3LHGA

Bace1 in complex with the aminohydantoin compound 4g
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
388
structure length
369
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Pyridinyl aminohydantoins as small molecule BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 369
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lhgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lhgA02
1XN2A 4R95A 5P5GA 1HSGA 1C70A 4Y3EA 5P6EA 2VJ6A 3O9DA 5P3TA 2BPXA 3EKTA 1YX9A 2P3BB 4GZFA 5P6JA 9HVPA 4RVJA 4DQGA 1RV7A 2RKFA 5P0MA 5KR0A 2IGXA 5P6DA 5AH9A 3OHFA 3VG1A 1XE5A 1MRXA 4KB9A 4Y3MA 5P1QA 5P41A 1EBKC 5P0SA 3FNUA 3PBZA 1ZJ7A 4Y4AA 5P47A 5P4NA 2F3KA 1SMRA 2ZJNA 5P2KA 3D91A 5OZHA 1BDRA 5P1OA 3ZPTA 3SM2A 4DFGA 5DR0A 5DGWA 4R5NA 5P1LA 2QMFA 1AAQA 4FS4A 5P2TA 2ER9E 4OBDA 3UDJA 4RRSA 4Y58A 4R8YA 2P83A 5JG1A 7UPJA 1LYBB 1M43A 5P2VA 3U6AA 1D4YA 5P0YA 2G26A 4TRZA 2R5QA 1E80E 1DP5A 2QI5A 3D1YA 3L5CA 4J1HA 3PI0A 1HTRB 3BXRA 3KT5A 4JP9A 3K4VC 3PWRA 5P0IA 1ZLFA 1XN3A 6UPJA 3G6ZA 3L38A 1KJFA 4YDGA 1QRPE 5F01A 1BIMA 5OYWA 4I11A 1SDUA 3EL0A 2ZHVA 4YBFA 2PC0A 4FIVA 5P1HA 5P4IA 5I3XA 3PLLA 4COEA 2QD8A 1PFZA 3BUHA 5P69A 5HDZA 1FMBA 3WZ6A 3EL1A 2Q63A 4LC7A 1KJ4A 3EM4A 4DQEA 1HEFE 3LPKA 4J5JA 5P15A 1W5XA 5OYTA 1HVSA 5P48A 3S53A 4Y4UA 3BHEA 5P7KA 4NJUA 3BGCA 3URJA 3PRSA 5I70A 5P2RA 2ZJIA 4ZSRA 4DQHA 3IVIA 4Z22A 1NH0A 2R3TA 2FDEA 3EKPA 1E5OE 1GVXA 4Y4DA 1DIFA 4LHHA 5P19A 2PYNA 2XYEA 5P6UA 5P3UA 4QJ2A 3PEPA 3QI1A 2V10C 5P1KA 4DJVA 3OXCA 1TCWA 5P8JA 1MPPA 1AVFA 5P5JA 5P8HA 5ISJA 2OHSA 5IE1A 4CKUA 5P1VA 1WBKA 1QBSA 3ZKNA 5DQ1A 1XS7D 5P7SA 5P1DA 1APTE 2CEMA 4NPUA 5P5TA 4YD5A 1HWRA 5P28A 5P5MA 4B0QA 3S2OA 3LITA 5P36A 3CKPA 4Y41A 5P6BA 3F9QA 3RSVA 4Q1XA 4D8CA 4DJOA 2QD6A 4QJ6A 1HVJA 4U7VA 1PSOE 2OHPA 3O9EA 5P78A 2RMPA 4ZE6A 5P6NA 5OZOA 3OWNA 3MSLA 4L7HA 5OZCA 5P1JA 1HTEA 1GNNA 5P8PA 4F76A 1ODXA 2HB2A 3QP0A 5P31A 1ZAPA 4APEA 2B7FA 2P3CA 2IDWA 3TLHA 5HU1A 4I0FA 4Y43A 4B1DA 2HPFA 1ZP8A 1PSAA 3UFLA 4ZSPA 1YTIA 5COPA 3EBZA 3VEUA 1ME6A 1BXOA 4J1IA 4OBJA 2IL2A 1ZBGA 5P4XA 1SMEA 4R91A 3UCBA 3KFNA 3KFPA 3GGAA 3PJ6A 2PSGA 4YHQA 5P6LA 3IAWA 3S85A 2B60A 2ZYEA 5IVSA 2AZBA 5P16A 3K5CA 5P30A 2ZE1A 1UPJA 2F81A 3PMYA 3ER5E 5P13A 3BXSA 1RL8A 3UPJA 3SA6A 5P8DA 1GNOA 3SABA 1ZPKA 2OHTA 4EJLA 4Z2ZA 4Y3FA 3MSKA 5OZ0A 3JVWA 4RYGA 5P6TA 3VYFA 3KDCA 3VV8A 2O4LA 5OZBA 2V16C 4RROA 5P11A 1IZHA 1B5FB 2VJ9A 1A30A 2VA7A 4B70A 4D85A 2QZKA 5SZ9A 1LZQA 3TTPA 4EQJA 3KA2A 5KR1A 1B6PA 4ZEAA 5P5ZA 4MC1A 3FSMA 4FLGA 5OZ7A 1HOSA 1VIJA 3ZKQA 3SKFA 5P3AA 2HPEA 5P0XA 1T6EX 5P7VA 1AJXA 4J55A 3SA9A 5P6HA 2IGYA 4HLAA 4GMIA 4BELA 4HDFA 5P7NA 5P1UA 1B11A 5BS4A 5P52A 1G2KA 3OU1A 1Z1HA 4N00A 2NXDA 5P35A 3T7PA 3OU4B 5P0LA 3K1WA 5P1EA 2QD7A 4DV9A 5P6VA 3L3AA 4OC6B 4Y3DA 4ACUA 1IBQA 3SO9A 4Q1NA 5P2ZA 1EC3A 3WSJA 1DAZC 2AOFA 1M0BA 5P2FA 4YD3A 3S8IA 3NUJA 2NNKA 5P68A 2G27A 4I0JA 4LXMA 4CP7A 5P1YA 5P2QA 2P3BA 1HVIA 2OHLA 5P7EA 2QI4A 2IKOA 5P8VA 5P1RA 2A4FA 2QHZA 3HDKA 2AOEA 4J0TA 3IVHA 3ZKMA 4H3IA 1NPVA 5P0PA 5P8TA 3HVPA 5P12A 3K5GA 4DH6A 3OXWA 1NSOA 1PPLE 3D3TA 1TCXA 3GI4A 5P4FA 5P4PA 2B8VA 3K5DA 1MSNA 4Y39A 1QBUA 1W5YA 3IN3A 4I0EA 5P2AA 3K5FA 4Y4BA 1FFIC 4J0ZA 3PCZA 3QRSA 5P67A 5P8GA 4YD6A 2I4QA 2Q55A 2G1YA 5P2OA 4L6BA 2OHKA 3L5BA 5P1ZA 3T11A 5P2CA 4I12A 3VV7A 5P8FA 4RLDA 3TPRA 1LYBA 1YM4A 3VF3A 3DV5A 1G0VA 3EL4A 5P1AA 2AVOA 2Z54A 2QMPA 2BKSA 2WEAA 3BUGA 5P80A 5P3DA 3S45A 5P37A 4RGHA 5P02A 4Y44A 3EMYA 5DR8A 3UQUA 2VIJA 1PSNA 3EKVA 3IXJA 3MXEA 1FQ8A 4XXSA 3Q70A 5P1SA 4J1FA 2B42A 3I25A 5P53A 4FL8A 3EKWA 4R92A 5OZWA 4B00A 4DPFA 4QJ7A 5P7DA 3OOZA 5P87A 1ER8E 5P4JA 5P2MA 2JJJA 2OAHA 5P57A 4BEKA 5P5NA 3DV1A 2G24A 4JPCA 4WTUA 4MC2A 3R0YA 3OAGB 1IDBA 5P3NA 4TRWA 5OZJA 3UDRA 3O99A 5OZDA 5P38A 2XFKA 1HPSA 2IEOA 1E82E 2R9BA 1SIVA 4I0IA 4LL3A 2VJ7A 2ASIA 5P2SA 3N3IA 3FNTA 5DR7A 5P5EA 5P09A 5AHAA 4DPIA 5OZ9A 2PYMA 4TRYA 2Q15A 5P7BA 3NSHA 3RTHA 2JE4A 3QS1A 5P1IA 2BB9A 5P6YA 5P3ZA 4CPXA 2JYSA 3AIDA 4Y4GA 4D89A 1W6HA 3PB5A 1JLDA 5P2UA 4QJ8A 2VKMA 3BGBA 4AA8A 1UH9A 1META 2FNSA 3QIHA 3ZL7A 1GVUA 4Y3SA 3KMYA 1MTRA 4L1AB 1B6KA 3O9HA 4DJUA 4HEGA 3BVAA 3LZUA 5P62A 3OK9A 1MVPA 5EZXA 3GGVA 5P5AA 4CPRA 4ZIPA 5C9DA 2XFIA 5P40A 1FKNA 3OQFA 5P5UA 1PROA 8HVPA 1SBGA 1LF3A 4K9HA 4GB2A 5P6KA 4HDPA 5C9BA 1FQ4A 4Q1YA 5P0UA 5P83A 3PHVA 1RNEA 5P75A 3OGQA 3PSUA 3VF7A 3QPJA 2WKZA 2AZ8A 4J54A 5P06A 4FM7A 3ZKIA 5OZSA 1D4JA 5P7WA 4KE1A 5P85A 2ZDZA 3UTLA 3OQDA 3LIXA 5P4WA 4QJAA 1K2BA 3ZKGA 5P7PA 1EBWA 5HE4A 4Y35A 3TOGA 2G94A 3I2LA 5P1PA 4DUSA 4CPTA 2I1AA 3NDXA 5P22A 1IIQA 3DM6A 3ZPUA 5OZ8A 2NXLA 2AZCA 2QP8A 4EP2A 5OYZA 3ZLQA 1HXBA 1ZPAA 3UDQA 5P0KA 5P6GA 3VYDA 4Y57A 1EEDP 1GNMA 4I8ZA 2AVMA 3TPJA 1B6MA 2QU3A 3SM1A 4NKKA 2BPZA 3PLDA 1DPJA 3IA9A 2IRZA 4TVHA 3O9LB 3LINA 1SH9A 2QMGA 5P8EA 5P8RA 5P7FA 2VNMA 4ZPEA 3O9FA 4KUPA 3EL5A 3NXEA 4MC6A 4YCKA 3LIQA 5P74A 4BFDA 2QAKA 3HW1A 5P86A 3VV6A 4U8WA 2IS0A 2J9JB 4FRIA 4WY6A 4DJQA 5APRE 4GJ7A 5P8UA 1B5FA 3O9IA 3PSYA 2AIDA 3B80A 5CONA 4Y3LA 3O9GA 3DCRA 3HBOA 3GI0A 1D4KA 1MSMA 3R2FA 3Q4BA 5P6OA 2Q3KA 3MWSA 4F75A 4I0ZA 4Y3HA 1YTGA 5COOA 1EBZA 2QNQA 3LIZA 5DGUA 4DJWA 3IGBA 3U7SA 2O40A 5ENKA 5P3WA 4RVXA 3IXOA 4FAEA 2BKTA 5P0NA 3ZPSA 5P0AA 1YTJA 3RTMA 5P8NA 3UDMA 3H5BA 5I3YA 2AOJA 3OU4A 2V12C 5KQZA 4J0PA 1APWE 4LP9A 6FIVA 2FMBA 4OC6A 4EXGA 4Y6MA 4Y3GA 3HLOA 5P51A 5T4SA 3EKYA 3LZYA 5HCTA 1EPNE 3FIVA 5OZ3A 1T7JA 5P46A 1K6TA 1ENTE 4PPHA 3LNKA 1W5VA 5P63A 1MERA 5P5CA 5P05A 4I8WA 5P8BA 3Q5HA 2HB4A 2P4JA 5I3VA 3WZ8A 5P3BA 1YM2A 5DR3A 5P0RA 1CMSA 3NDTA 5P0EA 2I4UA 5P0VA 2PQZA 2ZGAA 4FM6A 3R0WA 2G69A 3GGUA 4Y4JA 2R5PA 5P1XA 5P7YA 4FRJA 5OZUA 2JXRA 2B8LA 3ST5A 3LPIA 5P0BA 5P5VA 2H6TA 1IZDA 4F73A 4Y5LA 3R1GB 4DJYA 5P4UA 2BJUA 2VA5A 4YD7A 2AOGA 3UF3A 4FE6A 3RU1A 2QU2A 2QMDA 5E5JA 2ER0E 1HEGE 1BILA 4J1KA 4Y5GA 1W51A 3B7VA 5P3YA 3NU6A 2XFJA 2H6SA 2JJIA 2AQUA 5P7LA 5SXNA 3UQRA 1EPLE 1BWBA 3WZ7A 1G6LA 3SACA 4X2LA 1A8KA 4Q1WA 5OZ1A 3QRVA 2G1NA 2QI0A 4OBZB 1MESA 3TOHA 1HIIA 5IVRA 5P1WA 2BBBA 5P4MA 5P0FA 3CIBA 3M9FA 3PCWA 4Y45A 2ER6E 3LZVA 1K6VA 5OZTA 2WL0A 3VCMA 2P3AA 3U71A 1IVQA 4NJTA 4YOBA 5OZVA 5P3EA 4AA9A 3EXOA 3L58A 4ER4E 1BDQA 4D88A 5P4BA 3PWWA 3SA3A 4FGXA 1W50A 1EC2A 3NU5A 5P3MA 1FQ6A 3TL9A 2VA6A 2Q54A 3VLBA 4D83A 5P4GA 4HE9A 5P3XA 4NJVA 2ZJLA 5P70A 3PI5A 2PWCA 4HZTA 3OAGA 3OUAA 5P65A 4K8SA 3TKWA 1ZSFA 4H3FA 2UPJA 3EKQA 4RYCA 5OZ6A 4DJXA 1AXAA 3D1XA 5P77A 4FCOA 5P56A 5P4KA 4KE0A 5OYRA 1Z1RA 5P27A 3NXNA 2WEBA 5DQ5A 5OZGA 4MC9A 5OZKA 4B77A 2O4PA 5HDUA 4Z50A 5P2YA 2QHCA 3BRAA 2QZXA 3CIDA 3UDHA 1FQ5A 3VSXA 1FMUA 4A6CA 2P8HA 2QI6A 3IN4A 5EZZA 5KR2A 4CPQA 5OZ4A 3SA8A 3OADA 5JODA 3INHA 3G72A 5IVQA 5P7ZA 5P43A 2ZHSA 2R38A 1FLHA 4Y3AA 5P2LA 2PK6A 4L1AA 5P00A 1QS8A 4DI2A 5P0GA 5P7CA 3NU3A 5P4RA 2QI3A 2Z4OA 5P3JA 2OF0A 2F80A 2BPVA 3TKGA 4GJBA 1HHPA 5P4QA 4L7GA 4QJ9A 5P45A 5P2HA 5BWYA 5HDVA 5P5IA 4PEPA 3LIVA 5P5KA 5P24A 5BRYA 1EBYA 5F00A 2G22A 3SFCA 5P4DA 1LYAB 3EM6A 5P1TA 2V13A 2AZ9A 5SY3A 1C6YA 5P5LA 5P0TA 3PMUA 4EWOA 3O9AA 2WEDA 4JPEA 5P76A 5P59A 4YDFA 5P5OA 4H1EA 4H3GA 1EAGA 3KF0A 3HD8A 5P1CA 4HVPA 1HVKA 5ER2E 2HAHA 5P34A 5P58A 5P6IA 4J1EA 3DOXA 1E81E 1LYWB 5P3HA 5OZRA 3WB5A 2I0AA 2PWRA 1GVVA 4YBIA 2NPHA 4J0YA 4YOAA 4Y5AA 3O9LA 4Y48A 5OZIA 2EWYA 3GI6A 3SA4A 3Q3TA 5SY2A 1HVRA 5P1BA 5P7XA 5P0CA 5P3LA 1CPIA 3INEA 2VNNA 3GGXA 1MEUA 3QVCA 4YCYA 4RZ1A 1T3RA 5KR8A 5P66A 3MXDA 4AUCA 5DR4A 3LZSA 3LPJA 4ZSQA 1K6PA 5P6SA 3URIA 2HM1A 1HIVA 1IVPA 3PVKA 3NYGA 4J0VA 1XL2A 3OQAA 1SGUA 2A1EA 2O4SA 1GVWA 1UH7A 3RTNA 2QK5A 2PSUA 2VS2A 1BV7A 2AVSA 5I3WA 5P7QA 3S43B 3S7MA 3ZOVA 3OQKA 3D20A 5HE7A 5P6FA 3T3CA 5OYSA 4CPWA 4YD4A 2FIVA 3EM3A 2QZLA 4Y4WA 4CPSA 1D4HA 1MT9A 5P18A 2Q11A 3KT2A 2WEZA 1MRWA 1QBTA 4B1EA 4YE3A 4LXKA 4B1CA 4AZYA 5JFPA 4Y50A 5P7RA 4FSEA 4EJDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XN2 A;  4R95 A;  5P5G A;  1HSG A;  1C70 A;  4Y3E A;  5P6E A;  2VJ6 A;  3O9D A;  5P3T A;  2BPX A;  3EKT A;  1YX9 A;  2P3B B;  4GZF A;  5P6J A;  9HVP A;  4RVJ A;  4DQG A;  1RV7 A;  2RKF A;  5P0M A;  5KR0 A;  2IGX A;  5P6D A;  5AH9 A;  3OHF A;  3VG1 A;  1XE5 A;  1MRX A;  4KB9 A;  4Y3M A;  5P1Q A;  5P41 A;  1EBK C;  5P0S A;  3FNU A;  3PBZ A;  1ZJ7 A;  4Y4A A;  5P47 A;  5P4N A;  2F3K A;  1SMR A;  2ZJN A;  5P2K A;  3D91 A;  5OZH A;  1BDR A;  5P1O A;  3ZPT A;  3SM2 A;  4DFG A;  5DR0 A;  5DGW A;  4R5N A;  5P1L A;  2QMF A;  1AAQ A;  4FS4 A;  5P2T A;  2ER9 E;  4OBD A;  3UDJ A;  4RRS A;  4Y58 A;  4R8Y A;  2P83 A;  5JG1 A;  7UPJ A;  1LYB B;  1M43 A;  5P2V A;  3U6A A;  1D4Y A;  5P0Y A;  2G26 A;  4TRZ A;  2R5Q A;  1E80 E;  1DP5 A;  2QI5 A;  3D1Y A;  3L5C A;  4J1H A;  3PI0 A;  1HTR B;  3BXR A;  3KT5 A;  4JP9 A;  3K4V C;  3PWR A;  5P0I A;  1ZLF A;  1XN3 A;  6UPJ A;  3G6Z A;  3L38 A;  1KJF A;  4YDG A;  1QRP E;  5F01 A;  1BIM A;  5OYW A;  4I11 A;  1SDU A;  3EL0 A;  2ZHV A;  4YBF A;  2PC0 A;  4FIV A;  5P1H A;  5P4I A;  5I3X A;  3PLL A;  4COE A;  2QD8 A;  1PFZ A;  3BUH A;  5P69 A;  5HDZ A;  1FMB A;  3WZ6 A;  3EL1 A;  2Q63 A;  4LC7 A;  1KJ4 A;  3EM4 A;  4DQE A;  1HEF E;  3LPK A;  4J5J A;  5P15 A;  1W5X A;  5OYT A;  1HVS A;  5P48 A;  3S53 A;  4Y4U A;  3BHE A;  5P7K A;  4NJU A;  3BGC A;  3URJ A;  3PRS A;  5I70 A;  5P2R A;  2ZJI A;  4ZSR A;  4DQH A;  3IVI A;  4Z22 A;  1NH0 A;  2R3T A;  2FDE A;  3EKP A;  1E5O E;  1GVX A;  4Y4D A;  1DIF A;  4LHH A;  5P19 A;  2PYN A;  2XYE A;  5P6U A;  5P3U A;  4QJ2 A;  3PEP A;  3QI1 A;  2V10 C;  5P1K A;  4DJV A;  3OXC A;  1TCW A;  5P8J A;  1MPP A;  1AVF A;  5P5J A;  5P8H A;  5ISJ A;  2OHS A;  5IE1 A;  4CKU A;  5P1V A;  1WBK A;  1QBS A;  3ZKN A;  5DQ1 A;  1XS7 D;  5P7S A;  5P1D A;  1APT E;  2CEM A;  4NPU A;  5P5T A;  4YD5 A;  1HWR A;  5P28 A;  5P5M A;  4B0Q A;  3S2O A;  3LIT A;  5P36 A;  3CKP A;  4Y41 A;  5P6B A;  3F9Q A;  3RSV A;  4Q1X A;  4D8C A;  4DJO A;  2QD6 A;  4QJ6 A;  1HVJ A;  4U7V A;  1PSO E;  2OHP A;  3O9E A;  5P78 A;  2RMP A;  4ZE6 A;  5P6N A;  5OZO A;  3OWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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