3LIXA

Crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor kni-10729
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 21
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lixA00
3EM6A 5P4IA 5P8JA 5P3QA 3VG1A 1SH9A 3FKTA 2OF0A 6FIVA 5P0CA 5P1FA 5HDUA 5P36A 5P1ZA 4Y44A 4I0ZA 5P2MA 5P7KA 1SP5A 4YD3A 3QN8A 4DJXA 3ZPTA 3SA4A 4Y5EA 3M9FA 5ENKA 5J25A 3BVBA 4XKXA 2QAKA 1PPKE 5P14A 2NNKA 5P6OA 4L6BA 5P0ZA 5OZFA 3ZKSA 1G2KA 2V10C 3L5CA 2V16C 2G1SA 1IVQA 3EBZA 3OQAA 3VLBA 5P0QA 1W6IA 4RVXA 4DJWA 2ZGAA 3UFNA 3IXJA 5HDVA 3JVWA 3NXEA 3PI0A 3R0WA 2B42A 5OZRA 1A30A 3NSHA 1NH0A 4M8YA 4I8ZA 1EPNE 5P8BA 3OXVA 1AZ5A 1EPRE 2XFKA 1U8GA 2QI4A 4LP9A 3LINA 3WZ7A 1ZSFA 3PHVA 1Q9PA 2WEZA 4GMIA 5P7AA 2O4LA 1QBUA 3QPJA 3VCMA 3O9BA 3O99A 4B0QA 5P4CA 4Y9WA 4Z4XA 2P4JA 2FDEA 2ANLA 4Y41A 2UY0A 3VYFA 1G35A 1ME6A 2BQVA 8HVPA 2VS2A 5P10A 3SFCA 1ODYA 4BEKA 3QBFA 2Z4OA 2AVVA 3S43B 1MEUA 5P41A 4Y5GA 5P4PA 3PSGA 1OEXA 3WZ6A 5P6JA 3OUDB 2AOEA 1C6XA 5P0EA 1K1TA 5OZXA 5C9DA 4Y4AA 5P4TA 3UDKA 5P1XA 1N49A 2FNTA 5HDZA 3RVIA 5P67A 3RSXA 2AQUA 3PBDA 5P4MA 3ZKMA 2CENA 2VKMA 3ZMGA 4DPFA 3INEA 3D1ZA 5P3BA 4IVSA 2RMPA 4QJAA 3LPIA 5P2HA 5P6BA 4LAPA 2SAMA 4J0YA 3ZKNA 4PYVA 2NXDA 2HAHA 4RZ1A 2F8GA 3U71A 4Z22A 1WBMA 3CKRA 3S45A 1YM4A 4B78A 4I0EA 4J0VA 4R91A 4K4RA 5P6MA 4ZSPA 4Y3DA 5IE1A 4ZEAA 3UDPA 1FQ5A 5DPZA 1WKRA 5OYUA 4PPHA 1SMEA 1GVUA 3OAGB 5P6AA 1ZPAA 4ZSRA 4FM8A 4LXAA 1ZAPA 4K9HA 1HVJA 1K6PA 5P30A 5P38A 3RTMA 4HE9A 4WY1A 4Y47A 4EJKA 4Y6MA 1ER8E 5P5NA 3DV1A 3NDTA 1QBTA 2QNNA 3R2FA 3TLHA 5P1MA 4B72A 3B7VA 1HSHA 2JXRA 5HE4A 2Q63A 1IIQA 3SABA 4QJ6A 2QMPA 1YTJA 4TRWA 3PSUA 3SKFA 4I1CA 3NXNA 5C9BA 1SIVA 2IENA 2PYNA 5P5KA 1HEGE 1GKTA 1T3RA 4I0FA 5P2UA 1BIMA 2J9JB 5P4DA 3SA9A 1AAQA 5B18A 5P7IA 2ZJLA 2P8HA 2V12C 4QJ7A 3LZYA 5OYYA 4F73A 4J0TA 2AODA 2ZJJA 5AGZA 3WSJA 3HAUA 3PCWA 4PZXA 2VJ6A 3BVAA 2BPZA 3OTSA 4EXHA 3UQXA 4EHCA 2Q55A 1APVE 1M43A 4AA9A 2AZBA 2QCIA 2XFJA 1HEFE 1G0VA 4L7JA 1QDMA 3D1YA 5P1HA 3KT5A 4Y54A 2F3EA 2G1YA 1MVPA 2BPWA 2NXLA 5OZLA 2FS4A 4U7QA 2QK5A 5P6XA 4TRYA 1CZIE 3VEUA 5JFUA 5P0FA 5P3KA 5TOLA 5P1TA 5P6VA 2CEMA 2HS1A 5P40A 4ACXA 2ZHRA 3UFLA 5COPA 4CPXA 3HBOA 3O9GA 3FX5A 4DJOA 5P5SA 5F00A 5IVRA 2PSVA 2QMFA 5P05A 1KJFA 5OZIA 4EPJA 5P3JA 1AJXA 5P5LA 5OZ3A 2V00A 2G21A 4HEGA 3CKPA 5P4JA 4YD6A 5P7SA 3WZ8A 2WJOA 5OZTA 1DMPA 4GJ9A 5OZYA 5P7DA 3QBHA 2G20A 5P3ZA 2P3CA 4R92A 2R3TA 2MIPA 4D85A 1NPVA 3ZPSA 5AHBA 5OZ4A 4YD5A 5P26A 3S54A 1BBSA 5P2ZA 1M4HA 1B6LA 1DIFA 4Q1WA 1FKNA 3EL0A 2F3FA 3UCBA 4YHQA 4CPQA 2G1RA 5P7JA 3TKWA 4D88A 2OHNA 4HDBA 5OZDA 5P6QA 3EC0A 2Z54A 4YCTA 5P2NA 3TOHA 5P1PA 4L7GA 4CMSA 3MSJA 4DQEA 5P6EA 5P1SA 5P6ZA 2J9KA 3PI5A 5P7UA 5COOA 5P2IA 3S85A 4Y4DA 3HLOA 4LC7A 4RCEA 2OHKA 2F80A 1YT9A 5P2CA 5OZ6A 3LIYA 1PFZA 5P7MA 1D4JA 1EC1A 1NPAA 5P66A 1RNEA 5P64A 4RVIA 2IL2A 4DUSA 6UPJA 2PMAA 5OZAA 3UHLA 2ZDZA 3IA9A 4AA8A 5HVPA 3OWNA 4GJAA 5P1RA 1HPVA 5P2WA 1HXBA 1FEJC 4R93A 1TSUA 5P0JA 5JODA 1HOSA 5P46A 3MWSA 1YTGA 1ENTE 2R8NA 1K6CA 3VSXA 1CPIA 3QROA 3GI6A 2CEJA 5OZJA 2WEAA 4COEA 2AZCA 4BFDA 3PSYA 2AZ8A 5HE5A 4Y4ZA 5P06A 1TZSA 5DQCA 5P1QA 3T7XA 4EQ0A 5P0DA 5P72A 3OK9A 4I0DA 5IS4A 3TKGA 4FRIA 4CPRA 1SIPA 3FV3A 2APRA 3LZSA 3EL5A 1F34A 1D4KA 4Y56A 3EKPA 5P6DA 5P63A 5P1VA 1EPQE 4Y5PA 1APTE 5P3IA 1FIVA 5DQ1A 5P5TA 2JJIA 3UQRA 2FGUA 2IKUA 1HPXA 3L5DA 4KE0A 3I25A 4DJVA 4Y4BA 5P1KA 2IKOA 4Y58A 5P86A 5P0MA 5P5DA 2HB2A 2WEBA 5P0WA 1PPME 2BPXA 3T11A 4QGIA 1XE6A 5HDXA 1FQXA 3VF7A 2QI0A 5P02A 5P76A 3NUOA 3VFBA 5P57A 3UQUA 2I4UA 4LL3A 3EL9A 4DQGA 4Y3JA 4DPIA 4K4QA 5P43A 4YA8A 2I0DA 2OHMA 5P5PA 1HVRA 5P0RA 1MTBA 3OU4A 3UDNA 3EM3A 1GNNA 1IZHA 1JLDA 3EXOA 4A6CA 2ZJKA 3L5BA 3FSMA 5P61A 5P7WA 3HZCA 5ER1E 3OQFA 5P5WA 3RSVA 4OC6A 2VA7A 1EBZA 1FMBA 3L38A 3OY4A 3O9CA 4FRSA 3OQDA 4LXKA 5P0AA 5P1NA 1EPOE 1IZIA 4AZYA 3PEPA 5P0HA 4OD9A 5P5AA 4Y35A 4FAFA 1FQ6A 4Y3TA 1FFIC 5P4VA 5P0SA 2QU2A 1BDLA 2B8VA 3EL4A 3QP0A 5P8AA 4Y5KA 4B70A 2VA6A 2FDDA 4TVHA 3LZVA 3TH9A 4Y5CA 5P00A 4J1EA 2NTRA 5P55A 4GYEA 4Y4UA 4Y4XA 2XYEA 2ZJNA 4Y3NA 4Y3GA 5P4GA 5P70A 2B7ZA 2ZHTA 5P83A 1LV1A 1PSAA 2V11C 1HPSA 1ZSRA 2G1NA 3NDXA 3B80A 3T6IA 1HBVA 2O40A 5P71A 5OZZA 4Y3HA 5P2XA 4ZSMA 5P23A 5P8HA 2IDWA 5HU0A 1HVHA 1ZTZA 5OZQA 3OADA 2QNQA 3UF3A 3PMUA 2FNSA 2HB3A 5P0KA 2VNMA 1APWE 3ZKGA 2P3BA 2G94A 3N4LA 1FLHA 5P6SA 3VFAA 3OUCA 5P0OA 1OD1A 3ZOVA 2HPFA 5P6RA 5P7GA 5P82A 4CPSA 3ZKIA 1SDUA 5P6GA 4QLHA 2P3AA 5P7BA 5P6LA 5P75A 1F7AA 3FNUA 4FRKA 3U7SA 3UDRA 2FIVA 1T6EX 5P6IA 3OQKA 4GJ5A 3VV8A 5P3AA 4F74A 5P0VA 3IVHA 5JFPA 3SM1A 5P3CA 1MRWA 3OGPA 1GVVA 2Q64A 1UH8A 4DJYA 4OBZB 5HTZA 2O4SA 5E5KA 3F9QA 3AUPA 2QI6A 2QHZA 5P5GA 3LNKA 4FS4A 3DCKA 2WF2A 2XFIA 4A6BA 3KMYA 5OZVA 1FG8C 3BUFA 4CPWA 1E81E 5P3WA 1EPLE 3OU4B 4YBFA 4EYRA 2R43A 4I0HA 1K1UA 3TOFA 3D3TA 4Y3ZA 3QS1A 1KJ7A 3QRMA 4H3GA 2FLEA 4OC6B 4S1GA 4YCYA 5P01A 3MSLA 2HS2A 2ZYEA 5P35A 5P3PA 1QBRA 4OD9B 3C9XA 3GGAA 1C70A 5P6WA 2I4VA 4OBDA 5I3YA 2QMGA 4B05A 3L58A 1EC2A 3LIQA 4DI2A 2QHCA 3G72A 5P5EA 4Y5LA 5P5CA 4TRZA 1TQFA 1HWRA 5P69A 5P2JA 1HIIA 5SY2A 3S7MA 3ZKQA 1HSIA 3NU3A 5P8FA 5P3NA 5JG1A 3KDDA 3QRSA 4FM6A 4ER4E 2QP8A 4NPTA 5OZ2A 5P1YA 5P7OA 2F3KA 1FFFC 1UH9A 4ZPFA 4Y4EA 2IGYA 4I10A 2B7FA 2VJ7A 4Y4GA 3OOZA 4U8WA 4YOAA 3LIZA 2OHRA 4Y50A 1MT9A 2FXDA 1E82E 4J1CA 5P15A 3GW5A 3SACA 3CICA 5SY3A 2QD7A 4JP9A 1K2BA 4Y38A 2A1EA 3OADB 3K5FA 3LIXA 3KDBA 4M8XA 4Y3AA 5P7NA 3NU4A 2WHHA 3U6AA 4EJDA 3GGXA 4HA5A 2P3BB 2WKZA 1FB7A 5P29A 1ZBGA 2AVOA 4MC6A 5OYXA 2Q3KA 4Q1NA 2I4DA 1ODWA 9HVPA 1K2CA 1M0BA 1XN3A 5OYSA 5P04A 4FE6A 5EZZA 3SA7A 4OBFA 4J0ZA 1HVCA 3OGQA 5P7YA 5P56A 5AH6A 3O9AA 3PRSA 5BS4A 2G1OA 4AUCA 5P4LA 3S7LA 2VNNA 5P4OA 3RTNA 4ZSQA 2WF4A 5DR4A 1C6YA 1EAGA 2VJ9A 3SA5A 5HU1A 3I8WA 5OZWA 3NYGA 1KJHA 1LF3A 2NMYA 2PSGA 5P0IA 6APRE 5P17A 4NJSA 5P7XA 5P5BA 4FRJA 5P24A 1IZDA 1IZEA 4HZTA 3UQWA 4EWOA 2FDPA 4L1AA 2PK5A 4CPTA 3UQPA 3ZLQA 1BDRA 1PSNA 1MPPA 3SLZA 1W50A 4J0PA 5CLMA 1YTHA 4OBKA 1FGCC 3UDJA 1B6KA 4Y53A 1Z1RA 4Y57A 3N3IA 2QMDA 3TTPA 3OXCA 5P79A 5OZCA 4ZPEA 5P8DA 5KOQA 3APPA 5P3LA 2PWCA 3EMYA 4NKKA 2OHQA 4RRSA 1FQ4A 2VIEA 1GNMA 4F75A 1BWAA 5P1CA 5P4QA 5ER2E 1W5YA 3UPJA 1MESA 4J1IA 1XL5A 5DR0A 5P8IA 1QRPE 5P8EA 5OZUA 1HIHA 3NU9A 2H6TA 3K5GA 3KM4A 5P81A 2R5PA 5P4SA 2OHTA 1AVFA 5P88A 4F76A 4I12A 5KQFA 3VYDA 2R38A 4DJRA 5P2OA 4Z50A 3I7EA 2WL0A 2QHYA 1BWBA 5OZ8A 5P59A 1MSMA 4EP2A 2NXMA 3INFA 5P5FA 4QJ8A 4XX4A 4JOOA 5P77A 4Y51A 3HDKA 3OHFA 1G6LA 5P3VA 5P80A 2ER6E 3L5EA 2G22A 5P2EA 5KR1A 2AOFA 3IN4A 4GJBA 4GIDA 2OHUA 1XL2A 1T6GA 2RKFA 4R5NA 2RKGA 1VIJA 1LYAA 1B5FA 2IEOA 2BKSA 5P6CA 2QI1A 3GGVA 3QVCA 3T3CA 3TPPA 5P2YA 5FIVA 2HM1A 5P74A 4TVGA 1YG9A 3Q70A 3LPJA 5P5IA 5P18A 1YX9A 4RYCA 5OYQA 2O4KA 1HTRB 4DV9A 5P1AA 2RENA 4ER1E 2B8LA 5P16A 2BKTA 3PLDA 2IQGA 3NDWA 3DOXA 4DVFA 4J54A 5OZ1A 1IBQA 5P8VA 4DJUA 1UPJA 5P49A 5P0XA 5P8GA 5P4HA 1YM2A 5OZ0A 2WF3A 4YE3A 1K6TA 3VYEA 2AOGA 1DW6C 1EPME 2QI5A 3BC4A 5P6FA 1EBYA 1LZQA 1B11A 2ER9E 1FMXA 3QVIA 2O4NA 2ER0E 5KQYA 3KMXA 5P44A 4L1AB 4H1EA 5P58A 4ZLSA 5P7PA 3QI1A 3ECGA 3NLSA 3PJ6A 1HXWA 4Y39A 1SDTA 5P1OA 1D4SA 5P1UA 3BXRA 5AH8A 5P34A 1TCXA 3PM4A 5P5YA 1FMUA 1W5VA 3D20A 3ZL7A 4K8SA 1SGUA 3H0BA 2I0AA 3O9LA 4YCKA 5HCOA 1B6JA 1FG6C 1MRXA 3ZPUA 1EC0A 2P3DA 1RL8A 5P32A 5P2GA 3R0YA 5I70A 3MXDA 3CYXA 1QS8A 1DP5A 5OZ7A 1B6MA 4XXSA 1ZJ7A 1DPJA 3CIBA 1A8GA 1VIKA 5P47A 5P33A 5DQ5A 1EBKC 2NNPA 4FSLA 5P27A 3BUHA 3INHA 4KB9A 3BRAA 5P85A 1HTGA 5OZ9A 1DAZC 2O4PA 4Y5AA 5P50A 1HRNA 3H5BA 5P3UA 4GZFA 3LZUA 4HDPA 3WB5A 1TSQA 1GNOA 4E43A 2V13A 4GJ8A 3ST5A 3NDUA 4DH6A 5IVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EM6 A;  5P4I A;  5P8J A;  5P3Q A;  3VG1 A;  1SH9 A;  3FKT A;  2OF0 A;  6FIV A;  5P0C A;  5P1F A;  5HDU A;  5P36 A;  5P1Z A;  4Y44 A;  4I0Z A;  5P2M A;  5P7K A;  1SP5 A;  4YD3 A;  3QN8 A;  4DJX A;  3ZPT A;  3SA4 A;  4Y5E A;  3M9F A;  5ENK A;  5J25 A;  3BVB A;  4XKX A;  2QAK A;  1PPK E;  5P14 A;  2NNK A;  5P6O A;  4L6B A;  5P0Z A;  5OZF A;  3ZKS A;  1G2K A;  2V10 C;  3L5C A;  2V16 C;  2G1S A;  1IVQ A;  3EBZ A;  3OQA A;  3VLB A;  5P0Q A;  1W6I A;  4RVX A;  4DJW A;  2ZGA A;  3UFN A;  3IXJ A;  5HDV A;  3JVW A;  3NXE A;  3PI0 A;  3R0W A;  2B42 A;  5OZR A;  1A30 A;  3NSH A;  1NH0 A;  4M8Y A;  4I8Z A;  1EPN E;  5P8B A;  3OXV A;  1AZ5 A;  1EPR E;  2XFK A;  1U8G A;  2QI4 A;  4LP9 A;  3LIN A;  3WZ7 A;  1ZSF A;  3PHV A;  1Q9P A;  2WEZ A;  4GMI A;  5P7A A;  2O4L A;  1QBU A;  3QPJ A;  3VCM A;  3O9B A;  3O99 A;  4B0Q A;  5P4C A;  4Y9W A;  4Z4X A;  2P4J A;  2FDE A;  2ANL A;  4Y41 A;  2UY0 A;  3VYF A;  1G35 A;  1ME6 A;  2BQV A;  8HVP A;  2VS2 A;  5P10 A;  3SFC A;  1ODY A;  4BEK A;  3QBF A;  2Z4O A;  2AVV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SPK A;  1RPI A;  3NWX A;  1HIV A;  4LXM A;  2AID A;  3EL1 A;  3IAW A;  4Y5M A;  1AM5 A;  2AOH A;  2Q5K A;  3KFN A;  4NPU A;  5P53 A;  5CON A;  5P4E A;  3TNE A;  5KR0 A;  4J55 A;  3VLA A;  4K4P A;  4EP3 A;  3GI0 A;  4APR E;  5P2L A;  4H3J A;  4LHH A;  4EQJ A;  3NR6 A;  3PLL A;  3O9I A;  5DGU A;  5OZS A;  4J1F A;  5APR E;  2OAH A;  5KR2 A;  3PWW A;  2R5Q A;  4ZE6 A;  3DCR A;  4HLA A;  5OZH A;  5P0T A;  5P2K A;  1TW7 A;  3R1G B;  4HDF A;  4X2L A;  3OHH A;  5P8P A;  5P1G A;  1IDA A;  3SQF A;  1Z1H A;  4QJ2 A;  2NMZ A;  5UPJ A;  3OU3 A;  2R3W A;  5HE7 A;  5P48 A;  5P42 A;  3O9F A;  3PBZ A;  2QD8 A;  5SZ9 A;  5P6H A;  4DJP A;  2QD6 A;  4LBT A;  3OU1 A;  4RGH A;  3PCZ A;  5P3X A;  3RU1 A;  3CID A;  3LIV A;  1WBK A;  5P1B A;  1AID A;  5OYW A;  2NPH A;  5P0L A;  4ACU A;  2ZJI A;  5P7Z A;  1XDH A;  5DR1 A;  4J5J A;  4BFB A;  5P4R A;  2WF1 A;  2JE4 A;  1W5W A;  2ASI A;  3JW2 A;  4J1H A;  1XS7 D;  1SBG A;  5P22 A;  4J1K A;  5P84 A;  1HTF A;  4JPE A;  5P2V A;  4B1D A;  5P45 A;  4DQH A;  2PH8 A;  5P8L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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