3IXKA

Potent beta-secretase 1 inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of potent BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylene isostere as central core.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 373
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ixkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ixkA02
3VSXA 3RSXA 5P1HA 5P53A 2BKSA 3OQFA 3UDJA 3SACA 3DK1A 3OY4A 5P6YA 4PYVA 5P2AA 4AA8A 3O9DA 5P6EA 5P1VA 3SA5A 8HVPA 1C6YA 5P4LA 4R91A 1WKRA 1EBZA 5P0TA 5P75A 5P8KA 1T7JA 2RKFA 5P79A 1B5FA 1M0BA 3L5FA 1GVWA 5P4BA 1GNOA 5OZNA 1BXOA 3FNUA 4NPUA 5P4JA 5P47A 3HAWA 2WECA 5OZCA 4FLGA 3UDPA 4YOBA 5P5UA 2AVSA 4GB2A 3I7EA 5P4AA 1LF2A 4ER4E 3CIDA 4FL8A 4Y37A 4X2LA 4J1IA 5P04A 3TPLA 2PMAA 5KR0A 3SA8A 2WHHA 3OAGA 4YHQA 5P6OA 4FRJA 4L6BA 3ZKMA 7UPJA 5P2QA 2V11C 2QNPA 5OZIA 5P3SA 1G0VA 3R1GB 3S7LA 5P5MA 2IKUA 5AH7A 4J1EA 2B42A 3FNTA 5P4UA 3NSHA 4Z2ZA 2ZHUA 3GI0A 5P2KA 4FGXA 5P8JA 3OU4A 1F7AA 5P4VA 4CPSA 2QD7A 1DAZC 5OZDA 2EWYA 4EHCA 3TOFA 5P60A 1E80E 4Y4DA 1ER8E 4NKKA 5P67A 4DJRA 3QN8A 3OK9A 2I4QA 3OXWA 4RCFA 5P7PA 2PH6A 1W5WA 5P1CA 5P29A 4CP7A 1B6MA 4Y3FA 3GGVA 2R38A 5P3HA 3UTLA 1ENTE 3O99A 4Y3AA 6APRE 5BS4A 1BBSA 5IVTA 4XXSA 5FIVA 5HDXA 5P6DA 4QJ9A 5P66A 3PSUA 4F73A 4ACXA 4R93A 3OUDA 5DR1A 4CPTA 3GGAA 4FIVA 4GJ9A 4Y4TA 2WF0A 2J9KA 4DJWA 1BDLA 1HTEA 2OHUA 3OADB 4QJAA 5P50A 1W5XA 3VUCA 2OHNA 5P0JA 2AIDA 2UY0A 3BUHA 1D4HA 3OU1B 5P43A 1HSIA 4QJ8A 3DCKA 2XYEA 4APRE 5APRE 1D4SA 4CPXA 3NLSA 5F01A 5P2TA 4H1EA 5P5EA 1TQFA 5P0SA 5P7GA 1W5YA 2G22A 3JW2A 1FQ6A 5P7FA 2O4LA 2AOHA 2IRZA 5HCTA 2AVVA 2VKMA 1SDUA 3IA9A 4Q1WA 5P0GA 1YG9A 4GJ7A 4J54A 4H3JA 4RVIA 5P23A 4TRZA 1RL8A 3S54A 5P4OA 4DQCA 5P5QA 4YBFA 4R5NA 4DQHA 4XX4A 5P7XA 3QBHA 4B1DA 5IS4A 1FIVA 5P8FA 1CPIA 1DPJA 1T7IA 5HDUA 5P4FA 3EKTA 2IQGA 5P7OA 2QZLA 1HTFA 3ZL7A 4K9HA 2Q15A 3ZKQA 1EBWA 3L38A 3OU3A 1KJ4A 1HVJA 2I4DA 4Y3HA 3BC4A 4Y48A 5OZFA 1FB7A 2IS0A 1YM2A 3VLBA 4HLAA 5COPA 4J17A 2IL2A 5P7WA 4OD9A 5AH8A 5P4MA 1ODWA 4TRYA 5P6MA 5DQCA 3PMYA 5P3IA 3TH9A 5P8SA 2UXZA 3LNKA 2F80A 4FM8A 3ZPUA 3Q5HA 3L5BA 4Y50A 5P5SA 4K4RA 3OUCA 5P24A 5P3DA 5P45A 4Y3LA 5EZXA 5OZ6A 1GNMA 3LPIA 4NPTA 1BDQA 3UHLA 5P3WA 4B78A 1MESA 4RGHA 4JPEA 5P16A 5P3RA 1LYWA 4I0HA 5P7DA 4ZE6A 4D85A 3LIQA 4FRKA 2QAKA 1LYBB 5P18A 1B11A 3MXDA 2PK5A 5P3CA 3LZSA 5P7MA 5P4HA 3NDWA 4YDGA 5P2VA 1ZAPA 5P19A 2AOFA 2WJOA 4DUSA 5BRYA 3QRVA 1FQXA 2P83A 4E43A 3NDUA 4OBHA 5KAOA 1CMSA 1A94A 1TSUA 1YM4A 3FX5A 1K6PA 5P5CA 1XS7D 5OZWA 4Y5LA 1ZSFA 1MIQA 2FIVA 5OYXA 5P8PA 2R8NA 2ZHRA 5P0PA 4YCKA 3FIVA 1FMUA 5P82A 1MVPA 4YCYA 2HC0A 2HM1A 5P5XA 3O9FA 4Y47A 5P6XA 4CPUA 5P3PA 3S45A 5P8OA 5AH9A 4FAEA 3BHEA 4Y58A 5OYTA 4J0ZA 4RRSA 4KUPA 3QS1A 3QVCA 5DQ2A 5P5KA 5P7UA 4J0VA 5OZHA 4DJVA 1UH9A 1NSOA 2ZJJA 1MRXA 5P76A 5HTZA 1BDRA 2HIZA 5AHAA 3HAUA 2IENA 5P8IA 2FGUA 2UPJA 1K6CA 5P1FA 2AOJA 1HVRA 4TVGA 5HU1A 2H6SA 3TOGA 5P3QA 5P8DA 2OHQA 5P2EA 2NPHA 4I1CA 3PBZA 4GJAA 5AH6A 5P0OA 3Q6YA 2AOIA 5DR4A 3PSYA 3KF0A 4LP9A 3WSJA 1YT9A 1T3RA 4Y3JA 2IGXA 2R43A 4I8WA 5P0MA 5HDVA 2O4NA 1C6ZA 3VLAA 3OOTA 3NWXA 5OYVA 5P0BA 5P5ZA 4LAPA 1YTJA 4J0TA 1RV7A 2AVMA 2JXRA 5P5FA 2SAMA 1XN2A 4I0JA 5P6PA 1HXBA 4XX3A 5OZAA 5P61A 4Y6MA 5P69A 4F74A 5P6RA 1E82E 4QGIA 2AODA 3DCRA 5P42A 4EQJA 2BPZA 5P07A 1SIVA 2QZKA 2V00A 4EJLA 1SDVA 3ZMGA 5P7CA 3G6ZA 1XE5A 3PCZA 5DQ1A 1SH9A 4DVFA 3U71A 1QBTA 3LIVA 1SIPA 2WKZA 2NXDA 1EPNE 3IXOA 2B8LA 3SKGA 5P8TA 5P5YA 1VIJA 3K4VA 6FIVA 3R2FA 1OD1A 4Z4XA 3NYGA 2WF4A 4YCTA 3R0YA 3VYDA 2NMZA 5B18A 5OZ2A 4EXGA 3UDQA 5P2BA 1W5VA 5ISJA 3O9LB 1HIIA 2BQVA 4Y4BA 1ZSRA 1FMBA 2VIYA 4FAFA 5P1UA 1XN3A 3OADA 1FFFC 1ODYA 5OZ7A 5IVRA 2CEJA 1MPPA 4Y44A 2G24A 3S43B 3OU1A 4FRSA 1HVKA 3TPPA 2VJ9A 1BIMA 2WF1A 3Q70A 2IDWA 5P1EA 1AJVA 4Y5EA 4Q1XA 2AOEA 3K4VC 3OGQA 4YD6A 4TVHA 3CICA 1XDHA 3OTSA 5KQXA 4Y45A 1XE6A 3EL1A 5OZ1A 5P32A 2AOCA 1LEEA 3TPJA 2JJIA 4GYEA 3VV8A 1VIKA 5OZVA 1B6PA 2Z4OA 1ODXA 5P05A 5P80A 5P8HA 5P0HA 1ZLFA 2AZ8A 5P5DA 4WTUA 1EC2A 5P8CA 4R95A 5P08A 1LZQA 3KFNA 3RU1A 3SM1A 3QI1A 3PB5A 3S8IA 5P0RA 5I3YA 4TRWA 5OYQA 1K6TA 1PSAA 3KT5A 3KMYA 3QP0A 1HIVA 3EC0A 2IKOA 3ZKSA 5P6WA 4L7JA 5P0LA 2FDEA 2AZ9A 1UH8A 5P8EA 5KR1A 3QROA 5P5GA 5P0KA 5P65A 5P71A 5OZ5A 4MC9A 2QI1A 4K8SA 4HA5A 4UPJA 4R92A 5P1DA 2NXLA 4LL3A 5P03A 4DJXA 5P70A 3PEPA 4FS4A 4DJOA 5OYUA 3OXVA 2VA7A 4Y3DA 2BPXA 5OYSA 1TSQA 4HDFA 3D91A 4QLHA 3APPA 1YTHA 5OZBA 2P3CA 5OYYA 2VNNA 5P44A 1AVFA 2G27A 3UQWA 3BUGA 2HPEA 4H3FA 2G20A 1EBKC 1UPJA 1W6IA 4JECA 5JFUA 2HS2A 1LYBA 4Y38A 2ASIA 1EAGA 4Q1NA 5P10A 4MC6A 6UPJA 3KT2A 3OXXA 1RNEA 3IAWA 3T3CA 4Y4AA 1MT8A 2OHSA 4D89A 3QRMA 5P1NA 1SDTA 4OBZB 4Y3GA 4ZSPA 3SM2A 5OZQA 3QAAA 1MRWA 3O9GA 1MERA 3AUPA 5OZEA 2WF3A 1HVSA 5P2YA 2NNKA 2OHRA 5P8NA 3AIDA 5P77A 3SQFA 4RROA 4GJDA 1EPOE 4GJCA 1QBRA 3PWWA 4Y51A 1APUE 5P13A 3RSVA 2QI3A 3EL5A 4Y3QA 2F3FA 5ENMA 2Q55A 1TCWA 5P68A 5JODA 4B72A 2AOGA 4RCEA 3K5GA 3KFRA 3NU3A 5P12A 2VJ6A 4I0IA 2V16C 2VS2A 3CKPA 5P5OA 4NJUA 2CENA 4OBKA 4Y4XA 5I70A 2Q3KA 5P2FA 5P38A 3EL4A 3SA3A 2WEAA 3VSWA 3O9BA 5P6BA 3VEUA 4HEGA 5P4XA 4LXAA 3O9CA 4Y3SA 1CZIE 2PYNA 5C9DA 3VFBA 3URIA 3VCMA 3BVBA 3OUAA 1K1TA 4ZSRA 2VJ7A 4OBFA 1AIDA 5PEPA 5JG1A 4I0FA 3L3AA 3O9HA 5CONA 3ZKIA 2FNTA 5I3XA 1T6GA 3UF3A 1LV1A 3N4LA 4Q5MA 3R0WA 5HDZA 4KE1A 3C9XA 2BBBA 2QNNA 3K5FA 5P56A 1G2KA 3ZLQA 5P36A 1HWRA 5I3WA 2PK6A 4A6BA 2ZJIA 4YD3A 3FNSA 5P7ZA 5P7YA 4YDFA 3SLZA 5P4KA 1W50A 2ZJHA 2OHMA 5P5VA 3BRAA 5P0IA 1IZDA 1HSGA 2G1YA 3EXOA 4CPRA 3GI6A 4EQ0A 5OYZA 4AA9A 3GI5A 3APRE 5P5NA 4Y3TA 1W51A 5E5JA 2BKTA 3NUOA 2V0ZC 4RYGA 1ZPKA 4Y3EA 3HBOA 2V12C 2ANLA 3B80A 4L7HA 1SBGA 3HVGA 3VF3A 1BV9A 2BJUA 1F34A 2FGVA 4RLDA 1FQ4A 4Y4UA 3LITA 5P4TA 1KJHA 4B1EA 3H0BA 1HBVA 5AGZA 2BPYA 5SY3A 1QBSA 2RMPA 5P0AA 4B70A 2AZCA 3OTYA 5P34A 3O9LA 5J25A 3OHFA 3VYEA 2VNMA 1D4KA 3EM4A 4DJUA 5P48A 1PPME 4U7VA 4YD7A 5P7LA 4PHVA 4AMTA 3T6IA 5P3AA 3NDTA 1RQ9A 2FXDA 4I11A 5P3LA 3EM3A 4EXHA 4DV9A 2ER6E 3S43A 3SA9A 1ZJ7A 5P86A 5C9FA 3LIXA 2P3BB 1K2CA 1EBYA 5P6NA 1WBKA 1N49A 1MSMA 3TLHA 2PSVA 2ZYEA 2G1SA 3L5EA 4FSEA 3NWQA 2I4WA 1NPVA 4K4QA 4ZSQA 2ZHTA 4Y4GA 3VYFA 2QP8A 5P0ZA 5CLMA 4L7GA 5P4IA 5P1QA 2I4XA 4I0DA 1G6LA 5KQFA 2XYFA 5P2MA 3VV7A 4GMIA 5P2XA 3K5DA 5AHCA 4X7IA 3EKVA 1QRPE 3PVKA 3VV6A 4ER2E 3EKYA 3HDKA 1EPME 4YD4A 2IEOA 2FMBA 2FXEA 4Y3MA 1J71A 3D1ZA 3PWRA 5P5HA 5P7VA 5P54A 3PBDA 1C6XA 4B05A 3PWMA 3SPKA 3O9AA 4WY6A 1IDBA 4Y5KA 2WF2A 4ZPFA 4ZSMA 3PM4A 1EC1A 3RTMA 5P26A 5P39A 5P8AA 2ZJKA 2R3WA 4DJPA 2QHZA 5OZZA 4R8YA 3LZUA 2F8GA 4GJ8A 5I3VA 5SXNA 2PQZA 5P59A 5P1BA 2P3AA 5OZMA 4FCOA 2PSUA 4J1FA 3K1WA 4J0YA 5P8UA 3EL0A 3FKTA 5P2CA 4YE3A 1FQ7A 4OC6B 3ZOVA 4LC7A 2Q11A 3ECGA 2JYSA 3UDMA 3GW5A 4Y3PA 5DR0A 4HDBA 5P7SA 3ST5A 4Y3XA 5HVPA 5P4WA 5P52A 1HRNA 5P1TA 5P4PA 4ZPGA 5OZ9A 2XFIA 3S85A 2RKGA 3EM6A 3T7QA 1E81E 1B6KA 4Y5NA 3CKRA 3IVHA 1GVTA 1EC0A 3UFNA 1PROA 1QS8A 5P0EA 5P1KA 1FF0C 5P2OA 3I6OA 3NXNA 5P1WA 3MSLA 4B0QA 3PI0A 2ER0E 1HEFE 2AZBA 2QHYA 3IGBA 5SY2A 1BWAA 1UH7A 2A4FA 1HVLA 3F9QA 4ZLSA 2ZJLA 5P63A 4Y4JA 3SFCA 2QMGA 4EJKA 3VF7A 5P7QA 3IXJA 4OBZA 2WEZA 5P3ZA 3KYRA 1YX9A 5P5JA 3SA4A 1SMRA 4Z50A 4RRNA 4I0EA 1ZPAA 2O4SA 5P3KA 4Y35A 5P0CA 4DPFA 1TW7A 5P64A 1HPVA 5P4ZA 1APTE 1EPPE 3D1YA 5P5TA 1MEUA 5P6JA 2OHTA 5P8QA 4EPJA 4DJQA 5C9BA 5DGUA 2R5PA 1FKNA 4OBJA 4CKUA 3PLDA 3SO9A 5P6QA 3EKQA 1FGCC 1APVE 3D1XA 1B6LA 1ZBGA 1M4HA 2RSPA 4ACUA 3LZYA 5P2LA 4EP3A 2IGYA 4Y4WA 3UDNA 2Q54A 4J55A 5P3MA 5P5LA 3T7PA 1IVPA 1XL5A 4Y56A 4Y36A 3SKFA 5P31A 3T11A 4GJ5A 1PSOE 2PH8A 3PI5A 5P2GA 5P72A 3PHVA 4F76A 3HLOA 3GI4A 3QIHA 4PZWA 2R5QA 2ZDZA 2VIZA 2MIPA 5P6KA 5P4GA 3OOZA 5P5BA 3NXEA 3UDHA 5IE1A 5KR2A 1IZEA 1HVHA 2QD8A 5P1RA 3UQXA 4Y3NA 1DMPA 1QDMA 5P1JA 4Y3ZA 3R4BA 1MT7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VSX A;  3RSX A;  5P1H A;  5P53 A;  2BKS A;  3OQF A;  3UDJ A;  3SAC A;  3DK1 A;  3OY4 A;  5P6Y A;  4PYV A;  5P2A A;  4AA8 A;  3O9D A;  5P6E A;  5P1V A;  3SA5 A;  8HVP A;  1C6Y A;  5P4L A;  4R91 A;  1WKR A;  1EBZ A;  5P0T A;  5P75 A;  5P8K A;  1T7J A;  2RKF A;  5P79 A;  1B5F A;  1M0B A;  3L5F A;  1GVW A;  5P4B A;  1GNO A;  5OZN A;  1BXO A;  3FNU A;  4NPU A;  5P4J A;  5P47 A;  3HAW A;  2WEC A;  5OZC A;  4FLG A;  3UDP A;  4YOB A;  5P5U A;  2AVS A;  4GB2 A;  3I7E A;  5P4A A;  1LF2 A;  4ER4 E;  3CID A;  4FL8 A;  4Y37 A;  4X2L A;  4J1I A;  5P04 A;  3TPL A;  2PMA A;  5KR0 A;  3SA8 A;  2WHH A;  3OAG A;  4YHQ A;  5P6O A;  4FRJ A;  4L6B A;  3ZKM A;  7UPJ A;  5P2Q A;  2V11 C;  2QNP A;  5OZI A;  5P3S A;  1G0V A;  3R1G B;  3S7L A;  5P5M A;  2IKU A;  5AH7 A;  4J1E A;  2B42 A;  3FNT A;  5P4U A;  3NSH A;  4Z2Z A;  2ZHU A;  3GI0 A;  5P2K A;  4FGX A;  5P8J A;  3OU4 A;  1F7A A;  5P4V A;  4CPS A;  2QD7 A;  1DAZ C;  5OZD A;  2EWY A;  4EHC A;  3TOF A;  5P60 A;  1E80 E;  4Y4D A;  1ER8 E;  4NKK A;  5P67 A;  4DJR A;  3QN8 A;  3OK9 A;  2I4Q A;  3OXW A;  4RCF A;  5P7P A;  2PH6 A;  1W5W A;  5P1C A;  5P29 A;  4CP7 A;  1B6M A;  4Y3F A;  3GGV A;  2R38 A;  5P3H A;  3UTL A;  1ENT E;  3O99 A;  4Y3A A;  6APR E;  5BS4 A;  1BBS A;  5IVT A;  4XXS A;  5FIV A;  5HDX A;  5P6D A;  4QJ9 A;  5P66 A;  3PSU A;  4F73 A;  4ACX A;  4R93 A;  3OUD A;  5DR1 A;  4CPT A;  3GGA A;  4FIV A;  4GJ9 A;  4Y4T A;  2WF0 A;  2J9K A;  4DJW A;  1BDL A;  1HTE A;  2OHU A;  3OAD B;  4QJA A;  5P50 A;  1W5X A;  3VUC A;  2OHN A;  5P0J A;  2AID A;  2UY0 A;  3BUH A;  1D4H A;  3OU1 B;  5P43 A;  1HSI A;  4QJ8 A;  3DCK A;  2XYE A;  4APR E;  5APR E;  1D4S A;  4CPX A;  3NLS A;  5F01 A;  5P2T A;  4H1E A;  5P5E A;  1TQF A;  5P0S A;  5P7G A;  1W5Y A;  2G22 A;  3JW2 A;  1FQ6 A;  5P7F A;  2O4L A;  2AOH A;  2IRZ A;  5HCT A;  2AVV A;  2VKM A;  1SDU A;  3IA9 A;  4Q1W A;  5P0G A;  1YG9 A;  4GJ7 A;  4J54 A;  4H3J A;  4RVI A;  5P23 A;  4TRZ A;  1RL8 A;  3S54 A;  5P4O A;  4DQC A;  5P5Q A;  4YBF A;  4R5N A;  4DQH A;  4XX4 A;  5P7X A;  3QBH A;  4B1D A;  5IS4 A;  1FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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