3NU4A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant v32i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu4A00
4NJUA 2P3DA 1EPME 2QD6A 5P4BA 5OZ5A 4YD6A 4AA8A 5OZWA 1AM5A 3OUCA 3ZPSA 3KFRA 4GJ6A 2ZJNA 1K2BA 3QRVA 3VEUA 5P5BA 3LIQA 3QBHA 2FXDA 3URLA 1XL2A 2Z54A 1Q9PA 3O9HA 5P4KA 9HVPA 5P59A 7HVPA 3KYRA 1A30A 1BAIA 4HDPA 4ACUA 2CENA 2PQZA 1IVQA 5P04A 2OHKA 4FGXA 5P8AA 1OEWA 3NLSA 4GJ8A 1W50A 3TL9A 5P6TA 1IDAA 1OHRA 4AUCA 5P46A 3TKWA 1EPRE 4DUSA 4N00A 5TOLA 5OZKA 2VNNA 1FFIC 5P63A 1ZPAA 3OUDB 5P22A 5HU0A 4I0FA 3TPJA 4JECA 4PZXA 5P4QA 5P76A 5P64A 5P2YA 5P4JA 2QNNA 3PVKA 3PBDA 4Y5AA 4B70A 5P28A 3OU1B 3EKPA 4Y4DA 1A9MA 2ER0E 2WKZA 4I0EA 5P8BA 3QRSA 5P07A 5P1DA 3INHA 4Y5EA 1IZEA 5P5IA 5P0WA 1MVPA 2OHUA 2FS4A 5P7IA 5P8RA 1HRNA 3NWQA 2ZHSA 3CICA 5OYTA 4DJRA 6FIVA 5P54A 3ZKIA 2OAHA 1KJ7A 3EKXA 4Q1YA 5P1KA 3GI0A 5P6PA 3IXOA 1RL8A 4FSEA 3OU3A 1PSAA 3UQUA 5AHCA 4ACXA 5P7JA 5P5KA 3SACA 5OYSA 4F73A 5P4YA 4J0ZA 3S2OA 4AA9A 1ODWA 4J1FA 3NR6A 4D85A 3UF3A 3UDHA 2PWCA 4Y4WA 5P0SA 5HE7A 3I7EA 1HVJA 4RVXA 5P83A 4I11A 2G24A 3PCWA 4HDBA 3KFPA 1TSUA 4B05A 4FM8A 2PH6A 5P58A 3D1XA 2FNTA 2QD7A 1HVCA 5P4XA 1SIPA 3EC0A 2OHSA 4D8CA 1FEJC 1KJFA 5P6KA 1AVFA 3OXCA 1MRWA 4HZTA 3UDJA 4ZSQA 5P20A 5P11A 5P3CA 3FIVA 2ER7E 1YX9A 5I3VA 5P7GA 4ZIPA 1YT9A 5IS4A 2QZLA 4TRYA 5P6IA 3UDQA 2JJJA 2A4FA 5P89A 5P3YA 3ZPUA 5HVPA 1EEDP 5P7FA 4IVTA 5P3MA 5P0KA 1FG6C 3DUYA 3NU5A 3U6AA 5P1GA 2QNQA 4NJVA 1QBTA 5P41A 5OZNA 2MIPA 5P01A 5P53A 1YM4A 5P13A 1IVPA 5P1EA 1A8GA 1BVGA 2G1OA 3QROA 4CPRA 4DJYA 3LHGA 1GVXA 1SH9A 1D4HA 1GVVA 4GYEA 5P2SA 2FDPA 2G1YA 2PWRA 5P5CA 5P4OA 2O4PA 4NJSA 2VJ9A 2IGXA 5DR4A 2OHQA 3LIXA 4A6BA 5P8JA 1E80E 2WEZA 2JYSA 2VJ6A 5F00A 4YCTA 4PZWA 3NSHA 4ZPGA 3OUBA 5FIVA 3UPJA 5P52A 2IEOA 4BEKA 5P0RA 5P0AA 3ZKQA 5OZPA 2QI6A 3SO9A 1BDLA 3ECGA 5P8LA 3U71A 5P1OA 2OHMA 3D3TA 5P5UA 4YBIA 1PROA 5P7HA 2F81A 3QRMA 5P8HA 1HXWA 5P61A 1E82E 5P49A 2UXZA 4YDGA 1E81E 4B1CA 3EKVA 3EMYA 4Y3YA 2AIDA 5P3AA 4U8WA 3FNSA 5P7CA 5P6LA 4R91A 4FRKA 5P50A 3AIDA 1HIHA 5P12A 3IXKA 4I0IA 1GNNA 2XFJA 3I25A 3QN8A 3OU4B 3OQ7A 5OZLA 5P5YA 2WF1A 5OZRA 3T6IA 5P73A 1NH0A 1VIJA 3GI6A 4Y6MA 2G69A 4Y47A 4HDFA 2NMZA 5P65A 3B7VA 5P84A 1LYWB 5HDXA 1XDHA 4XX3A 5P6WA 3KA2A 5OZZA 5P8PA 4J5JA 5P8DA 3CIDA 3ZMGA 5OYWA 5P1NA 4NPTA 1MT9A 1DPJA 2BPYA 3BUHA 3DM6A 3L5CA 2IQGA 5P2UA 3PLLA 4EP2A 2R8NA 1KJGA 4Y50A 3RVIA 4WY6A 4L7JA 4Y3EA 3ZKMA 5P7RA 1BBSA 4Y5CA 5P3WA 1AIDA 4EQJA 3OWNA 4RVIA 2ER6E 1KZKA 5P3FA 3EXOA 5DR7A 4J0VA 4YOBA 1W5YA 2QP8A 3S8IA 2F8GA 5P6AA 2HB2A 3LZYA 4Y9WA 1FQ5A 4Q1XA 4R8YA 2QI7A 3K4VC 3LPIA 4OBJA 3SA7A 3L5BA 4Y3AA 3O9EA 3KM4A 5KOQA 2R9BA 5P1WA 3D91A 5P8SA 3SM2A 5DPZA 4DQBA 4Y35A 5IVRA 1XE5A 6APRE 3OQKA 1Z1HA 5P3XA 2QZXA 1BV7A 5C9FA 4RCEA 4Y3GA 5OZXA 1ZSRA 5P2FA 1ZBGA 1ZPKA 4K8SA 3FSMA 2PMAA 4Z50A 3S56A 4OBGA 2VIEA 3KMYA 3BHEA 2XFIA 1LS5A 5I70A 5P5WA 4EJ8A 4Y4GA 5DQ1A 4GJCA 1PPKE 4H3GA 2RKFA 4Y54A 3PWMA 5P16A 4Y3MA 2V13A 2QCIA 5DQ2A 3SM1A 2HPEA 1ZAPA 1W51A 2V10C 5P57A 1GKTA 4OD9A 2Q64A 2QI5A 4WY1A 5P8EA 5P5ZA 2ZE1A 2P83A 4HVPA 2OHTA 2SAMA 4CP7A 5P4WA 5P5JA 2G1RA 3SKFA 4I0ZA 4PPHA 3SABA 5P6CA 4J0YA 3SA6A 2H6TA 1MTRA 5OYYA 5DQ4A 3BUFA 2ZJHA 1APTE 2QMFA 2I4XA 4XKXA 4DJUA 4TVGA 2QZKA 1B6KA 2IENA 3HZCA 2BKTA 1SGUA 4Y5LA 3WZ7A 3EKYA 2FXEA 4FL8A 4GJ9A 3MWSA 1W5XA 3WZ6A 5AH9A 3A2OA 1MTBA 4ZEAA 5OZOA 1EPLE 3EL1A 1ODXA 4Y4EA 4KE0A 2WF2A 3T7PA 1MT7A 3PGIA 5DQCA 3URJA 1VIKA 2HB3A 1RPIA 1M4HA 5AHAA 5P7UA 4OBDA 2G22A 2ZDZA 2PSUA 4GJDA 1IIQA 2PYNA 4MC9A 1FF0C 4DQCA 4Y5PA 2I0DA 3PEPA 3UQWA 5P1QA 1U8GA 1C6YA 3R0YA 3ZKSA 3FV3A 3LZVA 4Z22A 2AVQA 5P33A 4Y53A 5P7WA 3UQPA 5P5DA 4BFDA 2R5QA 2NXMA 1LF2A 3KDDA 1FQ7A 5P2GA 4PEPA 5P70A 1ZTZA 3EM3A 4J54A 3K5FA 4OD9B 2FGVA 3WSJA 2NNPA 3JVYA 4Y4JA 1EC0A 5P09A 5I3WA 3INDA 5P87A 3CYXA 3S54A 4KE1A 1HEFE 1HPSA 5P4LA 3JW2A 5DR8A 4Y4TA 3OQFA 5P4FA 5P5EA 5P14A 2HS2A 2JJIA 1BVEA 5P0EA 3BGBA 4COEA 5P0BA 5P4CA 4Y3SA 4APRE 1ZJ7A 4LXAA 4F75A 5P69A 5P78A 5IVQA 5P6XA 4R5NA 3LINA 1NSOA 1FB7A 4EYRA 1AJVA 4OC6B 3SA4A 4Y4ZA 3MSKA 5P6FA 3PBZA 4F74A 5ER1E 3PWWA 3SA8A 2NMYA 4K9HA 4J1KA 1EPNE 2H6SA 1ER8E 2VJ7A 3O9LA 2AOIA 4Y3HA 5I3YA 1HVLA 1D4LA 1C70A 5JFPA 5P1BA 1HXBA 4QGIA 3RTNA 5OZBA 1META 4PHVA 5P3DA 1BIMA 1GNMA 2AZCA 3NDWA 2QHCA 2VNMA 4Z4XA 1MEUA 3R1GB 5HCOA 1FQ8A 4Y5BA 4Y36A 5P0JA 3S7MA 4J1HA 2ZJJA 3BUGA 5P4MA 4GJ7A 1ZP8A 5P7EA 4RLDA 3S53A 3QVIA 4RYGA 3L59A 3DK1A 3L5EA 2V12C 5P2QA 2V00A 4S1GA 1EAGA 3TTPA 4B72A 3KDBA 5P40A 1K1UA 4L7HA 3VV7A 5P0HA 2AVVA 4L7GA 2IKOA 4I0DA 1EPPE 2PH8A 3UHLA 5P6HA 2QI1A 5E5JA 5P5QA 2F80A 3T7QA 1D4SA 3L38A 2F3FA 1EC3A 2VA7A 1TSQA 5P86A 1PPLE 5P39A 5OZ4A 1HIIA 3WB4A 5P24A 2RMPA 3H5BA 2AVSA 1B6JA 5P05A 4AMTA 5P0OA 2ZHUA 4YD7A 3LPJA 4OBKA 4Y38A 5P03A 4Y3ZA 4NJTA 2PC0A 2PSGA 3VF5A 2I0AA 2NR6A 4EHCA 4FAFA 2NXLA 3NU9A 1T7KA 3CIBA 3KMXA 3RTHA 5P5LA 2HC0A 5P25A 3O9GA 1HHPA 4TRWA 5P8VA 5P66A 4TVHA 1NPAA 4WTUA 5P5XA 5P6EA 3D1YA 1IDBA 3DOXA 5P6BA 4XXSA 4Y3LA 5UPJA 5P4AA 4NPUA 5P27A 3VSXA 3WZ8A 2I4UA 5P3HA 5P2OA 5OZ0A 3OGPA 4FRJA 5P1HA 3RU1A 3R4BA 1HVRA 5OZ3A 4A6CA 5P7KA 2G20A 1IZDA 3IVIA 2Q54A 4YD5A 3NXNA 5P42A 1IZIA 2I4WA 4JPEA 4Y4BA 1DP5A 4Y3RA 1HPOA 3UDMA 5P8KA 3SA5A 2CEMA 3RSXA 2VA6A 1Z8CA 4Y48A 1D4YA 4YE3A 3S85A 3VSWA 3OTYA 5P7NA 4I8WA 2R5PA 3UQRA 4Y56A 5OZFA 4I0HA 1HPVA 3GGUA 2AOHA 3HD8A 3ST5A 1GNOA 5P2IA 2WF0A 4M8XA 3TPLA 1BILA 4K4RA 5HDVA 3NUOA 4FRSA 2G26A 3PSYA 4K4QA 3FX5A 1M0BA 3HLOA 1TZSA 4Q1WA 2NTRA 3PI5A 2APRA 5P5HA 1GVTA 4DQEA 3WB5A 5P79A 5P0LA 3NU4A 1KJ4A 2CEJA 3HAUA 3OAGA 3UDNA 1HTFA 5BS4A 5E5KA 4CPUA 5P0VA 4EXGA 2VIZA 3GI4A 3LPKA 2VS2A 2AOGA 3K5DA 1HBVA 2QZWA 3QI1A 1HSIA 2IRZA 3FNTA 3LNKA 1XS7D 3QVCA 5DGUA 4GIDA 5P18A 5P7XA 2QK5A 5P7DA 4CMSA 3BC4A 3K5GA 5P8FA 3L3AA 1SDTA 5P6SA 5P68A 5P3UA 5OZQA 2RSPA 3S43A 2R3WA 4YBFA 1HVIA 4TRZA 5P0TA 5BWYA 5HU1A 4FLGA 1QS8A 2AVOA 2QI4A 2BB9A 3INEA 3S45A 1APUE 5P5PA 2P3CA 4QJ7A 3CKTA 3VCMA 4DJVA 3OOZA 4YCKA 2AODA 4DFGA 5P74A 1FIVA 3K4VA 5P8MA 5APRE 5P2KA 3PMYA 5P81A 2XYFA 1F7AA 5P2NA 5P34A 4DJWA 5P2EA 4JP9A 5P0FA 1SP5A 2ANLA 5P5RA 3PSUA 5P3IA 1UPJA 5IVTA 3HAWA 4ER2E 3CYWA 4KUPA 1G35A 2AOCA 5P75A 1BDQA 2AZBA 4Y43A 3UFNA 3UFLA 3UDPA 3GGAA 1EBWA 1FLHA 5P6NA 3OADA 5P7AA 1D4JA 2B60A 2HIZA 3CMSA 1QRPE 2ASIA 3KT5A 3VYEA 3OQAA 5OZJA 5P82A 4EPJA 3Q70A 5P3SA 1WBKA 2XFKA 3APPA 2WEAA 1IZHA 4Y4XA 2G21A 2WL0A 5I3XA 3F9QA 3B80A 4YHQA 5COKA 5P6ZA 1SMRA 3QP0A 5P5VA 1HSGA 5DR1A 2AOEA 3I2LA 3SA3A 5CLMA 2F3KA 1GVUA 5P26A 5P1IA 1UH7A 3O9CA 3MXDA 4RRNA 2V11C 1J71A 1EBZA 4Y3JA 3S43B 1SDUA 5JG1A 2HM1A 2FDDA 5P0PA 5EZZA 4R95A 4Y3FA 5P2ZA 3TOHA 2HB4A 3SQFA 5P1SA 2B42A 4GJ5A 3GI5A 2PK5A 1XL5A 5AHBA 3GGXA 2A1EA 3OXXA 5P6OA 5P1YA 4Y5GA 2RKGA 2AQUA 2FLEA 4GB2A 4FM6A 4FCOA 3K1WA 2IDWA 2I1AA 3OK9A 3Q3TA 1EC2A 2Q63A 1SMEA 4DJOA 5P1UA 5P4TA 4DV9A 4K4PA 3IGBA 2IGYA 5P3JA 1MERA 5DR3A 1SBGA 3UQXA 5P77A 3R0WA 3OADB 4R92A 4Y5MA 1AXAA 5OZTA 3DJKA 5P0ZA 4Y37A 4ZSRA 3TLHA 2WJOA 2NNKA 1MESA 2V0ZC 1FMBA 1LF3A 4RZ1A 3KF0A 2PK6A 5P8GA 4QJ8A 4B00A 4R93A 1XN2A 4M8YA 2QU2A 5HE5A 4RCFA 3SPKA 2OHNA 3DCKA 1MSNA 4EWOA 2P3AA 2O4LA 4QJAA 4ZSMA 3ZPTA 5P06A 3M9FA 2QAKA 3OGQA 1QDMA 5P08A 1ENTE 5ISKA 1YM2A 4D88A 1BXQA 5P0CA 4Y57A 3I8WA 5F01A 5P30A 1E5OE 3UCBA 1QBSA 5P8QA 1LEEA 4DJQA 1PPME 5P43A 2VIJA 5P3BA 3HW1A 2QD8A 5P2BA 3TOFA 5SXNA 5DQ5A 3N4LA 3VG1A 2QHZA 5P0XA 5P4HA 3NDTA 1YG9A 4ZLSA 5P3VA 5P1PA 3GW5A 2FMBA 4J1IA 5P4NA 2O4KA 2G1SA 3G70A 1QBUA 2P3BA 2P4JA 3IVHA 1A8KA 2EWYA 2G1NA 5P4DA 1XN3A 5OYUA 4CPQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJU A;  2P3D A;  1EPM E;  2QD6 A;  5P4B A;  5OZ5 A;  4YD6 A;  4AA8 A;  5OZW A;  1AM5 A;  3OUC A;  3ZPS A;  3KFR A;  4GJ6 A;  2ZJN A;  1K2B A;  3QRV A;  3VEU A;  5P5B A;  3LIQ A;  3QBH A;  2FXD A;  3URL A;  1XL2 A;  2Z54 A;  1Q9P A;  3O9H A;  5P4K A;  9HVP A;  5P59 A;  7HVP A;  3KYR A;  1A30 A;  1BAI A;  4HDP A;  4ACU A;  2CEN A;  2PQZ A;  1IVQ A;  5P04 A;  2OHK A;  4FGX A;  5P8A A;  1OEW A;  3NLS A;  4GJ8 A;  1W50 A;  3TL9 A;  5P6T A;  1IDA A;  1OHR A;  4AUC A;  5P46 A;  3TKW A;  1EPR E;  4DUS A;  4N00 A;  5TOL A;  5OZK A;  2VNN A;  1FFI C;  5P63 A;  1ZPA A;  3OUD B;  5P22 A;  5HU0 A;  4I0F A;  3TPJ A;  4JEC A;  4PZX A;  5P4Q A;  5P76 A;  5P64 A;  5P2Y A;  5P4J A;  2QNN A;  3PVK A;  3PBD A;  4Y5A A;  4B70 A;  5P28 A;  3OU1 B;  3EKP A;  4Y4D A;  1A9M A;  2ER0 E;  2WKZ A;  4I0E A;  5P8B A;  3QRS A;  5P07 A;  5P1D A;  3INH A;  4Y5E A;  1IZE A;  5P5I A;  5P0W A;  1MVP A;  2OHU A;  2FS4 A;  5P7I A;  5P8R A;  1HRN A;  3NWQ A;  2ZHS A;  3CIC A;  5OYT A;  4DJR A;  6FIV A;  5P54 A;  3ZKI A;  2OAH A;  1KJ7 A;  3EKX A;  4Q1Y A;  5P1K A;  3GI0 A;  5P6P A;  3IXO A;  1RL8 A;  4FSE A;  3OU3 A;  1PSA A;  3UQU A;  5AHC A;  4ACX A;  5P7J A;  5P5K A;  3SAC A;  5OYS A;  4F73 A;  5P4Y A;  4J0Z A;  3S2O A;  4AA9 A;  1ODW A;  4J1F A;  3NR6 A;  4D85 A;  3UF3 A;  3UDH A;  2PWC A;  4Y4W A;  5P0S A;  5HE7 A;  3I7E A;  1HVJ A;  4RVX A;  5P83 A;  4I11 A;  2G24 A;  3PCW A;  4HDB A;  3KFP A;  1TSU A;  4B05 A;  4FM8 A;  2PH6 A;  5P58 A;  3D1X A;  2FNT A;  2QD7 A;  1HVC A;  5P4X A;  1SIP A;  3EC0 A;  2OHS A;  4D8C A;  1FEJ C;  1KJF A;  5P6K A;  1AVF A;  3OXC A;  1MRW A;  4HZT A;  3UDJ A;  4ZSQ A;  5P20 A;  5P11 A;  5P3C A;  3FIV A;  2ER7 E;  1YX9 A;  5I3V A;  5P7G A;  4ZIP A;  1YT9 A;  5IS4 A;  2QZL A;  4TRY A;  5P6I A;  3UDQ A;  2JJJ A;  2A4F A;  5P89 A;  5P3Y A;  3ZPU A;  5HVP A;  1EED P;  5P7F A;  4IVT A;  5P3M A;  5P0K A;  1FG6 C;  3DUY A;  3NU5 A;  3U6A A;  5P1G A;  2QNQ A;  4NJV A;  1QBT A;  5P41 A;  5OZN A;  2MIP A;  5P01 A;  5P53 A;  1YM4 A;  5P13 A;  1IVP A;  5P1E A;  1A8G A;  1BVG A;  2G1O A;  3QRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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