3KT2A

Crystal structure of n88d mutant hiv-1 protease
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Resistance mechanism revealed by crystal structures of unliganded nelfinavir-resistant HIV-1 protease non-active site mutants N88D and N88S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 46
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A02
4GJ7A 1LYBA 1AZ5A 5OZTA 5P4EA 2ER0E 4PHVA 5P8JA 1EC0A 4HEGA 5P2CA 5P0VA 5P0OA 2O40A 5OZDA 4Y4BA 1BILA 3SA3A 1XL2A 5P25A 5OYSA 1APTE 3LPJA 5OZMA 3HVGA 4JPCA 1HVJA 5P7UA 5HDZA 1ODXA 3VYDA 3VYFA 4L1AA 3T7QA 4CMSA 2AOFA 3M9FA 5P69A 4HE9A 4YD7A 3C9XA 3UQRA 1MIQA 4Y4JA 1GVUA 1SBGA 5P14A 5P3TA 5COKA 5C9DA 2F3KA 5P7FA 5P0FA 1IIQA 4MC1A 4WY1A 5P1MA 5SY3A 4I8WA 5OZLA 4Y4GA 2OHMA 1C70A 3HW1A 2B7FA 5P7LA 1EPLE 3L38A 5P6VA 3G72A 5OZ9A 5KQXA 1XE6A 4DUSA 3PLDA 2QMPA 5HDVA 3VV7A 5P8RA 2AVQA 5P2WA 4ZLSA 2CENA 5P3YA 1YTIA 1EC2A 5P8NA 1E81E 4B1DA 2OHSA 3OHHA 1HTEA 5P0DA 3SM1A 4H3GA 2ZJLA 3OXVA 1W51A 4ER1E 3QS1A 3K4VA 3EC0A 4Y3ZA 3PEPA 3K1WA 2WJOA 4RVIA 3A2OA 1SGZA 1Z8CA 4I8ZA 1A9MA 5P6EA 5P67A 1HOSA 2VKMA 4FM6A 5P1HA 4QJ2A 2JYSA 4Y45A 5P1KA 4PZWA 1FQXA 4ZEAA 1A94A 2B8VA 5P4FA 3O9LA 4I0EA 3PSYA 1B6LA 4Y4XA 4H3JA 3WZ7A 2BPZA 3BXSA 3D3TA 2F3FA 3DUYA 4GB2A 2XFIA 4EXGA 3QI1A 5ISJA 4DJUA 1K2CA 5OZHA 5P1AA 5DR4A 2WL0A 1GVVA 3D20A 2AOCA 3QROA 4ZPFA 5P66A 5HTZA 5ENMA 2I4DA 2AOEA 2G1RA 5P5OA 1FMUA 3S45A 5P09A 1BAIA 3NDUA 4Y38A 5P8TA 1MT8A 3O9GA 2OHRA 3S56A 3EKWA 2AVVA 1T7KA 5P3IA 3UDJA 5P60A 2FS4A 4AMTA 3EKTA 4EP3A 4A4QA 1UH7A 5P8LA 3Q70A 3ZKIA 1SP5A 1KZKA 1XN3A 3TPPA 4U8WA 2J9JA 4CPSA 3L5EA 4Y5EA 5P38A 2ZE1A 5P13A 2AZBA 1AVFA 4Y5PA 4AA8A 1K6CA 4Y4DA 1W6IA 5P8QA 2G94A 3CYXA 3D1YA 4EQJA 4RCDA 1ODYA 1APWE 3KDDA 4Z22A 5OZIA 3KT2A 3OU4B 5I3VA 2NXLA 1HIVA 2J9KA 4Q1NA 5P5LA 1UH9A 5COOA 5P2IA 4KE0A 3TTPA 2BKTA 2UPJA 1SIVA 5CLMA 5OYTA 3B7VA 4ZSQA 2H6SA 3T3CA 3IGBA 4X7IA 2F8GA 1PSOE 3KF0A 3NXNA 4PEPA 4QGIA 2ZHSA 5P83A 3OQAA 1D4HA 1APUE 5P2JA 1Q9PA 2AOHA 3PCZA 1XE5A 5P61A 5P12A 1LYBB 5P6AA 5P33A 4JOOA 3NYGA 2Q15A 2QMDA 5P4BA 2G22A 3K5GA 4R92A 5P5WA 3PJ6A 2QD6A 4J55A 5F00A 1HWRA 3EKPA 4RYCA 5P6DA 5IE1A 5P4RA 2PYMA 6APRE 4DJVA 4J17A 1ZAPA 3PBDA 3OUCA 3QVCA 5P5UA 4J1HA 3OOZA 5JODA 4L1AB 1FQ5A 2PSVA 3DJKA 3UDYA 5P1ZA 1BXOA 2VS2A 5P4TA 5P5IA 5BWYA 2O4LA 3I25A 5OYXA 5P1QA 5P3FA 1IVPA 4Y5KA 5P87A 3IXOA 3Q6YA 4QJ8A 3UDRA 3PB5A 5P1XA 2A1EA 1K6TA 4YBIA 5P0XA 3SABA 5P7QA 5AH7A 2JE4A 4GJ6A 1T6GA 4RYGA 3Q5HA 5P1RA 3ZPTA 2CEMA 2O4NA 3MXDA 4Y4ZA 1QBRA 4J0VA 2IGXA 5P20A 1M43A 3SA9A 5P0PA 3SO9A 5P2DA 4B72A 2QHZA 3ECGA 5F01A 1FKNA 2P3AA 5DQ1A 2V16C 4QLHA 1C6ZA 1ZSFA 2ZYEA 5P4AA 5P7KA 1LYAA 1ODWA 5P1PA 4B0QA 4Y3TA 5P03A 3CIBA 3HLOA 1G2KA 2Q55A 2QAKA 1YX9A 1K2BA 3I6OA 3RTNA 4Y44A 1SGUA 1PSAA 1ZP8A 4Y3EA 4Y57A 5PEPA 3O9AA 2NXDA 5P1VA 3SAAA 2HC0A 4RZ1A 1MERA 3O9DA 1HSGA 5SZ9A 3O9LB 2F80A 1NH0A 3TOGA 2I4QA 3VSWA 2QI3A 4J1CA 2HIZA 4DH6A 4GJDA 1U8GA 3EMYA 1BV7A 5P63A 1F7AA 2ER7E 2R3WA 3G6ZA 5P5RA 2NXMA 4N00A 5P74A 2OHTA 2I4XA 2G69A 4R93A 2QMFA 5P5MA 5P6GA 4Y4AA 3APPA 2P3BA 1ENTE 5P3ZA 4Y6MA 1LV1A 4J1EA 5DGWA 2AVSA 2G27A 5OZOA 4EJ8A 8HVPA 4OBGA 5P0JA 2VIJA 5P6QA 5P45A 4PYVA 5P7MA 5KR2A 4EJKA 5P5VA 4F74A 2SAMA 5P3UA 2HB4A 3FV3A 3FNSA 5P23A 5P7YA 3MXEA 1B6KA 2IDWA 5P26A 2VJ7A 1HXWA 1Z1HA 4TRYA 4Y3FA 5P2MA 3BUHA 5OZ2A 4D89A 5P2GA 5P3MA 2J9JB 5P4SA 5COPA 1B6MA 1HXBA 4ZPGA 5P2NA 4Y5CA 3PVKA 5P07A 3UQPA 1FQ4A 3MSJA 4Y3XA 3EM6A 4H1EA 1OEXA 3ZKXA 5P68A 5OZUA 1ER8E 3GGUA 5HE4A 3NXEA 5OZNA 4A6CA 3PCWA 1EPOE 5I3WA 4H3IA 1PPKE 4DPIA 2QZXA 2IRZA 1VIJA 1XDHA 5IS4A 3R4BA 1J71A 5AGZA 2ER6E 3CYWA 4Y41A 4FRIA 5P4MA 4YBFA 4WY6A 5J25A 3SACA 3NR6A 1PPLE 2G21A 2ZHTA 2I0DA 5OZPA 5P1EA 4RRSA 1HIHA 2WEBA 5DGUA 3HAUA 5HVPA 1G0VA 4CKUA 4HA5A 5P10A 3GGAA 1EC3A 5P2FA 4B1CA 1AXAA 1YT9A 5KR0A 1WBMA 1QBTA 3HAWA 5P6XA 1EBZA 5B18A 2WEAA 5P2OA 4R95A 1HVLA 3QBHA 3BGCA 4JPEA 4BELA 5P06A 3L5BA 4YOBA 5OZEA 5JG1A 3O99A 4Y3SA 3UFNA 5AH8A 5I70A 2XFJA 3G70A 5P88A 3B80A 4XXSA 3KMXA 4K4PA 5P51A 3WB5A 5P7BA 4L7HA 3APRE 2QK5A 4Y58A 5P3HA 4DQBA 4ZIPA 5P49A 1EPQE 2FNSA 1NPWA 4FAEA 5AH6A 4OBJA 5P3BA 1HTGA 3VEUA 5P1JA 1HPXA 3QVIA 3U7SA 3CKTA 2OHNA 3WZ8A 3L58A 1NPAA 4QJ9A 5FIVA 3LITA 5P4QA 4APEA 3ZKQA 1B5FA 3PM4A 3ZLQA 3EL9A 3NU3A 5P0HA 5JFPA 5P1NA 2BBBA 2P4JA 5P3WA 3PRSA 4DPFA 2RSPA 2BPWA 5P6IA 4L6BA 1KJFA 4BFDA 1F34A 3QP0A 5P80A 5HE7A 2B8LA 5P6BA 1IVQA 4J1KA 5P16A 1LYAB 2NMZA 3NU5A 2ANLA 5P4HA 5OZJA 2WF3A 1MT9A 4I1CA 4FAFA 3URJA 5P3RA 4Y3QA 3BXRA 2V11C 3INEA 2QP8A 5OZBA 4YCYA 4RROA 3VLAA 1EBWA 2BPYA 1MPPA 2V13A 4GJBA 1BXQA 5DR7A 2OHLA 3OU1A 2B7ZA 4GMIA 5P7SA 5P7JA 5P6MA 5P5NA 4Y3DA 3N4LA 3TKGA 4HZTA 5P36A 3ZOVA 2OHQA 3KMYA 4I0GA 5P5AA 3UDHA 4YA8A 2WECA 5OZZA 5P55A 5P27A 3UTLA 2P3BB 1YTHA 2QNQA 3D1ZA 5P4VA 3OK9A 4D83A 3KFSA 5P3XA 5P5BA 3VFAA 4DV9A 5C9BA 5KR8A 1FGCC 1A30A 3IN4A 5P7HA 1YM4A 5P0RA 3OQ7A 2ZJJA 1BWAA 3RTHA 5P0IA 2G1OA 1N49A 3S2OA 5P11A 4QJ7A 5P62A 3TPJA 2IEOA 4U7VA 3T7XA 2G1NA 5P42A 5P70A 2FXEA 3GI5A 1WKRA 3LZSA 3PMYA 4B00A 5DPZA 4Y3MA 1EPPE 2ASIA 4K4QA 1MTBA 2AOIA 2FXDA 3OU3A 3KA2A 5P5FA 1HHPA 3FIVA 5OZ3A 3VUCA 5P8DA 5AHAA 5UPJA 4Y3GA 3H0BA 1QDMA 4Y4WA 1PPME 2JJIA 3HVPA 4Z2ZA 3EKYA 3INFA 2IQGA 5P5DA 5P64A 5P6TA 2CEJA 5P8EA 5P1LA 2XYFA 2RMPA 3BGBA 3NSHA 4TVHA 5P6CA 3TKWA 5P3EA 3Q4BA 5E5JA 1RPIA 5P3DA 3KT5A 5P8PA 4YCKA 4FL8A 4Y35A 1C6XA 2O4KA 2WKZA 1BDQA 1BDRA 2QI1A 5P75A 2RENA 5OZQA 4EYRA 2XYEA 4FM7A 1D4KA 2EWYA 3S53A 5P84A 5HCTA 2B60A 1LZQA 5P1YA 1FQ7A 3ST5A 1OEWA 1DIFA 5P58A 4B05A 3DOXA 2Z54A 1MSMA 2H6TA 3BVAA 4ZSMA 3O9EA 4LP9A 1BBSA 3IN3A 2WEZA 1HIIA 3Q3TA 4Y5GA 1HBVA 2NNPA 1IZIA 1META 3IVHA 3EL0A 5P2RA 1KJHA 5P17A 1DPJA 1B11A 3K5CA 3QRSA 1DAZC 3UCBA 5HD0A 3LIYA 3OTSA 2NNKA 1LF4A 2PWRA 2AZ8A 4FRJA 3PI5A 2ZJKA 5OYUA 3ZL7A 3KFPA 3KFNA 2QI5A 3OHFA 2I0AA 5P1BA 5IVQA 5P04A 4FRSA 5DR1A 5P5EA 2B42A 4KUPA 4I10A 2P8HA 2P3DA 4X2LA 4JECA 1AM5A 1HEGE 1HVRA 5P65A 4Y4TA 3ZKNA 2VNNA 3WSJA 4CP7A 1B5FB 4Y3YA 5HDXA 4CPWA 4DQFA 5T4SA 4RVXA 3INDA 3NDXA 5I3YA 1PSNA 3NUOA 1BIMA 5P00A 5P46A 4EJDA 4IVSA 5OZYA 3AIDA 4J1FA 5P29A 1HRNA 1FQ6A 5P5KA 4UPJA 2OF0A 4FS4A 1HTFA 5P1TA 4NJTA 1PROA 4A6BA 2UXZA 5P5YA 4FCOA 5DQ2A 3JVYA 3BHEA 1IDBA 3TLHA 3EM3A 4GIDA 4Q1WA 3NDWA 3VCMA 3RTMA 1FFIC 4B77A 4NJVA 2G20A 4Y50A 1MSNA 1KJ7A 1ZLFA 4EJLA 3DCRA 5P40A 5P1WA 5P7OA 5P7WA 4I0IA 5P08A 4I12A 2AIDA 3SKGA 2QD7A 2ZJIA 2QU2A 1D4SA 4Y3RA 5OYWA 3F9QA 4BFBA 2PK6A 1Z1RA 2HPEA 1FFFC 3ER3E 5OZ7A 3OU1B 1T7JA 5P1UA 4LBTA 1XN2A 3PLLA 3OTYA 3URIA 5P4XA 5AHBA 4Y47A 4LHHA 2VIYA 3LPIA 5OZGA 5P7DA 2AQUA 5P8VA 5P2VA 1W5XA 5P6SA 5KR1A 2Q11A 5EZXA 5P5PA 4Y5LA 4RGHA 4DQHA 1RV7A 4PPHA 3PI0A 1E82E 5DQCA 5OYZA 3O9BA 3R0WA 3VF7A 4LXAA 3UDNA 3SPKA 5P1IA 3SA5A 5P44A 3KDBA 4CPUA 5P15A 3T11A 5P0SA 3DV1A 1LYWA 1GVXA 5P6ZA 3OWNA 2FNTA 5OZ0A 3IAWA 2O4SA 1T3RA 4DQCA 4D85A 4DJOA 4GJ9A 1HTRB 4HDBA 5P6YA 5P8GA 4DJXA 4J0YA 2R9BA 2ZGAA 4J1IA 4DVFA 2ZHUA 1EPRE 1K1UA 2AODA 1BVEA 3D1XA 5P5JA 2I4WA 2QI6A 3S7MA 2QNPA 2BB9A 4Y54A 2OHUA 1SH9A 1ZPAA 1ZTZA 5OZXA 4OBFA 1W6HA 1BV9A 2JXRA 6UPJA 5P30A 5P89A 5P57A 3K5FA 5HU0A 4YE3A 5EZZA 1BVGA 4CPQA 1EEDP 3OAGA 4HVPA 4XX4A 2Z4OA 5P6FA 5OZWA 1HVHA 3OGQA 4PZXA 4RCEA 1EBKC 3SA8A 3GI4A 4M8YA 4TRWA 3IA9A 4MC9A 2WF0A 3HD8A 5P8MA 4Y5BA 5P2AA 4FE6A 3RVIA 4DJQA 3GGVA 6FIVA 1D4YA 5P43A 2I4UA 5P4OA 3BRAA 3CIDA 2I4VA 4FSEA 1RQ9A 2QZLA 1HVKA 5HDUA 4LL3A 4RRNA 4J54A 4IVTA 5P48A 5P34A 4GJ8A 2FGVA 5P0CA 1IZEA 5P8UA 5P1GA 4AZYA 4J0ZA 3NWQA 4GYEA 1WBKA 5P18A 2UY0A 3S54A 2FIVA 4DI2A 2FDDA 5P1OA 2VIZA 3MWSA 2PSGA 4I0JA 3SQFA 5P2BA 5P8KA 5OZKA 3OQKA 4FSLA 4DJRA 5ISKA 3EXOA 4MC6A 3ER5E 2I1AA 1A8KA 1FEJC 5P4CA 2P3CA 1E5OE 2WF4A 2BPXA 4QJAA 3U6AA 4Y3WA 5P0GA 3L3AA 3BUGA 1MT7A 5P59A 5P56A 2PYNA 5P4NA 5P7XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ7 A;  1LYB A;  1AZ5 A;  5OZT A;  5P4E A;  2ER0 E;  4PHV A;  5P8J A;  1EC0 A;  4HEG A;  5P2C A;  5P0V A;  5P0O A;  2O40 A;  5OZD A;  4Y4B A;  1BIL A;  3SA3 A;  1XL2 A;  5P25 A;  5OYS A;  1APT E;  3LPJ A;  5OZM A;  3HVG A;  4JPC A;  1HVJ A;  5P7U A;  5HDZ A;  1ODX A;  3VYD A;  3VYF A;  4L1A A;  3T7Q A;  4CMS A;  2AOF A;  3M9F A;  5P69 A;  4HE9 A;  4YD7 A;  3C9X A;  3UQR A;  1MIQ A;  4Y4J A;  1GVU A;  1SBG A;  5P14 A;  5P3T A;  5COK A;  5C9D A;  2F3K A;  5P7F A;  5P0F A;  1IIQ A;  4MC1 A;  4WY1 A;  5P1M A;  5SY3 A;  4I8W A;  5OZL A;  4Y4G A;  2OHM A;  1C70 A;  3HW1 A;  2B7F A;  5P7L A;  1EPL E;  3L38 A;  5P6V A;  3G72 A;  5OZ9 A;  5KQX A;  1XE6 A;  4DUS A;  3PLD A;  2QMP A;  5HDV A;  3VV7 A;  5P8R A;  2AVQ A;  5P2W A;  4ZLS A;  2CEN A;  5P3Y A;  1YTI A;  1EC2 A;  5P8N A;  1E81 E;  4B1D A;  2OHS A;  3OHH A;  1HTE A;  5P0D A;  3SM1 A;  4H3G A;  2ZJL A;  3OXV A;  1W51 A;  4ER1 E;  3QS1 A;  3K4V A;  3EC0 A;  4Y3Z A;  3PEP A;  3K1W A;  2WJO A;  4RVI A;  3A2O A;  1SGZ A;  1Z8C A;  4I8Z A;  1A9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HPO A;  5P7Z A;  2FMB A;  4ZSP A;  2R5Q A;  5C9F A;  4FLG A;  5P6H A;  1FG8 C;  2G1S A;  5OZ6 A;  2NTR A;  2ZJM A;  5P35 A;  5P0Z A;  3KM4 A;  4I0Z A;  4Y4U A;  4Y3P A;  9HVP A;  5P81 A;  3TOH A;  4JP9 A;  5BS4 A;  2R5P A;  3WB4 A;  1SMR A;  3OUB A;  7HVP A;  5P4W A;  1GNM A;  4COE A;  3CKR A;  2PQZ A;  5P0N A;  2VJ9 A;  3FNT A;  5P2Y A;  3HDK A;  4TRZ A;  1FB7 A;  2QZK A;  5P78 A;  3QAA A;  1TZS A;  1AAQ A;  2NR6 A;  3OXC A;  2AZC A;  5KOS A;  3FKT A;  4CPT A;  3D91 A;  3MSK A;  5P7V A;  5P4Z A;  4B70 A;  3PWM A;  4ER4 E;  5ER2 E;  4AUC A;  1E80 E;  2QCI A;  1KJ4 A;  5OZR A;  4D88 A;  3N3I A;  4Y3H A;  5OZ1 A;  3SLZ A;  3RU1 A;  3LZU A;  2HB3 A;  2V12 C;  4I0H A;  2Q63 A;  4FRK A;  2V0Z C;  1PFZ A;  1SDU A;  4Q5M A;  5P4L A;  5P8F A;  3LPK A;  5P6W A;  5P0E A;  5P37 A;  4OBH A;  3OAD B;  4R5N A;  3UDK A;  3UFL A;  3UQW A;  2QI4 A;  1TCX A;  4YCT A;  2BPV A;  3BC4 A;  5P0Q A;  4LAP A;  5P77 A;  1MES A;  2AVM A;  5P72 A;  2Q64 A;  5P79 A;  3LIN A;  3O9I A;  5P2L A;  1LF3 A;  3DK1 A;  3UDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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