3L5EA

Structure of bace bound to sch736062
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5eA02
4F73A 3TL9A 1C70A 3N3IA 5P3IA 3OQDA 4PZWA 2CEMA 5P0LA 4GJ7A 5P0XA 5P5UA 3PBDA 4BFDA 3KF0A 2OHLA 2P83A 2VJ6A 5OZHA 4Y3MA 5JFPA 1HRNA 3UQUA 1IBQA 5P4NA 1LZQA 3O9FA 1BWBA 2F80A 3R0WA 3I8WA 3UDJA 5P5FA 2WEBA 3RVIA 5SXNA 3CKRA 5P2OA 3TKGA 1MSNA 1Z1RA 4J0VA 3G70A 4B1EA 5C9DA 5AH9A 4DJUA 5B18A 5BWYA 4HE9A 3SAAA 3INFA 4GJAA 3C9XA 2I4DA 3TTPA 4F75A 5P4XA 3DUYA 1RPIA 5P5VA 3U7SA 1M4HA 2V00A 2PK5A 5OZYA 4BEKA 5J25A 5C9BA 2R38A 5P05A 3HZCA 3WB5A 2WEDA 2ANLA 2FIVA 3ZKSA 4QJ9A 2R43A 5P77A 1W5WA 3K5CA 3SA8A 5P51A 5P3FA 5P89A 1AAQA 5P09A 5P75A 5DQ4A 5P6UA 5KQYA 3S43B 2QI1A 4DH6A 2R5PA 2AOGA 5P3EA 1A94A 2RMPA 1FKNA 3VFAA 3S7MA 5P2NA 2J9JA 3NXNA 4DJVA 1IZEA 3O99A 5P85A 1D4IA 4FM7A 1T7IA 5P61A 5P5RA 1GNMA 4B0QA 3OK9A 5P8JA 3NDXA 5AGZA 1APWE 2FXEA 4GYEA 3ZKMA 4KE0A 5P63A 3UDPA 2H6TA 2I4UA 4I0FA 3BGCA 3URJA 2HC0A 2AVSA 5P1OA 4J54A 4AA8A 2WKZA 4Y3YA 5HD0A 2QD7A 5KR2A 3OXCA 4D83A 5P72A 5AH8A 5P3VA 5KR8A 1T7KA 2Q63A 3UCBA 2ER6E 1NPVA 5P7AA 3SKFA 3ZPSA 4PYVA 3O9HA 5P00A 1MRXA 2B8VA 1GNNA 4DPIA 2G22A 1GVTA 2WEZA 5BS4A 1HOSA 1TW7A 3NU9A 4QGIA 5P5HA 3TPPA 5KOQA 4L6BA 1W50A 2O4NA 1SBGA 5KAOA 1QBSA 5P1FA 5P5MA 1MTRA 4Y3TA 3D20A 4XXSA 3PSUA 1RL8A 4CPTA 4GJ6A 3NXEA 1HXBA 5P19A 5OZVA 3URIA 3S85A 2FNTA 2O40A 5P1TA 1PFZA 2OHRA 2Q54A 5P37A 5KQXA 4RGHA 2J9JB 3FX5A 1TSQA 3OGQA 2R8NA 3OU1B 5P23A 1AJXA 5EZZA 2RENA 1D4LA 3OQKA 3NSHA 4JP9A 3NWXA 2PH6A 5OZUA 2RKGA 1WKRA 2PWCA 4HVPA 5P1NA 4YD4A 2AOEA 3CYWA 2AIDA 3OTSA 3TOGA 4APEA 3DK1A 1FB7A 3NR6A 3T11A 5P6JA 3I2LA 5P67A 5P1VA 5P7LA 3IXJA 3VV7A 1FEJC 5T4SA 5P7MA 2AZ8A 3EKVA 5P80A 5P7EA 3VYFA 3IVIA 2PC0A 5P3ZA 4EJ8A 5P2ZA 5P3MA 1FLHA 1XL2A 3G6ZA 3RU1A 3VYEA 2PYNA 4K4QA 1EAGA 3OTYA 5OYSA 4JPEA 1LYBB 2OHKA 3EL0A 4J0TA 3BRAA 3T7XA 1K1TA 2B42A 1QRPE 5UPJA 3SA9A 3VF5A 3PM4A 1LYAA 4DQFA 4Y5PA 5P2LA 3VSWA 5P04A 5P4CA 4H1EA 3CYXA 3PHVA 5P2QA 1W5VA 4H3IA 3T7PA 3VV6A 5P0FA 1OD1A 3L5DA 3GI5A 2FXDA 4FLGA 5P2WA 3OAGA 3OQ7A 4ZPGA 1DAZC 4R5NA 5P6ZA 4DQCA 1WBKA 2AVQA 4FGXA 1RV7A 1M43A 1D4SA 6FIVA 4IVTA 5P0UA 2R9BA 4QJ7A 5P3AA 3ZMGA 2ZJNA 1A9MA 5P26A 3PI0A 4Y5KA 3R4BA 4GJ5A 2QZXA 5P84A 2I0DA 4HEGA 3FNUA 4AA9A 2V0ZC 2G24A 3RTMA 5OYXA 4Z4XA 2G26A 3UQPA 1QBUA 5P47A 3FNTA 2ZE1A 3PB5A 3A2OA 1IVQA 1D4KA 2Q15A 3QIHA 3SA5A 3VG1A 5P35A 4EPJA 4Y39A 4YHQA 5P7ZA 5E5KA 4Y3XA 3AIDA 5P3UA 2WEAA 3UQRA 4OD9A 4J1HA 4B1CA 5P5NA 3O9IA 3SPKA 1MPPA 1AVFA 3MSLA 3QRVA 4R8YA 5P6HA 4I0IA 4ZSRA 1XE6A 5P5YA 1TSUA 3R0YA 3M9FA 4XX3A 2QI7A 2F3FA 3F9QA 3QI1A 3D91A 3S53A 5P0JA 3OUCA 5P2FA 5P3BA 3SLZA 2P3CA 2BKTA 4QJ8A 1FQXA 5P30A 4QJAA 5IE1A 5SY3A 4L7JA 3IN3A 5P4PA 5HE7A 1PPME 5P3DA 5P08A 4RYGA 2BPVA 5ER2E 5P06A 3S54A 5P36A 1MRWA 5P3QA 5P1RA 5P5IA 3TPJA 1SDTA 5P1ZA 5OZ4A 1TZSA 4D85A 5P3YA 5P2RA 2PSGA 2QHYA 4LP9A 5P7KA 1G0VA 4Y3NA 4Y3GA 1HVIA 3PSYA 2I4WA 5I70A 1BIMA 5P32A 1AZ5A 4DUSA 3QVIA 3PLDA 1ME6A 1YG9A 3PLLA 1CMSA 1SDVA 5P3NA 5OZCA 4I0GA 4FAFA 5P4GA 1W51A 4RROA 3TH9A 3EXOA 4DQHA 4EHCA 5P5ZA 4Z50A 2NXDA 3UFLA 5P0ZA 3LNKA 4I0HA 3LZUA 7HVPA 5HDXA 2VA7A 5P39A 2NNKA 1CPIA 1HVRA 2QK5A 5P1BA 5P12A 1ENTE 4I8WA 4DJWA 3B7VA 5P78A 5OZ3A 4ZSMA 1FQ4A 2QMDA 5P0OA 4DJXA 1EPPE 1WBMA 4FRKA 4MC6A 3PBZA 2ASIA 5P1UA 3RTHA 1APVE 4I0EA 5P3HA 2VS2A 5P8MA 2QZKA 1D4HA 4FCOA 4DJQA 2MIPA 3UQXA 2H6SA 5P17A 5P6PA 4BELA 1UH9A 5ISJA 4GIDA 3CICA 4HDPA 3PWWA 1J71A 5OZQA 4J17A 3SABA 5OZAA 5P46A 3OWNA 2FDEA 5ENKA 2G94A 4I8ZA 4WY6A 5P07A 2I0AA 5P5BA 3EM3A 5P0IA 5P4FA 1BBSA 1G2KA 1E82E 3NYGA 1NH0A 4GJ8A 5P7GA 4R92A 3PWRA 3BHEA 4J0PA 4HDBA 4D88A 1SMEA 3TKWA 2BPWA 5P54A 2VKMA 5IVTA 3CKPA 1B11A 2BKSA 3MWSA 4BFBA 2ZJLA 5P6NA 1Z1HA 5ISKA 1EPME 3IA9A 3Q4BA 5IVRA 4YCKA 5P8IA 2NR6A 3VF7A 1KJGA 4I1CA 3NWQA 3RSXA 1IVPA 3QN8A 4GMIA 4Y41A 1HVHA 3L5CA 1XS7D 3H0BA 5P8DA 4DJRA 4DJOA 5P87A 2PH8A 2QMPA 4GB2A 1BVEA 3JW2A 3KMYA 4TRWA 1NPWA 3ZPTA 5P0KA 4ER4E 3ZKIA 5E5JA 1EC1A 4HZTA 2B7ZA 4B05A 4CPWA 4FS4A 4X7IA 4Y3SA 5P4BA 5HDUA 3LINA 1K1UA 5P66A 2PSUA 1BAIA 3L5FA 1KZKA 2IENA 4FRIA 5DQ1A 4Y6MA 4NJVA 5P8EA 1ZTZA 3ECGA 3AUPA 3GGXA 4DI2A 4RVJA 5JODA 5KR0A 3NDUA 1META 1AM5A 2Q11A 3ER5E 4ACUA 5OZKA 2HIZA 5P76A 4HA5A 1ZAPA 4X2LA 3QVCA 2AQUA 4OBDA 4IVSA 5HU0A 3BVAA 1HSHA 1YX9A 2QAKA 3ZLQA 5P1LA 1FFFC 5EZXA 4RVIA 2AOHA 5P7DA 1HPSA 4Y5BA 5P1WA 7UPJA 5P0TA 2WF2A 2QNNA 3FIVA 3GGVA 3INEA 3KDCA 5TOLA 4Y5CA 1BV9A 3NU4A 2EWYA 3PGIA 5DQ5A 3ER3E 1MTBA 4YDFA 5DR0A 5P5SA 5OZJA 1EPNE 5P3KA 1CZIE 3EC0A 2AVMA 5OYTA 5P10A 4CP7A 1GKTA 4J1IA 3WB4A 1HVCA 1QDMA 3HAWA 1LF3A 5P16A 3VEUA 4D89A 4YBFA 1K6PA 2F3KA 2AZBA 2ZJIA 1ZPKA 5OZGA 4Q1NA 3PCZA 3OU3A 3WZ7A 1DIFA 2VNMA 1DW6C 1QBTA 3K4VA 3QBFA 3WZ6A 1T3RA 5P2JA 4FL8A 1EPRE 1MT7A 2FMBA 5DQCA 5P7OA 5DR3A 1APUE 3U6AA 4RZ1A 3OUDA 9HVPA 3LIYA 4WY1A 5HU1A 2NMYA 3MXDA 1VIKA 3VFBA 5P1KA 5P59A 5P22A 4Y4AA 1VIJA 3UTLA 4DQBA 2P4JA 5OZBA 3EKPA 3ZKGA 3MXEA 4MC2A 2P8HA 1G6LA 4Y58A 4Y3PA 5P4VA 4RCDA 5P8OA 3NDWA 2WF1A 3APPA 5HCOA 5COOA 1XDHA 4B78A 1FG8C 5P8KA 2OHPA 2XYEA 2Z54A 5HE4A 5OZSA 5P4DA 5P1SA 4Y3LA 5IVQA 4NJSA 3BGBA 1KJFA 5P7HA 5P4KA 5KR1A 3U71A 1SH9A 3UPJA 5PEPA 4Y51A 1M0BA 1YTIA 1A8KA 3IGBA 3HW1A 5P1EA 2BPYA 3VUCA 4CMSA 5P0WA 4Y37A 2AOFA 2PSVA 3L58A 5P5TA 3VCMA 2BQVA 4N00A 3RTNA 4GJDA 4NJTA 4I0DA 5P4UA 2ZHTA 4J1KA 2G1RA 5P88A 3KT5A 1K6CA 5P3RA 2VIJA 4Y3DA 1FQ6A 2AVVA 2OHQA 4LXKA 2BPZA 3L3AA 1HEGE 4Y36A 3T6IA 3S2OA 4KUPA 5OZFA 2OHTA 5OZ8A 5P2TA 5P0AA 3EMYA 2UXZA 4EYRA 2PK6A 5COPA 3PCWA 3HDKA 1HVKA 3OUDB 5P8AA 3D3TA 3RSVA 4GZFA 4XX4A 4FSLA 5P28A 3HAUA 3K5FA 3ZKNA 6UPJA 1SP5A 3OY4A 3Q3TA 1GNOA 3SA3A 2RSPA 4LC7A 4YD7A 4FE6A 5HDVA 5OZ0A 5P41A 5P6VA 4EQJA 3BC4A 4GJBA 4OBJA 4YE3A 5OZNA 2IS0A 4R91A 4Y3HA 5P5XA 2VJ9A 5HCTA 5P13A 3IAWA 3R2FA 2IRZA 4Y3ZA 2R5QA 3CKTA 4Y50A 3INHA 1MSMA 3DOXA 1HTFA 5FIVA 5P55A 5P3JA 5P60A 4FRJA 3IXOA 2G1YA 2ER9E 4Y57A 4XKXA 2V13A 5P4HA 1NPAA 5P4ZA 2O4PA 4PZXA 2HB4A 2P3DA 3DV1A 3L5EA 3UF3A 2NNPA 1HHPA 2ZHSA 2V11C 1JLDA 4MC9A 1OEWA 2VJ7A 5KQZA 4Y3EA 3I25A 4J5JA 5P8PA 3EKQA 1SGUA 1YTHA 1E5OE 3KFRA 4Y5GA 1G35A 2Z4OA 2O4LA 4RRSA 5P6FA 4ZPEA 1HPXA 2JJJA 1A8GA 1HIVA 5P8TA 3HVGA 4Y3QA 4H3GA 5F00A 5P5LA 3KDBA 2ZHRA 5OZWA 5AHBA 2HS2A 4YOBA 3OUBA 4Q5MA 5P0VA 1FFIC 1N49A 2ER0E 5I3WA 1LF4A 5DR7A 4QLHA 3BXSA 2VA6A 5P4OA 3LIVA 4TVGA 1HVLA 5OZ2A 3O9DA 4TVHA 3GI4A 2G1NA 4AZYA 5P5JA 4YD5A 4K4RA 5P45A 3IVHA 1PSAA 5P82A 1AXAA 4I10A 2QHZA 1LYWA 4J1CA 4Y3JA 3SKGA 3VSXA 3G72A 3OQAA 5P7QA 3O9EA 5P18A 4TRZA 1UH7A 1LYAB 2G27A 3QBHA 3OHHA 2NPHA 4H3JA 5OZRA 5P7FA 4Y54A 5HDZA 4M8YA 1C6XA 4CPUA 1B6KA 5P4WA 3OAGB 2HB3A 1K6TA 5AHAA 5P7TA 1ZSFA 5P1MA 4RLDA 5BRYA 1GVVA 3KM4A 5P3SA 4LBTA 4K4PA 4FIVA 3HD8A 1SIVA 2FLEA 2F3EA 2IQGA 4RYCA 4Y4TA 5P24A 5P0NA 5P4MA 4EXGA 2QI0A 5DPZA 3S8IA 3Q5HA 5P34A 3EL5A 2V16C 4GJCA 1XL5A 1T7JA 5I3VA 1W5XA 1HPVA 4F74A 2FS4A 3DCKA 5P8HA 5P27A 4FRSA 3GGAA 1F34A 1RQ9A 3ZKQA 5P52A 3S7LA 5IS4A 5P0GA 5HVPA 3Q6YA 1APTE 2CEJA 1HPOA 1BDRA 3GW5A 1OEXA 2QI6A 3SM1A 3O9AA 1ER8E 4U7QA 1EBKC 3B80A 4L1AA 4Y3RA 3JVWA 4OD9B 1RNEA 3FNSA 1MIQA 4HDFA 2J9KA 2NXLA 3NU3A 3Q70A 4YBIA 5P6CA 5P8RA 1ZBGA 1EPLE 1MT8A 1HSIA 4UPJA 2IKOA 5P0YA 5P8FA 3KA2A 5P2HA 3TOFA 3ZL7A 2QD6A 1PPKE 5CONA 2QZLA 4K9HA 2QU3A 1AJVA 2IL2A 5OZPA 3KN0A 4YCTA 2IKUA 5P7RA 3JVYA 4Y4BA 3LIZA 5HTZA 4R93A 3UDHA 2BB9A 3DJKA 2VIEA 5OZEA 4NKKA 5P3WA 5P50A 1HBVA 3LZSA 5AHCA 1FMXA 1MESA 3PSGA 4MC1A 5P1QA 3LPKA 4Y4GA 4DV9A 5P81A 4ZLSA 4HLAA 4LL3A 5P1IA 4ZPFA 3QROA 1U8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F73 A;  3TL9 A;  1C70 A;  3N3I A;  5P3I A;  3OQD A;  4PZW A;  2CEM A;  5P0L A;  4GJ7 A;  5P0X A;  5P5U A;  3PBD A;  4BFD A;  3KF0 A;  2OHL A;  2P83 A;  2VJ6 A;  5OZH A;  4Y3M A;  5JFP A;  1HRN A;  3UQU A;  1IBQ A;  5P4N A;  1LZQ A;  3O9F A;  1BWB A;  2F80 A;  3R0W A;  3I8W A;  3UDJ A;  5P5F A;  2WEB A;  3RVI A;  5SXN A;  3CKR A;  5P2O A;  3TKG A;  1MSN A;  1Z1R A;  4J0V A;  3G70 A;  4B1E A;  5C9D A;  5AH9 A;  4DJU A;  5B18 A;  5BWY A;  4HE9 A;  3SAA A;  3INF A;  4GJA A;  3C9X A;  2I4D A;  3TTP A;  4F75 A;  5P4X A;  3DUY A;  1RPI A;  5P5V A;  3U7S A;  1M4H A;  2V00 A;  2PK5 A;  5OZY A;  4BEK A;  5J25 A;  5C9B A;  2R38 A;  5P05 A;  3HZC A;  3WB5 A;  2WED A;  2ANL A;  2FIV A;  3ZKS A;  4QJ9 A;  2R43 A;  5P77 A;  1W5W A;  3K5C A;  3SA8 A;  5P51 A;  5P3F A;  5P89 A;  1AAQ A;  5P09 A;  5P75 A;  5DQ4 A;  5P6U A;  5KQY A;  3S43 B;  2QI1 A;  4DH6 A;  2R5P A;  2AOG A;  5P3E A;  1A94 A;  2RMP A;  1FKN A;  3VFA A;  3S7M A;  5P2N A;  2J9J A;  3NXN A;  4DJV A;  1IZE A;  3O99 A;  5P85 A;  1D4I A;  4FM7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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