3KFRA

Hiv protease (pr) dimer with inhibitor tl-3 bound and fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfrA00
1CMSA 5P26A 3SA4A 4GJAA 3HVGA 5KR1A 2RKFA 4J1HA 3NU6A 5DR0A 1C6XA 5P5IA 2QZXA 3O9FA 4Q1XA 2NMYA 4LXKA 1K6CA 5P03A 4TRZA 5P2RA 4RYGA 3PGIA 2ZJJA 4XXSA 4F75A 3UDHA 1ZPKA 2R43A 3IGBA 2VNMA 1XL5A 4K9HA 1W6HA 5HE5A 1ZAPA 3R4BA 1TCXA 5P30A 4I8ZA 1B6LA 4GZFA 5P7LA 2I0AA 5OYZA 5P8EA 1B5FB 2EWYA 2I4WA 2ZHRA 3KFNA 2J9JB 3HDKA 3I2LA 4RRNA 1E5OE 4Y45A 4BFDA 2G69A 4OBHA 5P0XA 4FE6A 4MC2A 3OGQA 5HTZA 2AODA 1FMUA 5AHBA 2QK5A 3PBZA 2IS0A 4JPEA 1K6PA 1E80E 4GJ8A 4Y39A 2R8NA 4YHQA 2QMGA 1FQ6A 5CLMA 4RGHA 5P09A 2O4LA 1HHPA 1OD1A 5P5FA 4J17A 1ZPAA 1HVKA 5P4PA 4Y5LA 2VIJA 4B00A 4B70A 2P3DA 2NPHA 1JLDA 1PPKE 2I1AA 4YCKA 5OZ9A 1B6MA 5P6RA 5OZJA 1FQ8A 4WTUA 3Q5HA 5DQ2A 4DQFA 3K5CA 1LEEA 5C9DA 2XYEA 1MTRA 2QCIA 1MSMA 2XFKA 4RCFA 1EPRE 4Y5GA 3LPIA 2NTRA 3I25A 5P6PA 4F76A 4DUSA 2V10C 3ZLQA 2F3FA 4YDGA 3TH9A 5P5QA 3JVWA 5P80A 5HDZA 1GVXA 1HXBA 3PM4A 5I70A 5P7XA 2PQZA 4TVHA 4Y43A 5KR8A 2R3WA 3OWNA 1UH7A 4CPUA 4ZEAA 5HD0A 1D4KA 3DCRA 3QBFA 4I0FA 5OZ5A 1SMEA 3EKYA 1T6EX 3LITA 5P82A 4Y36A 3EKVA 5P01A 5P2VA 3QS1A 5P8DA 2OHQA 4KE0A 3ZOVA 3QROA 4I0IA 2O4NA 5P0MA 3VF3A 2HB4A 1K1TA 5P4HA 5P5JA 4FAEA 1TW7A 3UTLA 2WF4A 4Y4GA 5P0OA 1MT8A 4J1IA 3FKTA 4J55A 3OUBA 2AVSA 5ISKA 2PSVA 2PH8A 3KFSA 2ASIA 1C6ZA 4Y5PA 5P7PA 1TQFA 5P78A 1FKNA 4Y3FA 4DQBA 4Y3YA 5P2KA 5P0FA 2HC0A 2IENA 2QMFA 5F00A 5OZ8A 1FQ4A 5OZNA 5P7UA 1W51A 5P7AA 1RPIA 5P2MA 2ER7E 4Y3JA 5P60A 1W50A 5EZZA 5OZIA 2ZHSA 3QAAA 3NDWA 4D85A 4FAFA 4LL3A 3S53A 4DJQA 1HWRA 5P3VA 4Y4DA 3ZMGA 2RMPA 3OHFA 3K1WA 4APRE 3KDDA 3VUCA 1FFFC 4GJDA 1HVSA 3DJKA 5P27A 5P0SA 4M8XA 3NDXA 5P7CA 5P3JA 1HOSA 3HAWA 5P1EA 3BGBA 3SM1A 1IVQA 3ER5E 1BDRA 2QZKA 3EL4A 5DR1A 4DQEA 5P89A 5P06A 5P0TA 4FRJA 3UPJA 2QI5A 4H3GA 3CKRA 3L5EA 3T11A 2QD7A 4N00A 4YBIA 2O4KA 1BXQA 2WF2A 3Q3TA 3S7MA 5P5YA 2V12C 2AOCA 1HPXA 4I0EA 5KAOA 4NJVA 5P1GA 5DGUA 3VF5A 3IVHA 3L38A 3EKPA 2AZ9A 2G1SA 3SKGA 5P2DA 5P5XA 4R8YA 3NLSA 5P1PA 3MXDA 2H6TA 3BUFA 3WB5A 5OZUA 5P0HA 4LC7A 5C9BA 1VIJA 2I4UA 4FRSA 3SPKA 3OU4B 4HA5A 4QGIA 1BVEA 5P53A 4NPUA 3QN8A 3N4LA 4OD9B 5P6UA 2AZ8A 4RZ1A 1T7KA 3KDCA 1GNOA 3BVBA 4OC6A 2AZBA 1TSQA 3URJA 3K4VC 3S56A 4EP3A 5P71A 1SIVA 1Z1HA 1DPJA 4HDPA 4ER2E 3INDA 3LZVA 1XL2A 4ZLSA 3S45A 1RV7A 3EXOA 1MRXA 5OZQA 2OHUA 4DQCA 3DOXA 3PI0A 5OZDA 4Y54A 4FIVA 2HB3A 5P1CA 5P3EA 4YCYA 3TLHA 2B7ZA 1YM4A 4Y48A 2I4QA 1RL8A 3R2FA 3IXJA 3WZ6A 3UQXA 1PSOE 2Q15A 5DQCA 3TOGA 5P19A 1KJ4A 2APRA 3NU9A 4YOAA 3I8WA 4QJ2A 3D1ZA 4DJWA 5P6DA 4DJXA 4DQHA 5P3PA 2PK6A 5P32A 3OHHA 1BDQA 5AHAA 4ZSPA 5KR2A 1KJGA 5P1AA 5OZ0A 1NPWA 4L7GA 5P6AA 3SKFA 3HVPA 4Y3ZA 3OQ7A 2QU2A 2OAHA 2XYFA 3BUGA 3WZ7A 3UQPA 6UPJA 4J1EA 4PZWA 1M43A 5P6LA 2FS4A 1AXAA 1YTJA 5OZSA 3MWSA 3D91A 1MESA 2HPFA 3OQAA 5P47A 1KJFA 5P7VA 3LIYA 3OAGA 5P1WA 2JE4A 3ZKGA 3EL0A 3H0BA 3OUCA 3BHEA 4FS4A 2WKZA 4GJ9A 1ZTZA 2FNTA 4QJ6A 1META 3O9CA 4ACXA 3UDJA 1HVCA 1NSOA 2WHHA 5P2XA 3ZPTA 3LHGA 2CEJA 5P7HA 4YD4A 5P2OA 4YDFA 5P4FA 1EPNE 1SDTA 4MC1A 3TKWA 5P1HA 1IZHA 3EM3A 5P5OA 4Y5MA 5P2JA 2OF0A 5P00A 4AZYA 2O4SA 3SO9A 1HPSA 1CZIE 1ER8E 1HSGA 3CIBA 3S54A 1AZ5A 5I3VA 2FXDA 3Q4BA 3RTNA 4B05A 6APRE 4I1CA 4LXMA 3KN0A 3G72A 5P5ZA 5P3UA 5P2NA 5P7BA 4D8CA 2QI1A 1SIPA 3NWXA 3PRSA 3OUAA 5P4SA 5P29A 3ZPUA 4GIDA 4K4QA 5P7WA 2QP8A 5AHCA 1MUIA 4OBJA 4OBFA 5P59A 3K5DA 5P7QA 1EBKC 5P0AA 5P0BA 4COEA 3LPKA 3ZPSA 5P2QA 5P6KA 5P58A 1G35A 1CPIA 5P3NA 1ME6A 2AOGA 3ZKQA 4RVXA 1D4LA 3PCZA 4PZXA 3S43B 6FIVA 5P3FA 2IGYA 3NUOA 5P51A 4FSEA 5P1OA 1T3RA 4ER1E 5P1VA 3PI5A 3KYRA 2RKGA 4Y6MA 1HTRB 3CKPA 5P49A 5P3TA 3IXOA 5P2AA 3BXRA 3ZKXA 3PSYA 2B8LA 5HE7A 5KQFA 4EP2A 3OOTA 2J9KA 1A8GA 5P2CA 4DJUA 5P76A 5OYWA 1FQXA 3EKXA 3FIVA 4CPTA 5HDUA 2ZJMA 3HBOA 4J0VA 3VYFA 5P1ZA 1DIFA 1MTBA 4Y3XA 4FCOA 4B1DA 3GGUA 3CICA 3FX5A 5OZGA 3RVIA 3D20A 5P5BA 5HVPA 5P15A 4B1EA 4CPXA 5OZTA 2IGXA 5P4KA 1EPLE 4GJCA 4B0QA 1WBMA 4EJDA 4R91A 2R5QA 3KDBA 3O9HA 5P1LA 5P2LA 3T7XA 4J1CA 4YD7A 5P0QA 2QNPA 4FM6A 5P41A 1HEFE 3O9IA 2IEOA 5P70A 3PLDA 1EBWA 5P0CA 4Y3WA 3K4VA 4YBFA 1XN3A 1DW6C 1EEDP 5P4WA 3OADA 1TCWA 2OHPA 3NU4A 2BQVA 5OZKA 4IVTA 5P5CA 5P4TA 1AIDA 5P3XA 3KT2A 5P3SA 2V13A 1T7IA 5P25A 5P1TA 1GNNA 1UPJA 1BWBA 2QI3A 4DH6A 1AVFA 3HW1A 1FLHA 4Y56A 4Y3SA 5P5LA 2BPVA 5P8FA 3VFAA 1FMBA 3NSHA 1C70A 2G22A 3GI0A 3VCMA 1A9MA 5P4AA 4FRIA 1A94A 2Q55A 2AIDA 5P5HA 5P5VA 4H3FA 5P6IA 1PSNA 3CYXA 5P3GA 5P81A 3UDRA 1BAIA 3HLOA 1GVTA 4BELA 3OUDA 3PVKA 3LZYA 2Q3KA 4ACUA 1QBRA 5P87A 4Y5BA 5EZXA 2G94A 4H1EA 3SLZA 3PMYA 4ZPGA 3EKQA 3NXEA 4FM8A 3C9XA 4J54A 2QHZA 2QI7A 2WEBA 4Y3AA 1NPAA 3OXWA 4AMTA 1SDVA 3IN4A 5HU1A 2AOEA 3LIQA 1YM2A 3G70A 4HDFA 1K2BA 4QJ7A 4R95A 3M9FA 4DQGA 2HIZA 3CIDA 5KQZA 5OZVA 3TNEA 5SY2A 5P42A 5F01A 3UFLA 3EKWA 4Y44A 3GI5A 1B6KA 1APVE 4L1AB 2I4VA 2BPYA 5KOQA 1HRNA 2ZE1A 3O9EA 3AIDA 5P18A 3EM4A 3CMSA 1Z1RA 3GI4A 2WF0A 3OXXA 4Z2ZA 2B60A 2IQGA 3QVCA 5P8UA 1NPVA 4Y4JA 2Q64A 2I4XA 3TPPA 5P5EA 2QZWA 5P2YA 3OU1A 4ZE6A 4Z50A 2F81A 4GMIA 4I12A 3VF7A 5P5TA 3UDQA 1GKTA 5P1XA 3VLBA 4Y3RA 5DGWA 5P79A 4I8WA 3SA5A 3SA8A 2NMZA 5P65A 1QBUA 5P3WA 5OYQA 1WBKA 1AM5A 4I0GA 2RENA 4Y58A 4A4QA 4Y5EA 1MEUA 1PROA 3S2OA 3VEUA 4KUPA 5P57A 3QRMA 2F80A 4RVIA 5AH6A 1Q9PA 1LYBB 5P69A 4HDBA 3UDNA 1G0VA 4FSLA 1HVRA 4YCTA 5APRE 4H3IA 5P4ZA 5P8TA 4I0DA 5P8MA 1ZLFA 2VA7A 1TZSA 3FNTA 5BWYA 4I0JA 2WEAA 2QD8A 3LIVA 5OYUA 2AVQA 1YG9A 4Y4UA 1G2KA 2BPZA 5P1YA 3K5FA 4J0YA 5P4EA 1W5WA 1FB7A 2G27A 1SGZA 1AAQA 2QU3A 3RTMA 3EBZA 3DCKA 4EHCA 5P7DA 3TPRA 2HM1A 1EBYA 3NYGA 4I0HA 1SMRA 3EC0A 2PWCA 1EC2A 4GB2A 2VIYA 2ZGAA 3RSVA 1FFIC 3DUYA 2VJ9A 5J25A 5AH8A 4GJBA 5P8CA 1MIQA 3L59A 3UDMA 1E82E 5P1MA 1LZQA 4I11A 4Y50A 5AH9A 2AQUA 5P1BA 3BRAA 5P08A 2QI0A 5P6SA 3ST5A 1B11A 2V00A 3LNKA 3L5DA 3EL1A 3OXCA 5P3YA 1EBZA 2G20A 4Y3EA 5OZEA 4K8SA 5P6NA 2QHCA 4YD5A 5OYXA 2VS2A 4DVFA 5P2ZA 3OGPA 4Y5AA 4ZPFA 1C6YA 5OZFA 3QRVA 2VIZA 4ZSMA 1EC0A 2PMAA 4Y3LA 3MSLA 1EPOE 3S85A 4Q1NA 5P3RA 5P44A 3BC4A 3GGVA 1M4HA 1ZSFA 3SACA 1SGUA 1AJXA 1FG8C 3DM6A 4RCEA 5P39A 2P3AA 5OYYA 4YE3A 2ANLA 1OHRA 4EPJA 5P7YA 3UF3A 5P1IA 3ZKMA 5P0RA 1A8KA 2CEMA 5P8IA 5BRYA 3SQFA 1XN2A 5P31A 5P07A 5KQYA 1HPOA 3TTPA 4K4RA 5P7ZA 5P8VA 2FGUA 4GJ5A 2OHRA 3LPJA 5OYTA 2IDWA 4OBZA 3N3IA 2HS2A 3CKTA 2O4PA 5P72A 5UPJA 3CYWA 5P0JA 4FM7A 5P8NA 4CP7A 5JG1A 4J5JA 4CPSA 2P8HA 2G1YA 5HU0A 3D3TA 5P6JA 5FIVA 2SAMA 5P3DA 3T7PA 3URLA 1BILA 2R3TA 3S8IA 4LHHA 5P1RA 5P75A 5P8PA 5P4OA 5P5SA 5IS4A 5P2HA 1APTE 4PHVA 5P5UA 5P8KA 4RLDA 4Y9WA 1ODWA 5P5MA 3D1XA 5DR3A 1TSUA 4GYEA 3PEPA 5P4IA 1FMXA 1T6GA 2PWRA 5P67A 2OHSA 3AUPA 1YTHA 4J0TA 5HE4A 4Y47A 3EMYA 1W5VA 3PWWA 5CONA 4DJYA 4EJLA 3WZ8A 3OU4A 9HVPA 5IVSA 4Y4WA 3L3AA 4FRKA 4NJSA 3K5GA 1A30A 1SP5A 3IN3A 4I10A 4CMSA 4QLHA 4KB9A 1LYAA 2FGVA 4L6BA 1MSNA 4TRWA 4J0PA 2QAKA 3PWRA 2ZJIA 5P0EA 5P7RA 4EXGA 3UQUA 1IIQA 5P3QA 2VIEA 4DPFA 5P43A 4L7HA 3QP0A 2WL0A 5P2FA 5COKA 5P2GA 2Q54A 5P83A 5P1UA 4CPWA 5P4GA 2Q5KA 3NR6A 4Y5NA 4Q5MA 3UHLA 1LV1A 2HAHA 4EJKA 3D1YA 1BV7A 4J1FA 5OZMA 1MERA 5P4NA 1D4SA 3PWMA 2VNNA 1HTGA 2IL2A 1KJ7A 5P6EA 2QNNA 2IRZA 4XX4A 4DI2A 5P3KA 1ZJ7A 4ER4E 5DR8A 1LYWB 2P3BB 5P48A 4QJ8A 3Q70A 5DR4A 5IVTA 4AUCA 1KJHA 1FQ5A 5OZRA 2Z4OA 4LXAA 4EWOA 2AZCA 4OBKA 2R38A 5P5KA 5ER1E 1YTIA 4Y41A 1YT9A 5P0LA 5ISJA 4DJOA 1W5XA 5E5JA 5OZ1A 5B18A 1GNMA 3TOHA 5P2TA 3SA3A 1QRPE 1MVPA 3KF0A 4Y3GA 5P6GA 5P24A 3O9LB 2HS1A 2WECA 3SAAA 5P2WA 2VA6A 3UDKA 2R9BA 1IDAA 2B7FA 1HIVA 5P4LA 3IA9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CMS A;  5P26 A;  3SA4 A;  4GJA A;  3HVG A;  5KR1 A;  2RKF A;  4J1H A;  3NU6 A;  5DR0 A;  1C6X A;  5P5I A;  2QZX A;  3O9F A;  4Q1X A;  2NMY A;  4LXK A;  1K6C A;  5P03 A;  4TRZ A;  5P2R A;  4RYG A;  3PGI A;  2ZJJ A;  4XXS A;  4F75 A;  3UDH A;  1ZPK A;  2R43 A;  3IGB A;  2VNM A;  1XL5 A;  4K9H A;  1W6H A;  5HE5 A;  1ZAP A;  3R4B A;  1TCX A;  5P30 A;  4I8Z A;  1B6L A;  4GZF A;  5P7L A;  2I0A A;  5OYZ A;  5P8E A;  1B5F B;  2EWY A;  2I4W A;  2ZHR A;  3KFN A;  2J9J B;  3HDK A;  3I2L A;  4RRN A;  1E5O E;  4Y45 A;  4BFD A;  2G69 A;  4OBH A;  5P0X A;  4FE6 A;  4MC2 A;  3OGQ A;  5HTZ A;  2AOD A;  1FMU A;  5AHB A;  2QK5 A;  3PBZ A;  2IS0 A;  4JPE A;  1K6P A;  1E80 E;  4GJ8 A;  4Y39 A;  2R8N A;  4YHQ A;  2QMG A;  1FQ6 A;  5CLM A;  4RGH A;  5P09 A;  2O4L A;  1HHP A;  1OD1 A;  5P5F A;  4J17 A;  1ZPA A;  1HVK A;  5P4P A;  4Y5L A;  2VIJ A;  4B00 A;  4B70 A;  2P3D A;  2NPH A;  1JLD A;  1PPK E;  2I1A A;  4YCK A;  5OZ9 A;  1B6M A;  5P6R A;  5OZJ A;  1FQ8 A;  4WTU A;  3Q5H A;  5DQ2 A;  4DQF A;  3K5C A;  1LEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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