3NU3A

Wild type hiv-1 protease with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu3A00
3NU4A 3UDNA 1ZTZA 3QRMA 2VIZA 5P5RA 3SA4A 4QJ6A 4GJ6A 5P0BA 1APWE 3NDTA 2O4KA 1E82E 4EQJA 5P2IA 5FIVA 4RRNA 1HWRA 1KJHA 3UQWA 5P0MA 5P6MA 4I1CA 5P31A 2G1YA 5P2AA 1QBTA 3L38A 5OZMA 2NXLA 4LBTA 1KJ4A 4I0IA 1HRNA 3OU4B 1UH8A 1PSAA 5SY3A 4NJSA 3S85A 5P2WA 4Y4ZA 5CLMA 1OHRA 4J1EA 1YG9A 1RL8A 1E81E 3PJ6A 3I7EA 5OZKA 2JJJA 1PROA 5OZGA 1UH7A 3NYGA 2BJUA 4K9HA 3HVGA 4H3GA 1YTHA 4I11A 3N4LA 4Z50A 5KR8A 3L59A 2WHHA 3KMYA 1K6VA 1K1TA 2APRA 3UPJA 5OZ0A 4Y3DA 5OZSA 3EKQA 5P7UA 5P1VA 3VLAA 3NU6A 3D91A 1T7KA 1MRXA 5P5AA 5P1PA 5P1UA 3WZ6A 3WZ7A 3BVBA 4Y3ZA 3EBZA 2QCIA 5P8OA 2QMGA 1MIQA 4AZYA 4D83A 3OHFA 5SXNA 5IVQA 1EBZA 1TCWA 2IENA 3UDYA 4Y43A 4MC6A 4Y4GA 5P4WA 2XYFA 3PRSA 4Z22A 5HE5A 1IZHA 2QI4A 1IVPA 4L6BA 1HTFA 2F3EA 5P8VA 4CPSA 2G1OA 3UDPA 3OQ7A 2HAHA 3TL9A 5P75A 3WZ8A 1LV1A 5P40A 3SO9A 3T7PA 4Y6MA 5P0TA 3ER5E 3NDUA 1CPIA 4AUCA 1HHPA 3PSUA 2PQZA 5P8GA 4BELA 5I3YA 2FLEA 5P48A 1A94A 4QJ2A 4CP7A 2AVSA 2Q3KA 4S1GA 1FFIC 3IXOA 5KQZA 5OZ4A 1LYBA 4Y3NA 3SM1A 3QRVA 4FM7A 1Z1HA 3O9AA 2ZJIA 4H1EA 2AIDA 3VYDA 4HA5A 5P1RA 2WKZA 1OEWA 3QRSA 3PEPA 3SACA 3QBHA 5P8IA 1AVFA 3CYWA 5JFPA 5OZ1A 5P6LA 3KFNA 4FRJA 4MC2A 4J0PA 3TNEA 7UPJA 4RLDA 3DK1A 5P0ZA 5J25A 5P4RA 2V00A 1APUE 5AH8A 4YBFA 5P2LA 2J9JB 4AMTA 4Y36A 5P8EA 1G0VA 3ZKNA 1B6KA 3SM2A 4J0YA 5OYUA 3EL5A 3NUJA 4YD5A 3UDHA 5P4DA 3D1XA 5OZQA 2BB9A 2WEAA 2QMDA 1NPAA 1ODYA 3URJA 3O9FA 1RV7A 2G21A 5OZPA 2WF3A 5P5JA 4YDGA 2WECA 5ISKA 3PWRA 3ZPUA 4R93A 5P3XA 3LPKA 5P4MA 4WY1A 2FDDA 5OZHA 5P65A 3SA6A 4D89A 2J9KA 1SP5A 4TRYA 5HDZA 5P81A 5DR7A 2FXEA 5SZ9A 3RTHA 2P3DA 3Q3TA 1APTE 3FIVA 3L58A 3G72A 2ASIA 3SA7A 5P80A 2Z54A 4I0FA 3RTNA 1FQXA 4FSLA 3SPKA 4Y3GA 4X7IA 3CKTA 3MSJA 4DQEA 3IXJA 4UPJA 1BDRA 3QPJA 5P4IA 5P6HA 1XDHA 1D4YA 1EBYA 3OU1A 4OC6B 1EC3A 1PPME 3OQKA 1YM4A 1D4SA 2OHTA 1Z1RA 4Y5EA 2QI0A 5P6GA 2AOGA 1SGZA 4Y53A 4QJ9A 5P4QA 5KOSA 3UQXA 1B6MA 5P1BA 3OAGB 2WF2A 2ER9E 4R95A 1BWAA 4Y5PA 2ER0E 5P3JA 5P4AA 3PHVA 3R4BA 3O9DA 2ZE1A 2B42A 1GVVA 1HIIA 4Y3LA 2NNPA 1CMSA 4J55A 4L7HA 4DQBA 1FEJC 4J1HA 1UH9A 5P2NA 4FM8A 3O99A 5OZZA 2XFJA 5P2BA 5P52A 2P3BB 2QHZA 5PEPA 2R3TA 2ANLA 5AHAA 2IGXA 1BV7A 4B1CA 5P72A 5HCOA 4ZLSA 4I0GA 5P2OA 1Q9PA 3H0BA 3VF5A 2I4QA 1ZSFA 2G22A 4I10A 5P2FA 4EJ8A 2CEJA 3FV3A 4OBFA 1B6LA 4B70A 1K6CA 5P6QA 2VKMA 1VIJA 4YBIA 1EPQE 3ST5A 3LIZA 1LZQA 2QZWA 4GZFA 5P1LA 4EXHA 5OZYA 3S8IA 5P62A 1MTRA 2IQGA 1ZPKA 5P5PA 3ZKMA 5COKA 4FAEA 1E80E 3AUPA 1EPME 5P07A 2RSPA 5P2EA 5P4OA 5P5KA 2AOIA 4CPUA 4H3IA 4GIDA 5OZOA 3L5BA 5P09A 4ZEAA 4FRKA 3LIXA 4HDFA 2ZJJA 1LYAB 3RSVA 5P4HA 2BQVA 2JXRA 5OZ6A 1HXBA 1HBVA 2Q54A 4YD7A 1TCXA 1BILA 1KJ7A 3I8WA 5P6DA 1HEGE 2QD7A 5P4PA 4RCDA 4Y4TA 4Y5GA 5P0EA 3CICA 5P1WA 5P6RA 4EWOA 1SDTA 4RVIA 5DR0A 1JLDA 4Y3WA 5OZTA 2Z4OA 4AA8A 2P8HA 5P7CA 1QS8A 5P4SA 3TPLA 3VG1A 5KR1A 5P1JA 5JFUA 2I0AA 5P6IA 5P8JA 4ER2E 2HS1A 1F7AA 1ODWA 3UQRA 3OUAA 2VJ9A 3SKFA 5P3ZA 4L1AB 1FB7A 1A30A 3EKXA 4Y50A 1ZJ7A 2QI5A 3Q6YA 2AOEA 4BEKA 4YHQA 2WF0A 3R2FA 1A8GA 4DJWA 5P5XA 5HCTA 5OZ5A 2XYEA 4Y3MA 2FNTA 4FM6A 5P68A 4DI2A 4MC9A 5OZVA 2HPEA 8HVPA 5P0KA 3EKTA 5P7BA 1RQ9A 2WEDA 1FLHA 2RKGA 5P3RA 4EJKA 5P1KA 2AVQA 5P7OA 2IL2A 5DQ2A 1LF4A 5P8TA 5P56A 2ZHVA 1C6XA 4OBHA 4GMIA 3NWXA 5P8FA 1PPLE 2G27A 2AQUA 3PLDA 5P89A 1W5XA 2QZKA 5KR2A 3R0WA 4Q5MA 3KN0A 4I0HA 4J0TA 5P5WA 3GGUA 5BRYA 5P00A 2OHKA 2SAMA 2G1SA 3L3AA 3BGBA 2B60A 1FQ6A 3Q4BA 5AHCA 5P1SA 3LIVA 1BV9A 5P27A 3Q70A 1C6YA 1NSOA 5P3QA 5P87A 5P11A 5F00A 1K2BA 1HSHA 5P88A 1K6TA 1T3RA 4DQFA 4RGHA 1W5YA 1QBUA 4Y37A 5IVRA 2HS2A 4ZSMA 4OBJA 1KJGA 4Y4DA 5P4XA 1ER8E 3GW5A 2AOCA 2BPXA 4OBZA 2B7ZA 2ZJKA 1F34A 3NU5A 5P29A 5P06A 5P4VA 5P39A 2OHRA 5P5FA 5P6XA 2ZHRA 3FNTA 1FMBA 2BPWA 3JVYA 5P54A 4Y3QA 3S7MA 5HDXA 5P60A 3IVHA 3M9FA 5P5MA 5KR0A 5P4KA 1HSIA 4J1KA 1SMRA 4LXKA 4DQGA 4Y35A 5P4NA 2QNQA 2V13A 4Y54A 1T6EX 2UPJA 5P3WA 2OHLA 3O9BA 3LZSA 2PK5A 4YDFA 1IZDA 5OZ2A 1EPPE 3NDXA 1TZSA 5P3KA 4HDPA 3BRAA 4LAPA 3TPPA 2P4JA 1VIKA 5P85A 1YTGA 5DQ1A 3SFCA 2UXZA 5P7RA 2NNKA 2PWRA 5P59A 3PWWA 4RYCA 3TOFA 2QZLA 5P6PA 3T11A 5P0FA 5P3CA 3FKTA 1QDMA 5P37A 2ZHUA 2WEBA 4TVHA 5E5KA 5JODA 1G2KA 5OYVA 3OUCA 5P77A 3RTMA 3DV1A 1WKRA 3SQFA 5P7TA 3DJKA 3APRE 3GGAA 1MSMA 2V10C 3LZYA 3KA2A 3TKGA 5P36A 4CPWA 4R91A 4RCEA 3O9LA 4Y38A 5P5TA 5P5SA 2IKOA 3U71A 1RPIA 4CPRA 5P57A 5P8PA 3IN3A 2Q15A 5P6BA 3S54A 3U7SA 3UF3A 4K8SA 5P28A 4Y5NA 2I4DA 4HE9A 4Y5KA 4GB2A 5P0SA 2QU2A 4RRSA 4Y45A 3WSJA 5ER2E 3LZVA 4OD9A 4M8YA 2ZJHA 5P2JA 4Y41A 5P5HA 2F3FA 1C70A 3GGXA 5HE7A 2PSVA 5P26A 3GI0A 1D4HA 3VV6A 5OZRA 5P5UA 2F8GA 5P6UA 5P0RA 3OY4A 2AZCA 4EXGA 2AODA 2H6TA 3LINA 3ZPTA 4ER1E 5P01A 5P7GA 4GJ8A 4Y3TA 2OHSA 1G6LA 1Z8CA 3NSHA 2G1RA 1SMEA 1ZBGA 2FXDA 4Y5LA 5P7PA 2RKFA 1FQ8A 1BXQA 5P3UA 4B77A 1DW6C 2NMYA 4DJUA 2B8VA 4NJVA 3I2LA 3PSGA 5OZ8A 3EM4A 5P14A 4YOAA 3HAUA 5P7QA 3VEUA 5P03A 5P6EA 2V0ZC 3OU1B 1AM5A 4DJRA 1W6HA 5P19A 5P64A 5P61A 4B00A 4DJPA 3ZL7A 5P1CA 4Y4BA 5P8SA 2PYMA 5P73A 3GGVA 3DM6A 2I1AA 4Y3SA 4RCFA 5P8UA 5P1QA 4DPIA 2VA6A 4Y3HA 2OHPA 1SIPA 4F76A 1ME6A 4U7QA 5P7FA 4K4QA 3Q5HA 4R5NA 5P66A 4Y5MA 5ER1E 2HIZA 3FX5A 2R3WA 3KMXA 3G6ZA 2G26A 5P2MA 3QBFA 5P6TA 5P6OA 5P3OA 4XX4A 3PMYA 5P2GA 1KZKA 3G70A 4KE0A 1FQ7A 4FSEA 1FF0C 5P44A 2QK5A 5P04A 3N3IA 5HU0A 2BPVA 3JW2A 1YM2A 5P82A 3D1YA 5P0WA 3TOHA 4Y44A 2O4SA 3QI1A 1PSOE 5P7SA 5AH9A 1D4IA 2B8LA 1OEXA 1BAIA 2PYNA 3VCMA 1GKTA 2R9BA 5P0GA 4Y51A 4J1CA 5P7AA 4APRE 3KYRA 3NLSA 5KQYA 5P6WA 5P4GA 2FGUA 2PWCA 5P4EA 5P2TA 3KT2A 5DR8A 1XL2A 4ZE6A 5P7EA 5UPJA 2O40A 2I4VA 4OBKA 5P83A 5AHBA 2CEMA 3BGCA 5DR4A 5P3AA 1ZP8A 3HDKA 5P0DA 5P6JA 4J17A 3T7XA 5P42A 3F9QA 1T7JA 4GJDA 3PWMA 3NR6A 3QROA 4B0QA 1EC0A 3SKGA 2F3KA 5P22A 1T7IA 3SA3A 1YTIA 5P3IA 1YTJA 3OQDA 3OXVA 4EYRA 3BXRA 3K5GA 3NU9A 3PB5A 1FGCC 3UDQA 3EXOA 5OZEA 2AVVA 5P3MA 5OYSA 2QD6A 5P1FA 5P1OA 4OBDA 3AIDA 4QLHA 5OZUA 4CKUA 4NPUA 2JE4A 3DCKA 3RVIA 4MC1A 4JECA 1B6JA 5P2QA 3CKPA 3SA9A 2QNNA 2QP8A 3TPJA 3UDJA 1OD1A 3O9EA 2WF4A 3VUCA 1AXAA 2V16C 3BC4A 4Y57A 3PBDA 1BXOA 3ZPSA 3H5BA 1D4KA 3VSXA 2XFKA 2QMFA 4FAFA 5P2SA 4A4QA 4YE3A 2QI1A 1EC2A 5ENKA 3SA5A 4GJ7A 1CZIE 1HVIA 5P7LA 3INDA 3KDCA 4HDBA 3TTPA 5OZIA 4FL8A 5DQ5A 1W5VA 3INEA 1BVEA 3EL4A 5I3WA 3ZOVA 3S53A 3S43A 5APRE 5OZAA 4K4PA 4Y3YA 3K4VC 3EM6A 2VIJA 4M8XA 4Y4UA 5P6FA 3QAAA 5P4BA 4H3JA 4ZPFA 3SA8A 4RZ1A 3UFLA 4B1EA 2HC0A 2NXMA 4ZIPA 1N49A 2AOJA 3EC0A 3VSWA 1LS5A 1IZIA 1FQ4A 4B1DA 5P0CA 3GI4A 1EPRE 5OYWA 1GVTA 2BKSA 3HW1A 2CENA 4X2LA 5JG1A 3GI5A 1FG6C 4Q1XA 4NJUA 5P5EA 3URIA 3BUHA 4COEA 3HZCA 1PPKE 2O4PA 4L7GA 1B5FA 3NXNA 3ZKGA 3S2OA 2Q55A 3PBZA 1IDBA 1MVPA 4I12A 5P2ZA 4CPQA 3FNUA 3OADA 5AGZA 4OC6A 3PCZA 2Q64A 5P32A 3TPRA 1EBKC 1W50A 2HPFA 4I8ZA 2QU3A 2UY0A 5P0IA 5OZBA 1MERA 3EKVA 5P55A 5OZ3A 4LL3A 5HVPA 5P43A 1C6ZA 5P49A 2V12C 4CPTA 4EP3A 4Q1NA 3UDRA 2QAKA 2ZJMA 5F01A 5KQFA 3OXCA 5P4FA 2I4WA 3RU1A 3KFSA 5P38A 5P02A 2VJ6A 5P8RA 1NH0A 1YT9A 4LP9A 3DOXA 5SY2A 3NWQA 4F74A 5P3TA 3OGQA 1HSGA 4JP9A 5P4CA 4K4RA 5P5VA 3LPIA 3VYEA 4ACXA 2AZ8A 5COPA 5EZZA 3EL0A 1M43A 5P8MA 3MWSA 1HIVA 3HAWA 5P1XA 4Z2ZA 3R1GB 3INFA 4Y48A 2ZGAA 4E43A 1A8KA 5P50A 5HTZA 4RVXA 4F73A 5P7JA 2VIYA 1SBGA 2G1NA 4FRSA 3VFAA 5P34A 3PM4A 5P8CA 4Y4EA 3SABA 5P5DA 5P63A 2NPHA 3MSLA 2P83A 2WL0A 5BS4A 1ZSRA 4J0ZA 1QBSA 4R8YA 3CIBA 1LYWA 1EPLE 5P35A 1MEUA 4DFGA 3D1ZA 5P8AA 5I3XA 2BKTA 1HVCA 3GI6A 2IKUA 2NTRA 5P1AA 2OHQA 3O9IA 5P1EA 3O9GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU4 A;  3UDN A;  1ZTZ A;  3QRM A;  2VIZ A;  5P5R A;  3SA4 A;  4QJ6 A;  4GJ6 A;  5P0B A;  1APW E;  3NDT A;  2O4K A;  1E82 E;  4EQJ A;  5P2I A;  5FIV A;  4RRN A;  1HWR A;  1KJH A;  3UQW A;  5P0M A;  5P6M A;  4I1C A;  5P31 A;  2G1Y A;  5P2A A;  1QBT A;  3L38 A;  5OZM A;  2NXL A;  4LBT A;  1KJ4 A;  4I0I A;  1HRN A;  3OU4 B;  1UH8 A;  1PSA A;  5SY3 A;  4NJS A;  3S85 A;  5P2W A;  4Y4Z A;  5CLM A;  1OHR A;  4J1E A;  1YG9 A;  1RL8 A;  1E81 E;  3PJ6 A;  3I7E A;  5OZK A;  2JJJ A;  1PRO A;  5OZG A;  1UH7 A;  3NYG A;  2BJU A;  4K9H A;  3HVG A;  4H3G A;  1YTH A;  4I11 A;  3N4L A;  4Z50 A;  5KR8 A;  3L59 A;  2WHH A;  3KMY A;  1K6V A;  1K1T A;  2APR A;  3UPJ A;  5OZ0 A;  4Y3D A;  5OZS A;  3EKQ A;  5P7U A;  5P1V A;  3VLA A;  3NU6 A;  3D91 A;  1T7K A;  1MRX A;  5P5A A;  5P1P A;  5P1U A;  3WZ6 A;  3WZ7 A;  3BVB A;  4Y3Z A;  3EBZ A;  2QCI A;  5P8O A;  2QMG A;  1MIQ A;  4AZY A;  4D83 A;  3OHF A;  5SXN A;  5IVQ A;  1EBZ A;  1TCW A;  2IEN A;  3UDY A;  4Y43 A;  4MC6 A;  4Y4G A;  5P4W A;  2XYF A;  3PRS A;  4Z22 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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