3LPJA

Structure of bace bound to sch743641
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Piperazine sulfonamide BACE1 inhibitors: design, synthesis, and in vivo characterization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 108
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpjA02
4Y5MA 2QI5A 1K6PA 1A94A 1HWRA 4I0ZA 5AHCA 5TOLA 3SABA 1NPWA 3N3IA 5P1OA 5P6SA 5P86A 3PVKA 3UFLA 2FIVA 3Q70A 5P5OA 5P11A 1Z1RA 2QD8A 3BUFA 5P0NA 2QU2A 5P8TA 4FM7A 6APRE 5P6CA 4Z4XA 4XXSA 3ECGA 4KE1A 2P3BB 1APWE 1WBKA 2IEOA 4J1IA 1BBSA 1ZBGA 3GGUA 4LC7A 5P50A 1FLHA 1MIQA 2PQZA 5P3CA 5P3LA 2FXDA 5DQ5A 5P6KA 1F34A 1AAQA 3LZVA 4RVJA 1SMRA 3KYRA 3OHHA 3OXCA 5P77A 4DJVA 5C9BA 5P3OA 5P3BA 3NUJA 1FIVA 1IDBA 3PLLA 4OBZB 2WHHA 3K1WA 5DR0A 1HIVA 2G1OA 4U8WA 3C9XA 5P8LA 1GVVA 1IVQA 1BXOA 5P5MA 3IVHA 4RYCA 3AUPA 3OXWA 4Y5KA 3KMXA 1C6YA 1TSUA 3U7SA 3IN4A 5OZ3A 1HEGE 4GJCA 5P2CA 5DQ2A 4FS4A 3L5FA 5P8UA 1AXAA 5P36A 2QI6A 4CPXA 1QS8A 2AOEA 3GI4A 5P82A 3KFPA 1ZLFA 4GIDA 5HE4A 3A2OA 5P7BA 4QJ7A 2PSVA 4PEPA 3SQFA 5P4BA 3UDRA 1M4HA 4YOBA 5P1RA 3LZYA 1QBRA 1G6LA 4ZSQA 5P5GA 5P1LA 3L59A 4I8WA 1HVRA 3VLAA 5P2AA 4M8XA 5P4XA 3IXKA 5P0CA 2I4QA 3KF0A 1YTIA 2PH6A 2PSUA 1B6KA 4HVPA 3TOGA 4F76A 4J17A 5HU0A 4TRWA 5P80A 1D4KA 5P07A 4NJSA 1FFFC 4Y3JA 5P5EA 5P1KA 2R38A 3HVGA 4FSLA 3TNEA 3R0WA 4I0IA 3O9LB 4E43A 4H1EA 3IGBA 3LITA 2BPVA 3CKRA 4EJDA 4Y5CA 1MVPA 2F3FA 3KDCA 5P6WA 5C9FA 1E81E 4PZWA 1FQ5A 4Y4ZA 5P78A 4K8SA 3L58A 5P12A 1FMUA 2F81A 4XX4A 5P0YA 3IA9A 4B1EA 1MUIA 2I4UA 2RMPA 2OHMA 3QP0A 5OZQA 3QIHA 3Q6YA 5P0WA 5P68A 4F75A 4Y3MA 1TCXA 1A8KA 2FXEA 3OUDA 2QD6A 3CKPA 4QGIA 2V00A 2AODA 3SLZA 3L5EA 4J54A 3NDTA 5P4VA 2B42A 4ZPGA 4YDGA 2VIJA 4IVSA 4Y3NA 5IVTA 4RGHA 3KDBA 3JW2A 3GI5A 3LZSA 5P5AA 5ISJA 1FG6C 1SP5A 1ME6A 4R95A 4DJYA 5P3XA 1FQ6A 2G22A 1W5YA 2ZJIA 2WF1A 4KE0A 2O4NA 5HDVA 5P0FA 3HW1A 3WB5A 2ER7E 2SAMA 5OZNA 3S43B 1QRPE 5ISKA 1W6HA 3I2LA 4YBIA 1HXWA 3T7XA 3CIBA 4ZLSA 5P6RA 5P4RA 5P7KA 4APRE 1W5XA 2QAKA 4EJKA 2F3KA 3WB4A 4EHCA 4LHHA 5P7WA 5OZ4A 1W5WA 3MXEA 4WY1A 5P2SA 3BRAA 2FDDA 1W5VA 1ZSRA 5P1MA 5P70A 1FQ4A 1RPIA 1ZPAA 1C6XA 3OUCA 5P8VA 5P4EA 2P3BA 1B11A 3PMUA 2O4KA 5P46A 5P6HA 4I12A 5OYZA 5EZXA 5OZPA 2WEZA 4DJUA 4FLGA 1LEEA 3UPJA 4Y48A 4GJDA 3B7VA 3QI1A 2QI1A 5KR8A 4JPCA 5P0VA 2HPFA 4OBZA 3KN0A 1KJHA 3QBHA 1GVWA 2PK5A 4Y4GA 1ODWA 4RRSA 5P20A 3UDKA 5P2YA 5P04A 3LIXA 5OZUA 3JVYA 4MC6A 3JVWA 1HXBA 1MTRA 4DFGA 5P25A 5P7CA 5P3UA 5COOA 1BVEA 1VIJA 4Y3XA 1BDQA 5P3SA 3CMSA 4WTUA 4FAFA 5P0MA 1GNOA 4I11A 4AZYA 4B78A 4DJXA 3LPJA 3D1YA 5OZ1A 2J9JB 3PMYA 1HTFA 3FSMA 3QRSA 5OZ2A 2BJUA 4Y43A 3O9DA 4HDFA 4K9HA 5P0LA 5P2WA 3FKTA 5P84A 1HRNA 5P87A 3ZOVA 1G2KA 2AVSA 3TTPA 1ZP8A 2RENA 2HS2A 5OZFA 2G20A 5P0XA 5P63A 2QK5A 2O40A 5P6IA 5P8IA 5P35A 4GJ8A 5P7FA 1M0BA 2JXRA 3S53A 4L6BA 4Q1YA 5P47A 3ZKGA 5C9DA 1EPRE 5P6BA 2AOGA 1HEFE 4TRZA 2G27A 2Q11A 5OYTA 3OADA 1YM2A 1K2BA 5P7OA 1FB7A 5P7GA 4Y5BA 4CPWA 2UPJA 2ZJJA 3OAGB 3QS1A 4K4RA 3CYXA 2B7ZA 3KT5A 1QDMA 5P1CA 3Q5HA 2NPHA 4EQ0A 5HDUA 2G1NA 5OZSA 3QVCA 2FS4A 2P3CA 4MC2A 1F7AA 5KR1A 2BKSA 4NKKA 4QJ6A 2R5QA 2R3TA 1M43A 5P06A 4GZFA 5P6NA 3UFNA 5P0UA 2WF2A 3KFNA 4Y41A 2QI7A 3K4VC 3OQ7A 3I8WA 3ZPTA 2QZLA 4COEA 5OZDA 5OZKA 3CYWA 1GKTA 2WF3A 1J71A 1IVPA 3O9GA 5IVRA 1LS5A 1D4LA 1K2CA 4Y44A 5P3NA 5P4YA 5P2TA 3VV6A 1CMSA 3DOXA 1TCWA 2VNNA 5DQ4A 2QNQA 5P7HA 2ZJLA 3NU5A 3RTHA 3HAWA 4DQCA 5OZ7A 2WECA 1K1TA 4NPUA 3WSJA 2FMBA 3S43A 4Y5NA 4UPJA 1ZSFA 4FM8A 5P2OA 5P28A 1MEUA 3NR6A 5P8KA 1PSNA 2R9BA 4RROA 5P0EA 3GI0A 1HTGA 3URIA 2AZ9A 2WKZA 1A8GA 1RL8A 5P4NA 5JFPA 4ZPFA 1IZHA 5P0GA 4PHVA 4Y56A 5P5QA 3O9EA 4FSEA 2AZ8A 5P0RA 3GGXA 3QBFA 5HE5A 3EM4A 3M9FA 4OBJA 4Y6MA 3NDXA 4GJ5A 2ZJKA 3I7EA 5P7IA 1MRWA 3S7MA 3MXDA 3VYDA 1QBUA 4AA8A 5P4TA 4Y47A 5AH8A 3UQRA 5P09A 2Z4OA 1HIIA 2IQGA 5P05A 1HVHA 5P4PA 4H3FA 1XL5A 1KJ4A 2F8GA 3PB5A 3VCMA 5P74A 5IVQA 4Y4EA 2ZHTA 5P4HA 3DCKA 5P7ZA 5F01A 4GJBA 3OQDA 3I25A 4B1DA 2AVMA 2VNMA 3PSGA 4LL3A 4Y4WA 5OZCA 2OHSA 5P1IA 5P8NA 1WKRA 3HBOA 3EBZA 3TPLA 4EJ8A 3S56A 1CPIA 5P0HA 3OUAA 3DM6A 3VG1A 5P22A 4OBFA 2ZHSA 4MC1A 3SA7A 5OZ5A 1E80E 5P1WA 5P3QA 3HAUA 2HM1A 2CEMA 5P67A 4BFDA 5OZ9A 4EP3A 5P7SA 2Q55A 3CIDA 1EC1A 5P48A 4J1HA 2PMAA 1DPJA 2BKTA 5P69A 1UH9A 2NXDA 4HA5A 3PI5A 5P1HA 4D89A 1LYBA 4ER2E 2OHUA 1BV9A 5P8EA 1G35A 3BVAA 5P6EA 4Y45A 3LIQA 5AGZA 3VF5A 2OF0A 4L7JA 2QNNA 4OD9B 4N00A 3BGCA 4AMTA 7UPJA 4ZSRA 3D91A 3LZUA 3ZKIA 5P0KA 3G70A 3UHLA 3URJA 4LP9A 2AVQA 5P6LA 3T7QA 4DJQA 1ODXA 5P1YA 5P6ZA 3LIZA 1SMEA 5P3HA 4IVTA 1HOSA 1PFZA 5P01A 4Y3YA 2BB9A 2AZBA 4D88A 5AH6A 1PPLE 5P5RA 2AOIA 4DQEA 5P2MA 2XYFA 3UQXA 2QI4A 5P37A 4S1GA 5P1UA 4YA8A 3EM6A 1XN3A 2V11C 3LINA 5OYUA 3APRE 3PBDA 4LXAA 3O9FA 5P7MA 1EPOE 4ACUA 3TPJA 3SACA 2Q63A 3D1ZA 3SA4A 1FEJC 5P5KA 5AH7A 5P88A 5UPJA 1UH7A 4FCOA 1XE6A 1APVE 3PLDA 3UDQA 4NJUA 3O99A 5KQFA 1APUE 4U7VA 1KJFA 4Y4TA 4EP2A 5SXNA 2RSPA 3R1GB 5P24A 1SBGA 5P3PA 5P6XA 1RQ9A 4YHQA 5P66A 5P4ZA 1IZIA 1G0VA 3ZLQA 2G1YA 2FDPA 3SA9A 3TLHA 4YD5A 5P00A 3OU1A 5P4QA 3KFSA 5P61A 3D1XA 3K4VA 3O9CA 5P1XA 1UH8A 5P8SA 4I10A 5OYVA 2R43A 1BILA 1MESA 2A4FA 3OUBA 4H3IA 1EBWA 3VFBA 2ZYEA 4J1CA 1A9MA 3L5DA 5P8CA 4YE3A 2P8HA 5P3JA 4GJ9A 5P5PA 3ZKQA 2AOCA 5JFUA 4A6CA 5P6GA 4K4PA 4B00A 3KT2A 2ZHRA 1HPXA 3PBZA 5P2IA 4JPEA 5P30A 1YM4A 3BUGA 2I4DA 3MSJA 1BIMA 5SY2A 3VF7A 4EYRA 2AOJA 5ER2E 3R2FA 5P5BA 3GGVA 3T6IA 3OQAA 1DW6C 2OHRA 1GNNA 2H6SA 3DJKA 4L1AB 2EWYA 1GNMA 4Y5PA 5P49A 3WZ8A 1BXQA 3K5DA 1Z8CA 4ACXA 5P5DA 2MIPA 5OZ0A 1RNEA 5P7EA 2P83A 5P8MA 5P8HA 5P7XA 5ENMA 4QLHA 1BWAA 3PSUA 1ODYA 5P6QA 5P2NA 5P8DA 3OU4B 4RVIA 3SM2A 4OBGA 3SPKA 4Y4AA 5P0JA 5P5SA 1T7JA 2VJ9A 5P6VA 4QJ2A 3OGPA 4Y36A 4Z50A 2O4SA 4OC6B 5P8JA 4BEKA 1PSOE 5P8PA 2ER9E 3TL9A 1B5FA 2VA6A 2QZWA 2OHPA 4CPQA 4Y5GA 4FM6A 2PC0A 3G72A 4ZSMA 4I0HA 5PEPA 3S7LA 4Y3DA 3AIDA 3OWNA 2O4PA 2QCIA 3VYEA 3NU6A 1T6GA 3O9HA 1B6LA 5P57A 5P08A 1LYWB 3VSWA 3D20A 3VF3A 5P0BA 3SKGA 4Y3HA 4Y37A 2ER0E 4ZSPA 1KJ7A 1B6MA 5P03A 1EC3A 3ZKSA 4JOOA 4TVHA 4JECA 4B0QA 4Y4XA 4Y9WA 3S54A 3KA2A 4OD9A 3S2OA 5P0QA 3URLA 3ZMGA 1FGCC 2ZHUA 5OYWA 2QNPA 4B05A 1D4SA 2WEBA 2UXZA 1QBSA 1FQ8A 4RVXA 4YOAA 5P2LA 1BAIA 2HB2A 5P5HA 3RTMA 4Y3ZA 2WF4A 1IDAA 2PH8A 5COKA 1HPVA 5HVPA 1NSOA 1T6EX 1HIHA 2ZE1A 2FGUA 5P8AA 5I3WA 2G24A 3OXXA 2G69A 4DJOA 5P42A 5P8BA 4TRYA 3PWWA 4Q1XA 4B77A 5P3DA 1IIQA 4DUSA 5HE7A 5OZ6A 5P4CA 4Y3AA 5P5XA 4ZE6A 3L3AA 5P8FA 1ER8E 4LXKA 2BPZA 3SA6A 5IS4A 1FG8C 1LYAB 1OD1A 5DGWA 5P65A 4DQBA 3TH9A 4I0FA 4Y3WA 4AUCA 1AVFA 2ANLA 5P2EA 1BV7A 4EWOA 2VA5A 4FE6A 5P52A 2ER6E 3OXVA 3H0BA 3UTLA 1K1UA 2NNKA 3N4LA 4GYEA 1E82E 2G21A 3EL5A 3QRVA 2AVOA 1PPME 1EC0A 5HCTA 1HPSA 1SIVA 5P2GA 5P16A 3UF3A 3IXJA 5P53A 5BS4A 5HD0A 3INEA 5P8OA 3VSXA 4R93A 5CONA 5P4LA 4PYVA 3WZ6A 2QMFA 5P2UA 4DV9A 1QBTA 4R5NA 5P4WA 2B60A 4HEGA 5P4FA 3OHFA 3TOFA 3O9LA 4HLAA 4D83A 4NPTA 4TVGA 5HDZA 2NNPA 3L5CA 3QVIA 5OZIA 4Y5AA 5KR2A 2NXMA 5P76A 2NMYA 2QI3A 3L38A 3QAAA 4Y35A 5P38A 4L1AA 4Y50A 5OZZA 1EBZA 1W6IA 5P41A 4D85A 2P4JA 4Y5EA 3INHA 2G26A 3DK1A 4B1CA 5OZWA 5P8GA 1ZTZA 4M8YA 5KQZA 5P23A 2I4VA 5P1TA 3F9QA 4H3GA 5P4SA 4KB9A 2HB3A 3S85A 5BWYA 3ZPUA 4Z22A 3EXOA 2IS0A 3PSYA 1FF0C 2AOFA 2WF0A 3OU4A 5P6AA 5OYQA 2XFIA 1EPNE 1HVSA 5P44A 2WJOA 5P13A 1XL2A 3FNSA 1SH9A 1NPAA 5AHAA 1GVTA 3EM3A 2AVVA 2XYEA 5P43A 1TW7A 1HVKA 4K4QA 5P15A 3EKXA 5CLMA 3T3CA 4OC6A 5KAOA 3ER5E 2ZHVA 3NWXA 4Y3QA 4LBTA 4LAPA 3Q3TA 2IDWA 1MPPA 2AZCA 3HLOA 5OZBA 3MSLA 2IGXA 5P1SA 5DR1A 5P7YA 3H5BA 3TKGA 5P1BA 4FIVA 1PROA 2QD7A 2ZDZA 4ZEAA 5P4AA 1XS7D 4YD6A 3OTSA 1SGUA 1HSHA 4Q1WA 3PWMA 4ER4E 1AIDA 5OZAA 2BPYA 1DMPA 2BPWA 3PCZA 5P79A 2Q5KA 2VJ6A 5SY3A 2OHLA 1BDRA 4F74A 3Q4BA 4J0VA 1Q9PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5M A;  2QI5 A;  1K6P A;  1A94 A;  1HWR A;  4I0Z A;  5AHC A;  5TOL A;  3SAB A;  1NPW A;  3N3I A;  5P1O A;  5P6S A;  5P86 A;  3PVK A;  3UFL A;  2FIV A;  3Q70 A;  5P5O A;  5P11 A;  1Z1R A;  2QD8 A;  3BUF A;  5P0N A;  2QU2 A;  5P8T A;  4FM7 A;  6APR E;  5P6C A;  4Z4X A;  4XXS A;  3ECG A;  4KE1 A;  2P3B B;  1APW E;  1WBK A;  2IEO A;  4J1I A;  1BBS A;  1ZBG A;  3GGU A;  4LC7 A;  5P50 A;  1FLH A;  1MIQ A;  2PQZ A;  5P3C A;  5P3L A;  2FXD A;  5DQ5 A;  5P6K A;  1F34 A;  1AAQ A;  3LZV A;  4RVJ A;  1SMR A;  3KYR A;  3OHH A;  3OXC A;  5P77 A;  4DJV A;  5C9B A;  5P3O A;  5P3B A;  3NUJ A;  1FIV A;  1IDB A;  3PLL A;  4OBZ B;  2WHH A;  3K1W A;  5DR0 A;  1HIV A;  2G1O A;  4U8W A;  3C9X A;  5P8L A;  1GVV A;  1IVQ A;  1BXO A;  5P5M A;  3IVH A;  4RYC A;  3AUP A;  3OXW A;  4Y5K A;  3KMX A;  1C6Y A;  1TSU A;  3U7S A;  3IN4 A;  5OZ3 A;  1HEG E;  4GJC A;  5P2C A;  5DQ2 A;  4FS4 A;  3L5F A;  5P8U A;  1AXA A;  5P36 A;  2QI6 A;  4CPX A;  1QS8 A;  2AOE A;  3GI4 A;  5P82 A;  3KFP A;  1ZLF A;  4GID A;  5HE4 A;  3A2O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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