3LZYA

Crystal structure of endothiapesin in complex with xenon
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Old acquantance rediscover: use of xenon/protein complexes as a generic tool for SAD phasing of inhouse data
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzyA01
2WF3A 3S43B 5P2ZA 3KFRA 2I4VA 1LEEA 4Y5BA 5IE1A 2H6SA 4Y4GA 5P82A 4FSLA 2PC0A 5OZEA 2NPHA 2P3BA 3A2OA 5HVPA 3AUPA 5P3AA 2XFKA 5P03A 4JOOA 1ZPAA 1FMBA 4OBJA 5OZQA 5OYRA 2B7ZA 4ZSMA 4DJXA 4FRKA 1ZAPA 3UDPA 5P56A 4GJCA 7UPJA 3SA5A 2QZWA 3KA2A 3QIHA 3PMYA 2PYNA 5TOLA 4JPCA 3NU9A 5P6MA 1HTGA 2IL2A 4I1CA 3DOXA 4F73A 5OZ6A 1GVVA 5P87A 5P5MA 5AH7A 5P5FA 4R91A 4Y3XA 4JECA 5P76A 2WEBA 5P6KA 5P41A 5P5RA 5P3SA 4A4QA 2XYFA 4YD4A 3NWQA 3NR6A 4Y5GA 5P1HA 1SMRA 4XKXA 5P25A 2MIPA 4AUCA 3LZUA 3OADB 4Y4ZA 5P13A 1B11A 3IN4A 5P37A 5P6CA 2Q64A 1QBSA 5P6TA 1FQ6A 1M43A 4FIVA 4B78A 3Q3TA 1EPLE 3TPPA 2V13A 5P0AA 3QRMA 2AVQA 5P83A 3UDNA 1MVPA 1KJ4A 3LZYA 1XL5A 1T7KA 5P22A 3EM4A 3UDMA 5OZWA 5OZ4A 4Y35A 4EP3A 4Y38A 4ZSRA 4EJKA 5P8LA 2ZJKA 5DR3A 1AXAA 5OYQA 5P1RA 2AOCA 5P79A 1NPWA 2WF0A 5P20A 4Y4AA 4R95A 5P6RA 3G72A 5DQ5A 2G1NA 3PMUA 3F9QA 4EWOA 5P2TA 4I8WA 4DV9A 4ER2E 4QLHA 3TKGA 5P0KA 5I3YA 4OD9B 4Y3DA 2ZJMA 1FQ5A 2B7FA 5P5EA 1HVHA 1BAIA 5P8NA 1HVLA 2QZLA 3VEUA 1ZTZA 3ZKMA 5P1BA 2O4PA 2VA5A 2R9BA 3L5DA 4Y3JA 2ZHTA 1T3RA 4RYCA 5P44A 2NMYA 1GVXA 4ZSQA 2ER6E 2ZJNA 5ENKA 2P3CA 4Y3ZA 5P7WA 1FQ7A 2ZJLA 1C6XA 1KJGA 5P0PA 3O9EA 4Y5KA 5COOA 3FKTA 1HIIA 1DAZC 3VYDA 2JJJA 1BBSA 2AZBA 3QI1A 4ACXA 2RKGA 3PM4A 2PMAA 2Z4OA 3OXXA 1ENTE 5JODA 3OUCA 2AOEA 2QD6A 4DQEA 5P2AA 3ZOVA 4Y3GA 2BPVA 5P8EA 4J1FA 4Q1NA 4HZTA 5CLMA 3L58A 1SDTA 2FMBA 3OU3A 3NU5A 5P5KA 4KE0A 2I4XA 5PEPA 5KR1A 2QD8A 3VCMA 1K1UA 1K2CA 1CPIA 2V11C 4Y3YA 3SO9A 5P1DA 4E43A 3DCRA 4MC9A 1DIFA 3BGBA 3KN0A 3R4BA 1IDBA 5P2WA 3D3TA 3H5BA 2OF0A 4Y58A 2ZHUA 1JLDA 5P3MA 4XXSA 4J1CA 2UY0A 1BILA 3HVPA 5P88A 4FE6A 3KDDA 1MESA 1FFFC 4GJ5A 4RVIA 5P7BA 2SAMA 1UH7A 4Y3FA 2AVOA 5P3JA 5P31A 3UQPA 4HDPA 5P42A 5P1NA 5P7QA 1LYAB 1LYBB 2JXRA 4AMTA 5P60A 4EJDA 5P2LA 2G22A 3G70A 1RPIA 2PH8A 4R5NA 5P7SA 1RQ9A 1TW7A 3O9GA 3VF3A 4ZSPA 1DMPA 5P3XA 4MC2A 5P80A 3GGUA 4DH6A 3R1GB 5P10A 3IA9A 4Y53A 2VNMA 5P59A 1HSHA 2G1YA 3EL0A 5HTZA 5P15A 3MSLA 3NU6A 4K4QA 3RSXA 3UTLA 4X7IA 3LINA 5P52A 4WTUA 3EL1A 3OAGA 5P28A 5P54A 1FG6C 3O9DA 4YHQA 3IXKA 1LS5A 5P3ZA 3QRSA 4ZE6A 5P27A 3O9BA 3KDCA 1SH9A 3SM1A 1IDAA 5P6AA 5KOQA 1K1TA 1M4HA 4Y4DA 5OZ1A 1A30A 5P3OA 2PH6A 3UQRA 1BVGA 2ZJIA 5HU1A 2QCIA 4J0YA 4QJ2A 5OZXA 3FNUA 1NPVA 1XL2A 4NPUA 4I0GA 3S56A 1UH9A 2QHZA 2QAKA 4EPJA 4YDFA 4NKKA 3ZL7A 3HDKA 2BPXA 5P7TA 5P00A 4YDGA 5P7MA 2I0DA 5P8TA 2B42A 1D4LA 5P3QA 5P57A 3L5BA 4ER1E 3K5DA 1QBRA 4ZIPA 4J1HA 3LPIA 5P2BA 3CKPA 4MC1A 1WBKA 5P5DA 3EKXA 1FEJC 3O9LA 3WB5A 1IZHA 4DJYA 1DPJA 1BDLA 5P61A 2APRA 1APTE 5P3PA 1AJXA 5P7KA 2IRZA 1DP5A 3EKTA 3LIZA 5P6XA 3EKWA 2FXDA 2ZHRA 5P5AA 5P6BA 3URLA 5P1YA 3DV5A 4CPWA 1HVSA 2QZXA 4Y5NA 3DM6A 5P53A 5ER1E 5P84A 3PSGA 3TOFA 4APRE 5P4ZA 4H3JA 5P1MA 5P2SA 4GJ8A 5P3TA 1SDUA 5OZTA 3TLHA 3TPLA 4DQGA 4Y3MA 5P4MA 1MT7A 5P8QA 4Y41A 1MERA 3TOGA 3UFLA 3R0WA 3PLLA 3D91A 3PWWA 2OAHA 3IVHA 2IDWA 5OZIA 3S8IA 5HDVA 1IBQA 1BWAA 5P3UA 4OBGA 2OHPA 2ZDZA 5C9DA 1APUE 1LYWA 1ZBGA 4GJ7A 5OZUA 1FIVA 2V10C 3UQWA 1XN2A 1EC0A 5P7OA 4EYRA 1FF0C 5P0WA 1Q9PA 5HE7A 5P2RA 3QROA 5P04A 1BXQA 1HSIA 4LXKA 2WEAA 5P7JA 2AZ8A 1ZJ7A 4AA8A 5IVSA 2O40A 3S85A 2IKOA 5OZKA 2RENA 4HDFA 5P8RA 5P1QA 4FAEA 2IS0A 4LHHA 5JFUA 1MT9A 2PSUA 4Y4WA 4EXGA 3U71A 3MXDA 4L7HA 5P23A 5DQCA 3IXOA 3UDKA 5HD0A 1ER8E 5P4IA 5OZJA 3VSXA 4X2LA 4Y39A 4K9HA 3EL4A 2JJIA 3OUDA 5P7ZA 3S45A 3D1XA 3URIA 5I3XA 2AOIA 5P4NA 3H0BA 3WZ6A 5P40A 1D4YA 2XFIA 4EXHA 4HA5A 4HVPA 5P8CA 4OBZB 3SA7A 3LIQA 5P11A 2HC0A 4M8XA 1BV7A 1PPKE 4FAFA 4GJAA 4I0HA 5P2CA 3R0YA 4Y5MA 1EC1A 5P3HA 5P51A 3VYEA 3ER5E 5P2QA 1ZP8A 5DQ4A 2QMPA 4DI2A 3QN8A 2NNKA 3O9HA 3CICA 3NDXA 3BHEA 5KAOA 3EL9A 4GJDA 2F3EA 4D88A 3ZKIA 4Y5CA 4FCOA 3TOHA 1T7IA 1META 3KT2A 1BDQA 2AOHA 5B18A 3VF7A 5P01A 3DUYA 1HVKA 5P0CA 2HPEA 4PEPA 2Q55A 3O9LB 1AJVA 1FLHA 5I3WA 1W50A 2VJ6A 1MT8A 5HCTA 1CMSA 4CKUA 5P2VA 3KFPA 4U7VA 5UPJA 5OYXA 3LNKA 4RGHA 3CIDA 5P18A 5P5CA 5P16A 1CZIE 4DPFA 4CPUA 4Q1YA 4Y3RA 3BUGA 4WY6A 2WL0A 5KR0A 1PSAA 2I1AA 5P6SA 3I6OA 2ZHSA 5P1OA 3PLDA 3OU4A 5P4JA 3NDWA 3EKQA 3QP0A 2FNTA 4HE9A 4I10A 3WSJA 4Y3TA 3ZKXA 2G24A 5OZ9A 3PEPA 1HTRB 4B00A 1ZPKA 5P45A 5P85A 1HEFE 1MRXA 5P8AA 3VLAA 2QK5A 2WEZA 2BB9A 5F00A 5OZCA 4F75A 2P8HA 1B5FA 1GVUA 5OZ3A 4PPHA 5P2FA 2FLEA 1B6JA 3IAWA 5P2NA 4CPSA 2J9JA 1HVRA 5COPA 3RTNA 3GI5A 3QAAA 2I4DA 5OZLA 3NU3A 2O4NA 2PWCA 1E81E 2IGXA 5DR7A 4B72A 2ZHVA 5CONA 3SKGA 2G94A 5P7GA 2VA7A 5P75A 1D4HA 1K6VA 4H3IA 4I0EA 4B77A 8HVPA 2O4SA 4I11A 3BXRA 3ZPSA 5P1CA 4Y3WA 5KQYA 2XFJA 1AAQA 3L5CA 4DJRA 5ISJA 5DQ1A 5OYUA 5P6QA 3LIVA 4U7QA 4Z2ZA 4LBTA 1GVWA 5EZXA 4GYEA 1GNOA 1HPVA 1XE6A 5P70A 3OQKA 1FQ8A 4LP9A 5OZ2A 5P7UA 6APRE 1BDRA 2J9KA 3NSHA 2CENA 1OD1A 3CKTA 5DGWA 5IVQA 5KR2A 3PWMA 5T4SA 4QJ6A 3GGVA 3SA3A 2VIEA 1EPRE 2FDDA 5IVRA 5P4DA 3QS1A 1G35A 1HTFA 4I0DA 5P81A 2Q11A 4UPJA 4L6BA 5OZYA 5P1XA 5P2HA 4Y5EA 5P4OA 1HPOA 3L38A 3RU1A 2IQGA 2NXDA 2ER7E 2RSPA 4J0PA 3FX5A 4J1IA 5P1LA 1SGZA 3SM2A 5DR0A 5P1UA 4EHCA 3SABA 5P7CA 2ER0E 5P6UA 5OZFA 2QI7A 3SA9A 3NDUA 4J55A 4Y9WA 3PGIA 3INHA 5OZNA 5P05A 3EC0A 5BWYA 2QP8A 3OGQA 2HB4A 5HDZA 1EAGA 5P07A 3VLBA 3OWNA 5KQZA 4YCYA 3LPJA 5P50A 2Q63A 1RV7A 5KQXA 3D1YA 5AHBA 5P6IA 3RVIA 2FGUA 4KUPA 1FQ4A 1SP5A 4LXAA 1FFIC 3QVCA 2P3BB 1NSOA 4LXMA 3BC4A 3KDBA 4GJBA 5P3LA 5BS4A 3UQXA 5KQFA 5P3WA 4EJ8A 4XX4A 3SACA 4WY1A 3OXCA 4OBDA 1SMEA 5P8SA 3UFNA 3LHGA 3DCKA 5P4UA 3EL5A 3Q70A 5AHAA 3FIVA 3OK9A 3OTYA 2WHHA 3OTSA 3DV1A 3EM6A 4B0QA 3IXJA 3SA4A 2AOGA 4Y3HA 3WZ8A 1XN3A 4ZPGA 2J9JB 5P63A 2QHCA 4MC6A 5SZ9A 5P78A 1VIJA 4FRSA 3O9IA 5P5YA 1FB7A 5P55A 2AIDA 5P0ZA 1T7JA 3BXSA 4Y3AA 3GI6A 1PFZA 3OQAA 1IIQA 3HLOA 2NNPA 2BBBA 3INFA 2P83A 1HSGA 2B8LA 2CEMA 5AHCA 1TCWA 4DJPA 5JFPA 3PI5A 3C9XA 4F74A 4Y54A 1SIPA 3NUJA 3TPRA 4DQHA 4CMSA 4AZYA 5OZMA 5JG1A 3VF5A 4DJVA 3KFNA 5P4KA 5P0EA 4JPEA 5P4XA 4ZPFA 1IVQA 1FQXA 4S1GA 5P6GA 5P36A 3NUOA 2PSGA 5P29A 4Y4EA 5P3KA 4FRJA 2V00A 4QJ7A 1EC3A 4Y43A 5P2MA 5P6LA 1A9MA 5P68A 5P1TA 2WEDA 5P1WA 2Q3KA 3GGXA 2HB2A 5P7HA 3UQUA 3S2OA 4KE1A 5P7DA 1VIKA 2WF1A 5P6JA 2F81A 1MIQA 2HB3A 5OYSA 3FSMA 5OZZA 1EBYA 3CMSA 1BIMA 2NMZA 5OZPA 3RTHA 5AH8A 1HVJA 4HEGA 4Y4UA 3NXEA 1FMUA 3VSWA 5P5TA 5OZOA 4B1CA 1K6CA 1D4IA 3T7XA 4FSEA 1APWE 4YD5A 5P3EA 1AVFA 3I8WA 1ODWA 5HDXA 5P26A 2QHYA 3PB5A 5P17A 1APVE 4XX3A 3O9AA 4ER4E 1K6TA 3QBFA 1W5WA 2PK5A 2WKZA 3CIBA 1MUIA 2FGVA 2OHMA 1EPNE 1SIVA 4D85A 4H1EA 5P8VA 4RRNA 3OHFA 2G1OA 1M0BA 1UPJA 5OZBA 5P0BA 4TRYA 4J1EA 1SGUA 2QI4A 5P5BA 3TPJA 4A6CA 2F3KA 3VUCA 4YOAA 1FMXA 5P6ZA 1HWRA 4CPTA 5P8HA 3ZKNA 4U8WA 2QMGA 2BPZA 4YBIA 3KMYA 2HS2A 2G20A 4J1KA 5P8GA 1PSNA 5P3VA 3PBZA 5P09A 1B6LA 1HTEA 4GB2A 2FDPA 5P2DA 3CKRA 1W5YA 1EPME 5SY2A 3PBDA 3FNSA 4B05A 1TQFA 3L3AA 3UDJA 2O4LA 5AH9A 4FRIA 4OBKA 2I4WA 5DPZA 9HVPA 4ZEAA 2RKFA 4HLAA 3VFBA 3SPKA 1G0VA 5AH6A 1E82E 4LL3A 4Y3LA 5P8MA 1OEWA 1T6GA 5P1JA 3QRVA 4QJ8A 1HXBA 4B70A 5KR8A 3U7SA 1PROA 1U8GA 4BELA 5E5JA 5OZSA 1MTBA 1HHPA 4TVHA 4Y4XA 3JVYA 1KJ7A 2V12C 3UDRA 3PJ6A 5P0MA 1Z8CA 3T3CA 4YD7A 5P2OA 1WKRA 3ZKQA 2Q54A 1HEGE 3O9FA 5P1IA 4EQ0A 4Y48A 3MWSA 4Y3NA 5P1FA 3BGCA 5P2YA 2BKSA 5OZ7A 5P5WA 3UDHA 5P8JA 4GJ6A 3VG1A 5OYYA 1LF3A 4A6BA 2UXZA 1W51A 3BUFA 3OAGB 2WF4A 5P8DA 5P4FA 5P0UA 3OADA 2ZGAA 4Y3SA 3NLSA 5P3DA 3PCWA 5P4PA 5P6VA 5P1ZA 3ZKGA 3NDTA 3TTPA 5P4CA 1BXOA 2AVVA 5P6FA 2NXMA 1A8KA 4PZWA 3I7EA 5P4SA 3BVBA 2OHRA 2ZYEA 5P0SA 5P8IA 2JE4A 2G1RA 3SA6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF3 A;  3S43 B;  5P2Z A;  3KFR A;  2I4V A;  1LEE A;  4Y5B A;  5IE1 A;  2H6S A;  4Y4G A;  5P82 A;  4FSL A;  2PC0 A;  5OZE A;  2NPH A;  2P3B A;  3A2O A;  5HVP A;  3AUP A;  5P3A A;  2XFK A;  5P03 A;  4JOO A;  1ZPA A;  1FMB A;  4OBJ A;  5OZQ A;  5OYR A;  2B7Z A;  4ZSM A;  4DJX A;  4FRK A;  1ZAP A;  3UDP A;  5P56 A;  4GJC A;  7UPJ A;  3SA5 A;  2QZW A;  3KA2 A;  3QIH A;  3PMY A;  2PYN A;  5TOL A;  4JPC A;  3NU9 A;  5P6M A;  1HTG A;  2IL2 A;  4I1C A;  3DOX A;  4F73 A;  5OZ6 A;  1GVV A;  5P87 A;  5P5M A;  5AH7 A;  5P5F A;  4R91 A;  4Y3X A;  4JEC A;  5P76 A;  2WEB A;  5P6K A;  5P41 A;  5P5R A;  5P3S A;  4A4Q A;  2XYF A;  4YD4 A;  3NWQ A;  3NR6 A;  4Y5G A;  5P1H A;  1SMR A;  4XKX A;  5P25 A;  2MIP A;  4AUC A;  3LZU A;  3OAD B;  4Y4Z A;  5P13 A;  1B11 A;  3IN4 A;  5P37 A;  5P6C A;  2Q64 A;  1QBS A;  5P6T A;  1FQ6 A;  1M43 A;  4FIV A;  4B78 A;  3Q3T A;  1EPL E;  3TPP A;  2V13 A;  5P0A A;  3QRM A;  2AVQ A;  5P83 A;  3UDN A;  1MVP A;  1KJ4 A;  3LZY A;  1XL5 A;  1T7K A;  5P22 A;  3EM4 A;  3UDM A;  5OZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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