3L3AA

Bace-1 with the aminopyridine compound 32
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
387
structure length
365
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Novel pyrrolyl 2-aminopyridines as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 365
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l3aA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l3aA02
5OZCA 5P1AA 3VF5A 5KR1A 3OUDB 2AZBA 4Y4ZA 5AHCA 3L3AA 5JFUA 5P1IA 2VNNA 5KR2A 3DCRA 1EPOE 3APPA 5P3HA 2OHRA 1EC1A 5P4PA 2PK6A 5P16A 5P07A 3BUFA 1HVHA 5P6JA 3TKWA 3SFCA 1HWRA 3R0WA 4K9HA 2QZKA 2G27A 4I0HA 5ENMA 5AH9A 5P8VA 1D4YA 5P8UA 5P8CA 4MC6A 3ZKIA 4RYCA 3HDKA 3HW1A 4M8YA 2NXDA 3O9AA 2VKMA 1GKTA 2QNPA 3PM4A 2RKFA 5P1PA 4Y37A 5P85A 1YX9A 4Y39A 4OBZA 4LC7A 5P2QA 3QAAA 5P5LA 2I0AA 5I3VA 2AZ8A 5P2FA 5P4RA 4FSEA 3VFAA 4B77A 1VIKA 4ZPFA 1ZSRA 1BILA 4LXMA 2QI1A 3OHFA 5P19A 5P7ZA 2OHSA 4JPCA 3SLZA 2J9JB 3G72A 5P8FA 3L5DA 4Y4GA 3TNEA 3URIA 2ER9E 4EYRA 2MIPA 1HIHA 4OBZB 5HDZA 3UCBA 1XN3A 4I1CA 1W6IA 1QBUA 4DQEA 1HVJA 5OZSA 3NWXA 1APVE 4GJBA 1HIIA 1FLHA 3CIBA 2VJ9A 5P7DA 3OGPA 5P4YA 1IZIA 1ZTZA 4Y3WA 4I0GA 4XKXA 3LIQA 5P58A 3IN4A 3UQUA 4ZSRA 5P0KA 3QRMA 3SM1A 2H6TA 3VV8A 5P8KA 2R3WA 3KMXA 1PSNA 4L7GA 5DR3A 1HEFE 5P70A 1T6GA 1TZSA 4JECA 4Z2ZA 1TSUA 3QP0A 3VEUA 3BXSA 4OBDA 3MSKA 3ECGA 2R5QA 2Q64A 1DW6C 2I4QA 3O9DA 1RPIA 3OGQA 1PPME 1AXAA 3EBZA 3ZPSA 5P75A 3ZOVA 2IEOA 2V10C 5OYQA 1D4JA 4Y53A 3KFSA 1UH7A 4AA8A 2VA6A 4ZIPA 3R0YA 5P3UA 3KFPA 4ER1E 1FEJC 4RCEA 4B78A 1KJ4A 5P1FA 1OEXA 5P31A 1MEUA 5KAOA 1EAGA 5OZ3A 3UDRA 1BIMA 5P4GA 1BVGA 5HE7A 2OAHA 4KE0A 4BEKA 3PCZA 2FLEA 5BWYA 1G0VA 4R91A 3TPRA 4Y4BA 1IBQA 4OBGA 4U7VA 5P27A 5P0ZA 3GGAA 5P6TA 4F76A 4PPHA 4HZTA 2AOJA 4GJ9A 2I4UA 4J0VA 1B6PA 1FG8C 5AGZA 5P55A 3I25A 1SMRA 5P8BA 4Y36A 2ZHRA 3DK1A 4HDBA 5P6OA 5P0GA 4B05A 3OTYA 5ISJA 5P43A 5P12A 4Y9WA 3NYGA 1HTEA 5OZ9A 1Z1RA 3VUCA 1RNEA 3UDJA 3TKGA 4CKUA 3ZKGA 2NMZA 5OZFA 3K4VA 2ZJJA 3GGXA 1T7JA 4RLDA 3QN8A 1GVUA 4Y57A 2PH6A 2P3BA 2I4WA 1BDLA 5P1DA 1AIDA 2O4SA 5OZRA 3PB5A 1YTHA 3T7QA 1APWE 1AAQA 5P3TA 3UQPA 5P0BA 5BS4A 1LF4A 1FQ5A 5P1YA 5KOSA 1TQFA 5P4CA 1FMBA 4FM7A 4OBFA 5P4FA 3HBOA 4L1AB 5P2DA 1W50A 4R92A 4FRJA 3OQDA 5P7VA 3GI0A 3SM2A 5P0AA 1D4LA 5P5BA 4Y35A 2UY0A 1CPIA 1LYBA 4Y3XA 4Y4JA 4Y3YA 2JYSA 3NLSA 5COOA 4GB2A 5P5UA 2B8VA 3EL0A 3OAGA 3NUJA 2PC0A 2BBBA 3UDNA 3TOHA 5P0FA 1FQ7A 1MT8A 3DV5A 5P5GA 2P83A 3NR6A 1K2CA 3NUOA 4OC6A 5P7BA 4YD5A 5P1ZA 5OYXA 2PWRA 3NU6A 1HTFA 3KFNA 5OZBA 1MT7A 5P5CA 3BRAA 1DP5A 4RYGA 2ZJMA 1ODYA 5P7HA 1C6XA 1HVKA 1VIJA 5P4HA 3TL9A 5AH6A 3UDQA 1MIQA 3SKGA 4CPXA 3S56A 5HDVA 3D3TA 7UPJA 3LIZA 1NH0A 1GNMA 3S45A 3QBHA 2HM1A 2I1AA 2OHQA 4RZ1A 3EXOA 1HEGE 4Y3QA 5OZAA 2AOGA 4LXKA 1FQ4A 3C9XA 5C9BA 2NNKA 3OADB 4TVGA 2WF4A 3D1YA 2FXDA 3H5BA 2G1NA 3VYFA 4EQJA 3D1ZA 4HLAA 1M43A 2XFJA 3NU9A 1FMUA 6UPJA 4EP3A 5P3NA 4PZWA 4FE6A 5SZ9A 5DR7A 5P1XA 4DJRA 4ZPEA 5P29A 1E5OE 2O4PA 4M8XA 5P5WA 5KQFA 5P46A 2OHPA 5P2SA 2OHNA 5OYRA 1E80E 1YTJA 1AZ5A 4Y4AA 4Y4EA 3BXRA 3KFRA 5P1RA 1KJHA 3IN3A 4EWOA 4Y50A 2P3DA 2OHMA 3QS1A 2QNQA 2UPJA 1EBZA 2FS4A 1NPWA 1EC2A 2PYNA 4J0YA 3U6AA 5P4EA 2XYEA 2ZHVA 3BVAA 1B6JA 4DI2A 1HPOA 4YD7A 2FXEA 3VF3A 5OZOA 5OZVA 3HVGA 3RTHA 5P5PA 4WY1A 3BVBA 1XN2A 5P8QA 3LITA 5P3IA 1M4HA 1HPSA 4LP9A 4OBKA 2BKSA 5P6CA 4FCOA 5P52A 3HVPA 2BPZA 4GIDA 5HD0A 2B60A 5F01A 3KT2A 5P7NA 5P72A 5P0EA 4B00A 5COKA 5P7XA 5FIVA 4YDFA 4QJ7A 4H3FA 3EKPA 3MXDA 4PZXA 2VIZA 4TVHA 1SH9A 5APRE 1APTE 5P3FA 5P6FA 5P7SA 5P3RA 4J5JA 3O9BA 1FG6C 5P06A 3MSJA 4Y56A 2R9BA 5PEPA 3SA8A 4I0FA 3L5FA 3O9EA 5P8DA 5P4UA 1MUIA 4D8CA 2QD6A 1GNNA 5P5NA 1NPVA 4FLGA 2RKGA 3SQFA 5P1EA 3UQXA 4A4QA 2HIZA 1B11A 1BDQA 5DGWA 5P7FA 3PJ6A 5P47A 4AUCA 4YHQA 5I70A 5P36A 3OU1B 2WEZA 3M9FA 1WBKA 2P8HA 4FRIA 1HTGA 5P59A 5P7EA 1B6MA 5OYWA 1A8GA 5OZ8A 1AM5A 4DQBA 4RRNA 2OHTA 5P8TA 3LZYA 2AOEA 3GI6A 4BELA 2Q3KA 3D20A 5P2HA 5P7AA 3RSVA 1WKRA 1FQ6A 3WZ8A 1A94A 1D4HA 3PBZA 5P8NA 3S43B 2IDWA 5P1LA 4QJ8A 5P8HA 3T6IA 2WJOA 3QROA 1W5YA 2P4JA 3DJKA 2V0ZC 4X7IA 4Y41A 1D4SA 3VYDA 2P3AA 3URJA 2HB4A 3DM6A 5OYUA 1ZAPA 4Y51A 2BPYA 5P0MA 5P3EA 5P3LA 4OBJA 4Y3FA 3BUGA 2FDEA 4Y5BA 4YBIA 4Y4UA 1GVVA 2ZHSA 4L6BA 2WF1A 2WF3A 5P7YA 1XL2A 5P40A 5P5RA 5P6ZA 4J17A 3KDCA 1IDBA 5P3ZA 5OZGA 5P86A 4DQHA 5P1NA 1F34A 4KB9A 5P0LA 3NXNA 3FNUA 5P33A 3OU3A 4Y3LA 5P78A 3JVWA 5P3PA 1LYWA 1XE6A 2ZDZA 3SACA 4Y3NA 4YD6A 1SDUA 5P0IA 2EWYA 5JODA 4HE9A 2G94A 5P2IA 1D4KA 2B7ZA 1C6ZA 5HDXA 1HTRB 2Q63A 3TLHA 4U8WA 3RVIA 3R2FA 1LYWB 3ZPUA 2ZJKA 2IS0A 4Y3ZA 5P79A 2QMPA 4FGXA 1C6YA 2I4VA 3RSXA 4WY6A 2G1RA 2IGXA 2CENA 2Q55A 5P0TA 2QMGA 1PPLE 5P2GA 5OZ7A 2AVQA 1UH9A 3PSUA 5P5MA 5P8LA 4Y5KA 3GGVA 3VV6A 4DJXA 5OZDA 3PSYA 1LYAA 3SO9A 3BUHA 4CP7A 5KQXA 4R8YA 4RRSA 5P61A 5P26A 1K2BA 5P17A 4DJQA 3ER3E 3T11A 5P04A 2BPXA 4J0PA 4EXGA 2F8GA 3SPKA 5P34A 3DCKA 5TOLA 2FDPA 2PSUA 1K6CA 4CMSA 3KDDA 3PI0A 3KN0A 1JLDA 5P5ZA 3DUYA 1OEWA 3OXXA 1XE5A 1EEDP 1UH8A 5P8AA 1IVPA 4Y3DA 5I3YA 5P7QA 3PCWA 2OHLA 4OD9A 3HAWA 5IS4A 5P6PA 2ZHTA 3K5DA 1DPJA 5DQCA 4ZSQA 4D89A 5P41A 5CONA 3PGIA 1LZQA 2OF0A 4Q1NA 4Y3MA 1MESA 3EM6A 5P0XA 2G69A 3HAUA 3GW5A 3OY4A 5OZEA 4DJWA 3NU3A 3QVCA 3VF7A 3IXJA 5ISKA 2QD7A 3S85A 3L59A 5P6MA 2BKTA 2R38A 2B7FA 3OUBA 2QCIA 3EM3A 3PBDA 5P8PA 1SIVA 5AHAA 4NPTA 5OZQA 5P0OA 3NXEA 3QI1A 1HSIA 5OZIA 5P0JA 1EBWA 5P68A 5P7KA 2FNSA 4YCKA 3URLA 1ODXA 2FGUA 4FL8A 2AOIA 5OZTA 5P54A 5P6HA 4GZFA 1DAZC 4YD4A 5HU0A 5P4AA 8HVPA 4R95A 4XX4A 3PWWA 4Y5EA 4DJYA 1W51A 9HVPA 4HDFA 5P7GA 3A2OA 3LZVA 5P4KA 5P42A 4EQ0A 1SBGA 3PMUA 5P1OA 2BQVA 2OHKA 4E43A 2QZLA 5P4VA 4DH6A 5P6QA 2VS2A 2WF2A 4GYEA 2G26A 3JVYA 4XX3A 5P1BA 3LZUA 1TSQA 3RU1A 1MERA 4J1KA 3EKYA 5P3SA 2HS2A 1ZJ7A 3RTMA 3SA3A 5P0UA 3O9LA 2RENA 5P6EA 3IXKA 2OHUA 5P2CA 3T7PA 2ASIA 1GVTA 3R1GB 5OZ5A 1PROA 1CZIE 4Q1YA 4ACXA 3TOFA 1G6LA 2AVSA 5P5AA 3K5GA 2BPWA 4L7JA 2JJIA 3WB4A 3U7SA 5ER2E 4I0ZA 3VCMA 3GGUA 5P1VA 4Y4XA 2P3BB 1FB7A 1QBRA 2Q54A 1MRXA 1RV7A 3CKRA 1GVXA 5KQZA 3QVIA 2V12C 1BXOA 1MTRA 4HEGA 3CYXA 3EL5A 3PLDA 4FRKA 2NXLA 5EZZA 5P8SA 5P6NA 6FIVA 3L5EA 5P1HA 2IQGA 5P8MA 3T7XA 3K5FA 5P5IA 4B70A 5P49A 1MSNA 4EJDA 3LINA 5P4MA 1SP5A 5P13A 3Q5HA 5P45A 2WEDA 1MSMA 5P6XA 3UDKA 2PSVA 2P3CA 3KMYA 4NJTA 5P01A 2IENA 1LYBB 5P6YA 3CKTA 3NSHA 1MTBA 1SDVA 2NMYA 5P6WA 5IE1A 5P2KA 4CPUA 2G1YA 4HVPA 2A1EA 3DV1A 5P0CA 3NDXA 3S7LA 2XYFA 3OAGB 4H3GA 5P80A 5P3VA 3LZSA 1PPKE 3OQ7A 2QMFA 4Y58A 3UHLA 5P7UA 3LHGA 3FKTA 1ZLFA 1BV9A 4OC6B 3K1WA 4I11A 4B1EA 1EBKC 4B1CA 4LBTA 4YCTA 3NDWA 4I0IA 2AOCA 3PWMA 2NTRA 3PSGA 5P51A 5P8RA 1K1UA 5P2TA 2CEJA 4CPTA 4Y3GA 4Y44A 3PWRA 5P2VA 3VLBA 5P20A 4H1EA 3PMYA 4L7HA 5OYTA 4D83A 3ZLQA 5BRYA 3AIDA 1NSOA 5OZHA 3PEPA 1G2KA 5P39A 4DFGA 1QBSA 1ZP8A 5OZWA 2ZHUA 1OD1A 3LIVA 2ZJNA 5OZYA 2FMBA 4FM8A 4ZSMA 2UXZA 4K8SA 4DQCA 3OUCA 3ZMGA 5P4QA 1K6PA 3ZKMA 5P22A 3NU4A 3G6ZA 3Q4BA 5P4SA 2ANLA 3TH9A 1RQ9A 1PSOE 5IVSA 5P3OA 2G24A 2H6SA 3L5CA 3EKXA 1HHPA 5IVRA 4ZLSA 4RROA 2R3TA 4YCYA 1Q9PA 3OTSA 2RMPA 3SKFA 1FGCC 5OZJA 5HCOA 4IVTA 5P6UA 4UPJA 4A6BA 1K6TA 4GJ5A 4Y45A 3GI5A 3HD8A 5F00A 5P6RA 2CEMA 4MC2A 3S7MA 5P2LA 4N00A 2QHCA 1J71A 5P1QA 4EJKA 3ZPTA 1BBSA 3IVHA 4LXAA 2IL2A 3NDUA 3OQKA 1BXQA 3SAAA 4Y3TA 5P05A 4FAFA 4AZYA 5P3AA 5P7CA 1IDAA 2AZ9A 4TRZA 5P4WA 4ER2E 1HVIA 1GNOA 4BFDA 2R5PA 5P71A 2AODA 5P24A 3UFNA 4AA9A 3VSWA 5SXNA 1YTIA 2XFIA 4ZPGA 4I0JA 4TRYA 3IXOA 1BWAA 1EC0A 5JG1A 1KZKA 4EPJA 4CPSA 5KOQA 5P69A 1IZDA 3TPLA 1Z8CA 4OBHA 2FDDA 2QHYA 2RSPA 2QZWA 1LF2A 3BGBA 5P63A 5P77A 5P5YA 1W5VA 2HPFA 1FKNA 3ER5E 1TW7A 2QP8A 3LPJA 4RVXA 2WEAA 1IVQA 5C9FA 1YM4A 1QDMA 4QLHA 5JFPA 5HU1A 4NJUA 3D1XA 3VV7A 2I4DA 5IVTA 3S53A 2JE4A 4H3IA 4J54A 2VNMA 3OU4A 4I8WA 3T3CA 5P8EA 1ZBGA 3NDTA 3WZ7A 2WEBA 2Z4OA 1FQXA 2FNTA 4JPEA 3INEA 2QI0A 4J1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZC A;  5P1A A;  3VF5 A;  5KR1 A;  3OUD B;  2AZB A;  4Y4Z A;  5AHC A;  3L3A A;  5JFU A;  5P1I A;  2VNN A;  5KR2 A;  3DCR A;  1EPO E;  3APP A;  5P3H A;  2OHR A;  1EC1 A;  5P4P A;  2PK6 A;  5P16 A;  5P07 A;  3BUF A;  1HVH A;  5P6J A;  3TKW A;  3SFC A;  1HWR A;  3R0W A;  4K9H A;  2QZK A;  2G27 A;  4I0H A;  5ENM A;  5AH9 A;  5P8V A;  1D4Y A;  5P8U A;  5P8C A;  4MC6 A;  3ZKI A;  4RYC A;  3HDK A;  3HW1 A;  4M8Y A;  2NXD A;  3O9A A;  2VKM A;  1GKT A;  2QNP A;  3PM4 A;  2RKF A;  5P1P A;  4Y37 A;  5P85 A;  1YX9 A;  4Y39 A;  4OBZ A;  4LC7 A;  5P2Q A;  3QAA A;  5P5L A;  2I0A A;  5I3V A;  2AZ8 A;  5P2F A;  5P4R A;  4FSE A;  3VFA A;  4B77 A;  1VIK A;  4ZPF A;  1ZSR A;  1BIL A;  4LXM A;  2QI1 A;  3OHF A;  5P19 A;  5P7Z A;  2OHS A;  4JPC A;  3SLZ A;  2J9J B;  3G72 A;  5P8F A;  3L5D A;  4Y4G A;  3TNE A;  3URI A;  2ER9 E;  4EYR A;  2MIP A;  1HIH A;  4OBZ B;  5HDZ A;  3UCB A;  1XN3 A;  4I1C A;  1W6I A;  1QBU A;  4DQE A;  1HVJ A;  5OZS A;  3NWX A;  1APV E;  4GJB A;  1HII A;  1FLH A;  3CIB A;  2VJ9 A;  5P7D A;  3OGP A;  5P4Y A;  1IZI A;  1ZTZ A;  4Y3W A;  4I0G A;  4XKX A;  3LIQ A;  5P58 A;  3IN4 A;  3UQU A;  4ZSR A;  5P0K A;  3QRM A;  3SM1 A;  2H6T A;  3VV8 A;  5P8K A;  2R3W A;  3KMX A;  1PSN A;  4L7G A;  5DR3 A;  1HEF E;  5P70 A;  1T6G A;  1TZS A;  4JEC A;  4Z2Z A;  1TSU A;  3QP0 A;  3VEU A;  3BXS A;  4OBD A;  3MSK A;  3ECG A;  2R5Q A;  2Q64 A;  1DW6 C;  2I4Q A;  3O9D A;  1RPI A;  3OGQ A;  1PPM E;  1AXA A;  3EBZ A;  3ZPS A;  5P75 A;  3ZOV A;  2IEO A;  2V10 C;  5OYQ A;  1D4J A;  4Y53 A;  3KFS A;  1UH7 A;  4AA8 A;  2VA6 A;  4ZIP A;  3R0Y A;  5P3U A;  3KFP A;  4ER1 E;  1FEJ C;  4RCE A;  4B78 A;  1KJ4 A;  5P1F A;  1OEX A;  5P31 A;  1MEU A;  5KAO A;  1EAG A;  5OZ3 A;  3UDR A;  1BIM A;  5P4G A;  1BVG A;  5HE7 A;  2OAH A;  4KE0 A;  4BEK A;  3PCZ A;  2FLE A;  5BWY A;  1G0V A;  4R91 A;  3TPR A;  4Y4B A;  1IBQ A;  4OBG A;  4U7V A;  5P27 A;  5P0Z A;  3GGA A;  5P6T A;  4F76 A;  4PPH A;  4HZT A;  2AOJ A;  4GJ9 A;  2I4U A;  4J0V A;  1B6P A;  1FG8 C;  5AGZ A;  5P55 A;  3I25 A;  1SMR A;  5P8B A;  4Y36 A;  2ZHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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