3IXKA

Potent beta-secretase 1 inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Synthesis of potent BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylene isostere as central core.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 373
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ixkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ixkA02
4GJ6A 5OZ2A 5P6ZA 1FQXA 4EJ8A 4XX3A 1HTGA 5OZAA 5P64A 3OY4A 5P2GA 3S54A 5P5KA 5P1VA 3OGPA 1E5OE 1ZPKA 4OC6A 1BDQA 3PCWA 3UDMA 3BUHA 4Y5EA 2ZHUA 4Y3PA 5P0AA 5P34A 2OHPA 5OYWA 2HPFA 3OXWA 4RCFA 5P8DA 3OXVA 3QIHA 4F76A 3QBHA 4HE9A 4J1EA 3TPRA 3K5CA 5P08A 3TPJA 5P8EA 5HDZA 2WECA 5P0OA 5UPJA 4R95A 1GVXA 5P2FA 5P3VA 5P2SA 3Q3TA 2R8NA 3MXEA 5I3YA 5P74A 4Y3JA 5P4NA 2VNMA 5P13A 5OZLA 5P1BA 1SGZA 1FMXA 3O9AA 2HB2A 1HVKA 1LEEA 3KFRA 3EM4A 3R4BA 4CP7A 1EPQE 2OHKA 5P4WA 5I3VA 3NXEA 2AVOA 4FM8A 3PEPA 3U7SA 2I4XA 3O9GA 2V12C 2QD7A 5P37A 5P52A 1LF4A 5P5ZA 3SABA 5P5QA 1YG9A 1DMPA 5P29A 5P4SA 5P2BA 1BV9A 3OU1B 3NU5A 4ZSPA 4OBZB 5CONA 3PMUA 3TOHA 4FRJA 4D8CA 3Q70A 4DQGA 5TOLA 1OEXA 2R3WA 4B00A 4HDFA 3FV3A 4GJBA 5P7QA 4Y4EA 4R92A 4Z2ZA 1KJ7A 2OHTA 5P0WA 4DQCA 4Y4BA 4ZEAA 3HAUA 4A6CA 4EJKA 3VLAA 2B60A 5P61A 3MWSA 4NJVA 4KE1A 4BFBA 1BDLA 1LV1A 5OZXA 1D4HA 1EPRE 3L5EA 1DIFA 4U7QA 5CLMA 4LXAA 1HPOA 5P82A 4JOOA 2NXMA 5OZJA 2O40A 3INHA 4EHCA 4DJXA 3D1ZA 2I4VA 5P57A 3NWXA 1D4IA 3H0BA 5P5MA 5P0HA 4R5NA 1C6ZA 3F9QA 1FG8C 3PMYA 1MTRA 5P0JA 1ZSRA 5DQ5A 3AUPA 5P07A 2F3EA 3LIYA 3OGQA 2IL2A 1DW6C 3SA7A 5P4MA 4I11A 5P0XA 5P7DA 2PWCA 3K5GA 1APUE 1MEUA 5P19A 5P2VA 2XFIA 1ME6A 1A8KA 4LP9A 4L7JA 5P7ZA 4BELA 2G1RA 2V16C 1HBVA 3CIDA 1EPNE 5OZKA 1BBSA 3LHGA 2AZ9A 1HSGA 1DPJA 3R1GB 5T4SA 5OZCA 4YOBA 1BILA 3UFNA 3QRMA 1GNNA 1HVIA 4F73A 5P7AA 5P58A 3EL5A 1MIQA 1AJVA 4Y3XA 2BPXA 3GGXA 1W5WA 2F8GA 1ER8E 4F74A 5P3AA 5P46A 5OZDA 4B1CA 1ODYA 3DOXA 1E80E 3OUAA 4CPSA 1EBKC 2NR6A 1FMBA 4Y4XA 5OZZA 4NKKA 1RL8A 2HM1A 5OZTA 2IDWA 3OUDB 5OYZA 2WEAA 4FSEA 3I25A 1ZLFA 2ZJJA 5P88A 1NPWA 2B42A 2FDPA 3SPKA 1HVHA 4ZPGA 5P3DA 3KYRA 3O9BA 3IN4A 5DGWA 5P2UA 5P4ZA 5P7IA 3RVIA 5P7RA 5P8CA 2B8VA 3PWRA 3KM4A 3OTSA 4BFDA 4OBZA 1LZQA 5P20A 4Y38A 1A30A 3FSMA 3HAWA 3GW5A 5P1WA 5P80A 2ER7E 1SDUA 4Y4JA 3EKQA 1TSQA 4EJLA 4GYEA 2V11C 2P83A 3LZUA 4Y41A 3OXCA 2RKFA 2H6SA 3SA3A 3HVGA 3WB4A 4L6BA 2QU2A 5P0CA 4L7HA 3QBFA 5E5JA 3DJKA 5KR0A 4HDPA 5C9DA 4APEA 1C6YA 3UDYA 3IXJA 1EPPE 2O4KA 3OOTA 4L1AB 5COOA 3GI0A 3URJA 5OZQA 2AOIA 3NDXA 2ZJHA 5HCTA 3DV5A 2I4QA 3KFPA 5P0LA 5P4EA 5AHBA 3APRE 1B6PA 5OZNA 3VUCA 3RSXA 3EKXA 4J54A 4TRWA 2G26A 3SQFA 5P05A 2QP8A 4FM6A 5OZ9A 3QI1A 4EP3A 2MIPA 5P7HA 4OD9B 2G22A 4GZFA 4RZ1A 5P4XA 4B72A 1HIIA 4B0QA 4Y45A 2O4NA 1FG6C 5P44A 2RMPA 1RPIA 5P6UA 2NMZA 5P6OA 1JLDA 5P4OA 5P1ZA 2QMPA 5HE7A 4Q1XA 1DP5A 4LBTA 3BVAA 4YDGA 1GVTA 3BC4A 3SACA 4AA8A 2BQVA 5P4VA 1PPLE 5I70A 5P7LA 4Y56A 3HLOA 3KMYA 2QD6A 4DQBA 4RCEA 1HSHA 2I4WA 5P2AA 2IENA 5JFUA 3EL0A 3UF3A 4FM7A 4L7GA 1AIDA 4GJ7A 1HEGE 3S8IA 3S43B 1IZDA 4RCDA 5HTZA 4GJDA 1W6HA 5P4QA 4MC2A 5P8KA 2VKMA 1AAQA 4Y39A 1BAIA 5P70A 2BPYA 4Y4DA 1BDRA 4FCOA 5DR0A 5P2EA 5P15A 3K4VA 5OYQA 3KMXA 2HAHA 5OZMA 5OZRA 3NSHA 5P6WA 3OUDA 1YM4A 1QDMA 3PRSA 3QRVA 5AH9A 5P4KA 3VFBA 5P23A 3ZKNA 1HIVA 3TPLA 2HS2A 4DJPA 5DR8A 5P32A 2BPZA 2I0DA 5P1YA 5KQZA 3IXOA 1T7KA 5P16A 3HVPA 5P8SA 5ISJA 3LIVA 1T6EX 5P40A 5IVTA 5P5HA 1W5XA 5P1NA 3OTYA 3VSWA 3Q5HA 1BXOA 4I0JA 3QP0A 3EKWA 2VA7A 2VA5A 1DAZC 1SGUA 4AA9A 3TL9A 3LZSA 5OZGA 4FRIA 3HW1A 1SH9A 4Y54A 4XXSA 1IDAA 1SBGA 2FLEA 1ODWA 5P33A 3ST5A 1D4YA 1AXAA 4J5JA 3PSYA 4ACXA 5OZPA 1XN2A 2QZXA 1MT7A 1TW7A 1UPJA 3R2FA 1LF2A 5P3IA 4K4PA 5P4YA 5P8QA 3K5DA 3ZKGA 3VF5A 3LIZA 3LZYA 3O9EA 3LITA 2NTRA 7UPJA 1T7IA 4OD9A 2I0AA 2QI7A 2G24A 5HU0A 1IZIA 3PSUA 3KDBA 5HCOA 5KQYA 4I0DA 5P5VA 5P09A 4LC7A 1N49A 2Z54A 2QI6A 5P5UA 2G94A 1MUIA 2JJJA 2JJIA 1MTBA 3PBDA 3UDJA 5P0YA 5P65A 3UQPA 4I0EA 4LXKA 3QROA 2APRA 3PJ6A 3IVHA 1FQ7A 1FFIC 4YD3A 5P5IA 5P8BA 4Y50A 5P4GA 1B6KA 2NXLA 2AODA 2G1SA 2FGVA 4UPJA 5P6VA 2BKSA 3ZKXA 4I0ZA 2QI5A 3PSGA 3S43A 2ZGAA 4LL3A 4QLHA 1D4SA 2QI1A 3BGCA 5P8JA 3KDDA 3GI5A 1HPXA 2Q3KA 1HXBA 5P28A 4I12A 4Y51A 3SFCA 4EPJA 3GI6A 2HC0A 5ENKA 3OQ7A 2AVMA 4HDBA 5P1LA 1FIVA 5P89A 5P1TA 1SMEA 2P3CA 3UDKA 4ZE6A 2ANLA 4FE6A 5OZSA 3RTNA 3G6ZA 3OOZA 1HSIA 5BWYA 2ZJMA 2FNTA 4DJRA 5P77A 5OZ3A 3R0WA 5P3JA 1OEWA 1LYWB 2RKGA 1AM5A 4R91A 5P5BA 1YTJA 2IGYA 4CMSA 3NDUA 4OBDA 1FMUA 5OZ6A 3APPA 4J0PA 4CPWA 3NU4A 5AHCA 1W5YA 4Y5LA 4DJUA 5P5OA 2AOEA 5P35A 3L58A 3SA5A 1MSMA 3CMSA 2AIDA 4I8WA 2PH8A 5P8NA 1HVJA 3Q6YA 3NR6A 5P3XA 4R8YA 1MERA 3VYFA 3WZ8A 4TVGA 2F80A 2BPWA 3SM1A 1AZ5A 1XL2A 1IVQA 3OXXA 1FFFC 1MESA 3EM6A 5P6SA 3S85A 4HVPA 1XE5A 1EC1A 1NH0A 5KR2A 4DJYA 2G69A 3HD8A 5KQFA 2FDDA 1YTGA 3OAGB 5P8LA 1IDBA 2WJOA 1AVFA 3WZ6A 4DQHA 2PMAA 5P79A 2AOGA 2ER9E 4CPQA 3O9LB 3EKPA 5P1QA 1FF0C 5OZ5A 5P6CA 2I1AA 2PH6A 1HRNA 1T3RA 3NU6A 1K6TA 3EL4A 5OYRA 3L5DA 3VV6A 1PROA 3PWMA 2Q11A 1BWAA 4QJ8A 5P0NA 2FDEA 1IZHA 2QMDA 3BXSA 5P39A 3U71A 3TLHA 1XN3A 3PLDA 3KT2A 5P7XA 4Y4ZA 2HB3A 4OBHA 3L38A 4H3JA 5P5SA 1CMSA 3DCKA 3INFA 3GGAA 4N00A 2PYNA 5P85A 4D85A 4EXHA 5P6IA 2ZYEA 3SA4A 4KB9A 5P3MA 4CKUA 5J25A 3FKTA 5ER2E 4FS4A 5P2CA 4ER2E 1EEDP 2OHSA 2A4FA 1GVWA 2FXDA 3U6AA 4KUPA 4Y3RA 4TVHA 3VSXA 5P1CA 2AVQA 5ER1E 4X7IA 3QVIA 5P51A 3ZKMA 2WEBA 3WB5A 3G70A 3IN3A 5BRYA 5AH8A 5P06A 3VYDA 1VIKA 1OHRA 5P0ZA 2BPVA 1LYWA 4Y4UA 1ZAPA 1GKTA 2OF0A 2AVSA 4H3GA 1OD1A 4Y37A 5P2MA 4YBFA 4GJ9A 1PSAA 4FAFA 1B6MA 3O9FA 4IVTA 4Y6MA 3LINA 1B6JA 2AVVA 5P5WA 1KJGA 4B1DA 2ZJIA 3CKRA 6FIVA 1YM2A 2QI4A 5KOQA 4ZSQA 2PSUA 4CPXA 3FX5A 4DJQA 5AHAA 5E5KA 3OUCA 5P41A 3LZVA 3VFAA 5P0DA 1GVVA 5COPA 4RLDA 1ZBGA 4Y58A 1BWBA 5OZ7A 4RVXA 2BB9A 5P3TA 2XYEA 4Y36A 1F34A 5EZXA 1MVPA 5P6HA 1M4HA 5IVSA 5P5XA 5P7YA 3RTHA 5P02A 5P66A 2WHHA 5P11A 3OAGA 4U8WA 4WTUA 1E81E 4Y53A 4I1CA 3HZCA 4APRE 2AZ8A 3SM2A 2FXEA 1QBUA 3UFLA 3OU1A 4EQ0A 5OZWA 4M8XA 2Q63A 3IVIA 2IQGA 5P1AA 3O9LA 2VIZA 5P3SA 5P8VA 1YX9A 3L5BA 2Q5KA 2VS2A 4CPRA 1J71A 5P3WA 1HVCA 4S1GA 1HTRB 3TH9A 1YTIA 5P6TA 4QJ7A 4Y3YA 3VF3A 2AOCA 5P2IA 1LS5A 5P4IA 5P2JA 2G20A 5P1UA 4QJ2A 5P4JA 4YHQA 5C9FA 5P7BA 1IBQA 5KOSA 2I4UA 2O4PA 4Y3DA 2WF1A 3OQFA 4GJCA 2JYSA 5P0EA 5P3OA 5P8IA 5P0IA 1BXQA 3M9FA 1HIHA 5BS4A 4ZSMA 2V00A 2UXZA 3B7VA 3GGVA 4TRZA 5IVQA 5P2WA 4PPHA 1TZSA 2ZHSA 3OU4B 4RYGA 5P8TA 2FNSA 5P1JA 3UDQA 3NU9A 5P2RA 4Y3FA 3ZLQA 5P31A 1TSUA 1D4KA 5P4DA 5P6XA 3HBOA 4K9HA 2Q64A 3CIBA 1K6VA 5P8PA 4B1EA 3TOFA 4RROA 3BXRA 4J1CA 2QHCA 5P4HA 1XE6A 5P6QA 4Y5NA 5P6EA 1KJHA 2SAMA 3URIA 4JECA 5P4AA 5P3YA 5P5LA 2WF2A 4NJSA 3PBZA 2R5QA 3SA9A 2QNNA 1K1TA 5HE4A 3ZPSA 2VJ7A 4YE3A 3S7MA 3UQRA 3UPJA 4PYVA 3KFSA 5P10A 1MT8A 3O9HA 3K5FA 5P68A 1A8GA 1W6IA 2ZHVA 3CKTA 3TTPA 4FSLA 4Y48A 2VJ6A 1FQ6A 5P24A 3Q4BA 5P72A 3H5BA 3B80A 5P2DA 4FRSA 1LYBB 1META 1UH7A 2ZJNA 1Z1HA 2OHQA 2WEZA 3RSVA 1MRXA 4PZXA 4I0FA 1ZP8A 2QZKA 4ER4E 1A94A 1BIMA 2CEJA 2VJ9A 5P7NA 4HEGA 5P78A 3NLSA 3PHVA 3INEA 1W50A 4Y3NA 1EC0A 3UQWA 4DJWA 1QRPE 5P3GA 5P4CA 2R9BA 3OK9A 3QS1A 4J17A 3I8WA 4D83A 5P71A 3SLZA 5I3WA 3T7QA 5P7OA 5P84A 5P3RA 4WY6A 4Y3LA 1SP5A 1QBTA 3BUGA 5P0RA 3D1YA 1A9MA 4I10A 5P26A 5P3UA 5P3FA 4ZIPA 4J0ZA 3ER5E 2QCIA 4OC6B 5P1EA 4Y47A 5P4UA 5OYVA 1B6LA 2Z4OA 4HZTA 5KAOA 5P1DA 2IS0A 5P2TA 2ZHTA 3PWWA 5B18A 5P3CA 1B5FB 3TNEA 1APWE 2IKUA 5P5RA 5P5AA 4L1AA 3TKWA 5P0TA 4I0HA 4H1EA 4EXGA 5P38A 3FNUA 1APTE 5P27A 2OHRA 5HU1A 5OYSA 5SY2A 1TQFA 3OADB 1SIPA 5P12A 4Z22A 5P3EA 1K1UA 3JVYA 1HHPA 5P7WA 4AUCA 5P7VA 3D20A 1PSNA 3MXDA 5P17A 2HS1A 3PGIA 2QHYA 1M43A 5JG1A 3OU4A 7HVPA 3URLA 2I4DA 5P5TA 5P0BA 2HB4A 3KFNA 4YD4A 5P3HA 2OAHA 2NNPA 4PEPA 4YDFA 3UTLA 4B77A 4YCYA 2B7ZA 5P5NA 5P69A 5P6LA 3KA2A 3BUFA 3BHEA 3D91A 4Y5KA 5P59A 5P6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ6 A;  5OZ2 A;  5P6Z A;  1FQX A;  4EJ8 A;  4XX3 A;  1HTG A;  5OZA A;  5P64 A;  3OY4 A;  5P2G A;  3S54 A;  5P5K A;  5P1V A;  3OGP A;  1E5O E;  1ZPK A;  4OC6 A;  1BDQ A;  3PCW A;  3UDM A;  3BUH A;  4Y5E A;  2ZHU A;  4Y3P A;  5P0A A;  5P34 A;  2OHP A;  5OYW A;  2HPF A;  3OXW A;  4RCF A;  5P8D A;  3OXV A;  3QIH A;  4F76 A;  3QBH A;  4HE9 A;  4J1E A;  3TPR A;  3K5C A;  5P08 A;  3TPJ A;  5P8E A;  5HDZ A;  2WEC A;  5P0O A;  5UPJ A;  4R95 A;  1GVX A;  5P2F A;  5P3V A;  5P2S A;  3Q3T A;  2R8N A;  3MXE A;  5I3Y A;  5P74 A;  4Y3J A;  5P4N A;  2VNM A;  5P13 A;  5OZL A;  5P1B A;  1SGZ A;  1FMX A;  3O9A A;  2HB2 A;  1HVK A;  1LEE A;  3KFR A;  3EM4 A;  3R4B A;  4CP7 A;  1EPQ E;  2OHK A;  5P4W A;  5I3V A;  3NXE A;  2AVO A;  4FM8 A;  3PEP A;  3U7S A;  2I4X A;  3O9G A;  2V12 C;  2QD7 A;  5P37 A;  5P52 A;  1LF4 A;  5P5Z A;  3SAB A;  5P5Q A;  1YG9 A;  1DMP A;  5P29 A;  5P4S A;  5P2B A;  1BV9 A;  3OU1 B;  3NU5 A;  4ZSP A;  4OBZ B;  5CON A;  3PMU A;  3TOH A;  4FRJ A;  4D8C A;  3Q70 A;  4DQG A;  5TOL A;  1OEX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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