3MXDA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor kc53 in complex with wild-type protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mxdA00
2CEMA 3SAAA 3UQXA 3CKRA 1ZPKA 3OOZA 1HHPA 2AOJA 4DH6A 3TKGA 4OC6A 3PLLA 3LNKA 4Y53A 4Y5BA 3PM4A 5DQ2A 3EKTA 1OEWA 3CIBA 2ZYEA 4NJSA 3O99A 5P45A 3BUFA 5DR3A 5P51A 2O4KA 3OXXA 4JECA 5KOQA 1FF0C 1MSMA 4XXSA 5P8PA 5P46A 1TZSA 2QD8A 2FXDA 1NPWA 2V10C 3VFAA 3SLZA 4FGXA 3OHFA 2AQUA 4J55A 3OUBA 4AUCA 3OXCA 3FSMA 3DUYA 2O40A 1SDUA 3SA6A 3ZKMA 3SACA 4JP9A 3SA8A 4N00A 4YCKA 3D1ZA 5HE7A 2Q11A 2R3WA 2PSUA 4PZWA 5P0QA 4YDFA 4J0YA 2QHCA 3UDYA 3OQFA 2AOGA 5OZEA 5P4GA 1KJGA 3MXEA 3SABA 4HEGA 5P5RA 5P8BA 1K1UA 3S54A 1HXBA 5P4BA 4YA8A 2NMYA 3BVBA 2G94A 3CICA 3OUDB 5P39A 4FSEA 3Q70A 4RGHA 5P1JA 3RU1A 2P3AA 2G26A 5P6DA 2AOCA 3Q3TA 1HOSA 1LYWB 3FIVA 1SDVA 1YTGA 1DIFA 5T4SA 5P3BA 2QI5A 5P3SA 2VJ9A 4ZPFA 1MTBA 5P2ZA 4Y48A 3NDUA 5P2KA 2WJOA 3OADB 3S43B 2P4JA 5HDXA 2RKGA 5P24A 3VEUA 1RQ9A 2PYNA 3QBHA 5P66A 4XX4A 2V12C 5P78A 5P6BA 3INHA 2B60A 3CYXA 3GI4A 3GGUA 4B70A 4GJ8A 3EM6A 3PWWA 3QS1A 4CPXA 3KFRA 5P23A 3QVCA 5P84A 2NXDA 1B6LA 3EKPA 2PMAA 3EM4A 5P1YA 1A8KA 1PSAA 5P8OA 5P5CA 4RCEA 1A8GA 1W5YA 5P6SA 5HE5A 5P80A 3L5CA 1RL8A 1UH9A 4CPRA 3OY4A 1E80E 4FRSA 4GIDA 1IIQA 1W5VA 2A1EA 5P1UA 5OZLA 4EXHA 5P5XA 2QHYA 4R5NA 3QAAA 5JODA 2FDPA 2FNSA 5P6IA 2FMBA 3WZ6A 1UH8A 4YBFA 1ZSRA 5DGUA 1GKTA 1JLDA 5P3AA 4AA9A 1HTFA 5P0JA 2VIEA 2PQZA 3QP0A 5J25A 5HCTA 5P7FA 1T6GA 1EBYA 3OQAA 2H6TA 5P44A 5P5WA 5P4LA 3AIDA 3EKVA 5P1CA 4Y36A 4Y54A 1TW7A 1GNOA 3D3TA 2BQVA 2UY0A 1IVPA 2AVQA 3N3IA 5OZTA 3PI5A 3NU3A 5P68A 4XX3A 4LXKA 4APRE 5P6OA 5P2RA 5P6YA 2OHRA 2QZWA 1OEXA 2VKMA 5P69A 5P7YA 5P0SA 2R8NA 1LV1A 1W50A 5KR0A 5P38A 1HEGE 3U71A 1XN2A 5P5SA 1RNEA 3L59A 5P1GA 4QJ8A 3URJA 4Z22A 1W6IA 3BHEA 1BXOA 1WKRA 3CMSA 4U8WA 3UDRA 1FIVA 3HVPA 2Q55A 2ZJKA 3QI1A 3KMYA 5UPJA 3IVHA 4APEA 2QI7A 5P26A 5OZPA 3QPJA 1GNNA 5P8CA 3I25A 3LZYA 5P1LA 5ENKA 3KFPA 5P7OA 1LYWA 4EYRA 5HU0A 5I3XA 5HD0A 5P4VA 3LPIA 5P7EA 5KAOA 2WF2A 4R93A 5P6XA 5KQZA 3BUGA 3LZSA 1D4LA 5P5KA 5P6RA 5P58A 2B42A 5HVPA 4MC6A 5P3ZA 2FDDA 3OWNA 3PLDA 2AODA 3HZCA 5P17A 1D4IA 4ZSRA 5P4QA 5P3OA 1QBUA 5P0XA 2ZHSA 3GW5A 4Q1WA 1B11A 5P4WA 1Z8CA 3IA9A 4EJ8A 3B80A 3GI5A 1FMXA 1EPNE 3UHLA 4DJXA 5P4DA 1AZ5A 5P7SA 4I0HA 3UF3A 5P3EA 1BDRA 3INFA 4Y5NA 1BDQA 2AZ8A 5DR7A 4Y51A 3DCRA 3I7EA 4DI2A 2PH8A 1LYBB 3EXOA 3PCWA 3JW2A 5SXNA 1TSUA 3SFCA 4I0IA 4GJBA 1EAGA 5P03A 1YTJA 5P0LA 4EQ0A 2FNTA 2VA6A 3DV1A 4ZSQA 5P1OA 2IGXA 4YOBA 1GVUA 2PYMA 2MIPA 2IENA 4LHHA 3ZL7A 2G1RA 5P1EA 1APVE 2XYEA 3APPA 5HU1A 3EKYA 5OYXA 5E5KA 5P63A 3EKWA 5AHBA 2B7FA 1RV7A 5P36A 1YM2A 3QRMA 2BPVA 3JVYA 3TL9A 3TNEA 2OHPA 1W5WA 4FRJA 4Y3ZA 5F00A 5C9FA 5P8VA 4FAEA 2HB4A 1FMUA 3OXWA 5P2FA 5HE4A 4YCYA 5P6UA 4FM8A 1ODYA 3LIVA 2QNQA 4Y4DA 2P3BA 5OZNA 2ZHVA 3SA9A 5P0HA 3ECGA 5P28A 2WF0A 4R8YA 4CPUA 1FG6C 1C6ZA 3NU4A 3UDHA 5OZGA 3SM1A 2I4XA 2H6SA 5P0TA 3A2OA 4JOOA 3K5FA 5OZXA 4F76A 3CIDA 4JPEA 5P4AA 1B5FB 5P2QA 4COEA 1EEDP 4DQBA 2P83A 5JFPA 5P2NA 4I0GA 1PPKE 4HLAA 1EPRE 2QU3A 2BBBA 1K2CA 5P1HA 3OAGB 5P0KA 1FQXA 1FB7A 2ZHRA 3U7SA 2R5QA 3UCBA 2QZLA 5P1TA 5P3CA 4MC1A 2AVMA 3LIYA 2P3CA 5P0BA 3LITA 4Y47A 1UPJA 2IGYA 4M8XA 5DQ1A 5P1PA 4H3GA 2HPFA 4NJTA 4RVXA 3RTHA 5BWYA 1HPVA 4H1EA 3TLHA 1SIVA 4HDPA 3O9FA 5P60A 4YCTA 5P3IA 5KR1A 5DQCA 5COKA 1HIVA 1B6PA 1Z1HA 5BS4A 3D20A 2ZHTA 3F9QA 1T7KA 3EBZA 3VCMA 4GJ5A 5P8QA 2OAHA 1BIMA 4AA8A 1BVEA 3UDMA 1MRWA 1AXAA 2BB9A 4Y3FA 1E5OE 5OYSA 2F80A 4L6BA 1A9MA 3UDQA 3VLBA 1MPPA 2FDEA 2QU2A 2Q63A 3L5FA 1FMBA 4I1CA 4K4RA 2BPWA 3DV5A 1IDBA 5P7UA 5P77A 3NDXA 3VF5A 5IVTA 2J9JB 5P4EA 5P52A 5OZ2A 5F01A 4ZEAA 3AUPA 4ACXA 4Y3QA 3EM3A 2R5PA 4J1FA 4EWOA 5P87A 5OYTA 4FM7A 4RYGA 3MWSA 5P5ZA 2OHMA 3HBOA 5P4XA 4Y43A 1LEEA 5P7JA 4LXAA 1MT7A 4I0FA 5P0GA 5OYQA 5FIVA 5OYVA 4FL8A 5P6MA 5P0MA 3ZKQA 5P8TA 5P5BA 1META 3KDCA 5P35A 3L38A 1M43A 5IS4A 5P07A 5P12A 3VUCA 1HVIA 5P08A 4B00A 2QI0A 2PK5A 3MXDA 5P2JA 3TPLA 1GVTA 3S8IA 3SM2A 5KOSA 5P7MA 4S1GA 5P4KA 5P7GA 2QMGA 3TPPA 1QBSA 4K4PA 3APRE 5OZOA 2HB3A 5P76A 3SPKA 5OZJA 2R38A 5DR4A 5TOLA 4OBJA 3T7XA 3O9GA 4ER4E 3U6AA 2AIDA 3PSYA 4Y4GA 3EC0A 5OZ5A 5P89A 4F74A 4B1CA 2QI6A 4ER1E 4TVGA 2NTRA 4Z4XA 3OQKA 3Q5HA 2HPEA 5CONA 5P7DA 4RCDA 1XL5A 5P3QA 1IDAA 5COOA 3D91A 1DMPA 2O4SA 4PEPA 5JFUA 2PSGA 2OHNA 3KM4A 2F8GA 1HSIA 2HS1A 3G6ZA 4F75A 4OBHA 1QDMA 4OBZA 5P06A 2QP8A 5OZQA 4FRKA 1XN3A 5P6HA 3WZ7A 2BKSA 4D89A 2PK6A 3PJ6A 5P8AA 1C6YA 1SIPA 1YT9A 4DQEA 5I3WA 4LXMA 5P62A 1SP5A 1BV9A 4UPJA 3QVIA 4DFGA 4L7GA 5OZHA 1YX9A 4YBIA 4Y4UA 5P53A 3ZPUA 4B1EA 5P5UA 5P0VA 5P3UA 3NSHA 5P0RA 2QI3A 3PWRA 3QBFA 5P10A 4CKUA 3D1XA 3I8WA 3H0BA 4Y3AA 4FLGA 3K5DA 5EZXA 5P0ZA 2AZBA 5OZ9A 3HVGA 3VYFA 5P4SA 4Y4EA 3ZKGA 2PC0A 2HM1A 4L1AB 1SMRA 1ZTZA 4R95A 5P8KA 3OU4B 4YE3A 3FNSA 1HBVA 2QZXA 3S7MA 3OU1B 5C9DA 5HDZA 5AGZA 2G1OA 5OYUA 4ZPEA 5IVQA 4DQGA 1DAZC 5P0WA 3URIA 1EPLE 1HTGA 1BWAA 5P0OA 4KUPA 4WY1A 4B72A 1BAIA 1AAQA 1APTE 3HAWA 5SZ9A 3DJKA 4L7HA 4J1HA 3UDPA 2QHZA 4Y3SA 3Q4BA 1EC2A 5P3KA 5P0EA 4F73A 5P1ZA 1SDTA 5ISKA 5P2VA 3KMXA 1ZLFA 5P2YA 4B0QA 1LF3A 4GB2A 6FIVA 3NDTA 3SKFA 2VIYA 1EC0A 2V00A 3OUAA 3EL0A 2G22A 3K1WA 2HB2A 3EKXA 5P2XA 5P7BA 3FV3A 1NH0A 4DJRA 3QIHA 2NPHA 3NLSA 4RLDA 5P1AA 5P4CA 5P11A 3MSJA 1ENTE 1ZBGA 4AMTA 4H3IA 3IN3A 3R4BA 4RVJA 4KE0A 5P3VA 4Y58A 1KJ7A 1YTHA 3N4LA 1E82E 5P8JA 5PEPA 2XYFA 5P8MA 1MRXA 3TPRA 5P14A 1PFZA 2NMZA 5P2AA 5P42A 1D4YA 1FQ5A 1D4SA 1A30A 1HTRB 3BXRA 4B1DA 3PVKA 1F7AA 5P4TA 2HIZA 1SBGA 3URLA 5AHCA 3OUCA 5P19A 3OUDA 4Y50A 5P5OA 4YDGA 5P3MA 5OZVA 1ODXA 5P7CA 1K2BA 3TOHA 4EP3A 5P83A 3NXNA 2NNKA 4YD4A 3NXEA 2I0AA 1ZPAA 5CLMA 3OTYA 3R0WA 4J5JA 1B6JA 5OYWA 4Y3LA 1HVJA 1PPLE 1ME6A 5P1MA 3PWMA 4GJ9A 3OADA 3S43A 3S45A 5I3YA 4ZSMA 1MESA 5P3RA 4CPSA 4Y3GA 5P54A 4Y3TA 1SGZA 2ZJNA 3L5DA 4OBFA 2AOHA 2QI1A 3OU4A 4D83A 5AH6A 1LYAB 5P3YA 4XKXA 1EPQE 3CYWA 4Q1XA 2B7ZA 5P2SA 3OU1A 3NUJA 3SO9A 3ST5A 4YD3A 4DJYA 3G70A 1J71A 2ZJMA 3OQ7A 2OHQA 5P1WA 7HVPA 5OZ4A 5P5NA 5OZZA 1EC1A 3L5BA 2QNNA 2ZJIA 3RVIA 1MTRA 5P8UA 3SKGA 1QS8A 1PSOE 2FGVA 5P0AA 3ZKSA 5P1KA 1FLHA 2F3EA 1FFIC 3VG1A 2VA5A 2I4QA 4Y56A 3NR6A 4Y3YA 5KQFA 4DJWA 3OGPA 3BXSA 5P0CA 3FKTA 1IZDA 5P59A 5OZSA 5DR0A 1M4HA 1W6HA 1FEJC 2NXLA 4YD5A 1AM5A 4I10A 4EXGA 5P8LA 2UXZA 5OYZA 1T7IA 4JPCA 4I0ZA 4OD9B 2J9KA 5P4PA 3KT2A 2ANLA 2AOIA 1MT9A 4KB9A 5P2DA 3ZKXA 4B78A 3VV7A 4Y4WA 2FGUA 4I11A 3WB4A 3K4VA 3NWQA 3SA7A 3OOTA 1EPPE 4I12A 5P7PA 4NJUA 5P43A 2Z4OA 2PWCA 3NU9A 5P70A 3INEA 1VIJA 5P3NA 3OK9A 2Q15A 2Z54A 1KJFA 3SA4A 5IVSA 3UQPA 2OF0A 2I4VA 5P40A 1FQ6A 4RROA 2VNNA 2PWRA 1LS5A 2Q64A 2VS2A 1HVRA 4M8YA 5P2HA 3S53A 4I8WA 4J54A 3PHVA 5P2UA 3VYDA 4QJAA 2Q54A 5P2WA 3K5CA 1HEFE 1K6CA 2QNPA 4TVHA 3UQWA 1ZP8A 5P5GA 2NNPA 3ZMGA 3O9LB 1K6TA 1AVFA 3LZVA 5P2BA 3DCKA 1DP5A 4FS4A 4NJVA 4PPHA 5P6ZA 4Y5KA 5P8NA 2V11C 4GJAA 2QMFA 3O9AA 4DJUA 5P61A 1CZIE 5P05A 5P0IA 5KQYA 5P31A 5OZ1A 1EBWA 1EC3A 1NPAA 5P5EA 4Y6MA 2I0DA 4Y5PA 4IVTA 3K5GA 4OC6B 1TSQA 1BWBA 4J1KA 3LIZA 2QD7A 4J1CA 4Y37A 2R43A 3VSXA 3FNTA 3DK1A 4X7IA 3QN8A 5P30A 3KYRA 3RSXA 3DM6A 5KR2A 1BBSA 2WF4A 3CKTA 7UPJA 1GVXA 3O9CA 3RTNA 1T7JA 5P7VA 5KR8A 2BPYA 5OZKA 5HTZA 4CMSA 3HDKA 4H3FA 4FAFA 5DPZA 5APRE 2AVOA 5P2TA 3LZUA 5P3GA 4FE6A 4QJ2A 5P6TA 4YD6A 2OHTA 5AHAA 3ER3E 3EL4A 5DR1A 4HDBA 5OZ0A 3OU3A 5P8RA 3S85A 2OHUA 1AIDA 3R2FA 2XFKA 4OBKA 1Z1RA 3O9IA 4MC9A 2WL0A 3ZPSA 5P1BA 5P73A 3GGXA 3UFNA 2WECA 1LYBA 1BXQA 5P2IA 4Z2ZA 4LC7A 5P50A 3NDWA 5P1DA 4Y3WA 1QBTA 3HLOA 4YD7A 3ER5E 3NUOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CEM A;  3SAA A;  3UQX A;  3CKR A;  1ZPK A;  3OOZ A;  1HHP A;  2AOJ A;  4DH6 A;  3TKG A;  4OC6 A;  3PLL A;  3LNK A;  4Y53 A;  4Y5B A;  3PM4 A;  5DQ2 A;  3EKT A;  1OEW A;  3CIB A;  2ZYE A;  4NJS A;  3O99 A;  5P45 A;  3BUF A;  5DR3 A;  5P51 A;  2O4K A;  3OXX A;  4JEC A;  5KOQ A;  1FF0 C;  1MSM A;  4XXS A;  5P8P A;  5P46 A;  1TZS A;  2QD8 A;  2FXD A;  1NPW A;  2V10 C;  3VFA A;  3SLZ A;  4FGX A;  3OHF A;  2AQU A;  4J55 A;  3OUB A;  4AUC A;  3OXC A;  3FSM A;  3DUY A;  2O40 A;  1SDU A;  3SA6 A;  3ZKM A;  3SAC A;  4JP9 A;  3SA8 A;  4N00 A;  4YCK A;  3D1Z A;  5HE7 A;  2Q11 A;  2R3W A;  2PSU A;  4PZW A;  5P0Q A;  4YDF A;  4J0Y A;  2QHC A;  3UDY A;  3OQF A;  2AOG A;  5OZE A;  5P4G A;  1KJG A;  3MXE A;  3SAB A;  4HEG A;  5P5R A;  5P8B A;  1K1U A;  3S54 A;  1HXB A;  5P4B A;  4YA8 A;  2NMY A;  3BVB A;  2G94 A;  3CIC A;  3OUD B;  5P39 A;  4FSE A;  3Q70 A;  4RGH A;  5P1J A;  3RU1 A;  2P3A A;  2G26 A;  5P6D A;  2AOC A;  3Q3T A;  1HOS A;  1LYW B;  3FIV A;  1SDV A;  1YTG A;  1DIF A;  5T4S A;  5P3B A;  2QI5 A;  5P3S A;  2VJ9 A;  4ZPF A;  1MTB A;  5P2Z A;  4Y48 A;  3NDU A;  5P2K A;  2WJO A;  3OAD B;  3S43 B;  2P4J A;  5HDX A;  2RKG A;  5P24 A;  3VEU A;  1RQ9 A;  2PYN A;  3QBH A;  5P66 A;  4XX4 A;  2V12 C;  5P78 A;  5P6B A;  3INH A;  2B60 A;  3CYX A;  3GI4 A;  3GGU A;  4B70 A;  4GJ8 A;  3EM6 A;  3PWW A;  3QS1 A;  4CPX A;  3KFR A;  5P23 A;  3QVC A;  5P84 A;  2NXD A;  1B6L A;  3EKP A;  2PMA A;  3EM4 A;  5P1Y A;  1A8K A;  1PSA A;  5P8O A;  5P5C A;  4RCE A;  1A8G A;  1W5Y A;  5P6S A;  5HE5 A;  5P80 A;  3L5C A;  1RL8 A;  1UH9 A;  4CPR A;  3OY4 A;  1E80 E;  4FRS A;  4GID A;  1IIQ A;  1W5V A;  2A1E A;  5P1U A;  5OZL A;  4EXH A;  5P5X A;  2QHY A;  4R5N A;  3QAA A;  5JOD A;  2FDP A;  2FNS A;  5P6I A;  2FMB A;  3WZ6 A;  1UH8 A;  4YBF A;  1ZSR A;  5DGU A;  1GKT A;  1JLD A;  5P3A A;  4AA9 A;  1HTF A;  5P0J A;  2VIE A;  2PQZ A;  3QP0 A;  5J25 A;  5HCT A;  5P7F A;  1T6G A;  1EBY A;  3OQA A;  2H6T A;  5P44 A;  5P5W A;  5P4L A;  3AID A;  3EKV A;  5P1C A;  4Y36 A;  4Y54 A;  1TW7 A;  1GNO A;  3D3T A;  2BQV A;  2UY0 A;  1IVP A;  2AVQ A;  3N3I A;  5OZT A;  3PI5 A;  3NU3 A;  5P68 A;  4XX3 A;  4LXK A;  4APR E;  5P6O A;  5P2R A;  5P6Y A;  2OHR A;  2QZW A;  1OEX A;  2VKM A;  5P69 A;  5P7Y A;  5P0S A;  2R8N A;  1LV1 A;  1W50 A;  5KR0 A;  5P38 A;  1HEG E;  3U71 A;  1XN2 A;  5P5S A;  1RNE A;  3L59 A;  5P1G A;  4QJ8 A;  3URJ A;  4Z22 A;  1W6I A;  3BHE A;  1BXO A;  1WKR A;  3CMS A;  4U8W A;  3UDR A;  1FIV A;  3HVP A;  2Q55 A;  2ZJK A;  3QI1 A;  3KMY A;  5UPJ A;  3IVH A;  4APE A;  2QI7 A;  5P26 A;  5OZP A;  3QPJ A;  1GNN A;  5P8C A;  3I25 A;  3LZY A;  5P1L A;  5ENK A;  3KFP A;  5P7O A;  1LYW A;  4EYR A;  5HU0 A;  5I3X A;  5HD0 A;  5P4V A;  3LPI A;  5P7E A;  5KAO A;  2WF2 A;  4R93 A;  5P6X A;  5KQZ A;  3BUG A;  3LZS A;  1D4L A;  5P5K A;  5P6R A;  5P58 A;  2B42 A;  5HVP A;  4MC6 A;  5P3Z A;  2FDD A;  3OWN A;  3PLD A;  2AOD A;  3HZC A;  5P17 A;  1D4I A;  4ZSR A;  5P4Q A;  5P3O A;  1QBU A;  5P0X A;  2ZHS A;  3GW5 A;  4Q1W A;  1B11 A;  5P4W A;  1Z8C A;  3IA9 A;  4EJ8 A;  3B80 A;  3GI5 A;  1FMX A;  1EPN E;  3UHL A;  4DJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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