3KN0A

Structure of bace bound to sch708236
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Application of Fragment-Based NMR Screening, X-ray Crystallography, Structure-Based Design, and Focused Chemical Library Design to Identify Novel muM Leads for the Development of nM BACE-1 (beta-Site APP Cleaving Enzyme 1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kn0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kn0A02
3IAWA 3LIQA 4Y5CA 2NXLA 1W5VA 3SA7A 2Q15A 3DM6A 5P44A 2Z54A 1T7JA 2QI7A 4LC7A 2FDDA 5CONA 1KJ7A 4RVIA 5P6QA 5P4CA 5P83A 5OYQA 3S8IA 5P3JA 2QNPA 1BVGA 3VYEA 4J55A 3PWMA 3KM4A 5P8RA 1EC3A 2AZ8A 3PHVA 5P1TA 2AOEA 3OHHA 5P67A 3D3TA 4Y4AA 5OZOA 3PBDA 2AIDA 5P5HA 1KJGA 4YE3A 4EXHA 3TOHA 3LIZA 5P0MA 3NU9A 5AH8A 5P7LA 5P7IA 4Y5MA 4DQCA 2OAHA 1UH9A 4J0PA 4EJDA 4HDFA 5I3YA 4AZYA 5P28A 3G6ZA 5P5WA 2VIJA 3LNKA 4Y38A 4YD6A 3PBZA 4Q1XA 3UDJA 5P3HA 3EL5A 3KN0A 2JE4A 3NDWA 4Y3WA 5P1JA 5P2MA 5P7UA 5OZ6A 1XE5A 3MXEA 2NXDA 5P60A 4Y4UA 2QU3A 3EM3A 5P85A 5P72A 4R92A 2ER7E 1SDTA 4Y58A 2ZJNA 3GGVA 4FRJA 2ASIA 2WF3A 3Q70A 3G70A 4EXGA 5P2ZA 5HE5A 1LYBB 2QI3A 3BXSA 4Y9WA 5AH7A 4CPXA 5OZ3A 4PHVA 3KDBA 3S7LA 2WF4A 3HAWA 3N3IA 4J0VA 4DQFA 5BWYA 3OQAA 1ZPKA 4NPUA 2IDWA 4I8ZA 5P3ZA 2P3DA 3CIBA 1B6PA 2QI5A 2FDEA 3NDUA 4M8YA 2PYNA 1FFIC 5P3BA 5P5XA 1MEUA 2P3AA 4D8CA 1M4HA 2AOCA 1HVSA 4Y3XA 4DI2A 3D91A 5P69A 2PSGA 5P3VA 1ODWA 4OC6A 4Q5MA 5P7FA 3TOFA 5P6TA 3OXVA 5HCTA 3GI6A 2WEBA 4Y48A 1XN3A 2ZJKA 4QJ2A 4I0IA 2CENA 5KQYA 2HS2A 5P3TA 3NWQA 2PK5A 3SA5A 5P49A 5P76A 5P0PA 2HPEA 3OU1B 5BS4A 4Y54A 4I11A 5P7VA 1QBSA 4K4QA 4DJUA 3R2FA 5P6DA 4R93A 5P8SA 5P1BA 5DQ5A 4DJWA 3ZKNA 3CIDA 4HLAA 4FM8A 5P39A 5OYSA 4H3GA 4ZSMA 4D85A 4X2LA 3Q3TA 5KR2A 3TPRA 1TW7A 2ZYEA 2FMBA 5P2DA 4BFDA 3OUDB 4Y3NA 2OHSA 5P22A 1IVPA 2I4QA 5P35A 2QI4A 2QI1A 4GJCA 4OBZA 4Y3LA 1G35A 4Y35A 5P8TA 1DMPA 1Z1HA 3ZL7A 3RTNA 5HU1A 2R8NA 5KQFA 5P5SA 5P3YA 5AHCA 4IVSA 1BV9A 5ENMA 4EHCA 5OZXA 2HM1A 5P23A 4Y4XA 5OZEA 3PMUA 3SA4A 1FQ4A 5P61A 4CPTA 1HVHA 4Z2ZA 2FIVA 3INFA 5P2JA 5P7AA 2H6SA 5P58A 1K1UA 5P68A 1D4SA 4Y3GA 4Y4WA 5P4QA 3PLDA 5P12A 2I4UA 3PCZA 5DGUA 5P6YA 3RSVA 5P7SA 1FF0C 1EEDP 1RQ9A 4YBIA 1BDLA 3T7PA 4JOOA 5P1MA 1LZQA 4L7HA 3OY4A 4U8WA 4RZ1A 4ZSRA 5T4SA 4Y5LA 4Y3YA 5IVSA 5P7DA 3LITA 2FGVA 5P2QA 5P3KA 2QNQA 5P4RA 5P80A 5P4LA 3IVIA 3VFAA 5KOQA 5OZHA 5P8GA 4Y4EA 3WB4A 2JYSA 1LF4A 5P77A 5P07A 5P7QA 1PSNA 2VIYA 5HVPA 1FEJC 5COKA 3QROA 5P7KA 2ZHRA 1YTJA 5P1VA 5P0WA 4KE0A 1TQFA 1APTE 3O9BA 3UPJA 1CPIA 1ZSRA 5HDXA 1BWAA 4TRWA 5AHAA 1TSUA 2PH8A 5P4XA 2NPHA 4Q1YA 3VYFA 1XDHA 1LYAB 5P08A 2FLEA 4ER2E 3OTSA 1AM5A 2FGUA 4FSEA 3VFBA 5P2GA 5P24A 2I0AA 5P2XA 4Y5EA 1WBKA 3BUFA 4LXMA 1D4JA 1LYBA 1A9MA 1NPAA 4DFGA 4Y5NA 3BUHA 2XYEA 2Q3KA 3LIVA 4CPSA 1B6KA 4RGHA 5DGWA 5P2EA 5P2IA 4F73A 2AOGA 4RCFA 4GIDA 1OEWA 3HLOA 4Z50A 4Y5BA 5OZMA 3IA9A 5P00A 3OOTA 5P8BA 5DR0A 5P56A 4TVHA 3PJ6A 1E81E 3O9DA 3QRSA 1GVVA 5P01A 5P3SA 1IZDA 3PB5A 2F3KA 5P6BA 3RU1A 4D83A 4Y5AA 5P54A 5P7CA 3O9AA 5OZAA 5ER1E 5P4DA 3TPJA 4Y5KA 3EKPA 4YCKA 5P3AA 4JPCA 4A4QA 2PSVA 5P4SA 5P4VA 1YT9A 2QD7A 4NJTA 3G72A 2PSUA 5P1HA 1HEFE 4FGXA 1HOSA 5P7YA 3OU1A 7UPJA 5P3NA 1K6CA 3EKQA 4DH6A 2UPJA 1HSHA 2VKMA 3O99A 4DJQA 3EKVA 1C6YA 3KFPA 1GVWA 1G2KA 3KFRA 5P5JA 3KMYA 3U71A 1HBVA 1HXWA 3JVYA 5P52A 3OUDA 4R5NA 5P71A 3PSUA 5OZCA 4Z4XA 5OZ2A 5IE1A 3DV1A 3EKTA 2R5PA 2XFJA 1EBWA 4K4RA 5P19A 2RKGA 3O9LB 5P74A 4YDGA 3VF7A 5SXNA 4J1FA 3TKWA 3OXCA 4NJVA 5COOA 5P6GA 5P6LA 1OD1A 5P73A 1GNMA 1MT8A 2UXZA 1MRXA 5P0NA 5P5GA 4RROA 3SAAA 5P1EA 3R0YA 1HEGE 4Q1WA 4HA5A 4FLGA 4R8YA 4MC1A 4YD3A 3VCMA 3HDKA 2R5QA 5P6NA 4RVXA 5P2LA 5OZIA 1W6IA 3QI1A 3VLBA 3SA8A 3QS1A 2NMYA 5OZ0A 2QMGA 3UQUA 5SY3A 4TRZA 3IXKA 3Q4BA 3VSWA 2ZJLA 3GI0A 2NR6A 2UY0A 3A2OA 5P5TA 1FQXA 4COEA 3ZOVA 1FKNA 2HC0A 3D1ZA 4QJAA 3OK9A 5SY2A 5P2FA 1VIJA 5DR7A 1CMSA 1BV7A 5OZ4A 1IZHA 5SZ9A 2PWCA 5P2AA 5I70A 4RRNA 3NUOA 3O9CA 4FIVA 5P03A 5P3RA 1HIHA 3B80A 3O9GA 5P2TA 4I0JA 5P0CA 5P3DA 4OBHA 1E80E 1B6JA 5P0IA 1GKTA 1IDBA 4RVJA 3FIVA 5P0TA 2VA7A 4H3IA 1EBYA 5P51A 3UDHA 3FKTA 5P3EA 3HVGA 2OHKA 1ZBGA 5P8VA 1LYAA 1PPKE 5P16A 5P8JA 3O9EA 2BKTA 3MSLA 5P14A 1Z8CA 5P6IA 3DOXA 1HTRB 3LHGA 4U7VA 4M8XA 4QJ8A 4OBKA 2Q63A 4Y3AA 1BBSA 2AVOA 5P5RA 1B5FB 2G22A 4J0TA 2R3TA 4Y3MA 2HAHA 1ER8E 3SO9A 1T7KA 4Y44A 5P3QA 4DQEA 2AZ9A 4I0EA 1QBUA 5P1UA 5F00A 4EJLA 3EMYA 5P11A 5OZLA 5TOLA 4APEA 2APRA 1U8GA 4Y57A 1CZIE 5P27A 1K6PA 3PCWA 1E5OE 2OHMA 5P6KA 5P15A 3KDCA 3ST5A 2FDPA 5P0EA 2QI0A 1UH7A 3ZKXA 1MRWA 4J1KA 1HWRA 4GJ7A 5KR1A 3B7VA 5P0QA 5ISKA 3ZKQA 4PEPA 3UQXA 4L6BA 1IBQA 3SKGA 3DUYA 3S54A 3ZKMA 4CKUA 3OXWA 5P6WA 4ZPFA 1D4KA 2IGXA 3OAGA 2ZHUA 1TCWA 3L3AA 5P5OA 2OHPA 2I4XA 5OZUA 3EM6A 1W5XA 4FAEA 3KT5A 3N4LA 5P8UA 3OUCA 5P3FA 2HB2A 5P3IA 2VA6A 1AJXA 1SMRA 3UTLA 4FRIA 4GMIA 4LAPA 3F9QA 1HPXA 1WBMA 4Y37A 5P2UA 5EZZA 3NR6A 4CMSA 2R38A 2G24A 5P8QA 2P3CA 4HDBA 3BVBA 1F7AA 3QRMA 3NU6A 1DP5A 5BRYA 3SA6A 2ZHTA 4QJ7A 5P2KA 1APWE 1EPOE 4WY1A 3BGCA 4Y39A 4B70A 3MSKA 4H1EA 3ER3E 5EZXA 5P31A 1HHPA 2IQGA 3IN4A 5OYYA 2B8VA 2G1NA 4Y5PA 3QP0A 4J1EA 1YX9A 2QZLA 3SQFA 5P0BA 1D4IA 3NU4A 5KR8A 2I4WA 4DV9A 5P6FA 5P1ZA 5KAOA 5P86A 3QPJA 1EBKC 5P1XA 3I7EA 5P63A 5P2CA 3URJA 3BVAA 2IENA 5P1CA 2FNSA 3AUPA 3UDMA 2VNNA 2A4FA 2J9KA 3ZMGA 1T6GA 2AVMA 5P38A 5P5DA 3KDDA 1K6VA 5P0SA 2Q54A 4DPIA 4WTUA 5P4KA 5HDVA 1MPPA 3HAUA 3EKYA 3LIYA 1BXQA 4IVTA 5C9FA 1META 4NKKA 7HVPA 5P46A 3R0WA 4I0DA 1KJHA 5P8CA 3OQ7A 4Y51A 5P7WA 4OD9B 2PK6A 2ZGAA 3L5BA 5P84A 1C70A 3GW5A 5OZDA 5P59A 2R3WA 4Y3DA 5P8DA 3HZCA 3KMXA 3EKWA 5P1AA 2F3EA 2OF0A 3WB5A 5P75A 3OQFA 5P6CA 1OHRA 3K5FA 4FAFA 5P5KA 2OHRA 4KB9A 4XKXA 3S45A 3ZKGA 2JJJA 5AH9A 4I1CA 3ZPUA 5P8IA 5OZNA 4TRYA 3GGAA 1K2CA 1YTHA 1EPRE 4YD4A 5OZ8A 4DQGA 1B5FA 3DCRA 5P2WA 3K4VA 3CKPA 5OZJA 5P41A 1BXOA 3T6IA 5HE4A 5P13A 4Y53A 1W50A 4GB2A 2V00A 3UF3A 1FG8C 4YDFA 3CKRA 4N00A 4B1CA 5P5IA 5OZTA 2IKUA 2G27A 2G1YA 2HS1A 2RSPA 3TH9A 2XYFA 1W5WA 1RPIA 3KFNA 1SMEA 4B00A 1SIPA 2BPXA 5P5QA 1J71A 5P4GA 2WECA 1MSNA 2AOHA 4Y3QA 3PVKA 5OYWA 3UHLA 3DJKA 3HW1A 4LL3A 5P4NA 3INDA 3PEPA 3S43B 2PWRA 5IVQA 4F75A 2WEZA 3RTHA 5P0RA 5P1SA 5P20A 3OADB 3INHA 1EPLE 1APUE 3QN8A 4Y4TA 1HVCA 5P0ZA 4RLDA 3L58A 3QAAA 2BPZA 2QZXA 3VV6A 3C9XA 3I25A 4YD7A 4H3FA 1A30A 5AHBA 3SFCA 2V0ZC 5APRE 4ZLSA 1QBTA 1XL2A 5P30A 1GVTA 3QRVA 9HVPA 1XE6A 5P0JA 2VNMA 4J17A 2WL0A 1GVXA 3QVCA 5P8PA 2B60A 3BUGA 4R91A 4QJ9A 3IXOA 2QMPA 2AODA 1YM2A 5OYVA 4H3JA 5E5JA 5DQ2A 3NSHA 5OZFA 4AA9A 1ZJ7A 1QDMA 3SKFA 5P0VA 1EC0A 2ZDZA 2I4VA 1HVRA 1HIIA 2AOIA 2Z4OA 3I2LA 5P4ZA 2HB3A 3SA3A 1ZSFA 5P6JA 4Y4JA 2WEAA 4ZIPA 4PYVA 3UQRA 4QLHA 5E5KA 3PWWA 3HD8A 1FMBA 3DCKA 4EJ8A 4GYEA 4HDPA 2NNPA 3BRAA 1MVPA 4DUSA 5OZVA 5P57A 3ER5E 3LPJA 3URIA 5P0YA 2SAMA 4KUPA 3CMSA 4LP9A 5P4TA 1Q9PA 5P6UA 3EC0A 1T7IA 4JECA 3KYRA 4OD9A 1W5YA 3T11A 5P0HA 4DQHA 1E82E 4I10A 2AOFA 3OGQA 3FNSA 2BKSA 1MUIA 3L5CA 3UQWA 3M9FA 2B42A 3L5FA 5P4AA 3LINA 5P1YA 5P1RA 5P6EA 4GJ6A 3CYXA 1EPQE 2O4PA 3T7QA 3L59A 1AIDA 2WF0A 5HCOA 3RSXA 2G1SA 3LPIA 2QMDA 3EL0A 5P29A 5P3GA 5OYZA 3LZSA 1B6LA 5P0XA 3GGXA 2P8HA 3UCBA 1D4LA 5DR3A 4APRE 4LBTA 5OZWA 5P6SA 5OZYA 5P7BA 4EQ0A 4FRKA 5P89A 2PQZA 4OBFA 5P1PA 3QVIA 4FL8A 5P6RA 5KQZA 4BELA 4Y50A 1D4HA 5DR1A 2MIPA 5JFUA 3UQPA 4XX4A 4Y47A 1FQ5A 5P48A 3BGBA 3RTMA 5P65A 3PM4A 5HDUA 1TSQA 2Q55A 1ZLFA 1M43A 3LZVA 5P82A 5OZBA 5JFPA 1C6ZA 1NH0A 4Y3HA 2F81A 4Y4ZA 1ODYA 4I8WA 2Q64A 4RCDA 1UH8A 4GJ8A 3S2OA 1A94A 4ZSPA 5P81A 2OHTA 3VF3A 2PYMA 2F8GA 5P17A 5P2HA 3K1WA 3H5BA 4BFBA 1FMUA 4K4PA 1F34A 1HVLA 5P5EA 3S43A 1EBZA 5P6OA 2WF1A 1MT9A 2QD8A 5P5AA 4XXSA 4EPJA 5P5MA 6FIVA 5P5YA 2WHHA 3LZYA 4I0FA 3OADA 3QBFA 2P3BB 8HVPA 4PZXA 2QK5A 3PGIA 5P02A 2QHCA 3UDNA 4EJKA 1OEXA 3ZKIA 5P6MA 3VG1A 4DVFA 5P0UA 5P1NA 1IIQA 5P0DA 4GZFA 5P0GA 2O40A 5P06A 5P3CA 3S56A 2PH6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IAW A;  3LIQ A;  4Y5C A;  2NXL A;  1W5V A;  3SA7 A;  2Q15 A;  3DM6 A;  5P44 A;  2Z54 A;  1T7J A;  2QI7 A;  4LC7 A;  2FDD A;  5CON A;  1KJ7 A;  4RVI A;  5P6Q A;  5P4C A;  5P83 A;  5OYQ A;  3S8I A;  5P3J A;  2QNP A;  1BVG A;  3VYE A;  4J55 A;  3PWM A;  3KM4 A;  5P8R A;  1EC3 A;  2AZ8 A;  3PHV A;  5P1T A;  2AOE A;  3OHH A;  5P67 A;  3D3T A;  4Y4A A;  5OZO A;  3PBD A;  2AID A;  5P5H A;  1KJG A;  4YE3 A;  4EXH A;  3TOH A;  3LIZ A;  5P0M A;  3NU9 A;  5AH8 A;  5P7L A;  5P7I A;  4Y5M A;  4DQC A;  2OAH A;  1UH9 A;  4J0P A;  4EJD A;  4HDF A;  5I3Y A;  4AZY A;  5P28 A;  3G6Z A;  5P5W A;  2VIJ A;  3LNK A;  4Y38 A;  4YD6 A;  3PBZ A;  4Q1X A;  3UDJ A;  5P3H A;  3EL5 A;  3KN0 A;  2JE4 A;  3NDW A;  4Y3W A;  5P1J A;  5P2M A;  5P7U A;  5OZ6 A;  1XE5 A;  3MXE A;  2NXD A;  5P60 A;  4Y4U A;  2QU3 A;  3EM3 A;  5P85 A;  5P72 A;  4R92 A;  2ER7 E;  1SDT A;  4Y58 A;  2ZJN A;  3GGV A;  4FRJ A;  2ASI A;  2WF3 A;  3Q70 A;  3G70 A;  4EXG A;  5P2Z A;  5HE5 A;  1LYB B;  2QI3 A;  3BXS A;  4Y9W A;  5AH7 A;  4CPX A;  5OZ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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