GW5A 1GNMA 3JW2A 2I4XA 4RCDA 4AZYA 1B5FA 2RSPA 5KQYA 4RYGA 4ACUA 3APRE 5P75A 5P0GA 1E5OE 2HS2A 4Y4TA 4LBTA 4J0ZA 2BKSA 3JVWA 1FMBA 2IGXA 4EQ0A 5C9DA 3INFA 3OOZA 2QI1A 5P7XA 3ZPSA 5P8GA 1HHPA 1K6PA 2QZLA 1Z1HA 3KF0A 1KJGA 3UQUA 5P0FA 2Q5KA 4APRE 1ODXA 1HWRA 5P4XA 5P0MA 5AH9A 2I4QA 1EC0A 5P4NA 5P3OA 5ER1E 4B1EA 4Y3TA 3LZUA 4EPJA 2AOJA 3O9HA 4Y4UA 3PBDA 5OYZA 5P6TA 1MTBA 4R8YA 4H3JA 4I0HA 4Y3XA 1KJ4A 2QD8A 1F7AA 5P35A 2G1RA 4DQBA 2WJOA 5P5VA 2JJIA 5P0RA 2ZJHA 1Z1RA 4DJXA 3EKYA 3L5BA 1T7IA 5OYSA 2RENA 1SDTA 1WKRA 5OZZA 3CKPA 1T7KA 4Y35A 1DP5A 5P2XA 2AVOA 4CP7A 4MC2A 3DM6A 5P1IA 3VFAA 2BJUA 5P3GA 1ENTE 2I0AA 2V13A 2WF1A 3OU1B 1QBUA 5JFUA 5P1VA 1T6EX 2OHNA 3VV7A 2AVVA 1EC3A 3FNUA 3O9AA 5P7OA 3KFPA 1HOSA 4CPUA 3BC4A 2OHUA 5P1NA 5COOA 3KM4A 4YA8A 2ZHTA 4QGIA 3NDUA 5OZXA 3VEUA 2OHLA 4Y5BA 1D4SA 1C6ZA 2R5PA 5P7JA 5P7NA 3SA3A 4DJWA 1EAGA 3PWMA 2WHHA 1HVIA 3K1WA 5P47A 4Y3HA 5P30A 1PSAA 5P66A 1C6YA 1GNOA 1NPVA 4I8ZA 5P1AA 5J25A 4RCFA 3PWWA 3HBOA 3PJ6A 5P49A 3S54A 5P3JA 4RCEA 5P6YA 4DFGA 5P3SA 5P6AA 4ZLSA 5P5DA 5P10A 3BUHA 1RL8A 2FIVA 3CIBA 5OYXA 5P6ZA 5DGWA 5P60A 1FIVA 5P7SA 2O40A 2ZE1A 1MPPA 5KQFA 5OZ9A 5B18A 5OZNA 1DAZC 3BRAA 5P6DA 2ER9E 5P7AA 4U8WA 2FXDA 1XL2A 3PI0A 5P6QA 4JPCA 2WECA 5P3TA 3NXEA 2VJ9A 5P6NA 4B78A 5P04A 3GGUA 5P0CA 3LPKA 3IVIA 5P24A 5OZRA 5KR8A 1YT9A 3BGCA 2HB2A 2VIYA 3BUGA 1IBQA 3SABA 3PCZA 3BHEA 2OHQA 4Y48A 4B00A 5OZTA 5P43A 1XE5A 4Y56A 4D88A 1IIQA 5P8OA 3NWQA 4Y39A 1W5VA 1SGUA 5DR0A 3QBFA 3VCMA 2P8HA 2ZJMA 3OADB 1MESA 4GYEA 4HEGA 4JP9A 5P1CA 2QZKA 3D1XA 2R3WA 2OHMA 1APTE 3HAUA 1HVLA 1PROA 3DK1A 1AAQA 4I12A 5P73A 1GVVA 4FSLA 4RVJA 2NR6A 4EQJA 3NXNA 1BVEA 1HPVA 1MT7A 1SH9A 5IVQA 3KFRA 2IKUA 1IZIA 1HIHA 5KR0A 4YD4A 3JVYA 3HLOA 4HDFA 4HZTA 4J1HA 4Y3WA 5HE5A 3ZKSA 1AVFA 1MSNA 2QHZA 2WEDA 2BPVA 5P7MA 5P3QA 2SAMA 4LAPA 3UDYA 5KQZA 1A8GA 5OZPA 5P45A 4KE1A 4XKXA 3SKFA 4CPXA 4YD3A 3EL0A 1G6LA 3UQPA 5DQ1A 1YTJA 4L7HA 5SXNA 3UDJA 5P1SA 3PI5A 3QN8A 5P8UA 2B60A 1QDMA 3PB5A 4R91A 4JOOA 4Y4XA 1SIVA 2IDWA 3A2OA 4J54A 3UDHA 5P0YA 3PSYA 1GVWA 2O4PA 4YE3A 4LP9A 3ECGA 1G2KA 1RV7A 5P2NA 2B7ZA 5P52A 5IS4A 5DQ5A 2AQUA 4Y5GA 2G94A 2MIPA 3QVCA 1OEXA 5P6SA 5P3KA 5P5FA 5P71A 4QLHA 2OF0A 3HZCA 1IZHA 5P34A 1XN2A 2WEAA 5P4CA 1PFZA 3O9DA 1IVQA 1E80E 4YCKA 5P58A 3SA6A 4EJKA 1FQ8A 2R5QA 5P03A 5DR8A 1NPWA 5P61A 1D4YA 3OU1A 1LZQA 5P0BA 2BQVA 3SLZA 5P1UA 4COEA 5P1EA 2HB4A 5P09A 5P40A 2G1OA 3UQXA 3UTLA 4FAFA 3MXDA 1BVGA 2NNPA 3KT2A 1GVXA 2XFJA 3DCRA 4Y4JA 3SM1A 5F01A 4EP3A 1AZ5A 5P0NA 5P6RA 1LV1A 5P6LA 4WTUA 4Y5MA 5P8TA 1PPME 1W50A 2QHCA 4QJAA 2FMBA 5P6PA 1AM5A 4Y5KA 5DGUA 4GB2A 1EBWA 1VIKA 3IGBA 3OXCA 2PK5A 3QRSA 4H1EA 4YDGA 2QMFA 2ZGAA 4J0YA 5P89A 5P56A 2I0DA 5P31A 4ACXA 5P2QA 5P2CA 1M0BA 3D20A 5P7HA 4A6BA 2HPEA 5HTZA 3K5CA 5P4BA 3L5DA 4OBDA 3PBZA 5P4JA 2B7FA 5P8LA 5P79A 1AXAA 1EPRE 2WL0A 2R43A 3K5GA 3INEA 5P6XA 1LYWB 1W5YA 5OYUA 1IZEA 3PEPA 3BGBA 4ER2E 5P4AA 1MIQA 5P1TA 1HPXA 3SPKA 1CMSA 2PK6A 5P1PA 4S1GA 5P82A 3OUCA 2R3TA 1HSIA 4FM7A 3SKGA 2F3FA 3CKTA 4TRWA 5P77A 5P3BA 1T3RA 3LITA 5P5OA 3LIVA 3ZKGA 4FIVA 2HC0A 3PM4A 5P19A 5P1WA 3VYFA 4MC1A 1IDAA 3OADA 5OZKA 5P51A 2AIDA 5P2UA 5P76A 1FG6C 4I0FA 3NU6A 5OZIA 2CENA 4B72A 2OAHA 3WZ6A 4PYVA 4H3GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DV5 A;  4Q1N A;  3EXO A;  4DI2 A;  5P28 A;  5P4I A;  1HXW A;  5SZ9 A;  5P6W A;  1XS7 D;  4PEP A;  4XX3 A;  3TKW A;  3TL9 A;  1W5W A;  1K1U A;  5CON A;  3H0B A;  1SGZ A;  2NXD A;  4Y4E A;  4ZPG A;  5P5N A;  5P3X A;  5P05 A;  5P26 A;  5P22 A;  3G72 A;  2VNM A;  1A94 A;  2I4V A;  2RKF A;  3UCB A;  5P6B A;  5P8C A;  3NLS A;  4GJ8 A;  4OBF A;  3OOT A;  2O4N A;  1LYB A;  1TCX A;  3VYE A;  4QJ8 A;  1GVT A;  5OZC A;  2Q15 A;  4FL8 A;  3Q4B A;  4GJ5 A;  1ODY A;  5P7P A;  5P5I A;  3WB4 A;  1AJV A;  4RVI A;  2PYN A;  5P2M A;  5P5T A;  3IN3 A;  4XXS A;  3CIC A;  1FEJ C;  2ER6 E;  4B77 A;  1GKT A;  5BWY A;  1BDR A;  4K4P A;  4CPQ A;  9HVP A;  2BPW A;  1HVC A;  1XDH A;  5P0J A;  2FLE A;  4J0V A;  4Y4D A;  4GJ9 A;  7HVP A;  5OYR A;  5P7U A;  5P53 A;  4LC7 A;  1QS8 A;  4KUP A;  5P3M A;  3IXO A;  1LF4 A;  3BUF A;  5P13 A;  4Y3J A;  4YCT A;  3DUY A;  1NH0 A;  3OU3 A;  3Q6Y A;  4RZ1 A;  5DQC A;  1HEF E;  3LIZ A;  1MT9 A;  5AH6 A;  3ZKI A;  1EED P;  5P06 A;  3SAA A;  4L7G A;  3URI A;  5P46 A;  4Y3Q A;  4EXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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