3NU4A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant v32i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu4A00
2ZHUA 5OYZA 2VJ7A 3TOHA 5P59A 5SY2A 5P17A 1C6XA 2FS4A 5P3QA 3TNEA 5P7GA 5P0LA 1AAQA 4KE1A 3OU3A 5P8GA 5JFUA 1K1UA 1IIQA 2OHPA 5OZ4A 2IEOA 3R1GB 1MT8A 1A9MA 1A94A 4QJ6A 4DVFA 1META 3JVYA 2XYFA 3IVHA 4Y4ZA 2P4JA 2VA5A 4I0DA 5P4VA 2ZE1A 4D85A 1HVHA 2R8NA 2V16C 4OBZB 1ZLFA 3H5BA 3L5EA 3QI1A 4LC7A 1KJFA 2AQUA 1APWE 1OEWA 5P6AA 4HZTA 5HTZA 4MC9A 3L3AA 4J1EA 5E5KA 1PSOE 1A30A 2Q3KA 3RTNA 2BKTA 2Q54A 3MXDA 5OZRA 4Y57A 4JPCA 1OD1A 5P81A 5SY3A 5OZ5A 5EZXA 3UDQA 1HIHA 5P08A 4GJ8A 4K8SA 2G94A 3QIHA 4J5JA 4IVSA 5P05A 2HC0A 4JPEA 5P6HA 1RNEA 1UH9A 4YD6A 1BDQA 5P5MA 1D4LA 3DJKA 4NJSA 2B60A 1HXBA 2JXRA 4DJVA 5P8IA 4HVPA 4Y4WA 2HB2A 5P29A 2B7ZA 2NPHA 3NDTA 3GGXA 3T3CA 3K5GA 3MWSA 3KT5A 2P83A 5P4WA 2OHRA 1HTRB 5P5UA 2ZYEA 4Y4GA 1XN3A 4Y3GA 5P1FA 1YM2A 4ZSPA 5P14A 5P89A 5P7XA 4JP9A 1W6HA 3BVAA 1YG9A 3BXRA 3T7XA 2PH6A 3KA2A 5P09A 5HU0A 5P3TA 4B1CA 4Y9WA 4ZPEA 5P5ZA 4PHVA 5DQCA 2AOJA 2JJJA 2QNNA 1LEEA 3NU5A 2I4DA 5P7ZA 4DJYA 1IZEA 2J9JA 1D4KA 4Q1XA 2QZLA 5P8QA 4FIVA 1W5WA 3MSJA 1EPRE 3S54A 5DQ5A 2OF0A 1MERA 3TPRA 1OEXA 5P63A 5P40A 3M9FA 1EC0A 3PBDA 5P7HA 1ODXA 3EKWA 3D1XA 4TVHA 3LITA 2XFJA 1LYWA 3CYXA 3BUGA 2I1AA 5P1JA 3CIBA 5J25A 1QBSA 3PEPA 4DJOA 5E5JA 4APEA 2RKFA 3LIXA 5OYXA 2AZ8A 5P1IA 2QP8A 2AVQA 1BAIA 5OZQA 2WEBA 5P0UA 2WHHA 2IS0A 3NUOA 1ZPKA 1DAZC 4Y5CA 5TOLA 3APPA 4BEKA 4OBFA 1HSIA 2VJ9A 2VIYA 1SIVA 1G6LA 1CPIA 2PWCA 5P5AA 1HVLA 2G1NA 4DJRA 5P2XA 2F80A 5P3MA 5DR1A 5I3XA 3UDMA 4YHQA 5BS4A 1ZSRA 3WSJA 3IA9A 5P1AA 3OADA 4Y3FA 3EL0A 1N49A 4Q1NA 4D8CA 3O9IA 3NLSA 4R92A 2FLEA 3INEA 5P7SA 4OBJA 3VV8A 1FQXA 4CKUA 5P8LA 5P56A 1EBZA 4J0YA 4M8XA 5P53A 2FXDA 1XN2A 3FNSA 3NDWA 4Y5BA 2ZJJA 4Y54A 3KDBA 4LAPA 1HEFE 7UPJA 1APVE 2RKGA 2ER7E 5P51A 5P4XA 5P1KA 3LPJA 1D4HA 4LBTA 1J71A 5HE5A 5P0PA 3RVIA 2Q63A 3INFA 2ANLA 3NWQA 1B6JA 3BGBA 3PJ6A 4HEGA 2ZJLA 2VIJA 4MC2A 1EBKC 3VYEA 5OYUA 1EC1A 1T7KA 3O9GA 3ZKNA 1BV7A 5OZIA 3GI5A 2ZGAA 3U6AA 3CKRA 5P4HA 5P4RA 1OHRA 4EJDA 1AXAA 5P78A 5B18A 3QVCA 4B1EA 5OZMA 5P1EA 5P5DA 2PK6A 4YBFA 3PSUA 4HA5A 2J9JB 3SACA 5COKA 5P2YA 3QVIA 5P6SA 1AIDA 5P84A 1TCWA 2G27A 3OU1A 1IZIA 1FQ7A 1RQ9A 2AVVA 2Q5KA 1LF3A 4FRJA 1XE5A 3DOXA 3EL9A 3SM1A 5P0GA 4CPWA 2Q11A 5P3UA 2FNSA 1MIQA 2WKZA 3UTLA 5KR8A 5ENKA 1T7JA 3O99A 1LYWB 5OZ0A 4XKXA 1B11A 3OUDA 3S7LA 3ZMGA 4GYEA 1W6IA 4Y5GA 5P71A 1AZ5A 5P7OA 3EM4A 5P11A 2NXLA 3K5FA 4ZSQA 4OBDA 1MT9A 3L5CA 2R9BA 3CKPA 3VG1A 1ZP8A 1FLHA 4EPJA 2WF4A 4Y38A 3AUPA 4CPUA 3PM4A 5ENMA 3PBZA 5P5LA 3PVKA 1EPME 3O9CA 5P3AA 1MT7A 3IXJA 2OHMA 3PWMA 1PPKE 1K6CA 5P1YA 3UCBA 3K5DA 4OC6B 1FEJC 5P4GA 4XX4A 5P0ZA 5OZ8A 2P3CA 5P67A 2WL0A 2VKMA 3OADB 3OQFA 3C9XA 4OBGA 3WB4A 2AOHA 3HAWA 1Z1HA 2HAHA 3DK1A 1HVKA 2HB3A 5P7EA 3NDXA 4GJ6A 5OYWA 5P3NA 4PPHA 5P33A 3LZUA 5P6KA 5P3HA 3PGIA 2JE4A 2PYNA 3OHHA 3EL4A 5P5SA 1IDAA 1W50A 5ISKA 3PLLA 2VNNA 3IGBA 2P8HA 4FM8A 2QAKA 4NPTA 5IVTA 5P6VA 4QJ2A 4MC6A 5F01A 4R5NA 4GJ7A 3TTPA 3WZ6A 1YX9A 5KOQA 4D83A 4Q5MA 4Y4UA 1JLDA 4GJ5A 1HEGE 1LS5A 3GI6A 3I8WA 4ER1E 3FNUA 3LPIA 5P5HA 5P2FA 5P5RA 1BDLA 5P5NA 1G35A 4L7GA 5P8OA 4Z50A 5P4ZA 3GI0A 3GGAA 4FAFA 4RVIA 4DQCA 4J55A 4I8ZA 1C6ZA 3OU1B 1MSNA 2VIEA 2QI4A 3QBHA 4ZE6A 5P43A 3SA5A 5KQFA 3LHGA 2PWRA 2AVSA 4OBHA 1GVTA 5P0QA 4RVXA 5P7PA 3QAAA 5OZ7A 5P1ZA 4AA9A 4PYVA 3S56A 5P8JA 2BPXA 3RU1A 3RSVA 5P0EA 4Y45A 5P31A 2G20A 3OUDB 3L38A 5P6EA 4RGHA 4Y43A 1DPJA 1SH9A 5P10A 5AH6A 5P6CA 5DQ1A 5JODA 1DMPA 2QMGA 1QBUA 5DR4A 5P61A 4EP2A 5P85A 4WTUA 1RV7A 4K9HA 5OZ1A 3T11A 4F74A 3LINA 3K1WA 3HLOA 5P5OA 2AOIA 3WZ8A 2FDEA 5P7DA 2FGVA 2B7FA 4Y36A 3UDRA 4Y3QA 1IZDA 3OOTA 5BWYA 2I0AA 5P8AA 2BJUA 3OU4A 5P8TA 5P27A 5P4SA 5P04A 4CMSA 3O9AA 4Y47A 2OHUA 3EKYA 3MSKA 1BXOA 5P6QA 3OOZA 4R93A 3PCZA 3DV5A 1MSMA 5P2AA 5P3OA 3TPPA 5DR8A 1EEDP 3VSXA 4EP3A 3KM4A 4J1HA 5P66A 1SIPA 3ST5A 1BWAA 1HVSA 1UH7A 4GB2A 3T6IA 3HAUA 4YDFA 2IDWA 1GVUA 5OZ6A 3KMYA 5P6MA 2A4FA 3QBFA 4B0QA 4BFDA 3ECGA 3PI5A 5P2GA 3PHVA 5P1UA 5KQXA 4Y37A 3D20A 4TRWA 2P3BA 4TRYA 3ZKMA 1E80E 4CPTA 3PI0A 3IVIA 3OXXA 3VUCA 3URIA 1MRXA 1BDRA 3OQ7A 5P77A 1SGUA 4B72A 3OQDA 2VIZA 4YDGA 2WF2A 1HTGA 3RTHA 5P8NA 1T6GA 1YM4A 5P5YA 4DQBA 4Y4XA 4B00A 4Y50A 4B1DA 5P58A 5P35A 5P1GA 4M8YA 5DQ4A 4Y4AA 2R5PA 1ME6A 3GGVA 5P2EA 5P6FA 1BBSA 4J0ZA 4I0HA 2QD6A 3OGQA 4GZFA 2NTRA 2QI0A 4HLAA 1TSUA 3Q4BA 4J0TA 3OAGA 3KFNA 4DPFA 5SZ9A 5P2ZA 4Y3LA 5IVRA 3HD8A 4J1KA 5OZAA 4B05A 3S43A 2ZHSA 3PMUA 2WF3A 3D1ZA 5OZFA 3OUAA 1A8GA 1SDTA 5P87A 1FB7A 2QHCA 5P80A 3QRVA 1DIFA 3T7PA 3UHLA 3NXNA 3UDHA 4ACXA 2JYSA 3SO9A 1HPSA 4Y5LA 4I1CA 4DQEA 5P7TA 5P6UA 1ZTZA 2CEJA 3TH9A 4GJAA 4Y58A 5P1WA 2QZXA 1HBVA 1MRWA 3EL5A 3OU4B 2QNPA 1ER8E 3B7VA 1CZIE 1FG6C 1K6VA 5P5GA 3NU9A 3OTSA 5P6WA 2G26A 4APRE 3S53A 3BXSA 1E81E 4ACUA 5P75A 5P8CA 3HZCA 4WY1A 3HVGA 2CENA 3S85A 4Y3HA 1XL5A 3TL9A 1T3RA 2O4KA 5P6ZA 5P5EA 1FQ6A 1RL8A 4PZXA 4Y56A 2P3DA 3OWNA 4J17A 4PEPA 5P16A 5P0IA 5P3BA 5OZVA 3UFLA 1G0VA 5P0FA 1SMEA 2AIDA 5P5WA 5P00A 2PQZA 1M43A 4LP9A 2XFKA 5DR7A 5I3YA 4Y5NA 4F73A 2P3BB 4WY6A 1WBKA 5P68A 3TKGA 1HIVA 5P1LA 3IAWA 5P0OA 5P1MA 1XE6A 4OC6A 3K4VA 2IRZA 1LYAA 1EPOE 4RYCA 1IZHA 2F3EA 2ZDZA 2XFIA 4F75A 4J0VA 4DJPA 3QROA 5P0KA 4DQHA 1K2BA 3SM2A 5P5QA 2I4QA 2O4NA 1YTGA 3L59A 4CPQA 2G24A 4Y3AA 5P2HA 5OYQA 4QJ8A 3FNTA 4YE3A 2QK5A 3UF3A 1E82E 3UQXA 3VV6A 3OY4A 3L5BA 3NSHA 5OYYA 2QI1A 5OZWA 5P0CA 1YTHA 3K5CA 2PYMA 4ZPFA 4Y3JA 3SKGA 2HS2A 5DR3A 5P0YA 5P0HA 2R43A 1U8GA 3OAGB 5F00A 3OK9A 1MUIA 3ER3E 3URLA 3CMSA 1UPJA 5P26A 3S43B 3R4BA 5P4CA 5P8KA 2O4SA 1SBGA 5HD0A 2OHSA 3A2OA 4RROA 2MIPA 3EKVA 3LNKA 1AM5A 1VIKA 2HS1A 5P73A 2QMPA 1FKNA 4Y3NA 3VCMA 3UQWA 1EPNE 3OHFA 4DPIA 2H6TA 1IBQA 3NR6A 4DJQA 4B70A 2IGYA 3LZVA 5OZTA 1Z8CA 4YCTA 1EC2A 5P44A 2IKOA 2O4PA 3OXCA 5P7VA 1HHPA 2G1YA 5P0SA 2AVMA 2NMZA 3LZSA 5P4DA 4DQGA 2AZ9A 5P8HA 1FQ4A 2SAMA 1FFFC 3FX5A 3IN4A 4Y3TA 2BKSA 3K4VC 1FIVA 5ISJA 3O9LA 5P5JA 9HVPA 2AZCA 5P7KA 3Q6YA 3VSWA 5P2BA 3L5DA 5P5TA 2B8VA 5ER1E 5P62A 2RENA 4LXAA 4UPJA 5P57A 4EHCA 1K2CA 5P30A 4RCEA 5OYTA 5COPA 5OZGA 5P7FA 3LIQA 5P24A 4I12A 2QD7A 3KF0A 5P1PA 5P3DA 5P8FA 5OZEA 5P3PA 5OZ2A 3EKQA 5OZ3A 5P5IA 1LF2A 4LL3A 2AOGA 2APRA 3S7MA 2AODA 2F81A 5P8VA 4Z4XA 3D3TA 5OZ9A 4EQ0A 4I0EA 1GVWA 3VF3A 3SAAA 5P01A 2F3KA 3G70A 3BUFA 4QGIA 2PMAA 3VFBA 2PC0A 3R2FA 2QZKA 4I0JA 5P0VA 5P8EA 1YTIA 2OHTA 5P7CA 5P02A 3CKTA 3U71A 5P6NA 5P2DA 3PSGA 1LYAB 2ZJKA 5CLMA 3HVPA 1KZKA 3JW2A 1W51A 3B80A 4U7QA 5P28A 4EXHA 2QCIA 2VA7A 5P6BA 3LIZA 4DH6A 5P54A 1VIJA 1EAGA 4FRSA 5APRE 5P1QA 5OZLA 2IL2A 5P1RA 5P23A 2V10C 3OXVA 3OGPA 4OBKA 5P7MA 5P5KA 5P38A 5KR1A 4J0PA 3EC0A 2HB4A 5P7WA 4AA8A 4FCOA 5P25A 5C9BA 1W5XA 5P3XA 5P46A 5P1CA 5P2RA 5P03A 5P0BA 1MVPA 3URJA 2I4VA 4EJLA 2NNPA 4FSLA 5P2IA 5P79A 6APRE 5HVPA 4FE6A 5P6PA 5P12A 5P8UA 1LYBA 2V00A 4DUSA 5DGUA 1IDBA 5P6RA 4OD9A 1C6YA 5P8SA 3KDCA 1T6EX 4Y3RA 3LIYA 2ZJHA 5P7YA 5P7JA 4LXMA 3CICA 3APRE 4Z22A 2ER6E 4LXKA 1FFIC 4HDFA 4YOBA 5P06A 4J54A 3SLZA 4A4QA 5P07A 2QHYA 3DCKA 5P3RA 4CPXA 1A8KA 3O9LB 5JFPA 2G1RA 4RRSA 5P39A 3PSYA 3GW5A 3N4LA 5P22A 2ZJNA 3BRAA 2G1SA 5P32A 1M0BA 3LIVA 2V0ZC 3D1YA 1WKRA 5OZBA 1GNNA 1KJGA 2ZJMA 4TVGA 1MPPA 2B8LA 3PRSA 5I3VA 5P2TA 3T7QA 4HDPA 2R5QA 5P4LA 2WEZA 2IKUA 5OZYA 1BV9A 5HU1A 2F8GA 3ZKQA 2G1OA 4XX3A 3KYRA 5P8RA 3L5FA 5P2CA 4Q1YA 5P42A 2UPJA 3VLBA 1HVJA 1AJVA 4DV9A 3KT2A 3ZKGA 2R38A 4KB9A 4Y5EA 1PSNA 3TOFA 3EKPA 4RVJA 1SDUA 5P3IA 4F76A 2ASIA 4X2LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZHU A;  5OYZ A;  2VJ7 A;  3TOH A;  5P59 A;  5SY2 A;  5P17 A;  1C6X A;  2FS4 A;  5P3Q A;  3TNE A;  5P7G A;  5P0L A;  1AAQ A;  4KE1 A;  3OU3 A;  5P8G A;  5JFU A;  1K1U A;  1IIQ A;  2OHP A;  5OZ4 A;  2IEO A;  3R1G B;  1MT8 A;  1A9M A;  1A94 A;  4QJ6 A;  4DVF A;  1MET A;  3JVY A;  2XYF A;  3IVH A;  4Y4Z A;  2P4J A;  2VA5 A;  4I0D A;  5P4V A;  2ZE1 A;  4D85 A;  1HVH A;  2R8N A;  2V16 C;  4OBZ B;  1ZLF A;  3H5B A;  3L5E A;  3QI1 A;  4LC7 A;  1KJF A;  2AQU A;  1APW E;  1OEW A;  5P6A A;  4HZT A;  5HTZ A;  4MC9 A;  3L3A A;  4J1E A;  5E5K A;  1PSO E;  1A30 A;  2Q3K A;  3RTN A;  2BKT A;  2Q54 A;  3MXD A;  5OZR A;  4Y57 A;  4JPC A;  1OD1 A;  5P81 A;  5SY3 A;  5OZ5 A;  5EZX A;  3UDQ A;  1HIH A;  5P08 A;  4GJ8 A;  4K8S A;  2G94 A;  3QIH A;  4J5J A;  4IVS A;  5P05 A;  2HC0 A;  4JPE A;  5P6H A;  1RNE A;  1UH9 A;  4YD6 A;  1BDQ A;  5P5M A;  1D4L A;  3DJK A;  4NJS A;  2B60 A;  1HXB A;  2JXR A;  4DJV A;  5P8I A;  4HVP A;  4Y4W A;  2HB2 A;  5P29 A;  2B7Z A;  2NPH A;  3NDT A;  3GGX A;  3T3C A;  3K5G A;  3MWS A;  3KT5 A;  2P83 A;  5P4W A;  2OHR A;  1HTR B;  5P5U A;  2ZYE A;  4Y4G A;  1XN3 A;  4Y3G A;  5P1F A;  1YM2 A;  4ZSP A;  5P14 A;  5P89 A;  5P7X A;  4JP9 A;  1W6H A;  3BVA A;  1YG9 A;  3BXR A;  3T7X A;  2PH6 A;  3KA2 A;  5P09 A;  5HU0 A;  5P3T A;  4B1C A;  4Y9W A;  4ZPE A;  5P5Z A;  4PHV A;  5DQC A;  2AOJ A;  2JJJ A;  2QNN A;  1LEE A;  3NU5 A;  2I4D A;  5P7Z A;  4DJY A;  1IZE A;  2J9J A;  1D4K A;  4Q1X A;  2QZL A;  5P8Q A;  4FIV A;  1W5W A;  3MSJ A;  1EPR E;  3S54 A;  5DQ5 A;  2OF0 A;  1MER A;  3TPR A;  1OEX A;  5P63 A;  5P40 A;  3M9F A;  1EC0 A;  3PBD A;  5P7H A;  1ODX A;  3EKW A;  3D1X A;  4TVH A;  3LIT A;  2XFJ A;  1LYW A;  3CYX A;  3BUG A;  2I1A A;  5P1J A;  3CIB A;  5J25 A;  1QBS A;  3PEP A;  4DJO A;  5E5J A;  4APE A;  2RKF A;  3LIX A;  5OYX A;  2AZ8 A;  5P1I A;  2QP8 A;  2AVQ A;  1BAI A;  5OZQ A;  2WEB A;  5P0U A;  2WHH A;  2IS0 A;  3NUO A;  1ZPK A;  1DAZ C;  4Y5C A;  5TOL A;  3APP A;  4BEK A;  4OBF A;  1HSI A;  2VJ9 A;  2VIY A;  1SIV A;  1G6L A;  1CPI A;  2PWC A;  5P5A A;  1HVL A;  2G1N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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