3KFPA

Hiv protease (pr) with inhibitor tl-3 bound, and dmsos in exo site
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfpA00
5P26A 5P11A 1HPVA 2ZJNA 5OZTA 5P38A 3VSWA 4APRE 2OHLA 1EPPE 1BVGA 2JE4A 3VYFA 4DQFA 4YDGA 5OZPA 1B6JA 4ZPEA 2VIEA 5P51A 3TOHA 1GVTA 3S2OA 2VA7A 4CPRA 3I2LA 4OBDA 3SAAA 5P2YA 1SMRA 2BPVA 3BXSA 3QROA 2VIZA 1HVKA 2SAMA 1MRWA 3FKTA 3GI5A 3OK9A 4J1EA 4Y4GA 4FRKA 3VF3A 4GJAA 4DUSA 1BILA 1BXOA 1FQ5A 4GMIA 1APUE 4Y3GA 5P3OA 4HVPA 2FDEA 5P6PA 3UPJA 1ZJ7A 2AODA 3KDBA 2FGUA 1FIVA 3PCZA 4ER4E 4QJ6A 1EPRE 5P30A 3S43B 4B00A 5P4FA 1QRPE 5OZAA 3NWQA 5P01A 4OBGA 3EBZA 1HSIA 2V11C 4Z4XA 4U8WA 3R0WA 5FIVA 1KJHA 3EKYA 1GVWA 2PSGA 4PHVA 2WL0A 2Q54A 1NH0A 5I3WA 5P0YA 4L1AA 2Q5KA 3KDCA 3PI5A 4NJVA 4Y5LA 5T4SA 5P72A 2WEBA 6FIVA 1PROA 3ZPSA 5P43A 5CONA 5P16A 5P8KA 5P2OA 4ZIPA 5P06A 1T6GA 4I0EA 5P1SA 5SXNA 2BPXA 3OY4A 4FAEA 5P3VA 5P86A 2P3AA 4RVIA 3HBOA 2P83A 3KT2A 4PPHA 5HTZA 2V10C 5P68A 5P8PA 3T7PA 5HE7A 2PC0A 4DVFA 5P1RA 3LIXA 1BDLA 5ER1E 5P0LA 4HDBA 5P4SA 5OZWA 2V12C 3RVIA 4Y56A 5HU1A 3OU1A 4ZPGA 1FG8C 5P4MA 3PLDA 3JW2A 4D8CA 5P7UA 1BV7A 2PYMA 1CZIE 2QI3A 5OYYA 4HA5A 4Y4TA 5KQXA 3OHFA 4YHQA 5P7OA 5HD0A 3SM1A 4K9HA 5P1XA 1DW6C 3RTNA 1PPLE 4HE9A 2Q63A 1D4KA 3OQFA 5P2ZA 5OYZA 5OZ5A 3VV8A 5DR4A 1GNNA 3DUYA 4Y5NA 5P2BA 4L7GA 5AH9A 4GJ8A 3WB5A 3KDDA 3C9XA 5P53A 1OD1A 3QAAA 3PBZA 5P3XA 5P20A 5P2RA 3I25A 5P2NA 3DV5A 4GJ7A 2A1EA 5P71A 5P41A 1MEUA 5HE4A 1B5FA 5P8RA 3OXVA 3SPKA 3LZVA 3OQKA 3Q6YA 4OBZA 4Y3QA 3PWRA 3ZOVA 5P2DA 4NPTA 1YTJA 3PWMA 3RSXA 5OZMA 5P5BA 5OZ4A 5P81A 4QJ7A 3VCMA 5P37A 3EKPA 2ZJMA 4QJ9A 5E5JA 5COKA 5HDUA 5P3BA 2PQZA 4GJ9A 1A30A 4J5JA 2JXRA 2QMGA 1HTRB 3S8IA 5P4BA 3CIDA 5P77A 5AH7A 2WECA 3BHEA 3PRSA 3LIZA 3OUAA 5P5DA 5P7YA 3ZPTA 5P1DA 5P7NA 2R43A 1NPWA 3R2FA 1LYBA 3VG1A 5P5JA 4GYEA 1T7JA 4TRZA 4J0YA 1LF2A 2WJOA 4F73A 4Y43A 4QJ2A 1IZHA 1MTBA 5P7VA 5BS4A 5P00A 5DQ2A 1A8GA 5P6IA 5P54A 5IVTA 2F80A 2UY0A 1QBUA 2FDDA 3FNSA 3OAGA 5P5PA 4FSLA 4RVJA 1B6MA 1RQ9A 3NLSA 4EP3A 3I6OA 1EBKC 3K4VC 3Q5HA 3DOXA 4RZ1A 3KM4A 2PSVA 2IENA 2AVVA 5P57A 2QP8A 5OYSA 5P6LA 1ZP8A 2JJJA 4QJAA 3TNEA 5I3XA 3CYWA 1B6KA 1EPQE 4HDFA 5P4HA 4YE3A 4XX4A 2G69A 5P07A 5P3CA 1OEWA 1BVEA 3OOTA 1TW7A 3EKVA 4GJ6A 4I12A 2P3CA 5P1MA 3ZLQA 4MC1A 3ECGA 1BAIA 4Y3ZA 2ZHVA 2I4XA 5P8CA 2H6TA 2VS2A 2R9BA 4BEKA 4LXAA 4Y38A 2F81A 1BV9A 4Y53A 5P2XA 1QBTA 4A6CA 4R91A 2V00A 2PMAA 4HDPA 5OZVA 3WZ6A 3MWSA 4L1AB 3T11A 4IVTA 1FMBA 5AHBA 3PBDA 2ZJKA 3L5BA 3PM4A 5DR3A 5P1YA 5P89A 3O9CA 3L5EA 5P12A 3PB5A 5P6SA 3IN3A 3UCBA 3NXNA 2OAHA 5P2CA 2QMFA 2G24A 2Q64A 4EHCA 3D20A 3TPLA 5P1LA 3K5FA 5P4JA 5DR8A 3FIVA 1F7AA 3N3IA 5P7SA 3O9EA 5P5IA 2IQGA 5P1QA 1UH7A 4LXMA 5P3TA 1EPLE 2V16C 5AH6A 3INDA 3OU1B 5P5XA 1IVQA 5P4WA 1TSUA 4B1EA 5P44A 3GI0A 5P0AA 3OHHA 1KJGA 2F3KA 5CLMA 2OHQA 5P8UA 3UF3A 5P5MA 4DH6A 3ZMGA 2QU3A 2Q55A 5P63A 3TPPA 5P69A 3GGAA 1A94A 3HAWA 1ZSRA 2R8NA 4OD9A 5P1WA 1BIMA 1F34A 2AIDA 1ZPKA 3KMYA 4X7IA 3S85A 2B7ZA 3PGIA 3DCKA 4K8SA 1B5FB 3PHVA 5OZ6A 3QRVA 2V0ZC 3OXXA 3BC4A 5P0VA 2OHTA 5AHAA 3L5DA 5P4TA 3QN8A 3NSHA 3JVYA 5P13A 3VF7A 5P0QA 2BKTA 3RTHA 5KR1A 1W6HA 1A8KA 4Q1NA 1T6EX 2PH8A 5P14A 2A4FA 5P3HA 4I0IA 4Y3JA 4Y4BA 5P8LA 2AVSA 3O9GA 1MT8A 2PK6A 3QP0A 1FKNA 5P0HA 2CENA 1MESA 5P7IA 5P3MA 3VUCA 1GKTA 1HTFA 4B72A 4RRSA 4I8WA 3L5CA 2QHZA 1LYBB 3L58A 2Z54A 5P2VA 3ER3E 5P6KA 3NUOA 5P29A 5P15A 5P6YA 5OYWA 3S54A 5DR1A 1LF3A 4Y50A 3PI0A 5HDZA 5P4RA 3RTMA 4DPFA 4APEA 4YD5A 5P7ZA 4OBKA 2VJ9A 2VNNA 3CKTA 3BGCA 3EKQA 4RYCA 1DAZC 4Y35A 5P4LA 5P1TA 1META 3UQPA 4KE1A 3OAGB 3EKWA 5P70A 3IVHA 3NU6A 2BBBA 3QRMA 4ER2E 4I0FA 3GGVA 1OHRA 1MVPA 3AIDA 4J1HA 1D4LA 1BDQA 5P8QA 3LHGA 4LXKA 4D88A 5APRE 3KN0A 4B70A 5HDVA 1OEXA 1XL2A 4YCYA 3G70A 4MC9A 5P19A 3S45A 5KOSA 2I1AA 3UFNA 3HLOA 4RCDA 1GVUA 1AJVA 2RKGA 2J9JB 3FSMA 4I0HA 4RCFA 4Y3SA 5P0CA 2R38A 1EPNE 4Q1WA 4HLAA 1KJFA 2FS4A 4ER1E 1BDRA 2R3TA 4YD6A 5P7MA 5P7JA 5P5TA 4PYVA 3UHLA 4TVGA 5OZ9A 3VSXA 1HPSA 4GJ5A 1HWRA 4D89A 1FQ8A 3G6ZA 4GB2A 3VEUA 2XYEA 5P7RA 1G0VA 1HRNA 1EC1A 2OF0A 5P7HA 1A9MA 1YM2A 1MSMA 3IXKA 4KE0A 2P8HA 4JPCA 3LINA 5OZFA 5P3WA 5P6GA 3IA9A 1BBSA 4YOBA 5P61A 6APRE 4EQ0A 3BVAA 2P3BA 5P5AA 4H3JA 2QI4A 2BKSA 4U7QA 2HAHA 4NPUA 2V13A 1M0BA 1LYWA 5P0UA 2HM1A 2WKZA 3NDUA 3ZKIA 5OYTA 5P5FA 5P7WA 4YOAA 5P23A 4EJ8A 2AOIA 5P5RA 4B78A 5P3NA 4EWOA 3LITA 3MSJA 3QS1A 2AOEA 2ZHSA 3EL9A 4DQEA 5P76A 3D3TA 4Y4WA 2XYFA 1G6LA 4DJWA 4J17A 3T7QA 2HPEA 4YBIA 1FQ7A 2QMPA 4Y3NA 4R95A 3B80A 4DQCA 2G21A 5P1FA 1FG6C 4Y4UA 3LNKA 1XL5A 3INFA 3NWXA 2NXMA 1SIVA 4I0ZA 1FQ6A 3IAWA 3KMXA 5P79A 4J0PA 4KB9A 2RMPA 4AA9A 1HIIA 5P2TA 5P04A 4EP2A 2AZ8A 5HDXA 5P4AA 5KQZA 3OGQA 5P6OA 4OD9B 3OXWA 4Y54A 2AVMA 5P45A 5OZ0A 5P1AA 5P08A 7UPJA 2I4UA 1LV1A 3LZSA 5P0EA 5KR0A 3OTSA 3R1GB 5AGZA 5P0NA 3QVCA 3NU3A 3VV7A 4J1FA 3PWWA 4CKUA 1YTGA 2OHNA 3HDKA 1HTGA 2F3EA 3PMUA 5P05A 4FM6A 4DJYA 1ZLFA 5P5ZA 2RSPA 4F74A 2QNNA 3N4LA 4Y5KA 5P0GA 2HPFA 5P1CA 1KZKA 1WBMA 1ME6A 5HE5A 2Q11A 3NXEA 3GW5A 1ZTZA 4CMSA 5P2MA 2HB2A 4FS4A 1PPME 5BWYA 1D4SA 3H0BA 4EQJA 2IL2A 4LBTA 5ISJA 5OZLA 1FMXA 1E82E 3VLBA 7HVPA 4Y3DA 1EPME 5ENKA 5P5SA 1WBKA 2Z4OA 3SA3A 4Y3MA 4RGHA 4I0JA 3INEA 5OZYA 4B77A 5P3JA 4CPSA 4DJUA 1N49A 3Q70A 2JYSA 4L7HA 2MIPA 3PLLA 5P22A 3SA6A 4I0DA 4OC6A 3UTLA 3NUJA 2NNKA 3BUHA 1HTEA 5P6XA 4J54A 3F9QA 5P2FA 1CMSA 4FLGA 5P8FA 2ZJHA 1AAQA 5DR0A 4JOOA 3UDNA 5P66A 5P7BA 5P5UA 2WF0A 5P4QA 1IZEA 3NYGA 3SLZA 4I10A 5P83A 3SKGA 2APRA 2IGYA 5P0KA 5P8TA 2WHHA 4YA8A 1HVHA 5P46A 4Y3FA 2B8LA 2ER6E 1K1TA 5OZXA 4Y5PA 5P88A 2P3DA 3GI6A 4LHHA 3OUDA 2R5PA 3OUCA 3D1XA 2R3WA 1MRXA 5P6AA 4LL3A 4QJ8A 1Z1HA 2PYNA 1CPIA 3APPA 5OZNA 3SKFA 5P60A 1FF0C 3OWNA 4TRWA 4DQBA 2ER9E 3L5FA 5P6JA 3IN4A 1TCWA 5OYQA 2EWYA 4DQHA 3SM2A 4M8XA 3EMYA 4Z22A 4Q5MA 1BWBA 1RPIA 4YCKA 1EAGA 2G22A 3VFAA 5JODA 3IGBA 2VKMA 4CPXA 3APRE 5P50A 1GNMA 2VJ6A 5P0JA 3KF0A 3UDJA 3BRAA 2P3BB 5P09A 4FM7A 5P6NA 5P3EA 4J0ZA 5OZRA 1LYWB 1EC0A 3HAUA 3UDPA 2AZBA 2IS0A 1T3RA 3L3AA 5OZ7A 4R8YA 2XFKA 3K5GA 4EJDA 3A2OA 4GIDA 1MERA 4Y3TA 3SA9A 5P1GA 2G26A 5P8GA 4Y3LA 4BELA 5P5EA 3VLAA 1LEEA 2OHPA 2QZXA 3IXJA 5ISKA 3NU9A 3O9DA 5C9FA 5P7QA 2WF2A 5OZIA 2QHYA 4Y5AA 2J9JA 3GGXA 4FSEA 5P6ZA 1AVFA 3ZKGA 1SMEA 5P0SA 5P6EA 4U7VA 2G1SA 5P7GA 1NSOA 5P48A 3UFLA 3DM6A 1MSNA 1BXQA 3OGPA 5HCTA 4FCOA 4Z50A 5P0OA 1APVE 4Y44A 3OQAA 5P6CA 4Y3HA 2IGXA 5P2WA 5P1HA 5SY2A 1C6ZA 3O9HA 5P3RA 4F75A 5P4KA 1MUIA 3CKPA 3HVPA 2AVQA 4I11A 3BVBA 1ZPAA 4EYRA 5P65A 3WSJA 3EM6A 1SBGA 4D83A 5P2AA 1B6PA 2RENA 2NXLA 5OYVA 5KR8A 5P7EA 3SA5A 1ODWA 5P6BA 1C6XA 2UXZA 4Y5BA 5P85A 4B0QA 1W5YA 1G2KA 5IE1A 2NPHA 4CPUA 4Y48A 5P0MA 1KJ4A 4YD3A 5P0DA 5P6DA 1IDAA 5EZZA 1XN2A 2VJ7A 1NPAA 2I0DA 3BGBA 2O4KA 5BRYA 4Z2ZA 2XFJA 4I0GA 4J1CA 5P2GA 5P87A 4UPJA 2AQUA 1M4HA 4R5NA 5P3AA 2FXDA 3UDKA 5P78A 1YTIA 1SGZA 2O4PA 3GGUA 5OYUA 2ANLA 3MSKA 4Y5GA 3UQXA 3NU5A 1QBSA 2P4JA 2WF3A 4FRSA 3QBHA 3OQDA 3BUFA 4YD4A 5F01A 1J71A 2QMDA 5P67A 3PMYA 3Q4BA 2VA5A 4TVHA 5DPZA 3ZPUA 2ZYEA 1EPOE 5DGUA 4FL8A 5JG1A 5P4OA 5SZ9A 5P34A 1SGUA 5P3ZA 3O9BA 5AH8A 5P5YA 5P1NA 1E5OE 2F3FA 3LZUA 4EPJA 2BPYA 5P8NA 5P8EA 2O40A 5P3YA 5P4PA 3O99A 2G94A 4J1IA 5P74A 3SA8A 3FNUA 4OC6B 3ZKNA 4LAPA 4OBFA 3ZKXA 5P0WA 2VNMA 4Q1YA 5P47A 1UPJA 5OZBA 2BJUA 4DJPA 1HVCA 3L59A 2QI7A 4DJVA 1AZ5A 3I8WA 2B8VA 5OZUA 3KT5A 4Y3AA 4ZSRA 2NMZA 4Y58A 5P28A 1LYAA 3QI1A 3TL9A 2BPZA 3TKGA 3TOGA 5C9DA 5OZSA 1NPVA 3RU1A 3KFNA 4Y36A 2FIVA 2Q15A 3OUDB 1TQFA 2B7FA 3ZKSA 4HZTA 2BPWA 4ZSQA 1ER8E 2AOJA 4H3IA 5OZ2A 4QGIA 2ASIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P26 A;  5P11 A;  1HPV A;  2ZJN A;  5OZT A;  5P38 A;  3VSW A;  4APR E;  2OHL A;  1EPP E;  1BVG A;  2JE4 A;  3VYF A;  4DQF A;  4YDG A;  5OZP A;  1B6J A;  4ZPE A;  2VIE A;  5P51 A;  3TOH A;  1GVT A;  3S2O A;  2VA7 A;  4CPR A;  3I2L A;  4OBD A;  3SAA A;  5P2Y A;  1SMR A;  2BPV A;  3BXS A;  3QRO A;  2VIZ A;  1HVK A;  2SAM A;  1MRW A;  3FKT A;  3GI5 A;  3OK9 A;  4J1E A;  4Y4G A;  4FRK A;  3VF3 A;  4GJA A;  4DUS A;  1BIL A;  1BXO A;  1FQ5 A;  4GMI A;  1APU E;  4Y3G A;  5P3O A;  4HVP A;  2FDE A;  5P6P A;  3UPJ A;  1ZJ7 A;  2AOD A;  3KDB A;  2FGU A;  1FIV A;  3PCZ A;  4ER4 E;  4QJ6 A;  1EPR E;  5P30 A;  3S43 B;  4B00 A;  5P4F A;  1QRP E;  5OZA A;  3NWQ A;  5P01 A;  4OBG A;  3EBZ A;  1HSI A;  2V11 C;  4Z4X A;  4U8W A;  3R0W A;  5FIV A;  1KJH A;  3EKY A;  1GVW A;  2PSG A;  4PHV A;  2WL0 A;  2Q54 A;  1NH0 A;  5I3W A;  5P0Y A;  4L1A A;  2Q5K A;  3KDC A;  3PI5 A;  4NJV A;  4Y5L A;  5T4S A;  5P72 A;  2WEB A;  6FIV A;  1PRO A;  3ZPS A;  5P43 A;  5CON A;  5P16 A;  5P8K A;  5P2O A;  4ZIP A;  5P06 A;  1T6G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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