3MSKA

Fragment based discovery and optimisation of bace-1 inhibitors
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mskA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mskA02
4HEGA 1UH8A 3LPJA 1DPJA 4GJ9A 4Y3GA 5P3GA 5P7CA 2UXZA 5P49A 4RVXA 4DPIA 3SA5A 1K6PA 5P0FA 4Y5EA 3ER5E 4DQFA 5SY3A 5P76A 3FSMA 3S2OA 2ASIA 3HAWA 3VYFA 3C9XA 3OXVA 5DQ1A 3K5DA 5P86A 3NXEA 5EZZA 5OZEA 5P3JA 5P3VA 5P79A 5DR1A 4J1CA 5P4QA 1QBRA 1G0VA 2PC0A 5P2UA 4TVHA 4FRSA 5COKA 3SACA 9HVPA 1G6LA 5P6SA 3VF7A 2QI0A 4S1GA 5P66A 3TPJA 4Z50A 4ZE6A 5OZ0A 5P0CA 4ZSRA 2V12C 4XXSA 4CPXA 4EJLA 2RKGA 2QD7A 5P4KA 2HB2A 4J0ZA 1HXBA 3HW1A 5P4FA 3PBDA 5P2HA 2MIPA 5SXNA 4I10A 5P4NA 5P1BA 2O40A 4DQGA 5P1YA 5P65A 2QMGA 1DW6C 3OU1A 1N49A 1PPKE 4FM7A 5AH9A 2H6SA 2NPHA 5OZ3A 3APRE 5P4EA 4FM6A 4JOOA 5OZ6A 5P52A 5P7YA 2AZ9A 4I0GA 4B77A 5IVSA 4D88A 4EP2A 1A94A 3K1WA 1ZPAA 2ZJHA 4LXAA 2PH6A 3HAUA 5P0UA 3JVWA 3L5EA 4HDPA 3SA7A 1GVTA 4U7QA 2QHCA 4QGIA 4Y51A 4Q1WA 3LZUA 4ZPFA 5P01A 1LYWB 5AHCA 5P7MA 1GNMA 2VIYA 4JPEA 5P67A 5P0SA 1IZDA 2JXRA 2P3AA 1BDLA 1SGUA 5P06A 3CIBA 3O9BA 3EM3A 2B8VA 3NU5A 1BDRA 3S7LA 4N00A 3SM1A 5P4XA 1MEUA 2V16C 4OC6A 1KJGA 2PWRA 3BXRA 4Z4XA 4FS4A 2HB3A 2IS0A 1J71A 3PMYA 3MSLA 4J55A 5OZGA 5P0RA 5P1XA 4QJ9A 3WZ7A 3OAGA 3R0YA 4GJCA 4BELA 5P51A 3QS1A 5P7AA 3VFAA 2BB9A 5P5OA 4ER2E 1NPWA 1MTRA 3R2FA 4B00A 4NJSA 4RRSA 2O4LA 2I4DA 1W5WA 4DJXA 4XX3A 3AUPA 4Y4UA 3KMYA 5EZXA 2WHHA 5P32A 3TTPA 4FAEA 4YA8A 4YDFA 2QCIA 3H5BA 1BVGA 2OHKA 3R4BA 1K6VA 3DJKA 4CPWA 4NPTA 2WF2A 3SO9A 5P40A 1B6PA 3OQDA 1QBUA 5OZBA 1AM5A 2B42A 4Y3DA 2BPVA 5P5UA 3H0BA 4EXHA 1YTGA 3KFNA 1SMRA 2ER7E 3ZLQA 3UCBA 3D20A 3OTSA 4RLDA 3SM2A 3NSHA 1SDUA 4Y5GA 1WBKA 3Q70A 3D1ZA 3EKTA 3EL1A 2A1EA 3QN8A 2VA7A 3OUCA 3UDPA 3O9AA 5BRYA 5P2OA 5P3NA 2I4VA 4OBDA 3UDYA 4Y4BA 4Y4TA 3NR6A 3PSGA 4GYEA 2IGXA 1D4IA 4CKUA 3D1YA 5P3KA 5P4TA 4Y3XA 3VF5A 3ZPUA 5P3SA 1EBWA 4CPSA 1IZIA 1A30A 2HPFA 5P6LA 4Z2ZA 5P6NA 2QU2A 1WBMA 3MSJA 3WSJA 5OZNA 1HIVA 3BUFA 1MIQA 3GGXA 5P4ZA 5P6FA 5P78A 5P15A 3CKTA 1D4LA 2QU3A 2SAMA 4ZSQA 5P0EA 5BS4A 2FGUA 1HSIA 1MPPA 2AOGA 3OQKA 4B1EA 1HVJA 4YD5A 4ZIPA 1EPOE 5P3OA 5P6WA 4YOAA 5P0GA 4PPHA 5CLMA 4ZSMA 3G70A 3O9LA 1XN3A 2OHQA 3LIZA 3JW2A 5P2FA 4AZYA 1C6ZA 1HEGE 3UDMA 1BXOA 5P61A 5P5MA 2ZHTA 3WZ8A 2R5QA 3RVIA 1YTJA 3EM4A 3INEA 1IBQA 3OUDB 5P4DA 1M4HA 3LIQA 3QP0A 2QNQA 1T6GA 5P5ZA 4PYVA 2P3DA 5DQCA 2AIDA 3TKWA 1HHPA 3KA2A 4DJQA 5HD0A 5P7BA 4YD4A 2PYMA 4J0VA 3CKRA 3Q6YA 2FNSA 5P8RA 3S54A 4Y4DA 1FMBA 3NDTA 3MWSA 5P4LA 1A8GA 3OU4B 2B7FA 1ZTZA 3BGBA 4EJ8A 5P7RA 5OZDA 4R92A 1PSNA 2ZHUA 3T3CA 4APRE 4DH6A 3BVBA 4Y4ZA 5P1KA 1W6HA 4Y41A 1RV7A 1RL8A 3OXWA 1HVRA 2OHRA 1XL5A 1B6LA 3UF3A 1ZPKA 1EBKC 2H6TA 5P84A 2RKFA 4OBKA 4Y3NA 5P3LA 4OBZA 3UFNA 4COEA 3CYWA 3QAAA 1MSNA 5KQFA 2QP8A 5P2EA 5P8CA 2G27A 4JP9A 2FLEA 1XE5A 5P7TA 3R1GB 2FDEA 1RPIA 4DUSA 3LZSA 4CPRA 3OY4A 5HCOA 2QNPA 3IXJA 1LF4A 2Q5KA 5T4SA 2PYNA 1OEXA 3L5BA 5DR0A 5P1CA 5P1QA 2J9KA 5P03A 5OZVA 1HTEA 2NXLA 4Y3YA 5P4VA 2HS1A 5P8LA 1W6IA 2ZDZA 5P5YA 5P2WA 3WZ6A 1M43A 1MERA 4GJDA 3S56A 4QJ8A 2VA6A 3LIVA 1EC1A 3CIDA 1BVEA 3IGBA 4EJKA 3RU1A 1DP5A 4Y3PA 4EJDA 1BWAA 2I0AA 3FX5A 3S53A 1E5OE 3RTNA 3CMSA 2CEJA 4Y3FA 1M0BA 3O9GA 3O9FA 1CMSA 5P14A 5P3ZA 5JODA 5OYRA 2PWCA 3URLA 5I3YA 5HDUA 3SKGA 3EXOA 2RENA 5P7EA 3URIA 2R43A 5P8IA 1YT9A 5P6IA 5P19A 4B05A 5KR2A 1AZ5A 3GI4A 2OHUA 5P5JA 1FLHA 5P8AA 2BPWA 3HDKA 3Q3TA 3NDWA 3O9CA 4AA9A 2VJ6A 5P1UA 1FKNA 2WJOA 3L58A 5P55A 4UPJA 4DVFA 1IDAA 2R3TA 4EWOA 5OZTA 5P07A 6FIVA 5P2TA 5P8DA 5P71A 1YG9A 1EPME 1G2KA 3EKPA 1FQ5A 3VEUA 4K9HA 3TOGA 3QRSA 4L1AB 2PQZA 3RTHA 5P3AA 5P8UA 3LITA 4JECA 2Z54A 5P1DA 5P3HA 4NKKA 4R91A 4I12A 3F9QA 1HVLA 5P4UA 3NU6A 1D4SA 2AZBA 3SAAA 2G94A 3NLSA 5P7IA 5P6DA 2FDDA 3S43A 5P5HA 1GNNA 3PWMA 4GMIA 2Q63A 4MC1A 3I6OA 1C70A 5KR1A 4J0TA 3IXOA 3L3AA 1YX9A 5OZOA 3DUYA 5OZ5A 3OK9A 4D8CA 3HVGA 4HVPA 3PB5A 2OHSA 2EWYA 5HVPA 2R5PA 4Y3SA 1GVVA 3R0WA 3INHA 1B5FB 3INFA 3ST5A 4KUPA 2QZLA 4Y50A 3VLBA 5P2MA 3EKVA 3SA8A 3IVHA 2BQVA 5HTZA 4CMSA 4MC9A 4PHVA 2OHLA 2OHMA 1SP5A 4XX4A 2F3EA 4MC2A 5AHAA 4FSEA 5P09A 3M9FA 5C9FA 5HDXA 4Y3EA 3UDJA 4FE6A 4F73A 2IL2A 1JLDA 1VIKA 4NJUA 2VJ9A 5COOA 2QI5A 4TRWA 4QJ7A 4Q1XA 5P6GA 5OZ9A 5OZ1A 3PEPA 5P4OA 5APRE 3ZKNA 7UPJA 2ZJIA 2FDPA 5P2SA 3LIXA 5P82A 4AMTA 2QI7A 1K6CA 3PVKA 5P00A 5P8HA 2J9JB 5DGUA 1K2CA 3QRVA 4R93A 3WB4A 2QK5A 5OZSA 3NUOA 2ZHSA 1UH7A 1ODWA 3PLDA 2G1OA 3WB5A 3TPRA 3TKGA 3O99A 1LYAB 4LL3A 1DIFA 2HM1A 2R38A 5P1FA 3HBOA 5P7XA 4I0HA 2AOCA 1T7IA 4Y3ZA 5IS4A 3INDA 3PCZA 4DJYA 5P5GA 2BPYA 5P5EA 2FMBA 4L7GA 1W51A 2ZJMA 3OU3A 8HVPA 4EQ0A 3D91A 4I8WA 4MC6A 5P2XA 5P8KA 3Q4BA 5P2NA 5P1WA 1BWBA 3OUBA 5P1IA 4U8WA 2CENA 4CP7A 1EPPE 1EEDP 3FNSA 3I8WA 2WEZA 5P1TA 5OYUA 4J1HA 4Y35A 1E82E 5P1EA 3UQWA 3LPKA 5HE5A 2BBBA 4Y3HA 5OYQA 2NXMA 4ZEAA 4HDFA 2OF0A 2G1SA 5P7SA 4IVTA 3UDNA 2ANLA 1FMUA 3FNTA 4Y58A 5P0AA 5OZHA 5P0HA 4BEKA 5OYXA 1GVWA 4B70A 5OZFA 5BWYA 1EC3A 4RGHA 3UQXA 1ER8E 4RYGA 1C6XA 2ZYEA 5P7FA 3K4VC 5P3QA 1NPVA 1FMXA 2AZCA 3PWWA 3PMUA 2NTRA 3DV5A 4APEA 4Y3TA 5HCTA 5P8QA 1E81E 1APUE 5P39A 5P13A 1MSMA 3BGCA 5P58A 3RTMA 4FRIA 1KJ4A 3SKFA 3UDQA 5P5PA 4Y5KA 3G72A 3UQUA 4BFDA 4PZXA 1XDHA 5P6BA 1ZAPA 5P77A 3TPLA 5P0PA 1EPLE 5P1OA 3PM4A 2IEOA 2ER6E 5P1AA 5P44A 5ER1E 4ACXA 1K6TA 2QI6A 5P7GA 1HVKA 4DJPA 3SA4A 2IKUA 2R3WA 5P6UA 3Q5HA 3OGPA 4GIDA 1AIDA 5P1JA 5P53A 1FQ6A 1TSQA 5P8FA 4J17A 5KQZA 5ISKA 4K4QA 3QRMA 4GJAA 5P5VA 3UDRA 4Y38A 1ZSRA 5P27A 5P0ZA 3UHLA 5P0OA 4EYRA 4X2LA 2J9JA 4DJUA 5KR8A 4EQJA 5P4IA 2UY0A 5P28A 5P8TA 4KE1A 4I8ZA 3ZPSA 4FIVA 2PSGA 5P08A 1FQ8A 3SA6A 4GJ5A 4NPUA 1LEEA 5P6AA 1LYBB 3IN3A 4Y6MA 1Z1HA 4FSLA 3ZKSA 5DR7A 5OZAA 5C9BA 3QPJA 2G26A 4YHQA 3DM6A 5P25A 4H3FA 1ZP8A 4RYCA 2ZHRA 2AVMA 4OD9B 5P3BA 1HSHA 1ZLFA 5P31A 1LYWA 1FFIC 3EKQA 5I3VA 5P33A 4DJRA 1PROA 1FG8C 5P38A 3DCRA 2I4QA 5P6ZA 3A2OA 4GZFA 4M8YA 3ZL7A 4Y43A 4F74A 1K2BA 5OZQA 3LZVA 3EL9A 2VIZA 5P30A 4DJOA 4YCTA 3OUAA 1HIHA 3OXXA 4L6BA 1IIQA 3QBHA 5P6PA 4YD6A 5P5QA 4KB9A 1SMEA 1PFZA 2F80A 4Y37A 2G22A 4X7IA 5P89A 5P74A 3NDUA 5P12A 3URJA 5AH6A 3BHEA 5I3WA 2BPZA 3VFBA 4I0DA 5P63A 2AOHA 5P5WA 5DPZA 2OHNA 5P8PA 3QI1A 3LIYA 5P1NA 2AVOA 3OOTA 1F7AA 1T7JA 4Y4GA 4Y3LA 1YTHA 3TOHA 4ZLSA 3KMXA 2P4JA 4LC7A 3VLAA 2IQGA 1SH9A 1HWRA 2XFKA 5P59A 4Y5AA 5DGWA 1EPQE 1MT7A 2WKZA 3GGAA 1IVQA 5P24A 4JPCA 1AVFA 5DR8A 3CICA 3VV7A 3NUJA 3IA9A 5P57A 2APRA 2G21A 1W5YA 5P48A 5KOSA 3ZKIA 5HE7A 5P5RA 1T3RA 2AODA 2VJ7A 5OZYA 5P80A 3QIHA 3PLLA 2HB4A 5PEPA 2I4XA 5DQ2A 1SBGA 2QMFA 4OBJA 3JVYA 5P1VA 3QVCA 3BXSA 3O9IA 2PK5A 4Y3JA 5P0BA 1HRNA 1YM4A 3KFRA 3ZKQA 1NSOA 4J54A 1HOSA 2B60A 4Y3MA 4Y48A 1HPOA 6UPJA 4F75A 1AAQA 5DQ5A 5JFPA 2RSPA 4J0PA 3KF0A 4ZSPA 3LZYA 5P2AA 3DOXA 5P54A 4OBHA 3GGVA 5P23A 3NU3A 2P3BB 5P2GA 4DFGA 1D4KA 2XYFA 3PSYA 3RSXA 4B78A 1QBSA 5P47A 5P6XA 5P5BA 3K4VA 5P1PA 3T7PA 1MT9A 5P36A 5OZMA 2AOIA 3D3TA 5P7UA 1IZHA 5P64A 3VSXA 1GNOA 1PPME 1IVPA 1CZIE 1HPSA 5P4AA 4Y4AA 2FIVA 4Y47A 5P2RA 5P6OA 3EM6A 5OYZA 5HE4A 1B6MA 4I0JA 5P1ZA 4GJ8A 3DV1A 5P6TA 3B7VA 5P0IA 3HD8A 5P5KA 3N4LA 4M8XA 5P46A 3S85A 5P7PA 2O4PA 2G24A 2VNMA 4DV9A 4FCOA 1HTFA 2QZWA 5J25A 5P37A 5P3IA 1B6JA 1LV1A 5P5IA 4YD7A 1FEJC 2AOJA 1NH0A 3K5CA 3UFLA 4R95A 4Y9WA 3BUGA 2BPXA 1MRXA 5AGZA 5HU0A 5P56A 1PSOE 5P8SA 3ZMGA 4WY6A 5P0KA 5P6EA 2R9BA 5P42A 2NMYA 1ODXA 1E80E 4LAPA 3O9DA 5P3FA 4AUCA 3TL9A 3T11A 3UTLA 4HLAA 4PZWA 4Y54A 3OUDA 2I4UA 1A9MA 2VNNA 2P3CA 5UPJA 2Q15A 2HPEA 4Y56A 5ENKA 4EP3A 2ER9E 3T7XA 2XFJA 1EAGA 2QI3A 2ZJLA 1FIVA 5P6JA 1TQFA 5SY2A 3SFCA 5OYSA 3O9EA 5OZKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HEG A;  1UH8 A;  3LPJ A;  1DPJ A;  4GJ9 A;  4Y3G A;  5P3G A;  5P7C A;  2UXZ A;  5P49 A;  4RVX A;  4DPI A;  3SA5 A;  1K6P A;  5P0F A;  4Y5E A;  3ER5 E;  4DQF A;  5SY3 A;  5P76 A;  3FSM A;  3S2O A;  2ASI A;  3HAW A;  3VYF A;  3C9X A;  3OXV A;  5DQ1 A;  3K5D A;  5P86 A;  3NXE A;  5EZZ A;  5OZE A;  5P3J A;  5P3V A;  5P79 A;  5DR1 A;  4J1C A;  5P4Q A;  1QBR A;  1G0V A;  2PC0 A;  5P2U A;  4TVH A;  4FRS A;  5COK A;  3SAC A;  9HVP A;  1G6L A;  5P6S A;  3VF7 A;  2QI0 A;  4S1G A;  5P66 A;  3TPJ A;  4Z50 A;  4ZE6 A;  5OZ0 A;  5P0C A;  4ZSR A;  2V12 C;  4XXS A;  4CPX A;  4EJL A;  2RKG A;  2QD7 A;  5P4K A;  2HB2 A;  4J0Z A;  1HXB A;  3HW1 A;  5P4F A;  3PBD A;  5P2H A;  2MIP A;  5SXN A;  4I10 A;  5P4N A;  5P1B A;  2O40 A;  4DQG A;  5P1Y A;  5P65 A;  2QMG A;  1DW6 C;  3OU1 A;  1N49 A;  1PPK E;  4FM7 A;  5AH9 A;  2H6S A;  2NPH A;  5OZ3 A;  3APR E;  5P4E A;  4FM6 A;  4JOO A;  5OZ6 A;  5P52 A;  5P7Y A;  2AZ9 A;  4I0G A;  4B77 A;  5IVS A;  4D88 A;  4EP2 A;  1A94 A;  3K1W A;  1ZPA A;  2ZJH A;  4LXA A;  2PH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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