3KT2A

Crystal structure of n88d mutant hiv-1 protease
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Resistance mechanism revealed by crystal structures of unliganded nelfinavir-resistant HIV-1 protease non-active site mutants N88D and N88S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 46
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A02
5OZEA 3FKTA 4D8CA 3QRMA 3OTSA 4I0GA 1Z1RA 4DV9A 1B11A 4ZIPA 4B70A 5P69A 1ZJ7A 5P3XA 5P3EA 3L38A 2JJIA 3NSHA 5P8RA 3BVBA 5P3FA 3PCWA 3KDBA 3CIBA 5P03A 5P1FA 5P85A 3EKVA 3ZKMA 1SH9A 5P8KA 3U71A 1QBUA 4Y3XA 5P70A 3M9FA 5P3JA 5P6SA 4DJOA 3HAWA 1WKRA 2ZJNA 3S2OA 5P36A 3SKGA 5P4YA 4YDFA 1ZPAA 5P4IA 2WHHA 1HBVA 5SY3A 3O9GA 4CPWA 5AHCA 5OZDA 5P0EA 1HIVA 4Y53A 3K4VA 2Z54A 1FKNA 3O9EA 3EKQA 2IS0A 1ENTE 1SIPA 3ER3E 3PMUA 3PVKA 2I4XA 5P2FA 2XFJA 5P67A 3APRE 2AOIA 5P2JA 4CMSA 4I8ZA 1YM2A 5P06A 4U8WA 2A4FA 2HC0A 4ZEAA 2QD6A 3OQDA 4B78A 5P7JA 4Q1WA 4APRE 4Y4BA 5P4NA 2ZHRA 1FG6C 5P23A 2B42A 1DIFA 3OTYA 4TVHA 3I25A 1MTBA 5P3SA 3D91A 1UPJA 3PHVA 5P5DA 5F01A 2NMYA 1LYAB 3S85A 4LXMA 4RYGA 2AOEA 1WBKA 7UPJA 5P6UA 4Y3MA 3TOGA 3OOZA 2Q64A 4QJ7A 3K5DA 3OU4A 4Y5LA 3ST5A 5P4CA 2I4VA 3NLSA 4YDGA 2V11C 2IQGA 1J71A 4AMTA 4EPJA 3L58A 4I8WA 4K4PA 4Y3ZA 2G1NA 3RTNA 4YCTA 3QBFA 3ZKNA 5P2BA 3LIZA 5CLMA 4EJLA 2XFKA 3QIHA 3VYEA 3RVIA 4NJVA 3CMSA 1EBKC 5P3IA 5P7UA 1BWAA 2HB3A 2R8NA 5OZRA 1T6EX 5P5KA 4YD6A 3T6IA 5P4UA 3QI1A 4FSEA 3GGVA 2O4NA 3OGQA 1ME6A 5PEPA 4JECA 5P5SA 5P35A 5P13A 1F34A 1PPLE 4Y3JA 1D4YA 5SZ9A 4GJAA 3PSYA 5P7BA 3R4BA 3URJA 3KM4A 3K5GA 5P46A 1PSAA 5OZ0A 5KR2A 3PLLA 2P3CA 5OYUA 5P7DA 5I3WA 1HVJA 4I0JA 3TKWA 4AA8A 4ZLSA 5SY2A 1CZIE 1APUE 3MXDA 3OK9A 5P5PA 4ZSPA 4RVIA 2JXRA 3T7QA 4AUCA 5P3NA 1B5FA 1UH9A 3NXEA 3OXWA 4RZ1A 5P6NA 1LF2A 5ER1E 1A9MA 4Y3NA 3OU1B 2VKMA 3Q5HA 1FMUA 5P5RA 4R8YA 3L5FA 5ENKA 5HDXA 3L5CA 5OZ2A 4DJVA 1CMSA 4Y5MA 3KYRA 3ZPSA 1LYBA 3BGCA 3CICA 3Q3TA 1APTE 4H1EA 5P22A 2NNKA 4OBDA 3IA9A 5P8NA 3QBHA 3UDRA 1MRWA 3GI4A 5HE7A 3D1XA 1EPOE 5P0PA 3CKPA 5OZWA 5P4WA 3SABA 5P7QA 1BAIA 3QVCA 1PFZA 2R38A 2QMDA 2NMZA 5COPA 4HDPA 1SP5A 3IN3A 3A2OA 5P7IA 4B0QA 2QHCA 2QK5A 1G2KA 3PCZA 4YCKA 2PH6A 3PM4A 1HPXA 2ZHVA 5P7EA 5P2GA 5P3WA 1HOSA 4IVSA 3K5CA 5P1QA 5P4EA 4R93A 5BWYA 3NDUA 3QS1A 5I3XA 2BJUA 5KR8A 1W50A 5P11A 1HRNA 3IGBA 3QVIA 2I4QA 2OHQA 2WKZA 4B72A 4YD3A 1FGCC 2B7ZA 2RKFA 4J0VA 4H3IA 5P34A 1ZSFA 5APRE 2OHUA 1GVWA 5P7FA 4FRJA 2G24A 3G72A 1TCXA 4Y4XA 3KFPA 2BKTA 5P0MA 4YBFA 3OUAA 3UDJA 3PLDA 1W6HA 3NUJA 3S43B 2OHTA 5BRYA 1GVUA 3D1ZA 3ZOVA 3OXCA 2WEAA 5OZFA 2AOGA 4Z2ZA 3MSLA 1KJ7A 5P25A 5P55A 3GI0A 1A8GA 2OHKA 5P0NA 3HVGA 5P58A 3S54A 4Q1YA 5IVRA 3QPJA 5P84A 5P18A 1GVVA 5HTZA 3EKXA 5P7PA 1APWE 4PHVA 4RCDA 5P6HA 2JE4A 3O9HA 3LPKA 3SM1A 5P1HA 5P37A 3OWNA 2ER9E 2ZHSA 5JFPA 5P1DA 2BPWA 5FIVA 5P64A 5P7VA 1F7AA 5P6KA 1HVKA 4CPQA 4EP3A 5ISKA 5OZ1A 3FNSA 5OZSA 4A6BA 4EP2A 4Y4TA 2ZJJA 1W6IA 2FGVA 4OBZB 3T11A 2ZJHA 5P0XA 1MSNA 5JODA 5P4LA 4Y36A 4GJBA 5P43A 5OYSA 2UPJA 5C9BA 4Y3AA 4Y5GA 2AOHA 2QZXA 1HVHA 1ZSRA 4Y3EA 4FRKA 5P75A 3LHGA 5OZ8A 4LP9A 3S56A 5P4TA 3VCMA 1TSQA 1XS7D 4YHQA 5OYQA 3I8WA 4PPHA 5P88A 5P74A 3K5FA 1W5WA 4PEPA 1QS8A 2HB2A 4JOOA 3IVHA 5P1ZA 1LYAA 3UHLA 5P73A 5P57A 2NPHA 2VJ9A 5P7GA 4COEA 3SACA 3IAWA 3WB5A 3QRVA 1XE5A 6APRE 3EM4A 1TZSA 4Y4GA 1TQFA 3UPJA 5P0RA 5P4DA 4FSLA 1T6GA 5P7AA 4LXKA 2IEOA 5AHBA 3UQXA 5DR1A 4BEKA 5P5UA 3S45A 3S8IA 3EKWA 4Y45A 5P3RA 1A8KA 5P0TA 1HPOA 3QAAA 3ZKIA 2BPYA 2Q11A 1YTIA 1OEWA 4Y37A 5DQ2A 1W51A 3R0WA 4Y3GA 3IXKA 3PSGA 3UDMA 2P4JA 3PB5A 1EC1A 4Y3RA 1HEGE 3PBZA 3SA7A 5DR0A 5P7OA 3RSVA 2BQVA 5P1YA 2H6TA 2QCIA 5P45A 1MERA 4TRYA 5P1CA 1PPKE 5E5JA 5P0LA 4RVXA 3DK1A 5P1PA 4DJYA 1HTGA 2NR6A 5P08A 4YD5A 1E80E 1TCWA 5P5ZA 3C9XA 4DFGA 1YM4A 5E5KA 3FNUA 3UQUA 1QDMA 5P5OA 3INEA 4MC1A 5P6WA 4B05A 4K4RA 5P1EA 5P60A 2F3EA 2Z4OA 2AZBA 2XYEA 1AVFA 3OU1A 5P8BA 3UFNA 4LBTA 1ZLFA 3OQKA 5HVPA 2WL0A 3O9DA 4Q1XA 1M4HA 1KZKA 5P5WA 1NSOA 2AVMA 1GVXA 3BRAA 3KFRA 3OUCA 4RCFA 3QN8A 5P8EA 5P6RA 3UF3A 2I4UA 5P7RA 2APRA 2QI7A 4HZTA 4RROA 2G94A 1TW7A 1HSGA 2WF4A 3HVPA 2AVQA 5P6AA 4H3FA 3OHFA 3KDDA 3EKYA 5P0OA 5P87A 4ER1E 1E81E 4RRSA 3SA3A 2UY0A 5P66A 5P15A 1Q9PA 2P3AA 2PK5A 1QBSA 5IVSA 2QNNA 5OZNA 5P80A 5OYXA 4Y56A 3OAGA 5OZJA 4GMIA 3R2FA 1YT9A 2AQUA 5P16A 2Q63A 3OQ7A 1HVLA 3G70A 1GNOA 5DGWA 4Q5MA 3TKGA 5OZ3A 4YD7A 1IZEA 4QJAA 1RNEA 2AZ8A 3EL5A 2VJ6A 4Y3HA 3ZPUA 5P2CA 3KT5A 1FQ4A 5P42A 5P6JA 1D4KA 2ZYEA 5P59A 1FQ6A 1FMXA 2HPEA 5P2NA 1IDBA 2V13A 2FXEA 1EPNE 5P2KA 4DQHA 3FNTA 4Y50A 1HTRB 2HIZA 5P3ZA 2PQZA 2PK6A 2JJJA 3S43A 4DH6A 1FQXA 5P32A 5KOSA 1ZAPA 5P7NA 2HS2A 2OHSA 3LIQA 5P3VA 1G35A 5P5AA 4J1EA 2UXZA 5P7LA 3K4VC 1APVE 2QU3A 4FM8A 4JP9A 2XFIA 5KR0A 2PH8A 3NU9A 3RTHA 3RSXA 4EXGA 1FG8C 5P77A 3OQFA 5P26A 3ZKQA 4HVPA 2XYFA 5P5MA 2IDWA 2ZJKA 2CENA 6FIVA 4Y3FA 4PZWA 2I0AA 5P1UA 5P19A 4QJ2A 4FCOA 4Y44A 5P6EA 3HDKA 1Z1HA 3PSUA 5P71A 5P5GA 1LZQA 4R95A 5AGZA 5P8AA 5HE4A 2AODA 5P5HA 3VF5A 1GNNA 2WEBA 1N49A 4N00A 2G22A 4B77A 4AZYA 3HBOA 1IZHA 5AH9A 4GJ7A 1AJXA 2FGUA 5P4VA 1HPSA 4OBZA 4RVJA 5P5YA 4J0ZA 5OYRA 3HZCA 6UPJA 1VIKA 3N3IA 2NNPA 3OXXA 5P76A 1C70A 1XN3A 4RYCA 4BFBA 2VA7A 3WZ6A 2FNTA 3TPPA 1EPQE 1HIHA 3SQFA 4Y3SA 2R9BA 4L7JA 5P33A 2BPXA 4FM6A 3NDTA 5P07A 2G69A 4J0YA 4FL8A 3FX5A 3INFA 5DQ4A 2FS4A 5HDZA 3UDHA 3VFBA 3WZ7A 1LF4A 5P52A 5ER2E 3L5EA 1DMPA 5P6PA 3HAUA 3I2LA 4Y5PA 1EC3A 4CPXA 5P1SA 4DQGA 5P3TA 2I0DA 2RMPA 1GVTA 1SMEA 1U8GA 5P4XA 4OBGA 1XL5A 3SA4A 5P6FA 1W5YA 5P2EA 5P61A 3INDA 2VA6A 5P4PA 4J1HA 4A6CA 2QU2A 3BC4A 5P5VA 4Y4JA 4Y57A 1A30A 2P8HA 3CIDA 1A94A 1CPIA 5P8IA 5IVTA 4HLAA 3KDCA 5P17A 5BS4A 4RRNA 3KFSA 5P3CA 5P8QA 3EL9A 4NPTA 1AAQA 3UCBA 5P8GA 3MWSA 1IVQA 3GGXA 4L7HA 5P5IA 1SDVA 3OU3A 1KJFA 2QD8A 4GB2A 3L3AA 1SDTA 1AM5A 1G0VA 2F3FA 2Q3KA 5OZ5A 5P2OA 5OZ6A 4J0PA 1VIJA 2OHPA 5P83A 2FDPA 1FFIC 4ZPFA 4DQEA 3DOXA 3ECGA 3B80A 1HSHA 3URLA 4GJCA 3EBZA 5P6CA 2SAMA 4GJ5A 1MEUA 2V10C 2OHRA 5IVQA 3LZYA 2AOFA 8HVPA 1MTRA 3OAGB 5P8FA 3PEPA 5P8OA 5KQFA 4MC9A 4H3GA 4ACXA 2QNQA 3BHEA 3F9QA 1BDQA 1QBTA 3GGUA 1SBGA 5P0QA 2AZ9A 1T7KA 5P56A 5P4BA 3PI5A 3L5DA 4Y5EA 4J1CA 1YTJA 5JG1A 3MXEA 4CPRA 4I10A 2IGYA 3WZ8A 4TRWA 2HM1A 4OBHA 5P7YA 2RKGA 1QRPE 2QD7A 5P4RA 3GGAA 3UFLA 5P0IA 4EJDA 4BELA 5AHAA 1EC0A 3O9CA 5P5QA 3KA2A 5P1RA 4K8SA 9HVPA 4NPUA 5AH8A 5KR1A 2I4DA 4LC7A 5P8PA 3O9AA 2VJ7A 5P40A 5P5JA 1KJGA 4RCEA 4I0DA 4FLGA 1SGZA 2OHLA 3UQPA 3LZVA 1SMRA 3H0BA 2PC0A 3TPLA 4B1DA 1AXAA 3KF0A 5P0VA 5P1TA 5P30A 1ODYA 3CYXA 3NU5A 1IZIA 4FM7A 4Y4WA 4Y3TA 1EPPE 5P54A 2AIDA 1HVRA 5I70A 3BUGA 4F73A 5P1XA 3EL0A 5OZBA 1K6PA 5P2XA 4DPIA 2AZCA 3ER5E 3NWQA 2QNPA 3QRSA 1OD1A 1ODXA 5P02A 3WB4A 4EQ0A 2ZGAA 3OOTA 1WBMA 3LZSA 3NUOA 5P1BA 4J1FA 2F80A 3L59A 4Y54A 5P1OA 5P2YA 5OZQA 4Y3YA 4LXAA 3LPJA 1LF3A 5P8UA 4OBJA 1DW6C 1HHPA 3TPJA 4I1CA 3OXVA 3HW1A 2B60A 2NTRA 3EKPA 1ZTZA 1C6YA 5P1LA 1MPPA 5P8HA 5C9FA 2G27A 5COKA 5P2UA 5ENMA 3PI0A 3G6ZA 1K1TA 1XN2A 4QLHA 3S7MA 1QBRA 5EZXA 5P81A 4BFDA 4I11A 2Q55A 5P6LA 5P3LA 4DJPA 5P8DA 3S7LA 5P2AA 5P4AA 3TOFA 1HIIA 4TVGA 4YE3A 4FGXA 1KJ4A 5P49A 2R5QA 1GKTA 2BPVA 1YTHA 1B6KA 3WSJA 5P4QA 1C6XA 4NKKA 5DQ5A 5P4OA 2O40A 5P41A 4Y43A 5DPZA 5P5TA 5HU0A 1BXOA 1OEXA 1BDLA 2PSGA 2VIYA 2QAKA 5P2HA 4GIDA 3JVYA 1XL2A 2IKOA 3APPA 3DUYA 4GZFA 5OZYA 2VS2A 3BXRA 4YD4A 5P38A 4DQFA 1DP5A 5P00A 5P12A 4Y3LA 2FDEA 5P2RA 3URIA 3PWWA 2B7FA 1AZ5A 3HD8A 1IDAA 2FDDA 5ISJA 1HEFE 2CEJA 3O99A 5HE5A 5EZZA 5P3HA 4GJ9A 3EC0A 3EKTA 4LL3A 4QJ6A 3VG1A 3OQAA 1W5XA 3CKTA 3OUDB 3TTPA 4GJ8A 2P3BB 2ANLA 1PPME 5P28A 3VFAA 4UPJA 1HVCA 4Y51A 4M8XA 3GW5A 3LZUA 4CP7A 1BWBA 4Y6MA 2V12C 3MSJA 5I3VA 2ZHTA 4MC2A 2AVVA 5P6XA 3GI5A 3U7SA 4Y3PA 4CPTA 1AIDA 3OY4A 3AUPA 2WF3A 2AOCA 4ACUA 2HS1A 1Z8CA 3PWMA 4TRZA 5P1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZE A;  3FKT A;  4D8C A;  3QRM A;  3OTS A;  4I0G A;  1Z1R A;  4DV9 A;  1B11 A;  4ZIP A;  4B70 A;  5P69 A;  1ZJ7 A;  5P3X A;  5P3E A;  3L38 A;  2JJI A;  3NSH A;  5P8R A;  3BVB A;  5P3F A;  3PCW A;  3KDB A;  3CIB A;  5P03 A;  5P1F A;  5P85 A;  3EKV A;  3ZKM A;  1SH9 A;  5P8K A;  3U71 A;  1QBU A;  4Y3X A;  5P70 A;  3M9F A;  5P3J A;  5P6S A;  4DJO A;  3HAW A;  1WKR A;  2ZJN A;  3S2O A;  5P36 A;  3SKG A;  5P4Y A;  4YDF A;  1ZPA A;  5P4I A;  2WHH A;  1HBV A;  5SY3 A;  3O9G A;  4CPW A;  5AHC A;  5OZD A;  5P0E A;  1HIV A;  4Y53 A;  3K4V A;  2Z54 A;  1FKN A;  3O9E A;  3EKQ A;  2IS0 A;  1ENT E;  1SIP A;  3ER3 E;  3PMU A;  3PVK A;  2I4X A;  5P2F A;  2XFJ A;  5P67 A;  3APR E;  2AOI A;  5P2J A;  4CMS A;  4I8Z A;  1YM2 A;  5P06 A;  4U8W A;  2A4F A;  2HC0 A;  4ZEA A;  2QD6 A;  3OQD A;  4B78 A;  5P7J A;  4Q1W A;  4APR E;  4Y4B A;  5P4N A;  2ZHR A;  1FG6 C;  5P23 A;  2B42 A;  1DIF A;  3OTY A;  4TVH A;  3I25 A;  1MTB A;  5P3S A;  3D91 A;  1UPJ A;  3PHV A;  5P5D A;  5F01 A;  2NMY A;  1LYA B;  3S85 A;  4LXM A;  4RYG A;  2AOE A;  1WBK A;  7UPJ A;  5P6U A;  4Y3M A;  3TOG A;  3OOZ A;  2Q64 A;  4QJ7 A;  3K5D A;  3OU4 A;  4Y5L A;  3ST5 A;  5P4C A;  2I4V A;  3NLS A;  4YDG A;  2V11 C;  2IQG A;  1J71 A;  4AMT A;  4EPJ A;  3L58 A;  4I8W A;  4K4P A;  4Y3Z A;  2G1N A;  3RTN A;  4YCT A;  3QBF A;  3ZKN A;  5P2B A;  3LIZ A;  5CLM A;  4EJL A;  2XFK A;  3QIH A;  3VYE A;  3RVI A;  4NJV A;  3CMS A;  1EBK C;  5P3I A;  5P7U A;  1BWA A;  2HB3 A;  2R8N A;  5OZR A;  1T6E X;  5P5K A;  4YD6 A;  3T6I A;  5P4U A;  3QI1 A;  4FSE A;  3GGV A;  2O4N A;  3OGQ A;  1ME6 A;  5PEP A;  4JEC A;  5P5S A;  5P35 A;  5P13 A;  1F34 A;  1PPL E;  4Y3J A;  1D4Y A;  5SZ9 A;  4GJA A;  3PSY A;  5P7B A;  3R4B A;  3URJ A;  3KM4 A;  3K5G A;  5P46 A;  1PSA A;  5OZ0 A;  5KR2 A;  3PLL A;  2P3C A;  5OYU A;  5P7D A;  5I3W A;  1HVJ A;  4I0J A;  3TKW A;  4AA8 A;  4ZLS A;  5SY2 A;  1CZI E;  1APU E;  3MXD A;  3OK9 A;  5P5P A;  4ZSP A;  4RVI A;  2JXR A;  3T7Q A;  4AUC A;  5P3N A;  1B5F A;  1UH9 A;  3NXE A;  3OXW A;  4RZ1 A;  5P6N A;  1LF2 A;  5ER1 E;  1A9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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