3NDWA

Hiv-1 protease saquinavir:ritonavir 1:15 complex structure
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Investigation of 2-Fold Disorder of Inhibitors and Relative Potency by Crystallizations of HIV-1 Protease in Ritonavir and Saquinavir Mixtures
doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ndwA00
5P2HA 5P8PA 3VSWA 4EP3A 5P0AA 5P60A 1BDLA 4GJ9A 2PWCA 1BBSA 5P3ZA 2AOFA 3VUCA 1DMPA 2V0ZC 2R3WA 3QROA 1HVRA 5P4AA 1IIQA 5P0VA 1LYBB 3T7XA 4YD7A 4YBIA 5P3FA 1GVUA 2FXEA 2BQVA 4ER2E 5P75A 3GGVA 5P5JA 1EBYA 1KJ7A 4YA8A 4R95A 3AIDA 5P5FA 5P2RA 5P80A 4H3GA 1AXAA 5HDXA 1XL2A 3PCWA 5P2TA 5P8SA 5P6TA 5P4SA 2ZE1A 3Q6YA 4DJYA 3BGBA 4Y3PA 2B7ZA 3T11A 3ER5E 1PSAA 1EC0A 4Y41A 5P7FA 4Y5KA 1SDUA 2QI0A 4KE1A 1MPPA 2QP8A 4EQJA 5P4NA 3LPKA 2QHZA 4Y56A 1YM4A 3NDXA 4K4RA 5OZSA 4DQBA 5P8QA 5P4ZA 5P2OA 1RPIA 5P5MA 5P3XA 1HHPA 5OZWA 5P0MA 2MIPA 3OAGB 5P3NA 4WY1A 3I8WA 1AVFA 3S54A 4N00A 2RSPA 3EMYA 5P73A 4EJKA 5KQYA 1FFFC 5ENKA 5F01A 5JFUA 1KJGA 2QNQA 2J9JA 5OZBA 3QAAA 5P1VA 2AOGA 2ZHSA 4B1EA 3SKGA 3SA8A 1BV9A 5P02A 3HAUA 5I70A 3GI6A 5P45A 2QD6A 3Q5HA 1BWAA 4HLAA 3UCBA 3EKVA 4XX3A 3EM6A 5KR0A 4ZSPA 1SDVA 2XYFA 5P3YA 2P3DA 5P7KA 5TOLA 5P4DA 3RVIA 3EKPA 4K9HA 4HVPA 5P4EA 4COEA 2VNNA 3EL4A 4DFGA 3LHGA 5P1RA 5P41A 2V00A 4J55A 2QZKA 5P4XA 5P7YA 1D4KA 5P6KA 3NU5A 5P14A 2ZJIA 4A4QA 1A94A 5P2BA 2ER0E 1YTJA 4PEPA 1SMRA 3LNKA 1GKTA 1K1UA 3QS1A 2WF2A 4AMTA 1BDRA 5ENMA 2R9BA 3ZMGA 3O9IA 2AZBA 4TRWA 4RYGA 3VV8A 2WEZA 5P64A 3UHLA 5P09A 1T7IA 3FNSA 5P59A 4GJBA 2Q54A 3BVBA 5P4BA 1PPKE 5P4RA 5OZXA 2NXDA 5P0UA 5P5HA 2I0DA 2WEBA 2QMDA 3BVAA 2APRA 5P1PA 3MSJA 5P6HA 4Q1NA 2G69A 1YG9A 5P3JA 1MT8A 5P0KA 1XN2A 1CZIE 4Y4JA 2OHMA 2R5PA 1HPSA 4FAFA 1TQFA 5CLMA 3OUBA 5P01A 1FG8C 5OYQA 2FDPA 5OZ2A 5P5YA 1D4LA 3NU3A 5P78A 3APPA 4LAPA 3CIBA 1UH7A 4Y4GA 4LP9A 3T7PA 5P37A 5DR0A 2FDDA 1DW6C 1GNNA 2ZHRA 3PLDA 3ZKIA 4CPSA 1HVKA 3BXRA 4Y3SA 2IQGA 4Y3JA 5OZDA 7UPJA 3TOGA 4OBFA 2VIZA 2QU3A 2V10C 4L1AB 2PSGA 4KUPA 5P08A 3BXSA 2QZLA 4IVSA 1APVE 5P85A 2BKTA 3EKTA 5P17A 5P1MA 1F7AA 5P05A 1G35A 3LZSA 4TVGA 3I6OA 3URIA 1C6XA 5OYWA 2CENA 5P20A 5DR8A 3QPJA 5FIVA 5SY2A 2P4JA 3DK1A 1MVPA 4DVFA 4FM6A 1ODYA 1XL5A 1DIFA 3IN3A 5OZCA 3TKGA 5P8OA 4Y58A 5P0SA 5OZ0A 5OZ3A 5P1TA 5HCTA 5IVSA 3ER3E 3FIVA 3F9QA 4Y5LA 1D4JA 3T3CA 4CPQA 5OZGA 3ZPTA 5P6VA 5CONA 5P42A 5KR2A 5P28A 3FNUA 2I4QA 2ZJKA 5P77A 5DQ1A 2FXDA 5P2DA 3T7QA 4J1HA 5OZYA 3AUPA 4Y4DA 5P1IA 5P8LA 4EWOA 3ZLQA 3EKQA 1HVHA 2QMFA 4LXAA 4ZPGA 4RYCA 1ME6A 2PSVA 4Y3ZA 1LV1A 1G0VA 2ZJNA 4Y5EA 2PC0A 5P3MA 2OHTA 1TCWA 5P3GA 4HE9A 1T6GA 3KMYA 5EZXA 2SAMA 3KFSA 4OBHA 5P6RA 4NJSA 1TZSA 2ZYEA 2F3FA 2NNKA 2G26A 3PM4A 5P6MA 4B1CA 4H3JA 5P0JA 5HU0A 4GJ8A 5ISKA 1XS7D 5P47A 1LYBA 5P0YA 3ZKGA 2J9JB 5P33A 1FG6C 5IVTA 5P7IA 1PFZA 5P6UA 5DGUA 3OQAA 3OGQA 5DR4A 2I4WA 1W5YA 2QMGA 1HSHA 5P65A 5I3WA 1NSOA 4HDBA 2G20A 1AM5A 3I7EA 4FRSA 5P8RA 4Y4WA 4J0ZA 2CEMA 5P68A 5P54A 4Y3FA 1MSMA 3DCRA 1B6JA 1D4YA 3NR6A 5P3AA 4D89A 1NH0A 4ER1E 4H1EA 4K4PA 1B6PA 2OHQA 5P1BA 3JVWA 1FQ4A 5OYYA 4AA8A 3KDBA 2FMBA 2VKMA 4OBZA 4J1EA 1JLDA 5P7QA 5HDVA 2XFIA 1APUE 4ZPEA 1EC3A 3R0YA 2IEOA 3O9AA 2ZHTA 5P8AA 3MWSA 3OOTA 4FRJA 5P1CA 1UH9A 3NDTA 5P8IA 3NWQA 3VFBA 5P2NA 2QD7A 5P2FA 4Y9WA 5P7MA 1HIVA 1YTGA 3OAGA 4ER4E 4OBKA 5P13A 4DQCA 3SA5A 4GIDA 1SBGA 1APTE 3LIYA 5P5BA 3QP0A 2H6TA 1QDMA 3O9BA 4Y48A 2XYEA 5P7UA 2O4SA 4I1CA 2PH8A 1PSOE 4Y3HA 2V11C 4R91A 3KT2A 4I8ZA 5DPZA 1LS5A 1BDQA 2FGVA 2G1YA 1IVPA 2AZ9A 2O4NA 5P79A 4J17A 5P25A 1WBMA 2P83A 2QI3A 5P5QA 3EKXA 3R2FA 1FMXA 3BGCA 3LINA 1HSGA 3L5FA 4DJVA 3URLA 3SA4A 3H5BA 3ZKNA 4I0GA 3A2OA 5BWYA 2Q63A 1Q9PA 2P3BA 4QJ6A 1ZPKA 3PSGA 3TPLA 1BWBA 1HXBA 3OUDA 4MC6A 3ZKSA 1IVQA 5IS4A 2IS0A 4YOAA 2AOHA 1HIIA 5P7TA 3FX5A 5HU1A 4OD9A 4BFDA 4DV9A 5P7DA 2Q11A 2A1EA 4YHQA 1EC2A 3SFCA 4AZYA 3CKRA 2QI1A 3ZL7A 4F74A 5OZJA 3UQXA 4RLDA 2HAHA 4E43A 1HVLA 2BKSA 4DJUA 4LXKA 5P76A 5P2YA 5P3KA 1IZEA 2AVOA 3PVKA 5P6YA 3DOXA 3PBDA 1WKRA 1HPXA 3TPPA 2OHUA 3OUAA 2OHKA 5P1XA 1W6IA 2IKUA 4GB2A 3D1ZA 5P7LA 1EBKC 4IVTA 3RU1A 5JG1A 1FEJC 4CPXA 5OZEA 2EWYA 3LZUA 4RROA 1B6MA 5SY3A 2HPEA 3GI0A 1EPNE 4YOBA 3LZYA 5OYVA 1MSNA 1KJ4A 2G1NA 2V16C 3KN0A 5P3EA 4EHCA 3ECGA 5P5SA 5P69A 2AODA 1FKNA 5P8TA 4R92A 2AVSA 2HIZA 1QBRA 5OZUA 5P2MA 5P7NA 5P7ZA 3TH9A 1ZP8A 3TNEA 4NPUA 5P3QA 3HDKA 1GNOA 2WL0A 3NDUA 3L3AA 1SDTA 2XFJA 2NMYA 4JP9A 2V12C 3LIQA 1YM2A 4DI2A 3O9CA 5P6SA 3U71A 3OTSA 5P4WA 2G94A 3NUOA 3L38A 3FSMA 2HM1A 2ER9E 1GVVA 3VF3A 5P4QA 4FM8A 5P1YA 2O40A 3IN4A 2QI4A 5KAOA 3G6ZA 3NXEA 3OQFA 4UPJA 4OBZB 5P46A 5KOQA 2VA7A 5JFPA 3UDPA 2VIEA 3UFNA 3LPIA 3NSHA 3URJA 3S45A 1B5FB 2RKFA 3KFNA 2NMZA 4Y5PA 5P8VA 2F3EA 5P1SA 4I8WA 4Y3RA 4F76A 3Q70A 5P8KA 5P5IA 1HOSA 5P3TA 4NJTA 5P5VA 3UDKA 3VSXA 4J54A 1SGUA 4Y3EA 3ZPUA 3NDWA 5P72A 3KM4A 5P1NA 1M0BA 1B6LA 5P5LA 1AIDA 1EEDP 4YCYA 5P3UA 4ZIPA 5P5GA 2OHRA 4RGHA 5P5KA 4NJUA 4EXHA 2WECA 4PPHA 4OC6A 3ST5A 1SIVA 4I0IA 1WBKA 3PSYA 2Z54A 3WB5A 5PEPA 5P0XA 2G1SA 4Y38A 4B77A 1PROA 4LC7A 4BELA 2Z4OA 5P8FA 1HTEA 3K5CA 1DP5A 5P24A 4L6BA 1G6LA 2QD8A 5P1EA 3RTHA 4X7IA 5P2LA 1CPIA 2P3BB 4EP2A 4Y3WA 5OZ7A 4RCFA 3TL9A 1SIPA 1LYWA 3OUDB 3L58A 4GJ5A 3PGIA 3R4BA 3NU9A 8HVPA 4QLHA 4DJRA 4B70A 4GJ6A 4KB9A 5P2UA 2A4FA 4OD9B 5HE4A 2QI7A 1HRNA 5HDUA 4R93A 5P62A 5E5KA 5P66A 1A9MA 4GJCA 3PI5A 1W5XA 2AZCA 4LHHA 5P6ZA 1T3RA 2PWRA 5J25A 2VIJA 3U6AA 1VIJA 5P3BA 3CKPA 2XFKA 2AVVA 4DPFA 3SA6A 5OYXA 3S85A 1AJXA 1W6HA 3PB5A 5P0OA 3NWXA 4Z50A 5P4LA 4Y4XA 3O9HA 1MUIA 3CIDA 2Q15A 3KDCA 1C6YA 3VEUA 2VS2A 5P4FA 5P0CA 3PLLA 1K6VA 2ZJLA 3H0BA 4QJAA 4Q5MA 1NPAA 3TTPA 4BEKA 5P04A 5P1UA 5P7PA 3EL1A 4FGXA 2PK5A 5P5EA 2V13A 5P1WA 5P2GA 3NUJA 3UFLA 2P8HA 1D4HA 2J9KA 5P3PA 3UDHA 4L7HA 3SM1A 3PJ6A 4YD5A 4I12A 3PMYA 5OZ1A 2IL2A 1K6PA 3HVGA 4DJWA 5AHBA 3T6IA 2RMPA 5P6WA 4CP7A 2QAKA 3O99A 1YT9A 4J0PA 4QJ8A 3UDJA 5P88A 4TRYA 5P2JA 1HEFE 4WY6A 3UTLA 1EPRE 4RZ1A 3B7VA 5P2IA 2R5QA 5DR3A 5P7GA 2IDWA 2AOJA 3SABA 3VF5A 1XN3A 5P0BA 3UDRA 4U8WA 4I0EA 2I4VA 3R0WA 5P6PA 2OHPA 5HVPA 2QNNA 2WHHA 2QK5A 5DQ5A 3INEA 4I0ZA 2G22A 3BRAA 1K6CA 3OHFA 5OYUA 2NR6A 5ER1E 3O9EA 5OYSA 1BVEA 4QJ7A 3OQDA 2WJOA 4Y5BA 2WF3A 3LITA 3L5EA 5P8GA 3OU3A 5P19A 4Y4EA 3DUYA 3IAWA 1BXQA 2F3KA 2BB9A 2PK6A 5P5XA 3EL0A 3HD8A 4M8XA 2BPYA 3OXWA 3ZKXA 2R38A 3DV1A 1A30A 1QBUA 2FLEA 1UH8A 1ZSFA 3WZ7A 2HB3A 4Y5GA 3S43B 5P39A 4GJ7A 5P6QA 5P40A 5P6DA 3CYXA 3SAAA 1C6ZA 1HEGE 1EPOE 2ER7E 5P8DA 3EXOA 5P3RA 4OC6B 3K4VA 3K5DA 4Y3DA 5OYRA 1M4HA 1BAIA 5IVRA 2R43A 1Z1RA 5P4VA 2PH6A 2AVMA 3G72A 5P5CA 3D1XA 1LZQA 3L5DA 3OQ7A 1GNMA 3L5CA 1LF4A 4YCTA 4ZSQA 4TRZA 5OZ8A 2CEJA 2IGYA 3UDNA 3NYGA 4JPEA 2UPJA 1SMEA 3PMUA 5P7AA 1IDBA 2UY0A 4EYRA 1EBWA 4NPTA 2P3AA 5P2CA 1RV7A 5OZAA 5OZLA 4I0DA 5P0IA 2WF1A 5SXNA 3IVHA 2NNPA 2JE4A 4YD4A 1B5FA 3BHEA 2O4PA 1TSQA 1LYWB 2F8GA 3JW2A 2B8LA 4Y53A 4OBJA 5P1LA 2O4KA 3LIXA 4DPIA 5AHAA 1FFIC 3VFAA 4ACXA 5JODA 5P30A 2QZXA 5T4SA 5P83A 1D4SA 2JYSA 4Y43A 5P4IA 4Y3NA 1HVIA 4HA5A 1GVTA 5P61A 5AGZA 4H3IA 6APRE 3GI4A 1FMUA 4DQEA 5P5DA 3OK9A 3CYWA 2FS4A 5P0PA 2FIVA 1APWE 5P6EA 1W5WA 2PYNA 3SA7A 5COKA 1GVXA 4CPUA 2I4UA 3PEPA 1GVWA 5OZRA 4B0QA 3NU4A 1FGCC 1MTRA 2QU2A 4Q1YA 1FQ8A 1FQXA 4I0FA 4F73A 4DH6A 5P0ZA 1AZ5A 3O9GA 3TKWA 5P3VA 1T7KA 4Y4TA 3LIZA 4LBTA 4L7JA 3OADB 3HAWA 5P0EA 5P38A 5OZKA 5P16A 2BPVA 2PMAA 4DJXA 3UPJA 3VCMA 3VLAA 5P6GA 4CPRA 2VA5A 3QI1A 1E80E 5P34A 5P32A 4Q1WA 2UXZA 4M8YA 3KFPA 2I4DA 3LPJA 2HB4A 4FSLA 1EC1A 4ZE6A 5OZPA 4U7QA 4FM7A 5P1AA 2VJ6A 4I11A 2JJJA 5HD0A 3QBHA 5P31A 4FRIA 4YD6A 5P50A 3VG1A 3OY4A 4J0TA 1BIMA 3OGPA 3UF3A 4J5JA 4Y5AA 1PPME 3OXXA 2ZGAA 4RVXA 4RCEA 3NU6A 4KE0A 1EBZA 2F81A 2FNTA 3O9LB 3K5FA 3OU1B 5OZ9A 3K4VC 5P6AA 3D91A 3FNTA 5C9DA 3EL9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2H A;  5P8P A;  3VSW A;  4EP3 A;  5P0A A;  5P60 A;  1BDL A;  4GJ9 A;  2PWC A;  1BBS A;  5P3Z A;  2AOF A;  3VUC A;  1DMP A;  2V0Z C;  2R3W A;  3QRO A;  1HVR A;  5P4A A;  1IIQ A;  5P0V A;  1LYB B;  3T7X A;  4YD7 A;  4YBI A;  5P3F A;  1GVU A;  2FXE A;  2BQV A;  4ER2 E;  5P75 A;  3GGV A;  5P5J A;  1EBY A;  1KJ7 A;  4YA8 A;  4R95 A;  3AID A;  5P5F A;  5P2R A;  5P80 A;  4H3G A;  1AXA A;  5HDX A;  1XL2 A;  3PCW A;  5P2T A;  5P8S A;  5P6T A;  5P4S A;  2ZE1 A;  3Q6Y A;  4DJY A;  3BGB A;  4Y3P A;  2B7Z A;  3T11 A;  3ER5 E;  1PSA A;  1EC0 A;  4Y41 A;  5P7F A;  4Y5K A;  1SDU A;  2QI0 A;  4KE1 A;  1MPP A;  2QP8 A;  4EQJ A;  5P4N A;  3LPK A;  2QHZ A;  4Y56 A;  1YM4 A;  3NDX A;  4K4R A;  5OZS A;  4DQB A;  5P8Q A;  5P4Z A;  5P2O A;  1RPI A;  5P5M A;  5P3X A;  1HHP A;  5OZW A;  5P0M A;  2MIP A;  3OAG B;  5P3N A;  4WY1 A;  3I8W A;  1AVF A;  3S54 A;  4N00 A;  2RSP A;  3EMY A;  5P73 A;  4EJK A;  5KQY A;  1FFF C;  5ENK A;  5F01 A;  5JFU A;  1KJG A;  2QNQ A;  2J9J A;  5OZB A;  3QAA A;  5P1V A;  2AOG A;  2ZHS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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