3LPIA

Structure of bace bound to sch745132
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Piperazine sulfonamide BACE1 inhibitors: design, synthesis, and in vivo characterization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpiA02
3SKFA 1D4JA 2QZXA 4K4QA 4XX4A 4EHCA 4FL8A 5P2YA 3RVIA 3QPJA 5BS4A 5P0AA 4WTUA 1LYBA 3TOFA 5P1TA 1HPVA 5OYZA 3OTSA 5P34A 1APVE 4Y4ZA 1TSUA 3INEA 5P2BA 1AIDA 3SM2A 5P43A 1FG8C 3TKGA 3OQAA 2PK5A 3BUHA 4NKKA 3LZYA 5P1EA 2ZDZA 2Q5KA 3VLAA 4L1AB 5P5XA 2R5PA 5DR3A 1B6KA 2RKGA 2I0AA 5P2HA 2P3BB 1K6TA 3LZUA 3VYFA 5AH8A 3NDXA 2JJIA 2VA5A 3SA5A 5P77A 1EBZA 1BVEA 4GJ8A 2AQUA 1FEJC 3Q5HA 2A1EA 3N3IA 2I4DA 5P54A 3BRAA 2J9KA 4S1GA 4FM6A 4JPEA 1KJ7A 5P6SA 3SABA 3RTNA 1HIVA 3SQFA 4GJDA 4FRJA 1EC3A 1GVVA 1QDMA 5P45A 4B77A 4DQEA 1K1TA 4YD4A 4YCYA 2WF0A 4EJDA 1J71A 5AHAA 3S7MA 1HEGE 3ECGA 4A4QA 3KDBA 4U7QA 5P55A 4HZTA 4CPWA 5OZ6A 3RSXA 2QU2A 2R3WA 1KJGA 4DJXA 2OHUA 5ENMA 2QD8A 1XDHA 3QRSA 4JPCA 3D91A 1Q9PA 5P5EA 5P5PA 4CMSA 1PSAA 3O9HA 5P73A 2NR6A 3UDHA 2XFKA 4YDFA 4GJCA 3ZPSA 4OBZA 5P7UA 3TPPA 3Q4BA 4Y53A 1GNNA 4Y4XA 3QAAA 1FFIC 2BPYA 4BFBA 1T7IA 3ZKNA 5P66A 2BKTA 2J9JB 5P1AA 3PWMA 5P70A 2WEAA 3L5BA 4FRIA 2BPVA 2RENA 4ZE6A 4Y5AA 1HVHA 3D1XA 5P07A 1MUIA 4J0TA 4I0FA 5P23A 5ER2E 1XS7D 1UH8A 1ME6A 3SO9A 4Y54A 5P0SA 3O9IA 3JVYA 3OQ7A 1FQ7A 5P0PA 5P6DA 3SKGA 3L59A 4Y3NA 5P7MA 5P17A 5SY3A 3EL0A 3SM1A 2QZKA 5P42A 5OYSA 2NMZA 4QJ8A 4EQJA 1K6PA 3LZSA 5P3UA 4Y3XA 5P2WA 1M4HA 5SY2A 3UDQA 4R95A 2WF3A 5P4BA 1MT7A 5P8VA 3BVAA 4RCFA 5P6XA 5AH7A 4RVJA 3FNUA 3SA7A 3IN4A 1CZIE 3EMYA 3SA3A 1A8GA 4WY1A 5P5LA 3CICA 5BRYA 9HVPA 3U71A 3QVCA 2ASIA 3VSWA 4Y5LA 3UDYA 1FB7A 2G1NA 3SA6A 4YBIA 2SAMA 5I3WA 1LYAB 2G1SA 5P3FA 4J0VA 5P5YA 1EC1A 4Y4EA 4IVSA 3T7QA 4E43A 3O9EA 4FRKA 5I3XA 3ZPUA 1ZSFA 5P50A 2QHYA 4AA9A 1IZHA 4NPTA 4CP7A 2F81A 1W5WA 4I0ZA 3MSKA 4Y4AA 4OBHA 5P1UA 4CPQA 1ER8E 3K5GA 3VV8A 3TPRA 2VIYA 1HSGA 2V12C 1LYBB 4QJ6A 3LIQA 1FIVA 5COPA 5P20A 2VNNA 1W5VA 5P1BA 4FSLA 1BXOA 1APTE 8HVPA 5P8JA 3INDA 5P3SA 5P8KA 1BV9A 5P5MA 5HU0A 1QBSA 4Y6MA 3NU6A 1APUE 1SBGA 3QI1A 3ZKQA 2QI7A 3BUFA 4ER4E 3PI0A 4DJOA 2H6SA 1ZAPA 2IRZA 1AJXA 3AUPA 3UDJA 5KQZA 1EPME 4YBFA 1HXBA 3VFBA 3K5FA 4JOOA 3UQWA 5P2ZA 1YTJA 1TCWA 2B7FA 5P08A 3QS1A 5P11A 3S43A 3K5DA 3UTLA 2I4UA 3OUDA 5P3BA 3L5DA 3APPA 5P4YA 5P12A 1ODXA 3CYXA 2NXLA 2G22A 5P3TA 2FGUA 3GI6A 5OYWA 1EBYA 2O4NA 5P6BA 2AOGA 5OZ3A 3KN0A 5OZRA 4DJYA 3TLHA 5P31A 3NWQA 4FE6A 3SA4A 5P6QA 3OQDA 4KUPA 4OC6A 5P8UA 5P85A 5P8AA 3BXSA 5P0OA 5P81A 5P0HA 5P83A 3PBDA 5OZ8A 3RTMA 1ODYA 1QRPE 1OHRA 4J54A 4OBZB 3OHHA 1M0BA 3VEUA 4NJUA 5P6MA 4L7HA 1EPLE 5OZ4A 3O9FA 1FQXA 3NXNA 2ZJLA 2HB4A 2FNSA 4MC2A 3S53A 3OHFA 3PBZA 5OZUA 4DV9A 1BV7A 3NU3A 1B6LA 2BPZA 2RMPA 1W5XA 2Q55A 2ZHTA 5OZ2A 2AIDA 4Z4XA 1EPOE 3VCMA 1HVJA 3OOTA 4FIVA 4EJKA 5COKA 4J5JA 5P5OA 5P4IA 3BVBA 5P0FA 3ER5E 3CIBA 5P6UA 3PMUA 2FXEA 1T6GA 1EBKC 2FMBA 2Q11A 2ZJJA 1TQFA 1HTFA 2FS4A 1ZPAA 3KDDA 3ZMGA 4FLGA 5P69A 3HZCA 2IKUA 5P7LA 1SGUA 2OHLA 5DR0A 4LL3A 3BGCA 4GJ7A 5BWYA 4QGIA 4K4PA 4Y43A 4DQFA 3VSXA 3HVPA 5P7GA 2AOJA 1RV7A 5IVRA 3G70A 3KFSA 3NR6A 4Y4BA 5P1MA 2HM1A 2FXDA 1TSQA 5P01A 5SZ9A 5P51A 1B6PA 3TPJA 3JVWA 5P2IA 1SGZA 2QMPA 5P59A 1XE5A 3EKVA 5P7OA 1A9MA 4CPTA 2NMYA 4FS4A 3Q3TA 1FQ4A 2ER7E 2MIPA 5P5JA 4Y3RA 3GI5A 3EL1A 2V11C 4TVGA 5P6OA 2I1AA 3L38A 3F9QA 4I12A 3EC0A 4EXGA 1HIIA 4UPJA 4DJUA 5P4QA 5KR0A 4U7VA 2PC0A 2NXMA 3UQUA 1YTHA 4RVIA 1LYWA 4YA8A 4F73A 4Y47A 3PM4A 4Y3ZA 3BGBA 2AODA 2VJ9A 5P8TA 4Y38A 5P22A 3EL4A 4EYRA 1IZDA 4DJPA 5P4OA 1EPNE 1D4LA 3ZKGA 3RSVA 1EAGA 4Y4WA 1TZSA 5P7IA 4ZPEA 4PZXA 3LZVA 2UPJA 3PMYA 5OZEA 5P60A 4LC7A 5TOLA 4N00A 1IBQA 3WZ6A 1HHPA 3IXKA 4GJAA 1PPME 4J1IA 1HTGA 5KR1A 4Y39A 1IDBA 2Q15A 3DUYA 1PFZA 2FDPA 4TRYA 3PRSA 5P4DA 3K4VC 5P6PA 1NSOA 2ZJIA 3PWWA 5P3CA 2O4LA 2B8LA 2I4XA 1YTIA 3S43B 2G26A 3OUDB 3DM6A 1LF4A 1SIPA 1ZP8A 5P5BA 3KMYA 3KMXA 4LXAA 3FSMA 1C70A 1N49A 3NDTA 1AM5A 4Y4DA 3KFRA 5P7PA 2V00A 2R43A 3L5FA 5IE1A 4JP9A 5P35A 2QCIA 1HTEA 5P2FA 4ZLSA 1BDLA 2QP8A 4HDBA 4KE0A 4IVTA 3G6ZA 5P0NA 4Y9WA 4OC6B 5P75A 4Y3JA 5P1PA 5P3LA 2Q64A 5P0BA 3PGIA 2XFIA 3HW1A 2XFJA 5P71A 5P6HA 4Y3FA 5P58A 2G27A 3NYGA 4F75A 2I4WA 1BILA 4Y3HA 4M8YA 2QD6A 1MRXA 3ST5A 2JXRA 3A2OA 1C6ZA 2B8VA 4Y36A 4DUSA 4HVPA 2G94A 4DQCA 2F3EA 4PHVA 5P8RA 4WY6A 4H1EA 3B80A 4MC1A 1YM2A 1GVUA 1HVKA 2JYSA 1YX9A 4OBDA 5P8IA 2ZE1A 5P4PA 4B78A 1FQ5A 2QI5A 5DR1A 2WF2A 4LAPA 3L3AA 2V13A 4NPUA 4QJ2A 5P8SA 2PYNA 5P3DA 1LF2A 4YHQA 3UF3A 4DFGA 5P1ZA 2UY0A 4Y3SA 2VJ7A 1DIFA 5ISKA 2OHRA 3OOZA 3OAGA 2APRA 4Y5KA 4CPUA 5P3WA 1G35A 4X7IA 6APRE 3QRVA 3IAWA 3ZKSA 4ZPGA 3UDRA 1XL5A 5P3KA 2AZ9A 5EZZA 3PLDA 5P3YA 3SLZA 1BBSA 5OZYA 5P16A 2VKMA 3CMSA 1FFFC 5P2RA 4PYVA 4FAFA 2VNMA 3MWSA 4LXMA 5P4MA 5P4XA 1MT9A 2JJJA 3OUBA 5P3ZA 3IGBA 4PZWA 1GNMA 2FDDA 3EM4A 5P3IA 5HDZA 2BBBA 3GGVA 5P3VA 3CYWA 5DR7A 3QROA 5COOA 5KAOA 1BDQA 5P2SA 5IS4A 3CKPA 1WBKA 5P7BA 1C6XA 5P6KA 5OZDA 2AVOA 3UQRA 5PEPA 3IN3A 5P6WA 4Y5NA 2PH8A 5P65A 4GJBA 3S85A 2ZJKA 1FKNA 2R5QA 1FQ6A 1E81E 3EL9A 3L5CA 5OZXA 1FG6C 1D4SA 1LYWB 5P36A 4ZEAA 3IXOA 5P72A 5OYRA 4Y5GA 1CMSA 5CLMA 3HLOA 4EWOA 2OHSA 4GZFA 2RKFA 5OZQA 5P0JA 3OXXA 5KOQA 5J25A 5P5AA 2NPHA 1PSOE 2VA6A 4ZSQA 1K6VA 3VG1A 3PSYA 5P7XA 3I8WA 2QNQA 1HEFE 3INHA 5P4KA 3UFLA 3OUAA 1XE6A 5P14A 3FNTA 5OZ9A 5P2AA 3BXRA 3QRMA 3I25A 5IVSA 5JG1A 5P52A 2ER0E 5KQFA 3OU3A 3CKRA 5F01A 5P57A 4PEPA 4DPIA 4Y3GA 1BXQA 5P8PA 2BPXA 3O9AA 5OZCA 5P7VA 3D3TA 4Y4GA 2PSVA 5P78A 4GIDA 5P7AA 3LHGA 2QD7A 2ZGAA 4Y3WA 5I70A 5JFPA 5OYTA 3EKPA 4F74A 5OZOA 2VA7A 5FIVA 1W51A 1IZEA 1QBTA 3T11A 2IENA 2BJUA 3QBHA 3LNKA 5AH9A 4R91A 5P0CA 2QHCA 1LS5A 5P3HA 5P0VA 1LEEA 5P8BA 1HTRB 1BAIA 5P48A 3O99A 2XYFA 2AVMA 4J0PA 2OHPA 5DQ4A 3EKWA 2AZ8A 4M8XA 5P5RA 3DK1A 4Q1NA 3R4BA 2VIJA 1K6CA 2QU3A 4MC9A 4RRNA 5P68A 3OQKA 4CPSA 5E5JA 2CEJA 3NLSA 5P7KA 3RTHA 4RRSA 4CPRA 5JFUA 3D20A 1E5OE 2B42A 2ZJMA 2P83A 3KDCA 5P3EA 1HPOA 4ER2E 1B11A 5P8GA 5P7HA 5P32A 5DQ2A 1G0VA 5T4SA 4J1HA 4CPXA 3PSUA 3OXCA 3PSGA 5P2NA 4KE1A 1FMXA 3K4VA 1TW7A 4HLAA 2ZHRA 2P3AA 4Y56A 4EJ8A 5P88A 5P1WA 5P61A 1K1UA 1HBVA 2G1OA 1W50A 2CENA 2G69A 4ER1E 4DQHA 4FM8A 5P2JA 4Q1WA 4EQ0A 6FIVA 3OAGB 3VV7A 3IXJA 1EPPE 5P0MA 3MXDA 5P3JA 3OADA 5UPJA 5P8QA 3EM6A 3HAWA 4Y45A 4YD7A 5P5VA 3KA2A 4YE3A 2EWYA 1VIJA 5OZVA 4RYGA 1MERA 4OBJA 3SA9A 3C9XA 4AMTA 5P4UA 2HC0A 3FIVA 2Z4OA 5P5NA 4J1KA 3S2OA 1HSHA 1XN2A 1VIKA 4Y3PA 5P0IA 2QNPA 2QHZA 2PYMA 1U8GA 5P1VA 2IGYA 5P0LA 3EBZA 2FLEA 5P0QA 1WKRA 5P37A 3LITA 3R0YA 5P6GA 5IVQA 2AZBA 5P6LA 4EPJA 4BFDA 5P8DA 5P0TA 5P1KA 1DAZC 5P5HA 1META 3MSLA 5OZBA 3GGAA 2OAHA 5P47A 1MPPA 2AOFA 2WEDA 4ACXA 1HVSA 4I11A 2ZJNA 5OZAA 5OZMA 2P3DA 4TRWA 4Z2ZA 1EC0A 2IDWA 4HA5A 2CEMA 4FM7A 3SFCA 5P2GA 1LZQA 5P4WA 5KQXA 3FX5A 4DVFA 2I4QA 5P5CA 5P7WA 5P7FA 2FNTA 3LINA 3GI4A 4RZ1A 3UDPA 1DP5A 1FQ8A 4K8SA 3S54A 2JE4A 4ZSPA 5P63A 4FGXA 5P7CA 3OU1A 4I8WA 4XKXA 2ZHUA 1SIVA 2IL2A 2QI1A 5P1RA 1K2BA 3CIDA 5P1IA 1B6JA 4H3GA 5DR8A 1SP5A 3LPIA 5B18A 5P5KA 4GMIA 2H6TA 2QMFA 3T3CA 4L6BA 3NUJA 1G6LA 1GKTA 1BWBA 2V16C 4KB9A 1MRWA 1T7JA 2IQGA 2O4PA 4Y3YA 4AA8A 5P6FA 4GJ5A 5P7JA 2G20A 4K4RA 5P5DA 4I8ZA 5P0YA 2A4FA 1KJFA 5P3RA 4FRSA 1EBWA 3PEPA 3PCWA 3ZOVA 5P4HA 3EKYA 4YDGA 2WF4A 1OD1A 3ZKIA 3KFPA 5P82A 1FLHA 5P1FA 3PJ6A 1EC2A 5P10A 5P4SA 4J1CA 5P4EA 5P5SA 4L7GA 5P7QA 1E80E 2IKOA 3KFNA 2O4SA 3O9LA 2B60A 1T3RA 2G21A 5P5ZA 5P6YA 3INFA 1BDRA 5HE5A 3PI5A 1PPKE 3WSJA 5P3PA 5JODA 4YOAA 3VV6A 4H3JA 1HWRA 3H5BA 2G1RA 5P49A 4B0QA 5AGZA 5P4AA 3UCBA 2AOIA 2QI0A 2ER9E 3R1GB 4Y37A 4DI2A 4Z22A 3UHLA 5P1YA 2V10C 2Q3KA 5KR8A 3TL9A 3WB5A 3ZL7A 4HEGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SKF A;  1D4J A;  2QZX A;  4K4Q A;  4XX4 A;  4EHC A;  4FL8 A;  5P2Y A;  3RVI A;  3QPJ A;  5BS4 A;  5P0A A;  4WTU A;  1LYB A;  3TOF A;  5P1T A;  1HPV A;  5OYZ A;  3OTS A;  5P34 A;  1APV E;  4Y4Z A;  1TSU A;  3INE A;  5P2B A;  1AID A;  3SM2 A;  5P43 A;  1FG8 C;  3TKG A;  3OQA A;  2PK5 A;  3BUH A;  4NKK A;  3LZY A;  5P1E A;  2ZDZ A;  2Q5K A;  3VLA A;  4L1A B;  5P5X A;  2R5P A;  5DR3 A;  1B6K A;  2RKG A;  2I0A A;  5P2H A;  2P3B B;  1K6T A;  3LZU A;  3VYF A;  5AH8 A;  3NDX A;  2JJI A;  2VA5 A;  3SA5 A;  5P77 A;  1EBZ A;  1BVE A;  4GJ8 A;  2AQU A;  1FEJ C;  3Q5H A;  2A1E A;  3N3I A;  2I4D A;  5P54 A;  3BRA A;  2J9K A;  4S1G A;  4FM6 A;  4JPE A;  1KJ7 A;  5P6S A;  3SAB A;  3RTN A;  1HIV A;  3SQF A;  4GJD A;  4FRJ A;  1EC3 A;  1GVV A;  1QDM A;  5P45 A;  4B77 A;  4DQE A;  1K1T A;  4YD4 A;  4YCY A;  2WF0 A;  4EJD A;  1J71 A;  5AHA A;  3S7M A;  1HEG E;  3ECG A;  4A4Q A;  3KDB A;  4U7Q A;  5P55 A;  4HZT A;  4CPW A;  5OZ6 A;  3RSX A;  2QU2 A;  2R3W A;  1KJG A;  4DJX A;  2OHU A;  5ENM A;  2QD8 A;  1XDH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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