3KT2A

Crystal structure of n88d mutant hiv-1 protease
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Resistance mechanism revealed by crystal structures of unliganded nelfinavir-resistant HIV-1 protease non-active site mutants N88D and N88S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 46
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A02
5P7ZA 1SIPA 4A6CA 5DR7A 3SA4A 3NU4A 2R3WA 2WL0A 2P83A 5P3PA 4Z2ZA 2XFIA 1EPOE 5P7MA 3D1XA 4CPXA 4K9HA 4LXMA 4QLHA 1EPNE 2VNNA 3PBZA 3O9DA 2IEOA 1UH8A 3S85A 4K4QA 2ZHRA 1IZHA 3D20A 2FMBA 5P3DA 4TRZA 3DCKA 5P5LA 2JJIA 2ZJKA 5P41A 4ZPGA 3FSMA 2WEZA 3QRMA 1W5VA 2F80A 4FAFA 5JFUA 4PZXA 2HB4A 5OZPA 5HTZA 1UH7A 5OZWA 4DJOA 3R0WA 3OU1A 4WTUA 1DP5A 2QZXA 5P12A 5P29A 5P6SA 5P1MA 1D4SA 5E5JA 2P8HA 5P06A 5DQCA 3HZCA 1FMUA 1SDVA 3G72A 4FRSA 5OZUA 4Y5EA 3SA9A 3C9XA 4HE9A 4DPIA 1HVCA 4GJCA 1CMSA 1FFIC 2APRA 5P6KA 5P77A 1K1UA 3TL9A 4Y5PA 2ANLA 4Y5CA 5SZ9A 1HTFA 3BUGA 1E81E 4YDFA 3DK1A 1ENTE 5P55A 5HU1A 4DUSA 4Y3LA 1CZIE 5P1OA 4PHVA 5DR3A 2WF2A 1LYWA 1SH9A 5P5SA 3LPKA 3S53A 1KJ4A 3GGAA 5P7WA 2VIJA 3S7MA 2OHPA 1FFFC 1PPME 3EC0A 5P2NA 3OK9A 2QNNA 5P70A 5DR4A 5P5FA 5P60A 2B8VA 5AH8A 5I3YA 2QMGA 3IN3A 1HVRA 4GMIA 4QJ8A 4JP9A 4Y57A 4B77A 2IGXA 2J9KA 5P2YA 3RTMA 5P59A 5P6IA 4I0JA 4Y4WA 3EKPA 3R2FA 3IXKA 3LIXA 3EM3A 3TPRA 3OUAA 5P84A 2HPEA 3CYXA 5ENKA 4Y4AA 2AOCA 1HVSA 2R5PA 3QVCA 2ZHSA 3OUCA 2F81A 2F3EA 4YOAA 5OZ9A 4DVFA 1K2BA 1NPWA 3LZYA 1WBKA 4PZWA 5KAOA 1XL5A 1B6JA 5DQ5A 5P4YA 1QBSA 4BEKA 3L5EA 5DQ1A 3UPJA 3TPPA 4GYEA 4FSEA 3PEPA 5HDVA 5P78A 2QI1A 4YOBA 7HVPA 1MRXA 5P3OA 4DJYA 4B00A 5P5CA 5P30A 4OC6A 4Y50A 3B80A 2ZJHA 5P28A 2NXLA 5P5VA 2NMZA 4A6BA 1EPRE 5EZXA 1WKRA 4L7GA 1BV9A 3OGPA 4Y4BA 2NPHA 5P2VA 3ZL7A 3QRVA 4HVPA 5P5NA 5KQFA 5P7YA 3VV7A 1FEJC 4Q1XA 1TCWA 2OHLA 4J1KA 1SGUA 3DOXA 4H1EA 2NNKA 5P33A 2QI5A 4FM8A 5P6HA 3EKVA 5P71A 3EKWA 3QS1A 4Y9WA 5P32A 2RMPA 4KE0A 4RYCA 5P6ZA 1DMPA 2G27A 3LIZA 2HC0A 5P3XA 2O4KA 3UDHA 2O4SA 4AA9A 4QJAA 3HD8A 3OXXA 2FDDA 5P2UA 5P5AA 5P6EA 4GJ6A 1XN2A 2IRZA 5P2XA 4COEA 1IDBA 3OU1B 1GNOA 3N3IA 4Y3XA 4TRYA 3HVGA 5P3TA 2QMPA 5P5JA 2QNPA 5P2SA 1QBRA 2FLEA 3I8WA 3NWQA 4QJ9A 5P0GA 1AAQA 4FM7A 4J5JA 5P2MA 3NR6A 1FQ5A 4KB9A 5P7GA 5OZ1A 1LV1A 3VCMA 4EXGA 5OZKA 3L38A 5P3ZA 2BJUA 5P8PA 3OY4A 2RKGA 5KR1A 1LYWB 2WF1A 1IIQA 4ZPEA 5OYQA 4Y6MA 5OZAA 3SPKA 5P0NA 2G1YA 5P0IA 1MT7A 1M0BA 5DGWA 4BFBA 4RCEA 1QDMA 3OUDA 1GVXA 5P1AA 1C70A 1XDHA 5EZZA 5P4RA 1ZSRA 5P7HA 2ZGAA 5C9DA 1B6LA 2VA7A 5P6JA 1W5WA 4I8ZA 1NPVA 5P7EA 5SY2A 4Y5LA 1MSMA 5JODA 5P35A 1GNNA 4YE3A 1ME6A 5OZBA 2AZCA 4RCDA 4J0TA 1LZQA 5P3CA 5P7DA 3EM6A 4FLGA 1IZDA 4DH6A 4E43A 4Y3WA 1Q9PA 5P64A 4AZYA 1KJ7A 3SKFA 1B6PA 3LZUA 4Y3DA 5OYSA 1EC3A 3PSUA 1C6YA 5KR0A 1BXOA 5P87A 5FIVA 1ZJ7A 4X2LA 3TKGA 2BKSA 5P5UA 3O9AA 1FLHA 1D4HA 1GVWA 3OOTA 1FQ4A 5P7UA 5P3WA 4YCTA 1IZEA 1HVHA 5P65A 2V10C 5CONA 3QP0A 5P5BA 3FNTA 5P24A 2QD8A 2B7ZA 1ZAPA 2AODA 4Y35A 3LPIA 5P0CA 4NKKA 3PCZA 4OC6B 2H6SA 4CPWA 1A94A 1LEEA 2QI0A 2QHCA 3SA3A 5OZHA 3U6AA 5KQYA 2BPYA 3MXEA 5TOLA 2G22A 3L59A 1QRPE 1EBZA 3NXNA 5P7PA 2P3AA 5P8TA 5P0VA 2P3BB 5P03A 4J1IA 4RLDA 3ER5E 4MC1A 2B7FA 2P3DA 5P1VA 3TTPA 1UH9A 3SKGA 5P68A 3L58A 2V00A 1BWBA 3KFSA 1FG8C 5P2BA 4Y38A 3BVAA 3L5FA 3KDDA 1D4JA 1MT8A 5J25A 2QZLA 4XKXA 1BDRA 4I11A 1W51A 4J1HA 2V16C 3KDBA 4QGIA 5P39A 4Y47A 1PSAA 5P8KA 2G1OA 5P7CA 4Y4DA 3DM6A 3U71A 4Y56A 4J0ZA 4DQFA 2QCIA 4U8WA 2PYNA 4YD5A 5P4UA 1OHRA 1A8GA 3KDCA 5APRE 3Q70A 4NPUA 4QJ6A 5P1CA 3PMUA 2O4NA 2PC0A 2ZYEA 3OADB 3KF0A 3O9HA 4U7QA 4YCYA 5P7QA 4Y3ZA 1IBQA 3U7SA 4I0IA 5BS4A 4Y36A 2ZDZA 5P8LA 2JJJA 4EYRA 1HVJA 4D85A 4ZE6A 1YTIA 3O9LA 3ZKSA 5JG1A 5P04A 3URJA 1TW7A 1APVE 5P2LA 2QMFA 8HVPA 2ZHUA 1DIFA 5KOQA 1EC2A 2HB3A 4J1EA 4DI2A 3R0YA 3OUDB 2BB9A 3DV1A 4OBZA 3SFCA 3SA5A 1C6XA 1NPAA 4HEGA 3NSHA 4J17A 1PPLE 5P4CA 4I10A 4FS4A 2BPXA 4Y39A 5P4IA 5SY3A 5P58A 3UHLA 2UXZA 5OZ4A 4A4QA 5P7LA 2QAKA 3IXJA 3BUFA 3PB5A 3EL5A 5OYWA 4RVIA 3KT5A 3QN8A 2RENA 4MC6A 2BPVA 3VV6A 2AOHA 1D4IA 3MSJA 1KJHA 3ZKQA 5OZZA 2Z54A 3PJ6A 5P5QA 3SA8A 3UQWA 3OXVA 1GVVA 1E80E 3WZ7A 1BVGA 2G1SA 5P82A 5P07A 5P5OA 2OHNA 3FNUA 2WHHA 4YDGA 3IN4A 5P3IA 4Y4UA 4YD7A 1ODXA 3L5DA 1FG6C 1RQ9A 2AZ8A 5P8VA 5P6XA 3CKTA 4RCFA 1RV7A 4FGXA 1PPKE 3HLOA 3LIQA 5P4FA 1FQ6A 2AVQA 3A2OA 4GJDA 1APWE 2H6TA 3EKTA 5P36A 1EPME 3NLSA 3T6IA 2B60A 2ZJMA 3RVIA 4Z50A 2AOJA 3O9BA 1RL8A 3GGVA 4Z4XA 2Q5KA 5P4XA 1JLDA 2I0DA 4FE6A 3I6OA 2QMDA 5OZ3A 3TH9A 5DR1A 1LS5A 3VLAA 5P19A 1HPOA 5P6LA 1HVLA 5AH7A 2QU3A 5P6OA 1HHPA 3NU3A 3WB5A 3UQXA 5OZ5A 1SMRA 3OOZA 2V12C 1HTGA 1YG9A 2O4PA 5P1PA 3GI0A 1HIHA 2CEMA 2FNTA 5P1UA 1U8GA 2AIDA 4JPCA 2UY0A 4CMSA 4S1GA 1IVPA 3H0BA 3BHEA 5P2AA 1EEDP 4B1CA 1Z1HA 3H5BA 5P5HA 2AVVA 4Y43A 2FGUA 3INHA 1Z8CA 2NXDA 3CMSA 5P7XA 1FIVA 1LYAA 4I12A 4KE1A 1HSIA 4YD3A 4ZSMA 2I4WA 5P4OA 1HIIA 2V11C 1PSOE 5P8DA 4AMTA 3O9LB 4I0EA 1DAZC 4Y3HA 5P4VA 2Q54A 3I2LA 4DQBA 3EL9A 4KUPA 3UQPA 3Q6YA 4IVTA 2F3FA 4L6BA 3BUHA 3PWWA 5P37A 5P1HA 4R5NA 2B8LA 4OBZB 5P0YA 5P7FA 2HS1A 2ZE1A 4JPEA 2QHYA 3LINA 4M8XA 3UDMA 5I3WA 1UPJA 5P8GA 3VG1A 3GI6A 5P8IA 4ZEAA 4J1CA 2UPJA 5I3XA 4OBGA 3VF7A 1T7JA 2XYEA 4R93A 1AXAA 5OZXA 2FDPA 3ZKNA 5P51A 2WEBA 3K5GA 1KJFA 3TOFA 2BPZA 1HVKA 5P5XA 4Y3SA 3K4VC 2CEJA 1ZBGA 4Y3GA 1BBSA 4I8WA 4L1AA 3K1WA 5OZIA 3S54A 3BC4A 2ASIA 3ST5A 4RROA 3T7PA 1T3RA 3NUOA 4BELA 3IVIA 5P0UA 4EQJA 4I0DA 4Y51A 4RVXA 1HVIA 3F9QA 3PLLA 4L7JA 3T11A 2VNMA 5P0FA 5P8JA 3Q5HA 1W6IA 5P1NA 5P4DA 2PWRA 3VFBA 4OBHA 4Q5MA 2R9BA 2HAHA 1DW6C 3NDUA 4FRJA 2AVOA 3OGQA 4FIVA 1HXBA 5P6WA 3T3CA 5P23A 5P1SA 2OHKA 4LC7A 3EL1A 2CENA 5P49A 2P4JA 4J0VA 3O9IA 5P7TA 2NR6A 1FQ7A 4Y3MA 4Y5NA 4L7HA 2Q11A 5P0QA 3UDYA 1MUIA 4TVHA 5P5MA 1BXQA 2Q55A 2XFJA 1MSNA 1HEGE 4ER1E 5P2OA 3UQUA 1AM5A 2IGYA 2Q63A 5P2IA 2QD7A 3S8IA 4PYVA 5P3YA 4J0PA 5HU0A 3NXEA 3PSYA 1G0VA 3VSXA 4Y3PA 5OZJA 4GZFA 4U7VA 1A9MA 4J54A 1F7AA 3O9CA 5P0LA 3OU4A 3ZPSA 3PWMA 4EPJA 5OZFA 4N00A 5P5YA 5OYTA 1N49A 4Y44A 5P61A 1A8KA 5P6CA 4XX3A 3NU5A 5IVQA 5P3KA 3EL4A 5IE1A 5P66A 3UCBA 3IVHA 1RNEA 5P2CA 5P4QA 5P69A 3KFNA 1OD1A 4APEA 2OHUA 4H3JA 1XE6A 4EXHA 3ZKMA 4GJ9A 3BXRA 4Y5AA 1QBTA 2QZWA 5P48A 5P2RA 1EPQE 3LHGA 1MRWA 5P7IA 3OTYA 5AHBA 5P3FA 4B78A 1WBMA 5OZDA 5KQZA 1HEFE 5OZNA 1HXWA 4LAPA 4NJSA 3G70A 4WY6A 5OZMA 1LF3A 4BFDA 2FXEA 2QD6A 2G1RA 2G1NA 1SP5A 2IENA 1DPJA 4ER2E 2BPWA 2PH6A 1HIVA 5P6DA 1LF4A 3BXSA 4Y3RA 5P3QA 2ZJLA 4I0HA 3KT2A 4CPQA 1SIVA 5ER2E 4L1AB 5P5IA 4AUCA 2IQGA 2OHRA 4MC9A 1FGCC 4Y4ZA 3TNEA 2IKOA 5P2HA 5P5DA 3T7XA 3PI0A 1D4YA 5KR2A 3UF3A 3QIHA 1HPVA 5P4AA 5P45A 5P6MA 3CIDA 4LXAA 4CKUA 1ZPKA 4K8SA 3D1YA 5P1KA 3EM4A 4Q1WA 1ODWA 5P1DA 2I4QA 4GJAA 5OYVA 4K4RA 3OHHA 4B70A 5P0BA 3OQDA 5P72A 1T7KA 4RRSA 3TPLA 3VUCA 5OYUA 3VV8A 5OYZA 4YHQA 3ZPTA 3LITA 2EWYA 5P8UA 1XL2A 5P0HA 3S2OA 2V13A 4Y45A 5OYXA 1SDUA 2ZJIA 4Y5BA 5P8SA 1MTRA 5P8BA 5OZ6A 3WB4A 4GIDA 4Y58A 3EKQA 3QROA 5P1TA 4M8YA 5ENMA 3B7VA 3VSWA 2R8NA 5P7NA 5P18A 2OAHA 1HSHA 3UDQA 1HSGA 2J9JA 1M43A 1FMXA 1T6GA 5P25A 3OQAA 5P38A 2WF4A 5P67A 1APUE 2XYFA 3NU9A 5P3JA 3UDJA 3IGBA 1B6KA 2HM1A 3ZKGA 4CPSA 5P11A 4LP9A 5KOSA 5P5GA 4YD6A 5P0PA 2IS0A 4LXKA 3VF3A 4NJTA 5P76A 5OZ8A 5P1LA 1W50A 3OU4B 2I1AA 5OZGA 5AHAA 4OBDA 1K6CA 5JFPA 5P7VA 1MTBA 5OYYA 3NU6A 5UPJA 4FM6A 2FIVA 3PMYA 1RPIA 4Y4GA 5ER1E 1TZSA 3SA7A 4QJ7A 5P8NA 4Y37A 4H3FA 4OBJA 3NYGA 2I4UA 1YX9A 5P5ZA 3APRE 3K5FA 4K4PA 5B18A 4H3IA 3KA2A 3WZ6A 4J0YA 3O9FA 1C6ZA 3OWNA 1NSOA 1FB7A 1MEUA 1BVEA 3N4LA 5P5WA 5P3MA 1ZSFA 3TPJA 3FIVA 4HZTA 6APRE 5P8OA 4D83A 3MXDA 2OHQA 5P4KA 3T7QA 1FQ8A 5P74A 5P3EA 2VIEA 5P1ZA 2AOGA 2A4FA 3TOHA 1BIMA 4Y3YA 1MERA 1MPPA 5P3RA 1K2CA 4ZSPA 4OBKA 3L3AA 5P13A 3S56A 4EJDA 1YTJA 3MWSA 5BRYA 2WECA 5P4TA 9HVPA 3UDRA 5P1FA 5P4JA 1B5FA 5T4SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7Z A;  1SIP A;  4A6C A;  5DR7 A;  3SA4 A;  3NU4 A;  2R3W A;  2WL0 A;  2P83 A;  5P3P A;  4Z2Z A;  2XFI A;  1EPO E;  5P7M A;  3D1X A;  4CPX A;  4K9H A;  4LXM A;  4QLH A;  1EPN E;  2VNN A;  3PBZ A;  3O9D A;  2IEO A;  1UH8 A;  3S85 A;  4K4Q A;  2ZHR A;  1IZH A;  3D20 A;  2FMB A;  5P3D A;  4TRZ A;  3DCK A;  5P5L A;  2JJI A;  2ZJK A;  5P41 A;  4ZPG A;  3FSM A;  2WEZ A;  3QRM A;  1W5V A;  2F80 A;  4FAF A;  5JFU A;  4PZX A;  2HB4 A;  5OZP A;  5HTZ A;  1UH7 A;  5OZW A;  4DJO A;  3R0W A;  3OU1 A;  4WTU A;  1DP5 A;  2QZX A;  5P12 A;  5P29 A;  5P6S A;  5P1M A;  1D4S A;  5E5J A;  2P8H A;  5P06 A;  5DQC A;  3HZC A;  1FMU A;  1SDV A;  3G72 A;  4FRS A;  5OZU A;  4Y5E A;  3SA9 A;  3C9X A;  4HE9 A;  4DPI A;  1HVC A;  4GJC A;  1CMS A;  1FFI C;  2APR A;  5P6K A;  5P77 A;  1K1U A;  3TL9 A;  4Y5P A;  2ANL A;  4Y5C A;  5SZ9 A;  1HTF A;  3BUG A;  1E81 E;  4YDF A;  3DK1 A;  1ENT E;  5P55 A;  5HU1 A;  4DUS A;  4Y3L A;  1CZI E;  5P1O A;  4PHV A;  5DR3 A;  2WF2 A;  1LYW A;  1SH9 A;  5P5S A;  3LPK A;  3S53 A;  1KJ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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