3KF0A

Hiv protease with fragment 4d9 bound
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kf0A00
4Y3NA 3B7VA 5P3HA 3L5BA 5HTZA 1A94A 3I6OA 3C9XA 5IE1A 4Z2ZA 3BC4A 1AZ5A 4LXAA 2VIEA 1YTJA 2QI1A 2QMGA 2I1AA 4BEKA 1IBQA 3FX5A 5P13A 1KJHA 1GNNA 3SFCA 5I3YA 2HS2A 3KFRA 4RVJA 1OEWA 3UQPA 4DJUA 3O99A 5P16A 3AIDA 2J9JA 4Y5NA 1YM4A 3PWMA 1N49A 4RVXA 5P7EA 5P39A 5P12A 3NDUA 4XXSA 5P2FA 3D1YA 4Y3JA 3GI0A 5P4UA 3KFSA 5P43A 4EP3A 3UQXA 3OU3A 1Z1HA 5OZSA 4RZ1A 3EKQA 5DGWA 5P4CA 5P7ZA 3TKWA 1B6JA 1TSQA 2AVSA 5F01A 5P2SA 5OYVA 2QAKA 5OZQA 5P2QA 5DR4A 5P7BA 3SA5A 2AZCA 2AOFA 5AHBA 4LC7A 4Y3PA 3CICA 5P2WA 2AOHA 5OZIA 1HRNA 1HXWA 3K5DA 1HHPA 5P0EA 2OHNA 5P8JA 2IDWA 4A6BA 5P1MA 5P3QA 5P4IA 5P19A 4QGIA 4E43A 1QS8A 5P60A 4GJAA 4QJ9A 3O9IA 1HTEA 8HVPA 1T6EX 3RTHA 2VS2A 1MT8A 3TPRA 3B80A 5AHCA 3ZMGA 2FLEA 4D85A 5ER1E 1D4SA 4R92A 5P0WA 3QBFA 1BV7A 1APVE 2I4QA 4ZSQA 5P45A 3EM3A 4PEPA 3OUDB 3MXEA 2PWRA 4Y4UA 4LBTA 4Y3DA 3PWWA 5OZMA 3LZYA 4DJYA 4HLAA 5P7UA 3BVAA 2PWCA 4CPTA 5P4NA 3DOXA 4DJVA 3HLOA 5P6VA 5P0LA 1HVCA 3PSGA 1HTFA 5P6CA 3EL0A 3S43B 1PFZA 4FSLA 1KJGA 3SKFA 1YG9A 5P6WA 3WSJA 3OUCA 4GJ7A 1DIFA 2FGVA 3GW5A 3OUDA 5APRE 5AH9A 2R9BA 1HTRB 2ZJMA 5DR8A 1HPVA 4DQGA 5P1EA 5HDVA 5P5CA 5P5YA 3PVKA 1W5XA 4Y3HA 4I0EA 4EHCA 4RCFA 3HBOA 3WB4A 3APRE 2O4SA 3S43A 1TSUA 2AQUA 2PMAA 1B6MA 4J0ZA 5P05A 2BPWA 3EM4A 1HSIA 4F74A 3G72A 4Y3TA 1BXQA 2QNPA 4Y3XA 3TL9A 5P8BA 2WL0A 1EC2A 1FQ7A 1B6PA 1ODYA 4I0GA 5KOQA 4Y48A 1TZSA 2FNTA 3BUFA 3TOFA 1HPOA 3ZKNA 2ZDZA 5OZ1A 1CMSA 1MVPA 1AJVA 1ZBGA 2QP8A 5P0RA 3I8WA 4Z22A 4H1EA 4NJTA 1HIIA 2QHZA 5P8GA 1IDAA 2F8GA 5P0GA 2VA5A 1BDRA 2ER7E 3VUCA 4YA8A 4R5NA 5C9DA 1CZIE 2ZYEA 1EBZA 2R38A 5P4SA 5P00A 1MRXA 2AZBA 3EMYA 4M8YA 2G1OA 5P1XA 2QI3A 3UHLA 5P09A 4L1AA 3OUAA 1BBSA 3QRSA 4B77A 3KM4A 3R0YA 2IGXA 4L7JA 4CKUA 3LIXA 2H6TA 4Y53A 1BWBA 3AUPA 3OK9A 1EBWA 4D83A 5UPJA 2FMBA 5P2DA 3MSJA 3ZKGA 3VYEA 2NR6A 4EPJA 1BAIA 4GJ6A 4Y3EA 3O9BA 1TW7A 2AVQA 3VSXA 4B05A 1ENTE 3TTPA 2HB2A 4HVPA 1E5OE 5P5PA 3TH9A 5P0VA 3ZPUA 3CKRA 5P4YA 5P0BA 4EJ8A 2Q55A 2FGUA 1SIPA 3RSXA 4HDBA 5P1BA 4BFDA 4Z50A 1MTBA 4XKXA 1BILA 2Q5KA 4YD6A 3QBHA 3SA6A 5OYXA 5DR0A 5P5ZA 3EC0A 1RQ9A 3VLBA 1FLHA 4J0VA 1E82E 5P78A 2RSPA 3KMXA 1M0BA 1SDUA 3OHFA 4Y58A 3OOTA 5P4LA 4YD4A 5P0TA 3D91A 5HE4A 5OYQA 1FG8C 2OHUA 5P5UA 3O9GA 4GYEA 4XX4A 2EWYA 1APWE 5P26A 3CKTA 1SDVA 4R95A 4ZSRA 5P3GA 4Y4BA 5P7WA 2QMDA 5P8DA 5P4VA 4HEGA 2IENA 2F80A 5OZ5A 5OZWA 3SPKA 3T7PA 1FFIC 5P8PA 5P3UA 3O9HA 4I0ZA 5P2YA 3U6AA 3KYRA 3BGBA 5P5AA 4Y5MA 5P37A 2ZJHA 1WBKA 5P2UA 3QS1A 3QPJA 1LYAA 4Y50A 1IZDA 3UPJA 5KQZA 4D88A 5OZ7A 4D8CA 1TCXA 3FNTA 2ZHTA 5P7DA 2I0AA 3M9FA 3OQAA 4APEA 2PSGA 3ZKMA 3BHEA 2ASIA 5P2GA 2VNMA 4RROA 1FB7A 4DJPA 4F75A 5P6TA 2AVVA 4RVIA 4J55A 1A30A 1UH7A 5CONA 4N00A 3L5FA 4HE9A 3NUJA 2AOJA 2BQVA 5P61A 5P6MA 1OD1A 5P6ZA 1YT9A 3BGCA 5P1OA 3SACA 4Y39A 1AJXA 2XYEA 5P2LA 2XYFA 5P3YA 5P7NA 2V12C 5P2XA 5HDXA 3L58A 5P4JA 3S2OA 4Y9WA 4OBDA 2AZ8A 2I0DA 1K1TA 1HSHA 5E5JA 3EM6A 3LINA 4ER2E 3PGIA 4I8ZA 4KB9A 1K6CA 2VA7A 5P7QA 3O9LB 5P30A 1SMRA 3SABA 5P1AA 4DUSA 2OHRA 2AVOA 1GVTA 5DQ1A 5ER2E 2CEMA 2QI6A 1XN3A 3QIHA 3OADB 3S54A 5P3KA 7UPJA 4YCYA 1YM2A 1BXOA 4FAEA 2HIZA 1YTHA 2HS1A 3HAWA 4Y4DA 4B78A 1PSAA 5P2EA 3IVHA 2IL2A 2FDEA 1EBYA 3O9LA 4BELA 3PLLA 1ZPKA 3OQ7A 1GNOA 1Z1RA 3VFAA 2B7ZA 5DQ2A 1FEJC 5DR1A 3UQRA 3CYWA 5P8QA 4Y5EA 3KFNA 4Y5KA 2OHMA 3CIBA 3EKPA 5P73A 4B72A 4R8YA 5HDZA 4B70A 3PBDA 1HTGA 4I1CA 5P5KA 3OUBA 4FM6A 5P5SA 3I2LA 5HCTA 4ACXA 4FLGA 3EL4A 4Y57A 2V13A 5P4GA 5P31A 3OAGB 4Y3AA 5P8OA 2QI7A 4Y4EA 2WF4A 5P02A 5I3XA 5P5IA 3IGBA 1K2BA 3DK1A 5JG1A 1HEFE 4JPEA 4U7QA 1FG6C 4APRE 5P3EA 1Q9PA 3BUHA 5P4KA 2ZJLA 5P3FA 1HVIA 1NPWA 2V0ZC 3RSVA 3FV3A 1IZHA 1BVEA 4Y5PA 3H0BA 5KAOA 3SA9A 5P1SA 3PCWA 1VIJA 1IVQA 3INDA 5IS4A 2OHKA 2B60A 5AGZA 1PSOE 2RKFA 5P27A 1HWRA 2ZJKA 3TPPA 4I8WA 4U7VA 1W51A 3VSWA 4R93A 1HXBA 5OZ3A 5OZKA 5P20A 5P38A 3T6IA 3QN8A 3PRSA 3ZKSA 3OXXA 1LF2A 3URIA 4HA5A 5P1HA 5DQ4A 5P7RA 2NXLA 4M8XA 5ENMA 5P1NA 1AVFA 3FIVA 5P3MA 5P41A 3SA4A 2HPEA 3NXEA 5P2AA 2BPXA 4QJ7A 1W5YA 4FSEA 5P5JA 1IDBA 5I3WA 5HU1A 5P3SA 1E80E 5P83A 3QRVA 5COPA 5P64A 3JVWA 4Y35A 4KE1A 2RKGA 5P7FA 4WY1A 4Y3FA 4WTUA 4NJUA 3RVIA 4DJOA 3L5CA 4QJ8A 2HM1A 4GMIA 5OZRA 5P0DA 5P5NA 5P7KA 5P6DA 3UDNA 1K2CA 2ZHUA 3VV7A 3OTSA 3VLAA 3K5GA 4OC6B 1G0VA 4J54A 2P4JA 5P5MA 5OZ6A 1QBUA 5P0KA 3IAWA 4S1GA 5OZTA 3LIYA 4ZSPA 3OXWA 5P0NA 2QZKA 3KF0A 3R1GB 5P1YA 2FS4A 5OZGA 1BIMA 4GB2A 4F73A 4CPQA 4Y4GA 5P6JA 4MC6A 4OBFA 4Y3LA 3EL1A 2A1EA 3VF3A 2BKTA 3MSKA 5P1UA 5P36A 1APTE 3GI4A 1K6PA 3GGVA 2VIYA 5OZPA 5IVQA 5P8KA 4B1DA 5P75A 4AMTA 4ZPEA 5P6OA 5OZJA 1C6ZA 4GJBA 5P0HA 5P3RA 2G26A 5P8FA 1FF0C 5OZCA 1EC3A 3WB5A 3LPJA 5P4HA 3SO9A 1XDHA 2QK5A 3ZKQA 4LL3A 2HC0A 2F3EA 2ZJIA 5JODA 4K4PA 4GZFA 2G1NA 3VV8A 5P2ZA 2UY0A 1HIHA 5P82A 5P5XA 4Y4TA 1W6HA 4Q1WA 5P66A 1LV1A 5P3CA 3OXVA 2FXDA 2QD8A 4RCEA 4Q1XA 1ZP8A 5P7GA 4J1EA 4DJRA 3UF3A 1FFFC 3KDBA 3EBZA 1MPPA 1ZSFA 5I70A 4YD3A 5P06A 2OHPA 2G1SA 1IVPA 5P3ZA 4FM7A 3S85A 2QI5A 1EPRE 4AZYA 1KJ4A 2APRA 1LF3A 5P56A 4MC9A 2O4LA 1B6LA 1BDQA 3OTYA 3PI0A 3R4BA 5P8RA 4PZWA 5OZYA 3CYXA 5P2VA 1QBRA 5I3VA 5P6BA 3K5FA 4OD9B 2NMZA 4Y4ZA 5P3VA 3NDTA 4J17A 5OYRA 5P76A 5P84A 2MIPA 3LIZA 5CLMA 1T7KA 2AVMA 4X2LA 5P5LA 2JYSA 3NU6A 4PPHA 3SA7A 3T11A 4RRNA 3UDMA 3VF5A 4FAFA 4F76A 1EPLE 3IVIA 5P5QA 1ZLFA 5P2IA 4WY6A 2HB3A 2OHLA 4OD9A 1M43A 1D4YA 2IGYA 2O40A 2WKZA 3OGQA 1SBGA 5P7PA 3QI1A 5P3AA 4YBFA 1HPSA 1U8GA 4BFBA 2ER6E 2IS0A 1MRWA 3LPKA 4I10A 1B6KA 2IQGA 2WF0A 1FKNA 5COOA 5P1VA 4QLHA 3PI5A 4HDFA 3LPIA 3HDKA 4Y3ZA 4PHVA 3OOZA 5P70A 1MERA 1UPJA 5P7CA 4H3GA 5AH7A 3O9EA 4K8SA 5P7VA 3SQFA 1W5VA 4Y37A 1ODXA 4CPXA 2WECA 4J5JA 4QJ6A 5OYTA 2OAHA 5P58A 3HVPA 4NKKA 1EPOE 1XL2A 2HPFA 4FRKA 1B5FB 5P1WA 5P0OA 2ER0E 2NNKA 5P23A 4Z4XA 2G69A 5P07A 1QBTA 1XS7D 3N3IA 5KQXA 2A4FA 5P6SA 3PMYA 1FMBA 3ER3E 5BS4A 3T7QA 3QRMA 4LP9A 1K6TA 4UPJA 1LYBB 5P8IA 5T4SA 5P5GA 2Z4OA 3HVGA 5P2MA 2XFJA 1KJFA 4HZTA 3ST5A 3L5EA 5HD0A 2G1RA 5P4XA 5P0UA 5OZ8A 1D4IA 4Y3SA 3UDRA 5P77A 4DJQA 3BUGA 1APUE 5P3TA 5P1FA 5P6XA 2Q3KA 3NSHA 5JFPA 3UDKA 2OHSA 2WF2A 2AOGA 1XE6A 2NXDA 5B18A 4MC1A 1PPLE 2NXMA 5P44A 4FRSA 5P4QA 1SMEA 3GI5A 3NUOA 3D1ZA 2QHYA 3PEPA 4K4RA 3L59A 5P40A 3NWQA 3Q5HA 5P63A 2NPHA 3FSMA 1ODWA 5P3OA 3PHVA 4Y36A 5P7IA 5P1PA 4TRYA 2ZHSA 4ZEAA 3KA2A 1MEUA 5P6UA 3KT2A 1RNEA 5P2OA 2P83A 5P1DA 5P1LA 2PK6A 2PYMA 5P51A 3EKTA 4J0YA 3UTLA 5P6YA 5P49A 5P0IA 5DQ5A 5P6RA 5P8VA 5IVTA 5P62A 3NYGA 4XX3A 3TPLA 3HD8A 3QP0A 5P0XA 5P48A 5P5DA 6APRE 3LITA 1UH9A 4EQ0A 1FGCC 3RTMA 2ZHVA 1ZTZA 2QU2A 4RYGA 5P2RA 3S53A 1FMUA 4DJWA 5OZNA 1MSNA 5P4EA 3DCRA 1FQ6A 1EPME 5P53A 1HEGE 5P7HA 1EC0A 2R8NA 5P69A 5DQCA 3Q70A 5P3DA 2BJUA 2JE4A 5J25A 2ZJNA 5P5BA 3O9CA 3EKXA 2OHTA 2IRZA 3LZUA 3BXRA 4B1CA 4DV9A 5P34A 5IVSA 1GVWA 2VKMA 4DQEA 5P6LA 1DPJA 2JJIA 4ZPFA 5DPZA 4J0TA 4EQJA 3URJA 2G20A 4HDPA 4LAPA 5P3XA 1WBMA 3LHGA 4L7GA 4YBIA 1IZEA 3INEA 5OYUA 4ER4E 2ANLA 5P4ZA 3ZLQA 4B0QA 5P0CA 3OQKA 1NPAA 2VA6A 3EXOA 5OZBA 1BWAA 4ZLSA 1B11A 2R5QA 1DP5A 2BPYA 1QDMA 3LNKA 5P3PA 3CMSA 4AA9A 3N4LA 1NH0A 3NXNA 3VYFA 3HW1A 2P3BB 4EJDA 2WF3A 1FMXA 3T7XA 1TQFA 3DV5A 4I12A 3NDWA 5P5WA 1D4HA 4Y3YA 1SH9A 5P7MA 3NU4A 3NR6A 2HB4A 2Q15A 2QCIA 2V11C 5P1IA 5OZVA 3INHA 1LYWB 3UDHA 5P7OA 3OADA 2P3CA 3HZCA 2P3BA 5P5VA 5OYSA 3KFPA 2PC0A 5P5HA 2PH6A 4B00A 3PCZA 3K5CA 4R91A 1MUIA 1HPXA 2FXEA 3S7MA 5P3NA 2AOIA 3G70A 1DW6C 5P59A 3TNEA 5C9BA 3O9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3N A;  3B7V A;  5P3H A;  3L5B A;  5HTZ A;  1A94 A;  3I6O A;  3C9X A;  5IE1 A;  4Z2Z A;  3BC4 A;  1AZ5 A;  4LXA A;  2VIE A;  1YTJ A;  2QI1 A;  2QMG A;  2I1A A;  4BEK A;  1IBQ A;  3FX5 A;  5P13 A;  1KJH A;  1GNN A;  3SFC A;  5I3Y A;  2HS2 A;  3KFR A;  4RVJ A;  1OEW A;  3UQP A;  4DJU A;  3O99 A;  5P16 A;  3AID A;  2J9J A;  4Y5N A;  1YM4 A;  3PWM A;  1N49 A;  4RVX A;  5P7E A;  5P39 A;  5P12 A;  3NDU A;  4XXS A;  5P2F A;  3D1Y A;  4Y3J A;  3GI0 A;  5P4U A;  3KFS A;  5P43 A;  4EP3 A;  3UQX A;  3OU3 A;  1Z1H A;  5OZS A;  4RZ1 A;  3EKQ A;  5DGW A;  5P4C A;  5P7Z A;  3TKW A;  1B6J A;  1TSQ A;  2AVS A;  5F01 A;  5P2S A;  5OYV A;  2QAK A;  5OZQ A;  5P2Q A;  5DR4 A;  5P7B A;  3SA5 A;  2AZC A;  2AOF A;  5AHB A;  4LC7 A;  4Y3P A;  3CIC A;  5P2W A;  2AOH A;  5OZI A;  1HRN A;  1HXW A;  3K5D A;  1HHP A;  5P0E A;  2OHN A;  5P8J A;  2IDW A;  4A6B A;  5P1M A;  5P3Q A;  5P4I A;  5P19 A;  4QGI A;  4E43 A;  1QS8 A;  5P60 A;  4GJA A;  4QJ9 A;  3O9I A;  1HTE A;  8HVP A;  1T6E X;  3RTH A;  2VS2 A;  1MT8 A;  3TPR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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