3M9FA

Hiv protease complexed with compound 10b
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Epsilon substituted lysinol derivatives as HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3m9fA00
4R8YA 6FIVA 5OZVA 5P74A 2A1EA 4L7GA 1A8KA 1IIQA 2AVSA 5P0EA 4ZLSA 4BFBA 3O9HA 2I0AA 5C9DA 3SA3A 3APPA 2QHZA 1LF3A 2G1YA 1SIPA 2IENA 3NU6A 5P7WA 5P5YA 4DQCA 2NNKA 5P6QA 3WSJA 5P56A 5P4TA 3T3CA 4Y5AA 1FEJC 1TSQA 2FS4A 3CYWA 1QDMA 4X2LA 4Y43A 1VIKA 5P2WA 1BAIA 1ER8E 3H0BA 5OZ6A 3SO9A 3KYRA 5P8LA 3BHEA 1SH9A 4Y37A 2WF4A 4Y3DA 5P4XA 2ZJNA 1FQ7A 2ASIA 4PZWA 5P2YA 5P1KA 5P3RA 5P37A 4S1GA 1BDLA 3A2OA 3TOGA 1IDBA 2XFIA 4RVXA 3PMYA 5IVSA 5P7BA 5P7GA 5HE4A 2VIZA 4AZYA 2QMFA 1HHPA 2ER6E 5P07A 3EKXA 3NU9A 5OZ5A 3KT2A 5OZ7A 1CPIA 2QD8A 2J9KA 3I7EA 4IVSA 3PEPA 4Y5CA 4Y3AA 8HVPA 5P4UA 1NSOA 2OHNA 3NUOA 5OZ3A 5BRYA 5OYQA 4RCEA 5KQXA 2MIPA 4J0PA 5P28A 3D20A 1G2KA 5P5FA 4DQEA 4U8WA 2HS1A 3LZYA 3VEUA 5P7XA 1IVQA 3SABA 5P75A 3KA2A 3NDTA 3EKPA 4J1CA 4Y3LA 2R8NA 4J54A 5P42A 5P2LA 3RSVA 5P50A 5P55A 5COOA 1PROA 5OZ0A 2OHQA 2VJ6A 1IZIA 3TH9A 1MVPA 1G0VA 5P3QA 3CMSA 3Q4BA 5P05A 5P66A 5P61A 1IZEA 4K4RA 3LNKA 5P3XA 1HVHA 5AH9A 2FDDA 1WKRA 5P04A 5OZFA 4HDBA 3EMYA 4A4QA 4Y3EA 3VF3A 1JLDA 4QJ7A 2O4KA 5OZLA 3NU3A 4Y50A 1HTEA 5E5JA 2PQZA 2F81A 5P51A 5P6TA 5P4BA 4CMSA 4YA8A 2OHSA 2HB3A 4I0IA 5DQ5A 5P7EA 2QD6A 5P43A 3FNSA 3U71A 3UPJA 3QAAA 1M43A 3S8IA 3MSJA 5P8EA 1HIIA 5P5DA 1K6TA 1E80E 1BBSA 1OD1A 2AVMA 4ZSRA 5BWYA 1GVUA 4FM8A 1GVWA 4Y5BA 5PEPA 1IVPA 5P2UA 3PHVA 4Q1NA 5DR3A 2H6SA 1EBYA 4J0YA 3OU3A 1K1UA 5P1TA 5P6RA 2QI5A 3VG1A 2RENA 1SMEA 3KF0A 4R93A 3OXWA 2ZGAA 4FRKA 4FSLA 5P27A 3UDMA 3WZ6A 3PWWA 5P5TA 3O99A 3DM6A 4ZIPA 2R43A 2G1OA 1PPKE 3SA8A 3SA5A 2OHLA 5P0TA 2HIZA 3OXXA 3CKTA 4I0FA 4I10A 4B77A 2AZ8A 4JOOA 1UH9A 2ZHUA 1UH7A 3IA9A 2R5PA 5P7HA 4DFGA 1HIHA 4H3GA 2QNPA 5P8NA 3T7PA 2BPYA 4OBHA 5P3PA 4COEA 9HVPA 4NJVA 5HD0A 3GI4A 1EAGA 2G21A 5P00A 3VV6A 3TL9A 5P1RA 5P23A 5P3MA 3Q5HA 2AOIA 1FQ4A 4OBJA 2I4UA 1HOSA 1META 1EPOE 4LBTA 4OD9A 3N3IA 4GJ9A 4FRSA 3OHHA 4ZPGA 3TTPA 4D89A 4DJWA 5P1YA 5KR1A 3UTLA 5P7LA 5P3OA 2OF0A 5P6DA 2Q15A 2NTRA 1W6IA 3I8WA 5P3UA 4Y41A 1OEWA 1D4KA 4Y4UA 3FIVA 5P3IA 5P6XA 1NPAA 3MSLA 4HZTA 3OUCA 3KFNA 4F74A 4DQBA 3K1WA 4DUSA 2V16C 2G94A 4I0EA 3OADA 3PRSA 3LPIA 2JE4A 3HAUA 1MT8A 5P1QA 5OYZA 3OTYA 3INEA 4GYEA 4Y3GA 1E82E 5KOQA 4FRJA 4ZPEA 4L7JA 2BPXA 3AUPA 5P18A 1MEUA 2IGXA 5P1UA 3LPKA 3OK9A 5P3CA 4YD7A 2IGYA 3NR6A 5P4DA 5P4AA 2WEAA 5P6JA 1FIVA 1LYWA 3OU4A 5P4SA 1FKNA 4Y6MA 5P86A 1MTRA 2EWYA 3ZKQA 2RSPA 5P4IA 3PBDA 5P88A 2QP8A 2QI6A 2I4XA 2WKZA 1OHRA 3O9IA 1HTRB 4D8CA 5HE5A 3MXDA 5HVPA 3SACA 3S2OA 3EM3A 5SY2A 3TPRA 3EM4A 1B11A 5OYTA 5P5AA 5ISKA 5P15A 1FQ6A 4XX3A 2SAMA 3CICA 3NDUA 1M4HA 3EKVA 4Y3SA 5P6AA 1APUE 3ZL7A 3PWMA 4HA5A 4EWOA 4YCKA 4AA9A 4DH6A 3IXOA 3NSHA 2QAKA 2FGUA 1GNMA 3OTSA 1MT9A 5OZSA 3L58A 4CPQA 5P83A 3RU1A 5P6ZA 5OZYA 1FMBA 5OZPA 5P47A 4B00A 4RLDA 5P2RA 1BILA 1TCXA 4Y3QA 3UHLA 3HBOA 2B60A 3BXRA 4U7VA 1UH8A 2G1RA 5P8VA 4JPCA 5P0KA 2QI0A 4I11A 5P4ZA 5P2JA 3L5FA 2VKMA 3PSGA 5P8BA 1K6VA 3UQXA 1XDHA 3ZKMA 5P4WA 4QJAA 2BKSA 3F9QA 4ZSPA 1HPOA 5P8HA 1W5WA 3OADB 3WB5A 1FQ5A 4R95A 1ZP8A 2WF3A 2ZYEA 4YCYA 2NXMA 5P5IA 3PI0A 1CZIE 5P1XA 3VFBA 1FG6C 1GVVA 5P5MA 5P1DA 2F8GA 3JVYA 5P7JA 4IVTA 2P8HA 1YM4A 3L3AA 4GJ7A 1LYAB 5DGUA 4PHVA 2QZKA 3N4LA 7HVPA 3ZKSA 1XN3A 4RCDA 3FNTA 4PPHA 3EM6A 5P82A 2P83A 5P3YA 2V13A 2G22A 3S45A 1FF0C 4BEKA 1D4LA 1T6GA 5P1BA 4YOBA 3GI6A 4Q1XA 1FFIC 1YTGA 3URLA 2RKFA 5P1AA 2PSVA 3G6ZA 2VIYA 3PI5A 2NR6A 1RV7A 4RYCA 2VNMA 3U6AA 1K6CA 4Y3PA 3UDQA 3LIZA 3O9EA 5F00A 4Y4ZA 5P1IA 4HEGA 5P81A 4Z22A 4EP3A 4GJAA 1KJFA 1A8GA 1BXQA 1QBSA 3O9FA 3HVGA 4Y4AA 4ZSMA 5I3WA 1W5XA 1ZJ7A 4JP9A 4MC1A 3OOTA 2I4WA 3KMXA 1GVTA 5HCOA 3EKQA 1HBVA 4Y39A 5I3YA 4J17A 5P7CA 5P5HA 1IBQA 5OZQA 3OAGA 3MWSA 1EPME 3NU5A 5P4GA 2R38A 3O9AA 3VUCA 4NPUA 4EJKA 4K4PA 3GI0A 3SA9A 3H5BA 5P4OA 4GJDA 1D4YA 5DR1A 2HPEA 2F3FA 2PK5A 5P6EA 2P3CA 2QI7A 1SDUA 2VIEA 5P5EA 4DJYA 5OZWA 5P87A 3D1YA 4ER4E 4D83A 5P1JA 4FS4A 4OBFA 5KAOA 3L5DA 1QRPE 1HTGA 1ZPKA 1LZQA 5P68A 3UF3A 1BDRA 5P20A 4Z4XA 3ZKGA 1ME6A 3UFLA 2ZJJA 3HW1A 5DPZA 5P6HA 4GJ8A 2HPFA 2RKGA 3KDDA 3K5CA 3UDNA 3L59A 2XYEA 3PLLA 1MTBA 2BQVA 5C9FA 1BV7A 1PSAA 2WF0A 1EC3A 2QHCA 1YTJA 5P46A 1HVLA 5P3TA 5P5WA 4HDFA 2I4DA 2Q54A 4KB9A 2PMAA 1G6LA 5DGWA 5P2IA 5P4QA 5P02A 4Y51A 5P8RA 1A30A 5P79A 1B5FB 3BGCA 3L38A 4Y9WA 1FMXA 3CKRA 1FB7A 3UCBA 3OUAA 3EKWA 5P19A 3VYEA 2QZXA 1W50A 4HE9A 3WB4A 5P7TA 3D3TA 5P0FA 2G69A 2BKTA 5JFPA 4J1FA 4Y3HA 1ODWA 5P2HA 1T7IA 2FDEA 3BUFA 4RRNA 3UFNA 2QD7A 2VJ9A 5KQZA 5P4MA 3VLAA 5P13A 3HAWA 5OZEA 5P5NA 2FIVA 2I4QA 3QIHA 1ZSFA 4YBFA 3BVAA 5P2MA 1LEEA 5P7ZA 5P4KA 5KR0A 5P03A 3OAGB 4J1EA 5P0YA 4Y54A 1QS8A 3EL9A 3FX5A 2WEZA 5P5UA 4DJUA 2AVVA 2OHRA 5P3AA 4WY1A 1YX9A 3BRAA 3ZKXA 6APRE 1C6XA 1K2BA 2Q5KA 2G27A 3DOXA 2G20A 5HU0A 5P49A 2HAHA 4R91A 5SY3A 5P6GA 5P0PA 5P8QA 1G35A 5P32A 4GJBA 5P5JA 2IRZA 5P6YA 3TKWA 3O9BA 4TVGA 5P5SA 3IN4A 3T6IA 2NXDA 4KE1A 3INFA 4B05A 3EBZA 3Q3TA 1HVSA 3RTMA 5DQCA 4ZEAA 5OYXA 5HTZA 3PJ6A 4TRWA 3KFRA 5P4LA 2Q11A 3S43B 1EBWA 4TRYA 5P8PA 4Y4GA 4R92A 5P26A 5P7QA 3UQWA 5P2XA 1XS7D 4DJQA 5JG1A 4LXKA 2BPVA 4M8YA 5OZAA 3PB5A 2ZHSA 3PGIA 5P3KA 1MT7A 4Y3ZA 4YD4A 3ZKIA 2ER0E 1E5OE 5P33A 4GMIA 1ODXA 1ODYA 3KFPA 5P4VA 3TPLA 5J25A 4MC9A 3NU4A 4BELA 4Y5LA 2F80A 2VIJA 3IXKA 4Q5MA 2AOEA 2FDPA 4Y58A 1FLHA 2PYMA 1FGCC 3OXCA 4FAEA 4Y5GA 4RYGA 4Y35A 5P6VA 1YG9A 2NMYA 1B6KA 5P3WA 3TLHA 2I1AA 4NJTA 4AMTA 1K1TA 1C6ZA 3EXOA 4GIDA 3S85A 4Y56A 4J0VA 5P3EA 1K2CA 5OZHA 1PFZA 1HIVA 3EL5A 3BC4A 5AHAA 4APRE 4AUCA 1TSUA 2QMGA 1PPLE 4CP7A 1HSIA 5DR0A 4DV9A 1Q9PA 4Y3WA 4GJ5A 5P59A 5B18A 2HC0A 3LZSA 3PVKA 2QZLA 5KQYA 4HLAA 2J9JB 1EBKC 4YCTA 4NKKA 5ENMA 5P8DA 4DQHA 5AGZA 5P1GA 1EPRE 1DAZC 5P0ZA 5P1CA 4DVFA 1TCWA 5P6WA 5P67A 3HLOA 5P11A 3SPKA 3IXJA 1ENTE 5P3GA 3R1GB 1HVKA 4B0QA 3O9CA 5P65A 1WBKA 2IKOA 5E5KA 4YBIA 4EQ0A 3LIVA 4M8XA 3QBFA 2PH8A 4FLGA 2AOJA 4OBZB 3PWRA 4I0DA 5ER2E 1EC2A 4Y4JA 1HRNA 5P35A 5P1NA 4EP2A 3EL0A 5HDUA 5P5OA 2Q3KA 2V0ZC 3KT5A 4TVHA 4QGIA 1AIDA 5AHCA 3RVIA 4CPSA 3SM2A 4H1EA 5OYUA 3LZVA 2O4NA 5P58A 4Y53A 3OUBA 2PK6A 1LF4A 1C70A 4XKXA 5P1PA 2BJUA 2UXZA 4J5JA 3UDJA 2PC0A 2H6TA 3B80A 4NJUA 2G26A 4Q1WA 2G1NA 5OZCA 5OYSA 1ZTZA 1Z1HA 5HU1A 1FQXA 3ZPUA 4DPFA 5P53A 5P8KA 1RPIA 4UPJA 4E43A 4EHCA 1PSNA 5P5GA 2PWCA 1UPJA 3QI1A 5OYWA 3EC0A 4Y36A 1LYAA 5HDZA 2V10C 1EPNE 1IZHA 4U7QA 5P44A 5P5BA 1AJXA 4Y5EA 1T7JA 4Y3YA 3PCWA 5P3FA 2B7ZA 4DI2A 1SDVA 2CEMA 5DQ2A 4FM7A 7UPJA 3ST5A 3ZKNA 1MSNA 3DV5A 3MSKA 3BUGA 2P4JA 2R3TA 3SA4A 2QU3A 4B72A 3HVPA 4Y4XA 3K5GA 5P7PA 4B1CA 3S56A 1BWBA 2R9BA 3O9LB 4F73A 5EZXA 4FM6A 2ZHRA 4JECA 5P1HA 2WECA 3BVBA 3DV1A 5P10A 5OZUA 1YTIA 4FAFA 4HDPA 5P7KA 2NNPA 2ER9E 3KDCA 5P40A 2UY0A 2WEDA 1ZAPA 4Y45A 1QBRA 3EKTA 2B8VA 1MESA 2AZ9A 5P8JA 5DR4A 3M9FA 5P71A 1HVJA 1SP5A 2FXEA 2B42A 1HXBA 5P0NA 1YTHA 3PCZA 4PZXA 5P8IA 5P5VA 4RGHA 3NUJA 3D91A 3UDKA 5P0RA 5P08A 3BXSA 1SIVA 1MUIA 3QBHA 1HVIA 5FIVA 2O40A 5P2ZA 4YDFA 4TRZA 2VA6A 1KJGA 5P12A 4ACXA 3LIQA 5P41A 1YT9A 1SGUA 4JPEA 4J1KA 3ZPTA 1BWAA 2FLEA 5P0MA 2OHPA 2F3EA 3EKYA 1AZ5A 1NPVA 5OYRA 3FV3A 2NXLA 4Z2ZA 3GGAA 5P24A 1W5VA 4DQFA 4K9HA 1DP5A 3OGQA 4Y3MA 1EEDP 3NLSA 5P8SA 1AXAA 5P64A 2V12C 4B1EA 1PSOE 3IN3A 1GNNA 4Y5PA 4DJOA 2ZHTA 4WTUA 5P7UA 4HVPA 1B6MA 2BB9A 3NDXA 3PLDA 5P4JA 5AHBA 2PYNA 4WY6A 2P3DA 4L1AB 5P0CA 3RTNA 1LYBB 4MC2A 5P5LA 3TOHA 4FSEA 4DPIA 3OU1B 3OQ7A 4R5NA 4Y3JA 5HCTA 5OZGA 5P16A 1B5FA 5P3ZA 4EJ8A 3T11A 4I0ZA 4OC6B 3VCMA 3L5BA 3VF7A 3UDRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R8Y A;  6FIV A;  5OZV A;  5P74 A;  2A1E A;  4L7G A;  1A8K A;  1IIQ A;  2AVS A;  5P0E A;  4ZLS A;  4BFB A;  3O9H A;  2I0A A;  5C9D A;  3SA3 A;  3APP A;  2QHZ A;  1LF3 A;  2G1Y A;  1SIP A;  2IEN A;  3NU6 A;  5P7W A;  5P5Y A;  4DQC A;  2NNK A;  5P6Q A;  3WSJ A;  5P56 A;  5P4T A;  3T3C A;  4Y5A A;  1FEJ C;  1TSQ A;  2FS4 A;  3CYW A;  1QDM A;  4X2L A;  4Y43 A;  1VIK A;  5P2W A;  1BAI A;  1ER8 E;  3H0B A;  5OZ6 A;  3SO9 A;  3KYR A;  5P8L A;  3BHE A;  1SH9 A;  4Y37 A;  2WF4 A;  4Y3D A;  5P4X A;  2ZJN A;  1FQ7 A;  2ASI A;  4PZW A;  5P2Y A;  5P1K A;  5P3R A;  5P37 A;  4S1G A;  1BDL A;  3A2O A;  3TOG A;  1IDB A;  2XFI A;  4RVX A;  3PMY A;  5IVS A;  5P7B A;  5P7G A;  5HE4 A;  2VIZ A;  4AZY A;  2QMF A;  1HHP A;  2ER6 E;  5P07 A;  3EKX A;  3NU9 A;  5OZ5 A;  3KT2 A;  5OZ7 A;  1CPI A;  2QD8 A;  2J9K A;  3I7E A;  4IVS A;  3PEP A;  4Y5C A;  4Y3A A;  8HVP A;  5P4U A;  1NSO A;  2OHN A;  3NUO A;  5OZ3 A;  5BRY A;  5OYQ A;  4RCE A;  5KQX A;  2MIP A;  4J0P A;  5P28 A;  3D20 A;  1G2K A;  5P5F A;  4DQE A;  4U8W A;  2HS1 A;  3LZY A;  3VEU A;  5P7X A;  1IVQ A;  3SAB A;  5P75 A;  3KA2 A;  3NDT A;  3EKP A;  4J1C A;  4Y3L A;  2R8N A;  4J54 A;  5P42 A;  5P2L A;  3RSV A;  5P50 A;  5P55 A;  5COO A;  1PRO A;  5OZ0 A;  2OHQ A;  2VJ6 A;  1IZI A;  3TH9 A;  1MVP A;  1G0V A;  5P3Q A;  3CMS A;  3Q4B A;  5P05 A;  5P66 A;  5P61 A;  1IZE A;  4K4R A;  3LNK A;  5P3X A;  1HVH A;  5AH9 A;  2FDD A;  1WKR A;  5P04 A;  5OZF A;  4HDB A;  3EMY A;  4A4Q A;  4Y3E A;  3VF3 A;  1JLD A;  4QJ7 A;  2O4K A;  5OZL A;  3NU3 A;  4Y50 A;  1HTE A;  5E5J A;  2PQZ A;  2F81 A;  5P51 A;  5P6T A;  5P4B A;  4CMS A;  4YA8 A;  2OHS A;  2HB3 A;  4I0I A;  5DQ5 A;  5P7E A;  2QD6 A;  5P43 A;  3FNS A;  3U71 A;  3UPJ A;  3QAA A;  1M43 A;  3S8I A;  3MSJ A;  5P8E A;  1HII A;  5P5D A;  1K6T A;  1E80 E;  1BBS A;  1OD1 A;  2AVM A;  4ZSR A;  5BWY A;  1GVU A;  4FM8 A;  1GVW A;  4Y5B A;  5PEP A;  1IVP A;  5P2U A;  3PHV A;  4Q1N A;  5DR3 A;  2H6S A;  1EBY A;  4J0Y A;  3OU3 A;  1K1U A;  5P1T A;  5P6R A;  2QI5 A;  3VG1 A;  2REN A;  1SME A;  3KF0 A;  4R93 A;  3OXW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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