3INFA

Bace1 with the aminohydantoin compound 37
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
367
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 367
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3infA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3infA02
2ZHUA 1HIHA 1MTBA 5P6LA 3VSWA 4EP2A 4AUCA 4NJUA 5JODA 5ER1E 3LHGA 5P1NA 5P5IA 4JOOA 5HDVA 1IDBA 5DQ5A 3CYWA 5P6FA 2NNPA 3HW1A 4ER1E 5P56A 4Y5CA 1XN2A 5P4VA 3NDXA 5OZ5A 5P8MA 2FLEA 4NKKA 5P3CA 2QI4A 5P6HA 2FXEA 3RTMA 4Y41A 1GNMA 5P89A 4Y3FA 1NH0A 1JLDA 3OXXA 2QI6A 1G6LA 5AH6A 4EJLA 5OYTA 3T7QA 2Q55A 5P3EA 1XL5A 2WKZA 2AODA 3SLZA 2CENA 3CKTA 1MT7A 5P0AA 4ZSMA 4F73A 5P7MA 3BUFA 4YD5A 4DQCA 2VS2A 3FX5A 3URLA 3PMYA 3LNKA 3ZKNA 4Y4WA 5OYZA 3U6AA 2P4JA 1HOSA 3CKPA 5P6KA 3S43A 3GI5A 3O9EA 1AZ5A 5KQZA 4ZE6A 1RQ9A 4JECA 2WF0A 3VG1A 4J0ZA 4H1EA 5P3OA 1PFZA 4J1FA 2O4SA 4Y3QA 3CYXA 5HDZA 4J5JA 3GW5A 4Y5MA 3RTHA 1G0VA 3LITA 5P3ZA 2IL2A 5P34A 4FS4A 4YDGA 3SA6A 3SAAA 1PPLE 3VLAA 5COOA 1C70A 3I2LA 5OZ8A 2F80A 1BV7A 1DIFA 1XE6A 1VIKA 3PBDA 1PPME 1AVFA 5OZ3A 1W5YA 3VUCA 1B6KA 5OYXA 3PWWA 3PMUA 5P5RA 5P8CA 1HIVA 1LF4A 1B6MA 2Q15A 3EM4A 1F7AA 5OZ0A 1D4YA 1SMEA 5P2KA 2QHYA 3IA9A 2B7FA 3R0WA 2ZJJA 5P2GA 4RLDA 5P5SA 4HDFA 4HZTA 3G6ZA 3B80A 3DCKA 1HWRA 2ASIA 3EL5A 1T6GA 2VA7A 4CPSA 3L5EA 5COPA 5OZDA 5P2XA 3TL9A 4Y3WA 2OHKA 5P0WA 5P6QA 1MSMA 3NDUA 5P1WA 1EBKC 1HTRB 3UDMA 5P47A 4FM6A 2JYSA 1LYWB 3OADA 5P2RA 1DP5A 5P7YA 5P8QA 5P7KA 2Q64A 2NNKA 2UY0A 3O9HA 2PMAA 4FLGA 1M0BA 3TNEA 3OQ7A 3NLSA 3PM4A 1OHRA 1SIVA 4DH6A 1LYBA 2QHCA 4GJAA 3HAWA 4F74A 4RZ1A 7HVPA 3LIZA 3KFRA 5P8NA 5P5QA 1HBVA 5P8PA 4DQBA 4FM8A 5OZXA 3OUDB 5P1JA 3N3IA 1HVIA 3GI4A 4DJXA 4R95A 1OD1A 5F01A 1K1TA 5HCTA 2OHNA 4J0YA 4RYCA 4Y5PA 2VIYA 4Y3ZA 2WECA 1BVGA 4ZIPA 4I0GA 1Z8CA 2OHLA 2Q5KA 4Y43A 4DJYA 5P86A 1MESA 5P2AA 5P7GA 3KFNA 1TZSA 5ISKA 5OZ2A 5DR4A 5P7OA 5B18A 2AVQA 4I0ZA 5OZPA 3EKWA 4J0PA 3JVWA 3O9AA 4Y48A 5HU1A 3D20A 5P8VA 3O9BA 4F75A 5HD0A 5OZ4A 5P24A 5OYUA 4U7QA 5P4OA 5P1XA 4CPUA 2WEDA 5P8IA 3KF0A 1KJGA 3EKYA 4GMIA 4EHCA 4CPTA 5P41A 3QIHA 2AQUA 4APRE 5P1SA 3QRVA 4U8WA 3I25A 3QS1A 5P7JA 3OUDA 4KB9A 3DUYA 1FGCC 3QAAA 1T7IA 5P25A 3OUAA 4X7IA 1LF3A 5P7BA 4J17A 5HTZA 4QJ7A 3UDYA 2G1NA 4YOBA 2IENA 5P2JA 3BHEA 1A30A 5P0ZA 4EXGA 4YCTA 1MTRA 3VF3A 4XX3A 1TQFA 3OU4B 4WY6A 2BKTA 5P4UA 4J1KA 4DJPA 5I3WA 3QN8A 5P4ZA 4J1CA 1AJVA 2HS2A 5KR1A 1APWE 2NXDA 1E80E 1IBQA 2AVVA 5OZFA 2BKSA 3GI6A 2BPZA 4Y57A 4Y3XA 4PPHA 2XFJA 3GGVA 3NU3A 1ODYA 1GVXA 2QMPA 3QPJA 3NU4A 1W5VA 3NXEA 2HS1A 3BC4A 4Y38A 2JE4A 4Q1YA 1CMSA 3PWMA 4K4QA 5OZ7A 3U71A 5HE7A 5C9BA 5P6YA 1APTE 5P03A 1D4LA 5P6CA 1Z1RA 3NDWA 1IVPA 4Y4XA 3WZ6A 2RKGA 1BWAA 2IKUA 1K6PA 2FGVA 5P1EA 1APVE 2ZHRA 5P0PA 5IE1A 4AA9A 1D4HA 1XL2A 3A2OA 1HSHA 5P7SA 4Y3HA 3IXOA 5JFUA 5P1VA 1IIQA 2RMPA 3G72A 1XE5A 2NPHA 4ACXA 4Y5LA 2IGYA 5P35A 3EL0A 4DJVA 1HTFA 5HVPA 2R38A 1FMBA 5P72A 2RKFA 5P88A 4GYEA 5JG1A 3RU1A 4DUSA 4YDFA 5P1KA 5DR1A 2B8LA 5P7IA 3OXWA 4EQJA 3WB4A 4DPFA 5E5KA 4DFGA 4EWOA 1XN3A 3WSJA 3OWNA 4R92A 3VSXA 4A4QA 4I11A 1SGZA 5P49A 2I4QA 1ZPAA 1EC2A 1FQ7A 1NPAA 3QRMA 4TVHA 1ZP8A 1UH7A 1ZPKA 2QNNA 3NWXA 3IGBA 2PWCA 4OBJA 5P7UA 5P26A 3EKVA 3UQWA 2IQGA 5P7TA 4PYVA 5P4EA 4YD7A 4S1GA 4AMTA 5P57A 3KFSA 2QMDA 5OZ1A 5P5DA 5P77A 3UDQA 3B7VA 1HPVA 2FNSA 1W51A 1SMRA 4RCEA 5P6GA 5BWYA 3TOFA 1T3RA 3OGQA 1FMUA 3DCRA 4DVFA 4ACUA 4OC6B 5P2ZA 3RSXA 1G35A 2BPWA 2QZXA 3IXJA 3EM6A 1LV1A 4Y4GA 4Y51A 2PK5A 1CZIE 5P4SA 5P61A 1QBRA 1TCXA 3QP0A 4LP9A 1EEDP 4Y44A 4Y9WA 5P3KA 3DV1A 4LXAA 2XFKA 3NYGA 4FSEA 2FDDA 2WF2A 4CPXA 2OHPA 5P5JA 1GVTA 1BDLA 3VFBA 3SQFA 4APEA 5T4SA 3UFLA 3OU1A 5P5CA 5P7ZA 2APRA 2ZHTA 3KT2A 3MXDA 1PSAA 3LIVA 2PSVA 4CKUA 2FNTA 3HVPA 1WBKA 2V13A 5P04A 5P2MA 1DMPA 3ZKXA 2P3AA 4Y54A 3OHHA 2NXLA 2P3BA 5BRYA 5P80A 5P7RA 2J9JA 2VJ9A 5P50A 3GI0A 1AIDA 1HVKA 4I0JA 4AA8A 5AH9A 2HB2A 1T6EX 1CPIA 5P09A 1D4JA 3SKFA 5OYSA 5OZEA 3OTYA 4XX4A 4EP3A 2ZJMA 3HAUA 5ENKA 4ER2E 3EC0A 5P7WA 3U7SA 3BRAA 1EPNE 4H3FA 5P4IA 5P1ZA 5P8FA 5P69A 5P0GA 5P3BA 2I4VA 3LZYA 5DPZA 3NR6A 1KJHA 2NTRA 5OZWA 1HVRA 1UPJA 3UDJA 3SM2A 1B5FB 3D1ZA 5P2UA 3NU5A 2OHUA 4R8YA 4PZXA 3UDNA 2G1OA 1NPWA 3MSJA 1WBMA 3NU9A 4FIVA 4EJDA 5P79A 4I12A 4KUPA 5P6OA 5P2OA 1MVPA 5P2QA 1FKNA 4IVSA 3ZPTA 1KZKA 3PI0A 1ODXA 3FIVA 2I4UA 5P0EA 5P33A 2B60A 2HB4A 5P4DA 5P0JA 1HXBA 3MSLA 3GGUA 2QI5A 5P0RA 5P5UA 5P7AA 1D4IA 1B6LA 1LZQA 4Y5BA 5P4HA 3I8WA 1HVCA 3ZKGA 5EZXA 4JPEA 5OZUA 4J1IA 2I0AA 4RVXA 9HVPA 2RENA 5P6BA 1EAGA 3I7EA 1BVEA 4GJDA 1EPOE 4Q5MA 4Y3GA 3VEUA 3SA9A 4Y37A 2FIVA 4Y56A 3TKGA 5OZGA 3EL4A 5DR8A 4Y3PA 2FXDA 1YT9A 5P6VA 4ER4E 1QRPE 3KDCA 2F81A 1HIIA 2QK5A 3BXSA 3WZ7A 2I0DA 2IDWA 5P11A 2Q54A 1RNEA 5P54A 5OZHA 4H3IA 5P82A 4FSLA 5P5OA 3L5FA 1T7KA 1EPRE 1WKRA 2G1RA 3IVIA 3O9DA 5P3NA 1K6VA 5OZIA 5P4QA 3UTLA 1FQ4A 5P17A 3OY4A 5P3PA 4QJ8A 3PRSA 1RPIA 2VKMA 3INEA 4F76A 4LXMA 2I4XA 3Q4BA 5P5VA 2WF4A 4MC9A 5P2YA 5P42A 3QRSA 2ER6E 3NWQA 4GJ9A 3DJKA 4N00A 1ME6A 5P00A 5P8HA 2WHHA 3VCMA 3OUBA 2BPVA 5COKA 5P68A 1MRXA 5P43A 2QP8A 2IS0A 3R2FA 2FMBA 2QZLA 3SA8A 6FIVA 4I0EA 3INHA 3OQFA 3SACA 4DI2A 3QBHA 4YA8A 4Y5NA 5AH7A 3OXVA 5KQFA 3KA2A 2AVOA 4EJKA 4ZPEA 4HVPA 2XYFA 1HTGA 5KOSA 2ZDZA 1GNOA 1K2BA 1B6PA 4R91A 2QZKA 5P4CA 1A9MA 5C9FA 5P7XA 5P6AA 5P6XA 2ZJNA 3UQXA 1XDHA 5OZ6A 2QD8A 3APRE 1BV9A 4Y4UA 2OAHA 3T3CA 5KR8A 4FRIA 3VLBA 3CKRA 4TRYA 5AHCA 5P1IA 3TOGA 3L59A 1HPXA 3ZL7A 4XXSA 5P52A 5P39A 2ZJKA 3NU6A 3O9FA 5P8BA 2F3FA 5P1FA 1KJ7A 5P0MA 5P0DA 4ZPGA 2G20A 2OHQA 2P3DA 1MT9A 4M8YA 4L7GA 3EM3A 3OAGB 4DJUA 2WEBA 3ZPSA 4Y5EA 2VIEA 5P5FA 5OZZA 5HDUA 3RSVA 1D4SA 2FDEA 4Y3MA 4CP7A 2QMFA 4EPJA 5I3VA 1LF2A 5P7PA 5P5ZA 1MEUA 4DV9A 3MXEA 2JXRA 5AHAA 4I1CA 1ZSFA 3OGPA 3SA3A 3BGCA 1LYWA 2NMZA 4HEGA 5DR3A 4DJQA 1QS8A 2O4NA 1YM2A 3VV6A 1BILA 5P4KA 4RCDA 4DPIA 5P4XA 3O9LB 5OYQA 3SPKA 2I4WA 3O9GA 5OZAA 2P8HA 5P38A 3QBFA 1GVVA 3ZKIA 4YD4A 4R93A 5AHBA 5P0UA 4GJ6A 5P7CA 5P2IA 1ZAPA 2PYMA 1MUIA 1FMXA 1PSNA 1EC0A 1ODWA 2I4DA 4GJCA 5P3GA 5SY3A 2AVMA 5P58A 4ZSRA 1NSOA 2BJUA 5P16A 3AUPA 3R4BA 4B1EA 2QU2A 4RCFA 4Y50A 2Q3KA 4J1HA 5P51A 2F3EA 4Y6MA 5P06A 4OBZB 5P08A 4QLHA 2IEOA 3SA7A 3TPRA 5IVSA 3L5CA 5P23A 2P83A 5P5BA 5AGZA 3S45A 2BPXA 2PK6A 3HD8A 2H6SA 4K4RA 4NJSA 5P4BA 5I3XA 3OTSA 2VJ7A 5P3FA 5P1HA 3UQRA 4Y4ZA 4EXHA 1LYAB 2PSGA 1GKTA 4UPJA 3LPIA 2VA6A 2PC0A 5P2FA 3KFPA 5P3HA 2UPJA 4NJVA 7UPJA 3T7XA 5P1RA 1AAQA 3LIYA 2B8VA 2I1AA 3VF5A 1E5OE 3O99A 3KT5A 3UDHA 4ZEAA 3S7LA 5I70A 5IS4A 1G2KA 3EXOA 1BIMA 5P0XA 4BELA 1EBYA 5OZNA 2IGXA 4OD9B 4B77A 3BGBA 2PYNA 1W6HA 2H6TA 3UF3A 5P22A 3NSHA 1EPPE 5OZJA 4YE3A 5P7EA 5P7FA 3H5BA 5P0LA 1SDVA 1HXWA 5P6DA 1MRWA 2QHZA 1M4HA 3O9CA 1PPKE 1QBSA 2BBBA 3ER3E 5DR0A 2G94A 5P66A 3CMSA 1FQXA 5P8KA 3OU4A 5P3WA 1APUE 2ANLA 3HLOA 5P02A 5P78A 1E81E 3NUOA 3GGAA 4D83A 2R9BA 4J0TA 3VF7A 5P3JA 3UDKA 3MWSA 2HM1A 4GJ7A 5P7QA 4GJBA 5OZYA 2R8NA 4YHQA 5P13A 3PCZA 5P1CA 5P8JA 5P55A 5TOLA 1LYAA 4IVTA 1HEFE 5OYYA 3ZOVA 5P36A 4DJOA 5P5TA 2BPYA 5APRE 4GZFA 4LC7A 2AOCA 5P29A 4TRWA 4HE9A 3BVBA 1FQ5A 5ER2E 3SM1A 5P8GA 4I8WA 5CONA 4ZSQA 5P4NA 5P3AA 1QBUA 5P2WA 2R5QA 4FRJA 2WL0A 3N4LA 5P45A 3APPA 5OZQA 3ER5E 5P75A 4U7VA 4Y4DA 3EKPA 4Y58A 3OQDA 5P3RA 4K8SA 4Y36A 2IRZA 5KQXA 1AJXA 1IZHA 1W6IA 4B0QA 1QDMA 5P0CA 2HIZA 5HU0A 5P4RA 5P30A 3C9XA 1UH9A 4PHVA 5P4PA 2QU3A 5IVQA 3I6OA 1BDRA 4BEKA 5P2TA 1FG8C 5P4GA 5ISJA 5P5NA 4HDBA 3K5GA 4L7JA 2WEZA 5P2SA 2PH8A 1ZLFA 3PWRA 3URJA 4B1DA 4MC2A 5P8AA 3INFA 4HA5A 4DQGA 5P74A 1EPME 1Z1HA 4LL3A 5P07A 5P0FA 4YD3A 3AIDA 1FFIC 5P3QA 4R5NA 1META 4Z50A 1C6YA 2AOHA 2AVSA 1HVLA 5P5WA 2XFIA 3OQKA 2VIJA 5DGUA 1ZSRA 2HPFA 3OK9A 1Q9PA 2V16C 1ER8E 2ZE1A 1SGUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZHU A;  1HIH A;  1MTB A;  5P6L A;  3VSW A;  4EP2 A;  4AUC A;  4NJU A;  5JOD A;  5ER1 E;  3LHG A;  5P1N A;  5P5I A;  4JOO A;  5HDV A;  1IDB A;  5DQ5 A;  3CYW A;  5P6F A;  2NNP A;  3HW1 A;  4ER1 E;  5P56 A;  4Y5C A;  1XN2 A;  5P4V A;  3NDX A;  5OZ5 A;  5P8M A;  2FLE A;  4NKK A;  5P3C A;  2QI4 A;  5P6H A;  2FXE A;  3RTM A;  4Y41 A;  1GNM A;  5P89 A;  4Y3F A;  1NH0 A;  1JLD A;  3OXX A;  2QI6 A;  1G6L A;  5AH6 A;  4EJL A;  5OYT A;  3T7Q A;  2Q55 A;  5P3E A;  1XL5 A;  2WKZ A;  2AOD A;  3SLZ A;  2CEN A;  3CKT A;  1MT7 A;  5P0A A;  4ZSM A;  4F73 A;  5P7M A;  3BUF A;  4YD5 A;  4DQC A;  2VS2 A;  3FX5 A;  3URL A;  3PMY A;  3LNK A;  3ZKN A;  4Y4W A;  5OYZ A;  3U6A A;  2P4J A;  1HOS A;  3CKP A;  5P6K A;  3S43 A;  3GI5 A;  3O9E A;  1AZ5 A;  5KQZ A;  4ZE6 A;  1RQ9 A;  4JEC A;  2WF0 A;  3VG1 A;  4J0Z A;  4H1E A;  5P3O A;  1PFZ A;  4J1F A;  2O4S A;  4Y3Q A;  3CYX A;  5HDZ A;  4J5J A;  3GW5 A;  4Y5M A;  3RTH A;  1G0V A;  3LIT A;  5P3Z A;  2IL2 A;  5P34 A;  4FS4 A;  4YDG A;  3SA6 A;  3SAA A;  1PPL E;  3VLA A;  5COO A;  1C70 A;  3I2L A;  5OZ8 A;  2F80 A;  1BV7 A;  1DIF A;  1XE6 A;  1VIK A;  3PBD A;  1PPM E;  1AVF A;  5OZ3 A;  1W5Y A;  3VUC A;  1B6K A;  5OYX A;  3PWW A;  3PMU A;  5P5R A;  5P8C A;  1HIV A;  1LF4 A;  1B6M A;  2Q15 A;  3EM4 A;  1F7A A;  5OZ0 A;  1D4Y A;  1SME A;  5P2K A;  2QHY A;  3IA9 A;  2B7F A;  3R0W A;  2ZJJ A;  5P2G A;  4RLD A;  5P5S A;  4HDF A;  4HZT A;  3G6Z A;  3B80 A;  3DCK A;  1HWR A;  2ASI A;  3EL5 A;  1T6G A;  2VA7 A;  4CPS A;  3L5E A;  5COP A;  5OZD A;  5P2X A;  3TL9 A;  4Y3W A;  2OHK A;  5P0W A;  5P6Q A;  1MSM A;  3NDU A;  5P1W A;  1EBK C;  1HTR B;  3UDM A;  5P47 A;  4FM6 A;  2JYS A;  1LYW B;  3OAD A;  5P2R A;  1DP5 A;  5P7Y A;  5P8Q A;  5P7K A;  2Q64 A;  2NNK A;  2UY0 A;  3O9H A;  2PMA A;  4FLG A;  1M0B A;  3TNE A;  3OQ7 A;  3NLS A;  3PM4 A;  1OHR A;  1SIV A;  4DH6 A;  1LYB A;  2QHC A;  4GJA A;  3HAW A;  4F74 A;  4RZ1 A;  7HVP A;  3LIZ A;  3KFR A;  5P8N A;  5P5Q A;  1HBV A;  5P8P A;  4DQB A;  4FM8 A;  5OZX A;  3OUD B;  5P1J A;  3N3I A;  1HVI A;  3GI4 A;  4DJX A;  4R95 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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