3NDUA

Hiv-1 protease saquinavir:ritonavir 1:5 complex structure
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Investigation of 2-Fold Disorder of Inhibitors and Relative Potency by Crystallizations of HIV-1 Protease in Ritonavir and Saquinavir Mixtures
doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nduA00
5P01A 3VSWA 2NXMA 4Y5CA 3RTMA 2QD8A 3I8WA 5P6KA 1HTRB 3H5BA 2AIDA 2Q55A 3QRVA 5P7KA 1W5YA 3S53A 4Y3HA 2NNPA 5P5BA 5P8NA 2IGYA 4Y56A 4B70A 1K6VA 5P1RA 2VJ9A 2EWYA 4EQJA 3FV3A 3L5FA 1AJXA 3IN4A 2QI7A 4LXAA 4Y50A 5P3KA 3NU6A 5B18A 5C9DA 3O9AA 3GGUA 2QHZA 3D20A 4KE1A 4OBZA 1A8KA 5P5AA 1QRPE 5P5PA 4A6CA 3PLLA 5OZUA 4DJOA 5IVRA 5J25A 1IZEA 3L59A 5SY2A 1C70A 4LBTA 5P5HA 3S43A 2PWRA 2J9KA 3OUDA 4BFDA 1FQ5A 4ZSPA 3VUCA 4ZEAA 3T6IA 2ZYEA 3ZLQA 4OBFA 1IVQA 1SGUA 4NJSA 2RKGA 1T3RA 4Y3GA 1K6PA 3O9IA 1D4YA 5P5OA 5P73A 5P4FA 4BEKA 5P2XA 1HEFE 3DCRA 4EHCA 4FE6A 5KQFA 3INHA 4J0YA 2VIYA 4EXGA 3SA3A 5P8PA 1LYBB 4FRIA 5I3YA 4GJ8A 2QNNA 1BXOA 4NKKA 2OHPA 2AZBA 5P2NA 3ZKQA 1YT9A 2QD6A 5P8SA 2AZ8A 4X2LA 2R8NA 1HVLA 2ZJLA 4WY1A 3UDJA 2FS4A 5DQCA 4I0FA 1HTEA 1LYWA 4ZSQA 3FKTA 4AA8A 5P4JA 1BVGA 4H3IA 1EPPE 4LXMA 5DR1A 2ZJHA 5P2UA 5DQ2A 1HVSA 2QMDA 5P4GA 2OHNA 5DQ4A 5P1UA 5IE1A 3LPJA 5P0XA 2VJ6A 5P28A 5E5JA 5P55A 3ER3E 1HVHA 5P20A 3S54A 2ZHSA 4Y3PA 3DK1A 4Q1NA 2I0DA 3HBOA 3EC0A 5CONA 2HPEA 4CPSA 3KYRA 5P35A 5P68A 5P6QA 5DGUA 5P41A 3VCMA 1PPLE 2QZLA 2PK6A 5P0KA 1SIPA 3OAGB 1ZTZA 3VYFA 3OXWA 5P03A 1FF0C 2Q11A 5P5DA 2I4DA 4Y5KA 2WEAA 1MTRA 1AM5A 2MIPA 5P0EA 4RRNA 3EM4A 3OOTA 1ENTE 3LIZA 5P2CA 3DM6A 4AZYA 5P4BA 3BUGA 3K5CA 5OYVA 4PZXA 4U8WA 3QRSA 3K5FA 3L58A 2H6TA 5P23A 5P3PA 2G20A 4NPTA 1SBGA 2JE4A 5P1JA 1LYAB 5P1IA 1APWE 2PSUA 4TRWA 4B78A 3DUYA 4J0TA 4FS4A 5IVQA 1TSQA 1DIFA 1FMBA 5P3OA 5OZZA 5P7DA 5HCTA 5HDXA 4I8ZA 4I0GA 2QMPA 3HVGA 2FDEA 1HOSA 3OU4B 4I0IA 1AVFA 2QI6A 3GW5A 3NDWA 2ZHRA 5P0UA 4OD9A 3KFNA 5IVSA 5P2HA 5P7ZA 2AVVA 3UTLA 3NWXA 3U71A 4QJ2A 4QJ9A 3KFSA 5KOQA 4F74A 2P3CA 1AXAA 5P81A 2FLEA 1GVVA 4YD3A 1A94A 5P1WA 4R8YA 5P6VA 5P0VA 1Z1RA 3SM2A 3PSYA 4Y9WA 4MC2A 3EKVA 5P3DA 5P5WA 1B6JA 1FFFC 5P89A 5P4HA 1K1TA 5HD0A 3RVIA 3IA9A 1E5OE 1B11A 4RVXA 4R93A 5P65A 3SO9A 4CPWA 4PEPA 3SKFA 2PWCA 3I2LA 3D1YA 1UH8A 4XKXA 5P2BA 3WZ6A 3IAWA 2QNQA 5OZ9A 3UDPA 2VNMA 4HE9A 1T6GA 2ER7E 4Y5EA 2XFJA 2WJOA 4Y5NA 4RYCA 4L6BA 5P3IA 1Z1HA 1GKTA 4Y3RA 3CIDA 1XDHA 3SA5A 3OHHA 3ZKSA 1HPSA 2UXZA 2QU2A 1QBSA 5OYWA 4RZ1A 1WBKA 4Y38A 5P7LA 4FGXA 4H3GA 4AMTA 3LIXA 5P7OA 4CPXA 5EZXA 3WZ8A 3BUHA 3QBFA 4GIDA 2P3DA 3LIYA 4GJCA 4DJVA 2APRA 3FX5A 5KQYA 5OZFA 5P1OA 3KM4A 4Y54A 1FG6C 3SLZA 1ZJ7A 5KR0A 3D91A 5P4VA 3UQRA 4Q5MA 2IRZA 3DOXA 1CZIE 3HVPA 2AVOA 1IIQA 4YCYA 3OHFA 4H3JA 5P3GA 5P3XA 1GVXA 5P8GA 3TPJA 3SA8A 4Y3YA 1SP5A 3CKTA 5P7CA 4FAFA 1TZSA 2O4NA 5OZ4A 2FDPA 4GB2A 5P5ZA 1D4LA 4M8XA 5P1LA 2V12C 3TTPA 5KQXA 3C9XA 5P6EA 2R5PA 5BS4A 2O40A 3TOFA 5P1KA 3IVIA 1FQXA 3KF0A 2QCIA 5P27A 4ER4E 1PSOE 3EKXA 3EXOA 1UPJA 1KJ7A 5P2MA 4I0HA 5OZAA 1DAZC 5P79A 3ZPTA 4B1CA 2BB9A 5P04A 3OQFA 4MC9A 2ZHVA 5FIVA 3R2FA 4WY6A 5P5GA 2PSVA 4EPJA 5OZYA 1HVIA 3SQFA 1D4SA 2CENA 5P0RA 3RSXA 1EPQE 2AODA 1ME6A 1T6EX 3PJ6A 1ZSFA 5P1GA 5P46A 5P64A 5P4WA 2CEJA 2I4WA 1BV9A 1RPIA 1FMXA 5P6ZA 4I12A 5P7VA 4ZPEA 2QI4A 4J1CA 2AVSA 5P40A 5DR0A 5P1MA 1LEEA 2V11C 3SAAA 3QROA 2QAKA 3PLDA 1W50A 5HDZA 4FL8A 1TW7A 2PK5A 3K1WA 5OZWA 4EXHA 1FQ8A 1HXBA 5P8HA 5P3RA 2AZCA 4FSLA 1MSMA 2AOJA 3KMXA 3VV7A 3OQDA 3EL4A 4ZSRA 4AUCA 1XN2A 5P0CA 5P1QA 2RMPA 2BPZA 4DPFA 1YTHA 5SXNA 3QS1A 3IGBA 3KDDA 1ODWA 5P6DA 3BRAA 1BDLA 4RCFA 4WTUA 1T7JA 2IS0A 3PBZA 1RL8A 5ISJA 2G27A 1HIIA 4I8WA 5P17A 4J1EA 5P8JA 4Y4EA 1AJVA 1SGZA 2ZJNA 1NPWA 2G1SA 4RROA 4XXSA 3AIDA 2P3BB 4OBKA 2B7ZA 5P8BA 4Y51A 4J55A 2VKMA 1AIDA 5P4AA 5P4PA 2ZJKA 3O9LA 2BPWA 5P4LA 3PWRA 1B5FB 5HE4A 1MERA 2O4PA 3ZKMA 1EBZA 5AH8A 1ZSRA 1YTJA 4B77A 3NXEA 3TPRA 3ECGA 5OZ8A 4ZIPA 2Q15A 5P1EA 1K6CA 1MSNA 3CYWA 3LPKA 1TQFA 5P3SA 3UF3A 4D83A 5P6HA 5SY3A 3KT2A 3K5GA 2IGXA 4L7HA 5P87A 4RCDA 1Q9PA 5AHAA 5P69A 3U6AA 4A4QA 4J54A 5DR7A 5P5RA 1G0VA 1HSGA 5P8DA 3ST5A 1N49A 5P8AA 5P1XA 5OZ0A 2WHHA 5P4ZA 3S85A 4M8YA 1SDVA 1EC3A 2CEMA 3VLBA 3OTYA 4Y3TA 1LS5A 3MXEA 2J9JA 3NU5A 1GNNA 1K2CA 3O9HA 3LIQA 5P0AA 4DJWA 5P1YA 2XFIA 5UPJA 4Y3SA 1EPOE 1ODYA 3QP0A 4HZTA 5AGZA 2NXLA 1LYBA 4OBJA 3G6ZA 4FRKA 5P0TA 1C6XA 4OC6A 5JG1A 5P5UA 2FXDA 2OHLA 5P6PA 4F73A 1OHRA 2F81A 4J1KA 5P1VA 5HE7A 3UCBA 3LPIA 5OZPA 3T7PA 3D1XA 5OZ7A 4J0VA 1ZAPA 3EKTA 3VYDA 4YD5A 5P5YA 4PHVA 2B8LA 4ZE6A 2R38A 4Y3AA 2VJ7A 1FQ6A 4DQCA 2WEDA 4CPTA 4MC6A 5P7FA 3JW2A 1MIQA 5P66A 1FG8C 3QIHA 3EKQA 1AZ5A 2F3FA 4I0EA 2QZKA 2AQUA 1W6IA 4S1GA 2NR6A 3A2OA 2I4QA 3TKWA 3OXVA 1BDQA 4DQFA 3BXSA 5OZKA 1TCXA 1MPPA 4Y3NA 2PC0A 5P3JA 3GI0A 3OAGA 1NPVA 1SDUA 5P8IA 4RCEA 3Q5HA 5P50A 4A6BA 1GVUA 3QN8A 1IZIA 2VIZA 1D4IA 4OBZB 5P1ZA 2P3AA 3UFNA 4LHHA 1LF3A 3BHEA 3NU3A 1EBKC 2AOEA 2WF3A 2OHQA 4Z22A 5P70A 3O9BA 5P84A 2V16C 3K4VC 4L1AA 5OYUA 4NJTA 4B1EA 4Y36A 3Q3TA 8HVPA 3PMYA 4BELA 3EM6A 3OQAA 4QLHA 4LAPA 5IVTA 5P4UA 3QVIA 1EC2A 2WECA 2G24A 5OZJA 1W5XA 2Q3KA 5AH6A 5HU1A 1XE5A 5P0SA 3UDKA 5P33A 1EPNE 3LINA 5P2DA 3L5EA 5P7YA 3PRSA 3VYEA 2FIVA 1SMRA 4Y44A 2G94A 4YDFA 5P39A 1SMEA 5P2AA 2VIJA 3PM4A 3CMSA 5OZ6A 3IXJA 1YM4A 4GJ9A 2O4KA 2RSPA 3IXKA 5HDUA 4R5NA 5P5IA 2Q64A 3HZCA 4IVSA 5ER2E 3NWQA 5DPZA 4GZFA 4I1CA 3NDUA 5OYSA 5P85A 3BGCA 1F7AA 1FEJC 3S7LA 2H6SA 2OHRA 3PGIA 2B42A 3GI6A 5OYTA 3SM1A 3B80A 3D3TA 5P56A 2QI3A 1MESA 5P2ZA 3FSMA 5P1AA 4Y5BA 4OBGA 2IEOA 4KUPA 5P0NA 3D1ZA 3VV6A 3OGQA 5P6AA 2AVQA 2QMFA 3PVKA 4YD6A 5P06A 3OTSA 5P83A 1YTGA 5KQZA 2AVMA 3OQKA 3CKRA 5EZZA 4K9HA 3PMUA 1LV1A 2P8HA 5P14A 2HB4A 2FGVA 4Y47A 3FNUA 1K2BA 4Z50A 3NYGA 3O9EA 4FLGA 5P7RA 3OU1A 5P7PA 2B60A 5P5QA 3UDHA 5P29A 1U8GA 5BRYA 4I0JA 2JYSA 1HPXA 5P0ZA 4J5JA 2HIZA 4Y57A 1BVEA 5OZ3A 2G69A 1FKNA 3MXDA 2WF1A 1ZPAA 4Y5PA 3BC4A 1LF2A 1FMUA 2UPJA 1UH7A 5P7BA 3EMYA 3S45A 3O9DA 2OHTA 1QBTA 1VIJA 3T3CA 3T11A 2QD7A 2OF0A 3NU4A 5P0LA 3M9FA 3GGVA 3N3IA 3NR6A 3PWWA 4JECA 4B1DA 5IS4A 3EKPA 5P26A 5P32A 4Y3JA 3OU3A 5P4MA 3NXNA 4OD9B 3IXOA 2ZJMA 4ZLSA 4GJBA 1M0BA 5P3QA 3HDKA 4U7VA 7HVPA 2BBBA 4FSEA 1B6KA 3OADB 4GJ7A 4HDPA 4RLDA 5OZVA 1HSHA 4YBFA 3UQPA 5P2LA 4LL3A 2NXDA 2JXRA 2BJUA 4B72A 5OZGA 1BIMA 2FDDA 3OY4A 5P4OA 5P51A 2FNTA 4RGHA 5P12A 1HIVA 2AOCA 2OHSA 3IVHA 2SAMA 3MSLA 3H0BA 1NSOA 3LIVA 4KB9A 3O9CA 2PH6A 5P18A 4N00A 5P2FA 2ZGAA 5P54A 3EM3A 3TNEA 4YD4A 2G21A 4Y35A 5P19A 4OBHA 4OBDA 3VF3A 2V00A 1YTIA 1D4KA 1IZHA 5P57A 4DV9A 5T4SA 4ACXA 5P7NA 3JVYA 1APTE 5P3HA 2AOHA 1CMSA 2RENA 4Y41A 2HB3A 3NDXA 4APRE 2QI0A 5P3EA 1EPLE 1PROA 1NPAA 5P36A 5P6LA 5P7UA 5P48A 2I1AA 2PYMA 1A30A 3SFCA 2F3EA 4Y5LA 2G26A 4DQGA 3B7VA 2HM1A 4YCKA 3LITA 4DUSA 2V0ZC 1Z8CA 4FM7A 2ZE1A 4EJ8A 1E82E 4YE3A 4EP3A 2QU3A 2WF4A 4Y4GA 4UPJA 4PZWA 5P7AA 2ZHUA 5P45A 5P77A 5P4XA 3ZL7A 3TL9A 1FGCC 1BXQA 1APVE 4TVHA 2PYNA 5P3VA 1KJFA 4Y3XA 1GVTA 5P4SA 1WKRA 5OZ2A 4F75A 4GYEA 3ZPUA 4YOBA 5P6FA 3CKPA 3PI5A 1ZPKA 2QMGA 5P2SA 5P5SA 5P88A 1ER8E 4Y58A 5KAOA 1D4HA 4YD7A 4LP9A 4EWOA 4Y4TA 3HAUA 2JJJA 3DV5A 3NUJA 2VNNA 5P8EA 2Z4OA 2R43A 5P3LA 2HAHA 4AA9A 1EAGA 1YX9A 3WB4A 5P7WA 4Z4XA 3FNSA 3Q4BA 5P38A 5P3TA 4DQHA 2B8VA 2HC0A 1WBMA 1SIVA 5I3XA 4KE0A 3ZMGA 1META 3UDNA 5P1BA 5BWYA 3ER5E 5P3ZA 2XYEA 5P76A 1HVRA 4NJVA 6UPJA 1KJ4A 4Y3EA 5P5MA 4DFGA 3I25A 3BVAA 5DR4A 5P8QA 2BKSA 3VV8A 4FM6A 3L38A 3KMYA 5P1TA 4CPUA 4XX3A 1XE6A 5P63A 3EKYA 1W51A 2VA5A 2IKOA 1YM2A 1XN3A 2OHUA 3TOHA 4I11A 3GGAA 3PCWA 1DP5A 5P08A 5P5CA 5P2JA 2BPYA 4YDGA 3UDMA 2A1EA 2I4UA 1DPJA 1QDMA 1IBQA 5TOLA 5P6BA 4U7QA 5P1NA 1PPME 2Q63A 4NJUA 5P3FA 1XS7D 1JLDA 5OZTA 5COKA 2O4SA 4EJKA 3S8IA 5DGWA 4K4RA 1D4JA 5P7HA 3UDRA 5P6OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P01 A;  3VSW A;  2NXM A;  4Y5C A;  3RTM A;  2QD8 A;  3I8W A;  5P6K A;  1HTR B;  3H5B A;  2AID A;  2Q55 A;  3QRV A;  5P7K A;  1W5Y A;  3S53 A;  4Y3H A;  2NNP A;  5P5B A;  5P8N A;  2IGY A;  4Y56 A;  4B70 A;  1K6V A;  5P1R A;  2VJ9 A;  2EWY A;  4EQJ A;  3FV3 A;  3L5F A;  1AJX A;  3IN4 A;  2QI7 A;  4LXA A;  4Y50 A;  5P3K A;  3NU6 A;  5B18 A;  5C9D A;  3O9A A;  3GGU A;  2QHZ A;  3D20 A;  4KE1 A;  4OBZ A;  1A8K A;  5P5A A;  1QRP E;  5P5P A;  4A6C A;  3PLL A;  5OZU A;  4DJO A;  5IVR A;  5J25 A;  1IZE A;  3L59 A;  5SY2 A;  1C70 A;  4LBT A;  5P5H A;  3S43 A;  2PWR A;  2J9K A;  3OUD A;  4BFD A;  1FQ5 A;  4ZSP A;  3VUC A;  4ZEA A;  3T6I A;  2ZYE A;  3ZLQ A;  4OBF A;  1IVQ A;  1SGU A;  4NJS A;  2RKG A;  1T3R A;  4Y3G A;  1K6P A;  3O9I A;  1D4Y A;  5P5O A;  5P73 A;  5P4F A;  4BEK A;  5P2X A;  1HEF E;  3DCR A;  4EHC A;  4FE6 A;  5KQF A;  3INH A;  4J0Y A;  2VIY A;  4EXG A;  3SA3 A;  5P8P A;  1LYB B;  4FRI A;  5I3Y A;  4GJ8 A;  2QNN A;  1BXO A;  4NKK A;  2OHP A;  2AZB A;  5P2N A;  3ZKQ A;  1YT9 A;  2QD6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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