3NU6A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant i54m with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFMKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu6A00
4QJ2A 2I4QA 2I4WA 3OHFA 1BXQA 3OAGB 5AGZA 3HVGA 2QI0A 4Y3QA 3OU4A 3UDHA 4H3GA 4WY6A 5P4MA 3K1WA 2QI3A 2PYMA 3OADA 3MSKA 5P00A 3H5BA 1WKRA 5P6UA 4EPJA 5P2XA 4Z2ZA 2QI1A 3AIDA 2WKZA 5P5XA 4QJ6A 4FRKA 4Y5MA 5OZDA 4B1EA 3EKQA 5P1ZA 3OU4B 2Q15A 5P49A 1PPKE 5OYUA 5P3FA 3OADB 4DFGA 4J1HA 1PPME 4Y3LA 3IA9A 4D8CA 3RTNA 4DJWA 2AZ8A 5P1SA 5P5FA 3LITA 3QS1A 2FNTA 1GKTA 4DPIA 5P3OA 5KR8A 4OBFA 1FFFC 4J55A 1D4IA 2FNSA 3PLDA 3LIQA 4HVPA 1E5OE 3L5FA 2VIYA 2WL0A 5P6LA 2QD7A 3QIHA 4ER2E 4OD9B 1MVPA 2FLEA 1W5XA 4Y3RA 2OHTA 2BPYA 2VIEA 5P7YA 1UPJA 5P4KA 1E80E 5P28A 3GGXA 5P8DA 4I10A 2B8LA 3QBHA 1MSNA 3S53A 2QMPA 3N3IA 3R4BA 5P1LA 1EPPE 3NU4A 4Y43A 2PSGA 4J17A 4DJXA 1D4LA 3OUCA 5P0FA 3PGIA 5P18A 1JLDA 3D20A 5P03A 4I8ZA 4RZ1A 3KM4A 3SA5A 2VS2A 5P3GA 2BPZA 3O9GA 2AODA 5HDZA 4GJ5A 1FGCC 1MT9A 2IGXA 3OU1B 3LIVA 4Z22A 1RV7A 2F3KA 4EWOA 4YBFA 3OQKA 4CPRA 3S45A 5I70A 4L6BA 2NXLA 1HXBA 5P30A 3SA7A 1MTRA 5IE1A 4R91A 4PZWA 5P2BA 4YDFA 5P8VA 1PSOE 1IBQA 3Q4BA 5P0HA 5P0EA 1C70A 3OGQA 2FDPA 3EL0A 5P3ZA 1HEGE 1ODXA 4EQ0A 3EMYA 1HTRB 2FS4A 2ZHTA 4Y3DA 4LXMA 5P7TA 3CIDA 4FRIA 3OQ7A 2QMFA 4Y39A 2AOEA 5P15A 2QMDA 1K1UA 4GJDA 2QZKA 3KFSA 4YHQA 1MRWA 1G6LA 5P1HA 3NWQA 3O9CA 2AOGA 5OZOA 5P1JA 5P6PA 1KJGA 4J0PA 3HBOA 2V13A 2WF4A 4R5NA 3S43A 3TOGA 4B72A 1HTEA 4YCYA 1KJ7A 2PH6A 2F3EA 5P89A 3K4VA 4AUCA 5DQCA 3WB4A 5KOQA 4DQEA 5P5MA 1FQ8A 4Y50A 5P3AA 1BXOA 5AH9A 3VF5A 4ZPEA 2CEJA 5P3LA 3H0BA 4J0ZA 5P3YA 1BV7A 4FAEA 3ZLQA 1BDRA 4Y4XA 4CMSA 1IZHA 1W5VA 4RROA 5P1QA 4Y45A 2AVMA 4ZSRA 4M8XA 3LIYA 5F00A 5P4TA 5P7DA 3L5DA 1BWAA 1M43A 1GVXA 3LIXA 2I4DA 1K2BA 2WECA 4TRYA 2HM1A 2QD6A 3UHLA 5P2TA 2G94A 5P5IA 5P7SA 4GJ8A 5P0OA 4ZLSA 3HW1A 5P25A 4KE0A 5P36A 3EL4A 1ZTZA 3KMYA 3TH9A 1KZKA 1N49A 5AHAA 4LBTA 5F01A 3Q5HA 3ER3E 2FGVA 3QRMA 5P4FA 5P6JA 4J1KA 3RTMA 4EXHA 5DQ4A 4DH6A 2BBBA 5P8JA 1W5WA 4EHCA 2AVQA 3O9BA 7HVPA 1SBGA 5DR0A 4ZSMA 4E43A 1M0BA 2WJOA 1NH0A 5P2RA 5DR8A 5P04A 4QLHA 5P17A 2AZCA 2ER6E 5P31A 5P5OA 4I0FA 3L3AA 5OZ5A 3EM6A 5P4DA 1EPNE 1HVKA 5P1IA 5P56A 5P1BA 1BWBA 4OBGA 3O9AA 5P3JA 1VIKA 4Y4GA 5P8CA 5P4UA 5P6ZA 2AZBA 1BVGA 3INEA 5P0MA 5P3TA 5BWYA 5P3VA 1EPLE 4ER1E 6APRE 4Q1XA 1BAIA 4UPJA 3HZCA 2BPVA 4BFBA 5OZQA 5E5JA 3TKWA 4CPUA 2NMYA 2Q63A 5E5KA 5OZTA 2Q5KA 3DCKA 1HVCA 2V00A 5P67A 3MWSA 3L5BA 3RSXA 5P3SA 5P62A 1YTHA 1RNEA 2QZLA 3KDBA 5P2NA 4DVFA 2APRA 4FRSA 3IVIA 5P4GA 3FV3A 2JJIA 1HVSA 2CEMA 2ZHRA 3BGBA 5P70A 4RCEA 4MC1A 1K1TA 1G0VA 3SQFA 5P02A 4F75A 5P85A 2QD8A 4Y3EA 5OZXA 1OD1A 3R0WA 1W51A 4Y51A 2G1YA 5KOSA 4Y3PA 3APPA 3FIVA 1EPOE 4GYEA 3L59A 1FMXA 3OUBA 5P63A 3F9QA 2ZE1A 3MXDA 5BS4A 1XN3A 3I6OA 1HEFE 5OZ3A 3G6ZA 5P79A 4QJAA 1YTIA 3NUOA 2IQGA 1HRNA 3PWWA 5P2MA 1PSNA 3KF0A 4Y44A 1MTBA 3SA8A 5P0CA 2QMGA 3ZKNA 1HVIA 2XFIA 4AA9A 1DP5A 4EXGA 5BRYA 3IAWA 5P2WA 4DI2A 5P37A 5P3CA 2P3BA 2R43A 3MXEA 1IDAA 3INDA 2QZWA 3PSGA 5P68A 2ZJMA 1HSHA 3KMXA 1LZQA 4GMIA 2O4NA 5COPA 2WHHA 4LP9A 5P55A 2F80A 5CONA 1FMUA 5P64A 3NDXA 2P3BB 3BHEA 3SAAA 5P5HA 3D3TA 4FSLA 2Z54A 1LF4A 3PJ6A 4K4QA 2QZXA 4HE9A 3TTPA 1MUIA 5P8MA 2G27A 2ER9E 3HLOA 1W50A 3UQWA 3KFRA 3KDDA 5P5TA 2O4PA 2B42A 4RVXA 3O9LB 3PCZA 5P4QA 4RVIA 1A8GA 5P1GA 4PYVA 3PSYA 2NTRA 5P6OA 5P4NA 5P1DA 3WSJA 2WEZA 2ZJNA 5P35A 5P2UA 2B7FA 2R3TA 1ZPKA 3ZKMA 1TCWA 3OY4A 4OBJA 5P46A 2G26A 5KAOA 1OHRA 5P0YA 3HAWA 4ZSPA 4CPWA 4K8SA 3I7EA 4Y3MA 4J0YA 2BB9A 1LYAA 5P2YA 3QBFA 1B5FA 5OZ9A 5P2SA 5P6AA 4I12A 3ZOVA 4R8YA 1YX9A 1HPOA 4FCOA 1NPVA 2EWYA 5P0PA 3TPPA 1SMRA 5P11A 1AAQA 4FLGA 4RRSA 3RSVA 5P8SA 2FDEA 1D4KA 1BILA 4I0HA 1LYAB 3GGAA 1VIJA 4OC6B 5P78A 2NXDA 2WF2A 3OXCA 4HA5A 3NUJA 1B6JA 3PHVA 3LPJA 2HIZA 5OYXA 3BXSA 5P51A 1K6CA 5P6MA 1ZBGA 2ER7E 5COKA 8HVPA 3PB5A 2G1SA 3CICA 4HEGA 5IVSA 3K4VC 3OHHA 3KDCA 5P3UA 4KE1A 3EM3A 5P8BA 4Y3WA 3TKGA 4K4PA 4DQHA 5P74A 5OZFA 5AH8A 5P0VA 3TPRA 5P0JA 4Y4ZA 2UY0A 1YT9A 5P2GA 1HSGA 5P3NA 4B70A 4EJDA 3UQXA 1B6MA 1QBSA 5OZZA 5P6EA 3OQDA 2UPJA 2G24A 3ECGA 3OXXA 1T6GA 3ZMGA 5P2AA 5IVQA 5P5RA 2XYFA 2VA5A 2J9KA 3VCMA 3PRSA 5KR2A 3QVCA 5I3XA 3VYEA 2IGYA 5KQXA 3OU3A 3LZYA 3DK1A 5OZPA 2OHUA 3VF7A 3RVIA 2OHQA 2ZGAA 1ME6A 3KT2A 4N00A 3OWNA 5P7UA 3NYGA 5PEPA 1UH7A 4OD9A 4B78A 5OZVA 2VA6A 5OZ8A 1KJHA 2I0AA 1MT8A 4A6BA 1DPJA 2PH8A 3I8WA 5P7GA 4M8YA 3K5FA 4D83A 1GNNA 3ER5E 4NPTA 2IKUA 5P0KA 4HDBA 2B7ZA 1EC0A 4LC7A 1UH9A 1KJ4A 3S2OA 2RENA 5SZ9A 3EL1A 4YD6A 4DJPA 1XDHA 2QI5A 4OBDA 2IKOA 2QK5A 5P3DA 5P26A 5P0DA 5P8PA 4GJCA 1D4HA 5DR3A 3OU1A 5OZ6A 3PMYA 3VSWA 1FQXA 5P10A 2R3WA 3N4LA 3TLHA 1NSOA 2XFKA 4LAPA 4Y4EA 2V12C 4Y3JA 3UFNA 3DJKA 4JPCA 2QHZA 5P54A 1W5YA 3KA2A 5P2DA 5P4LA 4HLAA 4OBKA 2PMAA 3KN0A 4Y47A 1LYBA 3IN4A 2HB4A 5P5LA 5P5GA 3U7SA 5OZEA 1IZIA 2G1RA 5P3HA 1Z1RA 4J5JA 4EJKA 3MSJA 2NNPA 1APVE 5P7OA 2HC0A 4RLDA 4F76A 2VIZA 4K4RA 5APRE 5OZ4A 4Y5GA 2R9BA 4X7IA 1LYBB 5P5DA 5P8AA 1T3RA 1CMSA 5P1YA 4GB2A 5P45A 3TPLA 4TVGA 5P4RA 3G70A 4DQCA 4PPHA 1ZPAA 3SACA 3QRSA 1D4JA 3CKPA 4FIVA 5P0RA 1FQ6A 5P44A 4YOBA 3S54A 3UDYA 3UDJA 4YE3A 3UFLA 1LS5A 1HIVA 2ZYEA 4I0IA 1FQ7A 1APUE 3D1YA 3CYXA 2ZHUA 1UH8A 2ZDZA 1J71A 2OAHA 5IVRA 5P7AA 5OZHA 5P4PA 5ISKA 3T3CA 5C9BA 5P4EA 5P1TA 2WEAA 5P13A 2PWRA 1C6YA 4GJ9A 3O9EA 5P87A 5P65A 3SM1A 5P6QA 4IVSA 3EKTA 3OOTA 1D4SA 2SAMA 4NJVA 2PC0A 1MEUA 1HIHA 3S8IA 4Y4JA 5P3MA 2XYEA 3RU1A 2AOHA 2ZJLA 5P52A 1EC3A 4HDPA 1A9MA 4XX4A 2AVSA 5P1OA 3PVKA 2H6SA 5P5CA 1AJXA 3WZ8A 3NXNA 4Y48A 4J54A 2IRZA 2PK6A 5P01A 4Y36A 5P5YA 2QI7A 5OZ7A 3PEPA 5OZCA 3ZKGA 3L58A 3EXOA 3ZKQA 2ZJIA 1BDLA 1SMEA 3QP0A 1K6PA 1XL2A 1MSMA 5P6DA 2J9JB 2P3CA 4I0DA 1QS8A 3EKYA 5JG1A 3SA6A 1OEWA 3OTYA 5P75A 4Q5MA 1FLHA 4L7HA 5P33A 3OUAA 5P7KA 1QBTA 4FSEA 5P83A 2P83A 5OZGA 5P57A 2OHMA 4YCKA 1D4YA 5OZRA 5P5PA 5P1PA 4L1AA 3O99A 3CKTA 4Y5EA 2Q11A 4QGIA 3ST5A 3DUYA 1B6PA 5P6NA 2Z4OA 5P1MA 1EAGA 4K9HA 5P0AA 5P4YA 5P2QA 1E81E 3CIBA 1W6IA 3DM6A 1PROA 4L1AB 5ENKA 4LHHA 1FMBA 2I0DA 4H3FA 3UQRA 3FKTA 2F8GA 4Y53A 1Z8CA 2IDWA 3TNEA 5P5ZA 1EPQE 2A1EA 2OHLA 3GGVA 4MC9A 5P19A 2QCIA 2AQUA 5P0LA 5KQYA 3LINA 4J1IA 4YCTA 2VKMA 5HU1A 3D91A 3URJA 3DV1A 1HPSA 5P7HA 2FXDA 5P5BA 4D89A 3NLSA 3GI5A 4L7GA 2NMZA 3WZ6A 4B1DA 1HWRA 4FRJA 5P6IA 3EKWA 5JODA 3IGBA 5FIVA 1AJVA 4EP2A 5OYYA 5P3RA 3U71A 5P7JA 5P8QA 3OUDB 1ZJ7A 4NJUA 5P5SA 5OZ2A 1WBKA 4J0TA 2PWCA 3BVBA 1YM4A 4J1EA 9HVPA 1FEJC 3A2OA 3OQAA 5P7VA 4DJOA 1HPVA 4F74A 4FAFA 3HDKA 5DPZA 5P1KA 5P23A 2BPXA 4I0EA 5P2LA 3IXKA 4AMTA 5P8IA 3JVWA 5I3WA 2ZHSA 5P0SA 3BVAA 5OZAA 3L5EA 5P3XA 3VFAA 4GIDA 5P34A 4CPTA 1AM5A 1WBMA 1YM2A 3UDPA 2G1NA 4F73A 2VNMA 3Q70A 2BPWA 4BELA 2O40A 5OYRA 2O4SA 3G72A 5P2OA 1SGUA 5P0QA 1HXWA 5OYQA 5P3KA 4DJVA 4FM7A 4FGXA 1MERA 5P8FA 3WZ7A 1ZAPA 2FGUA 2JJJA 3O9LA 4Y4TA 5P8EA 5P3QA 3PI5A 1DAZC 2WEDA 5P6KA 4Y41A 5P76A 4YD4A 3QPJA 3Q6YA 4EJLA 1EPME 4U8WA 5AHCA 1NPAA 2AVOA 1HOSA 3VEUA 1GVVA 4APRE 5P38A 5P1AA 5P0ZA 5P4XA 4JECA 4PHVA 3OTSA 5P2EA 3VYDA 1BVEA 1B6LA 2OHPA 1B11A 4DJYA 2V0ZC 3SO9A 5P7LA 2V10C 5ER2E 1HHPA 3WB5A 5OZ0A 4BEKA 4COEA 5OZKA 5P1NA 2AOJA 4A6CA 2BQVA 3EKVA 1IZDA 4Y4BA 3K5CA 2I4UA 5P0UA 5P3EA 1GVWA 2OHKA 2P4JA 5P3BA 4AA8A 1Z1HA 2PQZA 1U8GA 1AZ5A 1CPIA 4WY1A 1A30A 4XXSA 4OC6A 5P14A 4Y3FA 4B1CA 3VG1A 5DQ1A 5P2KA 1K6TA 1XN2A 5IS4A 1OEXA 3L38A 2Q55A 4OBZA 3VYFA 4L7JA 3UF3A 1RPIA 5P5VA 1MT7A 3URLA 5P61A 5C9DA 4Z50A 2O4LA 3QN8A 5P86A 1GVTA 1C6XA 1MRXA 5P4VA 3PWMA 4I11A 3HAUA 3EL9A 5P27A 1AIDA 5P53A 1NPWA 2H6TA 3PBZA 4Y3NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ2 A;  2I4Q A;  2I4W A;  3OHF A;  1BXQ A;  3OAG B;  5AGZ A;  3HVG A;  2QI0 A;  4Y3Q A;  3OU4 A;  3UDH A;  4H3G A;  4WY6 A;  5P4M A;  3K1W A;  2QI3 A;  2PYM A;  3OAD A;  3MSK A;  5P00 A;  3H5B A;  1WKR A;  5P6U A;  4EPJ A;  5P2X A;  4Z2Z A;  2QI1 A;  3AID A;  2WKZ A;  5P5X A;  4QJ6 A;  4FRK A;  4Y5M A;  5OZD A;  4B1E A;  3EKQ A;  5P1Z A;  3OU4 B;  2Q15 A;  5P49 A;  1PPK E;  5OYU A;  5P3F A;  3OAD B;  4DFG A;  4J1H A;  1PPM E;  4Y3L A;  3IA9 A;  4D8C A;  3RTN A;  4DJW A;  2AZ8 A;  5P1S A;  5P5F A;  3LIT A;  3QS1 A;  2FNT A;  1GKT A;  4DPI A;  5P3O A;  5KR8 A;  4OBF A;  1FFF C;  4J55 A;  1D4I A;  2FNS A;  3PLD A;  3LIQ A;  4HVP A;  1E5O E;  3L5F A;  2VIY A;  2WL0 A;  5P6L A;  2QD7 A;  3QIH A;  4ER2 E;  4OD9 B;  1MVP A;  2FLE A;  1W5X A;  4Y3R A;  2OHT A;  2BPY A;  2VIE A;  5P7Y A;  1UPJ A;  5P4K A;  1E80 E;  5P28 A;  3GGX A;  5P8D A;  4I10 A;  2B8L A;  3QBH A;  1MSN A;  3S53 A;  2QMP A;  3N3I A;  3R4B A;  5P1L A;  1EPP E;  3NU4 A;  4Y43 A;  2PSG A;  4J17 A;  4DJX A;  1D4L A;  3OUC A;  5P0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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