3LHGA

Bace1 in complex with the aminohydantoin compound 4g
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
388
structure length
369
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Pyridinyl aminohydantoins as small molecule BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 369
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lhgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lhgA02
5P3DA 2O4NA 1TQFA 5P0PA 3D1YA 4DFGA 3O9FA 4Y36A 1IIQA 3C9XA 2FDPA 1AIDA 4FRIA 1HTRB 1K6PA 3O9DA 5P83A 3TKGA 2I4QA 3OHFA 5AHAA 3VSXA 4TVHA 1RV7A 3BC4A 3VSWA 5P4RA 5P8JA 1FQ7A 4HZTA 3K5DA 5P54A 1EC1A 4DJOA 1ZSFA 4U8WA 3BRAA 3JVWA 5P40A 4R95A 2BB9A 5P7LA 1W6HA 4FIVA 5P6AA 5P2LA 1IVQA 3CKTA 1E80E 4QGIA 2OHQA 2PWRA 2QI3A 1MIQA 4YD4A 4DVFA 3URJA 3UDYA 4CPRA 5P76A 5P6TA 5P6XA 3TOFA 4F76A 4J0PA 1A30A 3QVCA 3NYGA 5P77A 1GNOA 5PEPA 5OZ1A 3G6ZA 4B1EA 4DV9A 5P6KA 4FRJA 2OAHA 4Y54A 5P8PA 3D20A 3QS1A 4RRNA 2QCIA 3SLZA 2PWCA 5P45A 3K5CA 5P6WA 3GI5A 1YX9A 5P5JA 2OHRA 5P1WA 5KQZA 2QMGA 5AGZA 3L58A 4KE1A 4RCFA 4MC9A 2AOCA 3I8WA 3BGCA 5P7FA 3ZKSA 4Y4UA 5P23A 5P74A 4Y3PA 3KFSA 4I11A 5J25A 5P3WA 5DQ2A 3NDTA 2PYMA 5P1NA 3NLSA 2J9KA 4CPXA 3OQ7A 5P0WA 2RSPA 5P0QA 6FIVA 4Y44A 2QD7A 2G1OA 2IKUA 4FM7A 3UFLA 2PMAA 3S53A 5P4JA 3OUDA 3D1ZA 2UY0A 5P7HA 3FNTA 4DJPA 2F3KA 3LIYA 4DJRA 3SKFA 3UQXA 4Y4GA 3RSVA 4DQHA 2P8HA 5P2GA 2Q55A 3KFRA 2R43A 5KAOA 3EKYA 4F74A 4YA8A 3U71A 4TRYA 4FAFA 4OBZA 5OYZA 2G21A 4DQFA 5ER2E 1CMSA 3TL9A 4GJ9A 1IZDA 4Y3XA 4Y3RA 4Y5CA 3EL0A 2BQVA 1NPAA 5ISJA 5P2SA 2P3BB 1APWE 2P3DA 2HB2A 3INDA 1YTGA 5P7YA 5HU1A 1OHRA 2OHSA 1ME6A 1RL8A 2OHNA 2ZJLA 3OOZA 3FIVA 2OF0A 4RGHA 5P04A 4DJYA 5UPJA 2QI7A 2VJ7A 3BXSA 5P3YA 5E5JA 2V10C 5IE1A 4L1AA 3O9HA 5P72A 5P6MA 3QRSA 3UDMA 2VNNA 1MRWA 4R91A 4Z22A 2FDEA 2F8GA 1PSNA 5P61A 4EYRA 1ZP8A 4R92A 1T7IA 4Y4TA 3IVHA 3RTHA 1G6LA 4L7HA 5P4EA 2AVVA 4Y3YA 5P8CA 3PB5A 2WKZA 3RU1A 3URIA 5P4LA 3QBHA 4APEA 2VA6A 1ZTZA 5P3JA 5P33A 3BXRA 1QS8A 2P83A 1QDMA 4ZPEA 3NU9A 2I1AA 3QI1A 2I4UA 2QMDA 3TOHA 1GVWA 3EL5A 4Y56A 4Y53A 2FNTA 1BBSA 3EKVA 3WB5A 3OQDA 3VLBA 3Q70A 5P5UA 4H3JA 1FEJC 3SA6A 4AUCA 5P0HA 3INEA 4Y4BA 4LP9A 3VEUA 3S8IA 2QI1A 1UH8A 5P1IA 4FS4A 5P2KA 1META 2WEDA 2ZJJA 3LPIA 5I3XA 2FMBA 3I6OA 5P8AA 4MC6A 1A8KA 1IDAA 4FSLA 2JE4A 1OEXA 4Y5AA 3URLA 2WEBA 5CLMA 3CICA 5BWYA 1ODWA 4WY1A 2G22A 1MRXA 4Y35A 5OYRA 3RTMA 2V00A 4L7GA 4Y3FA 2Z54A 5P44A 2BBBA 5T4SA 1N49A 4J1IA 1WBMA 5P1TA 3TPJA 2H6SA 3ZKQA 3EXOA 2CEJA 5OZ2A 3UFNA 1EPME 2HS2A 1EPNE 2JJJA 5P5IA 4Y58A 1PSAA 4Q1YA 2AVSA 2Q11A 5P6GA 1LF4A 2B8VA 3BHEA 4Y38A 2Q3KA 3GW5A 1AJVA 4RROA 5P0XA 2MIPA 5P5LA 3EBZA 1B6PA 1CPIA 2ER0E 2PQZA 5P65A 5HE4A 4B78A 3DOXA 1K1TA 4S1GA 2WF2A 5P3KA 3HVGA 3BVAA 5P3CA 4EQJA 4Y39A 4YCTA 5P56A 4Q5MA 4Z50A 4OBFA 1FFFC 3HAUA 5P2HA 4I0FA 1ZPAA 2OHPA 3OUAA 4YOBA 5OZVA 1FQ5A 5OZ7A 2VNMA 2NMZA 4OBKA 4Y47A 3VG1A 1W50A 5P63A 3NDUA 5ENMA 5P5ZA 1KJFA 5P30A 4JECA 5P4XA 4ACXA 4B77A 3L5EA 1Q9PA 1EC2A 3CKRA 5OYVA 5P4KA 1FMXA 1TSQA 5P5MA 5P7EA 4QJ9A 4LC7A 3LZUA 3ZPTA 5P4HA 4EP3A 1SIVA 5P0FA 5P3LA 2QI6A 5OYSA 3OXVA 3TLHA 1GKTA 4Y3JA 4QJAA 2AVMA 3ZKMA 5P25A 3LZVA 3NU6A 5P8OA 3KT5A 5P06A 5HE5A 3OQKA 3T7PA 1LF3A 5P4CA 3O9CA 3QVIA 3LNKA 5P4UA 4DH6A 5P0OA 5P3HA 1LYAA 5P46A 1SDTA 3T7XA 1GNNA 3CIDA 4EXGA 3UDQA 5OZAA 5P49A 3UQRA 1OD1A 4K4RA 3OK9A 5P12A 1GVVA 5P0GA 2WF4A 4COEA 3KFPA 3NR6A 1YTJA 5P2JA 5P4SA 5P59A 3RSXA 4PHVA 1BVEA 4XKXA 2I4VA 1AZ5A 3DCRA 4DJVA 5P0EA 1EBYA 5OZTA 5HU0A 3PSUA 3L38A 1HSIA 5OZOA 2AZCA 2VJ6A 4J55A 3KDDA 3OTYA 2ZYEA 4FE6A 5F00A 5P2XA 4YOAA 4TRZA 1HOSA 5OZ5A 1HIVA 5P64A 3VF3A 4Y3WA 2R9BA 3NWXA 3PBDA 4RVJA 3LIVA 4D89A 3EKWA 5P4PA 4D83A 4GJBA 2I4WA 4DJWA 5P6DA 5P38A 2VIJA 5P2IA 1FFIC 1T7JA 5OZIA 3SACA 1SP5A 2VIEA 1PPKE 5P4FA 1FGCC 5P88A 5P07A 3INHA 3F9QA 3OTSA 2PSGA 5P32A 2WF1A 4FRSA 3ZPUA 5P3SA 3T11A 5P5XA 4Y4ZA 5P6UA 1PSOE 5P7DA 1UH9A 3L5FA 1XDHA 2O4LA 5JG1A 3PVKA 5OZQA 4Y45A 2NPHA 5P62A 2QNPA 3UDPA 1MVPA 1FMUA 1LS5A 4GJDA 5P4TA 4BFDA 5OZRA 3QRMA 1QRPE 3VF5A 1BDQA 3OU3A 2BPZA 5P0NA 6APRE 4Q1XA 4OBZB 5P15A 4Y37A 4I8WA 4Y3LA 4YD7A 3CYWA 4J0TA 5OZNA 3OXCA 4I0IA 3MSKA 3UQPA 1D4JA 1B6MA 2G1NA 3ZMGA 1XE5A 3FX5A 1PFZA 5DQ1A 5P55A 3M9FA 3OY4A 1ZAPA 5P1FA 3APRE 4L1AB 4Y3TA 1KJGA 5P7PA 1RPIA 2QD6A 5P7CA 5P0YA 5APRE 2A1EA 3VFAA 4CPQA 3UTLA 1D4KA 4Y5EA 3RTNA 3LPJA 3PJ6A 1MPPA 2QZKA 3DUYA 2HC0A 5OZ3A 5P08A 3SA8A 5P5WA 1BV9A 4Y6MA 4CPWA 2AOFA 4FM8A 4HA5A 2QI5A 1KJ7A 1LEEA 3OUCA 1SBGA 3WSJA 3S7MA 1HEFE 5DGWA 1ZBGA 3PM4A 3PSGA 5P6CA 4LAPA 2AODA 2FIVA 2PSVA 5HCTA 2UXZA 4I0EA 5P1SA 5P3GA 5DGUA 5E5KA 3A2OA 4EHCA 1HSHA 5I3VA 3IAWA 1ODYA 5HTZA 5OZSA 5P2BA 5P52A 3O99A 2WL0A 4OBJA 4Y3ZA 1LV1A 5P0RA 4I10A 4QJ6A 5P8FA 1IVPA 5P8IA 2VA7A 5P68A 3VV8A 1AVFA 2QU3A 3RVIA 4RYCA 5P17A 5AH9A 5P3OA 5CONA 5I3WA 4Y3HA 4FAEA 1BVGA 1YM4A 2G1SA 5P3VA 3AIDA 5P3QA 1HXWA 1C6ZA 5P1XA 5OYWA 5AH8A 5DR4A 4J54A 3GGAA 2B42A 3Q5HA 1T3RA 4GZFA 5OZ0A 5P3BA 5P5RA 1AJXA 4Q1NA 1LYBA 4ZEAA 4MC1A 3OADB 5P3NA 1EPPE 4ZSRA 1NPWA 2QHCA 4E43A 2WEAA 5HDXA 5KOSA 5C9DA 4I1CA 2BJUA 4RZ1A 4B0QA 5P31A 3LZSA 5P5TA 4CPUA 3O9LA 4HDFA 4I0DA 4J17A 1MEUA 1FF0C 4F75A 4GIDA 5P51A 5P14A 2O40A 3U7SA 2BPWA 1XE6A 5OZLA 1BDRA 5P7JA 5DQ4A 5P29A 2Q5KA 4H3IA 1HVLA 5P71A 3UDNA 2NXMA 5P1HA 5IVSA 2V12C 1MSMA 3Q6YA 4OD9A 4QJ8A 2RENA 1AAQA 2ZHTA 5COKA 3OAGA 5P6RA 3UDRA 3OU4A 1XN2A 5P48A 5P5NA 4I12A 2ER6E 5P5VA 3SFCA 2R5QA 1AM5A 1B6JA 5P03A 5P4AA 5KR8A 3I2LA 2ZJKA 4RVXA 5KR0A 3UQUA 2PC0A 3TTPA 1JLDA 1IZEA 1DW6C 5P6PA 1C70A 3ZOVA 4H3FA 5P36A 4L7JA 2ER7E 4Y41A 4YCYA 5IVTA 5FIVA 1APVE 5P1RA 5P4DA 5HDZA 5HCOA 1T6GA 1LYWA 1IZIA 1C6XA 4PEPA 2XYFA 4U7VA 5C9BA 3HW1A 7HVPA 1EBZA 3QP0A 4Y5MA 1BDLA 5P18A 4GMIA 5BS4A 2ZJIA 4CPSA 3IXKA 3L3AA 2WECA 1LYAB 4GJ8A 3GGXA 1ENTE 9HVPA 2OHMA 5P09A 4Y4JA 2AZBA 4FSEA 4QLHA 1A94A 3HZCA 5P1VA 2B8LA 5P6NA 1HVHA 2Z4OA 3EL1A 2ZDZA 3S7LA 3FV3A 4EQ0A 4LXMA 3DM6A 5P87A 4HDBA 1HVCA 3NWQA 1GVXA 4D88A 3EMYA 5P66A 3UDJA 3MWSA 1XS7D 4NPTA 3G72A 4A4QA 1AXAA 5P01A 2NXDA 1K6VA 4DJUA 4WTUA 3S43A 3KDBA 5P4IA 2IEOA 1TSUA 2XFJA 5OZHA 1Z1HA 2ZE1A 1IDBA 3OU1A 5P1YA 1PPLE 1DIFA 5P2FA 5P0JA 3FSMA 3VV7A 5AH7A 4HVPA 5JODA 2QZLA 2AOIA 5P7MA 1HTEA 3N3IA 4B72A 1IBQA 4TRWA 4FCOA 4DJXA 3I25A 1EBKC 5P8TA 5DR7A 5P5EA 3KM4A 4YDGA 2QZWA 2FDDA 5P60A 1TCWA 1TZSA 5P35A 5P2VA 3SA5A 2JXRA 2I4XA 2H6TA 3MXEA 5P2TA 3R0WA 5JFUA 5KQYA 1NH0A 2FXDA 2G27A 3LZYA 1NPVA 2AOEA 1C6YA 3VLAA 2JYSA 3VCMA 2ZJMA 4Y3NA 3IGBA 4DPIA 5OZYA 3U6AA 3PCWA 1HVSA 5P8HA 5OZXA 2IGXA 4Y5BA 5P6SA 2AOGA 4CPTA 1YT9A 4YBFA 3ER5E 5P6IA 4DQGA 5P7SA 4ZLSA 3PCZA 4JPEA 5P1GA 5OZFA 1MESA 2O4KA 5P57A 1XN3A 2HAHA 3NU3A 4RYGA 5JFPA 5SY2A 5OZ4A 4EJLA 1UPJA 4K4PA 4PYVA 5P2DA 1HIHA 4Y4EA 4NJVA 2IENA 3APPA 2HS1A 5P3MA 5P4YA 4Y4AA 3MSLA 3Q3TA 1BXOA 1EBWA 4Y3SA 3O9AA 2P3AA 1IZHA 2V0ZC 3R4BA 1G35A 1RNEA 1HTFA 1HTGA 2P3BA 1BILA 3BUFA 4Y3DA 3PEPA 4I0HA 5P41A 2CENA 2VA5A 2QHZA 4I0JA 3SA4A 5P5CA 3ECGA 5P7QA 2AOHA 4GJ6A 5P2AA 1TCXA 2AZ9A 2HIZA 2FXEA 3TPLA 2ZGAA 2WEZA 4Y5GA 5P8UA 3PWRA 5IS4A 2QP8A 2PK6A 4K4QA 5P80A 3WZ7A 5P5YA 1A8GA 5BRYA 5P6QA 1MUIA 5P0UA 5P0SA 4AZYA 3NUJA 4JOOA 4ACUA 5P3RA 5P4QA 2R3TA 3PI0A 4Y5PA 4OBDA 2QNNA 4Y3QA 3KF0A 3VUCA 1HVKA 1HBVA 5P5KA 5P6EA 5P0AA 1HWRA 1GNMA 4GYEA 5P1QA 3LHGA 4OC6A 1MTRA 5OYXA 2Q54A 1RQ9A 2AIDA 3TNEA 4BEKA 5I3YA 1FLHA 1APTE 5TOLA 2ZHSA 5OZMA 4F73A 1YTIA 2QD8A 4HE9A 2QZXA 5P7XA 5P8LA 1XL5A 4ER2E 2VKMA 1MT7A 2NTRA 2R38A 2AVOA 5OYQA 1PROA 1QBUA 2HB3A 4RRSA 2I0DA 2UPJA 1KZKA 3VYFA 5P2UA 2HB4A 1BV7A 2B60A 3G70A 1LYBB 2HM1A 5P1JA 5P8KA 3OGQA 5P8DA 2J9JA 3SA3A 1HVJA 3PSYA 3S54A 3LINA 5IVQA 3ZKIA 4YDFA 4ZPGA 4JP9A 2V11C 6UPJA 4GJCA 5P7VA 1B11A 4KB9A 1UH7A 3OQAA 5P1KA 2IKOA 1FQ8A 3PWMA 5P8BA 3O9LB 3MSJA 4ZE6A 2R5PA 3OUDB 1OEWA 4Y4WA 5P24A 4B1DA 2SAMA 3SO9A 1QBSA 1VIJA 3EL4A 3GI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3D A;  2O4N A;  1TQF A;  5P0P A;  3D1Y A;  4DFG A;  3O9F A;  4Y36 A;  1IIQ A;  3C9X A;  2FDP A;  1AID A;  4FRI A;  1HTR B;  1K6P A;  3O9D A;  5P83 A;  3TKG A;  2I4Q A;  3OHF A;  5AHA A;  3VSX A;  4TVH A;  1RV7 A;  3BC4 A;  3VSW A;  5P4R A;  5P8J A;  1FQ7 A;  4HZT A;  3K5D A;  5P54 A;  1EC1 A;  4DJO A;  1ZSF A;  4U8W A;  3BRA A;  3JVW A;  5P40 A;  4R95 A;  2BB9 A;  5P7L A;  1W6H A;  4FIV A;  5P6A A;  5P2L A;  1IVQ A;  3CKT A;  1E80 E;  4QGI A;  2OHQ A;  2PWR A;  2QI3 A;  1MIQ A;  4YD4 A;  4DVF A;  3URJ A;  3UDY A;  4CPR A;  5P76 A;  5P6T A;  5P6X A;  3TOF A;  4F76 A;  4J0P A;  1A30 A;  3QVC A;  3NYG A;  5P77 A;  1GNO A;  5PEP A;  5OZ1 A;  3G6Z A;  4B1E A;  4DV9 A;  5P6K A;  4FRJ A;  2OAH A;  4Y54 A;  5P8P A;  3D20 A;  3QS1 A;  4RRN A;  2QCI A;  3SLZ A;  2PWC A;  5P45 A;  3K5C A;  5P6W A;  3GI5 A;  1YX9 A;  5P5J A;  2OHR A;  5P1W A;  5KQZ A;  2QMG A;  5AGZ A;  3L58 A;  4KE1 A;  4RCF A;  4MC9 A;  2AOC A;  3I8W A;  3BGC A;  5P7F A;  3ZKS A;  4Y4U A;  5P23 A;  5P74 A;  4Y3P A;  3KFS A;  4I11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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