3LZSA

Crystal structure of hiv-1 crf01_ae protease in complex with darunavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzsA00
2HIZA 5OZ9A 5P4GA 1SBGA 3ZOVA 5AHBA 4J1EA 1B6MA 3LIYA 5P73A 5P2JA 4Y56A 1SMEA 4AA8A 2ZJJA 3OUDA 4JP9A 5P1FA 4EXGA 2QI7A 2O4NA 3S43B 2ZJLA 4RZ1A 5P1EA 1HSGA 4AZYA 4M8XA 5P82A 1UH7A 4Y4XA 5P4CA 1LYWB 2QNNA 4RGHA 1BV7A 1EAGA 3WZ8A 3OHFA 4I8WA 4OBKA 5P07A 3IVIA 4FM6A 4Y35A 4Y3LA 5P6TA 4CMSA 4QJ7A 3BUFA 5IVQA 1BAIA 4I8ZA 4GJ9A 5P1SA 5ER1E 2I1AA 4EPJA 1PROA 3VFBA 4Y3TA 2Z4OA 3L5DA 4N00A 1ODXA 4Y3HA 3L3AA 4LC7A 5DGWA 3ZPTA 2MIPA 4PHVA 3FNSA 3EKWA 3S43A 5OZXA 4ZIPA 3IVHA 3TOFA 3MSKA 4DQGA 4KE1A 5P5MA 3S56A 3L5BA 3OAGB 1LYWA 4A4QA 4JPCA 1U8GA 5OZDA 4LAPA 1FQ4A 2IENA 4Y51A 3AUPA 3ZPUA 1APWE 1ZTZA 2HS1A 2RMPA 2Q63A 1HTRB 1GVUA 2QI3A 5OZ5A 5P3RA 4CPUA 1C70A 5OZCA 4DQEA 3IAWA 5OYRA 2WEDA 5P3GA 5P63A 5P7CA 2WF2A 2G1SA 3OQ7A 2QMPA 1ZSRA 5P0LA 5P52A 2NR6A 2P83A 3UDNA 3VUCA 2QD8A 3T3CA 3T6IA 4M8YA 4Y3NA 3OTSA 3ZPSA 3EL0A 2QZKA 3OAGA 5P0AA 3OXWA 1W51A 3SPKA 5P2YA 5P1CA 4IVSA 4QGIA 3OQDA 4H3FA 3S53A 5P6IA 3F9QA 2VA6A 2JXRA 3TOGA 1TZSA 3HVGA 2FDPA 3CIBA 3EKYA 5I70A 1GVVA 3T7QA 1DPJA 3NSHA 5P0CA 2QMFA 2Q15A 4F76A 5P4VA 1RL8A 2NXMA 1EC0A 2AZ8A 3EMYA 2F3FA 5P56A 3IA9A 3ZKQA 3URLA 2ZGAA 8HVPA 1GVTA 4ZSRA 5P4NA 4FLGA 2FXEA 5P1YA 3HBOA 4CP7A 3EL4A 5P1JA 2ER9E 5P4ZA 1XL2A 2ZE1A 5CONA 4EQ0A 2VJ6A 2QI0A 3NU5A 5P6QA 4Y5CA 5P6JA 1W50A 1EPNE 3PEPA 5P57A 4GZFA 3DJKA 3PMUA 5P15A 1UH8A 1HSIA 4ER4E 2FMBA 3IXKA 1ZAPA 5OZYA 3FNUA 4APRE 4EJKA 2V0ZC 5P7AA 3MSJA 2IS0A 4KB9A 3WSJA 4Y39A 2AVOA 5P0WA 5P7LA 4H3JA 4FE6A 5C9DA 1HSHA 4RROA 1FQXA 2G69A 4EP2A 5P7KA 5P4FA 5P8RA 2I4XA 2FNSA 3PBDA 4Y4BA 2O4PA 3PCZA 3VYEA 5P0IA 2HPFA 5P1HA 5P1NA 5DR4A 4EWOA 3R0WA 5AH7A 1K6CA 3UHLA 2PWCA 1J71A 1PPME 5P4UA 2R5QA 1XN2A 4K8SA 5P1XA 5P6AA 5P8HA 3HAWA 3O9BA 5HU0A 2I0AA 3UQXA 4Y4DA 2NXLA 4GJDA 5P2HA 1TQFA 3KT5A 5HDZA 5P2KA 4CPXA 1MSNA 1A94A 4DFGA 3EKPA 1HIHA 2G1NA 2XFJA 5P8JA 4L7JA 4GB2A 4U7QA 4Y43A 2IRZA 3M9FA 4ER1E 3QAAA 2CEJA 1HXBA 2PK5A 3BC4A 5COKA 5P5GA 3U7SA 2BPWA 3SA6A 5P3HA 2CEMA 2B8VA 3PSUA 5P8LA 2G94A 5KAOA 5P4MA 2I4VA 4H3IA 4FSLA 5P4IA 4Y3JA 4FAEA 1MIQA 4RVXA 3RTMA 3D1ZA 4EJ8A 3KYRA 5P6KA 2NPHA 1PPLE 2AVVA 4B1DA 4QJ9A 5P5HA 4RRSA 4Y3XA 3GI4A 3QN8A 5P23A 1EPME 3NU9A 3DCKA 2AVQA 3VSWA 1HVCA 1AZ5A 3OQAA 4YD6A 3QRMA 3I2LA 3TOHA 5OZBA 2OHSA 1T7KA 4DUSA 5P2GA 3BUGA 3EC0A 2P3DA 3IN4A 1MVPA 5P4XA 5P0QA 4QJAA 5P1VA 5P1MA 5P28A 3OK9A 2QHYA 2BPYA 5P1DA 4J54A 2NNPA 3R2FA 3DV1A 3OWNA 1B5FB 5P4HA 4TVGA 5P41A 4Y5AA 5P54A 5P3DA 3EM4A 1HTEA 5P1AA 4FS4A 4Y6MA 3HLOA 5OYSA 5P36A 1EBWA 5DR0A 3Q3TA 4Y3SA 5P6SA 3RVIA 5AHCA 5T4SA 2O40A 3ZKIA 1DIFA 4AA9A 3LIVA 2RKFA 5P30A 4XX4A 4Z50A 5OYUA 4I0JA 3INDA 2QHZA 3JVWA 1IVQA 1YTJA 1QRPE 2BBBA 2I0DA 2PH6A 5COOA 3IN3A 3CICA 2HPEA 3RTHA 3EKTA 2BKSA 5OZ1A 4ZPEA 1AVFA 5P5IA 1VIJA 4RYGA 5HD0A 1HPXA 1ZPKA 4CKUA 1B5FA 1EBZA 2V10C 1HXWA 1IBQA 2ZYEA 5P8VA 3NXNA 2B7ZA 4FIVA 5P0PA 3SM2A 3QROA 5P31A 5DR3A 3KDDA 5P8BA 2PSUA 3SA8A 1Q9PA 2FGVA 2ZDZA 4OC6B 3B80A 2ZHTA 4Y4GA 5P0MA 5P7BA 1W6IA 5OZAA 2R5PA 1Z1HA 4ZPGA 5P5TA 2RKGA 2NMZA 1HVLA 3O99A 3GI0A 4DQHA 1ZBGA 2BKTA 4I0GA 1RPIA 4DQCA 4CPTA 4B0QA 2QMDA 2R3TA 2QZWA 2XFKA 5P48A 5P46A 5KR2A 1MTBA 4PZXA 3KT2A 1E81E 5P3ZA 2IL2A 4J1HA 2WF0A 3EXOA 4RRNA 3SM1A 3OUBA 4NKKA 1W5XA 1SGZA 4FSEA 5P87A 4ZEAA 3G72A 3QS1A 1AM5A 3OU1B 5IVTA 3LZYA 2AQUA 4HE9A 2QI4A 1FQ6A 2QZLA 3SQFA 5P83A 4B05A 3PWMA 3PHVA 4LXMA 2P3AA 4HVPA 3PGIA 5HCTA 4DJQA 4J0TA 5TOLA 1HVKA 5P4JA 5HTZA 4OC6A 1B6LA 1KJGA 3I8WA 3NR6A 4Y4JA 2HS2A 4Y3FA 3HD8A 5IVRA 1SDVA 4Y36A 5P7QA 2BB9A 5P4AA 1EC1A 5P5YA 1ZJ7A 1SDUA 3I6OA 3DOXA 3K5CA 2PC0A 5P6EA 4FM7A 5OZ4A 5P72A 4ZPFA 4RVJA 4J1FA 3Q4BA 5SY2A 2VJ9A 3DK1A 4Y3ZA 1ODYA 5P6WA 1LEEA 2V00A 4K4PA 4XX3A 3OQKA 4PEPA 5E5JA 2APRA 1ODWA 3LINA 2V12C 3OU1A 4ZSMA 1FIVA 2AZ9A 1MSMA 1LYBB 4Y5BA 4Y50A 1OEXA 4MC2A 3NDUA 3KFSA 3KM4A 4R92A 3PWWA 3PSYA 1EC3A 4WY1A 4HDBA 1WBKA 1C6XA 4L1AB 3KFRA 4Y5LA 5P2XA 2NTRA 4Y3EA 4R5NA 2IKUA 3INFA 4DJUA 3SKFA 4D88A 5P0FA 1AXAA 1APTE 5P70A 1APVE 2WEAA 5P40A 1ENTE 3HZCA 4XXSA 4J0PA 5P7PA 3BUHA 1XE6A 5P5VA 5P02A 5P6UA 5P2NA 2AOHA 5P6XA 2BJUA 4Y4UA 5P1UA 4LXKA 4GJAA 1SIVA 3PM4A 4YCYA 2IQGA 5P7WA 2PQZA 2UY0A 5P19A 5P1BA 1VIKA 3KMXA 1LYBA 5PEPA 5P3JA 2OHPA 5OYQA 5P27A 4I0FA 5OZQA 3K1WA 3O9EA 5P3WA 5AH6A 5P6OA 5BS4A 1D4JA 5JFPA 4L1AA 1MUIA 5P0SA 1MPPA 2ER7E 4B77A 5P8TA 5P0EA 2V16C 2ZJMA 2NMYA 5HDUA 3EL1A 1HVJA 3WZ7A 5P71A 3BVBA 5P5ZA 3B7VA 4Y3RA 3WB5A 4I0HA 2I4UA 2ZHVA 1BDLA 2B8LA 4Y44A 4NPTA 1D4KA 5P1TA 5P3BA 5P0GA 1HVIA 5OYVA 5P3PA 4YD4A 1UH9A 4FRIA 3NU6A 4HLAA 4LXAA 4Z22A 1F7AA 1C6YA 4A6BA 1EBKC 5P29A 1HBVA 5P01A 3K4VA 5SY3A 1XS7D 3O9FA 5P2LA 6UPJA 1LF4A 3VG1A 3G70A 4TRZA 5P5KA 4BEKA 3H0BA 2ZHUA 5ISJA 2QHCA 3O9CA 3D91A 5P1RA 4Y3MA 4I10A 1EPQE 5P7OA 4Y3WA 3OU4B 5P5EA 2WJOA 5OZIA 1EEDP 2ZJKA 4OBZB 2ER6E 5P6MA 5JODA 5P5NA 5P5AA 5P74A 5P7UA 1M43A 1EPOE 3SO9A 4F73A 5P4LA 1QBRA 2G21A 5P2IA 4Q1WA 4BELA 4S1GA 1FG6C 4L7GA 4DJVA 3UQPA 3SACA 5P3TA 2VIEA 2QNPA 1CPIA 4NJTA 4Y48A 4DJXA 4FRJA 1MRXA 3MWSA 5P17A 1RQ9A 5KR8A 5JFUA 2VIJA 1XN3A 4J17A 5SZ9A 4Y37A 4Y45A 5P33A 3HAUA 3UPJA 2UXZA 4HZTA 5P08A 3NDXA 1TCXA 5P0VA 5P5BA 3OU4A 2UPJA 5P8KA 5P59A 4OBZA 4WY6A 4ZE6A 3TPJA 2ZHSA 5OYWA 5OZZA 1BXQA 5P0BA 4D89A 5KQXA 2QZXA 2FS4A 1MT8A 3TPPA 3VV7A 3S7MA 4RLDA 3D20A 1ZP8A 2FIVA 5AH9A 1NPAA 2VJ7A 3NUJA 3DM6A 2AIDA 1BVGA 4TRYA 4Y9WA 1FLHA 3UDRA 3OUCA 2V11C 5P2MA 3FIVA 1BWAA 5P5SA 3RSXA 4I0EA 4Z4XA 5P4TA 3I25A 4MC9A 1M0BA 5P22A 2QCIA 3EL9A 5ENKA 1T3RA 1KJ7A 1NPWA 4R91A 2ER0E 2P8HA 5P84A 3GI6A 1HVSA 1B6JA 3QRSA 5P2ZA 4ZSPA 2BPXA 5P7EA 3NWQA 3NDTA 1JLDA 3Q5HA 3KMYA 3SFCA 5P6CA 1BXOA 5P6GA 1D4IA 4JECA 1D4HA 5P2SA 5P3YA 1TCWA 4F75A 3QP0A 1AAQA 4ER2E 4I0ZA 3ZKSA 3U71A 4GYEA 5DPZA 1BIMA 1KJ4A 2G27A 1IZDA 5P20A 4Y4ZA 4FCOA 4QJ6A 3QVIA 3R4BA 4LHHA 3PRSA 3VLBA 2AOGA 4YOBA 3PCWA 3GGAA 3OGPA 2EWYA 2AOCA 3TPLA 1IDAA 5FIVA 1PSNA 3UF3A 5P7FA 3K4VC 4Z2ZA 2WF1A 5P49A 2JE4A 2BPZA 4AUCA 5P03A 3K5GA 2NXDA 3QVCA 4B78A 3LIQA 5P65A 5P7MA 2BPVA 2FXDA 4QJ2A 5P0DA 5P35A 1DP5A 5P8QA 1G2KA 4NJSA 4FGXA 3LZSA 4Y5EA 5P0OA 3O9DA 4GJ7A 2ZJIA 4Y41A 4I0DA 5P7DA 4GJ8A 2PMAA 3ZKXA 3GGVA 3O9AA 2J9JA 3ER5E 2HM1A 1B11A 3TNEA 1DMPA 2PSGA 4YD7A 5P0XA 1KJHA 5HU1A 1IVPA 5P6DA 3L38A 4EQJA 2OHNA 5P89A 4J0VA 5P4YA 4AMTA 5P6VA 5P60A 5OZ8A 2HAHA 5IS4A 1GKTA 5P6HA 3NXEA 4BFDA 3NU4A 1BWBA 1HEFE 1HVRA 4U7VA 4Y54A 1LYAB 2VIZA 4EJDA 3H5BA 5JG1A 1HEGE 4NJUA 3ZKNA 3NYGA 4XKXA 2R9BA 5P67A 2OHKA 4YD5A 1K2CA 5P4DA 4JOOA 4FRKA 5OZMA 5P6LA 5IE1A 2PSVA 5P53A 2FNTA 1T6EX 1SIPA 3VCMA 5P61A 3SAAA 1NPVA 5ENMA 3PB5A 4R95A 1W5YA 3UCBA 1SH9A 2AZBA 1LF3A 2B7FA 5DR1A 2SAMA 4K4QA 2AVMA 2I4QA 5P79A 3VF5A 3ER3E 4OBHA 1MERA 5P0HA 5P8OA 3FV3A 1DAZC 3TLHA 2VA7A 5P8EA 4PZWA 2QI1A 5HVPA 7HVPA 3VF7A 1D4SA 2XYEA 5OZWA 1B6PA 5BWYA 3BGBA 2VNNA 5B18A 1SP5A 4L7HA 1LYAA 5P5LA 2OHLA 4DI2A 4Y3AA 2B42A 5P0TA 3D3TA 1AJVA 2QMGA 1QBSA 4OBGA 3LPIA 5P7XA 3VFAA 5P04A 2F81A 1FGCC 1FFIC 2QD7A 1N49A 4H1EA 3PMYA 2OHMA 3NUOA 1WBMA 5KQYA 3CMSA 3LITA 2QI5A 2QK5A 4EJLA 1HRNA 3KF0A 5OYYA 5P7VA 3UDJA 4EP3A 3UDQA 5OZKA 5P34A 3BXSA 3SA4A 4J1KA 4RYCA 5KR1A 4YCTA 2AODA 5P6BA 5OZ7A 3SA5A 1FQ8A 2IGYA 2P3BB 4Q1NA 2F3KA 3QPJA 5E5KA 3MXDA 4Q1YA 2JJJA 2QP8A 2WL0A 5P3IA 2QI6A 3O9IA 5P2QA 5P3MA 2H6TA 1AJXA 1CZIE 3QRVA 5HDVA 3KA2A 2A4FA 1ZPAA 5OZ6A 1HOSA 3BRAA 5P6ZA 5P8AA 2WEZA 3NLSA 4TVHA 4COEA 2WECA 1MT9A 4D83A 3VYDA 2IEOA 4J0ZA 4H3GA 5OZ0A 1IZEA 3BHEA 3RSVA 1K6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HIZ A;  5OZ9 A;  5P4G A;  1SBG A;  3ZOV A;  5AHB A;  4J1E A;  1B6M A;  3LIY A;  5P73 A;  5P2J A;  4Y56 A;  1SME A;  4AA8 A;  2ZJJ A;  3OUD A;  4JP9 A;  5P1F A;  4EXG A;  2QI7 A;  2O4N A;  3S43 B;  2ZJL A;  4RZ1 A;  5P1E A;  1HSG A;  4AZY A;  4M8X A;  5P82 A;  1UH7 A;  4Y4X A;  5P4C A;  1LYW B;  2QNN A;  4RGH A;  1BV7 A;  1EAG A;  3WZ8 A;  3OHF A;  4I8W A;  4OBK A;  5P07 A;  3IVI A;  4FM6 A;  4Y35 A;  4Y3L A;  5P6T A;  4CMS A;  4QJ7 A;  3BUF A;  5IVQ A;  1BAI A;  4I8Z A;  4GJ9 A;  5P1S A;  5ER1 E;  2I1A A;  4EPJ A;  1PRO A;  3VFB A;  4Y3T A;  2Z4O A;  3L5D A;  4N00 A;  1ODX A;  4Y3H A;  3L3A A;  4LC7 A;  5DGW A;  3ZPT A;  2MIP A;  4PHV A;  3FNS A;  3EKW A;  3S43 A;  5OZX A;  4ZIP A;  3IVH A;  3TOF A;  3MSK A;  4DQG A;  4KE1 A;  5P5M A;  3S56 A;  3L5B A;  3OAG B;  1LYW A;  4A4Q A;  4JPC A;  1U8G A;  5OZD A;  4LAP A;  1FQ4 A;  2IEN A;  4Y51 A;  3AUP A;  3ZPU A;  1APW E;  1ZTZ A;  2HS1 A;  2RMP A;  2Q63 A;  1HTR B;  1GVU A;  2QI3 A;  5OZ5 A;  5P3R A;  4CPU A;  1C70 A;  5OZC A;  4DQE A;  3IAW A;  5OYR A;  2WED A;  5P3G A;  5P63 A;  5P7C A;  2WF2 A;  2G1S A;  3OQ7 A;  2QMP A;  1ZSR A;  5P0L A;  5P52 A;  2NR6 A;  2P83 A;  3UDN A;  3VUC A;  2QD8 A;  3T3C A;  3T6I A;  4M8Y A;  4Y3N A;  3OTS A;  3ZPS A;  3EL0 A;  2QZK A;  3OAG A;  5P0A A;  3OXW A;  1W51 A;  3SPK A;  5P2Y A;  5P1C A;  4IVS A;  4QGI A;  3OQD A;  4H3F A;  3S53 A;  5P6I A;  3F9Q A;  2VA6 A;  2JXR A;  3TOG A;  1TZS A;  3HVG A;  2FDP A;  3CIB A;  3EKY A;  5I70 A;  1GVV A;  3T7Q A;  1DPJ A;  3NSH A;  5P0C A;  2QMF A;  2Q15 A;  4F76 A;  5P4V A;  1RL8 A;  2NXM A;  1EC0 A;  2AZ8 A;  3EMY A;  2F3F A;  5P56 A;  3IA9 A;  3ZKQ A;  3URL A;  2ZGA A;  8HVP A;  1GVT A;  4ZSR A;  5P4N A;  4FLG A;  2FXE A;  5P1Y A;  3HBO A;  4CP7 A;  3EL4 A;  5P1J A;  2ER9 E;  5P4Z A;  1XL2 A;  2ZE1 A;  5CON A;  4EQ0 A;  2VJ6 A;  2QI0 A;  3NU5 A;  5P6Q A;  4Y5C A;  5P6J A;  1W50 A;  1EPN E;  3PEP A;  5P57 A;  4GZF A;  3DJK A;  3PMU A;  5P15 A;  1UH8 A;  1HSI A;  4ER4 E;  2FMB A;  3IXK A;  1ZAP A;  5OZY A;  3FNU A;  4APR E;  4EJK A;  2V0Z C;  5P7A A;  3MSJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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