3L5BA

Structure of bace bound to sch713601
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5bA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5bA02
2FGUA 3GI5A 2QHZA 3OXXA 2JJIA 3VLBA 5P0GA 3L5DA 3QRVA 3MXDA 3VEUA 5CONA 1HWRA 2QI0A 1ZSRA 5P04A 2PSUA 5P4JA 5P5IA 2HM1A 5E5KA 4Y9WA 1JLDA 1TZSA 5P8PA 5P0MA 4CPXA 3CMSA 1BVEA 1HOSA 1APUE 4A6CA 2ZHUA 4Y4JA 3D20A 5AHBA 3EBZA 4RVIA 3BVAA 5DR3A 2NMYA 3BGCA 3Q3TA 5P0PA 5P32A 5P73A 4RYCA 3PCZA 4EP3A 3S2OA 3TKWA 5P14A 4EJLA 1FG8C 5P3DA 4Y3SA 2AODA 5KOQA 1NPWA 3OOZA 2RSPA 4DUSA 1IBQA 2ZGAA 3QPJA 5P71A 4F75A 1KJGA 5P2GA 1KJHA 5P4GA 5OZXA 5P8JA 2OHKA 3ER5E 4Y3DA 1ME6A 3SA8A 3UHLA 4N00A 3B80A 2OF0A 5P7KA 5OZ3A 3O9LB 3QVCA 3EM4A 5P8FA 4DJPA 2QZKA 5P6XA 5OYVA 3PVKA 5OZEA 5P1QA 5P36A 1FQ7A 1FEJC 3SFCA 4Q1WA 5P24A 2IDWA 5P6OA 5P03A 5P2CA 4ZPGA 3EL0A 3IGBA 5P3YA 4KB9A 5P5HA 5P34A 4IVTA 3DJKA 1FGCC 3LZYA 5OYYA 5HDZA 4Y5NA 3NYGA 2BPVA 3NXEA 5P84A 2O4NA 2IKOA 3SM2A 1BVGA 1HVLA 2VJ7A 1T7IA 5P2OA 1QRPE 2WL0A 2QU3A 2WF4A 5P3GA 4ER1E 5P58A 1EBKC 1VIJA 3OADB 4JOOA 3VF7A 3EKQA 5P0WA 5OZ8A 2QI3A 4HE9A 2Q55A 3VF3A 4EHCA 5KQYA 5P4FA 5P8GA 4ZLSA 4NPUA 3NSHA 2WECA 1B6PA 1K6TA 3BXSA 4FCOA 1XL2A 4FAFA 3NU5A 4CMSA 1FMBA 1YM4A 4Y4DA 4APEA 5P31A 4Y50A 5P6RA 1PPKE 2JYSA 2NXLA 2OHPA 4Y3QA 5HVPA 2QD8A 2VJ6A 2WEDA 2WEBA 4D85A 2HC0A 4OBGA 2BPYA 4NJUA 5P5SA 5P89A 2G21A 5P1LA 3A2OA 2PC0A 1UPJA 3L38A 5OZBA 4GJDA 7UPJA 1XN2A 2F3EA 4M8XA 1MT7A 2I4DA 5EZZA 4Z22A 2HB4A 4YD3A 5OZ5A 2FDDA 2IRZA 5P2EA 3LIVA 5IVSA 5P6NA 5E5JA 4QJAA 1D4YA 3QP0A 3FKTA 3BC4A 5AGZA 5P28A 3PM4A 2VIYA 5OYQA 5P0YA 4HDPA 1HVJA 1EEDP 4J1IA 5P09A 3EKXA 5OZFA 5P11A 1MEUA 1XN3A 4GMIA 5P4YA 2QD7A 1B6KA 4B77A 3PRSA 4J1CA 4GB2A 3PSGA 5P4QA 5P2KA 5DQ5A 2QI4A 3AUPA 2ASIA 7HVPA 2H6TA 3PWWA 4XX3A 2NXDA 5P8EA 4COEA 4AZYA 3BRAA 4I0HA 1FIVA 5OZ7A 1HEGE 3O9CA 3T6IA 2QMFA 4WY1A 5OZ6A 4PPHA 2UPJA 1QDMA 3TOGA 4DJWA 3CYWA 5P2LA 3O9AA 5P1FA 5P25A 3UDJA 1FB7A 5P7ZA 4I0DA 5P06A 4Y4EA 2OHSA 1D4SA 3K1WA 2ANLA 4GJAA 5DQ4A 2V10C 5P8HA 5P7YA 5P8KA 2AOHA 1DAZC 3SA6A 4Y5KA 5OZVA 5I70A 1HTFA 2B7ZA 2BB9A 1AXAA 2F80A 1D4JA 3UDMA 4RCFA 5P2JA 2R3WA 5P7SA 4DPIA 3R4BA 4H1EA 4K4PA 5P4BA 3SA4A 5P5ZA 8HVPA 1HIVA 3NUJA 5P5FA 4HEGA 1K6CA 4J5JA 2JXRA 3VV7A 3EM6A 2NR6A 2I1AA 3EKPA 2Z4OA 5CLMA 2BPWA 4U7VA 4YCYA 3SA9A 1K6VA 2P3DA 4Y3XA 2AIDA 5P4HA 5P6AA 3T7QA 1AAQA 1PFZA 1C6XA 4Y3GA 4EXHA 4EWOA 3MSJA 4I0JA 4R5NA 1D4IA 3ZKQA 1OEXA 2PYNA 4QJ8A 4OBDA 4PZWA 5HD0A 5HDVA 4JP9A 2BPXA 5P3FA 5P0VA 3TTPA 2WHHA 2P3BB 1NSOA 5P1BA 1TSQA 4Y41A 3OGPA 3WZ6A 4Y37A 1META 3QBHA 3IXJA 3UQUA 4Y48A 3LZSA 3NUOA 1FFIC 5P7VA 4BFBA 3UDHA 4Q1XA 5KR0A 3LPJA 3NU3A 2V13A 1ODYA 2VIJA 5P7JA 3QAAA 2HS2A 5P19A 2V0ZC 3OUBA 2V00A 1SBGA 2PWCA 3HD8A 5P76A 4U7QA 2WF3A 3S85A 5P0EA 5P15A 2AVMA 1XE5A 4DJYA 3JW2A 5OZPA 4I0IA 3LIQA 5DR1A 2BJUA 1MTRA 2FNTA 3U7SA 3OU3A 5P6IA 4ZSRA 5P85A 3EKVA 3OOTA 5P1JA 2IGXA 5P6PA 5P8AA 2PH6A 5P5LA 2PQZA 4B00A 1APTE 4Y3RA 2NNKA 2HB2A 1FQ8A 3NR6A 5P2SA 4B1EA 4CKUA 5P05A 2F81A 3DK1A 4H3IA 5P6ZA 2WF0A 3OAGA 5P46A 2FDPA 3I6OA 5DQCA 2G24A 5P6MA 1W50A 2IS0A 2IKUA 2A1EA 3CIDA 4Y3JA 4FS4A 1RPIA 5P7BA 3FX5A 3PHVA 5SY2A 4DQHA 5P6KA 3EKWA 1W5WA 5ENMA 1YM2A 4RGHA 4D83A 4K4QA 2IEOA 3GGVA 1QBUA 1T7KA 4Y5CA 1MSMA 2OHRA 5OZKA 5P3BA 4Y3NA 2HIZA 5P78A 1KJ7A 4LBTA 4Y3LA 3LZUA 2AVOA 5TOLA 4DJUA 2WKZA 3UDPA 3ZKSA 1FQ6A 2AOIA 3WSJA 4WY6A 3APRE 3OQKA 4Y4ZA 1MUIA 5P82A 5P10A 3MSLA 4Y56A 5P8BA 3S56A 4CPQA 1T6EX 1GNOA 4ZSQA 3OU1B 1M0BA 3PMYA 5P8IA 4B1DA 1ZJ7A 1HVHA 3KDDA 3PBDA 5OZCA 5P7MA 1HXWA 2FS4A 5P8CA 2NMZA 2ZJKA 4DJQA 2WF2A 3S7MA 4Z50A 2ZHSA 3QRMA 5I3VA 5P4WA 3ZMGA 4Y3ZA 5OZJA 1RNEA 4DJXA 4RLDA 5P7FA 3CIBA 1EPPE 1ZTZA 1SMRA 2RKGA 5P1UA 1PPLE 2QHYA 5OZ1A 1DW6C 4B78A 4R8YA 3UFNA 1BILA 1HPVA 2ZDZA 4CP7A 5I3WA 3TLHA 3VF5A 2AOJA 3EL5A 2ZJHA 4LAPA 3BUFA 4LXMA 1C70A 3OTYA 5OZLA 4I1CA 1YTGA 2P8HA 4ER2E 5HDXA 1HTGA 5P7AA 1LYWA 1E81E 2OHQA 2VIEA 1ODWA 4RVXA 2O4SA 5P6WA 1MPPA 2BQVA 5DGWA 5P01A 2B8LA 1BIMA 2QNNA 3T3CA 3F9QA 5OZ0A 4Y44A 1C6YA 1N49A 4R92A 2V12C 1TSUA 3DCKA 4OBJA 4Y5PA 2IQGA 5OZYA 1LV1A 4FSEA 2O4KA 4RRSA 1HSIA 3KDCA 5P0XA 3OGQA 4OBZB 2QCIA 2XFKA 3S7LA 2NPHA 5P4AA 5P2IA 5P2VA 4Y5GA 4OC6A 3BVBA 5I3YA 5P2MA 1EPQE 4EQJA 1OHRA 2VNMA 5P6YA 5P4KA 2R8NA 5P1SA 1LZQA 3Q70A 2VKMA 3G70A 1EBYA 5P13A 1AZ5A 5P2DA 4EJKA 1PPME 5DGUA 5P2TA 5P4SA 3HAUA 3PB5A 5P6HA 2WEAA 3T7PA 5KR8A 4OD9B 4EQ0A 1BAIA 1G6LA 5ISJA 5P29A 3NLSA 1FF0C 5KAOA 3EL4A 2ZE1A 4RVJA 3IVIA 5P47A 5P70A 3OXVA 3UDNA 5OYSA 5P1GA 2I4XA 5P0BA 5OZDA 5P1YA 1Q9PA 3QRSA 4ZPEA 1IVQA 1BXQA 5P1VA 1UH9A 2I4WA 1E82E 3OTSA 3AIDA 3PLLA 1BBSA 1FQ5A 4XKXA 4LXKA 3H5BA 3IVHA 3FNSA 3R0YA 1W5VA 2NNPA 1SGUA 4J0PA 3SKGA 5OYUA 3LIYA 2R43A 5BWYA 3OXCA 1DIFA 2QI6A 2QD6A 3DUYA 5P1NA 5KQXA 4J0YA 3INHA 4X2LA 5P40A 4Y4AA 3EC0A 5DPZA 1MT8A 1GVVA 2FMBA 4ZPFA 2ER7E 2AQUA 5P1MA 1B5FB 5DR4A 5J25A 2Q64A 6APRE 4GJ7A 4EJDA 2V16C 3LNKA 4H3FA 4B0QA 4DFGA 2MIPA 1PROA 2P83A 2VA5A 4FLGA 3VYFA 5P5XA 1ZPKA 1ZLFA 4DH6A 6FIVA 1K1UA 3T11A 5P8SA 5P42A 3EMYA 4DQFA 3KFSA 1W5YA 4MC6A 5P43A 3O9GA 4Y58A 5UPJA 3CKTA 4J0ZA 3ZOVA 3NU4A 3KT5A 2RMPA 2Q63A 1IZHA 5HE4A 2SAMA 2OAHA 3LPKA 3OUAA 2G22A 4K4RA 1A9MA 3PWRA 1M4HA 4K9HA 5P7RA 4YE3A 5P61A 4RZ1A 5P7TA 4H3GA 4RROA 3K5DA 3MSKA 1EC3A 4BEKA 3EM3A 1T3RA 3TPPA 4LHHA 4B05A 2AVSA 4KE1A 3Q4BA 5DR7A 4Y54A 5P3KA 1B6JA 1UH8A 5P50A 5P7QA 5P52A 1C6ZA 2O4LA 3SABA 5P83A 5P8OA 4DV9A 5P4IA 3UDYA 4HVPA 3UCBA 2I0AA 2VNNA 3PJ6A 1FQXA 5P1RA 5HE7A 3OUDB 4YD6A 3O9LA 5P64A 2R9BA 5P7DA 4TRWA 4NKKA 4J0VA 2PH8A 4Y3MA 4B70A 3K5FA 2PSGA 1HVSA 3O9IA 2HB3A 4DJVA 4Y4WA 5P2QA 4Z4XA 3O9HA 4TRYA 5P3HA 4L7HA 1B6LA 1K2BA 4GIDA 2G1OA 4DQCA 3QS1A 4L1AB 5P53A 3SPKA 4Y4BA 3MXEA 4Y5MA 5P79A 5P35A 1A8KA 4YOBA 3VSWA 5P87A 3SLZA 5P4RA 5P5WA 5P7IA 1IVPA 5P2XA 1W6HA 5HE5A 3UDKA 2ER9E 3S43B 1BWAA 3OADA 1BDRA 3C9XA 3OU4B 4DJOA 3ST5A 2QNQA 5P4CA 4DVFA 5P41A 5OYRA 1XE6A 2UXZA 4Y39A 1PSNA 3PGIA 3MWSA 3R2FA 5P6FA 2XYEA 5P1KA 5COKA 5P0NA 2OHTA 1SIVA 3PBZA 1HHPA 5P0HA 5OZRA 4LC7A 3OQFA 4JECA 2QK5A 1GVXA 2HPEA 5IVRA 2XYFA 1E80E 2FGVA 5P6GA 1ZAPA 3WB5A 2BBBA 2QMGA 1VIKA 4F74A 2R5PA 4MC9A 5P55A 5OZGA 3VCMA 3N3IA 5P5BA 1ZSFA 4YBFA 4YD5A 3KF0A 2PYMA 5KR1A 1Z1RA 3OHHA 3KT2A 5C9DA 3WZ7A 3QVIA 1AJXA 3O9DA 5OZQA 4J1FA 5P3WA 2I4UA 3LHGA 3ZKXA 3LITA 5P3PA 4J17A 2AOFA 5P5NA 4Y3FA 2G1YA 1CZIE 5P3IA 2OHMA 1F34A 2AOEA 4U8WA 4DJRA 5P0LA 5P1OA 5P4TA 4UPJA 5P4VA 5P17A 5P4UA 1FMXA 5P44A 4Q5MA 1AIDA 1DP5A 2WEZA 2BKSA 5P0ZA 4YD7A 2PSVA 4APRE 5OYWA 1EBWA 3K4VC 5P1CA 3L5BA 3FNUA 5P1WA 3CKRA 3LIXA 4NPTA 3S45A 4Y5LA 5AH8A 1WKRA 5P4EA 1EPOE 1MERA 1IDBA 5ENKA 1FKNA 5OZ2A 4K8SA 3TKGA 5P6UA 2AVVA 4HDFA 5P3MA 4YD4A 4FE6A 1EPLE 4PHVA 3S53A 4Y3YA 2IL2A 4GJ5A 4Y45A 4ZSPA 1XDHA 5P4DA 5F01A 4OBFA 1KJ4A 3IAWA 3RTNA 3OQDA 3JVWA 5P6SA 1HSGA 4MC2A 5EZXA 3HBOA 2ZJNA 2PK5A 3L5EA 5OYXA 5P49A 5ISKA 2VA7A 3PI5A 4Y35A 1SDTA 3IA9A 5P1IA 3BXRA 1GVWA 1F7AA 5F00A 2QZWA 3CYXA 5P8MA 4TRZA 3PSUA 2PMAA 4I8ZA 3OUCA 1A8GA 4I11A 4Y43A 5OZOA 3QI1A 5P2HA 1QBRA 1IZEA 3L5CA 3HDKA 5P8UA 1SDUA 5P26A 2R38A 5B18A 5P22A 3GGXA 4JPCA 2QHCA 4DQGA 3HW1A 1HVKA 4YHQA 2P3BA 3OHFA 3FSMA 3PLDA 1EC1A 1LYAB 5P8RA 3UQWA 4FM6A 2J9JB 3RSXA 3WZ8A 5DR0A 4XX4A 1SDVA 1Z8CA 5COPA 1LYBB 1EC0A 2ZJLA 5COOA 3KFNA 5I3XA 2AZBA 2UY0A 5P18A 1K6PA 5P0UA 1M43A 3ZKIA 3NDWA 3L58A 5P8LA 3TPLA 4JPEA 3TOFA 2XFJA 3NDTA 1LS5A 5SZ9A 4QLHA 1HPOA 4I0ZA 5P3RA 5P57A 3PI0A 4EJ8A 3KM4A 4DQEA 1LEEA 2Q3KA 3D3TA 5P3AA 4HZTA 3IN3A 2RENA 3ZKGA 5P23A 3KA2A 5P5CA 3NU9A 3L59A 4LL3A 2G1RA 3UPJA 3LINA 3OQ7A 5DQ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FGU A;  3GI5 A;  2QHZ A;  3OXX A;  2JJI A;  3VLB A;  5P0G A;  3L5D A;  3QRV A;  3MXD A;  3VEU A;  5CON A;  1HWR A;  2QI0 A;  1ZSR A;  5P04 A;  2PSU A;  5P4J A;  5P5I A;  2HM1 A;  5E5K A;  4Y9W A;  1JLD A;  1TZS A;  5P8P A;  5P0M A;  4CPX A;  3CMS A;  1BVE A;  1HOS A;  1APU E;  4A6C A;  2ZHU A;  4Y4J A;  3D20 A;  5AHB A;  3EBZ A;  4RVI A;  3BVA A;  5DR3 A;  2NMY A;  3BGC A;  3Q3T A;  5P0P A;  5P32 A;  5P73 A;  4RYC A;  3PCZ A;  4EP3 A;  3S2O A;  3TKW A;  5P14 A;  4EJL A;  1FG8 C;  5P3D A;  4Y3S A;  2AOD A;  5KOQ A;  1NPW A;  3OOZ A;  2RSP A;  4DUS A;  1IBQ A;  2ZGA A;  3QPJ A;  5P71 A;  4F75 A;  1KJG A;  5P2G A;  1KJH A;  5P4G A;  5OZX A;  5P8J A;  2OHK A;  3ER5 E;  4Y3D A;  1ME6 A;  3SA8 A;  3UHL A;  4N00 A;  3B80 A;  2OF0 A;  5P7K A;  5OZ3 A;  3O9L B;  3QVC A;  3EM4 A;  5P8F A;  4DJP A;  2QZK A;  5P6X A;  5OYV A;  3PVK A;  5OZE A;  5P1Q A;  5P36 A;  1FQ7 A;  1FEJ C;  3SFC A;  4Q1W A;  5P24 A;  2IDW A;  5P6O A;  5P03 A;  5P2C A;  4ZPG A;  3EL0 A;  3IGB A;  5P3Y A;  4KB9 A;  5P5H A;  5P34 A;  4IVT A;  3DJK A;  1FGC C;  3LZY A;  5OYY A;  5HDZ A;  4Y5N A;  3NYG A;  2BPV A;  3NXE A;  5P84 A;  2O4N A;  2IKO A;  3SM2 A;  1BVG A;  1HVL A;  2VJ7 A;  1T7I A;  5P2O A;  1QRP E;  2WL0 A;  2QU3 A;  2WF4 A;  5P3G A;  4ER1 E;  5P58 A;  1EBK C;  1VIJ A;  3OAD B;  4JOO A;  3VF7 A;  3EKQ A;  5P0W A;  5OZ8 A;  2QI3 A;  4HE9 A;  2Q55 A;  3VF3 A;  4EHC A;  5KQY A;  5P4F A;  5P8G A;  4ZLS A;  4NPU A;  3NSH A;  2WEC A;  1B6P A;  1K6T A;  3BXS A;  4FCO A;  1XL2 A;  4FAF A;  3NU5 A;  4CMS A;  1FMB A;  1YM4 A;  4Y4D A;  4APE A;  5P31 A;  4Y50 A;  5P6R A;  1PPK E;  2JYS A;  2NXL A;  2OHP A;  4Y3Q A;  5HVP A;  2QD8 A;  2VJ6 A;  2WED A;  2WEB A;  4D85 A;  2HC0 A;  4OBG A;  2BPY A;  4NJU A;  5P5S A;  5P89 A;  2G21 A;  5P1L A;  3A2O A;  2PC0 A;  1UPJ A;  3L38 A;  5OZB A;  4GJD A;  7UPJ A;  1XN2 A;  2F3E A;  4M8X A;  1MT7 A;  2I4D A;  5EZZ A;  4Z22 A;  2HB4 A;  4YD3 A;  5OZ5 A;  2FDD A;  2IRZ A;  5P2E A;  3LIV A;  5IVS A;  5P6N A;  5E5J A;  4QJA A;  1D4Y A;  3QP0 A;  3FKT A;  3BC4 A;  5AGZ A;  5P28 A;  3PM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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