3LPIA

Structure of bace bound to sch745132
Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI3 (93-96)TII2 (171-174)TIV4 (132-135)TIV1 (58-61)3H1 (61-63)TIV2 (82-85)TII1 (63-66)S4 (99-102)S3 (86-93)S1 (67-70)TI1 (70-73)S2 (74-81)TIV3 (109-112)3H2 (115-117)TI5 (118-121)S5 (122-131)O3 (216-420)S6 (136-147)TIV5 (148-151)TII5 (352-355)S7 (155-167)S8 (178-181)3H3 (185-187)AH5 (363-366)TIV6 (166-169)TVIb1 (188-191)S19 (355-361)TI6 (191-194)TI9 (289-292)TVIII1 (192-195)AH1 (197-204)S22 (385-388)O1 (208-210)S9 (211-215)AH2 (224-229)TII4 (332-335)S10 (233-237)S17 (329-331)TII3 (236-239)O2 (336-338)TI7 (241-244)TI8 (242-245)TVIII2 (254-257)TIV8 (257-260)S12 (261-262)S13 (264-269)TIV9 (268-271)AH4 (320-324)S14 (272-273)TI10 (313-316)3H4 (278-282)S20 (367-370)TVIa1 (282-285)AH3 (299-313)S16 (295-298)S21 (379-383)TVIII3 (314-317)TI11 (372-375)TI4 (106-109)S18 (344-349)S15 (286-288)3H5 (338-340)S11 (250-253)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Piperazine sulfonamide BACE1 inhibitors: design, synthesis, and in vivo characterization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 107
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpiA02
4Y47A 4YDFA 5P5TA 5SZ9A 1FGCC 5P8NA 5P4XA 1BAIA 5P8BA 2AVMA 4DUSA 2PSVA 2QAKA 3EL4A 1HBVA 4CPXA 5KOQA 1JLDA 5P7GA 3EL9A 4I0GA 4GJ7A 2ZHVA 1WBMA 5P0BA 5P31A 1BDQA 3K5GA 4FLGA 3UDJA 3ZKIA 5P30A 5OZVA 5OZYA 2WJOA 4NJSA 5P1AA 3L38A 5P0SA 1K2CA 4D88A 4Y37A 5P2GA 3EM4A 2QD8A 3OUDA 1G2KA 3LIYA 3ZKQA 5I3VA 3WZ7A 1C6YA 5P4WA 5HCTA 2A1EA 4KE1A 3IA9A 3GW5A 5P2OA 5P6VA 5P8VA 2QI6A 2BKSA 3UDPA 5P15A 5P4EA 3LZYA 3UDQA 2RSPA 3S45A 3QIHA 1DPJA 4CPTA 3DCRA 3KDBA 5KQFA 1MIQA 3OQDA 3GGAA 2OHMA 2B8LA 3O9IA 2HB2A 3EM3A 3EXOA 4F73A 4IVTA 5OZXA 5OZ9A 5P12A 2IKUA 5F01A 5P4NA 3NSHA 3A2OA 2VA6A 1PSNA 3PWWA 5OZOA 5OZ0A 5P1TA 4YBFA 1SDUA 4FM7A 5P76A 2UY0A 5P6RA 5JFPA 1EBKC 3OY4A 4Y3WA 1B6JA 4Y41A 4WTUA 5P8SA 5P05A 5P3EA 2HAHA 2QMFA 3O9BA 2BB9A 2NR6A 5P43A 3ZPUA 3NDTA 1AJVA 1KJGA 3PMYA 4FRJA 3QP0A 4E43A 3SABA 2ZGAA 2ZDZA 1D4HA 2HB3A 1HXWA 2R9BA 2OAHA 4XXSA 5P5UA 5P7IA 1KJ4A 1XL5A 3BHEA 2O4SA 3DOXA 4J1KA 1ZSRA 4QJ7A 4YD4A 1VIJA 4RCEA 1K2BA 2I4WA 2AIDA 1MSNA 3INDA 1GVWA 1W50A 3PLLA 1LYAA 4GJDA 2G22A 1MT7A 4Y3NA 2RMPA 4PYVA 3ZKMA 3TH9A 2R5PA 4OBZA 3ZPSA 3I8WA 2QI4A 1SGZA 3O9HA 4DFGA 5P3WA 3OHHA 4UPJA 5HE4A 5P6GA 2BKTA 5B18A 5P1UA 2BPWA 1EBZA 1ZPKA 3MSJA 5P85A 3OGQA 5P28A 4F74A 4I0HA 4J0YA 4Y5GA 2QI3A 3PBDA 4M8XA 3SM2A 4GIDA 3S43B 5P4IA 5DQ4A 5OZMA 4Y38A 3IXOA 4GB2A 4YE3A 4Q1NA 3WB5A 1AXAA 1EPOE 3HAUA 5P2YA 1C6XA 5P3CA 3R1GB 4I0JA 1APVE 2WHHA 3K1WA 1LZQA 5KOSA 5P8TA 3NXEA 4J1FA 4YD6A 5OZEA 3OTSA 5KQXA 4DJPA 5P20A 4B05A 2AODA 2FIVA 3PSUA 1ZTZA 5P5GA 3LIXA 2P3AA 4YD3A 3BC4A 2WF2A 1E81E 3CKPA 4K8SA 2UPJA 5P0PA 5P7LA 4BFBA 4K4QA 5P7DA 4DQBA 4F76A 2PH8A 8HVPA 1ZBGA 2BBBA 3VV6A 1YX9A 3OU1A 3TKWA 3TNEA 5P3FA 1HSGA 1TW7A 1W5VA 3O9DA 2F3EA 3UQUA 4ZSQA 4F75A 5OZPA 4H1EA 2OHRA 3OAGB 3S7MA 3SM1A 2BPZA 3GI0A 3VYEA 3VG1A 5BRYA 4R5NA 1D4IA 3UQRA 2ER6E 4Y35A 3TPRA 3QROA 3T7QA 5P8UA 2WF1A 3DUYA 5P4VA 3L5BA 4EQJA 4BELA 3NU6A 2AZBA 1ZAPA 3FNTA 3RVIA 5P0CA 1EPME 3EKWA 5P3RA 5P4FA 3EM6A 4XKXA 2OHQA 3VSXA 5DR1A 5P5QA 4L7GA 4J0TA 1E80E 5P6PA 4Y39A 5P8PA 5P5IA 1HEFE 5APRE 2F8GA 2QMGA 2ZJIA 1K1TA 4RCFA 1SMRA 3UFLA 1M4HA 4I11A 5P7QA 3SA3A 5HVPA 5J25A 3I2LA 5P0ZA 3APRE 1EPPE 5SXNA 5HDUA 1FFIC 1OHRA 1HPXA 4YCYA 2OHTA 5P2NA 5P80A 1RPIA 1XN3A 4Y43A 5P7OA 1E5OE 3I25A 5DQCA 4FAEA 1K6VA 4I0IA 4YDGA 4Y3TA 2QHYA 5P02A 4RVXA 1A8KA 3VSWA 2G1OA 5HE5A 5P5EA 1QDMA 5P1CA 4ZSRA 4DVFA 3GI6A 5OZUA 1B6LA 3O9AA 4Y3LA 5P4SA 5P7RA 5P0AA 5P1XA 5HU0A 3PCWA 3ST5A 3ZMGA 3G6ZA 2I0DA 5DR0A 2I0AA 2PK6A 1GNMA 1RQ9A 3HBOA 3SKGA 2H6TA 1D4YA 5P8OA 3K5DA 4Y6MA 4Y4AA 5P2HA 5P1OA 4DJVA 5OZAA 5P4PA 1MT9A 3VF5A 1MERA 3FKTA 2NNKA 3CKRA 2NTRA 3EKQA 1AIDA 4FS4A 5P4RA 2ZJJA 3AIDA 2VIYA 4LC7A 4RGHA 4B78A 3PWRA 2R8NA 1HVJA 1AZ5A 2IKOA 4Y54A 4Y9WA 5TOLA 1YTIA 5IVTA 5P0NA 1TCXA 4BFDA 4KE0A 1FQ7A 4Y4TA 4Y4UA 5P63A 4Y5BA 5P4GA 4NJUA 5P7WA 5OYXA 5HE7A 1W5YA 5KAOA 2WEDA 3LIQA 3ZLQA 2JYSA 3LZUA 1EBWA 1EAGA 3SA5A 2QHZA 2OF0A 3QAAA 5P73A 2G24A 5DR7A 3BUGA 4Z22A 1ZP8A 1F34A 1SBGA 5P8QA 1HOSA 1APWE 2RKFA 4Y45A 1FLHA 4FRIA 1AM5A 5OZ6A 3KYRA 3ZOVA 4JPEA 5P65A 3RTNA 5JFUA 5OZZA 2O40A 1BXOA 5JG1A 5P3XA 2ER9E 5P62A 1WKRA 4LBTA 4GJCA 4HE9A 5AH7A 5P6EA 1IVQA 4Q1WA 3OXXA 4YCKA 5P6XA 3URIA 3NXNA 3BVBA 3O9CA 3OUBA 3EKXA 4OBJA 2XYEA 1EC3A 2WF4A 5OZDA 4EPJA 3C9XA 1TSQA 3CICA 1SH9A 1PPKE 4GMIA 1GVTA 1G35A 3L58A 4J1IA 5P33A 1SIVA 1MRXA 5KR8A 3BXSA 2AOFA 1W5XA 4ZPEA 2NXLA 4OD9A 2J9JA 3L59A 5P3ZA 5CLMA 3EKTA 5AH8A 2VNNA 4Y5LA 5IVQA 3MXDA 1ZLFA 2HPFA 4MC6A 3ZKSA 4D85A 1HTGA 5P3LA 4QJAA 5P6AA 1BILA 5P3KA 7HVPA 1HXBA 3K4VC 2P3CA 2ASIA 1QRPE 4PZWA 3SA9A 4NJVA 3VV7A 5P8DA 3Q3TA 3DCKA 1HEGE 1LF2A 2VJ6A 4Y3GA 4B77A 4AA9A 3PSYA 4GYEA 1UH8A 5P4QA 5P37A 4ZSMA 5JODA 5P08A 4MC2A 3CYXA 5P89A 5P8FA 2JXRA 2QI0A 4RVJA 2Q64A 2HS1A 1IZEA 2ZJLA 5P44A 5P1NA 1HHPA 5P2QA 3BUFA 3KM4A 2ZHRA 2G20A 5AHAA 2JJJA 5P83A 1LF4A 4DPFA 4Z2ZA 3NDUA 4U7VA 5COKA 3JVWA 2FDPA 5P53A 3U7SA 5DQ2A 5P11A 5P4OA 5P4MA 4Y3MA 3S2OA 4AZYA 4YOAA 5P6DA 2PMAA 1XDHA 1QS8A 5P24A 5SY3A 2BQVA 5P3IA 3L5CA 1FKNA 3T7PA 3SACA 4Y3QA 4Y3HA 4RRNA 2P3BA 1LYBB 4Y57A 5P41A 4DQHA 3AUPA 2HM1A 5P1EA 5P17A 1BDLA 5OYZA 5OZRA 3I6OA 5P4BA 4L6BA 1FMXA 1FQ6A 5P0HA 1DIFA 1KZKA 4TRZA 3SFCA 2HPEA 3NYGA 4JECA 3APPA 3QS1A 2PC0A 2IS0A 1BVEA 5HD0A 2O4NA 2FXEA 1HRNA 1HIVA 5P26A 5P67A 5P7NA 4EP2A 3OADB 4OC6B 2R3WA 5P2WA 4FCOA 5P52A 2IENA 1HIIA 3HLOA 5P8EA 5P59A 4L7JA 5HU1A 5P4HA 5P82A 4Y36A 1GKTA 3T7XA 3URJA 3UHLA 5P5MA 4QJ2A 4NPTA 3ECGA 3N4LA 5P18A 4EXHA 5P8KA 5P8GA 4ZIPA 5OYQA 3FSMA 3JVYA 4OBKA 3T11A 2WEZA 1IZDA 4ER2E 3RTHA 1N49A 4S1GA 3PHVA 4BEKA 3ZL7A 1Z1RA 3O9EA 3SA7A 3NU5A 3H0BA 3QRSA 3R0YA 1AVFA 3S53A 5P3AA 1ODWA 3LZSA 5DQ5A 2QU3A 3UQXA 2G1YA 5P2CA 4RZ1A 1HVRA 2ZJHA 4I1CA 2I4DA 5P5LA 5P88A 2JE4A 2FGVA 5P09A 5P3TA 5P2MA 5P5ZA 5P8AA 2I4XA 4YOBA 5P6ZA 4ACXA 2CEMA 5IS4A 3KMYA 1Z8CA 3TPJA 4I0ZA 5P3NA 5P45A 3Q4BA 4QJ6A 2AZCA 4TRWA 5P6NA 1K6CA 3PLDA 1YG9A 3PVKA 3M9FA 3KMXA 2ZJNA 3T6IA 2O4LA 5I70A 3OXVA 4LL3A 3UDMA 5DGUA 3ZKNA 4J1EA 3HD8A 4M8YA 1OEXA 1IZIA 1FG8C 4DH6A 2V13A 2I1AA 2BPVA 4FM6A 5P0IA 2F3FA 5P69A 4FE6A 5P81A 3PBZA 4Q1YA 1FQ8A 2SAMA 1T6EX 2RKGA 5P61A 5OYUA 3SO9A 5ENKA 1HWRA 3VUCA 4FAFA 2MIPA 4X2LA 5P8MA 3D1YA 3EL1A 3IVHA 5P1GA 5ISKA 4Y3FA 4Y5EA 1HVKA 4K4PA 5ER1E 4Y5CA 9HVPA 2PSGA 1LEEA 4U7QA 4HZTA 1BV9A 2V11C 3GI4A 1UH7A 3KDCA 1D4KA 5P6UA 4OBHA 3UDKA 3D3TA 1ODYA 1BVGA 2ER7E 1HIHA 1K6PA 2PH6A 4LXAA 3QRVA 4I0EA 4Z4XA 4A6BA 2EWYA 5P4ZA 1ZSFA 2XFJA 3D20A 3B80A 4QGIA 4Y3PA 4RRSA 5P34A 3VFAA 1PROA 2VJ9A 5P2ZA 4Y4DA 4CPWA 3CMSA 4DJRA 1EBYA 3HVPA 4DJYA 2P3DA 3QRMA 1KJ7A 4XX3A 4DV9A 4Y56A 2B42A 2VA5A 4J54A 2FDEA 3L3AA 4NJTA 3S43A 4ZPGA 1HVCA 3CKTA 5P1FA 2VIEA 1TSUA 3BGBA 3OGPA 5P7EA 4DQFA 5DR8A 1DAZC 4I8ZA 1IZHA 5IE1A 1BIMA 1ER8E 4RYGA 3KN0A 5OYSA 3INEA 5P5SA 3UQPA 1BXQA 4EYRA 4Y5AA 3INHA 3L5DA 2WF0A 1MT8A 4PPHA 4Y4JA 4CP7A 2P8HA 3UFNA 1XL2A 5UPJA 4HEGA 4CPSA 5ENMA 3TPPA 5DR4A 5P6JA 3PRSA 4J5JA 1YTHA 1NPWA 2XYFA 5OZ2A 2ER0E 4TVHA 3LHGA 2FLEA 1EC2A 1WBKA 5P8IA 4Y4ZA 4J0PA 5P6CA 4DPIA 3KFPA 4LHHA 3FIVA 4J0ZA 5P36A 5I3YA 5P8CA 1B11A 3VFBA 4LAPA 5P7MA 5P1LA 2VNMA 5P3UA 3GI5A 1T7IA 4Y48A 2AOIA 4ZEAA 3OAGA 4EJDA 1AJXA 1BV7A 1B5FB 3Q70A 5P54A 3O9LB 1EPQE 3VV8A 4EXGA 2QD7A 2J9KA 3TKGA 3RTMA 5OZIA 5P1KA 2B7ZA 5P5WA 5P3GA 5I3XA 2ZHUA 1LS5A 2B7FA 2VJ7A 5OZTA 2OHLA 1QBUA 4R95A 3LIVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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