3NU3A

Wild type hiv-1 protease with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)S4 (42-49)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu3A00
5P64A 2Q3KA 3ER5E 3NDXA 2JE4A 1BV9A 4I0GA 4RYCA 4Q1XA 5P7SA 3DUYA 2FDEA 3D3TA 5P4KA 4EJDA 1YTIA 1M4HA 4YOBA 1N49A 3HAWA 4LAPA 2Q15A 4ZPGA 3ZPTA 3EMYA 4Y4JA 5P3ZA 4ZLSA 4OC6A 3APPA 4GJ5A 3O9IA 3PMYA 2JYSA 1FQXA 3KM4A 2Q5KA 4Y4AA 5P2LA 3T7PA 2FXEA 3IA9A 4I12A 5IE1A 5P11A 1AXAA 4YCKA 5I3VA 2WKZA 4XX3A 2HAHA 4BFBA 5P19A 1EPPE 4RYGA 4L1AA 1A8KA 2NTRA 5P0MA 1HEGE 5P27A 3PMUA 1A30A 7UPJA 5P7VA 3UDJA 4ZPFA 5P76A 4COEA 5P47A 5AH9A 5P6YA 3WB5A 4K9HA 4DJUA 1HIIA 3T7XA 2BBBA 1FMUA 5P62A 5P5KA 1K6PA 1SH9A 2WECA 2QI4A 6APRE 5P0VA 3HLOA 1SMRA 1D4SA 5P2VA 3GW5A 3OXWA 4DJWA 1LYAA 2VIJA 3N4LA 4Y3JA 5P18A 4IVTA 1ZBGA 5P8KA 1HVKA 2P3BB 3DOXA 3FNUA 3OADB 5AH6A 1B6MA 2QD7A 5OZIA 2IKOA 2QHYA 4ZPEA 5C9FA 1GVVA 5P2BA 3D1YA 5P66A 1ZTZA 5P1XA 2OHSA 2G94A 5OZ7A 4Y4UA 2ZDZA 5P0IA 2V12C 2OAHA 3URLA 5OZ6A 3ER3E 2QMFA 3G72A 1W6HA 4K4RA 1SBGA 3KN0A 1IDAA 2WL0A 1C70A 1NPWA 5AHAA 2R5PA 1HVJA 4Y56A 4Y5EA 5P23A 1MIQA 1ZAPA 2HIZA 1XL2A 3KYRA 3WSJA 3UF3A 1HTRB 5P1IA 3Q5HA 1JLDA 2AOHA 2EWYA 3NU3A 3TPLA 3CYWA 2IENA 2NR6A 5P77A 4J55A 4Y3FA 5P6MA 3I6OA 3T6IA 3KT2A 3L38A 1UH9A 2UPJA 2AOFA 5P8UA 1MVPA 3UDPA 2V00A 1OHRA 1W51A 3R2FA 5AH8A 4I0HA 3D1XA 5P5OA 3UDQA 2UY0A 4EQ0A 2O40A 2PC0A 3K4VA 3LINA 1XDHA 3S7LA 5P2OA 5P6CA 4DQHA 5P14A 5B18A 4FRKA 5AGZA 5E5JA 4KUPA 2ZHTA 3INDA 3T3CA 2FMBA 4J17A 4AZYA 4FRSA 1MTBA 5P5TA 2I4DA 5P8JA 5P4DA 3KFSA 1MERA 5P6SA 1E5OE 2G21A 3LHGA 2G1OA 1BVGA 1HHPA 3EL4A 5P4YA 3EKXA 2AOGA 3OGPA 3Q6YA 3UHLA 4AA9A 5P87A 1QRPE 5P3OA 5P7XA 3S54A 3VEUA 4B00A 4XKXA 4JPCA 3L59A 5EZZA 3EXOA 5AHBA 1T6GA 4L6BA 4A6BA 3BC4A 2WF1A 2BPVA 5P5FA 4GIDA 1A9MA 5P81A 5P4ZA 5OZZA 5OYZA 4ER4E 1APUE 4KE1A 5P4LA 4LHHA 5P49A 5IVQA 3O9LA 5OZEA 4CKUA 2AZ8A 2ZGAA 2AVQA 5HE4A 5P7UA 1ODWA 4K4PA 5P74A 5P5YA 3L5EA 1HWRA 2AQUA 5P83A 4HA5A 1LZQA 1TSQA 5P01A 5P7NA 4Y3GA 1AIDA 3JW2A 5P6AA 2OF0A 1Q9PA 2NXLA 2ZJIA 5ER2E 2WEBA 3OQKA 5P4IA 3T11A 5P6UA 4XX4A 5P88A 5HDUA 4R5NA 4LXAA 3VCMA 4Y44A 3EC0A 2ANLA 5OYUA 4FL8A 1XS7D 1YTHA 5P35A 3VG1A 2R5QA 3NDUA 3OUDA 3U71A 5OZLA 3NU6A 3VV6A 5SXNA 3SA3A 5P72A 1W6IA 4Y4EA 1ZLFA 3O99A 1AAQA 3IAWA 5P7HA 4GB2A 3N3IA 5P7CA 5P30A 5P7GA 3MXEA 3PSGA 5P04A 4Y3AA 1HRNA 1PFZA 3LITA 1BWBA 5DQ2A 4CPSA 2HC0A 2IQGA 3ZKNA 3IXKA 2VA7A 3L3AA 4Y58A 1UH8A 1BAIA 5T4SA 5P4NA 1META 3LIQA 2Q54A 5P0NA 3DV5A 5P6OA 5P4XA 3URJA 2O4LA 4ZE6A 4OBKA 4K8SA 5P5WA 3NUOA 5P5VA 5HVPA 3LPIA 2J9JB 4DPFA 3KA2A 4Y38A 1EPNE 2OHKA 4DQBA 2ZJNA 2I0DA 1QBUA 3CMSA 4B1EA 3WZ7A 4Y48A 3HBOA 5P38A 8HVPA 1D4HA 1OEWA 3JVWA 4DQEA 3L5DA 3O9EA 1SP5A 5P5XA 4I11A 3PCWA 4TVHA 2SAMA 4PEPA 5P0XA 2RSPA 3EM6A 1IIQA 4TRYA 2RKFA 4M8XA 3DK1A 3S45A 3PSUA 5P7OA 2BB9A 3EKYA 5P3UA 3L5FA 4Y3XA 5KQYA 3TOHA 1IDBA 5P7EA 3NR6A 2NMYA 3ZKGA 1RQ9A 5P6TA 1DW6C 1SGUA 1BV7A 4OC6B 1BDRA 4M8YA 1DP5A 3I7EA 3O9CA 3H5BA 5P89A 3VYEA 5I3YA 4EJKA 1VIJA 4YOAA 4PZWA 4Y5GA 5OZ5A 1BDLA 1FKNA 3SAAA 5P2GA 4Y53A 5OZVA 5P8QA 1OD1A 3L5CA 2F3EA 2AZCA 4J1IA 5P4HA 5JG1A 3ST5A 4Y43A 4APRE 3R0WA 4U8WA 1W5YA 2QI0A 4NJVA 1K6CA 4WY1A 3LZYA 2VKMA 3OAGA 5P4BA 4HDPA 1MESA 1HPVA 5PEPA 5P8GA 3ZMGA 4DH6A 1LYAB 1FGCC 3IXJA 3L58A 2B7ZA 4J0VA 2R38A 4AUCA 4B77A 4NJTA 4Y5AA 1DAZC 5P3DA 2BPXA 3TPJA 5P5JA 1IVQA 3HW1A 4D88A 1J71A 2VIEA 3D91A 4DJPA 4J0YA 2QD6A 3TL9A 4D8CA 5P40A 5ENMA 2NNKA 1F34A 1FG8C 3PWWA 5P0OA 1LF3A 1K6VA 5I70A 2RKGA 1EPME 4Z50A 1XE5A 2AVMA 3DM6A 4Y5BA 4OBGA 4ZSQA 1B11A 2VA5A 3TKGA 4LBTA 2IKUA 3PLDA 3IVHA 2ZJMA 3LPKA 3IVIA 1GNNA 2F3FA 5P85A 1BVEA 4ER1E 1HSGA 5P1NA 2QMPA 5P3IA 1DPJA 3OHHA 3KDCA 5P1HA 4YE3A 5P1BA 1ME6A 5P51A 1BXQA 5P3EA 5P0LA 1MRXA 4DV9A 3RTHA 2B60A 4I0DA 5DQCA 1EPOE 1HIVA 5P56A 3LZSA 4Y3SA 5P6RA 4CP7A 2A1EA 5P0YA 3HVGA 3FNTA 5P1YA 5DQ4A 5P80A 5P1RA 1FF0C 2NXDA 4L7JA 1EBWA 3KFPA 3LPJA 4Y50A 5P0CA 3OU3A 5KQXA 1DIFA 5P6HA 5OYTA 3UDYA 1IZDA 2Q11A 2G1RA 2FDPA 3NLSA 3VYDA 2PK5A 4FS4A 3G6ZA 5P06A 4B1CA 4Y3NA 4Y3LA 2Q63A 4H3IA 3EKPA 2G69A 4FSLA 2WEAA 4RLDA 1LEEA 3O9BA 1MTRA 4IVSA 1DMPA 1B5FB 2P3AA 4PZXA 5OZSA 1M0BA 4I0FA 2IGXA 5P17A 5P54A 3ZKXA 1FMXA 1ODXA 5P5BA 3O9AA 4FM6A 3NYGA 2XFIA 4NPUA 3PCZA 2BJUA 4GMIA 2FGVA 5P2AA 5P8OA 5P0BA 5P0RA 1XN3A 5OZ8A 5P09A 4ACXA 3UQUA 3LIXA 5P24A 3SLZA 1FQ5A 2OHNA 3VUCA 4ZSPA 5P1QA 1EC3A 5OZBA 3O9LB 5P46A 4Q1YA 5P7TA 5KOQA 5P2RA 3OQAA 4NJSA 5P68A 1GVUA 3NDWA 1MSMA 1MUIA 5P3JA 1BXOA 1W50A 4KB9A 5JFPA 4Q5MA 4QJ7A 5P41A 3CKPA 2ZYEA 4HLAA 5P12A 1APWE 5P75A 1KJGA 2ASIA 5P2IA 1LYBA 2QMGA 5P3RA 2O4KA 5BRYA 5DR4A 5P8SA 2QNNA 4Y3MA 1HVCA 4HEGA 2ER9E 3O9HA 1T7IA 3PJ6A 5COPA 5P7QA 3S56A 5OZGA 3ZLQA 2AVSA 2G1SA 3NWQA 4Y41A 3UDMA 1GVTA 1SMEA 3NU9A 1IZHA 4RVJA 3OU4A 5P78A 4J1FA 5P2EA 2AIDA 4PHVA 5P7RA 1B6PA 1B6LA 3OUDB 5P4PA 2HB3A 5C9DA 5P8DA 5P1SA 3BXRA 5P52A 4Y4TA 4EXGA 3SQFA 3IGBA 5P6BA 1K2BA 3H0BA 1D4JA 4Y45A 5OYXA 5OZQA 5P3BA 4MC2A 5OZCA 3SKGA 1XE6A 5P6JA 5UPJA 5P5SA 1BDQA 4AMTA 1K1TA 5P0SA 2FNSA 2O4SA 2FS4A 5P0UA 4DJOA 5P7JA 3QRVA 5OZJA 3K5GA 4B05A 2XFJA 4QJ2A 5OYVA 5P44A 3L5BA 5ER1E 4R92A 5DGWA 4LC7A 4K4QA 3UCBA 2QMDA 4OBZA 2PSVA 4FSEA 5OZHA 4D85A 4Y4GA 5P8FA 1XN2A 1MRWA 5OZXA 4GJ8A 3O9DA 4LXKA 2BPZA 4MC9A 5KAOA 1LYWA 4YCTA 5P3TA 5ISKA 1YM4A 5P3YA 5I3WA 2QI7A 3O9GA 1FFFC 5P53A 5P4OA 4QJ8A 5OZRA 5P2QA 3I2LA 3RVIA 4JP9A 2VNMA 1RNEA 1B5FA 1D4LA 1CMSA 1EC2A 5BS4A 3UDNA 5P5LA 2PWCA 3OTSA 2RENA 4EP2A 3FKTA 5P2MA 5HU1A 2QZLA 5JFUA 1E80E 2HS1A 3S43A 2QU3A 1CZIE 3OQ7A 3R1GB 1FG6C 1LV1A 1SDVA 3UQRA 1PPKE 1MT7A 1QBSA 3OOTA 4GJCA 5P0AA 5P1TA 4EYRA 2QI5A 1K2CA 2P3CA 3VYFA 5OZ1A 1ZP8A 1B6KA 2WJOA 4Y47A 4EJ8A 4OBHA 5ISJA 2WEDA 5DR0A 3INFA 3PLLA 4TVGA 3RSXA 5F00A 5HE7A 4HZTA 1YX9A 5P73A 3SA6A 4PPHA 3ZPUA 3UTLA 5P8VA 1D4IA 4RCDA 5P42A 7HVPA 2G1YA 5P1WA 5P13A 1FQ7A 5P5ZA 4I8WA 3GGVA 5P4VA 1SDTA 3KF0A 2B8VA 5OYQA 5P67A 3OUCA 3OAGB 3BVAA 5P1VA 5AHCA 4NKKA 4XXSA 4CPWA 1ZPAA 5P43A 5OZDA 4U7VA 3EL0A 5P82A 4B1DA 3ZKSA 2VS2A 2H6SA 3S8IA 5P4AA 3SA9A 5P3FA 3IN3A 1HTFA 5P6QA 3SABA 2PYNA 5P79A 5KOSA 2NNPA 4FM8A 4GYEA 5P1PA 2VIZA 1TCWA 2R8NA 5P3MA 2BKSA 4Y39A 3LIYA 4YD7A 3D1ZA 5P2XA 5SY3A 5P16A 5OZOA 4J0PA 3INHA 3PM4A 9HVPA 5HCTA 1HVSA 3DV1A 5HTZA 2QZKA 1QBRA 1KZKA 2NPHA 4E43A 5IVRA 4Y37A 5CLMA 5P1AA 2V0ZC 3EKQA 4L7HA 3CIBA 5HE5A 5DR7A 5P4UA 4CPUA 2VIYA 2V16C 2B7FA 5P3QA 1B6JA 5P7AA 3R0YA 5P6FA 4I0IA 1HOSA 1G6LA 4Y36A 2Q55A 4OBDA 1FQ4A 3QN8A 3U6AA 4H3JA 1PPLE 3TOFA 1NH0A 3PHVA 3FV3A 1GVXA 1FEJC 4J5JA 4YHQA 5P2UA 4D83A 3OXXA 3B80A 2ZJHA 5P07A 5P2WA 1ZSRA 2P83A 1XL5A 5APRE 1GKTA 5P4MA 5P8TA 3NWXA 4Y5NA 5TOLA 3FSMA 4J0TA 1HEFE 4QLHA 5HDXA 2I4UA 5P4JA 2CEMA 1AVFA 5CONA 5P63A 3OXCA 5P6KA 3OUAA 4RROA 5P4CA 1W5XA 4TRWA 5OZFA 2HPEA 2PMAA 2R43A 2IGYA 3QROA 3OOZA 3CIDA 2I1AA 4FE6A 1D4YA 4Y51A 1HPOA 5OZYA 3LZVA 4YDGA 5IVTA 2I4XA 5AH7A 3QS1A 3CKRA 3LIVA 5P70A 2IL2A 1PSNA 2RMPA 3TNEA 1RV7A 4FM7A 1TZSA 2F80A 5P02A 2PSGA 2PH8A 5P1EA 1WKRA 1LS5A 2AVVA 5EZXA 1QBTA 2G26A 4Y5CA 5P6ZA 2AOJA 3UPJA 2QHZA 3PWRA 3VF7A 3UQWA 5I3XA 5P20A 5J25A 3BRAA 4DJXA 5P6IA 2HPFA 1NPAA 1LYBB 5P3KA 5P5PA 1Z8CA 1UPJA 3OTYA 5P7DA 2R9BA 4EHCA 2A4FA 5E5KA 5OYWA 5P8BA 2BPWA 5P71A 5SZ9A 3TH9A 3WZ8A 4Y35A 3GI6A 5DQ5A 5P50A 3OU4B 1KJFA 5P3SA 3QIHA 4JOOA 5SY2A 2VNNA 2F3KA 3HVPA 4BFDA 4J1EA 4TRZA 1EEDP 5P39A 3TKWA 4BEKA 1MEUA 4HDFA 3UDKA 3EM4A 4CPTA 1TSUA 1EBZA 3BGCA 3CICA 4LXMA 3PVKA 2IRZA 5P2NA 3VV8A 3VFAA 4QGIA 1M43A 2ER6E 5P03A 4FLGA 3BUFA 3I25A 1A8GA 4ZSRA 1VIKA 2BPYA 4Q1NA 4NPTA 2PH6A 1U8GA 5P69A 4Y5PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P64 A;  2Q3K A;  3ER5 E;  3NDX A;  2JE4 A;  1BV9 A;  4I0G A;  4RYC A;  4Q1X A;  5P7S A;  3DUY A;  2FDE A;  3D3T A;  5P4K A;  4EJD A;  1YTI A;  1M4H A;  4YOB A;  1N49 A;  3HAW A;  4LAP A;  2Q15 A;  4ZPG A;  3ZPT A;  3EMY A;  4Y4J A;  5P3Z A;  4ZLS A;  4OC6 A;  3APP A;  4GJ5 A;  3O9I A;  3PMY A;  2JYS A;  1FQX A;  3KM4 A;  2Q5K A;  4Y4A A;  5P2L A;  3T7P A;  2FXE A;  3IA9 A;  4I12 A;  5IE1 A;  5P11 A;  1AXA A;  4YCK A;  5I3V A;  2WKZ A;  4XX3 A;  2HAH A;  4BFB A;  5P19 A;  1EPP E;  4RYG A;  4L1A A;  1A8K A;  2NTR A;  5P0M A;  1HEG E;  5P27 A;  3PMU A;  1A30 A;  7UPJ A;  5P7V A;  3UDJ A;  4ZPF A;  5P76 A;  4COE A;  5P47 A;  5AH9 A;  5P6Y A;  3WB5 A;  4K9H A;  4DJU A;  1HII A;  3T7X A;  2BBB A;  1FMU A;  5P62 A;  5P5K A;  1K6P A;  1SH9 A;  2WEC A;  2QI4 A;  6APR E;  5P0V A;  3HLO A;  1SMR A;  1D4S A;  5P2V A;  3GW5 A;  3OXW A;  4DJW A;  1LYA A;  2VIJ A;  3N4L A;  4Y3J A;  5P18 A;  4IVT A;  1ZBG A;  5P8K A;  1HVK A;  2P3B B;  3DOX A;  3FNU A;  3OAD B;  5AH6 A;  1B6M A;  2QD7 A;  5OZI A;  2IKO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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