3JVYA

Hiv-1 protease mutant g86a with darunavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIARNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Highly conserved glycine 86 and arginine 87 residues contribute differently to the structure and activity of the mature HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3jvyA00
5TOLA 4IVTA 3ZPSA 2FGUA 3LIYA 3KDBA 1QBTA 3EM6A 4CPRA 1EPLE 3R4BA 2I4UA 4H3GA 2OHTA 3APPA 2B8VA 3NWXA 3CKPA 3O9EA 3UHLA 1GNNA 2P3CA 3HVPA 1FG8C 3BUGA 3BHEA 5E5JA 1BDLA 1LS5A 2FNSA 3VEUA 1ZTZA 2ZJLA 2G27A 3TNEA 3O9GA 4K4PA 4Y3LA 5P7KA 4F75A 4Q1XA 3TLHA 5P0QA 2B42A 2BPZA 2IKUA 2Q64A 3U7SA 4Z2ZA 3TKGA 1FIVA 5P0JA 2G22A 4PPHA 5P01A 4NJUA 4YDGA 3G6ZA 4D89A 4Y3HA 4Y4WA 4DH6A 3ZKIA 3EL5A 4Y4BA 5P0RA 5P8KA 1MTBA 4PZWA 5OZCA 3UDNA 3PWRA 1OD1A 2NXLA 4OBGA 1B6LA 4Z4XA 4J1KA 3HW1A 4Y53A 5P17A 2HS1A 5P2QA 1JLDA 3GGAA 5P42A 1T7KA 2QMDA 1SDVA 5P7SA 5P2NA 3SA5A 3PMYA 4L1AB 5OZFA 5P25A 4H3JA 1FMUA 2R8NA 5P73A 3QRVA 3QRMA 3UDYA 4Y58A 2PK6A 3INHA 1CZIE 5P03A 3PLDA 3VSWA 1FFIC 3RSVA 5P16A 3OY4A 1BVEA 5P4AA 2FIVA 5P8OA 5P11A 4U7VA 1HEFE 4Y3FA 3EM4A 1U8GA 3NU9A 1EPQE 4I0JA 4PZXA 5I3VA 4YHQA 5OZXA 4PYVA 3L5FA 5P10A 5P8JA 1E81E 4Y41A 2ZYEA 5CONA 1IZEA 3AIDA 4NPUA 3ZPTA 2Q11A 1IDBA 4K4RA 2IKOA 5P7MA 1D4KA 1IVPA 4QJAA 4YD5A 5OZOA 5P23A 4ER1E 4EP3A 1E80E 4GJ5A 4EJLA 1EBYA 3Q5HA 1W5XA 1Z1HA 1CPIA 1HVSA 3GGXA 5P0GA 5P1NA 2QNQA 5P3KA 5P86A 5EZZA 4DQCA 1B11A 1G35A 4J5JA 3WZ8A 4DQGA 4QLHA 3HAUA 3SKGA 5P4SA 3PWMA 3PCZA 1G2KA 3KM4A 5P2WA 4FAFA 5P1RA 4DV9A 1EC1A 4Y3YA 3NDXA 3L5DA 5P0FA 4Y5AA 5P4IA 5P49A 3OK9A 3S7LA 3N4LA 1SDUA 2Q54A 5P6KA 4M8XA 3IXKA 4RCDA 5OZDA 4XX4A 5SXNA 5IVTA 1HVHA 5P8CA 4KE0A 2RENA 5P0PA 3D1ZA 5P1XA 1TZSA 2ZHUA 4D85A 3OQKA 1Q9PA 4IVSA 3KFNA 4GIDA 2VA5A 3KT5A 4FCOA 3NU6A 5P7GA 2WEAA 4F76A 1T7IA 4HA5A 4RYCA 5P81A 2QI7A 5P4PA 5KOSA 2VJ7A 5P20A 5P3EA 1SBGA 5HU0A 5P7YA 1MT8A 4OBKA 3PRSA 5P4ZA 1G0VA 5P44A 4HLAA 1LYBB 3T7XA 2AVSA 2FS4A 5P7OA 2G20A 2WF0A 5P4WA 5P3QA 3INFA 5OZGA 5P6PA 5P2BA 5P8IA 5F01A 1AM5A 4JP9A 4LAPA 5P78A 2ZHRA 4B05A 3EL9A 2HB4A 1W6HA 3BUHA 1HVJA 5P4OA 4S1GA 1PPLE 4I8WA 2JJJA 2VIZA 5P6HA 4HDPA 1HTEA 4Y3WA 3OXXA 2I0DA 2XYFA 3ZMGA 6APRE 1ZLFA 1J71A 5HDUA 4JPCA 5OZKA 1SGZA 5P83A 2WF4A 5DGWA 3ER5E 3PGIA 1META 2H6SA 3MXEA 3OGPA 3OU1A 4Y38A 4Z22A 2WECA 5HDXA 4XKXA 2WJOA 3LIZA 2IENA 4LXAA 2RKGA 2AOEA 3S8IA 5P2CA 1ODXA 5DQ4A 4AZYA 1HSIA 5P6NA 3LHGA 3F9QA 2Q3KA 2V11C 5P0BA 5P6RA 2HC0A 2AZCA 1D4JA 3OUDA 4OC6B 3BXRA 3T7PA 4OBHA 7UPJA 1QDMA 4ZSRA 1W5WA 2PWCA 5P3HA 3RTHA 4J1CA 4DQFA 4EHCA 1EPME 2ZHVA 1HIIA 5OZ0A 1YTHA 5P3ZA 3EKWA 5P47A 3VUCA 1EPRE 3DOXA 5OZ7A 4OD9A 5P8VA 5P75A 3WB5A 3QI1A 3O9LA 5HD0A 4NJSA 4Y5CA 1A94A 3PEPA 3OXVA 1Z8CA 2AQUA 1PSAA 1K2BA 2G1SA 5P63A 3NUOA 3DCRA 4FE6A 2CEJA 3OOZA 4RRNA 4APRE 1BILA 5P3SA 3RTNA 1MVPA 4QJ6A 2FXEA 5P6GA 5P65A 5P7ZA 2VIYA 4K9HA 4Y44A 5P6TA 3HAWA 4NJTA 3RVIA 4Y35A 3OHFA 5P1DA 1UH7A 5P69A 5HCOA 2QHCA 2P3DA 2PSUA 3LITA 5P72A 4RYGA 3M9FA 3BVBA 3UDMA 5P2ZA 4EJDA 3ZKQA 5P8HA 5P32A 4DVFA 2F3EA 5P7JA 1HPXA 3EL4A 5P5CA 2FXDA 4DJXA 2ANLA 4KUPA 1FF0C 1XN2A 3QS1A 5P4TA 5P00A 3VYEA 5P0AA 3KDCA 5P8BA 3OUCA 2IGXA 4CPQA 3URJA 1HVCA 5P4NA 5P0UA 3NYGA 3ZPUA 5P0KA 1AXAA 1RNEA 3APRE 4EWOA 2OF0A 2NNKA 5P8DA 2AODA 5P3YA 2VIEA 5P5QA 4KB9A 1HBVA 5IS4A 4QJ8A 3L3AA 5KQFA 5OZBA 3VG1A 3FNTA 4HDFA 4BFBA 4CMSA 3LZSA 5P0LA 3QBHA 5P0MA 5BRYA 2VJ9A 1YT9A 2F3KA 4J0ZA 3WSJA 5P8QA 2QZXA 5P3BA 3S7MA 1ZPKA 1K1TA 3ST5A 3O9CA 1K6VA 2I4VA 5OZ9A 3SLZA 5ENKA 2IGYA 3PMUA 5F00A 3H0BA 1ZSRA 4M8YA 1UPJA 1TSQA 4ACUA 5P1GA 3VLAA 3UFNA 4Y4XA 4Y9WA 1T7JA 5DR7A 5P5DA 1BXQA 3D91A 3IXJA 4JECA 4YD3A 4RVIA 5OYXA 4I0GA 3JW2A 4DQHA 1IZDA 3EKPA 1AVFA 1B6JA 5OZMA 5P5JA 1GVXA 2O4LA 1ENTE 3KFRA 5P7AA 4LXMA 2WKZA 1HPSA 4Y51A 4I1CA 3VLBA 2HPEA 3C9XA 3R2FA 4GJCA 5P5OA 3HZCA 5P1MA 4LXKA 3KT2A 3LIXA 5P2AA 4Y54A 1RV7A 5P09A 4TVHA 3PHVA 5COOA 1C6YA 1DIFA 4DJUA 4Y5PA 5P1YA 5P4KA 4EQ0A 5P2SA 1BXOA 5P7IA 3RTMA 3KFSA 4LHHA 5P08A 4FRKA 1ZPAA 2RMPA 3ER3E 1FB7A 2PYMA 1GNMA 1MESA 5P7PA 3OXWA 3ZOVA 5DGUA 1HXBA 4BFDA 2RKFA 5OZ6A 4FM8A 2ER9E 5KR2A 1M43A 3O9AA 4K4QA 3GI6A 4PHVA 5P54A 3VF5A 1EPPE 5P4QA 5P88A 4DUSA 1YG9A 4DJWA 5I3WA 3B7VA 1Z1RA 5P48A 1EC2A 5P8PA 3OU4B 3ZL7A 3OTSA 3TL9A 6FIVA 3PWWA 2QD6A 3CKTA 3OHHA 5P0HA 2WEBA 3TKWA 1BDQA 5OZNA 4Y3ZA 5P0OA 5P3LA 2OHSA 1KJ7A 2P8HA 4RGHA 5P1WA 3Q4BA 3KDDA 5DR4A 2AVOA 4YE3A 5ISKA 5P6BA 5P4RA 5P85A 2QP8A 5P1JA 3G70A 5C9BA 5P68A 2AZ9A 1T6GA 4EPJA 4QJ7A 5P64A 2FNTA 4Y5KA 1TSUA 1TCWA 4I0HA 3MSLA 3K4VC 5P7CA 4CPSA 1HRNA 4L7JA 5OZRA 1EC0A 1BAIA 5P4YA 3TTPA 3VYDA 1N49A 4DJQA 4B70A 5P30A 1KJFA 3BGCA 3K5FA 2WF3A 4AA8A 1IZHA 1AZ5A 2PC0A 3LZYA 5HU1A 3KMYA 3OGQA 2G1OA 1RQ9A 2MIPA 4HE9A 3BRAA 3GI5A 1SMRA 2J9KA 4Y3TA 2AVVA 4H1EA 4YA8A 2JE4A 3SABA 1EPOE 3VV7A 5P5EA 2F80A 5P8GA 5P5FA 5HDZA 5OYZA 2PQZA 5P5AA 3KN0A 3QBFA 3SKFA 3OQFA 4MC6A 5P60A 2HS2A 1QRPE 4Y3DA 5P3XA 5P1IA 4Y3QA 3HDKA 2G21A 5P3DA 2QMFA 5P7UA 3UDQA 4Y5EA 5I70A 5P0ZA 3PSYA 1DW6C 2ER0E 4QJ9A 2QU2A 5P80A 3KYRA 3NSHA 4ZE6A 1EBKC 4Y4UA 4GB2A 2Q55A 5P8LA 1BWAA 2VKMA 3S85A 2AOGA 2B8LA 5P1SA 5P51A 3UDRA 2NXMA 5P2JA 4CPXA 1HTGA 3NUJA 4Y5GA 3D1YA 3EM3A 3MXDA 3HLOA 4OC6A 1W5VA 5OYSA 2G26A 1DMPA 3PBDA 4I0FA 3UTLA 3O9FA 3G72A 5P59A 2IEOA 4I8ZA 2QU3A 3LIQA 1HHPA 5P7NA 3NXEA 3IVHA 4EXHA 1ZJ7A 4RLDA 5OZPA 4ZPFA 3GGUA 3LNKA 5P6SA 5P7WA 1OEXA 1E5OE 3T3CA 5P5HA 5P1UA 3L5CA 2PK5A 4MC2A 2QI0A 4GJBA 3SM2A 5P3FA 2G1YA 3FV3A 2HIZA 5P2IA 5P37A 3R0WA 1GVTA 4FSEA 5P19A 4GJ6A 4EJKA 5KQZA 5PEPA 1IVQA 3ZLQA 1GNOA 5CLMA 5OZYA 5P8FA 3KA2A 2BKTA 5P3NA 4ZSQA 5P1FA 1B6MA 2OHKA 3R0YA 3QPJA 2HAHA 2R9BA 4ACXA 5P82A 4HZTA 4DFGA 1E82E 4ZPEA 3LPKA 5P3TA 4Y3NA 3UQRA 3CIBA 4Y3GA 4OBDA 3ZKSA 5P50A 5P0TA 2OHUA 4GJ9A 4N00A 4CP7A 1XDHA 5IE1A 5HE5A 3UF3A 5P6MA 4Y3RA 5JODA 5ER1E 4Q1WA 5P6UA 2I4WA 1HIVA 3S43A 1WKRA 4F73A 5P2VA 3JVYA 5P3RA 2P83A 2RSPA 3UQXA 1EBZA 5P22A 2JYSA 5P2YA 5P8RA 4Y47A 4Y5BA 1MIQA 3QVIA 1W6IA 1OEWA 3RU1A 5P2LA 5SY2A 1AJXA 3SA6A 5OYQA 2AOFA 1PSNA 1HPOA 3S2OA 2ZDZA 5P6CA 5P5SA 3UDHA 2QNNA 5P13A 4ZEAA 3U71A 2VA7A 5P4EA 3QP0A 5P76A 1C6ZA 3D1XA 1G6LA 3EKYA 5P1VA 4Q1YA 3RSXA 4JPEA 4PEPA 3NDUA 4YOBA 2WEZA 3JVWA 2P3BB 5OZIA 4J1EA 3OADB 2O4SA 5P0VA 4Y5LA 2SAMA 1K6PA 3UPJA 3CICA 4TRYA 3S56A 5P1TA 5P4XA 2I4DA 5P2FA 5P79A 3KMXA 3LPJA 2V10C 5COPA 4Y3PA 1APTE 3EXOA 4I0IA 3K4VA 4R93A 4Y48A 1XL2A 2ZJMA 2HB3A 5OZ3A 4QGIA 3O9DA 3EKQA 5P1QA 2HPFA 5P24A 2B60A 1YTGA 1LYAA 5P0WA 3QIHA 3UDPA 5KQXA 5P28A 3OQDA 1SIPA 3OAGB 4OBZB 4K8SA 4D8CA 4Y43A 1DAZC 2PYNA 2OHQA 4AMTA 3PM4A 2WHHA 2ZJJA 3WZ6A 3PSUA 3QVCA 4GJ8A 4H3FA 5COKA 4J55A 5KR1A 3UQUA 5I3YA 4RCEA 4ZPGA 1KJGA 5P38A 2NPHA 3FNSA 3DUYA 4NJVA 2QZKA 5P5NA 5KOQA 4TRZA 5DPZA 5P33A 5P56A 5P02A 1W51A 3SAAA 1KJ4A 5P3VA 5P8NA 2WL0A 2BQVA 1HEGE 1MSNA 3OOTA 4Y5MA 5OZVA 5P0IA 1IIQA 3S53A 3L5BA 4WTUA 3R1GB 3SQFA 4ER2E 2QI5A 4A6BA 2QZWA 3UQWA 7HVPA 2QHZA 4MC1A 4B78A 3L5EA 3TOFA 4RZ1A 3NDTA 2QNPA 2G24A 3CYWA 5P26A 3INEA 4OBFA 1W50A 5P1EA 1UH9A 5EZXA 2IQGA 4FAEA 3BVAA 4QJ2A 5P4DA 5AHCA 4RROA 4BEKA 1BIMA 2IL2A 3VCMA 1QS8A 1NPAA 2NMYA 4XX3A 3I7EA 5P58A 5OZWA 1QBRA 4J0TA 2O40A 3VYFA 3BXSA 4BELA 2H6TA 5P34A 5SY3A 4AUCA 1VIKA 5FIVA 3SA8A 1NH0A 4COEA 1EC3A 5KAOA 5IVRA 3LZVA 5OYVA 3TPPA 1EEDP 2BJUA 3O9HA 5AGZA 2Z4OA 5P4LA 2R3TA 1GKTA 1BDRA 4EP2A 5P70A 2F81A 3K5DA 3HD8A 4L1AA 1YM2A 2PSGA 5P45A 5P3OA 4TRWA 5J25A 1M4HA 4I10A 4DPFA 1HWRA 5P39A 1TQFA 4R95A 2A4FA 5P7QA 1BVGA 1APVE 3OU1B 2VIJA 3UDKA 4E43A 4HEGA 2CEMA 1MRWA 1FGCC 5P77A 3S45A 5P15A 2AOJA 3ZKXA 1HSHA 4Z50A 4Y3XA 3URLA 1BV9A 3ZKNA 5P1AA 2V0ZC 3BUFA 4LC7A 1LF2A 5ISJA 2UPJA 3SA9A 4I0DA 2UXZA 2JJIA 4EYRA 4Y3JA 1FQXA 3H5BA 3U6AA 5P1LA 2ER6E 5KQYA 4Y4AA 5AH7A 2QD8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5TOL A;  4IVT A;  3ZPS A;  2FGU A;  3LIY A;  3KDB A;  1QBT A;  3EM6 A;  4CPR A;  1EPL E;  3R4B A;  2I4U A;  4H3G A;  2OHT A;  3APP A;  2B8V A;  3NWX A;  3CKP A;  3O9E A;  3UHL A;  1GNN A;  2P3C A;  3HVP A;  1FG8 C;  3BUG A;  3BHE A;  5E5J A;  1BDL A;  1LS5 A;  2FNS A;  3VEU A;  1ZTZ A;  2ZJL A;  2G27 A;  3TNE A;  3O9G A;  4K4P A;  4Y3L A;  5P7K A;  4F75 A;  4Q1X A;  3TLH A;  5P0Q A;  2B42 A;  2BPZ A;  2IKU A;  2Q64 A;  3U7S A;  4Z2Z A;  3TKG A;  1FIV A;  5P0J A;  2G22 A;  4PPH A;  5P01 A;  4NJU A;  4YDG A;  3G6Z A;  4D89 A;  4Y3H A;  4Y4W A;  4DH6 A;  3ZKI A;  3EL5 A;  4Y4B A;  5P0R A;  5P8K A;  1MTB A;  4PZW A;  5OZC A;  3UDN A;  3PWR A;  1OD1 A;  2NXL A;  4OBG A;  1B6L A;  4Z4X A;  4J1K A;  3HW1 A;  4Y53 A;  5P17 A;  2HS1 A;  5P2Q A;  1JLD A;  3GGA A;  5P42 A;  1T7K A;  2QMD A;  1SDV A;  5P7S A;  5P2N A;  3SA5 A;  3PMY A;  4L1A B;  5OZF A;  5P25 A;  4H3J A;  1FMU A;  2R8N A;  5P73 A;  3QRV A;  3QRM A;  3UDY A;  4Y58 A;  2PK6 A;  3INH A;  1CZI E;  5P03 A;  3PLD A;  3VSW A;  1FFI C;  3RSV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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