3LIQA

Crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor, kni-10673
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 22
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3liqA00
5P7NA 2HB4A 4FIVA 5OYZA 3QBHA 3PRSA 4Y3PA 3FIVA 2OHNA 5P4OA 2OHLA 5P7EA 4AUCA 3OU4B 3LNKA 1C6XA 5P38A 2AOFA 1KJ4A 1WBMA 5OZ8A 1FFIC 5P7QA 4I12A 5P62A 5P5XA 2JJIA 5P1MA 2HC0A 2IL2A 5P8EA 5P3RA 5OZ9A 5P2UA 2AOIA 1IZHA 1XN2A 5P47A 4AA9A 5OYXA 1DPJA 1PSOE 2G21A 2NR6A 3JVYA 1K1UA 2ZYEA 3Q4BA 5P6DA 2PMAA 4F75A 4PZXA 4R5NA 5P7PA 1HPSA 1B5FB 4IVTA 1SMRA 3QRSA 5P48A 3GGUA 5P0MA 2G26A 3S43B 3PSUA 5AH8A 3ER3E 3O9LA 5P3FA 4F76A 2ZJLA 1ODYA 5P5LA 2O4NA 2VJ6A 3KFSA 4U7QA 4LAPA 3T3CA 1HSHA 3OQ7A 4QJ6A 5P0NA 4ZPFA 3QS1A 2QMDA 4YCYA 4RRNA 5P7MA 1RL8A 2ER6E 5OZMA 4ZSPA 4DQBA 3H5BA 1HIHA 5P1DA 2I4VA 4LXAA 1F7AA 5P3UA 1CPIA 1EPLE 3OXCA 3QPJA 5P6TA 1VIKA 4ZSQA 4Y3XA 5KR0A 4GIDA 2BJUA 1QS8A 2IEOA 3IN4A 5ER1E 4Y38A 4Y53A 4OBHA 5P00A 5P8RA 1ZP8A 5P5HA 4QLHA 1B6MA 3SM1A 2WECA 1SDUA 3GI6A 4K4QA 4Y4BA 2PSGA 3HDKA 2B8VA 5P8MA 1RPIA 4JP9A 4NKKA 5P82A 4WY6A 3BUHA 4ZSMA 4CPUA 5P86A 4J0PA 4RGHA 4WY1A 2QZXA 3AUPA 2VIYA 3HVPA 4Y3GA 4Y3QA 2HS2A 4L1AA 3ZMGA 4RCEA 5P76A 2BPYA 3F9QA 4Q5MA 4Y5AA 3Q5HA 4Y5BA 1K6CA 2G1RA 5HDZA 4FRJA 2QD7A 1LF4A 3HW1A 5P2CA 4TRWA 4D89A 5P0UA 5OZJA 2RENA 1HPOA 3N3IA 1EBKC 5COPA 4H3IA 5P2EA 3VSXA 3MSKA 4HEGA 5P7HA 3LZVA 3K4VC 5CLMA 5P2HA 5OZ0A 5P0HA 1HEFE 1GNMA 5P8TA 2QNQA 1META 3OUCA 5P8LA 3TOFA 1E81E 1HVRA 5HDXA 2WF2A 5AH9A 3SABA 3VF5A 1T6GA 5P6IA 5DQ4A 2OHKA 5OYYA 2Z4OA 4YD7A 3GGXA 5P20A 3VUCA 3OU4A 4S1GA 5OZUA 3EKTA 5DQ5A 5P0WA 3R0WA 5IVSA 2ER0E 4OC6B 1FB7A 1E82E 5P72A 2NTRA 5P15A 3BGBA 3ZKNA 5P1VA 4YD3A 4ER4E 2XYEA 3NUJA 1HVCA 2QNPA 5P26A 5P6SA 5P0CA 5AHAA 5HCTA 1B5FA 1C70A 1M43A 5EZXA 5P8BA 5P2YA 1HOSA 2QMGA 3PHVA 4LL3A 5AHCA 3OQKA 3L5DA 3S43A 1FQ8A 3LZYA 4Y6MA 5P1ZA 3GI0A 1BDRA 2XFJA 2OHUA 2Q54A 4YE3A 5P3GA 3TPLA 3L58A 4XX4A 5P35A 2PWRA 4OBZB 2ASIA 3KMXA 1AJVA 4Y3TA 3NU4A 3O9AA 2IENA 5DGUA 1A9MA 3TH9A 1A94A 5OZBA 4R93A 2ZHUA 3PBDA 1FF0C 4R91A 5P05A 4Y5NA 2FGVA 2FDPA 3I25A 5KR8A 1UH8A 5OYWA 5P37A 1XE5A 2NXMA 5COKA 4EQJA 1FGCC 5P6GA 5ENMA 5P2TA 4Y9WA 4PEPA 4FM7A 1QRPE 4Y5LA 5P27A 2V13A 1LYAB 1EAGA 2HAHA 4BFDA 4Y3AA 1MT7A 1QDMA 5P6LA 5OZFA 3S7MA 5I3YA 5P8FA 4FS4A 5F00A 4I1CA 5P18A 4DQHA 5C9BA 1T7KA 1ZSFA 5P0VA 1D4KA 5KQZA 1TW7A 5P2XA 5P6MA 5P66A 2ZJIA 5P3OA 4NPTA 5JFUA 4YCTA 2NPHA 1HVJA 3VYDA 2QI5A 3S2OA 5HE5A 4TRYA 2O4LA 2VNNA 2PYNA 4AA8A 4ZLSA 5P64A 5DPZA 5P8SA 5IE1A 5P1GA 5P0XA 2F3FA 1QBUA 3EL9A 4Y3YA 3T7PA 5P23A 2R8NA 5P3WA 3EL0A 3KA2A 2QP8A 4EJDA 1DIFA 4EP2A 5KQXA 5I3VA 3OUDB 4CMSA 3L5BA 3LPKA 4EWOA 2G1SA 3PI5A 4I8ZA 4Y45A 2IQGA 4GMIA 5P6KA 3EL1A 4K9HA 4OC6A 5P3XA 5P4CA 4Y3DA 3ER5E 1AVFA 5P5OA 4HDFA 2AZ8A 3OU3A 3QI1A 1XE6A 5P1YA 5P80A 4Y35A 4J1CA 5EZZA 3TOGA 5KOSA 2G27A 5P29A 3U7SA 2QK5A 1KZKA 1ER8E 4LXKA 1AXAA 4YD4A 1IIQA 4AZYA 2QI1A 5P8IA 2FLEA 3KFRA 3FNUA 3QP0A 5P4IA 1FKNA 2F8GA 4RVXA 4Y3FA 3VYFA 3OAGB 1SP5A 5P12A 2P3CA 5FIVA 1FQXA 5P4DA 4K8SA 4ACUA 4LBTA 1HHPA 3OQDA 5P5IA 1XL2A 4OBZA 3RSXA 2G24A 3ZOVA 4Y5MA 5P50A 2CEJA 1ME6A 2WF3A 2QZKA 2AVQA 5P8GA 1E5OE 4MC6A 3KYRA 3UDPA 3D1YA 3IXOA 3SM2A 1HPVA 2AOJA 5P6HA 5P3EA 3RTMA 4PPHA 4H1EA 1LV1A 3G6ZA 3WZ7A 9HVPA 4JPEA 2OHMA 4FLGA 3VG1A 2G94A 1EPNE 4J1KA 1MSMA 1PSNA 3EXOA 2ZJNA 5P0EA 2FDDA 3IGBA 4OD9B 4I0GA 1LYAA 5P8JA 3PB5A 5P25A 3K1WA 5P5FA 1EPME 4KB9A 1B6JA 4Y5EA 4B72A 2Q5KA 2V00A 3TKWA 2VJ9A 3GI4A 2FDEA 4J1HA 3BGCA 3D3TA 2VIZA 3UHLA 5HU1A 2I0AA 5I70A 2FGUA 1HSGA 2IS0A 4D8CA 5P0OA 1FEJC 3TTPA 1HPXA 1IZEA 2QHYA 3PBZA 5P07A 5P3KA 5P31A 4LC7A 3VLBA 4Y3NA 5P4NA 3FV3A 4APRE 3AIDA 3NR6A 3PEPA 1PSAA 2B7ZA 3RTNA 5P5QA 5P7UA 4BFBA 4Y54A 1EPRE 5P43A 3LHGA 5KR1A 2R5QA 1T6EX 4YA8A 5OZRA 2B60A 2OAHA 1GVXA 1K6TA 4Y48A 4GJDA 5P11A 4Y50A 5P7AA 3VV6A 3OUDA 5P2OA 4QJAA 3PMUA 5I3WA 3FNSA 1D4HA 3SKFA 4YBFA 2G1YA 4YBIA 1MEUA 4NJSA 5P6XA 1DAZC 5P0TA 3UDJA 5P83A 1EPOE 5P4SA 3SFCA 4CPRA 3NYGA 4Y57A 5P1FA 3I7EA 1SGZA 1MERA 4Y5PA 3QVCA 4H3FA 2WKZA 5C9FA 4J0ZA 5P02A 4DJOA 3DUYA 2WEAA 3O9FA 2QI7A 2QD8A 4OBFA 4H3JA 4Y4ZA 3VF7A 1G35A 2NXDA 5HE4A 3JVWA 1ODWA 3ECGA 3GGAA 4RYGA 3OAGA 3WZ6A 4DFGA 5BRYA 1K1TA 2CENA 5P5AA 1HIIA 3NWQA 4HE9A 3QAAA 1HTGA 2VS2A 5P6ZA 1D4LA 5CONA 4A4QA 4FCOA 5P6UA 5AGZA 3R0YA 2QZWA 2ZDZA 5P3VA 5P5EA 2PK6A 5P04A 5P71A 4I8WA 4Q1XA 3EKVA 2NNKA 3OHFA 3OUAA 3NDXA 1GNNA 2IDWA 4B1DA 1KJ7A 3O9IA 1KJHA 5P6EA 4B70A 5P2RA 5P7CA 2QU3A 4KE0A 1ZSRA 2JJJA 6UPJA 1MESA 1Q9PA 4RRSA 5ISKA 3SA8A 4MC1A 5P7ZA 1ZPKA 4OD9A 2QU2A 2IGXA 4FRSA 1BBSA 4Y51A 4B78A 3L5EA 3QRVA 3G72A 3KT5A 3NXEA 5P1CA 4Q1YA 4I0DA 4LXMA 3K5CA 4E43A 5OZ2A 5P2QA 2RSPA 3JW2A 3EBZA 1LS5A 5P5ZA 3TPPA 2F3KA 1XL5A 3PWRA 3PLLA 3NWXA 5P5NA 2BPXA 3LIYA 2AQUA 5P7VA 5P67A 3S7LA 5F01A 3CKTA 3OADB 5OZWA 2R9BA 4Y44A 3IN3A 5P4QA 3PCZA 1APUE 4BEKA 3INFA 4Y4UA 5OZVA 4WTUA 1AZ5A 5P65A 3CKRA 1SBGA 5IVRA 4J0YA 5P60A 1OD1A 4NJUA 3I8WA 5DR0A 5P2JA 3RTHA 3WB5A 1ODXA 5OYSA 2V11C 1W51A 5P5GA 3G70A 1ZBGA 1MPPA 2ZJJA 5P6BA 4Y56A 5P3ZA 1FMBA 1QBTA 1TQFA 4YHQA 1LYBB 2I4QA 5P51A 1MRXA 1UH9A 2Q55A 4J55A 2H6TA 4JOOA 3O9CA 5P68A 2A1EA 1APVE 4ZE6A 3ZPUA 4Y3EA 4TVGA 1AJXA 1HEGE 2AOEA 5P5SA 3R2FA 3NDTA 3RVIA 2FMBA 1DW6C 4QJ2A 5P0BA 1NPVA 5T4SA 3NLSA 2ZHTA 2ZJKA 3HZCA 5P7JA 2O4SA 2P8HA 1YTGA 3PWMA 5P3DA 2VJ7A 4XXSA 5P4KA 3Q6YA 4FSLA 2ZHVA 4DJRA 4I0HA 4JECA 5P01A 2WF0A 3MSJA 1ZJ7A 4OBKA 5DR8A 5P2DA 3CKPA 3DM6A 3IVHA 3BUFA 5P7LA 4DJYA 5P6CA 1W5XA 1OEXA 4QJ8A 4LP9A 5P89A 4PZWA 5P0JA 5OZ7A 5P8DA 1MTBA 5P8VA 4LHHA 1PPKE 4DH6A 2QHZA 4Y4GA 5P6FA 3UFNA 5P08A 2BPZA 3FX5A 2NXLA 2PSVA 5IS4A 2B7FA 1FQ5A 4RYCA 2IGYA 3IVIA 4EPJA 4RROA 5JFPA 1M0BA 5P8NA 2BB9A 3EC0A 4J1FA 3OTSA 5P17A 1IZIA 2O4PA 2WF4A 3N4LA 5DR3A 1EBYA 1TSQA 3BUGA 5P5RA 1EC2A 1W5VA 5OZGA 4EYRA 4EP3A 3LPIA 2G1NA 5P0DA 4Y41A 3PCWA 5P0LA 5P09A 1HTFA 3UCBA 3Q70A 5P49A 5OZ4A 4A6BA 2P4JA 4HZTA 3WZ8A 5ENKA 1D4YA 4Z50A 4APEA 5P0YA 2O40A 4UPJA 4A6CA 2NMZA 4DPIA 3OADA 1SDTA 4RVJA 2AZBA 1NPWA 4ACXA 5P41A 5DQ1A 4Y3SA 5OZDA 1D4JA 1T3RA 5P0FA 3ZKXA 5P75A 1LF2A 5P34A 5P0KA 2FNSA 4ZIPA 2NMYA 3KFNA 5OZOA 2HPEA 5P4UA 2AOHA 3LIZA 3WSJA 5OZNA 2OHTA 5COOA 3D1XA 2JYSA 5P6YA 3EMYA 5P06A 1AM5A 4B0QA 2FIVA 5P13A 1LYWB 5P46A 5P2WA 1MVPA 1HTEA 2R5PA 1EPQE 5DR1A 5P8OA 3O9EA 4Y3RA 2R3TA 3VV7A 1LYBA 1FMXA 1XN3A 5P4ZA 3KF0A 5P16A 4L7GA 1SIVA 5OYVA 3I2LA 1EEDP 5P1RA 4FSEA 5P63A 5P87A 3HLOA 2AOCA 3QBFA 5P4PA 3K5DA 5P59A 3CIBA 3BXRA 1PPLE 5OZTA 3LIXA 4Y58A 5P5MA 2A4FA 4DJVA 4MC2A 4I10A 1MIQA 5P03A 1IDAA 3LIQA 1MTRA 1PROA 4CPSA 5P4JA 2APRA 4D85A 5DGWA 4KE1A 3SQFA 1B6PA 4DJWA 1A8KA 3PWWA 3U6AA 5P5UA 5P5CA 1BV7A 1WBKA 3GW5A 1C6ZA 4TVHA 5P2VA 5P1HA 5P8PA 3NU9A 4J17A 3UQUA 1T7JA 4JPCA 1HVLA 4L7JA 5P2AA 3K5FA 3EL4A 2WF1A 5P54A 2ZHSA 2QZLA 2Q15A 5P6WA 2V10C 5P14A 5DR7A 4XKXA 3NU6A 4Y4AA 4CPQA 4FM8A 2BPVA 4Y36A 4Z22A 5OZCA 4DJXA 4DV9A 1G2KA 3EKXA 3SLZA 3INEA 3KM4A 1SMEA 3KMYA 3OU1B 5P8QA 5HE7A 2ANLA 3VFBA 4OBJA 2I0DA 2WEZA 3MXEA 2CEMA 3KT2A 5P7IA 3NUOA 3KN0A 1EBZA 4GZFA 2P3BB 3SACA 1GVWA 5P4LA 4GJ7A 5P6QA 1OHRA 2UXZA 3A2OA 3RU1A 1EC3A 3S45A 2ZGAA 1IVQA 4FGXA 4HVPA 3LITA 5P1WA 3OHHA 1YM4A 3EM6A 1ENTE 5P3BA 1BVGA 4I0FA 3VF3A 5P78A 2PWCA 1G6LA 1EC1A 3UQWA 2WJOA 5OZKA 5KR2A 4J1IA 2MIPA 5P85A 1D4IA 1DP5A 4B1EA 2ER7E 5P3IA 5P1EA 4FM6A 5P8HA 4ER1E 5P1PA 3UDQA 4J0VA 4ZEAA 4AMTA 5P56A 5ISJA 2R38A 3VCMA 5TOLA 3OOZA 2VA6A 3IXJA 4DI2A 5P1UA 4B05A 3S56A 4DQFA 1APTE 5P79A 4L7HA 4FRKA 2PYMA 3UDMA 5OZSA 2B8LA 1ZLFA 1FQ7A 2QMFA 2ZE1A 4COEA 5P58A 2SAMA 1LYWA 2ZJMA 5OYQA 5P8UA 5E5JA 4I0EA 1HXBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7N A;  2HB4 A;  4FIV A;  5OYZ A;  3QBH A;  3PRS A;  4Y3P A;  3FIV A;  2OHN A;  5P4O A;  2OHL A;  5P7E A;  4AUC A;  3OU4 B;  3LNK A;  1C6X A;  5P38 A;  2AOF A;  1KJ4 A;  1WBM A;  5OZ8 A;  1FFI C;  5P7Q A;  4I12 A;  5P62 A;  5P5X A;  2JJI A;  5P1M A;  2HC0 A;  2IL2 A;  5P8E A;  5P3R A;  5OZ9 A;  5P2U A;  2AOI A;  1IZH A;  1XN2 A;  5P47 A;  4AA9 A;  5OYX A;  1DPJ A;  1PSO E;  2G21 A;  2NR6 A;  3JVY A;  1K1U A;  2ZYE A;  3Q4B A;  5P6D A;  2PMA A;  4F75 A;  4PZX A;  4R5N A;  5P7P A;  1HPS A;  1B5F B;  4IVT A;  1SMR A;  3QRS A;  5P48 A;  3GGU A;  5P0M A;  2G26 A;  3S43 B;  3PSU A;  5AH8 A;  3ER3 E;  3O9L A;  5P3F A;  4F76 A;  2ZJL A;  1ODY A;  5P5L A;  2O4N A;  2VJ6 A;  3KFS A;  4U7Q A;  4LAP A;  3T3C A;  1HSH A;  3OQ7 A;  4QJ6 A;  5P0N A;  4ZPF A;  3QS1 A;  2QMD A;  4YCY A;  4RRN A;  5P7M A;  1RL8 A;  2ER6 E;  5OZM A;  4ZSP A;  4DQB A;  3H5B A;  1HIH A;  5P1D A;  2I4V A;  4LXA A;  1F7A A;  5P3U A;  1CPI A;  1EPL E;  3OXC A;  3QPJ A;  5P6T A;  1VIK A;  4ZSQ A;  4Y3X A;  5KR0 A;  4GID A;  2BJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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