3N4LA

Bace-1 in complex with eln380842
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
389
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (6-8)EMPTYTIV1 (8-11)S6 (81-92)TIV10 (161-176)TII1 (15-18)S9 (156-161)S1 (12-14)3H4 (223-226)TII2 (116-119)S3 (31-38)S20 (323-328)TIV2 (27-30)TIV4 (54-57)S13 (217-218)3H3 (130-132)TIV3 (38-41)S7 (100-112)S4 (44-47)3H2 (60-62)TI2 (63-66)O1 (97-99)S5 (67-76)TIV6 (93-96)AH1 (142-149)S8 (123-126)TI5 (187-190)TI4 (186-189)TIV9 (134-137)S22 (337-339)O2 (153-155)TIV17 (333-336)S21 (330-332)S23 (347-352)S10 (176-182)TII4 (277-280)TII3 (181-184)O5 (161-365)O6 (223-388)S11 (195-198)TIV11 (202-205)TVIII1 (199-202)S12 (209-214)TIV12 (213-216)S19 (312-315)TVIb1 (227-230)TI6 (234-237)AH2 (244-257)S15 (240-242)TIV13 (258-261)3H7 (308-310)TIV14 (259-262)TIV15 (264-267)3H8 (353-355)S17 (289-297)S16 (274-277)TIV16 (278-281)3H6 (283-285)O3 (281-283)TIV18 (363-366)S24 (357-362)TII5 (297-300)S18 (300-306)AH3 (341-345)S2 (21-26)TIV8 (133-136)TI3 (136-139)S14 (231-233)3H5 (267-269)TI7 (369-372)TIV5 (77-80)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Improving the permeability of the hydroxyethylamine BACE-1 inhibitors: structure-activity relationship of P2' substituents.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 90
structure length 375
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3n4lA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3n4lA02
4H3IA 3QPJA 4J0VA 5HVPA 4ER2E 3PCWA 3SA3A 4FSLA 3MXDA 3PLLA 3SA5A 2ZJJA 5OZIA 5KQFA 1MSMA 2B7ZA 1ER8E 1YM4A 1QRPE 5P6TA 5P0IA 3CMSA 1KJGA 4R93A 5P36A 3O9LA 2ANLA 4RCFA 5P2KA 4B05A 3GI4A 4ACUA 2QI3A 1M43A 5P1PA 3PSUA 5B18A 5OZXA 3NSHA 3UDHA 5P8GA 1W51A 4HLAA 4Y48A 5JG1A 5OZHA 2FNSA 4Y4XA 5P7MA 5OZVA 4FCOA 5DR7A 4L1AA 5DR1A 2VIJA 3OWNA 5OZ3A 3HZCA 4L6BA 3NUOA 3VCMA 4LAPA 4A4QA 4YDGA 4QJ7A 5P0JA 4EJLA 3DCKA 3NWXA 5P75A 2OHTA 5P5XA 4HDFA 5P8AA 1FQXA 4F75A 5J25A 5P39A 2ZJHA 1D4JA 3PB5A 5F01A 1EBYA 5P00A 1YTIA 3K4VA 2PMAA 4Y51A 1LS5A 3SKGA 5P1YA 2OHRA 3QIHA 4Q1YA 1SDUA 4PZXA 4R8YA 3D91A 2XYFA 3OXVA 5OZJA 4LXMA 5P84A 1EBWA 3ZKNA 4OBZB 1MRWA 1BVEA 2B60A 4I11A 5OZ0A 2G27A 5P4FA 3U7SA 3KMXA 3ZPSA 4B70A 1EC3A 5P49A 4OBGA 1QBRA 4Y4DA 1IDBA 2UPJA 4TRWA 2B42A 5P8CA 2FDEA 5P7DA 4FAFA 3L5CA 5P47A 5P2BA 4D88A 5P0HA 3TPPA 5IE1A 2RKGA 1PSOE 2BB9A 2ER0E 2APRA 3UCBA 5P2VA 3I2LA 4I0EA 4RYCA 5C9BA 5P0NA 2QMPA 4F76A 3SA4A 3OTYA 2F3KA 3D1YA 4ZLSA 1MTBA 3UQPA 3BVBA 5P0ZA 1DPJA 5P73A 4OBKA 1OD1A 1KJHA 1IVPA 1LF4A 4CPSA 4Y50A 5P3YA 1K6VA 1U8GA 3PM4A 2Q54A 1D4YA 3MSKA 1WKRA 5P3IA 3Q4BA 1EEDP 5P0CA 5P2NA 5I3WA 5P23A 1IDAA 4GMIA 5P59A 3EKWA 1LF2A 3LPIA 4FS4A 4A6BA 2OHNA 2BPVA 2AVVA 1HVRA 1SIVA 3EM6A 2I4VA 4J54A 4J1EA 3LZUA 5P32A 5DGWA 4YD3A 2G21A 5OZQA 5OZLA 5P8NA 4Z4XA 2G1OA 3WSJA 1FGCC 5P03A 2QI7A 2ZHRA 1LZQA 2NMZA 5P4IA 5P2EA 2ASIA 2V16C 3PBZA 1G0VA 4YBIA 4OC6B 4RZ1A 4J1KA 5P1NA 5P19A 5P2ZA 1BDQA 5P2QA 5P0GA 3OXXA 3A2OA 1FMBA 1HTFA 1YT9A 3OK9A 5APRE 4Z50A 1RPIA 2H6SA 3KDBA 4Y5CA 2WF0A 5OZWA 5P5HA 1HSHA 4FM7A 5P14A 5P6KA 5KR0A 4CP7A 1FQ7A 3DCRA 5P4HA 2P4JA 5P1JA 1OHRA 1DIFA 3PRSA 5AH9A 1GNMA 2IDWA 3JVWA 2OHMA 1PPME 3T7XA 5P7HA 5P0FA 4NJUA 4RRNA 5P2IA 4MC2A 1ZTZA 4OBFA 3EL0A 3K5CA 4Y3EA 2I0AA 1E82E 5HE4A 1META 2G1NA 4Y53A 4Y3YA 3UDMA 4OD9A 4BFDA 5E5KA 5P43A 3EL5A 1AIDA 1A94A 1ZJ7A 4I0ZA 5P1QA 5P4PA 2FGVA 1J71A 4PHVA 5P28A 1ZLFA 3LPJA 3ZLQA 2QU2A 3NU9A 5P31A 1CPIA 4NJTA 2BPWA 4RVJA 1HPSA 3IXKA 5P33A 5P5UA 5P4YA 3PGIA 4Y3DA 5P6SA 3TOGA 3T7PA 4CPRA 3INDA 2QNPA 2JXRA 3S8IA 9HVPA 2AOFA 4AZYA 1AZ5A 3EL1A 3VYDA 2OF0A 2AZ9A 5P13A 3RTNA 3GGXA 5P7TA 3R2FA 2QCIA 1BWAA 5P3WA 5P6FA 5P3JA 3OXWA 2QI4A 2WEBA 3UDPA 4AMTA 5P1KA 1HPVA 5P53A 5UPJA 5KQYA 5OYVA 5DR4A 5P70A 5P79A 4GYEA 3OOZA 1BILA 5P7YA 5P1HA 1IBQA 3EKQA 1SGUA 3QAAA 4I0IA 5P7ZA 5OYXA 4IVTA 5P5DA 3TOFA 5OZYA 5P4BA 5P4TA 2NTRA 1TSQA 3O9FA 2BJUA 2FGUA 4YCTA 4AUCA 4KE0A 5KAOA 4ZIPA 2QU3A 3QROA 5P0QA 2IGYA 5P6IA 5P3UA 5P0KA 3VF5A 2EWYA 5OZ1A 5P56A 2PYMA 1K1UA 3QRSA 3SA9A 5IVSA 1HSIA 5P7IA 4DQBA 1B6LA 3WB4A 3BGCA 3O9CA 4Y44A 1VIKA 2WL0A 4Y3MA 4D83A 4FGXA 3ZKXA 3AUPA 3OUCA 5HU0A 3SABA 5P0EA 4S1GA 1YG9A 4Y3WA 5P4SA 3SAAA 4I0GA 5P76A 3OU1A 5P6VA 2RENA 2Q5KA 1FMXA 3GGUA 2FDPA 5OZ8A 2G20A 3KF0A 2VA5A 1B6PA 3H0BA 1IZEA 1NSOA 5P3QA 5P3HA 5P7CA 5OZSA 1HTEA 4L7HA 1LYWB 2BPXA 4BELA 4Y5KA 1TCXA 3SA6A 2OHPA 4H1EA 2V13A 4DV9A 2VIYA 3EKPA 1G35A 5P1VA 1D4HA 5P4LA 3HAUA 4Y56A 3S43A 5AH7A 3KN0A 4DJUA 2OAHA 3PBDA 5P8BA 5P2MA 3LIYA 3KDCA 1BV9A 5P01A 3CIDA 2CEJA 5P26A 1Z1RA 1AVFA 3FNUA 3LIXA 5DQCA 1BWBA 5P1UA 4B72A 1HHPA 1SDVA 4RLDA 3UQXA 5P3VA 1TW7A 5P2YA 1ZPAA 5P66A 1Z1HA 2ZJMA 5P5TA 4COEA 1QDMA 2IS0A 4YD5A 1DP5A 3ST5A 4R5NA 4FE6A 3CKPA 2Q11A 1EPNE 1B11A 4EP3A 3AIDA 2AOGA 1ZSRA 4A6CA 5P3PA 4F74A 1HTGA 4LC7A 2WJOA 5P04A 3DOXA 1MTRA 4N00A 1MRXA 2AIDA 3L5DA 1XN3A 3VYEA 4EQ0A 3I25A 1HTRB 3INHA 1NPAA 5P8TA 1K2BA 2RMPA 1A30A 5P6CA 5P1CA 2ZDZA 4D89A 5P3TA 5P4NA 4R91A 4EWOA 4DI2A 2VIEA 3QN8A 5P6GA 2G26A 4LBTA 4Y4UA 5P3OA 3UTLA 4I0DA 3LIQA 5P82A 5P17A 3S7MA 5DQ4A 5OZTA 2AOHA 5P4XA 4ZSPA 1EC0A 1MT7A 3FX5A 2AQUA 3UQWA 3N4LA 3EKXA 4ZPFA 5P7OA 5TOLA 3S54A 5P8MA 4ZSMA 5P6BA 3OAGA 2QI5A 2WF2A 8HVPA 1AJVA 1W5VA 4J1FA 7HVPA 5OYZA 4I10A 1HVIA 5P1DA 2PK6A 1MERA 3CKRA 2HS1A 4CPWA 4QJ8A 1YM2A 3INEA 2NPHA 2XFIA 5OZ9A 5P5LA 4NPTA 2ZYEA 5P1TA 3OU4B 1HIIA 2AOEA 5P78A 3S53A 5P5CA 5P8FA 7UPJA 2VNNA 4FSEA 4KE1A 2HB3A 5OZDA 3S85A 2J9JB 1YTGA 5AH8A 1HVJA 5KOSA 2ZHTA 2RSPA 5P6QA 1PSAA 4GIDA 5P2DA 5P7LA 2QNNA 4YOBA 2HPEA 4FRIA 1MVPA 5AHBA 2ER9E 2G1RA 3VG1A 2HB4A 2WEDA 3NU4A 3EL9A 4Y38A 3F9QA 1FF0C 2HC0A 4H3JA 1SH9A 3URLA 1GVXA 2I4QA 3QBHA 5P35A 4IVSA 4Y4JA 4Z22A 3SPKA 1HVLA 5P11A 5P10A 4YDFA 1HXWA 4ZE6A 5IVRA 2OHUA 3C9XA 2F3EA 5HD0A 3DUYA 5P6OA 3QRVA 1E5OE 5P8DA 1YX9A 3IVHA 5ISKA 5P18A 4I8ZA 2PSGA 3RTMA 2I1AA 3R0YA 2B8LA 1F34A 3Q5HA 2G24A 2ZJKA 2F81A 1MT9A 5P83A 5OZFA 3QVIA 4HDBA 5P62A 4YOAA 5P57A 5KR8A 1B6JA 5P8EA 1BDRA 1G2KA 4B1DA 4K4QA 1BXOA 3KFSA 3O9IA 1HOSA 5OZRA 3D3TA 1EBZA 4FM6A 5P40A 1HPOA 2MIPA 3N3IA 5OYUA 4ACXA 3IGBA 4I0JA 4J0YA 5KQZA 1GVVA 4RGHA 5ENMA 5P7EA 2WF3A 2QZKA 3D1XA 2QMDA 5P50A 3M9FA 4RROA 2IRZA 3NDWA 4XX3A 1SIPA 2AVOA 3OQ7A 3BHEA 4YBFA 2ZHVA 1FMUA 3RSXA 5P29A 2O4PA 4B1CA 4OBZA 5P4QA 5P3EA 2PYNA 1XS7D 3NDTA 3SO9A 2NXDA 4Y4ZA 2QNQA 4QGIA 5P4CA 2P3BB 5P8QA 1APUE 5P74A 4GJ8A 5P30A 1HVHA 4QJAA 2FLEA 4EHCA 2P3DA 1B6MA 1XL2A 1PSNA 4EP2A 3KFNA 2IKOA 3KFRA 3LIZA 5P7KA 1K1TA 4PEPA 5HCTA 5OZBA 3VFAA 3PI0A 4DVFA 3KYRA 3OQAA 5SY2A 5OZKA 5P1FA 1FLHA 5P1EA 5P44A 5DR8A 2BPZA 5P3RA 5P2WA 2QZXA 4U7QA 2QMFA 4LXAA 5P1XA 5IVQA 2IQGA 4TVHA 5P67A 3TH9A 4Y5PA 5P4MA 3VV8A 3JW2A 4I0FA 4Q5MA 4J0TA 2VJ9A 1GNOA 1NPWA 3NDUA 3OADB 5P65A 5P42A 1BDLA 2IEOA 5P4GA 3URIA 2VIZA 5P3NA 1LF3A 1AM5A 4EYRA 5P6EA 5P3MA 2Z54A 1LEEA 1AJXA 5P8LA 3UQUA 2ER6E 2CEMA 3ZOVA 2NMYA 5P6DA 3S45A 1Z8CA 5P08A 1FQ6A 5P5SA 1ZBGA 3VFBA 5P7WA 2FS4A 5P7NA 4OC6A 5P89A 1EPRE 5P1AA 5P6AA 2HS2A 5OZOA 1PROA 3HVGA 4Y5EA 3SA8A 2XYEA 5BS4A 6APRE 3L5EA 4BFBA 4OD9B 5P0DA 3ER5E 5AGZA 5P7JA 2QI6A 3TPJA 5P09A 5DR3A 5SZ9A 4AA9A 4F73A 2VKMA 3IVIA 1B5FB 2R9BA 4B0QA 3PCZA 5P4OA 2V00A 4CMSA 4DJXA 3UDKA 2F3FA 4EJKA 3BC4A 5P7FA 3NXEA 1HWRA 2I0DA 2NR6A 3UF3A 4TVGA 1E80E 5P6RA 5P3ZA 3ZL7A 2ZHSA 1K6TA 4TRZA 4GJCA 2AODA 3HAWA 5P2TA 5P1OA 4K4PA 3ER3E 4HE9A 5P4EA 1EBKC 3I6OA 5KR2A 5P46A 4UPJA 2OHKA 2BQVA 4Y45A 2O4LA 1QBUA 5HCOA 5P06A 5P6LA 3G6ZA 4DJYA 3L38A 4FL8A 1ODYA 4Y3FA 5P15A 3R4BA 3G72A 4Y4TA 2FXEA 5BRYA 1DAZC 3EKTA 3NLSA 1EPQE 2NXMA 5P1RA 5P6JA 3BUFA 1OEWA 3ZPTA 5P5OA 2R43A 1PFZA 4FRJA 3B7VA 4CPQA 3I8WA 4ZEAA 1W6HA 5P3CA 1EPOE 5P7BA 3TLHA 3OQDA 2ZJLA 3UDYA 5P69A 5DQ2A 4I1CA 3HW1A 4GB2A 3VLBA 1FQ8A 1N49A 3BVAA 4I12A 4Y3GA 3TTPA 2XFJA 2G94A 3LPKA 1A9MA 1C6YA 1MT8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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