3NR6A

Crystal structure of xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) protease
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
124
structure length
120
Chain Sequence
TLGDQGGQGQEPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of XMRV protease differs from the structures of other retropepsins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease p14
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Xenotropic mulv-related virus vp62
total genus 27
structure length 120
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nr6A00
2FNSA 1VIKA 4Q1YA 1Z1HA 3EKYA 5P1XA 1MT8A 5OZ9A 4NPUA 3NDXA 3EL0A 2PH8A 1DP5A 3UQUA 2H6SA 5P5WA 5P0AA 5JG1A 4OBZB 4Y56A 1G2KA 3UDJA 2AVOA 4Y45A 4Y3XA 3WB4A 5P4LA 4X7IA 1LF3A 3PBZA 4Y5AA 3KMXA 2V11C 5P5TA 3O99A 1BXQA 4L7GA 2A1EA 3EMYA 2PSGA 1MEUA 2P3CA 5P4KA 2VS2A 5P4BA 2P8HA 1UPJA 1M43A 1ODWA 1G0VA 1OEXA 5P4DA 1B6JA 3JW2A 4YBFA 4Y5GA 5P3EA 3BUGA 3PLLA 4GMIA 5HDXA 5P0PA 1BVEA 3IXKA 2IGYA 1SDUA 3SO9A 5P83A 4Y5CA 1HVHA 5ER2E 1FQ6A 2VKMA 3OGQA 3RVIA 1E5OE 1FMBA 2QHZA 5OZRA 2JJJA 5P13A 3BVAA 3T3CA 3WZ6A 2OHLA 3OUAA 3NR6A 5P6NA 3VF7A 5E5JA 2ZDZA 1D4SA 1SH9A 5P68A 5P5OA 4CP7A 5P41A 5SY2A 5P8KA 2QD6A 1GKTA 5P1OA 5P4TA 1B6PA 5P3UA 4QLHA 4DJVA 5P5AA 4PHVA 1EC1A 4B0QA 1HTRB 1K1UA 5KR1A 2QU3A 2Q54A 4I11A 1MRXA 3L58A 4NKKA 5P2DA 3NLSA 4DJYA 5P67A 4E43A 3R4BA 4EP3A 3IAWA 4J5JA 4Y3LA 3D20A 5P30A 1GVWA 3HZCA 3OADB 4I0DA 4Y54A 4FM8A 1ZLFA 5P0BA 4RYGA 2B60A 4A6BA 1RV7A 3LIQA 3SA6A 5COKA 1QBSA 2QMPA 4Y38A 2I0AA 5P1MA 3MSJA 5EZZA 4J0YA 5OZ0A 3FKTA 5P4JA 1K2CA 1MSNA 3NU4A 4AA8A 3ZKIA 2J9KA 1AVFA 5P5EA 1T7IA 3FX5A 2G69A 5P0KA 4FRKA 4DPIA 5P33A 2FGVA 3CYWA 5P3XA 2BPWA 4YD7A 4CMSA 1DAZC 4XXSA 2VJ9A 5P47A 5P7OA 5P3SA 4HDBA 5P85A 3PVKA 3INHA 3RU1A 5JFPA 2Q3KA 4RVXA 5P5FA 4I0HA 3ZKGA 5OZ5A 2Q64A 3OAGA 4LXAA 4Y4EA 5KOQA 4IVSA 4Z4XA 2OHUA 2AZBA 1HPOA 5P5GA 4WY6A 3D1XA 2Q63A 3TOHA 5P4SA 4ER2E 5I3VA 5ER1E 1MRWA 1IIQA 5AH7A 3LITA 3ZKNA 4YBIA 3GGAA 1CMSA 5OZUA 1SGUA 5OZ3A 4I0IA 1UH9A 3EL1A 3QBFA 1W6HA 3BXSA 3SM2A 2AOCA 5P6KA 1K6PA 4Y48A 4H3JA 3UDMA 1SMRA 3URJA 5P2RA 2BKTA 3LZSA 3S56A 3ER5E 3NU9A 5P6IA 5P6JA 4B1DA 5DR4A 1T7JA 3SA9A 4FE6A 3CKTA 1M0BA 2AOHA 4EJ8A 3OXCA 5P2IA 1SMEA 5P12A 5P8EA 5OZBA 3HLOA 4QJAA 2AVMA 3PHVA 4ZPEA 2B42A 5P48A 3UQRA 3LNKA 5P1DA 3OY4A 5P4OA 1YM4A 5P60A 3O9BA 5AHCA 3SACA 5OZTA 2AVSA 3VLBA 5P20A 5P4ZA 5AHAA 3R0YA 1HVIA 2NMZA 5DQ1A 1C6ZA 4K4PA 4A6CA 4NJSA 1TZSA 4CPRA 2AZ9A 1EEDP 3OK9A 2AOIA 5HDZA 4HDFA 4XKXA 5P0DA 4AA9A 3I6OA 5P55A 4GJBA 5ENKA 1J71A 5OZ6A 2QZLA 2ZJHA 5P7BA 5P5ZA 1PPLE 1RNEA 3A2OA 3L38A 4I0EA 5P4MA 5P6BA 1HRNA 1NH0A 4EPJA 2HB2A 3PB5A 3R2FA 1EPNE 2VA7A 5OYSA 1ZTZA 5P0RA 5P7NA 2G1OA 5P2FA 2QK5A 5P2GA 3RTHA 4L1AA 1HVKA 3QVIA 5P08A 1HVRA 1IZEA 1HOSA 1D4KA 5SXNA 5T4SA 4M8YA 3LINA 2PSVA 2ZHRA 5OZSA 4Q1XA 4Y44A 5OZ7A 2BPYA 2NXMA 5C9BA 2F81A 2OF0A 3K4VA 1IZHA 5P1UA 4D89A 5P8AA 4YA8A 2ZJLA 3N4LA 1IVQA 2PK5A 1FB7A 5OYRA 4Y43A 3GGUA 1KJ4A 1BV9A 2JYSA 4GJCA 5P6RA 1MERA 5P2CA 5B18A 5P5JA 1F7AA 3CICA 3PSGA 5I70A 3D91A 5OYZA 1ZPKA 4Y9WA 5P64A 3HW1A 1D4IA 5P39A 4LAPA 2WHHA 2NTRA 4Z22A 2I4DA 4DJUA 4CPXA 4DFGA 5P86A 4EYRA 2FS4A 1C6YA 2NR6A 5OYWA 2QI3A 4A4QA 4Q1NA 1FFFC 2PSUA 3Q5HA 4MC6A 5P25A 1FEJC 1BWBA 2QNQA 5P2KA 2VIYA 3LZYA 2IRZA 3TOGA 1W5XA 3SA7A 3GW5A 3QN8A 4ACUA 1UH7A 1HVLA 1IZDA 3KDCA 5HE5A 4U8WA 4QJ8A 2OHSA 1T7KA 5P27A 3PSYA 2O4SA 2IDWA 1T6GA 2QI5A 2AOGA 5P34A 1YG9A 4DVFA 3OAGB 3S43A 1EPPE 5P46A 3ZKMA 2J9JA 4EHCA 2WJOA 5AH8A 5P2AA 4ER1E 1HXBA 4YOAA 4OBGA 4Y3SA 5P07A 5P3BA 4Y4DA 2ER7E 5P77A 2VNMA 3OXXA 3CMSA 3HVGA 5HD0A 5OZNA 2PMAA 5P1VA 4BEKA 5P0QA 2QZKA 4ZE6A 3R0WA 4H3IA 4RYCA 5P4IA 2B8LA 1LYWA 2WEAA 4F76A 1ZSFA 3MWSA 4L6BA 2FXDA 5KQXA 3UHLA 1EC2A 3OOTA 4TVGA 3TKGA 4Q1WA 5DGUA 1ZJ7A 3L5EA 1EBWA 2QMDA 5P1RA 3LIYA 5P2BA 3VV7A 5P7TA 4FSLA 4QJ6A 2XFJA 3B7VA 5P8NA 4J1IA 5AGZA 1QS8A 2V10C 3OWNA 2QD8A 4Y39A 1PSAA 3K1WA 5P2ZA 4S1GA 2BBBA 3H5BA 3CYXA 1FQ5A 5OZOA 3PEPA 3FV3A 5P7DA 2IL2A 5P73A 2QI0A 3QIHA 5P3AA 5P65A 3VYEA 2P3AA 5OZ8A 3MXDA 5P4RA 3EM6A 1XE6A 3B80A 3NWXA 5P2OA 5P1QA 5BWYA 3LPIA 4Y3JA 5P78A 5P6YA 3GI6A 3L5DA 5P29A 5COPA 3EKVA 4I0GA 2F3FA 4FS4A 5P1PA 3SM1A 2CENA 5P6PA 5P2UA 1FQ8A 2CEMA 5P15A 2AQUA 1G6LA 2ZHUA 2V12C 4DQGA 1LS5A 5P1CA 5DQCA 4OBFA 4D88A 4JP9A 1BDLA 1EBZA 3VSWA 4DUSA 5P0TA 5P45A 5P2XA 5IE1A 4J1EA 5P09A 5P75A 5P1LA 1NPAA 3OU1A 5P6EA 3S7LA 3FNUA 5P7ZA 4GJ9A 5SY3A 4I0ZA 5P23A 3VFAA 4Y58A 1LYAA 3WB5A 3O9DA 1RL8A 1APUE 5P7GA 3T6IA 4LL3A 2QD7A 4OC6A 2PWCA 1M4HA 3WZ7A 4Y37A 3S8IA 4FL8A 1W50A 4WTUA 4J55A 1LYBA 5HCOA 2O4LA 1LF4A 4DPFA 4GIDA 5P53A 2WF2A 5P8VA 5UPJA 2QI4A 5P8BA 4D85A 1FMXA 4J0PA 3RSXA 1T3RA 2G1YA 1B11A 3M9FA 5P69A 5P5QA 2ZGAA 1IBQA 4FRSA 5P8LA 3TOFA 3PCWA 4MC9A 4F74A 4Y4WA 5P4YA 3LHGA 1FLHA 5P5HA 2QAKA 2ANLA 4PPHA 5P7JA 3L3AA 1NPWA 3VYDA 1IDBA 4Y3MA 3BHEA 4GJ8A 3KYRA 3EKPA 3EL9A 2OAHA 5P4AA 1FFIC 4B70A 3O9HA 2HB3A 1QBRA 5P1HA 1CZIE 3T11A 2IKUA 2WEBA 2CEJA 5P16A 5P6CA 3C9XA 1QBUA 2P3BA 3ER3E 3K5FA 3OUBA 5P8OA 1EAGA 5DQ4A 3SPKA 1GVTA 3S43B 3MSKA 3K4VC 3KFNA 2I0DA 5P6AA 2H6TA 2J9JB 5P66A 1EPRE 3JVWA 1CPIA 4GJ7A 4Y3PA 3S53A 2ZHVA 3CIDA 4NJUA 5EZXA 1ODYA 4EQJA 4ZIPA 5P3WA 5P4WA 1GVXA 4EJLA 1LZQA 1WBMA 5DR1A 2NNKA 4DI2A 2ER6E 4U7QA 3OQDA 1LYWB 5I3YA 5P3FA 4GJDA 4AMTA 5P6UA 3CKRA 2PYNA 3VG1A 2BPVA 2FNTA 1FMUA 3APPA 3HBOA 5HU0A 3UDNA 1APVE 2P83A 3QP0A 3URLA 4XX4A 4B1EA 1D4JA 5P5DA 4YD6A 1Q9PA 2MIPA 3OQAA 3PI5A 1HBVA 1QDMA 5P0IA 5OZ1A 3HAWA 1B5FB 1SIPA 5P22A 1K2BA 5P7RA 3TLHA 1DMPA 5OYUA 1ZSRA 3DCKA 3VF5A 1TQFA 4Y57A 4YDGA 1NPVA 5OZDA 4B78A 4OBKA 4KE0A 1HPVA 1SDVA 3D1ZA 5P02A 4Y6MA 3QRMA 4YCTA 5P0NA 1IZIA 2NMYA 3PMUA 4DQBA 1ZAPA 5P1TA 4FAFA 5P7IA 1RPIA 4Z2ZA 3UCBA 4I0FA 1KJ7A 3EKTA 4EQ0A 4Y4BA 4YD5A 5P4XA 1XDHA 3MSLA 5P10A 5P24A 5P38A 2PWRA 5P80A 5P5KA 5CLMA 2FLEA 4B77A 4YD4A 4RCDA 5OZLA 3PSUA 2AOEA 5P3ZA 1HIVA 3VV8A 2R9BA 4Y41A 1YM2A 3T7QA 4DH6A 4ZEAA 1K6CA 5OZZA 2FIVA 4WY1A 2AODA 5P6FA 1G35A 6APRE 4TRZA 3OU1B 2ZJMA 3ZKXA 2HPFA 4FGXA 1HVSA 5DR7A 1TCXA 2ZJNA 1LYAB 5P2YA 4NJVA 4FCOA 4Y4UA 1ME6A 1BAIA 3Q6YA 3WSJA 3G70A 5P8TA 5P2LA 5OZYA 5P32A 3UDYA 3U6AA 2VNNA 4H3GA 2AZCA 1EPQE 5KQFA 5P0SA 5P59A 1A30A 4Y50A 4FRIA 2VA6A 3BXRA 5P76A 2FMBA 2QZXA 2AOFA 5P7UA 1VIJA 2RENA 5HDUA 1GNOA 1D4YA 3I25A 4XX3A 5P14A 2F80A 3S85A 5CONA 4D83A 1PSOE 5P43A 5OZVA 1HEGE 5ENMA 4GJ6A 3PWWA 1AAQA 1SP5A 2AIDA 3UQPA 4HEGA 1HTFA 4Y3QA 4DQFA 5P0XA 3TPLA 3HDKA 2AOJA 1D4LA 3VUCA 1A9MA 2V16C 4R92A 4Y3FA 2QNPA 1SGZA 3DV5A 4OBDA 2QHYA 1A8KA 1JLDA 4RZ1A 4Y3RA 2V0ZC 1MIQA 5P06A 1EBKC 5DQ5A 3TKWA 3UDRA 4CPUA 4Y4AA 3S7MA 1AIDA 2P3BB 5P8CA 1AXAA 3OUCA 5P1ZA 3TPRA 5P7LA 5P2QA 1HVJA 5P1BA 1UH8A 5P8DA 1PSNA 3VFBA 4FM6A 5P35A 5KQZA 4FSEA 3FNTA 5P5CA 5P5MA 4Q5MA 2G22A 5P3QA 5P1EA 3T7XA 3IVIA 2FXEA 5P8HA 4ZSPA 5KQYA 2PH6A 3S45A 4RCEA 4RGHA 5P1SA 5P6DA 3NDTA 3INFA 3DUYA 2XFKA 3EBZA 1ENTE 4Y3NA 2I4VA 2OHTA 1EPOE 3I8WA 5P8RA 5IVSA 5P01A 3O9LA 2QZWA 5TOLA 2NXLA 3LIZA 5OZPA 2BPXA 1E80E 5OZ2A 4KE1A 3UDHA 2IEOA 2HIZA 1ZBGA 3UQWA 2P4JA 1B6KA 4DJQA 3Q3TA 4YOBA 4QJ9A 2O4NA 4Y5PA 4Y53A 2OHKA 1HTEA 1PFZA 5DGWA 3UF3A 1HSHA 2WF4A 4FM7A 4CPWA 1HWRA 5KR8A 1AJVA 1RQ9A 5P3PA 2V00A 3SA5A 3U71A 5P0LA 3QAAA 1IVPA 1TSUA 4ZSRA 1B6MA 5C9FA 2JJIA 3ZL7A 2VIZA 2ZJJA 4ACXA 3NU3A 3OQFA 3ZMGA 4LBTA 5P4VA 3ZLQA 4YE3A 3PCZA 4Y5MA 4ZSQA 5OZJA 5OZHA 2O40A 2XYEA 5SZ9A 4BFDA 4K4RA 4FAEA 3LPJA 4ZPFA 2G21A 2I4QA 1YX9A 4EP2A 2R38A 5I3WA 5P5SA 5HDVA 5P3CA 2VIJA 3KFPA 5OZFA 5P5IA 1FQ7A 3I2LA 5P1WA 5KAOA 1ODXA 5P6QA 3D1YA 2R3WA 2QCIA 1A94A 3BC4A 6UPJA 4LXKA 3OU3A 3EXOA 2QNNA 4U7VA 4I10A 3UDKA 3DV1A 1HXWA 4ZLSA 1QRPE 6FIVA 5P7MA 2R43A 2AVQA 3INDA 4HDPA 3VSXA 5P87A 3SQFA 4K8SA 2RMPA 5P7YA 5P1JA 4OBHA 5HTZA 1XE5A 4MC2A 5P4PA 5P70A 3CKPA 5P4EA 5P5XA 3NUJA 3RSVA 4KUPA 3VV6A 3SAAA 1WBKA 3Q70A 1F34A 5P3DA 3PWRA 4B00A 4X2LA 3OADA 3TTPA 3GGXA 3R1GB 4NJTA 4J1KA 2VIEA 2HAHA 3PJ6A 4Y3ZA 5P1FA 5OZ4A 3EL4A 1PPKE 5P5VA 1EPLE 2OHRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FNS A;  1VIK A;  4Q1Y A;  1Z1H A;  3EKY A;  5P1X A;  1MT8 A;  5OZ9 A;  4NPU A;  3NDX A;  3EL0 A;  2PH8 A;  1DP5 A;  3UQU A;  2H6S A;  5P5W A;  5P0A A;  5JG1 A;  4OBZ B;  4Y56 A;  1G2K A;  3UDJ A;  2AVO A;  4Y45 A;  4Y3X A;  3WB4 A;  5P4L A;  4X7I A;  1LF3 A;  3PBZ A;  4Y5A A;  3KMX A;  2V11 C;  5P5T A;  3O99 A;  1BXQ A;  4L7G A;  2A1E A;  3EMY A;  2PSG A;  1MEU A;  2P3C A;  5P4K A;  2VS2 A;  5P4B A;  2P8H A;  1UPJ A;  1M43 A;  1ODW A;  1G0V A;  1OEX A;  5P4D A;  1B6J A;  3JW2 A;  4YBF A;  4Y5G A;  5P3E A;  3BUG A;  3PLL A;  4GMI A;  5HDX A;  5P0P A;  1BVE A;  3IXK A;  2IGY A;  1SDU A;  3SO9 A;  5P83 A;  4Y5C A;  1HVH A;  5ER2 E;  1FQ6 A;  2VKM A;  3OGQ A;  3RVI A;  1E5O E;  1FMB A;  2QHZ A;  5OZR A;  2JJJ A;  5P13 A;  3BVA A;  3T3C A;  3WZ6 A;  2OHL A;  3OUA A;  3NR6 A;  5P6N A;  3VF7 A;  5E5J A;  2ZDZ A;  1D4S A;  1SH9 A;  5P68 A;  5P5O A;  4CP7 A;  5P41 A;  5SY2 A;  5P8K A;  2QD6 A;  1GKT A;  5P1O A;  5P4T A;  1B6P A;  5P3U A;  4QLH A;  4DJV A;  5P5A A;  4PHV A;  1EC1 A;  4B0Q A;  1HTR B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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